单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1101	2025-07-22	Single-Cell Transcriptome and Microbiome Profiling Uncover Ileal Immune Impairment in Intrauterine Growth-Retarded Piglets 2025-Jul-17, Current pharmaceutical design IF:2.6Q2 DOI:10.2174/0113816128411269250707073647 PMID:40685734	研究论文	通过单细胞转录组和微生物组分析揭示宫内发育迟缓(IUGR)仔猪回肠免疫功能障碍的机制	首次在IUGR仔猪中结合单细胞转录组(scRNA-seq)和16S rRNA测序技术，揭示了B细胞和T细胞比例变化、信号通路下调以及肠道菌群失调的关联机制	样本量较小(仅3对IUGR/正常仔猪)，且仅分析了7日龄时的短期影响	探究IUGR仔猪肠道免疫功能异常的基因调控模式和微生物组变化	宫内发育迟缓(IUGR)仔猪与正常同窝仔猪的回肠组织和肠道微生物	免疫基因组学	宫内发育迟缓	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 16S rRNA扩增子测序(16S-seq)	NA	单细胞转录组数据, 微生物组数据	3对IUGR/正常新生仔猪(共6个样本)
1102	2025-07-22	Mechanism of Initial Favorable Response to Decitabine in TP53-Mutated MDS/AML and Potential Mechanisms of Subsequent Relapse 2025-Jul-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3192 PMID:40397797	研究论文	本研究探讨了TP53突变型MDS/AML患者对地西他滨初始治疗反应良好的机制以及随后复发的潜在机制	通过整合靶向测序、纳米孔DNA甲基化测序和单细胞转录组学，揭示了白血病细胞与免疫细胞群体之间的动态变化关系	样本量有限，且为观察性研究，需要更大规模研究验证	阐明TP53突变型MDS/AML患者对地西他滨治疗反应和复发的分子机制	骨髓增生异常综合征(MDS)和急性髓系白血病(AML)患者	肿瘤学	白血病	靶向髓系panel测序、纳米孔DNA甲基化测序、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	II期临床试验患者(具体数量未明确)
1103	2025-07-22	Enhancer-driven gene regulatory networks reveal transcription factors governing T cell adaptation and differentiation in the tumor microenvironment 2025-Jul-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.030 PMID:40425012	研究论文	通过增强子驱动的基因调控网络揭示转录因子在肿瘤微环境中调控T细胞适应和分化的机制	利用单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，揭示了KLF2和BATF转录因子在调控Trm样TIL形成中的关键作用，并发现BATF过表达足以驱动CD69CD103 TIL的形成	研究主要基于模型感染和癌症的T细胞受体匹配CD8 T细胞，可能无法完全反映人体内的复杂情况	揭示肿瘤微环境中Trm样TIL分化的机制	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和CD8 T细胞	生物医学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因组数据、表观遗传数据	模型感染和癌症中的T细胞受体匹配CD8 T细胞
1104	2025-07-22	Prenatally derived macrophages support choroidal health and decline in age-related macular degeneration 2025-Jul-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20242007 PMID:40261298	研究论文	本研究揭示了人类脉络膜中免疫细胞的组成和空间结构，特别是两种具有不同FOLR2表达的脉络膜巨噬细胞群体在年龄相关性黄斑变性(AMD)中的变化	首次发现FOLR2+巨噬细胞在非病变眼中占主导地位，并在AMD中数量减少且功能失调，同时证明这些巨噬细胞在维持脉络膜健康中的关键作用	研究主要基于观察性数据，对FOLR2+巨噬细胞功能变化的分子机制尚未完全阐明	探究人类脉络膜免疫景观及其在年龄相关性黄斑变性(AMD)中的变化	人类脉络膜组织和小鼠模型	眼科病理学	年龄相关性黄斑变性	3D多重免疫荧光、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	组织样本、基因表达数据	未明确说明样本数量的人类脉络膜组织和小鼠模型
1105	2025-07-22	Protocol for single-cell dissociation of head and neck cancer organoids 2025-Jul-04, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103930 PMID:40616840	研究论文	本文提出了一种将头颈鳞状细胞癌患者来源类器官（PDOs）解离为适合下游应用（如药物筛选和单细胞RNA测序）的活单细胞悬液的方案	通过优化胰蛋白酶浓度和机械解离步骤，最大化单细胞产量并保持细胞活力	未提及该方案在其他类型癌症类器官中的适用性	开发一种高效的头颈鳞状细胞癌类器官单细胞解离方案	头颈鳞状细胞癌患者来源类器官（PDOs）	生物医学工程	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、活细胞成像	NA	细胞悬液	NA
1106	2025-07-22	The Dichotomy of Tumor Control by Recruited and Resident Tumor-Associated Macrophages 2025-Jul-04, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6977440/v1 PMID:40630529	research paper	该研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在癌症中的双重作用，揭示了不同亚群对肿瘤进展的促进或抑制作用	研究发现间质巨噬细胞（IMs）的不同亚群具有促瘤或抗瘤作用，并确定了CCR5阻断剂Maraviroc在肿瘤控制中的潜在应用	研究主要聚焦于黑色素瘤和肺腺癌，结果在其他类型癌症中的普适性尚待验证	探究肿瘤相关巨噬细胞亚群在肿瘤发展中的作用机制	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs），包括招募的巨噬细胞（recMacs）和间质巨噬细胞（IMs）	肿瘤免疫学	黑色素瘤, 肺腺癌	空间转录组学, 基因敲除小鼠模型	Pf4 Cx3cr1小鼠模型	基因表达数据, 空间分布数据	未明确说明样本数量，使用小鼠模型进行研究
1107	2025-07-22	Single-cell RNA sequencing in Hirschsprung's disease tissues reveals lack of neuronal differentiation in the aganglionic colon segment 2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662516 PMID:40631286	research paper	通过单细胞RNA测序分析先天性巨结肠症患者的健康与无神经节结肠段，揭示无神经节结肠段神经元分化的缺失	首次在先天性巨结肠症患者中应用单细胞RNA测序技术，揭示了无神经节结肠段神经前体细胞分化受阻的分子机制	样本量较小，且仅针对先天性巨结肠症患者进行研究	探究先天性巨结肠症无神经节结肠段神经元分化缺失的分子机制	先天性巨结肠症患者的健康与无神经节结肠段组织	digital pathology	Hirschsprung's disease	scRNA-seq, WGS	NA	RNA-seq data	先天性巨结肠症患者的结肠组织样本
1108	2025-07-22	Bi-allelic variants in POPDC2 cause an autosomal recessive syndrome presenting with cardiac conduction defects and hypertrophic cardiomyopathy 2025-Jul-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.04.016 PMID:40409267	研究论文	研究发现POPDC2基因的双等位基因变异导致一种表现为心脏传导缺陷和肥厚型心肌病的常染色体隐性综合征	首次将POPDC2基因的双等位基因变异与人类心脏传导缺陷和肥厚型心肌病联系起来，并通过实验证明这些变异会降低POPDC2与cAMP结合的能力，影响TREK-1钾通道的电流密度	肌肉活检未显示明显的肌病性疾病，但POPDC1和POPDC2的丰度显著降低，表明POPDC1-POPDC2复合物的稳定性和/或膜运输可能受到致病性变异的影响	探究POPDC2基因变异与心脏传导缺陷和肥厚型心肌病之间的关系	四个家族中携带POPDC2双等位基因变异的个体	遗传学	心血管疾病	同源建模、体外电生理学研究、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据、电生理数据、RNA测序数据	四个家族中的患者及超过100万人的群体遗传数据
1109	2025-07-22	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveal a Tumor-Associated Macrophage Subpopulation that Mediates Prostate Cancer Progression and Metastasis 2025-Jul-02, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0791 PMID:40105746	研究论文	通过单细胞和空间转录组学揭示了一种与前列腺癌进展和转移相关的肿瘤相关巨噬细胞亚群	发现了一种新的SPP1+/TREM2+肿瘤相关巨噬细胞亚群，该亚群在前列腺癌转移中显著富集，并与患者无进展生存期相关	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要进一步验证	探究肿瘤相关巨噬细胞在前列腺癌进展和转移中的作用	前列腺癌患者样本和小鼠模型中的肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	人类患者样本和小鼠模型
1110	2025-07-22	Examination of an iPSC model of human eye development reveals progressive emergence of critical embryonic cell types 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06602-9 PMID:40596144	研究论文	本研究通过多时间点形态学和转录组学分析，探讨了人类iPSC衍生的2D模型在模拟早期全眼发育过程中的细胞类型动态变化	提出了一个能够模拟人类全眼早期发育的2D模型（SEAM），并首次系统描述了该模型中关键胚胎细胞类型的逐步出现过程	研究仅基于体外2D模型，可能无法完全模拟体内三维微环境下的眼发育过程	建立人类眼发育的体外模型并解析其细胞类型动态变化规律	iPSC衍生的SEAM眼细胞模型	发育生物学	眼发育异常疾病	RNA-seq（包括bulk和单细胞）	SEAM 2D模型	转录组数据	多时间点分析（第0、14和28天）
1111	2025-07-22	Multiplexed single-cell transcriptomics reveals diverse phenotypic outcomes for pathogenic SHP2 variants 2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.30.662374 PMID:40631144	研究论文	通过单细胞转录组学分析揭示致病性SHP2变体的多样化表型结果	结合单细胞转录组学、蛋白质生物化学、结构分析和细胞生物学，解释了致病性突变如何失调信号传导	未提及具体样本量或实验设计的局限性	理解SHP2结构扰动、细胞结果与人类疾病之间的联系	表达临床多样化SHP2变体的细胞	分子生物学	Noonan综合征及多种癌症	单细胞转录组学、蛋白质生物化学、结构分析、细胞生物学	NA	转录组数据	NA
1112	2025-07-22	Cadmium exposure following early-life respiratory syncytial virus infection promotes lung fibrosis through autophagy inhibition 2025-Jul-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfaf054 PMID:40268749	研究论文	研究探讨了镉暴露在早期呼吸道合胞病毒感染后通过抑制自噬促进肺纤维化的机制	揭示了mTORC1激活-自噬抑制通路在镉暴露后加剧炎症反应和肺纤维化中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究mTORC1在慢性低剂量镉暴露后对肺纤维化的调控机制	小鼠模型	呼吸系统疾病	肺纤维化	代谢组学分析、单细胞RNA测序	动物模型	生物分子数据	未明确说明小鼠数量
1113	2025-07-22	Single-cell transcriptomic and chromatin dynamics of the human brain in PTSD 2025-Jul, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09083-y PMID:40533550	研究论文	本研究通过单细胞转录组和染色质动力学分析，揭示了创伤后应激障碍（PTSD）在人脑中的分子调控机制	首次在单细胞水平上详细描绘了PTSD患者前额叶皮质的分子响应，并识别了特定细胞类型中的基因表达变化和转录调控因子	研究样本均为死后收集的脑组织，可能无法完全反映活体状态下的分子变化	探究PTSD在人脑中的细胞特异性分子调控机制	111例人类大脑的背外侧前额叶皮质组织（包括PTSD患者、抑郁症患者和健康对照）	神经科学	创伤后应激障碍	单细胞转录组测序、染色质动力学分析、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据、空间转录组数据	超过200万个细胞核，来自111例人类大脑样本
1114	2025-07-22	HECLIP: histology-enhanced contrastive learning for imputation of transcriptomics profiles 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf363 PMID:40569046	research paper	该论文提出了一种名为HECLIP的深度学习框架，用于从H&E染色的组织学图像中推断空间基因表达谱	HECLIP采用以图像为中心的对比学习策略，能够直接从H&E图像中预测基因表达，减少了对空间转录组数据的依赖	NA	开发一种可扩展的计算方法，以弥合组织学图像与转录组学之间的差距	H&E染色的组织学图像和空间基因表达谱	digital pathology	NA	对比学习	深度学习框架	图像和基因表达数据	公开可用数据集
1115	2025-07-22	Technologies for Decoding Cancer Metabolism with Spatial Resolution 2025-Jul-01, Cold Spring Harbor perspectives in medicine IF:7.8Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a041553 PMID:39284668	review	本文讨论了三种新兴的代谢组学技术在解码癌症代谢空间分辨率中的应用	介绍了空间代谢组学、单细胞代谢组学和细胞器代谢组学这三种新兴技术	未提及具体实验数据或样本量的限制	研究癌症细胞代谢途径的适应性和重编程机制	癌症细胞及其代谢产物	癌症代谢研究	癌症	质谱技术、空间代谢组学、单细胞代谢组学、细胞器代谢组学	NA	代谢物数据	NA
1116	2025-07-22	Noncanonical Differentiation of Memory B Cells Drives Latent Tuberculosis Infection Reactivation Upon Tumor Necrosis Factor-Alpha Inhibitor Therapy: An Integrative Transcriptomic Study 2025-Jul, International journal of rheumatic diseases IF:2.4Q2 DOI:10.1111/1756-185X.70311 PMID:40686471	研究论文	本研究通过整合转录组学分析，探讨了肿瘤坏死因子抑制剂（TNFi）治疗期间潜伏结核感染（LTBI）再激活的机制	揭示了记忆B细胞在结核病进展和TNFi治疗中的非经典分化轨迹及其代谢重编程的作用	研究仅基于六个转录组数据集，样本量有限	探索TNFi治疗期间LTBI再激活的分子机制	记忆B细胞在结核病进展和TNFi治疗中的作用	生物信息学	结核病	转录组分析、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	六个转录组数据集
1117	2025-07-22	A spatial transcriptomic atlas of the host response to oropharyngeal candidiasis 2025-Jun-30, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00849-25 PMID:40586608	研究论文	利用空间转录组学技术构建宿主对口腔念珠菌病反应的图谱，揭示免疫细胞间的相互作用和新型抗菌蛋白家族	首次应用10× Visium空间转录组学技术，在保持组织空间完整性的同时，高分辨率映射宿主微环境，发现2型免疫反应、M2巨噬细胞和血小板脱颗粒在疾病缓解中的新作用，并鉴定出一类新型富含脯氨酸的抗菌蛋白家族	研究基于小鼠模型，结果向人类转化需进一步验证	探究口腔念珠菌病感染过程中宿主免疫反应的平衡机制	小鼠口腔念珠菌病模型中的舌组织	空间转录组学	口腔念珠菌病	10× Visium空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
1118	2025-07-22	Guanylate-Binding Proteins Promote Host Defense Against Leishmania major by Balancing iNOS/Arg-1 in Myeloid Cells 2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.26.661809 PMID:40631203	研究论文	该研究探讨了鸟苷酸结合蛋白（GBPs）在皮肤利什曼病（CL）中对宿主防御的作用，特别是在调节iNOS/Arg-1平衡中的重要性	首次详细研究了GBPs在皮肤利什曼病中的免疫调节作用，揭示了其在调节iNOS和Arg-1表达中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究GBPs在皮肤利什曼病宿主防御中的具体作用机制	C57Bl/6小鼠及其骨髓来源的巨噬细胞（BMDMs）	免疫学	皮肤利什曼病	RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq	GBPChr3敲除小鼠模型	RNA测序数据	C57Bl/6小鼠及其GBPChr3敲除小鼠的巨噬细胞和单核细胞
1119	2025-07-22	A scalable, all-optical method for mapping synaptic connectivity with cell-type specificity 2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.25.661552 PMID:40667305	研究论文	本文提出了一种可扩展的全光学方法，用于绘制具有细胞类型特异性的突触连接图谱	利用光学工具和空间转录组学技术，实现了高灵敏度、高通量和细胞类型特异性的长程突触连接检测	该方法目前仅在小鼠运动皮层中进行了验证，尚未在其他脑区或物种中广泛应用	开发一种高通量的光学方法来绘制神经环路中细胞类型特异性的突触连接图谱	小鼠运动皮层中的神经元及其长程突触连接	神经科学	NA	光学成像、空间转录组学	NA	光学信号、基因表达数据	超过1000个运动皮层神经元
1120	2025-07-22	Protocol for deep-learning-driven cell type label transfer in single-cell RNA sequencing data 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103768 PMID:40232935	研究论文	提出了一种使用SIMS在单细胞RNA测序数据中进行细胞类型标签转移的深度学习协议	开发了SIMS协议，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型标签转移，提供了数据准备、模型训练和预测解释的详细步骤	未提及	开发一种深度学习协议，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型标签转移	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	SIMS	RNA测序数据	未提及