单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
11121	2024-08-04	Single-cell multiomics profiling reveals heterogeneous transcriptional programs and microenvironment in DSRCTs 2024-Jun-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101582 PMID:38781959	研究论文	本研究揭示了DSRCT肿瘤细胞的异质转录程序和微环境特征	首次利用单细胞多组学分析展示了DSRCT细胞在转录程序上的多样性及其与微环境的关系	样本数量有限，仅研究了五位患者的12个样本，可能影响结果的广泛适用性	探讨DSRCT肿瘤细胞的转录程序多样性及其微环境影响	对DSRCT患者的肿瘤细胞进行单细胞多组学分析	数字病理学	肿瘤	单细胞多组学	NA	转录组数据	来自五位患者的12个肿瘤样本
11122	2024-08-04	Distinctive multicellular immunosuppressive hubs confer different intervention strategies for left- and right-sided colon cancers 2024-Jun-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101589 PMID:38806057	研究论文	本文探讨了左侧和右侧结肠癌的免疫抑制特征和干预策略的差异	提出了左侧和右侧结肠癌特定的转录组表达元程序，揭示了其独特的细胞相互作用	研究可能未考虑所有潜在的肿瘤微环境因素的影响	研究左侧和右侧结肠癌在临床和分子特征上的差异	分析了来自105名结肠癌患者的426,863个单细胞转录组数据	数字病理学	结肠癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自105名结肠癌患者的426,863个单细胞
11123	2024-08-05	Venetoclax acts as an immunometabolic modulator to potentiate adoptive NK cell immunotherapy against leukemia 2024-Jun-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101580 PMID:38776913	研究论文	这篇文章报告了venetoclax作为免疫代谢调节剂的作用，通过增强NK细胞对急性髓性白血病的细胞毒性来提升NK细胞免疫疗法的效果	发现venetoclax不仅抑制BCL-2，还能激活NK细胞并提高其对AML细胞的亲和力	未足够探讨venetoclax在不同类型肿瘤中的应用和长期效果	研究venetoclax如何通过调节NK细胞功能来增强癌症免疫疗法的效果	NK细胞和急性髓性白血病(AML)细胞	数字病理学	急性髓性白血病	bulk和单细胞RNA测序，亲和力测量和功能测试	NA	细胞	NA
11124	2024-08-05	scRank infers drug-responsive cell types from untreated scRNA-seq data using a target-perturbed gene regulatory network 2024-Jun-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101568 PMID:38754419	研究论文	本文介绍了scRank，它通过未处理的单细胞转录组数据推断药物响应性细胞类型	创新性地采用目标扰动基因调控网络，通过 in silico 药物扰动排名药物响应性细胞群体	未提及具体的模型限制	旨在识别药物响应性细胞群体以阐明药物作用机制	药物响应性细胞类型以及其在不同疾病中的作用	数字病理学	脑瘤，重度抑郁障碍，心肌梗死	单细胞转录组测序	NA	未处理的单细胞转录组数据	模拟数据集和真实数据集，包括脑瘤和重度抑郁障碍的样本
11125	2024-08-05	Single-cell signatures identify microenvironment factors in tumors associated with patient outcomes 2024-Jun-17, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100799 PMID:38889686	研究论文	本文介绍了一种工具scBeacon，通过单细胞RNA测序数据识别肿瘤微环境因素与患者结果的关系	创新点在于通过整合和聚类多个单细胞RNA测序数据集提取细胞类型特征，进而解构无关肿瘤数据集	本文未提及具体的局限性	研究肿瘤及其微环境在患者生存和治疗反应中的作用	重点研究TCGA（癌症基因组图谱）队列中的肿瘤样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	多个单细胞RNA测序数据集
11126	2024-08-05	GENIX enables comparative network analysis of single-cell RNA sequencing to reveal signatures of therapeutic interventions 2024-Jun-17, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100794 PMID:38861988	研究论文	该文章介绍了GENIX，这一计算框架超越了差异表达分析，能够构建基因关联网络并识别拓扑特征基因	GENIX能够识别经典差异表达分析遗漏的特征基因，扩展了精准医疗中的目标基因发现范围	可能未提及具体的算法细节和真实数据集限制	研究单细胞RNA测序对治疗干预的细胞反应的理解	利用GENIX分析合成和实验数据集，包括从康复COVID-19患者的外周血单核细胞中分析流感疫苗诱导的免疫反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	网络模型	数据集	使用合成和实验数据集
11127	2024-08-04	Characterizing efficient feature selection for single-cell expression analysis 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae317 PMID:38975891	研究论文	本文系统地比较了11种特征选择方法在单细胞RNA-seq数据分析中的表现	提出了使用细胞聚类准确性作为特征选择方法评估的标准，并发现低表达基因在高性能方法中往往被排除	未具体提及研究的局限性	评估不同特征选择方法在单细胞表达分析中的有效性	对比11种特征选择方法的性能	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
11128	2024-08-04	Cell specification and functional interactions in the pig blastocyst inferred from single-cell transcriptomics and uterine fluids proteomics 2024-03, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2023.110780 PMID:38211822	研究论文	本文通过单细胞转录组学和子宫液体蛋白组学探讨了猪囊胚的细胞特征和功能相互作用	发现了两种之前未知的滋养外胚层亚群，包括可能代表祖细胞的LRP2表达细胞和与Rauber层相关的表达凋亡标志物的细胞	目前未提及本文的具体局限性	旨在深入理解猪囊胚在早期和孵化阶段的生物学特性	研究对象为早期和孵化的囊胚、球形和卵形胚胎及对应的子宫液体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和蛋白质组学	NA	RNA和蛋白质数据	大规模单细胞RNAseq数据集和对应的蛋白质组学数据集
11129	2024-08-05	A risk-reward examination of sample multiplexing reagents for single cell RNA-Seq 2024-03, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110793 PMID:38220132	研究论文	本研究比较了不同的样本复用试剂对单细胞RNA测序的影响	提出通过优化实验室工作流程和选择合适的复用试剂提升单细胞RNA测序的性能	研究中不同样本类型的信噪比问题影响了数据质量	旨在提高单细胞RNA测序实验的准确性和成本效益	研究对象包括人外周血单核细胞、鼠胚胎脑和患者来源的异种移植物	数字病理学	NA	RNA-Seq	NA	NA	包括人PBMC、鼠脑和患者来源的异种移植物等多种样本类型
11130	2024-08-05	A single-cell atlas of the murine pancreatic ductal tree identifies novel cell populations with potential implications in pancreas regeneration and exocrine pathogenesis 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.582044 PMID:38463969	研究论文	本文通过单细胞转录组测序全面描述了小鼠胰腺导管的异质性，识别了新的细胞群体，可能对胰腺再生和外分泌病理有重要影响	识别出15个胰腺健康状态下共存的导管细胞群体，并揭示了其在组织形成和内分泌分化中的潜力	主要研究集中在小鼠模型上，可能无法完全反映人类胰腺的复杂特征	研究胰腺导管细胞的异质性及其在胰腺再生和外分泌病理中的作用	小鼠胰腺导管的不同细胞群体	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq	NA	单细胞数据	使用胰腺伤害模型、胰腺肿瘤样本，以及健康胰腺样本
11131	2024-08-04	Cuproptosis-Related Genes as Prognostic Biomarkers for Sepsis: Insights into Immune Function and Personalized Immunotherapy 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S461766 PMID:38979432	研究论文	本研究旨在通过分析新型细胞死亡过程cuproptosis，发现败血症免疫治疗的诊断和预后生物标志物	首次将cuproptosis相关基因与败血症的免疫功能和个性化免疫疗法联系起来	研究可能受到样本量和群体分类的限制	探讨cuproptosis相关基因在败血症预后中的作用	败血症患者的转录组数据以及cuproptosis相关基因	数字病理学	败血症	转录组测序，单细胞测序，实时定量PCR	预测模型	转录组数据	涉及败血症患者和健康对照的样本
11132	2024-08-04	Deciphering head and neck cancer microenvironment: Single-cell and spatial transcriptomics reveals human papillomavirus-associated differences 2024-01, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.29386 PMID:38235919	研究论文	本文研究了人乳头瘤病毒（HPV）相关的头颈癌微环境的分子特征	通过单细胞和空间转录组学分析，发现了HPV感染与癌症干细胞特性之间的关键基因PKM2及其在转移肿瘤中的作用	样本数量有限，仅包括8个单细胞RNA样本和6个空间转录组样本	探讨HPV在头颈鳞状细胞癌中的微环境作用及其对转移的影响	主要研究基于HPV状态的原发肿瘤和淋巴结转移肿瘤的分子特征	数字病理学	头颈癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	基因表达数据	8个单细胞RNA样本和6个空间转录组样本
11133	2024-08-04	Integrated analysis of single-cell sequencing and machine learning identifies a signature based on monocyte/macrophage hub genes to analyze the intracranial aneurysm associated immune microenvironment 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1397475 PMID:38979407	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习分析识别与颅内动脉瘤相关的单核细胞/巨噬细胞基因特征，以阐明其与免疫微环境的关系	结合六种机器学习算法识别出与单核细胞/巨噬细胞相关的关键基因，并开发了多层感知机神经模型用于颅内动脉瘤的诊断	尽管研究揭示了单核细胞浸润的分子特征，但在针对颅内动脉瘤的靶向治疗方面的有效性仍需进一步验证	识别单核细胞/巨噬细胞相关的基因特征，以阐明其在颅内动脉瘤发病机制和免疫微环境中的作用	主要研究对象为颅内动脉瘤中的单核细胞和巨噬细胞	数字病理学	颅内动脉瘤	单细胞RNA测序	多层感知机（MLP）	基因数据	NA
11134	2024-08-05	A single-cell atlas of the aging mouse ovary 2024-Jan, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-023-00552-5 PMID:38200272	研究论文	本研究绘制了小鼠卵巢衰老的单细胞转录组图谱	首次提供了衰老小鼠卵巢的全面细胞图谱，揭示了早期卵巢衰退的驱动因素	该研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全转化到人类卵巢衰老	研究小鼠卵巢衰老过程中的转录组变化	对3个月和9个月小鼠卵巢组织进行单细胞RNA测序	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	组织样本	小鼠卵巢组织，3个月和9个月各一组
11135	2024-08-05	Lysyl oxidase-like 1 predicts the prognosis of patients with primary glioblastoma and promotes tumor invasion via EMT pathway 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.17579 PMID:38978755	研究论文	这篇文章探讨了赖氨酸氧化酶样1（LOXL1）在原发性胶质母细胞瘤患者预后中的预测作用及其通过上皮-间质转化（EMT）途径促进肿瘤侵犯的机制	提出了基于LOXL1的预后风险评分模型和诺莫图，展示了其在评估胶质母细胞瘤患者预后中的潜在应用	只使用了TCGA和CGGA数据进行分析，结果可能受限于数据的可获取性和样本的多样性	研究LOXs在胶质母细胞瘤中的作用及其对患者预后的影响	主要研究对象是原发性胶质母细胞瘤患者及其相关的LOXs基因	肿瘤病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序，CCK-8，western blot，伤口愈合实验，Transwell侵袭实验	NA	基因组数据，临床生存数据	使用TCGA和CGGA数据集的患者，具体样本量未在摘要中提及
11136	2024-08-05	The association between vitamin D and the progression of diabetic nephropathy: insights into potential mechanisms 2024, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2024.1388074 PMID:38978780	研究论文	本研究调查了维生素D水平与糖尿病肾病进展之间的关联及潜在机制	揭示了维生素D缺乏与糖尿病肾病进展相关的分子机制	本研究仅基于特定患者群体，可能存在样本选择偏差	探索维生素D水平与糖尿病肾病进展之间的关系和机制	567名2型糖尿病患者及221名健康对照的临床数据	数字病理学	糖尿病肾病	RNA-seq，scRNA-seq	NA	临床数据，基因表达数据	567名2型糖尿病患者和221名健康对照
11137	2024-08-04	SARS-CoV-2 mRNA vaccination-induced immunological memory in human nonlymphoid and lymphoid tissues 2023-12-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI171797 PMID:37815874	研究论文	本研究分析了人类非淋巴组织和淋巴组织中针对SARS-CoV-2 mRNA疫苗的免疫记忆	首次全面分析了人类对SARS-CoV-2 mRNA疫苗的T细胞反应，揭示了组织记忆和驻留特征	研究仅基于手术样本和血液样本，样本量和患者的多样性可能有限	研究SARS-CoV-2 mRNA疫苗诱导的特定T细胞在不同组织中的生成和功能	主要研究肾脏、肝脏、肺、骨髓和脾脏中的SARS-CoV-2疫苗特异性T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	组织样本和血液样本	未明确说明样本数量和种类
11138	2024-08-04	Ghrelin deletion and conditional ghrelin cell ablation increase pancreatic islet size in mice 2023-12-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI169349 PMID:38099492	研究论文	本研究探讨了削减生长激素在小鼠胰岛大小和β细胞质量方面的影响	首次系统研究了生长激素缺失如何增加胰岛大小和β细胞数量，并揭示了相关基因表达变化	研究主要在小鼠模型中进行，结果的临床转化仍需进一步验证	研究生长激素对胰岛大小和β细胞质量的影响	小鼠胰岛及其β细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	多只小鼠，包括10-到12周龄和4周龄的小鼠
11139	2024-08-04	Activation of the pentose phosphate pathway in macrophages is crucial for granuloma formation in sarcoidosis 2023-12-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI171088 PMID:38038136	研究论文	本研究探讨了巨噬细胞中戊糖磷酸途径的激活如何促进颗粒肿瘤在沙其多病中的形成	首次揭示了在沙其多病的颗粒肿瘤形成过程中戊糖磷酸途径的关键作用	本研究主要集中在沙其多病患者的特定模型上，需进一步研究其他类型的模型以验证结果	探讨沙其多病中颗粒肿瘤形成的机制	沙其多病患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	沙其多病	单细胞RNA测序	小鼠颗粒肿瘤模型	基因表达数据	来自沙其多病患者的样本
11140	2024-08-04	Bone-derived PDGF-BB drives brain vascular calcification in male mice 2023-12-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI168447 PMID:37815871	研究论文	本研究报告了骨源性血小板衍生生长因子BB（PDGF-BB）在雄性小鼠中造成脑血管钙化的作用	揭示了PDGF-BB通过激活p-PDGFRβ/p-ERK/RUNX2信号通路引起脑血管钙化的机制	未详细探讨微血管钙化的其他潜在机制	探讨骨源性PDGF-BB对脑血管钙化的影响及其机制	雄性小鼠及其脑血管细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	转基因小鼠模型	血清样本及脑微血管培养系统	雄性小鼠，包括年轻小鼠和老年小鼠