单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28128 篇文献，本页显示第 11121 - 11140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11121 | 2024-08-05 |
Deciphering lung adenocarcinoma prognosis and immunotherapy response through an AI-driven stemness-related gene signature
2024-Jul, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18564
PMID:39046884
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研究论文 | 本文构建了一个基于人工智能的干性相关基因特征，解读肺腺癌预后和免疫治疗反应 | 该研究首次建立了干性相关基因特征，并分解了肺腺癌的预后和免疫治疗反应 | 研究中对干性基因特征与免疫环境的关联探索可能受到样本量和数据类型的限制 | 提升肺腺癌的预后准确性，以优化个性化免疫治疗策略 | 研究对象为肺腺癌（LUAD）细胞和相关基因 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | AI网络（传统回归、机器学习、深度学习） | 基因组数据 | 使用LUAD细胞系进行的实验验证 |
| 11122 | 2024-08-05 |
Reduction of Glyoxalase 1 Expression Links Fetal Methylmercury Exposure to Autism Spectrum Disorder Pathogenesis
2024-Jun-22, Toxics
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/toxics12070449
PMID:39058101
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研究论文 | 这篇文章探讨了甘油醛酶1表达的降低将胎儿甲基汞暴露与自闭症谱系障碍的发病机制联系起来 | 研究揭示了甲基汞暴露对自闭症风险基因在皮层发育中的直接影响 | 具体对照组和长时间观察的数据可能不足 | 本研究旨在确定孕期甲基汞诱导早熟神经分化和异常神经发育的分子机制 | 研究对象为孕期暴露于低剂量非凋亡性甲基汞的小鼠模型 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和实时定量PCR (RT-qPCR) | NA | 基因表达数据 | 培养的胚胎放射状胶质前体细胞 (RGPs) |
| 11123 | 2024-08-05 |
Differential Contributions of Fibroblast Subpopulations to Intercellular Communication in Eosinophilic Esophagitis
2024-Jun-21, Biology
DOI:10.3390/biology13070461
PMID:39056656
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研究论文 | 本文探讨了在嗜酸性食管炎中成纤维细胞亚群的异质性及其细胞间通讯的作用 | 识别出嗜酸性食管炎中至少两种成纤维细胞亚群，并揭示了它们在细胞-细胞相互作用中的不同贡献 | 缺乏对成纤维细胞亚群的更详细功能和机制解析 | 研究嗜酸性食管炎中成纤维细胞亚群的分类和其在病理过程中的作用 | 嗜酸性食管炎患者的食管活检样本及其成纤维细胞 | 数字病理学 | 嗜酸性食管炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 使用了一组嗜酸性食管炎食管活检的公共单细胞RNA测序数据 |
| 11124 | 2024-08-05 |
Collagen induction of immune cells in the mammary glands during pregnancy
2024-Feb-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
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研究论文 | 该研究评估了妊娠-哺乳周期中乳腺胶原蛋白的动态变化 | 本研究首次显示免疫细胞在乳腺胶原动态中发挥作用 | 本研究主要依赖单细胞RNA测序数据，可能未能涵盖所有细胞类型的完整情况 | 阐明妊娠-哺乳周期中乳腺胶原的动态特征 | 乳腺组织中的免疫细胞和间质细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 11125 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomic profiling of isolated microregions in tissue sections utilizing laser-induced forward transfer
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0305977
PMID:39052564
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研究论文 | 本研究提出了一种基于激光诱导前转移的新的空间转录组学分析方法。 | 创新点在于结合了激光诱导前转移和全长mRNA测序协议，实现了特定区域组织的基因表达分析。 | 暂未提及该方法的实际应用限制，可能需要进一步研究以确认其适用性。 | 研究旨在开发一种新方法，以便在组织切片中进行空间转录组学分析。 | 研究对象为小鼠大脑皮层和海马中的特定微区域。 | 数字病理学 | NA | mRNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠大脑的多个切片 |
| 11126 | 2024-08-05 |
Autophagy Contributes to Homeostasis in Esophageal Epithelium Where High Autophagic Vesicle Level Marks Basal Cells With Limited Proliferation and Enhanced Self-Renewal Potential
2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.02.018
PMID:38452871
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研究论文 | 该研究定义了自噬在食管上皮内稳态中的角色 | 研究揭示了自噬与食管基底细胞增殖和自我更新能力之间的关系 | 本研究的局限性在于未考虑自噬在其他类型细胞中的作用 | 探讨自噬在食管上皮稳态中的作用 | 生成了特定于鳞状上皮的Atg7条件性基因敲除小鼠来评估其对食管稳态的影响 | 数字病理学 | 食管病理 | RNA测序，免疫染色 | NA | 细胞，组织 | 使用了敲除小鼠以及分选的食管基底细胞 |
| 11127 | 2024-08-05 |
Stationary-to-migratory transition in glioblastoma stem-like cells driven by a fatty acid-binding protein 7-RXRα neurogenic pathway
2023-12-08, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noad134
PMID:37499046
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研究论文 | 本研究揭示了脂肪酸结合蛋白7（FABP7）驱动的胶质母细胞瘤（GBM）干样细胞的迁移机制 | 首次将FABP7的作用与胶质母细胞瘤干样细胞的迁移联系起来，阐明了PUFA-FABP7-RXRα神经基因途径的作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能在人类GBM中存在不同的表现 | 本研究旨在深入了解胶质母细胞瘤干样细胞的迁移机制及其在肿瘤进展中的作用 | 胶质母细胞瘤（GBM）干样细胞以及相应的小鼠模型 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序、基因报告酶实验 | NA | 细胞系、患者衍生的样本 | 使用了多个GBM细胞系和来源于患者的胶质母细胞瘤干样细胞 |
| 11128 | 2024-08-05 |
Characterizing pancreatic β-cell heterogeneity in the streptozotocin model by single-cell transcriptomic analysis
2020-07, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2020.100982
PMID:32247924
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研究论文 | 本研究探索了在链脲佐菌素（STZ）模型下胰岛细胞的分子特征 | 识别了β细胞在生理和病理条件下的异质性，并未观察到Glut2low向Glut2high的转化 | 未能发现STZ模型中非β内分泌细胞的转录组变化或α细胞谱系向β细胞谱系的直接转分化途径 | 重新评估链脲佐菌素（STZ）模型中β细胞的功能和再生 | 链脲佐菌素处理的小鼠胰腺内分泌细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 2999个细胞 |
| 11129 | 2024-08-05 |
Chloride channels regulate differentiation and barrier functions of the mammalian airway
2020-04-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.53085
PMID:32286221
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研究论文 | 本文系统地表征了小鼠气道的发育景观，并确定了在人类胎儿发育过程中操作的高度保守的细胞程序 | 揭示氯离子通道在哺乳动物气道形成与功能中的重要作用 | 研究主要基于小鼠模型，可能与人类情况存在差异 | 探讨气道粘膜屏障的形成和功能的分子事件 | 小鼠气道的发育和修复机制 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 11130 | 2024-08-05 |
Integrating GWAS with bulk and single-cell RNA-sequencing reveals a role for LY86 in the anti-Candida host response
2020-04, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1008408
PMID:32251450
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研究论文 | 该文章探讨了LY86在抗念珠菌宿主反应中的作用 | 首次揭示LY86与念珠菌易感性之间的潜在新联系 | 没有明确提到样本量的细节和数据的长期影响 | 更好地理解抗念珠菌宿主反应 | 与念珠菌刺激的免疫细胞进行的转录组分析 | 数字病理学 | 念珠菌感染 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA |
| 11131 | 2024-08-05 |
Cerebro: interactive visualization of scRNA-seq data
2020-04-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz877
PMID:31764967
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研究论文 | 介绍Cerebro，一款无需生物信息学经验的单细胞转录组数据互动可视化工具 | Cerebro提供了一种用户友好的图形界面，允许生物学家不需要生物信息学知识即可直接与数据互动 | 仅针对已经预处理的单细胞转录组数据，可能限制了其应用范围 | 旨在为生物学家提供一个可以互动分析单细胞RNA-seq数据的平台 | 生物学家和生物信息学家使用单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 使用了来自公共可用数据集的三个示例 |
| 11132 | 2024-08-05 |
MLRR-ATV: A Robust Manifold Nonnegative LowRank Representation with Adaptive Total-Variation Regularization for scRNA-seq Data Clustering
2024-Jul-24, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3432740
PMID:39046863
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞聚类方法MLRR-ATV，用于分析scRNA-seq数据 | 引入了自适应全变分正则化来降低噪声的影响，同时保留数据中的线性和非线性流形结构 | 模型为非凸，优化过程可能会受到局部最优解的影响 | 研究单细胞RNA测序数据的聚类方法 | 聚类分析的对象为单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 低秩表示模型 | 数据集 | 八个真实的scRNA-seq数据集 |
| 11133 | 2024-08-04 |
A single-cell pan-cancer analysis to show the variability of tumor-infiltrating myeloid cells in immune checkpoint blockade
2024-Jul-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50478-8
PMID:39034339
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤浸润性髓系细胞在免疫检查点抑制中的变异性 | 通过单细胞转录组学进行全癌症类型分析，揭示了TIMs在不同癌症类型中的丰度和动力学行为的显著变化 | 在研究中可能未考虑所有癌症类型或个体差异，样本量相对有限 | 研究肿瘤微环境中TIMs的功能以及它们与肿瘤浸润淋巴细胞的相互作用 | 192个来自129名患者的肿瘤样本中的肿瘤浸润性髓系细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 肿瘤样本 | 192个肿瘤样本 |
| 11134 | 2024-08-04 |
Unraveling Spatial Domain Characterization in Spatially Resolved Transcriptomics with Robust Graph Contrastive Clustering
2024-Jul-16, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae451
PMID:39012523
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研究论文 | 本文开发了一种深度图对比聚类框架stDGCC，能够准确揭示空间领域 | 本文通过显式建模空间信息和基因表达特征，提出了一种新颖的空间图节点嵌入模型，优化了特征学习与拓扑结构的保留 | NA | 研究空间转录组学中的基因表达及其空间分布 | 从不同平台获取的各种空间转录组数据集 | 数字病理学 | NA | 对比学习 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 各种空间转录组数据集，空间分辨率各异 |
| 11135 | 2024-08-04 |
Unveiling diabetic nephropathy: a novel diagnostic model through single-cell sequencing and co-expression analysis
2024-Jul-03, Aging
DOI:10.18632/aging.205982
PMID:38968594
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和共表达分析揭示了糖尿病肾病的潜在生物标志物和诊断模型 | 创新点在于首次探索了程序性细胞死亡的新类型——二硫酸死亡在糖尿病肾病中的重要性，并建立了基于该机制的诊断模型 | 本研究的局限在于使用的样本来自公开数据集，可能存在数据的多样性和异质性问题 | 研究的目的是揭示糖尿病肾病中二硫酸死亡的作用及其作为早期诊断生物标志物的潜力 | 研究对象为糖尿病肾病患者与健康对照组的细胞样本 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞测序 | 机器学习模型 | 转录组数据 | 包括糖尿病肾病患者和健康对照的样本数据分析 |
| 11136 | 2024-08-04 |
Unfolding the mysteries of heterogeneity from a high-resolution perspective: integration analysis of single-cell multi-omics and spatial omics revealed functionally heterogeneous cancer cells in ccRCC
2024-Jun-26, Aging
DOI:10.18632/aging.205974
PMID:38944814
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研究论文 | 本研究整合了单细胞多组学和空间组学的数据，揭示了透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中功能异质性癌细胞的特征 | 通过整合scRNA-seq、scATAC-seq和stRNA-seq，首次分类了功能异质性的癌细胞，并探索了其在微环境中的相互作用 | 尚未完全建立ccRCC中肿瘤内异质性的机制 | 探讨透明细胞肾细胞癌中的肿瘤内异质性及其调控网络 | 功能上异质性的癌细胞 | 数字病理学 | 肾癌 | scRNA-seq, scATAC-seq, stRNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA |
| 11137 | 2024-08-04 |
Beyond benchmarking and towards predictive models of dataset-specific single-cell RNA-seq pipeline performance
2024-06-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03304-9
PMID:38886757
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研究论文 | 本研究探讨了使用监督机器学习模型来预测针对特定数据集的单细胞RNA测序分析管道性能 | 提出了通过分析288个scRNA-seq管道在86个数据集上的表现来预测最佳管道的可能性 | 未提及具体的局限性 | 研究预测特定数据集的最佳单细胞RNA-seq分析管道 | 288种scRNA-seq分析管道和86个数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 监督机器学习模型 | 单细胞RNA-seq数据 | 288个分析管道和86个数据集 |
| 11138 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome analysis of cavernous tissues reveals the key roles of pericytes in diabetic erectile dysfunction
2024-Jun-10, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88942
PMID:38856719
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研究论文 | 本研究通过单细胞 RNA 测序分析了海绵体组织，揭示了周细胞在糖尿病勃起功能障碍中的关键作用 | 研究发现了新的周细胞特异性标记 Limb Bud-Heart (Lbh)，表明其在糖尿病勃起功能障碍中的重要性 | 研究主要集中在小鼠和人类的海绵体组织，可能缺乏其他类型组织的全面数据 | 深入理解糖尿病条件下海绵体微环境和细胞间通讯以开发新疗法 | 研究对象包括糖尿病患者的海绵体组织和相关的细胞类型 | 数字病理学 | 糖尿病勃起功能障碍 | 单细胞 RNA 测序 | NA | RNA数据 | 研究涉及小鼠和人类的海绵体组织样本 |
| 11139 | 2024-08-04 |
Pianno: a probabilistic framework automating semantic annotation for spatial transcriptomics
2024-Apr-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47152-4
PMID:38565531
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研究论文 | 该论文介绍了一个名为Pianno的贝叶斯框架，用于自动化空间转录组的结构语义注释。 | Pianno能够基于标记基因自动进行生物身份注释，显著提高了空间语义注释的准确性。 | 研究中未提及Pianno在特定情况下的有效性或可能的局限性。 | 研究旨在优化空间转录组中生物标识注释的自动化过程。 | 研究的对象包括各种空间转录组数据生成的组织切片。 | 数字病理学 | NA | 贝叶斯框架 | NA | 空间转录组数据 | 多种空间转录组平台生成的数据 |
| 11140 | 2024-08-04 |
Understanding testicular single cell transcriptional atlas: from developmental complications to male infertility
2024, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2024.1394812
PMID:39055054
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综述 | 这篇文章讨论了睾丸单细胞转录组研究以及其与男性不育的关系 | 强调了单细胞RNA测序在测试材料基因表达中的优势和应用 | 关于睾丸转录组以及相关疾病的全面评论仍然有限 | 旨在深入理解睾丸的转录组特征与男性生育力之间的关系 | 主要关注睾丸内不同细胞类型的基因表达特征 | 数字病理学 | 男性不育 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |