单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27747 篇文献，本页显示第 11141 - 11160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11141 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics analysis of neoadjuvant cabozantinib and nivolumab in advanced hepatocellular carcinoma identifies independent mechanisms of resistance and recurrence
2023-09-18, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01218-y
PMID:37723590
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析，探讨了肝细胞癌中新辅助cabozantinib和nivolumab的免疫疗法组合的肿瘤微环境 | 研究揭示了不同细胞信号网络在肝细胞癌肿瘤微环境中的异质性，并确定了抵抗和复发的独立机制 | 仅对少数患者进行了分析，且样本量有限，研究结果需要更大规模的数据验证 | 研究肝细胞癌患者对现代系统治疗的反应与肿瘤微环境的分子和细胞特征之间的关系 | 研究对象为接受新辅助cabozantinib和nivolumab治疗的晚期肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间转录组学 | NA | 组织样本 | 15名患者的切除标本 |
| 11142 | 2024-08-05 |
Unambiguous detection of SARS-CoV-2 subgenomic mRNAs with single-cell RNA sequencing
2023-Sep-07, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.00776-23
PMID:37676044
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研究论文 | 本研究比较了不同单细胞RNA测序文库制备方法对SARS-CoV-2亚基因组mRNA的检测能力 | 开发了一种新的文库制备和数据处理工作流程，提高了对SARS-CoV-2亚基因组mRNA的检测和定量能力 | 研究仅集中在SARS-CoV-2，不适用于其他病毒或病原体 | 研究不同单细胞RNA测序方法检测SARS-CoV-2 RNA的能力 | SARS-CoV-2及其亚基因组mRNA | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | NA | RNA序列数据 | 涉及数量不明的感染细胞样本 |
| 11143 | 2024-08-04 |
Patient-Derived iPSCs Faithfully Represent the Genetic Diversity and Cellular Architecture of Human Acute Myeloid Leukemia
2023-07-05, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-22-0167
PMID:37067914
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研究论文 | 该论文探讨了从人类急性髓性白血病（AML）细胞重编程获得的诱导多能干细胞（iPSC）模型 | 提出了一种专门针对癌细胞的重编程方法，并成功从15名患者生成AML-iPSC，保持遗传一致性 | 重编程成功率较低，且关于iPSC衍生细胞是否与原始细胞相似仍有不确定性 | 研究人类急性髓性白血病的基因模型 | 15名急性髓性白血病患者的细胞 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 诱导多能干细胞重编程 | NA | 单细胞转录组数据 | 15个急性髓性白血病患者的细胞 |
| 11144 | 2024-08-04 |
stAPAminer: Mining Spatial Patterns of Alternative Polyadenylation for Spatially Resolved Transcriptomic Studies
2023-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2023.01.003
PMID:36669641
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研究论文 | 本文开发了一种工具stAPAminer，用于从空间条形码ST数据中挖掘替代聚腺苷酸化的空间模式 | 提出了一种基于k-最近邻算法的插补模型，以恢复APA信号并识别具有空间APA使用变化模式的基因 | 虽然本研究提供了空间APA模式的详细视图，但尚未探索所有细胞类型的APA信号 | 研究替代聚腺苷酸化在空间转录组学中的角色和模式 | 主要分析小鼠嗅球的空间转录组数据来识别和量化APA位点 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | k最近邻算法 | 转录组数据 | 分析了小鼠嗅球的空间转录组数据及其两个附加副本 |
| 11145 | 2024-08-04 |
Effective Rapid Blood Perfusion in Xenopus
2023-May-16, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/65287
PMID:37318240
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研究论文 | 本文定义了一种快速血液灌注的协议，以大幅减少蛙类组织中的血液. | 该研究创新性地提出了一种通过直接在心脏腔室内插入针头进行快速灌注的方法. | 该协议在本研究中可能未考虑不同个体间的生理差异. | 研究致力于标准化蛙类组织采样的实践. | 研究对象包括不同性别、年龄和健康状态的非洲爪蟾（Xenopus laevis 和 Xenopus tropicalis）. | 数字病理学 | NA | 生理盐水灌注 | NA | NA | 每只动物大约需要10分钟的误差. |
| 11146 | 2024-08-05 |
Identifying high-impact variants and genes in exomes of Ashkenazi Jewish inflammatory bowel disease patients
2023-04-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37849-3
PMID:37080976
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研究论文 | 本文鉴定了犹太人在炎症性肠病（IBD）中高影响的变异和基因 | 识别出8个新型且合理的导致IBD的基因，展现了与早发IBD遗传学的显著重叠 | 遗传病因尚不完全清楚，未展示病例对照组的详细特征 | 研究Ashkenazi犹太人中IBD的遗传影响 | 4453名经过基因鉴定的Ashkenazi犹太人IBD患者及对照者 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 大规模和单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 4453名样本（1734名IBD患者和2719名对照者） |
| 11147 | 2024-08-04 |
Compressed phenotypic screens for complex multicellular models and high-content assays
2023-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.23.525189
PMID:36747859
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研究论文 | 本文提出了一种通过压缩筛选法来提高复杂多细胞模型的高通量表型筛选效率 | 文章创新性在于通过对生化干预进行汇总并运用计算解卷积，建立了压缩筛选的专门方法 | 未明确提及具体的局限性 | 研究旨在提高复杂多细胞模型中的表型筛选效率，以促进药物发现 | 研究对象为患者衍生的胰腺癌类器官以及与肿瘤微环境（TME）相关的重组蛋白配体库 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 高内容成像 | 使用了高度生物活性的化合物库进行受控基准测试 |
| 11148 | 2024-08-05 |
Single Cell Transcriptomics Identifies Distinct Choroid Cell Populations Involved in Visually Guided Eye Growth
2023, Frontiers in ophthalmology
DOI:10.3389/fopht.2023.1245891
PMID:38390290
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析了参与视觉引导眼睛生长的不同脉络膜细胞群体 | 首次提供了主要脉络膜细胞类型及其在调节眼睛生长中的基因表达变化的全面概况 | 大部分显著的基因表达变化相对较小，并且仅在一种罕见细胞群体中观察到最高的变化 | 阐明脉络膜在后天眼球生长中的作用 | 小鸡脉络膜细胞群体及其基因表达变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鸡脉络膜的24个细胞群体 |
| 11149 | 2024-08-05 |
RNA-binding proteins that are highly expressed and enriched in healthy cartilage but suppressed in osteoarthritis
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1208315
PMID:37457300
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研究论文 | 本研究揭示了在健康软骨中高度表达且富集的RNA结合蛋白在骨关节炎中的表达变化。 | 研究首次绘制了健康软骨中RNA结合蛋白的全球表达图谱，并发现TIPARP作为骨关节炎的新型介导因子和潜在治疗靶点。 | 本研究主要依赖于已有的RNA测序数据，缺乏临床样本的验证。 | 探讨RNA结合蛋白在健康软骨与骨关节炎中的表达及其潜在作用。 | 主要集中在健康 cartilage 和骨关节炎 cartilage 中的RNA结合蛋白。 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA测序 | NA | 基因组数据 | 健康和骨关节炎人类软骨的RNA测序数据，包含1542个RNA结合蛋白 |
| 11150 | 2024-08-07 |
Author Correction: A yeast-optimized single-cell transcriptomics platform elucidates how mycophenolic acid and guanine alter global mRNA levels
2021-Jul-13, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02420-7
PMID:34257405
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11151 | 2024-08-05 |
Heterogeneous groups of alveolar type II cells in lung homeostasis and repair
2020-12-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00341.2020
PMID:32903031
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mini review | 本文讨论了不同亚群的肺泡II型细胞及其在稳态、损伤后和病理条件下的功能 | 发现了不同亚型的肺泡II型细胞具有不同的自我更新和分化能力 | 研究未深入探讨所有可能的AT2细胞亚群及其功能 | 探讨肺泡II型细胞在肺部稳态和修复中的作用及其异质性 | 肺泡II型细胞的不同亚群及其在不同环境中的功能 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | NA | NA |
| 11152 | 2024-08-04 |
Interfacial delivery of carbon monoxide via smart titanium implant coating for enhanced soft tissue integration with switchable antibacterial and immunomodulatory properties
2024-Oct, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.06.010
PMID:38978805
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研究论文 | 本文探讨了一种用于增强钛植入物周围软组织集成的双功能涂层。 | 开发了一种在近红外照射下能控释一氧化碳的智能钛植入物涂层，因而具有抗菌和免疫调节的创新特性。 | 模型主要在大鼠上进行，可能无法完全代表人类的生理和免疫反应。 | 增强钛植入物周围软组织的集成，改善钛植入物的长期成功率。 | 研究对象为钛植入物及其周围软组织，重点关注一氧化碳的释放及其生物作用。 | 数字病理学 | NA | 近红外照射 | NA | 单细胞测序 | 大鼠植入模型 |
| 11153 | 2024-08-04 |
Identification of key genes and immune infiltration in peripheral blood biomarker analysis of delayed cerebral ischemia: Valproic acid as a potential therapeutic drug
2024-Aug-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112408
PMID:38897129
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研究论文 | 本研究开发了一种基于外周血生物标志物的预测模型，用于延迟性脑缺血的关键基因和免疫浸润的分析 | 该研究通过多种生物信息学分析方法识别出与延迟性脑缺血相关的关键基因，并提出了丙戊酸作为潜在的治疗药物 | 未提及具体的实验样本数量和潜在的研究局限性 | 研究延迟性脑缺血（DCI）的病因和开发新的治疗方法 | 通过外周血生物标志物分析识别与DCI相关的关键基因 | 数字病理学 | 心脑血管疾病 | 基因表达谱分析 | 机器学习算法 | 生物标志物数据 | 涉及六个数据集与小鼠单细胞RNA-seq数据 |
| 11154 | 2024-08-04 |
Transcriptional switches in melanoma T Cells: Facilitating polarizing into regulatory T cells
2024-Aug-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112484
PMID:38885605
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研究论文 | 本研究揭示了黑色素瘤T细胞中的转录开关，助力于调节性T细胞的极化。 | 首次识别了与黑色素瘤Treg相关的新的功能分子，并通过SERS技术实现了疾病监测的新方法。 | 尚未明确转录因子在调节性T细胞功能中的具体作用机制。 | 研究调节性T细胞在黑色素瘤中的作用及其自我维持机制。 | 研究黑色素瘤患者的调节性T细胞及其相关转录因子。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | SERS技术 | NA | 临床样本 | 验证在大量临床样本中 |
| 11155 | 2024-08-05 |
The significance of CD8+ tumor-infiltrating lymphocytes exhaustion heterogeneity and its underlying mechanism in diffuse large B-cell lymphoma
2024-Aug-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112447
PMID:38909497
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研究论文 | 这篇文章探讨了CD8+肿瘤浸润淋巴细胞的耗竭异质性及其机制在弥漫大B细胞淋巴瘤中的临床意义 | 研究揭示了CD8+ TILs的耗竭状态存在异质性，并指出CD39/A2AR相关信号通路可能促进其转变 | 样本量相对较小，尤其是单细胞RNA测序仅有7个样本 | 研究CD8+ TILs的耗竭异质性及其在弥漫大B细胞淋巴瘤中的作用 | CD8+ TILs在弥漫大B细胞淋巴瘤中的不同耗竭状态 | 数字病理学 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序、整体RNA测序、免疫组化、逆转录定量聚合酶链反应 | NA | RNA数据 | 7个单细胞样本，3300个整体RNA样本，116个免疫组化样本，95个逆转录定量PCR样本，48个肿瘤细胞的体细胞突变数据 |
| 11156 | 2024-08-05 |
Three-gene signature revealing the dynamics of lymphocyte infiltration in subchondral bone during osteoarthritis progression
2024-Aug-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112431
PMID:38897125
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研究论文 | 本研究揭示了在骨关节炎进展过程中，次软骨骨中的淋巴细胞浸润动态的三基因特征 | 识别出三种基因作为骨关节炎早期阶段的潜在生物标志物，并揭示了淋巴细胞浸润的主要特征 | 该研究的结果可能受限于所使用的数据集以及样本大小的影响 | 研究骨关节炎的免疫浸润变化及其相关生物标志物 | 关注早期和晚期骨关节炎次软骨骨中的免疫相关基因 | 数字病理学 | 骨关节炎 | LASSO回归, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用GSE515188数据集的样本 |
| 11157 | 2024-08-05 |
DNA damage response-related signatures characterize the immune landscape and predict the prognosis of HCC via integrating single-cell and bulk RNA-sequencing
2024-Aug-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112475
PMID:38909498
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研究论文 | 本文探讨了与DNA损伤反应相关的标志物如何影响肝细胞癌（HCC）的免疫特征和预后 | 创新性地整合了单细胞RNA测序和大规模RNA测序，构建了与DNA损伤反应相关的预后模型 | NA | 探讨与DNA损伤反应相关的生物标记，以帮助预测HCC的预后和免疫特征 | 肝细胞癌患者的肿瘤和正常样本 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序 | Cox和LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 使用了单细胞RNA测序数据集GSE242889以及对应的肝细胞癌样本 |
| 11158 | 2024-08-05 |
Identification of oxidative stress signatures of lung adenocarcinoma and prediction of patient prognosis or treatment response with single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing data
2024-Aug-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112495
PMID:38901238
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研究论文 | 本研究系统地调查了肺腺癌中的氧化应激调控模式和其与肿瘤微环境的关系 | 首次全面分析了肺腺癌中的氧化应激，建立了预后相关的预测模型 | 没有涉及氧化应激对其他肺癌亚型的影响 | 探讨肺腺癌中的氧化应激信号及其对患者预后或治疗反应的预测能力 | 针对肺腺癌患者的氧化应激相关基因进行研究 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序和总体RNA测序 | Cox回归分析 | 基因表达数据 | NA |
| 11159 | 2024-08-05 |
Machine learning algorithms integrate bulk and single-cell RNA data to unveil oxidative stress following intracerebral hemorrhage
2024-Aug-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112449
PMID:38865753
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研究论文 | 本研究通过机器学习算法整合了大规模和单细胞RNA数据，以揭示脑内出血后氧化应激的变化 | 首次结合单细胞RNA测序数据和机器学习算法，以识别与脑内出血后的氧化应激相关的核心基因 | 研究主要基于动物实验，可能限制结果在临床上的推广性 | 识别与脑内出血后氧化应激相关的最佳基因，增强对该过程的理解 | 研究了氧化应激在脑内出血后在不同细胞层中的异质性 | 机器学习 | 脑内出血 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 机器学习算法（如极端梯度提升、Boruta、随机森林、最小绝对收缩和选择算子） | RNA数据 | 涉及脑内出血动物实验的样本 |
| 11160 | 2024-08-04 |
HEARTSVG: a fast and accurate method for identifying spatially variable genes in large-scale spatial transcriptomics
2024-Jul-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49846-1
PMID:38972896
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研究论文 | 本文提出了一种新的方法HEARTSVG，用于快速准确地识别大规模空间转录组中的空间变异基因 | HEARTSVG是一种无分布假设的基于检验的方法，能够以更高的准确性和计算效率识别空间变异基因 | 未提及具体的局限性 | 理解疾病和组织结构的时空特征，识别空间变异基因 | 大规模空间转录组数据中的空间变异基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组技术 | NA | 真实数据集 | 分析了来自不同空间转录组技术的十二个真实数据集 |