单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1101	2025-05-17	Protocol to study the inheritance and propagation of non-genetically encoded states using barcode decay lineage tracing 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102809 PMID:38180835	研究论文	本文介绍了一种使用条形码衰减谱系追踪技术研究非遗传编码状态继承和传播的协议	开发了BdLT-Seq技术，能够在保持同源性的同时评估克隆进化，并比较同源细胞谱系间的非遗传分子特征	需要参考Shlyakhtina等人的完整细节来执行该协议	研究非遗传编码状态的继承和传播	细胞谱系	分子生物学	NA	BdLT-Seq（条形码衰减谱系追踪结合单细胞转录组分析）	NA	单细胞转录组数据	NA
1102	2025-05-16	Microglial intervention in ischemic stroke: Roles and intervention strategies 2026-Feb-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01166 PMID:39995094	综述	本文综述了小胶质细胞在缺血性卒中中的双重作用及潜在干预策略	探讨了小胶质细胞动态激活与极化状态对卒中病程的影响，并提出了针对关键通路的实验性治疗策略	未提及具体临床转化障碍或现有干预策略的局限性	阐明小胶质细胞在缺血性卒中中的作用机制并探索干预策略	小胶质细胞及其在缺血性卒中中的功能状态	神经科学	缺血性卒中	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA	NA
1103	2025-05-16	Blood-brain barrier disruption and neuroinflammation in the hippocampus of a cardiac arrest porcine model: Single-cell RNA sequencing analysis 2026-Feb-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01269 PMID:40146000	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究心脏骤停猪模型中血脑屏障破坏和神经炎症的细胞和分子机制	首次在心脏骤停后脑损伤中应用单细胞转录组分析，揭示了未被识别的细胞亚群、改变的细胞通讯网络和新的分子机制	研究仅关注了6和24小时两个时间点，可能无法全面反映动态变化过程	探究心脏骤停后脑损伤的细胞和分子机制，寻找神经保护和修复的新靶点	心室颤动诱导心脏骤停的猪模型海马组织	神经科学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Western blotting、qRT-PCR、免疫荧光染色	猪心脏骤停模型	RNA测序数据	心脏骤停后6小时和24小时以及假手术对照组的猪海马组织样本
1104	2025-05-16	A single-cell landscape of the regenerating spinal cord of zebrafish 2026-Feb-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01163 PMID:40326988	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了斑马鱼脊髓损伤后不同阶段的细胞群，揭示了脊髓再生的分子和细胞机制	首次在单细胞水平上描绘了斑马鱼脊髓再生过程中的细胞群变化，并揭示了神经元和胶质细胞在再生中的关键作用	研究仅针对斑马鱼模型，结果在哺乳动物中的适用性尚需验证	探索斑马鱼脊髓再生的分子和细胞机制	斑马鱼脊髓损伤模型	再生医学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1105	2025-05-16	Development of an electroconductive Heart-on-a-chip model to investigate cellular and molecular response of human cardiac tissue to gold nanomaterials 2025-Sep, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123275 PMID:40138961	研究论文	开发了一种电导性心脏芯片模型，用于研究人类心脏组织对金纳米材料的细胞和分子反应	开发了具有电导性的3D心脏芯片模型（eHOC），相比非导电模型，其表现出增强的收缩功能、改善的钙瞬变和心脏相关基因表达的增加	NA	构建一种更接近人体心肌电导特性的体外心脏组织模型，用于药物测试和疾病建模	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）衍生的心肌细胞（hiCMs）和心脏成纤维细胞（hiCFs）	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	3D电导性心脏芯片模型（eHOC）	基因表达数据	NA
