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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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11141 | 2025-10-07 |
Leveraging Single-Cell RNA-Seq to Generate Robust Microglia Aging Clocks
2024-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.05.616811
PMID:39554035
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据开发稳健的小胶质细胞衰老时钟 | 首次在单细胞水平开发小胶质细胞衰老时钟,并证明其可应用于常规批量RNA-seq数据 | NA | 建立能够准确反映大脑衰老过程的生物标志物 | 小胶质细胞 | 生物信息学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 无监督频率特征化方法 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
11142 | 2025-10-07 |
Influence of Vitamin D Receptor Signalling and Vitamin D on Colonic Epithelial Cell Fate Decisions in Ulcerative Colitis
2024-Oct-15, Journal of Crohn's & colitis
DOI:10.1093/ecco-jcc/jjae074
PMID:38747639
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研究论文 | 本研究探讨维生素D受体信号传导和维生素D对溃疡性结肠炎患者结肠上皮细胞命运决定的影响 | 首次在人类结肠类器官模型中系统研究维生素D-VDR轴对上皮细胞分化的调控机制,并利用CRISPR/Cas9技术验证VDR依赖性 | 研究主要基于体外类器官模型,需要进一步在体实验验证 | 阐明维生素D-VDR信号轴在溃疡性结肠炎发病机制中的作用 | 溃疡性结肠炎患者和健康个体的结肠活检样本及患者来源的结肠类器官 | 分子生物学 | 溃疡性结肠炎 | 免疫组织化学, RNA表达阵列, 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9基因敲除 | NA | 图像, 文本(基因表达数据) | 来自UC患者和健康个体的结肠活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11143 | 2024-08-08 |
Correction to: Machine learning applications on intratumoral heterogeneity in glioblastoma using single-cell RNA sequencing data
2024-Sep-27, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad022
PMID:37226813
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
11144 | 2025-10-07 |
Single-cell and spatial transcriptomics of vulvar lichen sclerosus reveal multi-compartmental alterations in gene expression and signaling cross-talk
2024-Aug-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.14.607986
PMID:39211101
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学分析外阴硬化性苔藓病变组织,揭示多细胞区室的基因表达改变和信号通路交互作用 | 首次结合单细胞和空间转录组技术系统揭示VLS病变中角质形成细胞、成纤维细胞、免疫细胞和黑色素细胞的分子异质性与统一性变化 | 样本量有限,疾病机制验证主要依赖体外模型 | 解析外阴硬化性苔藓的分子发病机制 | VLS患者病变和非病变皮肤组织、健康对照外阴皮肤 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 单层培养模型, 器官型培养模型 | 基因表达数据, 空间定位数据 | VLS患者和健康对照的外阴皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
11145 | 2025-10-07 |
Identifying patterns differing between high-dimensional datasets with generalized contrastive PCA
2024-Aug-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.08.607264
PMID:39149388
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研究论文 | 开发了一种无需超参数调整的广义对比主成分分析方法,用于比较不同实验条件下的高维数据集 | 提出了广义对比主成分分析(gcPCA),解决了传统cPCA需要超参数调整和不对称处理条件的限制 | 未在论文摘要中明确提及具体限制 | 开发一种灵活的无超参数方法,用于比较不同实验条件下的高维数据集 | 高维生物数据集,包括神经生理学记录和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | II型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | 广义对比主成分分析(gcPCA) | 高维数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11146 | 2025-10-07 |
Ibudilast Protects Retinal Bipolar Cells from Excitotoxic Retinal Damage and Activates the mTOR Pathway
2024-Mar-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.18.585556
PMID:38562805
