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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1101 | 2026-06-30 |
Dissecting tumor heterogeneity in colorectal cancer: uncovering the role of BCL2L1+ cells through single-cell analysis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1742767
PMID:41958675
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析结直肠癌原发灶和肝转移灶,发现BCL2L1+肿瘤细胞亚型驱动代谢适应和免疫逃逸,并构建预后风险模型 | 首次通过单细胞测序揭示BCL2L1+肿瘤细胞亚型在结直肠癌肝转移中的富集及其通过CEBPG调控的促存活机制,并建立BTRS风险评分模型用于预后分层 | 单细胞测序样本量有限,且BTRS模型需在独立队列中验证;CEBPG与BCL2L1的调控关系需进一步通过体内实验确认 | 解析结直肠癌肝转移的肿瘤异质性与免疫逃逸机制,寻找潜在治疗靶点 | 结直肠癌原发灶和肝转移灶的肿瘤细胞 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | Seurat, Harmony, inferCNV, CytoTRACE, Slingshot, CellChat, pySCENIC | 单细胞基因表达数据 | 结直肠癌原发灶和肝转移灶样本(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1102 | 2026-06-30 |
Revealing key genes and molecular mechanisms associated with dietary restriction in ulcerative colitis
2026, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2026.1786138
PMID:41959722
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研究论文 | 通过生物信息学分析揭示膳食限制在溃疡性结肠炎中的关键基因及分子机制 | 首次将膳食限制相关基因与溃疡性结肠炎结合,通过机器学习算法识别关键基因并构建深度神经网络模型和诊断列线图,为精准治疗提供新靶点 | 研究依赖于公共数据库的回顾性分析,实验验证仅涉及表达水平,未进行功能机制验证 | 探究膳食限制相关基因在溃疡性结肠炎中的作用,为精准治疗提供新方向 | 溃疡性结肠炎患者相关数据集GSE75214和GSE73661 | 机器学习 | 溃疡性结肠炎 | RNA-seq | 深度神经网络 | 基因表达数据 | 两个数据集(具体样本量未提及) | NA | scRNA-seq | NA | NA |
| 1103 | 2026-06-30 |
Spatial localization of arachidonic acid in human carotid atherosclerotic plaques reveals a pro-inflammatory metabolic program in macrophages
2026, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2026.1786539
PMID:41959723
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研究论文 | 本研究通过空间组学技术揭示花生四烯酸在人类颈动脉粥样硬化斑块中的空间定位及其促炎性代谢程序在巨噬细胞中的作用 | 首次利用空间代谢组学技术直接提供花生四烯酸与炎症细胞在斑块中共定位的空间证据,并揭示“亚油酸-花生四烯酸-白三烯D4”代谢轴的空间动态分布 | 未提供具体局限性信息 | 通过空间组学技术鉴定与动脉粥样硬化疾病进展相关的关键分子,特别是花生四烯酸的促炎作用 | 人类颈动脉粥样硬化斑块组织(稳定与不稳定斑块) | 数字病理学 | 心血管疾病 | 代谢组学、空间代谢组学、单细胞转录组学、基质辅助激光解吸电离质谱成像 | NA | 图像、文本 | 通过颈动脉内膜切除术收集的人类颈动脉斑块组织(具体样本量未提及) | NA | 单细胞转录组学、空间代谢组学 | NA | NA |
| 1104 | 2026-06-30 |
Multifaceted mechanistic exploration of Geranium wilfordii Maxim. in asthma treatment: integrating network pharmacology, machine learning, Mendelian randomization and experimental validation
2026, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2026.1761424
PMID:41960185