1106	2025-05-16	PINK1 link mitochondria-ER contacts controls deposition of intramuscular fat in pigs 2025-May-20, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151672 PMID:40138759	研究论文	本研究探讨了PINK1如何通过调节线粒体-内质网相互作用来调控猪肌肉内脂肪沉积	揭示了PINK1在调控猪肌肉内脂肪沉积中的新作用，特别是其通过线粒体-内质网接触调控脂肪沉积的机制	研究主要基于猪模型，结果在人类或其他动物中的适用性尚不明确	探究PINK1在调控猪肌肉内脂肪沉积中的作用及其分子机制	猪的肌肉内脂肪沉积	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个猪品种的肌肉组织样本
1107	2025-05-16	Unraveling the Heterogeneity of CD8+ T-Cell Subsets in Liver Cirrhosis: Implications for Disease Progression 2025-May-15, Gut and liver IF:3.4Q2 DOI:10.5009/gnl230345 PMID:38623058	研究论文	本研究通过转录组和单细胞测序数据分析了肝硬化中CD8+ T细胞的异质性及其对疾病进展的影响	揭示了肝硬化中CD8+ T细胞的八种亚型，特别是效应记忆T细胞（Tem）和耗竭T细胞（Tex），并发现CXCL13+ Tex细胞与疾病严重程度和预后不良相关	研究未涉及这些细胞亚型在肝硬化治疗中的具体应用	阐明CD8+ T细胞在肝硬化中的分子机制及其对疾病进展的影响	肝硬化患者的CD8+ T细胞	免疫学	肝硬化	转录组测序、单细胞测序	NA	RNA-seq数据、单细胞数据	未明确说明样本数量
1108	2025-05-16	PERK+ Macrophages Drive Immunotherapy Resistance in Lymph Node Metastases of Oral Squamous Cell Carcinoma 2025-May-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3135 PMID:40036693	研究论文	本研究评估了口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者淋巴结转移的病理反应率，并发现PERK+巨噬细胞在免疫治疗抵抗中的作用	首次系统评估了OSCC患者淋巴结转移的病理反应率，并发现PERK信号通路在巨噬细胞中的激活是免疫治疗抵抗的新机制	研究样本来自单一临床试验，且小鼠模型的结果需要进一步临床验证	评估OSCC患者淋巴结转移的病理反应率并寻找改善治疗效果的新靶点	口腔鳞状细胞癌患者及其淋巴结转移灶	肿瘤免疫学	口腔鳞状细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、多重免疫组化	NA	临床数据、转录组数据、免疫组化数据	来自NCT04649476临床试验的OSCC患者样本及小鼠模型
1109	2025-05-16	Pdgfrβ marks distinct mesenchymal and pericyte populations within the periosteum with overlapping cellular features 2025-May-15, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf020 PMID:40237625	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和转基因小鼠模型，探讨了骨膜中Pdgfrβ阳性细胞的异质性及其在骨修复中的作用	揭示了骨膜中Pdgfrβ阳性细胞的不同亚群，包括间充质细胞和周细胞，并分析了它们的增殖、迁移和成骨能力	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探讨骨膜中Pdgfrβ阳性细胞的异质性及其在骨修复中的作用	小鼠长骨骨膜中的Pdgfrβ阳性细胞	细胞生物学	骨疾病	单细胞RNA测序，转基因小鼠模型	Pdgfrβ-CreERT2-mT/mG报告小鼠	基因表达数据，组织学数据	转基因小鼠模型中的Pdgfrβ阳性细胞
1110	2025-05-16	IAP dependency of T-cell prolymphocytic leukemia identified by high-throughput drug screening 2025-May-15, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027171 PMID:39869826	研究论文	通过高通量药物筛选发现T细胞前淋巴细胞白血病（T-PLL）对IAP抑制剂的依赖性	首次报道T-PLL对自噬靶向药物、核输出抑制剂和IAP抑制剂的敏感性，并揭示IAP抑制剂诱导的细胞死亡主要为坏死性凋亡且依赖TNF-α	研究样本量较小（30例原代患者样本），且仅限于体外实验	发现T-PLL的新治疗靶点	T细胞前淋巴细胞白血病（T-PLL）细胞	血液肿瘤学	T细胞前淋巴细胞白血病	高通量药物筛选、RNA测序（bulk和单细胞）、光谱流式细胞术	NA	药物敏感性数据、RNA测序数据、流式细胞术数据	30例原代T-PLL患者样本
1111	2025-05-16	Zn-Based Multi-Active Framework Nanoparticles TSA-CAN-Zn Inhibit Skin Glycation via Dual Blockade of HMGB1/RAGE and AGEs/RAGE Pathways 2025-May-15, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202500664 PMID:40370206	研究论文	本研究设计了一种基于锌的多活性框架纳米颗粒TSA-CAN-Zn，通过双重阻断HMGB1/RAGE和AGEs/RAGE通路来抑制皮肤糖基化损伤	首次将Theasinensin A (TSA)和L-肌肽(CAN)结合到锌基纳米颗粒中，同时抑制HMGB1/RAGE和AGEs/RAGE两条通路	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未进行人体临床试验	开发一种新型纳米材料来减轻糖基化引起的皮肤损伤	皮肤糖基化损伤机制及治疗	纳米医学	皮肤疾病	分子对接、单细胞RNA测序	小鼠皮肤糖基化模型	体外实验数据、测序数据	HaCaT细胞系和小鼠模型
1112	2025-05-16	Single-Cell Transcriptomics and Lineage Tracing Unveil Parallels in Lymphatic Muscle and Venous Smooth Muscle Development, Identity, and Function 2025-May-15, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.125.322567 PMID:40371470	research paper	该研究通过单细胞转录组学和谱系追踪揭示了淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）在发育、特性和功能上的相似性	首次揭示了LMCs和静脉SMCs在转录组和功能上的高度相似性，并确定了它们共同的WT1+中胚层祖细胞来源	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究淋巴肌肉细胞独特的收缩特性的细胞和分子基础	淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）	细胞生物学	淋巴水肿	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、遗传谱系追踪、全组织免疫染色、活体成像	NA	单细胞转录组数据、影像数据	小鼠后肢和腹股沟-腋窝区域的LMCs和SMCs
1113	2025-05-16	Regulation of Collecting Lymphatic Vessel Contractile Function by TRPV4 Channels 2025-May-15, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322100 PMID:40371469	research paper	该研究探讨了TRPV4通道在收集淋巴管收缩功能调控中的作用及其在淋巴系统疾病中的病理生理学意义	揭示了TRPV4表达髓系细胞（包括LYVE1+巨噬细胞）与淋巴肌细胞或淋巴内皮细胞之间相互作用介导的淋巴收缩失调新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床样本验证有限	探究TRPV4通道在淋巴管功能调控中的作用及其与淋巴系统疾病的关联	小鼠收集淋巴管及乳腺癌相关淋巴水肿患者活检组织	分子生物学	淋巴水肿	单细胞RNA测序、共聚焦显微镜、细胞内钙活性测量	Trpv4fx/fx转基因小鼠	基因表达数据、图像数据、生理功能数据	小鼠收集淋巴管样本及乳腺癌相关淋巴水肿患者活检组织
1114	2025-05-16	SM22α-Lineage Perivascular Stromal Cells Contribute to Abdominal Aortic Aneurysm 2025-May-15, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325750 PMID:40371535	research paper	该研究探讨了SM22α谱系血管周围基质细胞在腹主动脉瘤（AAA）中的作用及其机制	揭示了SM22α谱系基质细胞中PGC-1α通过调节YAP信号通路影响血管周围脂肪组织（PVAT）的成脂和成肌纤维分化平衡，进而促进动脉瘤发展的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究血管周围基质细胞在腹主动脉瘤发病机制中的作用	年轻和老年小鼠的血管周围基质细胞，人类动脉瘤样本	血管生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序，功能获得和缺失实验，转录组分析	Ang II诱导和脱氧皮质酮乙酸酯/盐诱导的AAA小鼠模型	RNA测序数据，影像数据	年轻（2-3月龄）和老年（18-20月龄）小鼠，人类动脉瘤样本
1115	2025-05-16	Evidence of secondary Notch signaling within the rat small intestine 2025-May-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204277 PMID:40371707	research paper	该研究探讨了大鼠小肠中一种罕见的上皮细胞群体CFTR高表达细胞（CHEs）的特定形成机制	揭示了CHEs通过Notch信号通路的二次激活从其他分泌细胞中分化出来的新机制	研究主要基于大鼠模型，未在小鼠中发现CHEs，可能限制结果的普遍性	理解小肠分泌细胞谱系的多样性形成机制	大鼠小肠中的CFTR高表达细胞（CHEs）	分子生物学	囊性纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq），假时间轨迹分析	NA	基因表达数据	NA
1116	2025-05-16	Microglia Single-Cell RNA-Seq Enables Robust and Applicable Markers of Biological Aging 2025-May-15, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70095 PMID:40371813	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术开发了基于小胶质细胞的生物年龄标记物	利用单细胞RNA测序数据开发了新的生物年龄计算模型，相比传统批量分析方法能更精确地反映个体生物年龄	研究主要基于小鼠和人类的小胶质细胞数据，可能不适用于其他细胞类型	开发基于小胶质细胞单细胞转录组数据的生物年龄预测模型	人类和小鼠的小胶质细胞	生物信息学	NA	scRNA-seq	无监督频率汇总模型	单细胞转录组数据	三个不同的单细胞数据集
1117	2025-05-16	Single-cell transcriptome analysis profiles cellular and molecular alterations in aortic tissue from patients with Behçet's syndrome 2025-May-15, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keaf252 PMID:40372706	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了白塞氏综合征患者主动脉组织中细胞和分子的变化	首次在单细胞水平上分析了白塞氏综合征患者主动脉组织的转录组特征，揭示了细胞亚群分布、功能及细胞间通讯的差异	样本量较小（仅6例参与者），且仅来自单一医疗中心	分析白塞氏综合征患者主动脉组织中不同细胞亚群的表达谱、表型、功能及细胞间通讯	白塞氏综合征患者和动脉粥样硬化患者的主动脉组织	数字病理学	白塞氏综合征	单细胞RNA测序	Seurat, Harmony, CellChat v1.6.1	转录组数据	6例参与者（3例白塞氏综合征患者和3例动脉粥样硬化患者）
1118	2025-05-16	Sequence diversity and encoded enzymatic differences of monocistronic L1 ORF2 mRNA variants in the aged normal and Alzheimer's disease brain 2025-May-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2298-24.2025 PMID:40368603	research paper	该研究通过酶功能测定、靶向PacBio HiFi长读长测序和定量空间转录组学，评估了31名阿尔茨海默病（AD）和非疾病（ND）大脑（两性）的皮质样本中的内源性逆转录酶（RT）活性和L1 mRNA多样性	研究发现大脑中存在大量单顺反子ORF2 mRNA变体，其序列多样性远超人类参考基因组（hg38），并揭示了这些变体在RT和核酸内切酶（EN）活性上的功能差异	研究样本量相对较小（31个大脑），且未涵盖其他神经退行性疾病或更广泛的人群	探究正常衰老和阿尔茨海默病大脑中内源性逆转录酶活性的来源及其与L1 mRNA变体的关系	31名阿尔茨海默病和非疾病人类大脑的皮质样本	分子生物学	阿尔茨海默病	酶功能测定、PacBio HiFi长读长测序、定量空间转录组学	NA	RNA序列数据、酶活性数据	31个大脑样本（包括AD和ND）
1119	2025-05-16	Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes epithelial-mesenchymal transition in diffuse-type gastric cancer via cAMP response element-binding protein pathway, showing poor prognosis 2025-May-14, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01447-8 PMID:40369121	研究论文	本研究通过构建大规模信号网络和实验验证，揭示了癌症相关成纤维细胞分泌的fibulin-5通过CREB通路促进弥漫型胃癌的上皮-间质转化，并与患者不良预后相关	首次发现CAFs分泌的fibulin-5通过CREB通路促进DGC的EMT过程，并证实其作为预后标志物的潜力	研究主要基于体外实验和回顾性数据分析，需要进一步的前瞻性临床研究验证	寻找弥漫型胃癌的特异性生物标志物和治疗靶点	弥漫型胃癌(DGC)及其微环境中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤生物学	胃癌	RNA测序、免疫组化染色、单细胞RNA测序、类器官培养、共培养系统	数学模型	基因组数据、组织微阵列、单细胞数据	三个基因组数据库(TCGA、GSE62254和GSE26253)的数据，以及组织微阵列和患者血液样本
1120	2025-05-16	Cell-type deconvolution methods for spatial transcriptomics 2025-May-14, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00845-y PMID:40369312	review	本文综述了空间转录组学中细胞类型解卷积方法的多样性，对比了它们的能力，并总结在一个基于网络的交互式表格中以促进更高效的方法选择	提供了一个基于网络的交互式表格，便于研究者选择和对比不同的细胞类型解卷积方法	NA	探讨空间转录组学中细胞类型解卷积方法的应用和发展	空间转录组学数据中的细胞类型解卷积方法	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA