单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1101	2025-05-01	Identification of druggable genetic targets for prostate cancer risk based on mendelian randomization and single-cell RNA sequencing 2025-Apr-30, International urology and nephrology IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s11255-025-04525-y PMID:40304996	research paper	本研究通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，识别与前列腺癌风险相关的可药物遗传靶点	整合孟德尔随机化分析、共定位分析和单细胞RNA测序技术，提高靶点验证的准确性	BAK1基因与血小板计数增加相关，可能存在副作用	识别与前列腺癌风险相关的可药物遗传靶点，为靶向治疗提供新方向	2608个可药物基因	genetics	prostate cancer	Mendelian Randomization (MR), colocalization analysis, single-cell RNA sequencing, phenome-wide association study (PheWAS)	NA	genetic data, RNA sequencing data	NA
1102	2025-05-01	Perivascular Niche-Resident Alveolar Macrophages Promote Interstitial Pneumonitis Related to Trastuzumab Deruxtecan Treatment 2025-Apr-29, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2021 PMID:40300097	research paper	研究探讨了曲妥珠单抗德鲁替康（T-DXd）治疗乳腺癌时引发致命性间质性肺病（ILD）的机制，并提出预防策略	揭示了T-DXd通过Fc-FcγR相互作用触发肺泡巨噬细胞（AMs）从免疫抑制状态向促ILD状态的转变，以及通过SPP1通路介导的炎症和免疫激活机制	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	理解T-DXd诱导的ILD机制并开发预防策略	曲妥珠单抗德鲁替康（T-DXd）和肺泡巨噬细胞（AMs）	免疫学	乳腺癌和间质性肺病（ILD）	单细胞RNA测序和活体显微镜技术	免疫活性小鼠模型	基因表达数据和显微镜图像	NA
1103	2025-05-01	Integrative Analysis of Lactylation-Associated Features in Abdominal Aortic Aneurysm and Its Immune Microenvironment Utilizing scRNA-seq and Bulk RNA Sequencing 2025-Apr-29, Circulation journal : official journal of the Japanese Circulation Society IF:3.1Q2 DOI:10.1253/circj.CJ-24-0892 PMID:40301103	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，研究腹部主动脉瘤（AAA）中乳酰化与免疫微环境的关系	首次揭示了乳酰化在不同免疫细胞类型中的异质性及其与免疫反应的关联，并鉴定了8个与乳酰化相关的核心基因	研究结果需要进一步的实验验证，特别是在人类样本中的应用	阐明乳酰化与AAA免疫反应之间的相互关系	腹部主动脉瘤（AAA）患者	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, Bulk RNA测序	机器学习算法（113种组合）	RNA测序数据	NA
1104	2025-05-01	Broad rim lesions are a new pathological and imaging biomarker for rapid disease progression in multiple sclerosis 2025-Apr-29, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03625-7 PMID:40301560	research paper	该研究通过分析多发性硬化症（MS）尸检队列，发现了一种新型病变类型——宽边缘病变，可作为疾病快速进展的生物标志物	首次揭示了宽边缘病变作为MS快速进展的新型病理和影像学生物标志物，并验证了其与疾病进展的关联	研究样本来自尸检队列，可能无法完全反映活体患者的动态病理过程	探索多发性硬化症疾病进展的潜在机制并寻找相关生物标志物	多发性硬化症患者尸检脑组织样本和独立PET研究队列	digital pathology	multiple sclerosis	空间转录组学、PET成像	NA	组织病理学图像、转录组数据、PET影像数据	尸检队列186例，PET研究队列114例
1105	2025-05-01	Clinical Diagnosis and Treatment System for Neurological Psychological Gastrointestinal Diseases Based on Multimodal Artificial Intelligence and Immunology 2025-Apr-29, Current pharmaceutical biotechnology IF:2.2Q3 DOI:10.2174/0113892010359130250413024112 PMID:40304348	research paper	开发了一种基于多模态人工智能和免疫学的神经系统心理胃肠疾病临床诊疗系统，用于预测和辅助治疗结直肠癌	结合神经免疫基因调控设计人工智能多模态胃肠疾病临床信息系统，利用单细胞测序技术和分子模拟技术深入分析生存预测系统中的特征选择生物机制	未提及具体样本量及模型在更广泛人群中的适用性验证	优化结直肠癌的诊疗策略，满足临床定价机构的需求	结直肠癌患者	digital pathology	colorectal cancer	single-cell sequencing, molecular simulation	AI multimodal system	gene expression levels, immune cell status, living habits data	NA
1106	2025-05-01	Autosomal dominant SLURP1 variants cause palmoplantar keratoderma and progressive symmetric erythrokeratoderma 2025-Apr-28, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf049 PMID:39913669	研究论文	该研究通过全外显子测序发现了导致掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症的SLURP1基因新变异	首次发现常染色体显性遗传的SLURP1变异会导致掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症，并揭示了其作用机制	研究样本量较小（仅3个无亲缘关系的家系）	鉴定导致掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症的新遗传变异	表皮分化障碍患者（包括掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症表型）	遗传学	皮肤疾病	全外显子测序、计算机模拟预测、患者角质形成细胞实验、高分辨率空间转录组学、定量细胞因子分析	NA	基因序列数据、细胞实验数据	3个无亲缘关系的家系
1107	2025-05-01	LAMA4+ CD90+ eCAFs provide immunosuppressive microenvironment for liver cancer through induction of CD8+ T cell senescence 2025-Apr-28, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02162-7 PMID:40289085	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，鉴定了与肝细胞癌预后不良相关的CD90 eCAFs亚型，并揭示了其通过LAMA4诱导CD8+ T细胞衰老的机制	首次鉴定了LAMA4+ CD90+ eCAFs亚型，揭示了其通过ITGA6受体介导的DNA损伤信号通路诱导CD8+ T细胞衰老的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证不足	探究肝细胞癌中肿瘤微环境与免疫系统的相互作用机制	肝细胞癌中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组、siRNA转染、Western blot、流式细胞术	自发小鼠肝细胞癌模型(DEN+CCL4诱导)	单细胞转录组数据、空间转录组数据、流式细胞数据	未明确说明样本数量，包含人类肝细胞癌样本和小鼠模型
1108	2025-05-01	Transcriptomic characterization of transitioning cell types in the skin of Atlantic salmon 2025-Apr-28, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02196-w PMID:40289111	research paper	本研究通过单核测序和空间转录组学技术，描述了健康大西洋鲑鱼组织中及伤口愈合过程中间充质基质细胞的转录组特征	首次绘制了伤口愈合过程中潜在分化间充质基质细胞亚群的转录组活性，揭示了不同亚群的空间生态位	研究仅针对大西洋鲑鱼，结果可能不适用于其他物种	探究大西洋鲑鱼皮肤伤口愈合过程中细胞转录组的变化	大西洋鲑鱼的间充质基质细胞（成纤维细胞样成体干细胞）	转录组学	NA	单核测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
1109	2025-05-01	NAE1 protein: a prognostic, immunomodulatory, and therapeutic biomarker associated with neddylation in hepatocellular carcinoma 2025-Apr-28, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143539 PMID:40300298	research paper	本研究探讨了NAE1蛋白作为肝细胞癌（HCC）预后、免疫调节和治疗生物标志物的潜力	首次将NAE1确定为影响HCC患者预后的最重要neddylation相关基因，并揭示了其在免疫细胞浸润和药物敏感性中的作用	当前HCC的预测生物标志物不够可靠，NAE1作为预测生物标志物的潜力尚未完全明确	探索NAE1蛋白在HCC中的预后、免疫调节和治疗潜力	肝细胞癌（HCC）患者和HCC细胞	生物医学	肝细胞癌	加权基因共表达网络（WGCNA）、机器学习、单细胞RNA测序、分子对接	Cox回归模型、nomogram	基因表达数据、临床数据	未明确提及具体样本数量
1110	2025-05-01	E3 ubiquitin ligase TRIM38 regulates macrophage polarization to reduce hepatic inflammation by interacting with HSPA5 2025-Apr-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114662 PMID:40300357	研究论文	本研究探讨了E3泛素连接酶TRIM38通过调控巨噬细胞极化减少肝脏炎症的机制	揭示了TRIM38通过与HSPA5相互作用并促进K63依赖性泛素化来稳定HSPA5，从而促进M2巨噬细胞标记物的表达，改善肝脏脂肪变性	TRIM38在肝脏发病机制中的具体作用机制仍需进一步研究	研究巨噬细胞TRIM38在代谢性肝病中的作用，以确定控制炎症的关键靶点	巨噬细胞TRIM38和HSPA5	分子生物学	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	MASLD患者的肝脏巨噬细胞
1111	2025-05-01	Advances in CRISPR/Cas13a-based biosensors for non-coding RNA detection 2025-Apr-25, Talanta IF:5.6Q1 DOI:10.1016/j.talanta.2025.128223 PMID:40300474	综述	本文综述了基于CRISPR/Cas13a的生物传感器在非编码RNA检测中的进展	整合了多种信号转导系统（如荧光、电化学、比色法、表面增强拉曼光谱等）的CRISPR/Cas13a生物传感器，为实时诊断应用提供了新方法	当前技术仍面临临床诊断和个性化医疗中的挑战，如工作流程复杂、处理时间长和技术难度高	探讨CRISPR/Cas13a生物传感器在非编码RNA检测中的应用及其在临床诊断和个性化医疗中的潜力	非编码RNA	生物传感器	NA	CRISPR/Cas13a, PCR, NGS, ELISA, smFISH, nanopore sequencing, scRNA-seq	NA	RNA	NA
1112	2025-05-01	InSituCor: exploring spatially correlated genes conditional on the cell type landscape 2025-Apr-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03554-1 PMID:40275395	research paper	介绍了一个名为InSituCor的工具包，用于发现空间转录组数据中与细胞类型景观无关的空间相关基因模块	InSituCor能够识别不受已知因素（如细胞类型分布）影响的空间相关基因，从而揭示更有意义的生物学关系	未明确提及具体的技术限制或数据适用范围	探索空间转录组数据中与细胞类型景观无关的空间相关基因	空间转录组数据中的基因表达模式	空间转录组学	NA	空间转录组学分析	NA	空间转录组数据	NA
1113	2025-05-01	Intratumoral microbiota predicts the response to neoadjuvant chemoimmunotherapy in triple-negative breast cancer 2025-Apr-24, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010365 PMID:40280564	research paper	该研究探讨了肿瘤内微生物群在三阴性乳腺癌新辅助化疗免疫治疗反应预测中的作用	首次证实肿瘤内微生物群可作为预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫治疗反应的生物标志物	样本量相对较小(89例患者)，且仅针对早期三阴性乳腺癌患者	探索肿瘤内微生物群在预测三阴性乳腺癌新辅助化疗免疫治疗反应中的作用	89例早期三阴性乳腺癌女性患者	digital pathology	triple-negative breast cancer	16S rDNA sequencing, scRNA-seq	machine-learning models	genomic sequencing data, transcriptome data	89例早期三阴性乳腺癌女性患者
1114	2025-05-01	Neuroprotectin D1 and GPR37 protect against chemotherapy-induced peripheral neuropathy and the transition from acute to chronic pain 2025-Apr-24, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107746 PMID:40287118	研究论文	研究探讨了Neuroprotectin D1 (NPD1)和GPR37在化疗引起的周围神经病变(CIPN)及急性疼痛向慢性疼痛转变中的保护作用	揭示了GPR37在感觉神经元中的表达及其在CIPN疼痛慢性化中的作用，以及NPD1通过GPR37依赖的方式保护感觉神经元免受化疗药物损伤的机制	研究主要基于动物模型，人类DRG样本的数据有限	探究NPD1和GPR37在化疗引起的周围神经病变和疼痛慢性化中的作用	小鼠背根神经节(DRG)神经元、巨噬细胞和人类DRG样本	神经科学	周围神经病变	空间转录组学分析	Gpr37基因敲除小鼠模型	mRNA表达数据、行为学数据	小鼠DRG神经元和巨噬细胞、人类DRG样本
1115	2025-05-01	Novel diagnostic biomarkers regulating macrophages autophagy in ischemic cardiomyopathy: An analysis integrating bulk RNA sequencing with single-cell RNA sequencing 2025-Apr-24, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152907 PMID:40300424	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了缺血性心肌病(ICM)中巨噬细胞自噬相关的新型诊断生物标志物	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别出6个具有诊断意义的枢纽基因，并验证了其在ICM中的表达	研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证	探索缺血性心肌病中巨噬细胞自噬相关的生物标志物及其相关通路	缺血性心肌病患者组织和ICM大鼠模型	生物信息学	心血管疾病	RNA测序(包括批量RNA测序和单细胞RNA测序)，RT-qPCR	WGCNA, PPI网络分析	基因表达数据	使用了GSE46224和GSE116250两个数据集，以及ICM大鼠模型
1116	2025-05-01	3D spatial transcriptomics reveals the molecular structure of input and output pathways in the mouse olfactory bulb 2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639192 PMID:40060607	研究论文	利用3D空间转录组学技术重建小鼠嗅球的解剖和分子组织	首次全面绘制了嗅球的分子结构图，揭示了其分子结构如何由上皮基因表达程序指导	研究仅限于小鼠嗅球，未涉及其他脑区或其他物种	探索脊椎动物大脑对称性的分子和结构基础	小鼠嗅球中的肾小球、僧帽细胞和颗粒细胞	神经科学	NA	3D空间转录组学	NA	空间转录组数据	近一千个分子上不同的肾小球
1117	2025-05-01	Semaphorin 6A phase separation sustains a histone lactylation-dependent lactate buildup in pathological angiogenesis 2025-Apr-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2423677122 PMID:40244673	研究论文	本文研究了Semaphorin 6A通过相分离机制维持组蛋白乳酸化依赖的乳酸积累在病理性血管生成中的作用	揭示了SEMA6A通过相分离机制招募RHOA和P300，促进P300磷酸化和组蛋白乳酸化循环的新机制	研究主要聚焦于视网膜缺血性疾病中的血管生成，可能不适用于其他类型的血管疾病	探究病理性血管生成中组蛋白乳酸化修饰的调控机制	内皮细胞(ECs)和视网膜病理性血管生成	分子生物学	视网膜缺血性疾病	CUT&Tag, scRNA-seq	NA	基因组数据, 单细胞转录组数据	NA
1118	2025-05-01	St3gal5-mediated sialylation of glyco-CD177 on neutrophils restricts neuroinflammation following CNS injury 2025-Apr-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2426187122 PMID:40244680	研究论文	本研究揭示了St3gal5介导的中性粒细胞CD177糖基化在限制中枢神经系统损伤后神经炎症中的作用	首次发现CD177中性粒细胞作为抗炎亚群在中枢神经系统损伤后的作用，并鉴定St3gal5作为调控CD177糖基化的关键酶	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	探索中性粒细胞CD177糖基化在中枢神经系统损伤后神经炎症中的调控机制	人类和小鼠的中性粒细胞	免疫学	中枢神经系统损伤	单细胞RNA测序、糖蛋白组学	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组学数据	未明确说明具体样本数量，涉及人类和小鼠样本
1119	2025-05-01	Comprehensive immunogenomic landscape analysis unveils CD33 + myeloid cell-driven immunomodulatory signatures in melanoma development 2025-Apr-16, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.155981 PMID:40300524	研究论文	通过免疫基因组学分析揭示了CD33+髓系细胞在黑色素瘤发展中的免疫调节特征	揭示了CD33+髓系细胞在黑色素瘤发病机制中的关键作用，并识别了其特征性亚群及其功能通路	研究主要基于基因组关联研究和单细胞RNA测序数据，需要进一步的实验验证	探索免疫细胞亚群与癌症发展之间的因果关系	612种免疫细胞特征和91种癌症类型，以及黑色素瘤样本	肿瘤免疫学	黑色素瘤	Mendelian Randomization分析、单细胞RNA测序、计算去卷积分析	NA	基因组关联研究数据、单细胞RNA测序数据	612种免疫细胞特征和91种癌症类型的基因组关联研究数据，以及黑色素瘤样本的单细胞RNA测序数据
1120	2025-05-01	Cross-Species Multi-Omics Analysis Reveals Myeloid-Driven Endothelial Oxidative Stress in Ischemic Stroke 2025-Apr-16, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/FBL37429 PMID:40302336	研究论文	通过跨物种多组学分析揭示缺血性中风中的髓系细胞驱动的内皮氧化应激	整合了bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组学和流式细胞术数据，揭示了髓系细胞在中风后如何通过炎症和代谢机制影响血脑屏障的破坏	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证可能有限	探索缺血性中风中外周和中枢免疫反应的相互作用及其对血脑屏障的影响	人类和小鼠模型中的缺血性中风	生物医学研究	缺血性中风	bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组学、流式细胞术	小鼠tMCAO模型	RNA-seq数据、流式细胞数据、空间转录组数据	人类和小鼠模型中的缺血性中风样本