单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1101	2025-07-20	Spatial transcriptomics deconvolution methods generalize well to spatial chromatin accessibility data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf268 PMID:40662813	研究论文	本研究评估了五种空间转录组去卷积方法在空间染色质可及性数据上的适用性，并开发了一个模拟框架进行比较	首次系统评估RNA去卷积方法在染色质可及性数据上的表现，并开发了跨模态比较的模拟框架	在解析稀有细胞类型时，染色质可及性去卷积表现略逊于RNA去卷积	评估现有空间转录组去卷积方法在空间染色质可及性数据上的适用性	空间染色质可及性数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	空间染色质可及性分析、空间转录组分析	Cell2location、RCTD	空间多组学数据	基于模拟框架生成的数据集（具体数量未说明）
1102	2025-07-20	Cancer stem cells: Bridging microenvironmental interactions and clinical therapy 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70406 PMID:40665579	综述	本文综述了癌症干细胞（CSCs）的生物学特性、分子调控机制及其与肿瘤微环境的复杂相互作用，并探讨了靶向CSCs的治疗策略及其临床转化挑战	系统整合了CSC的基础机制与临床转化研究，为理解肿瘤生物学和开发精准治疗策略提供了全面框架	未明确提及具体研究的样本量或实验数据限制	探讨癌症干细胞在肿瘤发生、转移、复发和治疗抵抗中的作用，并评估靶向CSCs的治疗策略	癌症干细胞（CSCs）及其与肿瘤微环境的相互作用	肿瘤生物学	癌症	多组学分析、谱系追踪、单细胞测序技术	NA	NA	NA
1103	2025-07-20	The CXCL16/CXCR6 axis is linked to immune effector cell-associated neurotoxicity in chimeric antigen receptor (CAR) T cell therapy 2025-Jun-30, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01498-6 PMID:40588764	研究论文	探讨CXCL16/CXCR6轴在CAR T细胞治疗中免疫效应细胞相关神经毒性综合征(ICANS)中的作用	首次发现CXCR6+ T细胞在ICANS中的富集及其与CXCL16表达髓系细胞的空间关联，为ICANS的发病机制提供了新的分子机制解释	样本量较小(n=11)，且部分数据来自单个死亡病例的尸检组织	阐明CAR T细胞治疗中ICANS的潜在分子机制	接受CAR T细胞治疗后发生ICANS的患者(n=11)及其对照样本	免疫治疗	神经毒性综合征	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、多模态空间转录组学、免疫荧光	NA	外周血和脑脊液样本、尸检脑组织	11例ICANS患者(分级:1级3例，2级4例，3级1例，4级3例)及对照组样本
1104	2025-07-20	The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia 2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.16.647417 PMID:40568142	research paper	该研究揭示了前庭毛细胞中动纤毛的双重分子特性，结合了初级纤毛和运动纤毛的结构与功能特征	首次定义了动纤毛作为一种独特细胞器，具有初级纤毛和运动纤毛的分子特征，并支持其作为毛束内主动力生成元件的新作用	动纤毛在结构和分子组成方面的定义仍不完全	阐明前庭毛细胞中动纤毛的结构、分子组成和功能特性	前庭毛细胞和耳蜗毛细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、免疫染色、活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	成年前庭和耳蜗毛细胞、斑马鱼和人类前庭毛细胞、牛蛙和小鼠壶腹嵴毛细胞
1105	2025-07-20	Regulatory TCRαβ+ Double Negative T Cells Suppress γδ T Cells and Alleviate Colitis 2025-Jun-10, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101553 PMID:40505772	研究论文	研究探讨了调节性TCRαβ+双阴性T细胞（DNT）在结肠炎中的作用及其通过抑制γδ T细胞缓解炎症的机制	揭示了DNT细胞通过E-cadherin和NKG2D增强对γδ T细胞的细胞毒性，从而缓解结肠炎的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类DNT细胞的作用尚需进一步验证	探究调节性DNT细胞在结肠炎中的免疫调节作用及其治疗潜力	小鼠结肠炎模型中的DNT细胞和γδ T细胞	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序和细胞过继转移	NA	基因表达数据和细胞表型数据	小鼠模型中的DNT细胞和γδ T细胞群体
1106	2025-07-20	Mesenchymal Stem Cells and Fibroblasts Contribute to Microvascular Proliferation in Glioblastoma and are Correlated with Immunosuppression and Poor Outcome 2025-Jun-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0743 PMID:40131028	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤中的微血管增殖（MVP）机制，揭示了间充质干细胞和成纤维细胞在MVP中的作用及其与免疫抑制和不良预后的关联	首次在胶质母细胞瘤中通过单细胞RNA测序鉴定了与MVP相关的间充质干细胞和成纤维细胞，并发现了PDGFRB作为驱动基因的新作用	研究样本量较小（16例），且仅针对原发性胶质瘤患者	探究胶质母细胞瘤中微血管增殖的机制及其与免疫抑制的关系	16例原发性胶质瘤患者的CD45-CD105+血管/血管周围基质细胞和CD45+CD105±免疫细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序，RNA速度分析，数字空间分析	NA	RNA测序数据	16例原发性胶质瘤患者样本
1107	2025-07-20	Transcriptomic profiling of senescence effects on blood-brain barrier-related gene expression in brain capillary endothelial cells in a mouse model of paclitaxel-induced chemobrain 2025-Jun, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01561-5 PMID:39976844	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了紫杉醇诱导的脑毛细血管内皮细胞衰老对血脑屏障相关基因表达的影响	首次揭示了紫杉醇通过诱导内皮细胞衰老导致血脑屏障功能障碍的转录组学机制，并发现VTN和PTN通路在衰老状态中的富集	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究紫杉醇诱导的内皮细胞衰老如何影响血脑屏障完整性的基因表达模式	紫杉醇处理的小鼠脑毛细血管内皮细胞	转录组学	化疗相关认知障碍	scRNA-seq	小鼠模型	转录组数据	紫杉醇处理组和对照组小鼠的脑组织样本
1108	2025-07-20	Decoding muscle-resident Schwann cell dynamics during neuromuscular junction remodeling 2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.06.561193 PMID:38370853	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术解析了肌肉驻留雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的作用	发现了一种新型的终末雪旺细胞亚型，其在去神经-再神经循环中起关键作用，并揭示了SPP1信号作为神经肌肉接头动态的关键调节因子	研究主要基于动物模型，结果向人类应用的转化需要进一步验证	探索肌肉驻留雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的贡献	肌肉驻留雪旺细胞和神经肌肉接头	生物医学研究	神经肌肉和神经退行性疾病	scRNA-Seq	NA	RNA测序数据	NA
1109	2025-07-20	Reactivation of CTLA4-expressing T cells accelerates resolution of lung fibrosis in a humanized mouse model 2025-May-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181775 PMID:40100323	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，发现CTLA4在CD8+ T细胞中的上调与肺纤维化相关，并证明靶向CTLA4的药物ipilimumab能加速肺上皮再生和减少纤维化	首次发现CTLA4在CD8+ T细胞中的表达与肺纤维化区域相邻，并证明ipilimumab治疗能通过扩增Cd3e+ T细胞和减少衰老细胞积累来促进纤维化消退	研究仅在人类化小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究CTLA4表达T细胞在肺纤维化消退中的作用机制	人类特发性肺纤维化患者样本和重复博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型	免疫学	肺纤维化	空间转录组学、蛋白质组学	人类化CTLA4敲入小鼠模型	转录组数据、蛋白质表达数据	人类特发性肺纤维化患者样本和重复博来霉素诱导的小鼠模型
1110	2025-07-20	Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09010-1 PMID:40369074	研究论文	利用空间转录组学技术揭示人类大脑皮层分层和区域特化的分子基础	首次结合MERFISH空间转录组与深度学习核分割技术，在单细胞分辨率构建了涵盖7个发育时间点、8个皮层区域、超1800万细胞的空间图谱，发现了皮层区域分化的两种新模式（连续梯度式与V1-V2间的离散突变式），并挑战了传统的中孕期皮层区域化仅存在梯度变化的观点	研究仅聚焦胎儿发育阶段，未涵盖出生后皮层发育过程；MERFISH技术检测的基因数量有限于预选panel	解析人类大脑皮层分层与区域特化的时空发育规律	人类胎儿大脑皮层（7个发育时间点，8个皮层区域）	空间转录组学	NA	MERFISH（多重抗错荧光原位杂交）、单核RNA测序、深度学习核分割	深度学习（核分割）	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	超过1800万个单细胞，覆盖7个发育时间点和8个皮层区域
1111	2025-07-20	[Single-cell analysis of immune-lineage features in T-cell large granular lymphocytic leukemia] 2025-May-14, Zhonghua xue ye xue za zhi = Zhonghua xueyexue zazhi DOI:10.3760/cma.j.cn121090-20241125-00479 PMID:40623905	研究论文	通过单细胞转录组测序技术研究T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）免疫谱系的变化及其致病机制	首次在单细胞水平上揭示了T-LGLL患者的免疫谱系特征，包括效应CD8+ T细胞的异常激活与扩增、Treg细胞比例减少及功能受损，以及APCs和NK细胞对T淋巴细胞的正向调控作用	样本量较小（5例患者和3例健康对照），且仅基于转录组数据，未进行蛋白水平验证	探究T-LGLL的免疫谱系变化及其致病机制	T-LGLL患者和健康对照的外周血免疫细胞	单细胞转录组学	T细胞大颗粒淋巴细胞白血病	单细胞转录组测序（10× Genomics）	NA	单细胞转录组数据	5例T-LGLL患者（治疗前后）和3例健康对照
1112	2025-07-20	POPARI: Modeling multisample variation in spatial transcriptomics 2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.08.652741 PMID:40462963	研究论文	介绍了一种名为Popari的概率图模型，用于多样本空间转录组数据的因子分解，以捕捉空间组织的条件特异性变化	Popari模型通过差异先验和空间降采样技术，实现了多分辨率层次分析，并在多样本和多分辨率空间指标上优于现有方法	未明确提及	开发一种用于多样本空间转录组数据整合和分析的方法	多样本空间转录组数据	空间转录组学	阿尔茨海默病（AD）、卵巢癌	空间转录组学技术（STARmap PLUS、Slide-TCR-seq、CosMx）	概率图模型	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠大脑、胸腺和卵巢癌样本
1113	2025-07-20	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2025-May-08, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf045 PMID:40036847	研究论文	本文报道了首个小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊中分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	首次构建了小鼠精囊的单细胞转录组图谱，定义了负责产生精液的上皮细胞和免疫细胞群体	研究仅基于小鼠模型，结果向人类转化的适用性有待验证	理解精囊这一研究不足的生殖器官的细胞组成及其功能	小鼠精囊组织	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
1114	2025-07-20	Emerging Techniques in Spatial Multiomics: Fundamental Principles and Applications to Dermatology 2025-May, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.09.006 PMID:39503694	review	本文综述了空间多组学技术在皮肤学研究中的基本原理、优势、局限性和应用潜力	空间多组学技术能够同时捕获DNA、基因组可及性、组蛋白修饰和蛋白质，具有空间分辨的单细胞分辨率	技术尚处于早期阶段，可能存在数据解析和整合的挑战	探讨空间多组学技术在皮肤学研究中的应用	皮肤组织的分子病理学	digital pathology	dermatology	spatial multi-omic technologies	NA	genomic, proteomic, epigenomic data	NA
1115	2025-07-20	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Apr-29, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	本研究评估了空间转录组学技术在临床来源的人类组织中的技术可重复性、数据标准化方法和检测灵敏度	比较了数字空间分析和单分子成像两种空间转录组学平台的性能，并探讨了标准化方法对数据生物学解释的影响	研究主要集中在一项广泛使用的空间转录组学方法上，可能无法代表所有相关技术	评估空间转录组学技术在临床研究和诊断中的适用性	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学分析，数字空间分析，单分子成像	NA	基因表达数据	临床来源的人类肾脏组织和活检样本（具体数量未提及）
1116	2025-07-20	A cohort of highly activated CD99- CD72+ B cells promoting autoimmune progression in juvenile systemic lupus erythematosus 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114466 PMID:40090085	研究论文	本文发现了一类在青少年系统性红斑狼疮中高度活化的CD99- CD72+ B细胞亚群，该亚群通过表达高水平的TLR7促进自身免疫反应	首次鉴定出CD72 BCs这一关键过渡细胞群体，其在系统性红斑狼疮中连接初始B细胞和浆细胞分化过程	未明确CD72 BCs的具体分子调控机制及其在疾病不同阶段的动态变化	探究青少年系统性红斑狼疮中B细胞亚群的致病机制	CD99- CD72+ B细胞亚群	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(RNA-seq)、多组学整合分析	NA	基因表达数据	未明确样本数量（青少年SLE患者）
1117	2025-07-20	A Spatial Multi-Omic Framework Identifies Gliomas Permissive to TIL Expansion 2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.26.645566 PMID:40236001	研究论文	该研究通过多模态分析识别了允许肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）扩增的胶质瘤的基因组和空间决定因素	整合了光谱流式细胞术、TCR测序、单细胞RNA-seq、Xenium原位转录组学和CODEX空间蛋白质组学等多种技术，揭示了TIL扩增成功的相关因素	研究主要聚焦于高级别胶质瘤，可能不适用于其他类型的免疫排斥性肿瘤	识别TIL扩增的基因组和空间决定因素，为细胞免疫治疗提供选择平台	高级别胶质瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	光谱流式细胞术, TCR测序, 单细胞RNA-seq, Xenium原位转录组学, CODEX空间蛋白质组学	NA	基因组数据, 空间蛋白质组数据, 转录组数据	NA
1118	2025-07-20	eNAMPT Is a Novel DAMP and Therapeutic Target in Human and Murine Pulmonary Fibrosis 2025-Mar-24, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0342OC PMID:40126452	研究论文	该研究探讨了eNAMPT作为人类和临床前IPF治疗靶点的潜力，并评估了ALT-100单克隆抗体的治疗效果	首次将eNAMPT鉴定为肺纤维化的新型DAMP和治疗靶点，并验证了ALT-100单抗的治疗效果	研究主要基于动物模型和小样本人类数据，需要更大规模的临床试验验证	探索肺纤维化的新型治疗靶点和策略	人类IPF患者和实验性博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型	肺部疾病研究	肺纤维化	单细胞RNA测序(scRNAseq)、批量RNA测序	NA	血液、PBMCs、肺组织样本的生化、组织学和基因表达数据	人类IPF患者样本和C57Bl6小鼠模型
1119	2025-07-20	Tracking HIV persistence across T cell lineages during early ART-treated HIV-1-infection using a reservoir-marking humanized mouse model 2025-Mar-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57368-7 PMID:40044684	研究论文	本文介绍了一种名为HILT的系统，用于在人类化小鼠模型中追踪HIV-1感染早期ART治疗期间病毒在不同T细胞谱系中的持久性	开发了HIV-1诱导的谱系追踪（HILT）系统，能够不可逆地标记感染细胞，检测罕见的潜伏感染细胞	研究基于人类化小鼠模型，可能无法完全反映人类免疫系统的复杂性	研究HIV-1在ART治疗期间在不同T细胞谱系中的持久性机制	HIV-1感染的人类化小鼠模型中的CD4 T细胞	病毒学	HIV感染	单细胞RNA测序	人类化小鼠模型	基因表达数据	免疫缺陷小鼠移植基因修饰造血干细胞后形成的人类免疫系统
1120	2025-07-20	CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions 2025-Mar-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.016 PMID:39814010	研究论文	该研究开发了一种名为iAssembloids的3D共培养系统，用于研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其对神经元存活的影响	利用CRISPRi筛选技术在iAssembloids系统中揭示了GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激反应的机制，并研究了APOE-ε4对神经元存活的影响	研究基于体外培养系统，可能与体内环境存在差异	阐明神经元与胶质细胞相互作用的分子机制	iPSC衍生的神经元和胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPRi筛选、单细胞转录组学	iAssembloids 3D共培养系统	基因表达数据	NA