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研究论文 | 通过整合网络药理学、机器学习、孟德尔随机化和实验验证,系统探索老鹳草在哮喘治疗中的多层面作用机制 | 首次将UPLC-QE-Orbitrap-MS化合物鉴定、网络药理学、机器学习、孟德尔随机化、分子对接和动物实验等多种方法整合,系统揭示老鹳草通过NOTCH2、HDAC2和MAPK1等关键靶点调节免疫细胞活性治疗哮喘的分子机制 | 研究主要基于公开数据库和动物模型,缺乏临床样本验证,且尚未明确老鹳草中具体活性成分与靶点的直接相互作用 | 阐明老鹳草治疗哮喘的分子机制 | 老鹳草的活性化合物及其抗哮喘分子靶点 | 机器学习 | 哮喘 | UPLC-QE-Orbitrap-MS, 网络药理学, 机器学习, 孟德尔随机化, 分子对接, 单细胞RNA测序 | NA | 化合物数据, 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 公开GEO数据集中的哮喘患者样本和动物模型(具体数量未提供) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1105 | 2026-06-30 |
The LAMB3-ITGA6 axis orchestrates epithelial repair in periodontitis via hemidesmosomal regulation and keratinization modulation
2026, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2026.1764896
PMID:41960183
|
研究论文 | 本研究揭示了在牙周炎中LAMB3-ITGA6轴通过半桥粒调控和角化调节促进上皮修复的机制 | 首次在牙周炎治疗后的上皮修复中鉴定出LAMB3-ITGA6轴作为协调上皮粘附和强度的关键枢纽,并阐明了其通过调控半桥粒和角化过程促进修复的双重作用 | NA | 探究牙周炎治疗后关键半桥粒的调控机制,以促进上皮修复 | 牙周炎患者牙龈组织、人口腔角质形成细胞、小鼠背部全层皮肤伤口模型 | 单细胞测序 | 牙周炎 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 牙周炎患者治疗后的牙龈组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1106 | 2026-06-30 |
Use of Single-Cell Data and scPagwas Analysis to Identify T Cell Subsets and Construct a Prognostic Model for Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/1916444
PMID:41960370
|
研究论文 | 利用单细胞数据和scPagwas分析识别肾透明细胞癌中的T细胞亚群并构建预后模型 | 首次整合单细胞RNA-seq、TCGA-KIRC、GWAS等多组学数据,利用scPagwas算法结合GWAS与scRNA-seq识别高特征相关性的免疫亚群,并构建包含七个风险基因的临床预后模型 | 未提及外部验证队列的多样性及模型在不同人群中的普适性 | 构建新的预后模型以优化肾透明细胞癌的治疗决策、改善临床获益并探索潜在治疗靶点 | 肾透明细胞癌(KIRC)中的T细胞亚群及相关基因 | 机器学习 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | XGBoost, LightGBM | 基因表达数据 | 包括GSE171306、TCGA-KIRC、GWAS及验证数据集GSE29609和E-MTAB-1980 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1107 | 2026-06-30 |
VEGF/ERK activation and PI3K inhibition together drive a vein-to-artery transition in an in vitro model of human angiogenesis
2025-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.17.694993
PMID:41446158
|
研究论文 | 开发了一种人类多能干细胞分化方案,模拟静脉-动脉内皮细胞转化,并揭示VEGF激活与PI3K抑制共同驱动该过程 | 首次建立人类静脉-动脉转化的体外模型,并确定VEGF激活与PI3K抑制是静脉内皮细胞获得动脉身份的最小信号组合 | 还原论系统可能无法完全模拟体内复杂微环境 | 阐明人类静脉-动脉转化的分子机制以改善血运重建疗法 | 人类多能干细胞来源的内皮细胞 | 数字病理学 | 血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人类胚胎公开单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1108 | 2026-06-30 |
Multi-omics characterization of autophagy-related molecular features in intrahepatic cholestasis of pregnancy†
2025-12-16, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf184
PMID:40796229
|