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研究论文 | 本研究探讨了伊布地司特在兴奋性毒性视网膜损伤模型中对视网膜神经元的保护作用及其作用机制 | 首次发现伊布地司特通过激活mTOR通路保护视网膜双极细胞,并揭示双极细胞与穆勒胶质细胞之间的旁分泌信号交流在神经保护中的重要作用 | 研究仅使用鸡视网膜损伤模型,mTOR抑制剂雷帕霉素未能减少细胞死亡,机制尚未完全阐明 | 研究伊布地司特对视网膜神经元的保护作用及其分子机制 | 鸡视网膜神经元,特别是双极细胞和穆勒胶质细胞 | 神经科学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序,光谱域光学相干断层扫描,视网膜电图,TUNEL检测 | NA | 基因表达数据,影像数据,电生理数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11147 | 2025-10-07 |
Age-related loss of Notch3 underlies brain vascular contractility deficiencies, glymphatic dysfunction, and neurodegeneration in mice
2024-Jan-16, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI166134
PMID:38015629
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研究论文 | 本研究揭示年龄相关的Notch3信号丢失导致小鼠脑血管收缩功能缺陷、类淋巴系统功能障碍和神经退行性变 | 首次证明年龄相关的Notch3信号下降直接导致脑血管功能异常和神经退行性病变,并发现其与CADASIL疾病的相似病理特征 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探究年龄如何特异性影响脑血管系统及其分子机制 | 小鼠和人类脑血管组织 | 神经科学 | 血管性痴呆 | 单细胞转录组测序,MRI | Notch3基因敲除小鼠模型 | 转录组数据,影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11148 | 2025-10-07 |
Deciphering the role of metal ion transport-related genes in T2D pathogenesis and immune cell infiltration via scRNA-seq and machine learning
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1479166
PMID:39926598
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和机器学习方法研究金属离子转运相关基因在2型糖尿病发病机制和免疫细胞浸润中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序和12种机器学习算法系统分析金属离子转运相关基因在T2D中的作用,并预测了12个蛋白质结构 | 研究样本量有限,主要基于生物信息学分析,需要实验验证 | 探索2型糖尿病的分子机制,特别关注免疫细胞浸润的作用 | 2型糖尿病和非糖尿病患者的胰岛细胞 | 机器学习 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 机器学习, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析, 细胞间通讯分析 | Stepglm[backward]加GBM等12种机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据 | T2D和ND患者的胰岛细胞样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11149 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing uncovers the mechanistic role of DAPK1 in glioma and its diagnostic and prognostic implications
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1463747
PMID:39926603
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术探索DAPK1基因在胶质瘤中的作用机制及其诊断和预后价值 | 首次在胶质瘤单细胞水平上鉴定DAPK1作为终末亚群的标志基因,并建立基于DAPK1的预后预测模型 | DAPK1在胶质瘤中的具体作用机制仍需进一步深入研究 | 开发基于DAPK1的预后标志物以预测胶质瘤患者结局 | 胶质瘤患者 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序,RNA-seq,微阵列 | LASSO回归,逐步回归算法 | 单细胞RNA测序数据,RNA-seq数据,微阵列数据 | 来自TCGA和GEO数据库的胶质瘤患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11150 | 2025-10-07 |
Mesenchymal retinoic acid signaling is required for normal diaphragm development in mice
2025-Feb-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202402182R
PMID:39921473
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和转基因技术揭示了间充质维甲酸信号在小鼠膈肌正常发育中的关键作用 | 首次在发育中膈肌进行单细胞RNA测序分析,并特异性抑制间充质维甲酸信号证明其与先天性膈疝的直接因果关系 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 更好地理解膈肌发育和先天性膈疝的病因学 | 小鼠胚胎发育中的膈肌组织 | 发育生物学 | 先天性膈疝 | 单细胞RNA测序,条件性基因敲入 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确样本数量的小鼠胚胎 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11151 | 2025-10-07 |
Exploring Origin-Dependent Susceptibility of Smooth Muscle Cells to Aortic Diseases Through Intersectional Genetics
2025-Feb-10, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究开发了一种双重组酶介导的交集遗传系统,用于精确靶向不同发育来源的平滑肌细胞,探索其在主动脉疾病中的易感性 | 开发了先进的交集遗传系统,能够精确靶向不同发育来源的平滑肌细胞亚型 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探索不同发育来源的平滑肌细胞对主动脉疾病的易感性差异 | 小鼠主动脉平滑肌细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 交集遗传学, 基因敲除 | 遗传小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11152 | 2025-10-07 |
Key Considerations on CITE-Seq for Single-Cell Multiomics
2025-Feb-09, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.202400011
PMID:39924789
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综述 | 本文以微孔单细胞分析系统为例,重点介绍CITE-Seq技术的工作流程和关键操作要点 | 系统性地总结了CITE-Seq实验流程中的关键注意事项,为单细胞多组学研究提供实用指南 | NA | 为单细胞多组学研究提供CITE-Seq技术的实践指导 | 单细胞多组学技术CITE-Seq | 单细胞多组学 | NA | CITE-Seq(细胞转录组和表位测序索引) | NA | 基因表达数据、蛋白质丰度数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | 微孔单细胞分析系统 |
11153 | 2025-10-07 |
Retrotrans-genomics identifies aberrant THE1B endogenous retrovirus fusion transcripts in the pathogenesis of sarcoidosis
2025-Feb-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56567-6
PMID:39920152
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研究论文 | 通过逆转录基因组学方法鉴定THE1B内源性逆转录病毒融合转录本在结节病发病机制中的作用 | 首次发现19个THE1B融合转录本,其中15个为先前未注释的,并揭示其在结节病中的特异性表达模式 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 探究THE1B内源性逆转录病毒融合转录本在结节病发病机制中的作用 | 结节病肌病患者和对照组的肌肉组织样本 | 基因组学 | 结节病 | 短读长和长读长RNA-seq,单细胞/单核RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 16例结节病肌病患者和400例其他肌肉疾病对照 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq,单核RNA-seq | NA | NA |
11154 | 2025-10-07 |
Multiomics identify the gene expression signature of the spinal cord during aging process
2025-Feb-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07475-4
PMID:39920442
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了衰老过程中脊髓的基因表达特征及其与铁死亡抵抗的关系 | 首次结合空间转录组学和批量RNA测序技术系统揭示衰老脊髓的转录组特征,发现Fth1基因在衰老混合胶质细胞铁死亡抵抗中的核心作用 | 研究主要聚焦于基因表达层面,对蛋白质水平和功能验证仍需进一步深入 | 探索衰老过程中脊髓的分子变化特征及其生物学意义 | 年轻和衰老的小鼠脊髓组织及混合胶质细胞 | 多组学分析 | 衰老相关疾病 | 批量RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术, CCK-8检测, siRNA, 慢病毒实验 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据, 细胞功能数据 | 年轻和衰老的脊髓组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
11155 | 2025-10-07 |
Transcriptomic profiles of single-cell autophagy-related genes (ATGs) in lung diseases
2025-Feb-07, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-025-09990-w
PMID:39920481
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究自噬相关基因在肺部疾病中的转录组图谱 | 首次在单细胞水平系统揭示自噬相关基因在多种肺部疾病中的表达异质性和细胞类型特异性变化 | 研究主要关注转录组水平变化,未验证蛋白质功能;外部刺激实验仅限于细胞系模型 | 阐明自噬相关基因在肺部疾病发生发展中的作用机制 | 健康人群和肺部疾病患者的肺组织样本,包括COVID-19相关急性肺损伤、特发性肺纤维化、慢性阻塞性肺疾病、系统性硬化症和肺腺癌 | 单细胞转录组学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康受试者和多种肺部疾病患者的肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11156 | 2025-10-07 |
Integration of single-cell and bulk RNA-sequencing data to construct and validate a signature based on NK cell marker genes to predict immunotherapy response and prognosis in colorectal cancer
2025-Feb-07, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01842-7
PMID:39920524
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研究论文 | 基于NK细胞标记基因构建并验证了预测结直肠癌免疫治疗反应和预后的特征模型 | 首次整合单细胞和bulk RNA测序数据构建基于NK细胞标记基因的预后特征,用于预测结直肠癌免疫治疗反应 | 验证队列样本量有限(共325个样本),需要更多独立队列验证 | 构建预测结直肠癌免疫治疗反应和预后的生物标志物特征 | 结直肠癌患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, WGCNA, LASSO回归分析 | 预后特征模型 | 基因表达数据 | 训练集587个TCGA样本,验证集两个GEO队列共325个样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
11157 | 2025-10-07 |
Mural cell dysfunction contributes to diastolic heart failure by promoting endothelial dysfunction and vessel remodelling
2025-Feb-07, Cardiovascular diabetology
IF:8.5Q1
DOI:10.1186/s12933-025-02623-w
PMID:39920783
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研究论文 | 本研究探讨了壁细胞功能障碍通过促进内皮功能障碍和血管重塑在舒张性心力衰竭中的作用机制 | 首次探索了壁细胞在HFpEF中的作用,建立了新的糖尿病db/db小鼠高盐HFpEF模型,揭示了壁细胞通过TNFα依赖性旁分泌信号诱导内皮细胞生长停滞的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 研究壁细胞功能障碍在心力衰竭伴保留射血分数发病机制中的作用 | 糖尿病db/db小鼠和PDGFRβtg/tg-CreERT2-EYFPtg/tg转基因小鼠 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, NichetNet分析, 组织学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 组织学图像 | 转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11158 | 2025-10-07 |
Decoding SFRP2 progenitors in sustaining tooth growth at single-cell resolution
2025-Feb-07, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04190-z
PMID:39920788
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了SFRP2hi成纤维祖细胞在维持牙齿持续生长中的关键作用 | 首次识别出小鼠切牙和人类磨牙发育牙根中特有的Sfrp2hi成纤维祖细胞群,并阐明其通过Twist1调控Wnt信号通路维持干细胞特性的分子机制 | 将小鼠牙齿研究发现应用于人类疾病的研究仍不够充分 | 构建全面的牙髓细胞图谱,阐明人类与小鼠之间的组织相似性和物种特异性差异 | 人类和小鼠的牙髓组织 | 单细胞生物学 | 牙科疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多个单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11159 | 2025-10-07 |
Myeloma cell-derived CXCL7 facilitates proliferation of tumor cells and occurrence of osteolytic lesions through JAK/STAT3 pathway
2025-Feb-06, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07413-6
PMID:39915476
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研究论文 | 本研究揭示了骨髓瘤细胞通过分泌CXCL7趋化因子激活JAK/STAT3通路,促进肿瘤增殖和溶骨性病变发生的分子机制 | 首次发现高表达CXCL7的骨髓瘤细胞亚群具有强增殖和破骨信号通路激活能力,并阐明CXCL7通过CXCR2-JAK/STAT3-MMP13/C-myc轴驱动溶骨性病变的新机制 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型,临床样本验证仍需扩大;CXCL7作为治疗靶点的具体干预策略尚未完全明确 | 探究多发性骨髓瘤中溶骨性病变的分子机制及潜在治疗靶点 | 多发性骨髓瘤细胞、小鼠异种移植瘤模型 | 数字病理 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序、转录组分析、体内外功能验证 | 小鼠异种移植瘤模型 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 本中心和GEO数据库的骨髓瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11160 | 2025-10-07 |
Single-cell atlas of human pancreatic islet and acinar endothelial cells in health and diabetes
2025-Feb-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55415-3
PMID:39915484
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了人类胰腺胰岛和腺泡内皮细胞在健康与糖尿病状态下的血管图谱 | 首次开发了富集胰岛特异性内皮细胞和腺泡特异性内皮细胞的策略,并揭示了它们在健康和糖尿病状态下的独特分子特征 | 仅分析了三个人类胰腺样本,样本量有限 | 表征胰腺内血管异质性并揭示糖尿病中的血管变化 | 人类胰腺胰岛特异性内皮细胞和腺泡特异性内皮细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 三个人类胰腺样本加上三个已发表的胰腺数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |