单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1101	2025-04-14	Combining spatial transcriptomics and ECM imaging in 3D for mapping cellular interactions in the tumor microenvironment 2025-Apr-09, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101261 PMID:40220761	research paper	该研究通过结合空间转录组学和ECM成像技术，在3D环境下绘制肿瘤微环境中的细胞相互作用	首次将3D空间转录组学与ECM成像技术整合，系统量化了细胞分子状态、细胞间相互作用及ECM重塑	研究仅基于一例临床肺癌样本，样本量有限	探索肿瘤微环境中细胞间相互作用及ECM重塑机制	临床肺癌样本中的恶性与非恶性细胞及ECM	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics, ECM imaging	NA	3D tissue sections	1例临床肺癌样本
1102	2025-04-14	Hyperglycemia as driver of glioblastoma progression: Insights from Mendelian randomization and single-cell transcriptomics 2025-Apr-08, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149636 PMID:40210146	研究论文	本研究探讨了高血糖与胶质母细胞瘤（GBM）进展之间的因果关系及其潜在机制	结合孟德尔随机化分析和单细胞转录组学，揭示了高血糖通过改变肿瘤微环境和激活GBM相关通路促进GBM进展的新机制	研究主要基于遗传关联和小鼠模型，需要进一步的人类临床研究验证	探究高血糖与GBM进展之间的因果关系及其分子机制	GBM患者和小鼠模型	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、基因集富集分析（GSEA）	GBM小鼠模型	基因组数据、转录组数据	UK Biobank和FinnGen数据库的GWAS数据、GBM小鼠模型
1103	2025-04-14	An erythroid-biased FOShi hematopoietic multipotent progenitor subpopulation contributes to adaptation to chronic hypoxia 2025-Apr-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.03.010 PMID:40220764	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了模拟长期高海拔缺氧的高海拔红细胞增多症（HAPC）小鼠模型中的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及红细胞，发现了一种独特的红细胞偏向性多能祖细胞亚群FOS MPP	发现了一种新的红细胞偏向性多能祖细胞亚群FOS MPP，该亚群在缺氧条件下扩增，并具有独特的干扰素信号响应性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究缺氧适应和适应不良的细胞和分子机制	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及红细胞	分子生物学	高海拔红细胞增多症（HAPC）	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA-seq数据	HAPC小鼠模型中的造血干细胞和祖细胞及红细胞
1104	2025-04-14	Nanoparticles may influence mast cells gene expression profiles without affecting their degranulation function 2025-Apr-02, Nanomedicine : nanotechnology, biology, and medicine IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.nano.2025.102818 PMID:40185352	研究论文	开发并验证了一种体外方法，用于监测纳米颗粒对IgE依赖性肥大细胞脱颗粒功能的影响	首次通过单细胞测序揭示了纳米材料对肥大细胞基因表达谱的影响，而不仅仅是功能检测	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境的影响	评估纳米颗粒对肥大细胞功能及基因表达的影响	肥大细胞	免疫学	过敏性疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	四种临床级纳米药物和三种商业研究级纳米材料
1105	2025-04-14	Integrating multiple spatial transcriptomics data using community-enhanced graph contrastive learning 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012948 PMID:40179111	研究论文	提出了一种名为Tacos的社区增强图对比学习方法，用于整合多个空间转录组数据	首次在基于图的方法中考虑了空间结构在切片内和切片间的异质性，并提出了社区增强的图对比学习方法	未明确提及方法的计算复杂度或对大规模数据的适用性	开发一种能够整合不同平台和生物条件下产生的空间转录组数据的方法	来自不同平台和不同生物条件的空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组测序	图对比学习	空间转录组数据	多个真实数据集（具体数量未提及）
1106	2025-04-14	Differential cellular origins of the extracellular matrix of tumor and normal tissues according to colorectal cancer subtypes 2025-Mar-03, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02964-z PMID:40032993	研究论文	通过整合定量蛋白质组学和单细胞RNA测序数据，研究结直肠癌肿瘤微环境中细胞外基质的蛋白异质性及其与癌症亚型的关系	首次整合定量蛋白质组学和scRNA-seq数据，揭示结直肠癌肿瘤微环境中ECM蛋白的细胞来源异质性，并建立细胞-基质组数据库	样本量较小(仅21例患者)，且仅针对结直肠癌进行研究	解析结直肠癌肿瘤微环境中ECM蛋白的异质性及其与癌症亚型的关系	结直肠癌患者肿瘤组织及癌旁正常组织的ECM蛋白	肿瘤微环境研究	结直肠癌	TMT质谱分析、scRNA-Seq、bulk RNA-Seq	CMS分子亚型分类	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	21例CRC患者的24份组织样本(包含肿瘤和癌旁正常组织)
1107	2025-04-14	Vascular heterogeneity of tight junction Claudins guides organotropic metastasis 2024-Sep, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00813-1 PMID:39289595	research paper	研究揭示了血管异质性在器官特异性转移中的作用，特别是通过紧密连接蛋白Claudins的调控	发现Ang2介导的Claudin 5抑制促进肺转移，而Claudins 2和10的抑制则能诱导肾转移，揭示了血管异质性在器官特异性转移中的独立作用	研究主要关注乳腺癌症的肺和肾转移，可能不适用于其他癌症类型或转移器官	探索器官特异性转移的机制	乳腺癌症的肺和肾转移	癌症研究	乳腺癌	单细胞测序分析、功能研究	自发性和植入性转移性乳腺癌症模型	NA	NA
1108	2025-04-13	Multi-omics profiling of acute Pseudomonas aeruginosa pneumonia unmasks conventional NK cell depletion and stage-specific therapeutic targets 2025-Dec, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2025.2490206 PMID:40216004	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了急性铜绿假单胞菌肺炎中常规NK细胞的耗竭及其阶段特异性治疗靶点	首次发现铜绿假单胞菌肺炎早期常规NK细胞(cNK)而非组织驻留NK细胞(trNK)的耗竭现象，并解析了NK细胞亚群异质性动态变化	研究局限于小鼠模型，尚未在人体临床样本中验证	阐明吸入性铜绿假单胞菌感染后宿主先天免疫反应特征	铜绿假单胞菌肺炎小鼠模型	免疫学	肺炎	RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠感染模型	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞数据	未明确说明小鼠数量，但包含多时间点(24h/48h)动态分析
1109	2025-04-13	PLA2G4F is a metabolic checkpoint in triple-negative breast cancer: Insights from multiple omics analysis and experiments 2025-Jun-18, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2025.200963 PMID:40212962	研究论文	本研究通过多组学分析和实验，揭示了PLA2G4F在三阴性乳腺癌（TNBC）中作为代谢检查点的作用	首次发现PLA2G4F在TNBC中作为细胞自主代谢重编程因子的功能，并揭示了其通过激活特定信号通路促进肿瘤细胞增殖、迁移和存活的机制	未明确说明样本量大小，且部分机制仍需进一步验证	探索TNBC的代谢异质性并寻找潜在治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）患者和肿瘤细胞	肿瘤代谢	三阴性乳腺癌	多组学分析（包括单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据、突变谱、微环境特征数据	NA
1110	2025-04-13	Roles of Adam8 in Neuroinflammation in experimental ischemic Stroke: Insights from single-cell and ribosome-bound mRNA sequencing 2025-Jun, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115207 PMID:40064361	研究论文	本研究通过单细胞测序和核糖体结合mRNA测序技术，揭示了Adam8在实验性缺血性中风后神经炎症中的关键作用	首次发现Adam8在中风后神经炎症中的转录和翻译水平上调，并通过抑制Adam8显著改善炎症和神经功能结果	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索中风后神经炎症的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	小鼠模型中的小胶质细胞和Adam8基因	神经科学	中风	单细胞测序, 核糖体结合mRNA测序	小鼠远端大脑中动脉闭塞模型(dMCAO)	测序数据	公开数据集GSE234052和GSE225110
1111	2025-04-13	Redefining macrophage phenotypes after spinal cord injury: An open data approach 2025-Jun, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115222 PMID:40113007	研究论文	本研究通过比较三个不同的单细胞RNA测序数据集，分析了脊髓损伤后巨噬细胞的异质性	采用无偏倚方法识别脊髓损伤后生物学上保守的巨噬细胞群体，强调了数据共享和开放数据在重新定义巨噬细胞异质性中的力量	研究仅分析了7天后的数据，且样本来自年轻雌性小鼠，可能限制了结果的普遍性	重新定义脊髓损伤后的巨噬细胞表型	脊髓损伤后的巨噬细胞	生物信息学	脊髓损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Seurat流程, SingleR	基因表达数据	三个独立研究团队的scRNA-seq数据集，样本来自接受中胸段脊髓挫伤的年轻雌性小鼠
1112	2025-04-13	Organoid-based single cell sequencing revealed the lineage evolution during docetaxel treatment in gastric cancer 2025-Jun-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217617 PMID:40118243	研究论文	通过基于类器官的单细胞测序技术，揭示了胃癌在紫杉醇治疗期间的细胞谱系演变	首次利用胃癌类器官模型结合单细胞RNA测序，系统解析了紫杉醇耐药过程中的细胞群体变化和关键基因调控网络	研究主要基于体外类器官模型，需要进一步临床样本验证	探究胃癌对紫杉醇产生耐药的细胞和分子机制	胃癌类器官模型和胃癌患者样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	类器官模型	单细胞转录组数据	敏感型和耐药型胃癌类器官模型及患者样本（具体数量未明确说明）
1113	2025-04-13	Unveiling the crucial role of CD8+ T cell and endothelial cell interaction in rheumatoid arthritis through the integrated analysis of spatial transcriptomics and bulk/single-cell RNA-seq 2025-Jun, Journal of translational autoimmunity IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.jtauto.2025.100285 PMID:40212397	研究论文	通过整合空间转录组学和大规模/单细胞RNA-seq分析，揭示了CD8+ T细胞与内皮细胞相互作用在类风湿性关节炎中的关键作用	首次通过整合多组学数据，揭示了CD8+ T细胞与内皮细胞通过趋化因子信号通路的相互作用在类风湿性关节炎中的关键作用	研究主要基于公共数据库的二次分析，缺乏实验验证	探究类风湿性关节炎发病机制中关键的细胞间相互作用	类风湿性关节炎患者的CD8+ T细胞和内皮细胞	生物信息学	类风湿性关节炎	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	多个公共数据库数据集(GSE89408, GSE200815, GSE152805, E-MTAB-8322, SDY2213)
1114	2025-04-13	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity and regulatory modules of cell-specific RNA-binding proteins in patients with systemic lupus erythematosus 2025-Jun, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101977 PMID:40212811	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示系统性红斑狼疮患者中RNA结合蛋白的异质性和调控模块	首次在单细胞水平上系统描绘了SLE皮肤微环境中RBPs表达的细胞类型特异性异质性，并整合多组学数据鉴定了JUN和HLA-A作为T细胞中可变剪接程序的核心调控因子	研究基于公开数据集，样本来源有限；未进行实验验证调控网络的功能影响	解析系统性红斑狼疮中RNA结合蛋白的细胞特异性调控机制	SLE患者和健康对照者的皮肤活检组织（角质形成细胞、内皮细胞和T细胞）	单细胞转录组学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq, 批量RNA-Seq, SUVA可变剪接分析	共表达网络模型	单细胞转录组数据、批量转录组数据	公开数据集中的SLE患者和健康对照皮肤样本（具体数量未说明）
1115	2025-04-13	Joint analysis of single-cell RNA sequencing and bulk transcriptome reveals the heterogeneity of the urea cycle of astrocytes in glioblastoma 2025-May, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106835 PMID:39938577	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，揭示了胶质母细胞瘤中星形胶质细胞尿素循环的异质性，并建立了一个预后模型	首次整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，揭示了胶质母细胞瘤中星形胶质细胞尿素循环的异质性，并建立了一个新的预后模型	样本量较小（3对胶质母细胞瘤患者），且仅基于RNA测序数据	研究胶质母细胞瘤中星形胶质细胞尿素循环的异质性并建立预后模型	胶质母细胞瘤患者和星形胶质细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	Cox回归模型、LASSO分析	RNA测序数据、临床数据	3对胶质母细胞瘤患者的scRNA-seq数据，TCGA、CGGA和GEO数据库中的批量RNA-seq数据
1116	2025-04-13	Dual and spatially resolved drought responses in the Arabidopsis leaf mesophyll revealed by single-cell transcriptomics 2025-May, The New phytologist DOI:10.1111/nph.20446 PMID:40033544	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了拟南芥叶片中叶肉细胞对轻度干旱的双重和空间分辨的响应机制	首次在单细胞水平上揭示了叶肉细胞对轻度干旱的双重响应机制，并提供了一个经过验证的单细胞图谱资源	研究仅针对拟南芥的幼叶，结果可能不适用于其他植物或不同发育阶段的叶片	理解植物在细胞水平上对干旱的响应机制，为工程化提高作物的抗旱性提供基础	拟南芥（Arabidopsis thaliana）的幼叶	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	50,797个高质量细胞
1117	2025-04-13	Single-cell and spatial transcriptomics analysis reveals that Pros1+ oligodendrocytes are involved in endogenous neuroprotection after brainstem stroke 2025-May, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106855 PMID:40090471	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了Pros1+少突胶质细胞在脑干卒中后内源性神经保护中的作用	发现了一个新的细胞亚群OLG8细胞，并揭示了Myo1e在促进OLG8细胞分化和减轻缺血性损伤中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究少突胶质细胞在脑干卒中后神经保护中的机制	小鼠脑干卒中模型中的少突胶质细胞	digital pathology	cardiovascular disease	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomic sequencing	mouse model	RNA-seq	NA
1118	2025-04-13	Single-cell transcriptomic analysis reveals AP-1 downregulation remodels bone marrow environment and contributes to osteopenia in ovariectomized mice 2025-May, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.03.001 PMID:40213116	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示AP-1下调重塑骨髓环境并导致卵巢切除小鼠骨质疏松	揭示了AP-1下调通过破坏骨髓稳态导致骨质疏松的新机制，并提出了针对B细胞增殖的IL-7阻断治疗策略	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究雌激素缺乏如何改变骨髓细胞组成和信号通路，特别是AP-1的调控作用及其对破骨细胞生成的影响	卵巢切除小鼠的骨髓细胞	单细胞转录组学	骨质疏松	scRNA-seq	小鼠模型	单细胞RNA测序数据	假手术和卵巢切除小鼠的骨髓细胞
1119	2025-04-13	Accessing genetically defined cell types in the superior colliculus with transgenic mouse lines 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112194 PMID:40212591	研究论文	本研究基于已发表的浅层上丘分子图谱，表征了10种转基因小鼠品系，以研究上丘神经元亚型的功能	揭示了形态学与转录组学神经元类型之间的相关性，并鉴定出可用于基因靶向上丘神经元类型的有用品系	部分测试小鼠中未观察到Cre或荧光表达与特定转录组神经元类型的对应关系	研究上丘神经元亚型的功能	转基因小鼠品系及其在上丘中的神经元亚型	神经科学	NA	转基因技术、单细胞转录组学	NA	分子图谱数据、荧光表达数据	10种转基因小鼠品系
1120	2025-04-13	LncRNA MIR181A1HG Deficiency Attenuates Vascular Inflammation and Atherosclerosis 2025-Apr-11, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325196 PMID:40047069	研究论文	该研究探讨了长链非编码RNA MIR181A1HG在调节血管炎症和动脉粥样硬化中的作用	首次揭示了MIR181A1HG通过诱骗Foxp1远离靶基因启动子并激活血管内皮中的NLRP3炎症小体来驱动血管炎症的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究MIR181A1HG在血管炎症和动脉粥样硬化中的调控作用	内皮细胞、动脉粥样硬化病变	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、荧光素酶报告基因检测、染色质免疫沉淀	MIR181A1HG-/-ApoE-/-小鼠模型	基因表达数据	人类和小鼠动脉粥样硬化病变样本