研究论文 | 通过多组学方法系统表征妊娠期肝内胆汁淤积症中与自噬相关的分子特征 | 首次结合非靶向脂质组学、单细胞RNA测序和RNA测序数据,系统揭示自噬在ICP胎盘中的脂质改变、细胞和基因表达,并发现自噬基因TNFSF10可作为潜在治疗靶点 | NA | 阐明自噬在妊娠期肝内胆汁淤积症发病机制中的作用 | 妊娠期肝内胆汁淤积症患者的胎盘组织、细胞及动物模型 | 机器学习 | 妊娠期肝内胆汁淤积症 | 非靶向脂质组学、单细胞RNA测序、RNA测序 | NA | 测序数据、脂质组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1109 | 2026-06-30 |
eNAMPT Is a Novel DAMP and Therapeutic Target in Human and Murine Pulmonary Fibrosis
2025-10, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0342OC
PMID:40126452
|
研究论文 | 本研究探讨eNAMPT作为人类和小鼠肺纤维化新型DAMP及治疗靶点的作用 | 首次证明eNAMPT中和抗体ALT-100在人类和小鼠肺纤维化中的治疗潜力,并揭示其逆转肺泡II型上皮细胞扩增及内皮/上皮-间质转化的机制 | 仅基于体外和小鼠模型,缺乏大规模临床试验验证;未明确eNAMPT/TLR4信号通路在其他纤维化疾病中的通用性 | 评估eNAMPT作为特发性肺纤维化治疗靶点的可行性 | 人类IPF患者血液、PBMC和肺组织;博来霉素诱导的C57Bl6小鼠肺纤维化模型 | 机器学习 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | 未见明确模型类型 | 基因表达数据、组织学图像 | 人类IPF患者样本(具体数量未说明);小鼠模型(C57Bl6小鼠) | 未见明确 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | 未见明确 | NA |
| 1110 | 2026-06-30 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies a Unique Macrophage Population in a Mouse Model of Ozone-induced Asthma Exacerbation
2025-10, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0358OC
PMID:40106801
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序鉴定小鼠臭氧诱导哮喘加重模型中独特的巨噬细胞群体 | 首次通过单细胞RNA测序无偏分析臭氧暴露后过敏性肺部炎症中的免疫细胞群,发现与臭氧诱导气道高反应性相关的独特巨噬细胞和单核细胞亚群 | NA | 探究臭氧吸入触发哮喘气道高反应性的免疫细胞机制 | 小鼠肺部免疫细胞,特别是肺泡巨噬细胞和单核细胞 | 单细胞测序 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1111 | 2026-06-30 |
A Functional Variant rs2122031 in ATG7 Is Associated with the Risk of Radiation Pneumonitis
2025-08, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0238OC
PMID:39847703
|
研究论文 | 研究发现ATG7基因的功能性变异rs2122031与放射性肺炎风险相关 | 首次发现自噬相关基因的功能性遗传变异与放射性肺炎风险之间的关联 | 样本量较小(301名患者),需要更大规模研究验证 | 探究自噬相关基因的遗传变异是否与放射性肺炎相关 | 301名接受放疗的患者 | 机器学习和生物信息学 | 放射性肺炎 | MassArray测序, Sanger测序, qRT-PCR, 免疫组化, 单细胞RNA测序 | 多变量Cox风险分析 | 基因型数据, 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 301名患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1112 | 2026-06-30 |
Comparison of Droplet- and Microwell-based Methods to Analyze Cryopreserved Human BAL Cells by Single-Cell RNA Sequencing
2025-07, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0467MA
PMID:40392631
|
研究论文 | 比较基于液滴和微孔两种方法对冷冻保存的人支气管肺泡灌洗液细胞进行单细胞RNA测序的分析效果 | 首次系统比较了液滴法和微孔法在冷冻保存人BALF细胞进行单细胞RNA测序中的性能差异,并评估了两种方法对不同细胞类型的转录本捕获能力 | 样本量较小(仅4例BALF样本),且液滴法初始需要更多细胞用于固定和冷冻保存 | 克服使用新鲜人样本进行单细胞RNA测序的后勤挑战,比较两种冷冻保存和测序方法的可行性 | 人支气管肺泡灌洗液细胞,包括肺泡巨噬细胞、上皮细胞、肥大细胞、T细胞、中性粒细胞和嗜酸性粒细胞 | 单细胞转录组学 | 肺部疾病(支气管肺泡灌洗相关诊断) | 单细胞RNA测序,液滴法,微孔法 | NA | 单细胞转录组数据 | 4例人支气管肺泡灌洗液样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 液滴法使用10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 1113 | 2026-06-30 |
Targeting the Epigenetic Regulator CBX5 Promotes Fibroblast Metabolic Reprogramming and Inhibits Lung Fibrosis
2025-06, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0255OC
PMID:39642371
|
研究论文 | 揭示表观遗传调节因子CBX5促进肺成纤维细胞代谢重编程并抑制肺纤维化的机制 | 首次发现CBX5连接表观遗传异常与代谢失调,驱动成纤维细胞持续活化,并验证其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,需进一步在人体中验证CBX5抑制剂的疗效和安全性 | 阐明表观遗传调节因子CBX5如何调控成纤维细胞代谢反应,促进肺纤维化进展 | 特发性肺纤维化(IPF)患者和博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中的肺成纤维细胞 | 机器学习 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫组织化学、代谢评估 | NA | 基因表达数据、组织切片图像 | IPF患者肺组织和小鼠肺组织样本 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序平台用于单细胞RNA测序,Illumina NovaSeq用于批量RNA测序 |
| 1114 | 2026-06-30 |
Comprehensive Multi-Omics Analysis of Copper Metabolism Related Molecular Subtypes and Prognostic Risk Stratification in Colon Adenocarcinoma
2025-05, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70591
PMID:40391581
|
研究论文 | 对结肠腺癌中铜代谢相关分子亚型进行综合多组学分析并构建预后风险分层模型 | 首次基于铜代谢相关基因全面分析结肠腺癌的分子亚型并构建预后风险模型,结合单细胞测序揭示铜代谢基因在肿瘤微环境中的空间和细胞分布,并通过体外实验验证COX19基因促进肿瘤细胞侵袭和增殖的功能 | 研究主要基于公共数据库数据,缺乏大规模独立临床样本的外部验证,体外实验未进行动物模型验证 | 探究铜代谢相关基因在结肠腺癌预后和肿瘤微环境中的作用机制 | 结肠腺癌细胞和组织样本 | 机器学习 | 结肠癌 | RNA-seq, 单细胞测序, western blot, PCR, siRNA, 集落形成实验, Transwell实验 | 风险模型 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | TCGA和GEO数据库中的结肠腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1115 | 2026-06-30 |
Deciphering the Complexities of Pulmonary Hypertension: The Emergent Role of Single-Cell Omics
2025-01, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0145PS
PMID:39141563
|
综述 | 本文综述了单细胞组学在肺动脉高压研究中的关键进展,深入探讨了这些技术如何开启理解这一复杂疾病的新纪元 | 通过单细胞转录组学技术,以更高分辨率解析肺部的细胞生态系统,识别传统批量分析中隐藏的新型治疗靶点,并利用连接组分析揭示细胞相互作用和亚型转化 | 包括需要提高单细胞RNA测序分辨率以捕捉更细微的细胞变化,克服人体组织样本处理的后勤障碍,以及整合多种组学方法的必要性 | 阐述单细胞组学在肺动脉高压研究中的应用和前景,推动精准医疗的实现 | 肺动脉高压相关的细胞类型,如内皮细胞、平滑肌细胞、周细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 综述论文,未涉及具体样本量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1116 | 2026-06-30 |
LSD1/KDM1A and GFI1B repress endothelial fate and induce hematopoietic fate in induced pluripotent stem cell-derived hemogenic endothelium
2024-12-01, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2024.285214
PMID:38961746
|
研究论文 | 研究LSD1/KDM1A和GFI1B在诱导多能干细胞来源的血源性内皮细胞中抑制内皮命运并诱导造血命运的作用 | 发现LSD1/KDM1A和GFI1B在内皮-造血转化过程中不同细胞亚群的不同时间点发挥作用,且GFI1B在未定型血源性内皮细胞中不表达但异位表达可促进部分造血特化 | 未明确GFI1B在未定型血源性内皮细胞中不表达时的具体调控机制,且造血输出完全缺失的条件仅限于健康细胞系中LSD1/KDM1A抑制 | 阐明转录因子GFI1B及其辅因子LSD1/KDM1A在内皮-造血转化中的调控机制 | 诱导多能干细胞来源的血源性内皮细胞 | 数字病理学 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 基因表达数据 | 患者来源的iPSC系(GFI1B Q287*功能缺失)和健康iPSC系 | 不适用 | 单细胞RNA-seq | 不适用 | 不适用 |
| 1117 | 2026-06-30 |
Beyond the Heartbeat: Single-Cell Omics Redefining Cardiovascular Research
2024-11, Current cardiology reports
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s11886-024-02117-3
PMID:39158785
|
综述 | 综述单细胞组学技术在人类心脏各区域的应用进展,揭示细胞多样性、调控网络和疾病机制 | 系统整合单细胞转录组学、基因组学、蛋白质组学、表观基因组学和空间转录组学在心脏研究中的贡献,强调整合单细胞组学在心脏再生、疾病建模和精准医学中的转化潜力 | 未明确说明局限性 | 探索单细胞组学技术在人类心脏研究中的应用,阐明细胞组成、异质性和分子动态 | 人类心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞组学 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞转录组学, 单细胞基因组学, 单细胞蛋白质组学, 单细胞表观基因组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1118 | 2026-06-30 |
s CIRCLE-An interactive visual exploration tool for single cell RNA-Seq data
2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae084
PMID:39022325
|
研究论文 | CIRCLE是一款用于单细胞RNA-seq数据探索性分析的交互式可视化工具,特别关注细菌单细胞RNA-seq | 从信息设计角度重新构想单细胞RNA-seq数据低维表示的视觉和交互式探索,提供实时3D和2D投影及丰富的元数据查询功能 | 未提及具体局限性 | 开发用于单细胞RNA-seq数据探索性分析的交互式可视化工具 | 单细胞RNA-seq数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1119 | 2026-06-30 |
Cell Culture Differentiation and Proliferation Conditions Influence the In Vitro Regeneration of the Human Airway Epithelium
2024-09, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2023-0356MA
PMID:38843491
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研究论文 | 本研究评估不同培养基对气液界面培养的人气道上皮细胞类型分布的影响 | 首次使用单细胞RNA测序全面比较四种培养基对气道上皮细胞组成、基因表达、信号传导和形态的影响,并揭示增殖培养基对分泌细胞命运的决定作用 | 未提及具体局限性 | 评估不同培养基对气液界面培养的人气道上皮细胞分化和增殖的影响 | 人原代气道上皮细胞 | 数字病理学 | 呼吸道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、图像 | 使用原代细胞培养,未明确样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞RNA测序 |
| 1120 | 2026-06-30 |
Lung Fibrosis Is Linked to Increased Endothelial Cell Activation and Dysfunctional Vascular Barrier Integrity
2024-09, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0046OC
PMID:38843440
|
研究论文 | 通过透射电子显微镜、免疫组织化学和单细胞RNA测序分析肺纤维化患者与供体肺血管差异,揭示内皮细胞异常活化及血管屏障功能障碍 | 首次系统阐明肺纤维化中不同内皮亚群(动脉、静脉、毛细血管、肺泡细胞)的基因表达变化及其与血管屏障功能的关系 | 未揭示内皮功能障碍与纤维化进展的因果关系,且样本量有限 | 探究肺纤维化中肺血管内皮细胞的病理变化及其在疾病发病机制中的作用 | 肺纤维化患者和健康供体的肺组织及血浆样本 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、透射电子显微镜、免疫组织化学、ELISA | NA | 图像、文本、数值 | 肺纤维化患者与健康供体肺组织及血浆样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |