单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1101	2025-05-27	Machine Learning and Mendelian Randomization Reveal a Tumor Immune Cell Profile for Predicting Bladder Cancer Risk and Immunotherapy Outcomes 2025-Jun, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.01.016 PMID:40122457	研究论文	本研究旨在利用肿瘤浸润免疫细胞（TIIC）相关基因开发膀胱癌（BLCA）的预测模型	构建了一个新的TIIC特征评分，用于BLCA的预后和免疫治疗预测，并发现该评分与患者生存状态、肿瘤分期及PD-L1免疫治疗反应显著相关	未发现非癌性膀胱状况与BLCA之间的显著统计学关联，仅在SNP位点rs3763840上发现显著关联	开发膀胱癌的预测模型并评估其预后和免疫治疗反应	膀胱癌患者及其肿瘤浸润免疫细胞相关基因	机器学习	膀胱癌	RNA表达数据分析、scRNA-seq、孟德尔随机化	20种机器学习算法	RNA表达数据、单细胞RNA测序数据	来自TCGA和GEO数据库的多个RNA表达数据集和scRNA-seq数据
1102	2025-05-27	Autophagy-related gene SQSTM1 predicts the prognosis of hepatocellular carcinoma 2025-Jun, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110358 PMID:40378566	研究论文	本研究通过结合生物信息学和实验方法，构建了一个基于自噬相关基因的预测模型，以预测肝细胞癌（HCC）的预后，并筛选出核心基因SQSTM1作为潜在的治疗靶点	构建了一个新的基于自噬相关基因的风险预测模型，并验证了其优于现有模型的预测性能，同时发现SQSTM1在肿瘤相关巨噬细胞中显著富集，可作为独立的预后因素	研究依赖于公开数据集（TCGA、GEO、ICGC）的数据，可能受限于数据的质量和样本量	阐明自噬通路在HCC中的作用，并识别潜在的治疗靶点，以改善HCC的诊断和治疗	肝细胞癌（HCC）患者及其相关基因表达数据	生物信息学	肝细胞癌	生物信息学分析、单细胞测序、药物敏感性分析	机器学习模型	基因表达数据	TCGA、GEO和ICGC数据集中的HCC样本
1103	2025-05-27	Spatiotemporal transcriptome atlas of developing mouse lung 2025-May-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.03.012 PMID:40118721	research paper	该研究通过高通量空间转录组学技术，构建了小鼠肺部发育的时空转录组图谱，涵盖了从E12.5到P0的关键发育事件	首次报道了发育中肺部的全面时空转录组图谱，整合了单细胞RNA测序数据，识别了10个对功能性肺组织至关重要的空间域	研究仅限于小鼠模型，未直接验证人类肺部发育的相关性	理解哺乳动物肺部的功能发育过程及其分子机制	发育中的小鼠肺部	空间转录组学	NA	高通量空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从小鼠E12.5到P0的肺部发育阶段
1104	2025-05-27	An automatic annotation tool and reference database for T cell subtypes and states at single-cell resolution 2025-May-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.02.043 PMID:40157887	research paper	该研究构建了一个包含1,348,268个T细胞的人类T细胞参考数据库，并开发了一个名为STCAT的自动注释工具，用于从单细胞RNA测序数据中自动注释T细胞亚型和状态	构建了最大的人类T细胞参考数据库，开发了STCAT自动注释工具，其准确率比现有工具高28%，并创建了TCellAtlas数据库供用户浏览和分析数据	NA	为T细胞亚型和状态提供一个参考列表和自动注释工具，以促进T细胞免疫和肿瘤免疫学研究	人类T细胞	生物信息学	lung cancer, COVID-19, ovarian cancer	scRNA-seq	hierarchical models	单细胞RNA测序数据	1,348,268个T细胞，来自35种条件和16种组织
1105	2025-05-27	Integrative Analysis of Bulk Multiomics and Single-Cell Transcriptomics Elucidates Age-Related Molecular Landscape Alterations in Cervical Cancer 2025-May-26, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-025-17464-w PMID:40415156	研究论文	通过整合分析批量多组学和单细胞转录组学数据，揭示了宫颈癌中与年龄相关的分子景观变化	首次对不同年龄段的宫颈癌患者进行全面的分子特征比较，包括转录组、免疫微环境、基因组和表观遗传特征，并结合单细胞RNA测序数据验证	样本量相对有限，尤其是单细胞RNA测序数据仅来自11个样本	探究不同年龄段宫颈癌患者的分子特征差异，为年龄特异性治疗策略提供依据	307名宫颈癌患者的临床和多组学数据，以及11个宫颈癌样本的单细胞RNA测序数据	数字病理学	宫颈癌	批量多组学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据、基因组数据、表观遗传数据、单细胞RNA测序数据	307名患者(TCGA数据库) + 11个单细胞样本(GEO数据库)
1106	2025-05-27	Spatial Transcriptomic Analysis Reveals HDAC Inhibition Modulates Microglial Dynamics to Protect Against Ischemic Stroke in Mice 2025-May-26, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70035 PMID:40415727	研究论文	通过空间转录组分析揭示HDAC抑制通过调节小胶质细胞动态以保护小鼠免受缺血性中风的影响	首次利用空间转录组学和3D形态重建技术研究HDAC抑制剂对小胶质细胞转录组和形态表型的影响，揭示了其促进缺血半影区修复性神经保护表型的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究HDAC抑制剂如何通过表观遗传调控小胶质细胞活性来改善缺血性中风	缺血性中风小鼠模型中的小胶质细胞	神经科学	缺血性中风	空间转录组学, 3D形态重建	啮齿动物中风模型	转录组数据, 形态数据	未明确说明数量的小鼠样本
1107	2025-05-27	Mapping the peripheral immune landscape of Parkinson's disease patients with single-cell sequencing 2025-May-26, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awaf066 PMID:40417848	研究论文	通过单细胞测序技术绘制帕金森病患者外周免疫细胞图谱，揭示疾病相关免疫特征	首次全面描绘帕金森病患者外周免疫细胞的转录组变化，发现特定免疫细胞亚型的激活状态变化及共享T细胞克隆	样本量相对较小(14例患者)，未涵盖所有帕金森病亚型	探索帕金森病外周免疫特征，寻找潜在生物标志物	帕金森病患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和T细胞受体测序(TCR-seq)	NA	单细胞转录组数据	24例样本(10例健康对照和14例帕金森病患者)，共78,876个细胞
1108	2025-05-27	SEC61G promotes colorectal cancer progression by regulating cytosolic Ca2+ concentration 2025-May-25, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-025-02259-3 PMID:40413702	研究论文	本文研究了SEC61G通过调节胞质钙离子浓度促进结直肠癌进展的机制	揭示了SEC61G通过调节胞质钙离子浓度激活EGFR信号通路的新机制，并验证了其在结直肠癌中的预后和治疗潜力	未明确SEC61G与其他钙离子调节蛋白的相互作用机制	探究SEC61G在结直肠癌进展中的作用机制	结直肠癌细胞和组织	癌症生物学	结直肠癌	生物信息学分析、RT-qPCR、免疫组化、scRNA-seq、ST-seq	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	TCGA数据集中的结直肠癌样本、体外和体内实验数据
1109	2025-05-27	Repetitive Transcranial Magnetic Stimulation Induces Cognitive Recovery in Alzheimer's Disease via GABAergic Neuron Activation of the Cx3cl1-Cx3cr1 Axis 2025-May-25, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70061 PMID:40415257	研究论文	本研究探讨了重复经颅磁刺激（rTMS）通过激活GABA能神经元和调节Cx3cl1-Cx3cr1信号轴在阿尔茨海默病（AD）认知恢复中的作用	揭示了rTMS通过激活GABA能神经元和增强Cx3cl1-Cx3cr1信号促进Aβ清除和认知恢复的新机制，为非侵入性AD治疗提供了新的分子靶点	研究基于5xFAD小鼠模型，结果在人类AD患者中的适用性需要进一步验证	探究rTMS对AD认知功能恢复的分子机制	5xFAD转基因小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	scRNA-seq分析、rTMS	5xFAD小鼠模型	基因表达数据、行为数据	未明确说明样本量（使用5xFAD小鼠模型）
1110	2025-05-27	Integrative multi-omics reveal NSUN2 facilitates glycolysis and histone lactylation-driven immune evasion in renal carcinoma 2025-May-24, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00336-4 PMID:40413354	研究论文	本研究通过整合多组学数据揭示了NSUN2在肾癌中通过促进糖酵解和组蛋白乳酸化驱动的免疫逃逸机制	首次发现NSUN2通过m5C依赖的方式调控糖酵解和组蛋白乳酸化，进而影响PD-L1介导的免疫逃逸	研究主要基于体外和动物实验，临床转化仍需进一步验证	探索肾透明细胞癌中线粒体代谢基因的预后和治疗潜力	肾透明细胞癌(ccRCC)患者样本和细胞系	癌症研究	肾癌	批量RNA测序、单细胞测序、机器学习算法	机器学习模型(10种算法构建的117个预测模型)	RNA测序数据	多个ccRCC临床队列数据集
1111	2025-05-27	Single-cell RNA sequencing and traditional RNA sequencing reveals the role of cancer-associated fibroblasts in head and neck squamous cell carcinomas cohort 2025-May-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02507-1 PMID:40407978	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和传统RNA测序技术，揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的作用	构建了一个基于CAFs的预后预测模型和诺模图，强调了CAFs在肿瘤微环境中的重要性及其作为治疗和预后生物标志物的潜力	研究基于TCGA HNSC队列，可能需要更多独立队列验证	探究CAFs在HNSC中的潜在作用及其预后价值	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单样本基因集富集分析（ssGSEA）、差异表达分析、Cox回归、LASSO回归、通路富集分析	LASSO回归、多变量Cox回归	RNA测序数据	TCGA HNSC队列
1112	2025-05-27	Oligodendrocyte-astrocyte crosstalk in Parkinson's disease mediates neuronal ferroptosis via the FGF signaling pathway 2025-May-23, NPJ Parkinson's disease DOI:10.1038/s41531-025-00995-0 PMID:40410211	research paper	该研究探讨了帕金森病中少突胶质细胞与星形胶质细胞之间的相互作用如何通过FGF信号通路介导神经元铁死亡	首次揭示了少突胶质细胞与星形胶质细胞在帕金森病中的交互作用及其通过FGF信号通路导致神经元铁死亡的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	探究帕金森病中少突胶质细胞与星形胶质细胞的交互作用及其对神经元铁死亡的影响	少突胶质细胞、星形胶质细胞、多巴胺神经元	神经科学	帕金森病	单核测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	帕金森病小鼠模型
1113	2025-05-27	Metabolic modeling elucidates phenformin and atpenin A5 as broad-spectrum antiviral drugs against RNA viruses 2025-May-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08148-y PMID:40410544	研究论文	该研究通过计算工作流程分析病毒感染期间的细胞代谢，预测了细胞支持SARS-CoV-2病毒粒子生产的能力，并发现了支持病毒复制的代谢途径	利用scRNA-Seq数据开发计算工作流程，识别了潜在的广谱抗病毒药物，如phenformin和atpenin A5	研究主要基于计算预测和体外实验，体内实验仅在叙利亚仓鼠模型中进行，未涉及人类临床试验	开发广谱抗病毒疗法，应对RNA病毒如SARS-CoV-2、流感A和登革热病毒的感染	SARS-CoV-2、流感A病毒、登革热病毒和呼吸道合胞病毒	计算生物学	病毒感染	scRNA-Seq	计算工作流程	单细胞RNA测序数据	NA
1114	2025-05-27	Machine learning explores the prognostic and immuno-oncological impact of mitochondrial unfolded protein response in CESC 2025-May-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02723-9 PMID:40410615	research paper	该研究利用机器学习分析线粒体未折叠蛋白反应（UPRmt）基因在宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌（CESC）中的预后和免疫肿瘤学影响	发现ATF5作为UPRmt基因中最显著的预后因素，并揭示了其通过调节P-stalk核糖体功能影响肿瘤免疫微环境的新机制	研究基于TCGA数据库，需要进一步实验验证ATF5的具体作用机制	探索UPRmt在CESC中的预后价值和免疫调节作用	宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌（CESC）患者	machine learning	cervical cancer	单细胞RNA测序，基因集富集分析，药物敏感性分析	NA	多组学数据（包括基因组、转录组等）	TCGA数据库中的CESC样本
1115	2025-05-27	GPx3 marks adipocyte lineage commitment in bone marrow stromal cells 2025-May-23, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-025-05908-8 PMID:40410842	research paper	该研究通过转录组分析揭示了GPx3在骨髓基质细胞向脂肪细胞谱系定向分化中的关键作用	首次发现GPx3在骨髓脂肪形成过程中特异性上调，并证实其通过调控氧化应激通路影响骨髓基质细胞分化命运	研究主要基于体外实验和已有数据集分析，缺乏体内功能验证	探究骨髓脂肪组织形成和扩展的分子机制	骨髓基质细胞(BMSCs)及其分化过程	分子生物学	骨质疏松症	转录组分析、scRNA-seq、RNA干扰	NA	转录组数据	公共数据集和体外培养的骨髓基质细胞
1116	2025-05-27	Spatial transcriptomics reveal high T cell and monocyte status as predictive and prognostic markers in pancreatic cancer 2025-May-23, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06599-9 PMID:40410886	研究论文	本研究旨在发现胰腺导管腺癌（PDAC）的预测或预后因素，通过数字空间分析（DSP）和免疫组化（IHC）分析比较了直接手术（UFS）与新辅助FOLFIRINOX化疗后手术（NAT）的病例，以及NAT反应良好与不良的病例	发现MFAP4和EGR3的高表达以及高CD3、CD4和CD8阳性细胞浸润可能是PDAC对NAT反应的预测标志物，同时高单核细胞浸润和高CD68阳性细胞浸润可作为PDAC的预后标志物	样本量较小（48例PDAC病例），且未明确说明是否进行了外部验证	探索PDAC的预测和预后标志物	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	数字空间分析（DSP）、免疫组化（IHC）分析	NA	组织微阵列数据	48例PDAC手术切除病例
1117	2025-05-27	CD4+ tissue-resident memory Th17 cells are a major source of IL-17A in Spondyloarthritis synovial tissue 2025-May-23, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.04.018 PMID:40413112	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间RNA分析，确定了CD4+组织驻留记忆Th17细胞是脊柱关节炎滑膜组织中IL-17A的主要来源	首次发现CD4+CXCR6+ TRM17细胞是脊柱关节炎滑膜中自发产生IL17A的主要细胞，并揭示了BRD1在TRM17细胞生成中的关键作用	样本量较小（AxSpA n=5，PsA n=6），且主要关注IL-17A的产生机制	确定脊柱关节炎滑膜组织中IL-17A的细胞来源及其调控机制	脊柱关节炎患者的滑膜组织和血液记忆CD4+ T细胞	免疫学	脊柱关节炎	scRNA-seq, 空间RNA分析, CellPhoneDB, siRNA, CRISPR	NA	RNA测序数据	AxSpA患者5例，PsA患者6例（scRNA-seq）；PsA患者4例（空间RNA分析）
1118	2025-05-27	Etiology-based Molecular Characterization of Hepatocellular Carcinoma Reveals SQLE's Contribution to Immunosuppressive Microenvironment 2025-May-22, Current cancer drug targets IF:2.3Q3 DOI:10.2174/0115680096370558250514063841 PMID:40415319	研究论文	本研究通过基于病因的分子特征分析，揭示了SQLE在肝细胞癌免疫抑制微环境中的作用	首次全面探索了肝细胞癌的泛病因分子特征，并发现SQLE在病毒性肝炎相关HCC中的过表达与不良临床结果及免疫抑制微环境相关	研究主要基于TCGA数据库，缺乏独立验证队列	探索HCC的病因特异性特征并揭示潜在治疗靶点	肝细胞癌(HCC)患者	癌症基因组学	肝细胞癌	RNA-seq, 单细胞转录组, 空间转录组	NA	基因组数据, 转录组数据, 临床数据	TCGA-LIHC队列数据
1119	2025-05-27	Single-cell profiling of bone metastasis ecosystems from multiple cancer types reveals convergent and divergent mechanisms of bone colonization 2025-May-21, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100888 PMID:40412393	研究论文	通过单细胞RNA测序分析多种癌症类型的骨转移生态系统，揭示了骨转移的趋同和趋异机制	首次在多种癌症类型的骨转移中识别出三种不同的生态系统原型，并揭示了这些原型与起源组织的相关性较低	样本量相对较小（42例骨转移样本），且未涵盖所有可能的癌症类型	研究不同癌症类型骨转移的分子和细胞特征	42例来自8种癌症类型的骨转移样本	单细胞测序	骨转移	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学染色、生物信息学分析	NA	单细胞RNA测序数据、组织切片图像、批量RNA测序/微阵列数据	42例骨转移样本（来自8种癌症类型）和158例骨转移样本（来自超过10种癌症类型）的验证数据集
1120	2025-05-27	Engineered vasculature induces functional maturation of pluripotent stem cell-derived islet organoids 2025-May-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.024 PMID:40412386	研究论文	该研究通过工程化血管系统，实现了人多能干细胞来源的胰岛类器官的功能成熟	首次在非灌注模型和微流控设备中构建了三维血管化的SC-胰岛类器官，揭示了血管化对SC-β细胞功能成熟的关键作用	研究主要基于体外模型和小鼠移植实验，尚未在人体中进行验证	探索血管化对干细胞来源胰岛类器官功能成熟的影响及其机制	人多能干细胞来源的胰岛类器官(SC-islets)、人原代内皮细胞(ECs)和成纤维细胞	组织工程	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、微流控技术	三维血管化类器官模型	基因表达数据、钙信号数据	未明确说明具体样本数量，涉及人多能干细胞、人原代内皮细胞和成纤维细胞