单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
11101	2024-08-05	Integrated pan-cancer and scRNA-seq analyses identify a prognostic coagulation-related gene signature associated with tumor microenvironment in lower-grade glioma 2024-Jul-02, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01114-w PMID:38955935	研究论文	该文章通过整合泛癌症和单细胞RNA测序分析，识别出与下级别胶质瘤肿瘤微环境相关的预后凝血相关基因特征	本研究创新性地结合了临床特征与基因表达分析，提出了用于下级别胶质瘤预后的凝血相关基因签名	研究主要集中在特定癌症类型，对其他癌症类型的适用性尚需进一步验证	探讨凝血路径与下级别胶质瘤患者预后的关系	本研究聚焦于下级别胶质瘤及其他癌症类型的患者	数字病理	NA	单样本基因集富集分析（ssGSEA），LASSO回归，CIBERSORT，单细胞RNA测序	Cox回归模型	基因表达数据	NA
11102	2024-08-05	Single-cell transcriptomic profiling unveils insights into ovarian fibrosis in obese mice 2024-Jul-02, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00496-9 PMID:38956667	研究论文	本研究建立了肥胖小鼠模型以探讨肥胖对卵巢微环境的影响	首次使用单细胞RNA测序技术构建了肥胖小鼠卵巢组织的单细胞图谱，揭示了功能失衡的细胞亚群和其相互作用	研究只在小鼠模型中进行，尚需在人类身上验证	探讨肥胖如何影响卵巢微环境及其与生育健康的关系	肥胖小鼠的卵巢组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织	18周饲喂的成年雌性小鼠
11103	2024-08-05	Identification of unique cell type responses in pancreatic islets to stress 2024-Jul-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49724-w PMID:38956087	研究论文	该文章分析了胰岛细胞对糖尿病相关压力的特定反应	通过多重单细胞RNA测序，定义了暴露于内质网和炎症压力的原代人胰岛细胞的转录特征	未提及具体的样本数量和来源	更好地表征细胞类型特异性的压力反应	主要研究原代人胰岛细胞在不同糖尿病相关压力下的基因表达变化	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
11104	2024-08-04	Building and analyzing metacells in single-cell genomics data 2024-Jul, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-024-00045-6 PMID:38811801	评论	本文回顾了单细胞基因组学数据中元细胞的构建和分析方法	介绍了元细胞的概念及其在简化单细胞基因组学数据中的应用	未具体提到元细胞的局限性	探讨如何利用元细胞分析单细胞基因组学数据	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因组数据	NA
11105	2024-08-04	Mapping the complexity and diversity of tertiary lymphoid structures in primary and peritoneal metastatic gastric cancer 2024-Jul-01, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009243 PMID:38955417	研究论文	本文探讨了原发性胃癌和腹膜转移性胃癌中三级淋巴结构的复杂性和多样性。	该研究揭示了胃癌中三级淋巴结构的细胞组成和成熟状态在不同肿瘤位置和免疫环境中的显著差异。	该研究未讨论长时间随访的影响，可能无法全面捕捉TLS的动态变化。	研究三级淋巴结构对胃癌抗肿瘤免疫及预后的影响。	分析胃癌原发肿瘤及腹膜转移样本中的免疫细胞组成和功能。	数字病理学	胃癌	空间转录组学和免疫组化	NA	组织样本	使用了来自胃癌原发肿瘤和腹膜转移的存档切除标本
11106	2024-08-04	Heterogeneous pseudobulk simulation enables realistic benchmarking of cell-type deconvolution methods 2024-07-01, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03292-w PMID:38956606	研究论文	该文章展示了一种异质性伪混合物模拟方法，以改进细胞类型去卷积方法的基准评估	提出了一种异质性模拟策略，以创建更具生物学变异的合成混合样本，从而增强基准测试的可靠性	标准方法使用随机选取的单细胞，未考虑细胞间的内在差异，导致合成混合物缺乏适当的生物学变异	旨在改进和评估细胞类型去卷积方法的基准测试	研究对象为不同去卷积方法在多个数据集上的表现	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	回归方法	数据集	八个不同的数据集
11107	2024-08-05	Single-cell transcriptome dissecting the microenvironment remodeled by PD1 blockade combined with photodynamic therapy in a mouse model of oral carcinogenesis 2024-Jul, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.636 PMID:38962427	研究论文	本研究揭示了PD1阻断联合光动力疗法在小鼠口腔癌发生模型中重塑微环境的效果	创新之处在于通过单细胞转录组测序揭示了口腔癌进展过程中微环境的失调，并提出了一种新的治疗策略	本研究的局限性在于模型仅使用小鼠，未在临床中进行验证	探讨有效的策略以阻止口腔潜在恶性疾病向口腔鳞状细胞癌的进展	建立小鼠口腔癌发生模型，研究PD1阻断与光动力疗法的联合效果	数字病理学	口腔癌	单细胞转录组测序	NA	NA	小鼠模型
11108	2024-08-04	STimage-1K4M: A histopathology image-gene expression dataset for spatial transcriptomics 2024-Jun-20, ArXiv PMID:38947920	研究论文	本研究介绍了STimage-1K4M，一个用于空间转录组学的组织病理图像-基因表达数据集	STimage-1K4M 数据集通过为小tile图像提供基因组特征，填补了现有医学图像文本数据集中信息不足的空白	NA	旨在促进多模态数据分析及其在计算病理学中的应用	包含来自空间转录组数据的1,149幅图像和4293195对小tile图像与基因表达	计算病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	1149幅图像，4293195对小tile图像与基因表达
11109	2024-08-04	An integrated single-cell RNA-seq map of human neuroblastoma tumors and preclinical models uncovers divergent mesenchymal-like gene expression programs 2024-06-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03309-4 PMID:38898465	研究论文	本研究生成了神经母细胞瘤细胞系、患者衍生异种移植模型及基因工程小鼠模型的单细胞RNA-seq图谱	提出了一种无监督机器学习方法(acNMF)来比较临床与前临床模型中的基因表达程序	未详细研究弱表达的间充质样基因表达与药物耐受机制之间的关系	更好地理解患者肿瘤异质性与前临床模型之间的关系	聚焦于神经母细胞瘤细胞系及其前临床模型的基因表达程序	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA-seq	无监督机器学习模型	基因表达数据	涉及多种细胞系、患者衍生异种移植模型及基因工程小鼠模型的多个样本
11110	2024-08-05	CXCR7 activation evokes the anti-PD-L1 antibody against glioblastoma by remodeling CXCL12-mediated immunity 2024-Jun-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06784-6 PMID:38898023	研究论文	本研究探讨了CXCR7在胶质母细胞瘤中重塑CXCL12介导的免疫反应，以激发抗PD-L1抗体。	揭示了CXCR7作为CXCL12的负调节因子，并通过靶向激活CXCR7来增强抗肿瘤免疫反应。	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需要进一步验证。	提高胶质母细胞瘤免疫疗法的有效性。	胶质母细胞瘤细胞与相关巨噬细胞的相互作用。	数字病理学	胶质母细胞瘤	转录组分析	小鼠模型	基因数据	多个复发性胶质母细胞瘤样本及小鼠实验相结合
11111	2024-08-04	Spatial Biology of Breast Cancer 2024-05-02, Cold Spring Harbor perspectives in medicine IF:7.8Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a041335 PMID:38110242	评论	本研究讨论了空间生物学在乳腺癌中的应用及其影响	探讨了空间转录组学和蛋白质组学以及新兴的多重成像技术对乳腺癌研究的贡献	未具体提及具体研究数据或样本限制	旨在探索空间方法对乳腺癌进展和治疗的理解	涉及乳腺癌相关的空间关系及其生物学机制	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学, 蛋白质组学, 多重成像技术	NA	NA	NA
11112	2024-08-05	Soluble PD-L1 reprograms blood monocytes to prevent cerebral edema and facilitate recovery after ischemic stroke 2024-02, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2023.12.007 PMID:38070624	研究论文	这篇文章探讨了可溶性PD-L1如何通过重新编程血液单核细胞来预防脑水肿并促进缺血性中风后的恢复。	相关研究首次展示了PD-1阳性单核细胞作为sPD-L1的治疗靶点的潜力。	研究在小鼠模型中进行，实际临床应用的效果和安全性仍需进一步验证。	研究PD-L1在急性缺血性中风恢复中的治疗潜力。	研究对象为急性缺血性中风患者的循环单核细胞以及小鼠模型。	数字病理学	缺血性中风	单细胞RNA测序	小鼠中动脉闭塞（MCAO）模型	生物样本	涉及人类患者和小鼠模型，具体样本量未列明
11113	2024-08-04	Deciphering the shared mechanisms of Gegen Qinlian Decoction in treating type 2 diabetes and ulcerative colitis via bioinformatics and machine learning 2024, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2024.1406149 PMID:38962743	研究论文	本研究探讨了葛根芩莲汤在治疗2型糖尿病和溃疡性结肠炎中的共享机制	揭示了T2DM和UC之间的共病机制，并识别了新的生物标志物和治疗策略	缺乏临床试验数据以验证研究结果	探究T2DM与UC之间的共享致病机制，并阐明葛根芩莲汤的作用机制	研究对象包括2型糖尿病和溃疡性结肠炎的相关靶点	生物信息学	2型糖尿病, 溃疡性结肠炎	生物信息学和机器学习	机器学习	基因表达数据	NA
11114	2024-08-04	SlowMoMan: a web app for discovery of important features along user-drawn trajectories in 2D embeddings 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae095 PMID:38962404	研究论文	本文提出了SlowMoMan，一个Web应用程序，用于发现用户绘制的二维嵌入中的重要特征	该应用程序解决了非线性低维嵌入与原始高维数据之间关系的难题，并提供了一种可视化和排序功能	未提及具体的限制	研究如何在二维嵌入中识别和排序重要特征	研究对象包括轨迹推断、空间转录组学和细胞分类等应用场景	计算机视觉	NA	非线性低维嵌入	NA	高维数据	NA
11115	2024-08-04	Integrated analysis of single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, Mendelian randomization, and eQTL reveals T cell-related nomogram model and subtype classification in rheumatoid arthritis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1399856 PMID:38962008	研究论文	本文整合多重数据集，探讨类风湿性关节炎（RA）中T细胞的异质性及其相关的诊断模型	建立了一种与T细胞相关的诊断模型，提供了RA免疫治疗的新方法	研究未提及样本的年龄或性别对不同T细胞模式的影响	探讨类风湿性关节炎中的T细胞机制及其分类	研究对象为582个与类风湿性关节炎相关的T细胞亚型	数字病理学	类风湿性关节炎	scRNA-seq、bulk RNA-seq、孟德尔随机化（MR）和eQTL	XGB机器学习	细胞数据	分析了10,211个细胞
11116	2024-08-05	Activation of non-classical Wnt signaling pathway effectively enhances HLA-A presentation in acute myeloid leukemia 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1336106 PMID:38962268	研究论文	本研究识别了急性淋巴细胞白血病（AML）中造血干细胞前体（HSC-Prog）的克隆异质性，并探讨了与AML免疫逃逸相关的分子通路	首次揭示非经典Wnt信号通路在AML中与HLA-A呈现的关系	未明确涉及样本的多样性或实验结果的临床应用	识别AML中造血干细胞前体的克隆异质性并探讨与免疫逃逸相关的分子机制	急性髓性白血病（AML）患者的造血干细胞前体	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、大规模RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA（mRNA）	样本数量未具体说明
11117	2024-08-05	A mitochondria-related genes associated neuroblastoma signature - based on bulk and single-cell transcriptome sequencing data analysis, and experimental validation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1415736 PMID:38962012	研究论文	本文建立了一种与线粒体相关基因相关的神经母细胞瘤标志，通过数据分析和实验验证进行了研究	提出了一个新的预测工具，能够有效评估神经母细胞瘤患者的预后和对化疗药物的敏感性	研究可能未涵盖所有类型的神经母细胞瘤患者，且数据集的多样性有限	旨在分析线粒体相关基因在神经母细胞瘤中的重要性及其在患者预后中的应用	本研究对象为神经母细胞瘤患者及其相关的线粒体相关基因	数字病理	神经母细胞瘤	转录组测序	一致性聚类和机器学习算法	单细胞和整体转录组数据	NA
11118	2024-08-05	Elucidating the role of angiogenesis-related genes in colorectal cancer: a multi-omics analysis 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1413273 PMID:38962272	研究论文	本研究通过综合多组学分析阐明了血管生成相关基因在结直肠癌中的重要性	研究中识别了结直肠癌中的两种血管生成相关亚型及其四个关键基因，为个性化治疗提供了新见解	在基因突变与亚型的关联方面未发现显著性	探索血管生成相关基因在结直肠癌中的作用及其机制	结直肠癌患者及其血管生成相关基因的表达	数字病理学	结直肠癌	RT-PCR, scRNA-seq	LASSO, Xgboost, 决策树	基因表达数据	NA
11119	2024-08-05	Border-associated macrophages mediate the neuroinflammatory response in an alpha-synuclein model of Parkinson disease 2023-06-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39060-w PMID:37365181	研究论文	这篇文章探讨了边界相关巨噬细胞在帕金森病α-突触核蛋白模型中的神经炎症反应中的作用	揭示了边界相关巨噬细胞在神经炎症反应中的关键作用，尤其是在抗原呈递和CD4 T细胞反应中的独特地位	尚不清楚边界相关巨噬细胞在其他神经退行性疾病中的作用	研究边界相关巨噬细胞在帕金森病神经炎症中的作用	边界相关巨噬细胞以及它们在α-突触核蛋白引发的神经炎症中的角色	数字病理	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	细胞	从后期死亡的帕金森病大脑中关于巨噬细胞和T细胞的位置特征进行的研究
11120	2024-08-05	High-throughput total RNA sequencing in single cells using VASA-seq 2022-12, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01361-8 PMID:35760914	研究论文	本文开发了VASA-seq技术，以检测单细胞中的整体转录组	VASA-seq能够捕获所有RNA分子的总转录组，克服了传统方法无法检测许多长非编码 RNA及非多腺苷酸化转录本的限制	本文未提到具体的限制因素	研究单细胞转录组，并分析不同发育阶段的RNA动态	在小鼠胚胎的胚胎发生和器官发生早期阶段研究超过30,000个单细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA数据	超过30,000个单细胞