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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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11101 | 2025-10-07 |
Inferring pattern-driving intercellular flows from single-cell and spatial transcriptomics
2024-Oct, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02380-w
PMID:39187683
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研究论文 | 提出FlowSig方法,从单细胞和空间转录组数据推断细胞间通讯驱动的信息流 | 首次结合图形因果建模和条件独立性分析,揭示细胞间通讯与细胞内基因模块之间的耦合关系 | 方法依赖于因果推断假设,需要实验验证其生物学意义 | 开发从单细胞和空间转录组数据推断细胞间信息流的方法 | 皮质类器官、胰腺胰岛、COVID-19患者样本、小鼠胚胎 | 生物信息学 | COVID-19, 糖尿病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 图形因果模型 | 基因表达数据 | 多种实验数据集和合成数据 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
11102 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals placental response under environmental stress
2024-Aug-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50914-9
PMID:39095385
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究环境应激下胎盘的反应机制 | 首次在单细胞水平揭示砷暴露下胎盘细胞类型特异性反应,发现PRAP1基因在26种胎盘细胞类型中显著上调并具有性别偏好性 | 研究主要基于小鼠模型,人类细胞验证有限 | 探究环境应激下胎盘的分子响应机制 | 小鼠胎盘细胞和人类滋养层细胞 | 单细胞生物学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序,体外实验,离体实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种胎盘细胞类型(包括多种滋养层细胞) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11103 | 2025-10-07 |
Hofbauer cells and fetal brain microglia share transcriptional profiles and responses to maternal diet-induced obesity
2024-06-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114326
PMID:38848212
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研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞RNA测序技术,揭示了母体饮食诱导肥胖模型中胎儿脑小胶质细胞与胎盘霍夫bauer细胞具有共同的转录特征 | 首次证实胎儿脑小胶质细胞与胎盘霍夫bauer细胞具有共同起源和相似的转录程序,并提出霍夫bauer细胞可作为胎儿脑小胶质细胞编程的非侵入性生物标志物 | 研究主要基于小鼠模型,虽然与人类数据集比较显示保守性,但需要进一步临床验证 | 探索母体肥胖对胎儿免疫细胞编程的影响及其与神经发育障碍的关联 | 小鼠模型中的胎儿脑小胶质细胞和胎盘霍夫bauer细胞 | 发育生物学 | 神经发育障碍 | 谱系追踪, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11104 | 2025-10-07 |
Bulk and single-cell transcriptome datasets of the mouse fetal and adult rete ovarii and surrounding tissues
2024-Apr-13, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03227-x
PMID:38615064
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研究论文 | 本研究通过批量、单细胞和细胞核水平的转录组测序,揭示了小鼠胎儿和成年期卵巢网及其周围组织的转录组特征 | 首次系统性地对卵巢网三个区域进行多层次的转录组分析,并利用Pax8-rtTA; Tre-H2B-GFP转基因小鼠模型实现卵巢网特异性标记 | 研究局限于小鼠模型,卵巢网的具体功能意义仍需进一步实验验证 | 探索卵巢网在卵巢稳态和生理变化响应中的潜在功能 | 小鼠胎儿和成年期卵巢网组织及其周围组织 | 单细胞组学 | 生殖系统疾病 | 转录组测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠胎儿和成年期卵巢网组织样本 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞核RNA-seq | NA | NA |
11105 | 2025-10-07 |
Targeting metabolic sensing switch GPR84 on macrophages for cancer immunotherapy
2024-Feb-13, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03603-3
PMID:38349405
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析发现脂肪酸受体GPR84是调控肿瘤相关巨噬细胞抗肿瘤表型的重要代谢感应开关 | 首次发现GPR84作为代谢感应开关调控巨噬细胞抗肿瘤极化,并证明其激动剂6-OAU可增强抗PD-1疗法的疗效 | 研究主要基于小鼠肿瘤模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探索肿瘤相关巨噬细胞代谢重编程机制以增强癌症免疫治疗效果 | 肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)及其GPR84受体 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞转录组测序,基因敲除,药理学激活 | NA | 转录组数据 | 多个肿瘤模型的小鼠数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11106 | 2025-10-07 |
A model of human neural networks reveals NPTX2 pathology in ALS and FTLD
2024-Feb, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07042-7
PMID:38355792
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研究论文 | 本研究通过建立人类神经网络模型揭示了TDP-43蛋白病变中NPTX2积累的神经毒性机制 | 开发了新型均质化神经干细胞系(iCoMoNSCs)和长效功能性神经网络模型(iNets),首次发现TDP-43通过3'UTR调控NPTX2表达并导致神经退行 | 模型虽能模拟年龄相关疾病但仍需验证其与真实人类大脑发育的一致性 | 探索TDP-43蛋白病变的发生机制及其在神经退行性疾病中的作用 | 诱导多能干细胞分化的神经网络模型及ALS/FTLD患者神经元 | 神经科学 | 肌萎缩侧索硬化症,额颞叶痴呆 | 单细胞转录组测序,干细胞分化,电生理记录 | 神经网络模型,类器官模型 | 基因表达数据,蛋白质组数据,电生理数据 | 未明确样本数量但包含患者神经元和干细胞衍生模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11107 | 2025-10-07 |
Innovative super-resolution in spatial transcriptomics: a transformer model exploiting histology images and spatial gene expression
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae052
PMID:38436557
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研究论文 | 提出了一种基于Transformer架构的无监督模型TransformerST,用于提升空间转录组学的分辨率至单细胞水平 | 首次将Transformer架构应用于空间转录组学超分辨率分析,无需参考单细胞RNA测序数据,通过视觉Transformer编码器发掘图像-基因表达的潜在共表征 | 未提及具体的数据集验证范围和计算资源需求 | 提升空间转录组学技术的分辨率,实现单细胞级别的空间基因表达分析 | 空间转录组学数据,特别是Visium平台产生的多细胞水平数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | Transformer,视觉Transformer,图Transformer | 组织学图像,空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组学平台 |
11108 | 2025-10-07 |
Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease
2024, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00474-4
PMID:38898928
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研究论文 | 本研究通过构建基因调控网络识别并验证了血管平滑肌细胞增殖的关键调控因子 | 首次通过单细胞转录组和表观遗传分析重建基因调控网络,发现RUNX1和TIMP1-CD74轴等新型增殖调控因子 | 研究主要基于计算分析和体外验证,需要进一步的体内实验确认 | 阐明血管平滑肌细胞增殖的分子决定因素 | 血管平滑肌细胞(VSMC) | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序, 表观遗传分析, 计算机扰动分析 | 基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11109 | 2025-10-07 |
Interstitial macrophage phenotypes in Schistosoma-induced pulmonary hypertension
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1372957
PMID:38779688
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了血吸虫诱导肺动脉高压中间质巨噬细胞亚群的表型特征和相互作用机制 | 首次在血吸虫诱导的肺动脉高压模型中鉴定出三个不同的间质巨噬细胞亚群,并阐明它们通过CCL2-CCR2轴和TSP-1/TGF-β通路的相互作用机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;观察时间点有限(仅第1、3、7天) | 探究血吸虫诱导肺动脉高压中间质巨噬细胞亚群的表型特征和功能作用 | 小鼠肺部间质巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | 野生型和报告基因小鼠,在未暴露及血吸虫暴露后第1、3、7天的时间点 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11110 | 2025-10-07 |
The role of SASP in ischemic stroke: a deep dive into cellular mechanisms
2024, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2024.1513357
PMID:39931101
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研究论文 | 通过整合bulk和单细胞转录组分析,探究衰老相关分泌表型在缺血性脑卒中中的作用机制 | 首次结合bulk芯片和单细胞测序数据系统分析SASP在缺血性脑卒中中的作用,发现嗜碱性粒细胞中Ccl3和Lcp1基因的关键调控作用 | 研究样本量有限,主要基于动物模型数据,人类临床验证不足 | 解析SASP在缺血性脑卒中发病机制中的细胞分子作用 | 人类外周血bulk芯片数据、MCAO小鼠单细胞测序数据、MCAO和假手术大鼠血清样本 | 生物信息学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞RNA测序, bulk转录组分析, RT-qPCR, 蛋白互作网络分析, 富集分析 | MCAO动物模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 未明确具体样本数量,包含人类外周血芯片数据、小鼠单细胞数据和大鼠血清样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
11111 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing revealed PPARG promoted osteosarcoma progression: based on osteoclast proliferation
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1506225
PMID:39936154
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究PPARG在促进骨肉瘤进展中的作用机制 | 首次在单细胞水平识别出C2MKI67+破骨细胞亚群,并发现PPARG转录因子在破骨细胞增殖分化中的关键作用 | 研究样本量有限,需要进一步实验验证PPARG作为治疗靶点的临床可行性 | 探索骨肉瘤中破骨细胞的作用机制并寻找新的治疗靶点 | 骨肉瘤患者和破骨细胞 | 单细胞测序分析 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, CCK-8检测, 伤口愈合实验, Transwell实验 | Monocle2, Cytotrace, Slingshot, CellChat, PySCENIC | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11112 | 2025-10-07 |
Distinct mechanisms for sebaceous gland self-renewal and regeneration provide durability in response to injury
2023-09-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113121
PMID:37715952
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研究论文 | 本研究揭示了皮脂腺在稳态下通过专用干细胞池自我更新,在损伤后通过毛囊来源的替代干细胞再生的双重机制 | 首次发现皮脂腺损伤后可通过毛囊 bulge 区的替代干细胞实现再生,且该过程依赖 FGFR2 信号通路并可被毛发生长加速 | 研究主要集中于小鼠背部皮肤模型,尚未验证其他部位或其他物种的适用性 | 探究皮脂腺在稳态维持和损伤应答中的细胞机制 | 小鼠皮脂腺及其干细胞 | 细胞生物学 | 皮肤损伤 | 靶向单细胞 RNA 测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞 RNA 测序 | NA | NA |
11113 | 2025-10-07 |
Screening cell-cell communication in spatial transcriptomics via collective optimal transport
2023-02, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01728-4
PMID:36690742
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研究论文 | 开发了一种名为COMMOT的计算方法,通过集体最优传输技术分析空间转录组数据中的细胞间通讯 | 提出了考虑不同配体-受体物种竞争和细胞间空间距离的集体最优传输方法,能够处理复杂分子相互作用和空间约束 | NA | 推断空间转录组中的细胞间通讯 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术,单细胞RNA测序 | 最优传输模型,机器学习模型 | 空间转录组数据 | 模拟数据和8个空间数据集,涉及5种不同技术 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
11114 | 2024-08-07 |
Correcting the Mean-Variance Dependency for Differential Variability Testing Using Single-Cell RNA Sequencing Data
2019-Oct-23, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2019.08.003
PMID:31647917
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
11115 | 2025-10-07 |
Targeting enteric glial CRF-R1/Cx43 attenuates stress-induced accelerated colonic motility
2025-Mar, Journal of pharmacological sciences
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.jphs.2025.01.009
PMID:39929591
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研究论文 | 本研究揭示了肠胶质细胞中CRF-R1/Cx43信号通路在应激诱导的结肠运动加速中的作用机制 | 首次发现肠胶质细胞表达CRF-R1,并阐明其通过Cx43介导应激诱导的结肠运动反应 | 研究仅使用雄性C57BL/6小鼠,未涉及雌性动物或其他品系 | 探究肠胶质细胞CRF-R1/Cx43信号在应激诱导结肠运动加速中的作用 | 雄性C57BL/6小鼠的肠胶质细胞和结肠组织 | 神经胃肠病学 | 胃肠功能紊乱 | 免疫荧光染色、单细胞RNA测序 | NA | 图像数据、基因表达数据 | C57BL/6小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11116 | 2025-10-07 |
Exploring the therapeutic efficacy difference in claudin18.2-targeted cell therapy revealed by single-cell sequencing
2025-Feb-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.111768
PMID:39925434
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研究论文 | 通过单细胞测序探索CLDN18.2靶向细胞疗法的疗效差异机制 | 首次在CLDN18.2阳性胃癌患者中通过单细胞测序分析CT041 CAR-T治疗的细胞特征与疗效关联 | 样本量较小(仅5名患者),需更大规模研究验证 | 探索CAR-T细胞疗法在实体瘤中的疗效差异机制 | 晚期CLDN18.2阳性胃癌患者 | 单细胞测序 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 5名患者的外周血和腹水样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11117 | 2025-10-07 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal pre-metastatic subsets and therapeutic targets in penile carcinoma
2025-Feb-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.111765
PMID:39925432
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学技术识别阴茎癌中的前转移亚群并确定治疗靶点 | 首次在阴茎癌中发现MMP3+SPP1+前转移亚群和CK2α过表达,并验证Silmitasertib的抗肿瘤效果 | 样本量有限(6例原发癌、6例转移淋巴结、4例晚期癌的单细胞数据) | 解析肿瘤异质性并识别前转移亚群及治疗靶点 | 阴茎癌组织样本 | 数字病理学 | 阴茎癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, 细胞实验 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 6例原发阴茎癌、6例转移淋巴结、4例晚期阴茎癌(单细胞数据),另含98个单细胞数据集和6个空间数据集验证 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
11118 | 2025-10-07 |
m6A related metabolic genes in breast cancer and their relationship with prognosis
2025-Feb-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114121
PMID:39889412
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研究论文 | 本研究通过分析乳腺癌中m6A相关代谢基因,构建预后风险模型并验证关键基因 | 首次整合单细胞转录组和bulk RNA-seq数据系统分析m6A相关代谢基因在乳腺癌中的作用,并构建预后风险模型 | 研究样本来源有限,主要基于公共数据库数据,需要更多独立队列验证 | 探索m6A相关代谢基因在乳腺癌预后评估和治疗靶点开发中的价值 | 乳腺癌患者外周血单细胞数据和TCGA乳腺癌转录组数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | scRNA-seq, RNA-seq, qRT-PCR, Western blot | Lasso-Cox回归模型 | 单细胞转录组数据,bulk RNA-seq数据 | TCGA乳腺癌数据集和患者外周血scRNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
11119 | 2025-10-07 |
Dapagliflozin alleviated seizures and cognition impairment in pilocarpine induced status epilepticus via suppressing microglia-mediated neuroinflammation and oxidative stress
2025-Feb-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114117
PMID:39889414
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研究论文 | 本研究探讨达格列净通过抑制小胶质细胞介导的神经炎症和氧化应激减轻癫痫持续状态小鼠的癫痫发作和认知障碍 | 首次发现达格列净通过调节小胶质细胞表型转化和抑制SLC5A2表达发挥抗癫痫和神经保护作用 | 研究仅使用雄性小鼠和体外细胞模型,缺乏临床验证和性别差异分析 | 研究达格列净对癫痫持续状态引起的癫痫发作和认知障碍的治疗作用及机制 | 雄性C57BL/6小鼠、BV2小胶质细胞系、癫痫患者样本 | 神经科学 | 癫痫 | 单细胞转录组分析、免疫荧光染色、免疫组化、流式细胞术、Western blot、RT-qPCR、ELISA | 毛果芸香碱诱导的癫痫持续状态小鼠模型、LPS诱导的神经炎症细胞模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、行为学数据 | 动物模型和细胞实验,具体样本量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11120 | 2025-10-07 |
Exploring the dynamic responses of group 3 innate lymphoid cells at different times in response to LPS challenge
2025-Feb-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114162
PMID:39889415
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研究论文 | 本研究通过整合微阵列和单细胞RNA测序数据,探索了第3组先天淋巴细胞在LPS攻击后不同时间点的动态响应 | 首次结合微阵列和单细胞RNA测序数据揭示肠道ILC3可能迁移至肺部的机制,并系统分析LPS攻击后不同时间点ILC3的动态变化 | 研究主要依赖公共数据库数据,需要进一步实验验证ILC3迁移机制 | 阐明ILC3在LPS诱导的急性肺部炎症中的动态响应机制 | 第3组先天淋巴细胞(ILC3s) | 免疫学 | 肺部炎症 | 微阵列, 单细胞RNA测序, 流式细胞术, qRT-PCR | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |