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当前共找到 34772 篇文献，本页显示第 1101 - 1120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1101 | 2025-12-17 |
Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2025-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.20.629785
PMID:39763720
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研究论文 | 本文提出了一种名为RASP的新型空间感知降维方法，用于高效处理高分辨率空间转录组学数据 | 提出了一种计算效率极高的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，可扩展到超过10万个位置的数据集，并支持灵活整合非转录组协变量 | NA | 开发一种计算高效的方法，用于高分辨率空间转录组学数据的降维和空间域识别 | 人类和小鼠组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 随机化PCA框架 | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium, 10x Xenium, 以及Stereo-Seq和MERFISH技术 |
| 1102 | 2025-12-17 |
HLA-DQB1*03:01 strongly affects age of onset of type 1 narcolepsy independently of DQA1 and ethnicity
2025-Jun-16, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.06.14.25328971
PMID:40585110
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研究论文 | 本研究探讨了HLA-DQB1*03:01对1型发作性睡病发病年龄的影响，通过跨种族数据分析发现该等位基因独立于DQA1和种族背景，显著降低发病年龄 | 首次进行跨种族研究，发现HLA-DQB1*03:01对发病年龄的强烈且独立影响，并通过TCR分析揭示了其可能的作用机制 | 研究依赖于已收集的数据集，且尚未直接识别导致疾病的T细胞，限制了病理生理机制的深入理解 | 探究HLA-DQB1*03:01对1型发作性睡病发病年龄的影响及其与种族和DQA1的独立性 | 5,339例来自中国、欧洲、韩国、日本和美国的1型发作性睡病患者 | 遗传学与免疫学 | 发作性睡病 | GWAS, HLA等位基因推算, TCR分析, 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 遗传数据, RNA-seq数据 | 5,339例患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1103 | 2025-12-17 |
Spatial Transcriptomics Unveils the Blueprint of Mammalian Lung Development
2025-06-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf053
PMID:40493888
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研究论文 | 本研究构建了小鼠肺发育从早期假腺期到肺泡期的全面空间转录组图谱，揭示了基因表达的空间模式、转录因子调控网络及细胞间通讯的动态变化 | 首次整合空间转录组与空间表观基因组数据，识别了早期肺发育中关键的上皮祖细胞eRegulons，并揭示了胶原通路在肺泡AT1和AT2细胞空间汇聚形成初级肺泡中的作用机制 | 研究仅基于小鼠模型，其发现向人类肺发育的转化仍需进一步验证；空间分辨率可能不足以解析所有细胞亚型的微环境 | 解析哺乳动物肺发育过程中空间基因表达模式与调控机制 | 小鼠肺组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，空间表观基因组学 | NA | 空间转录组数据，表观基因组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1104 | 2025-12-17 |
An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.03.657738
PMID:40502179
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研究论文 | 本研究通过整合新数据集与已发表数据，构建了一个更新且经过空间验证的Hydractinia symbiolongicarpus体细胞单细胞图谱 | 整合固定细胞与活细胞数据，显著扩大了细胞数量与转录组深度，发现了新的假定免疫细胞群、神经亚型、两个空间上不同的腺细胞群、一个匍匐茎特异性细胞类型，并完整解析了刺细胞的发育轨迹 | 未明确提及，但可能涉及样本类型（仅来自摄食息肉和匍匐茎组织）或技术整合的潜在偏差 | 构建一个更全面、经过空间验证的单细胞图谱，以深入理解Hydractinia symbiolongicarpus的细胞多样性和动态变化 | Hydractinia symbiolongicarpus（一种用于干细胞和再生研究的刺胞动物模型）的体细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 超过47,000个细胞，来自摄食息肉和匍匐茎组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1105 | 2025-12-17 |
Single-cell transcriptomics reveals probiotic reversal of neonatal morphine-induced gene disruptions underlying adolescent pain hypersensitivity
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657034
PMID:40502161
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了新生儿期吗啡暴露导致青少年小鼠中脑基因表达广泛改变，以及益生菌干预如何逆转这些改变 | 首次提供了新生儿吗啡暴露及益生菌干预后青少年中脑的单细胞RNA测序数据集，揭示了益生菌对早期阿片类药物暴露的神经发育影响的逆转作用 | 研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本，且机制探索可能不够深入 | 探究新生儿吗啡暴露对青少年疼痛通路的长期神经发育影响，以及益生菌干预的潜在治疗作用 | 青少年小鼠的中脑单细胞 | 单细胞转录组学 | 疼痛相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 107,427个中脑单细胞，来自新生儿期暴露于盐水、吗啡或吗啡加益生菌的青少年小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1106 | 2025-12-17 |
EryDB: A Transcriptomic Profile Database for Erythropoiesis and Erythroid-related Diseases
2025-05-30, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae029
PMID:39436241
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研究论文 | 本文介绍了EryDB，一个专为红细胞生成和红细胞相关疾病设计的开放获取转录组数据库，整合了多种物种和疾病的数据 | EryDB是首个全面整合红细胞生成和红细胞相关疾病转录组数据的数据库，支持单细胞和批量RNA测序数据的计算分析 | 数据库目前仅包含三个物种的数据，可能未覆盖所有相关疾病或组织类型 | 构建一个综合数据库以促进红细胞生成和红细胞相关疾病的基因表达数据挖掘和大规模研究 | 红细胞生成过程、红细胞相关疾病以及来自人类、小鼠和斑马鱼的转录组数据 | 生物信息学 | 红细胞相关疾病 | RNA测序（包括单细胞和批量RNA测序） | NA | 转录组数据 | 3803个样本和1,187,119个单细胞，来自107项公共研究 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1107 | 2025-12-17 |
Tissue signatures of human macrophages during homeostasis and activation
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655632
PMID:40501660
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研究论文 | 本研究通过多模态单细胞测序和刺激实验，定义了来自不同组织（肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结）的人类巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性特征 | 首次系统性地定义了人类黏膜和淋巴器官中巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性转录和蛋白特征，并揭示了这些特征在极化刺激下仍能保持 | 研究样本来自器官捐献者，可能无法完全反映所有生理或病理状态；研究聚焦于特定器官，未涵盖所有组织类型 | 阐明人类巨噬细胞在不同组织（尤其是黏膜和淋巴器官）中的身份如何与其居住部位耦合，并在激活和极化过程中维持 | 从器官捐献者分离的肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结组织中的巨噬细胞和单核细胞 | 单细胞组学 | NA | 多模态单细胞测序，刺激实验 | NA | 单细胞转录组数据，蛋白数据 | 来自个体器官捐献者的多个组织样本（肺、小肠、脾、骨髓、淋巴结） | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1108 | 2025-12-17 |
CIEC: Cross-tissue Immune Cell Type Enrichment and Expression Map Visualization for Cancer
2025-05-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae067
PMID:39363510
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研究论文 | 本文介绍了一个名为CIEC的基于网络的应用程序，用于跨组织免疫细胞类型或状态的富集分析和可视化，以探索癌症患者的免疫细胞特征 | 首次开发了一个集成数据库和富集分析的网络应用程序，用于估计跨组织免疫细胞类型或状态，并提供了多组织免疫细胞特征的全面分析界面 | 样本量相对有限（323名患者），且仅覆盖了特定癌症类型和组织的480个样本，可能无法代表所有癌症或免疫细胞状态 | 通过整合单细胞转录组测序数据，构建跨组织免疫细胞类型/状态图谱，以深入理解肿瘤免疫系统并指导癌症免疫生物标志物开发和免疫治疗策略 | 癌症患者的免疫细胞，包括来自原发性肿瘤、邻近正常组织、淋巴结、转移组织和外周血的样本 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞转录组测序 | KOBAS算法 | 单细胞RNA-seq数据 | 323名癌症患者的480个样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1109 | 2025-12-17 |
GUIDING CLUSTERING AND ANNOTATION IN SINGLE-CELL RNA SEQUENCING USING THE AVERAGE OVERLAP METRIC
2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.06.652497
PMID:40654835
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研究论文 | 本文提出了一种基于平均重叠度量的方法，用于指导单细胞RNA测序中的聚类和注释，以改进细胞类型的定义和生物解释 | 引入平均重叠度量来比较差异表达基因的排名列表，从而定义单细胞簇之间的距离，提高了在高度同质群体中检测微小亚群的能力 | 方法在未知细胞身份的未排序数据中应用时，可能仍面临聚类分辨率的挑战，且主要针对T细胞群体进行了验证 | 开发一种稳健的方法来比较和注释单细胞RNA测序中推断的细胞簇，以准确识别细胞类型和亚群 | T细胞群体，包括高度相似但不同的T细胞亚群和未排序小鼠胸腺细胞中的T细胞发育阶段 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1110 | 2025-12-17 |
Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2025-Feb-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6050441/v1
PMID:40034439
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研究论文 | 本文提出了一种名为随机空间主成分分析（RASP）的计算高效方法，用于高分辨率空间转录组数据的降维处理 | RASP采用随机化两阶段PCA框架，结合稀疏矩阵运算和可配置的空间平滑，相比现有方法计算速度提升数个数量级，可处理超过10万个空间位置的数据，并支持非转录组协变量的灵活整合 | NA | 开发一种计算高效的空间感知降维方法，以促进高分辨率空间转录组数据的分析 | 人类和小鼠组织的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 随机化主成分分析（PCA） | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium, 10x Xenium, 以及Stereo-Seq和MERFISH技术 |
| 1111 | 2025-12-17 |
A Bi-Specific T Cell-Engaging Antibody Shows Potent Activity, Specificity, and Tumor Microenvironment Remodeling in Experimental Syngeneic and Genetically Engineered Models of GBM
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.18.628714
PMID:39763755
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研究论文 | 本研究开发了一种靶向IL13Rα2的双特异性T细胞衔接抗体，并在具有完整免疫系统的胶质母细胞瘤小鼠模型中评估了其疗效、作用机制及对肿瘤微环境的重塑作用 | 首次在具有完整免疫系统的原位胶质瘤和基因工程小鼠模型中，系统评估了双特异性T细胞衔接抗体的治疗机制及其对免疫抑制性肿瘤微环境的调控作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证；且仅针对IL13Rα2这一靶点 | 探究双特异性T细胞衔接抗体在胶质母细胞瘤中的治疗机制及对肿瘤微环境的影响 | 表达IL13Rα2的胶质母细胞瘤细胞、小鼠T细胞及肿瘤微环境中的免疫细胞 | NA | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、多色流式细胞术、多重免疫荧光、多参数磁共振成像 | NA | 基因表达数据、影像数据、细胞表型数据 | 多个临床前胶质母细胞瘤模型中的小鼠样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1112 | 2025-12-17 |
Pathogenesis of Germinal Matrix Hemorrhage: Insights from Single-Cell Transcriptomics
2025-01, Annual review of pathology
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综述 | 本文综述了利用单细胞转录组学揭示产前人脑生发基质中神经发生和血管生成的新机制，以及免疫-血管相互作用在其中的关键角色 | 应用单细胞转录组学技术，首次系统揭示了生发基质中免疫-血管相互作用在血管形态发生中的关键作用，以及促炎因子如何破坏该过程导致出血 | 本文为综述性文章，主要总结现有研究进展，未报告新的原始实验数据 | 阐明早产儿生发基质出血的发病机制，探索潜在治疗干预靶点 | 产前人脑生发基质的神经干细胞、血管细胞及免疫细胞 | 单细胞组学 | 新生儿脑出血 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1113 | 2025-12-17 |
Challenges and Opportunities in the Clinical Translation of High-Resolution Spatial Transcriptomics
2025-01, Annual review of pathology
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综述 | 本文综述了高分辨率空间转录组学技术在临床转化中的挑战与机遇，探讨了其在疾病机制识别和个性化治疗指导方面的潜力 | 强调了空间转录组学作为分子显微镜在亚细胞分辨率下数字化基因表达的革命性发展，并讨论了多模态数据与深度学习整合的前景 | 指出了高分辨率空间转录组学技术快速临床转化中仍存在的挑战，如技术整合和临床研究设计复杂性 | 旨在推动空间转录组学技术在临床病理学中的应用，以实现对组织生物学和病理学的整体理解 | 常规收集和存档的临床样本，包括完整组织切片 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学技术 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1114 | 2025-12-17 |
Significance of SUMOylation in breast cancer progression: a comprehensive investigation using single-cell analysis and bioinformatics
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1675874
PMID:41357242
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研究论文 | 本研究利用bulk和单细胞RNA测序，结合生物信息学方法，全面探究了SUMOylation在乳腺癌进展中的作用，并鉴定了预后生物标志物和潜在治疗靶点 | 首次通过整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和机器学习方法，系统性地鉴定了与乳腺癌SUMOylation相关的枢纽基因，并基于这些基因的表达模式将患者分为具有不同预后、免疫和药物反应特征的分子亚型 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床队列验证；单细胞分析样本量相对有限；功能实验验证不足 | 探究SUMOylation在乳腺癌进展中的分子网络，鉴定预后生物标志物和潜在治疗应用 | 乳腺癌组织和正常乳腺组织 | 生物信息学 | 乳腺癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 机器学习 | 机器学习（未指定具体模型） | 转录组数据 | 1,445个乳腺癌样本和113个正常样本（bulk RNA-seq）；单细胞RNA-seq样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1115 | 2025-12-17 |
Identifying cell-type-specific spatially variable genes with ctSVG
2024-Dec-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5655066/v1
PMID:39764138
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ctSVG的计算方法，专门用于在单细胞分辨率下识别Visium HD空间转录组学数据中的细胞类型特异性空间可变基因 | 开发了ctSVG方法，能够准确地将Visium方格分配给细胞，并识别出细胞类型特异性的空间可变基因，这些基因与样本范围的空间可变基因或细胞类型标记基因重叠较少，揭示了新的生物学功能 | NA | 识别细胞类型特异性的空间可变基因，以更充分地利用空间位置信息 | Visium HD空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD空间转录组学平台，单细胞分辨率 |
| 1116 | 2025-12-17 |
Inferring cell differentiation maps from lineage tracing data
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.611835
PMID:39314473
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研究论文 | 本文提出了一种基于潜能概念的数学框架和算法，用于从单细胞谱系追踪数据中推断细胞分化图谱 | 引入潜能概念平衡细胞分化图谱复杂性与谱系树上未观察到的细胞类型转换之间的权衡，相比现有方法更准确地识别分化特征 | 未明确说明算法在更广泛生物系统或噪声数据中的泛化能力 | 推断细胞分化图谱以理解发育过程中的细胞层次结构 | 哺乳动物躯干发育和小鼠造血作用的细胞分化过程 | 机器学习 | NA | 单细胞谱系追踪技术 | NA | 单细胞谱系追踪数据 | NA | NA | 单细胞谱系追踪 | NA | NA |
| 1117 | 2025-12-17 |
The transcriptome of CD14 + CD163 - HLA-DR low monocytes predicts mortality in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2024-Sep-11, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.08.07.24311386
PMID:39211854
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，发现CD14+CD163-HLA-DR低单核细胞的转录组特征与特发性肺纤维化（IPF）患者的死亡率增加相关 | 首次揭示了特定单核细胞亚群的转录组特征与IPF死亡率之间的关联，并开发了基于230个基因的评分算法来预测患者预后 | 样本量相对较小（初始队列仅18名参与者），且研究结果需要在更大规模的独立队列中进一步验证 | 确定与特发性肺纤维化（IPF）死亡率相关的免疫细胞特异性转录组特征 | 特发性肺纤维化（IPF）患者的外周血单核细胞（PBMC）、支气管肺泡灌洗液（BAL）和肺组织样本 | 单细胞转录组学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Cox回归模型、分子亚型评分算法（SAMS） | 转录组数据 | 初始队列18名参与者（包括IPF、COVID-19、COVID-19后间质性肺病和对照），验证队列416名IPF患者来自六个队列，独立验证数据集38名IPF患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1118 | 2025-12-17 |
A single-cell and spatially resolved atlas of human osteosarcomas
2024-08-20, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01598-7
PMID:39164791
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析，构建了人类骨肉瘤的细胞组成和空间组织结构图谱 | 首次提供了人类骨肉瘤的单细胞和空间分辨率转录组学综合分析，构建了细胞元图谱来解析空间转录组数据，并识别了与化疗耐药相关的独特空间生态位 | 未在摘要中明确说明研究的局限性 | 深入理解骨肉瘤的细胞组成、组织结构、功能状态及其对化疗的反应，为靶向治疗提供基础 | 人类骨肉瘤组织 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1119 | 2025-12-17 |
Cell cycle-driven transcriptome maturation confers multilineage competence to cardiopharyngeal progenitors
2024-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604718
PMID:39091743
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研究论文 | 本研究利用海鞘Ciona模型，探索了心脏咽部祖细胞在发育过程中通过细胞周期驱动的转录组成熟获得多谱系能力的机制 | 揭示了转录组成熟过程，包括候选“成熟基因”如Rho GAP编码基因在G2晚期达到峰值，以及行为能力概念，通过多谱系启动和定向不对称分裂影响命运决定 | 研究基于海鞘模型，可能不直接适用于所有脊椎动物系统，且功能验证可能有限 | 探究多谱系能力的获得以及命运决定与细胞周期进程之间的耦合机制 | 心脏咽部祖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1120 | 2025-12-17 |
Unagi: Deep Generative Model for Deciphering Cellular Dynamics and In-Silico Drug Discovery in Complex Diseases
2023-Dec-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3676579/v1
PMID:38196613
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研究论文 | 本文介绍了一种名为UNAGI的深度生成神经网络，用于分析时间序列单细胞转录组数据，以解码复杂疾病中的细胞动态并进行计算机药物发现 | UNAGI是一种专门针对时间序列单细胞转录组数据设计的深度生成模型，能够捕获疾病进展中的复杂细胞动态，并增强药物扰动建模和发现能力 | NA | 开发一种计算工具，用于详细分析疾病进展并进行靶向计算机药物干预 | 时间序列单细胞转录组数据，特别是来自特发性肺纤维化（IPF）患者和COVID数据集的数据 | 机器学习 | 特发性肺纤维化 | 单细胞转录组测序 | 深度生成神经网络 | 时间序列单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |