单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31986 篇文献，本页显示第 11101 - 11120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11101 | 2025-10-07 |
Integrative analysis of bulk RNA and single-cell sequencing data reveals a liquid-liquid phase separation signature for clear cell renal cell carcinoma
2025-Apr-15, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149313
PMID:39921047
|
研究论文 | 本研究通过整合分析bulk RNA和单细胞测序数据，建立了一个基于液-液相分离相关基因的透明细胞肾细胞癌预后和免疫治疗反应预测标志 | 首次构建了基于液-液相分离相关基因的ccRCC预后特征，并验证了其与免疫浸润、免疫治疗反应的关系 | NA | 建立透明细胞肾细胞癌的预后和免疫治疗反应预测标志 | 透明细胞肾细胞癌患者和细胞 | 生物信息学 | 肾癌 | bulk RNA测序, 单细胞测序 | 单变量Cox回归, LASSO算法 | 基因表达数据 | TCGA数据库中的ccRCC样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 11102 | 2025-10-07 |
Proliferation of renal macrophage via MR/CSF1 pathway induced with aldosterone and inhibited by esaxerenone
2025-Mar-06, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114208
PMID:39923576
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研究论文 | 本研究探讨醛固酮通过MR/CSF1通路诱导肾脏巨噬细胞增殖的机制及其抑制剂的影响 | 首次揭示醛固酮诱导的肾脏巨噬细胞增殖主要来源于驻留巨噬细胞且以M1亚型为主，并阐明MR/CSF1通路的关键调控作用 | 巨噬细胞的高度可塑性和异质性使得增殖细胞的起源和亚型仍存在部分不明确之处 | 探究醛固酮诱导的肾脏巨噬细胞增殖机制及治疗策略 | 肾脏巨噬细胞 | 病理生理学 | 肾脏疾病 | 免疫荧光、流式细胞术、单细胞测序 | NA | 细胞图像、流式数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11103 | 2025-10-07 |
A comprehensive pan-cancer examination of transcription factor MAFF: Oncogenic potential, prognostic relevance, and immune landscape dynamics
2025-Mar-06, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114105
PMID:39923580
|
研究论文 | 通过多组学方法对转录因子MAFF进行泛癌分析，评估其致癌潜力、预后价值和免疫景观动态 | 首次对MAFF进行全面的泛癌分析，整合转录组、蛋白质、单细胞和空间转录组数据，探索其在肿瘤免疫微环境中的作用 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证 | 系统评估MAFF在多种癌症中的表达模式、预后价值和免疫调控作用 | 多种癌症类型的肿瘤组织和正常组织 | 生物信息学 | 泛癌分析 | 转录组分析、单细胞分析、空间转录组、分子对接 | Cox回归分析、Spearman相关分析、GSEA、GSVA | 转录组数据、蛋白质数据、单细胞数据、空间转录组数据 | 来自GDC和UCSC XENA数据库的多癌种样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 转录组测序 | NA | NA |
| 11104 | 2025-10-07 |
[Chitinase-like protein Ym2 regulates olfactory epithelium homeostasis and olfactory behavior in mice]
2025-Feb-21, Zhonghua er bi yan hou tou jing wai ke za zhi = Chinese journal of otorhinolaryngology head and neck surgery
|
研究论文 | 本研究探讨了Ym2蛋白在小鼠嗅觉上皮稳态和嗅觉行为中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了Ym2在老年小鼠嗅觉上皮中的高表达模式及其对嗅觉功能的调控机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 研究Ym2在嗅觉上皮稳态和嗅觉行为中的功能 | 年轻和老年小鼠的嗅觉上皮组织 | 分子生物学 | 嗅觉功能障碍 | 单细胞RNA测序,免疫染色,RNAscope原位杂交,埋藏食物颗粒测试 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,行为学数据,组织学数据 | 年轻和老年小鼠嗅觉上皮样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11105 | 2025-10-07 |
Impaired inflammatory resolution with severe SARS-CoV-2 infection in leptin knock out obese hamster
2025-Feb-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.111837
PMID:39981511
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研究论文 | 本研究利用基因编辑的瘦素敲除肥胖仓鼠建立严重SARS-CoV-2感染模型，通过单细胞转录组学揭示肥胖相关重症COVID-19的机制 | 首次建立瘦素敲除肥胖仓鼠的严重感染模型，发现单核细胞源性肺泡巨噬细胞在肺过度炎症中的关键作用及两个独特细胞命运分支 | 动物模型与人类疾病存在物种差异，样本规模有限 | 探究肥胖个体罹患重症COVID-19的分子机制 | 基因编辑瘦素敲除肥胖仓鼠及肺组织样本 | 单细胞转录组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序，基因编辑 | 动物疾病模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11106 | 2025-10-07 |
scRDiT: Generating Single-cell RNA-seq Data by Diffusion Transformers and Accelerating Sampling
2025-Feb-21, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-025-00688-5
PMID:39982678
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研究论文 | 提出一种基于扩散变换器的单细胞RNA测序数据生成方法scRDiT | 结合去噪扩散概率模型和扩散变换器，首次将扩散变换器应用于单细胞RNA测序数据生成，并采用去噪扩散隐式模型加速采样过程 | 仅在两个单细胞RNA测序数据集上进行了实验验证，需要更多数据集验证通用性 | 开发能够生成具有相似统计特性的虚拟单细胞RNA测序数据的生成方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | DDPM, DiT, DDIM | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11107 | 2025-10-07 |
Harnessing omics data for drug discovery and development in ovarian aging
2025-Feb-20, Human reproduction update
IF:14.8Q1
DOI:10.1093/humupd/dmaf002
PMID:39977580
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综述 | 本综述系统整合卵巢衰老相关的多组学数据，探讨如何利用这些数据发现药物靶点并指导治疗策略 | 首次从组织和单细胞双重视角系统整合基因组、转录组、蛋白组、代谢组和微生物组等多组学数据，结合人工智能模型预测药物靶点 | 文献检索仅限于PubMed数据库和英文文献，可能遗漏其他语言或数据库的相关研究 | 探索利用多组学数据发现卵巢衰老药物靶点和开发治疗策略 | 卵巢衰老相关的分子机制和药物靶点 | 生物信息学 | 卵巢衰老相关疾病 | 基因组学、转录组学、表观基因组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组学、单细胞技术、空间转录组学 | 机器学习、人工智能、深度学习 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 11108 | 2025-10-07 |
Advancements in single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics: transforming biomedical research
2025, Acta biochimica Polonica
IF:1.4Q4
DOI:10.3389/abp.2025.13922
PMID:39980637
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学技术的发展及其在生物医学研究中的变革性应用 | 强调空间转录组学在保留RNA转录组空间信息方面的突破性进展，克服了传统单细胞测序技术丢失空间信息的局限性 | 传统单细胞RNA测序技术无法保留RNA转录组的空间信息，因为该过程需要组织解离和细胞分离 | 探讨单细胞测序和空间转录组学技术的最新发展、相关挑战及其在生物医学领域的应用 | 单细胞RNA测序和空间转录组学技术及其在生物医学研究中的应用 | 生物医学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 11109 | 2025-10-07 |
Cancer stem cells and tumor-associated macrophages as mates in tumor progression: mechanisms of crosstalk and advanced bioinformatic tools to dissect their phenotypes and interaction
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1529847
PMID:39981232
|
综述 | 本文系统阐述癌症干细胞与肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤进展中的相互作用机制及生物信息学分析工具 | 整合前沿生物信息学工具（单细胞RNA测序、空间转录组学、轨迹分析）解析CSC-TAM相互作用的表型和机制 | NA | 阐明癌症干细胞与肿瘤微环境免疫细胞（特别是肿瘤相关巨噬细胞）相互作用的分子机制 | 癌症干细胞和肿瘤相关巨噬细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 轨迹分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 11110 | 2025-10-07 |
An anoikis-related signature predicts prognosis and immunotherapy response in gastrointestinal cancers
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1477913
PMID:39981252
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研究论文 | 本研究开发了一种基于失巢凋亡相关基因的预后特征(Anoscore)，用于预测胃肠道癌症患者的预后和免疫治疗反应 | 首次构建了基于失巢凋亡相关基因的预后评分系统，并验证其在胃肠道癌症预后预测和个性化治疗方案选择中的价值 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究验证 | 探索失巢凋亡相关基因在胃肠道癌症预后中的作用 | 食管癌、胃癌、结肠癌和直肠癌患者 | 生物信息学 | 胃肠道癌症 | RNA测序、单细胞测序分析、无监督聚类分析、Cox回归分析 | LASSO回归、Cox回归模型 | RNA测序数据、临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的胃肠道癌症患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 11111 | 2025-10-07 |
[Microglia differential genes and their functions in paraquat-induced Parkinson's disease-like in mice's brains based on single-cell RNA sequencing]
2024-Apr-20, Zhonghua lao dong wei sheng zhi ye bing za zhi = Zhonghua laodong weisheng zhiyebing zazhi = Chinese journal of industrial hygiene and occupational diseases
|
研究论文 | 基于单细胞RNA测序分析百草枯诱导帕金森病样小鼠脑内小胶质细胞亚群的差异基因及相关信号通路 | 首次在百草枯诱导的帕金森病样小鼠模型中通过单细胞RNA测鉴定了小胶质细胞亚群，并发现其向M2表型极化的新机制 | 样本量较小（每组3只小鼠），且仅在细胞系中验证了部分基因表达 | 阐明百草枯诱导帕金森病样脑部变化的机制 | C57BL/6小鼠和小鼠小胶质细胞（BV2细胞） | 单细胞测序分析 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序，实时荧光定量PCR，生物信息学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据，基因表达数据 | 6只6周龄雄性C57BL/6小鼠（对照组和实验组各3只），BV2细胞系 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 11112 | 2025-10-07 |
Association of HLA-DRB1*15:01 Status with Transcriptomic Pattern of B cells in CSF in Multiple Sclerosis (P7-6.011)
2024-Apr-09, Neurology
IF:7.7Q1
DOI:10.1212/WNL.0000000000208131
PMID:39977876
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析多发性硬化症患者脑脊液中B细胞的基因表达模式与HLA-DRB1*15:01单倍型状态的关联 | 首次在单细胞水平揭示HLA-DRB1*15:01单倍型状态与多发性硬化症患者脑脊液B细胞转录组模式的关联 | 样本量有限（25个脑脊液样本），且使用公开数据可能受原始研究设计限制 | 探讨HLA-DRB1*15:01单倍型状态对多发性硬化症患者脑脊液B细胞基因表达模式的影响 | 多发性硬化症患者和健康对照者的外周血单核细胞和脑脊液样本 | 单细胞转录组学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序, VDJ分析 | TRUST4, ArcasHLA | 单细胞RNA测序数据 | 25个脑脊液样本中的1376个B系细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11113 | 2025-10-07 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels the molecular feature of M2 macrophages of head and neck squamous cell carcinoma
2024-03, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18083
PMID:38393307
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq分析头颈鳞状细胞癌中M2巨噬细胞的分子特征 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据构建M2巨噬细胞相关特征模型，并鉴定FCGR2A作为潜在免疫治疗靶点 | 基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证 | 阐明M2肿瘤相关巨噬细胞在头颈鳞状细胞癌中的作用机制 | 头颈鳞状细胞癌患者和肿瘤微环境中的M2巨噬细胞 | 生物信息学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | Consensus Clustering, 特征模型 | 基因表达谱, 临床数据 | TCGA数据库HNSC患者数据 + GSE139324单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 11114 | 2025-02-21 |
Schwann Cell-Secreted S100B Promotes Wound Healing via Paracrine Modulation
2025-Mar, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345241296103
PMID:39711160
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研究论文 | 本研究探讨了Schwann细胞在腭黏膜伤口愈合中的关键作用及其通过S100B/RAGE/NF-κB/Notch旁分泌轴的机制 | 揭示了Schwann细胞通过分泌S100B蛋白在腭黏膜伤口愈合中的关键作用，并阐明了其通过RAGE受体激活NF-κB和Notch信号通路的机制 | 研究主要基于非人灵长类动物模型，尚未在人类中进行验证 | 探究Schwann细胞在腭黏膜伤口愈合中的作用及其分子机制 | 腭黏膜、颊附着龈和皮肤的伤口愈合 | 生物医学 | 伤口愈合 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | 非人灵长类动物、大鼠和猴子的皮肤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 11115 | 2025-02-21 |
ERK plays a conserved dominant role in pancreas cancer cell EMT heterogeneity driven by diverse growth factors and chemotherapies
2025-Feb-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.08.637251
PMID:39975093
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研究论文 | 本文通过结合迭代间接免疫荧光成像和互信息建模，研究了胰腺癌细胞中EMT异质性的信号蛋白水平 | 使用互信息建模预测了ERK在胰腺癌细胞EMT异质性中的主导作用，并发现JNK在MEK抑制时的补偿作用 | 单细胞转录组学仅限于基于本体的间接推断，细胞群体水平的研究存在固有困难 | 研究胰腺癌细胞中EMT异质性的信号通路，以促进化疗反应 | 胰腺癌细胞和肿瘤 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 迭代间接免疫荧光成像，互信息建模 | 互信息模型 | 蛋白质测量数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11116 | 2025-02-21 |
NEAT1-mediated regulation of proteostasis and mRNA localization impacts autophagy dysregulation in Rett syndrome
2025-Feb-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf074
PMID:39970285
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研究论文 | 本文研究了长链非编码RNA NEAT1在MeCP2缺陷背景下对Rett综合征（RTT）中蛋白质稳态和mRNA定位的调控作用及其对自噬失调的影响 | 揭示了NEAT1在MeCP2功能中的关键作用，特别是通过RNA-RNA相互作用调控自噬基因的表达和亚细胞定位，从而影响自噬复合物的生物发生 | 研究主要基于人类神经细胞和RTT患者样本，可能无法完全反映体内复杂环境 | 探讨NEAT1在MeCP2缺陷导致的Rett综合征中的作用机制 | 人类神经细胞和RTT患者样本 | 神经科学 | Rett综合征 | 单细胞RNA测序和分子分析 | NA | RNA测序数据 | 人类神经细胞和RTT患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 11117 | 2025-02-21 |
Hepatic Arterial Flow-Induced Portal Tract Fibrosis in Portal Hypertension: The Role of VCAM-1 and Osteopontin-Expressing Macrophages
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.31.634947
PMID:39975181
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研究论文 | 本研究探讨了门静脉高压症中肝动脉血流诱导的门管区纤维化的分子机制，特别是VCAM-1和表达骨桥蛋白的巨噬细胞的作用 | 揭示了肝动脉血流增加通过VCAM-1和Spp1+巨噬细胞介导的门管区纤维化的新机制 | 研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 研究门静脉高压症中肝动脉血流诱导的门管区纤维化的分子机制 | Sprague-Dawley大鼠 | 病理生理学 | 门静脉高压症 | microCT、单细胞RNA测序、RNA-FISH | NA | 图像、转录组数据 | Sprague-Dawley大鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 11118 | 2025-02-21 |
Hypoxia-induced histone methylation and NF-κB activation in pancreas cancer fibroblasts promote EMT-supportive growth factor secretion
2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.635486
PMID:39974981
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研究论文 | 本文研究了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中缺氧诱导的组蛋白甲基化和NF-κB激活如何促进癌症相关成纤维细胞（CAFs）分泌支持上皮-间质转化（EMT）的生长因子 | 揭示了缺氧条件下CAFs通过IGF-2和HGF促进PDAC癌细胞EMT的机制，并发现活性氧激活的NF-κB与缺氧依赖性组蛋白甲基化共同作用促进这些生长因子的表达 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证 | 探讨缺氧条件下CAFs如何通过生长因子介导的细胞间通讯促进PDAC癌细胞的EMT | 胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和癌细胞 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组分析、抑制剂筛选 | NA | 转录组数据、小鼠模型数据 | 患者肿瘤样本和小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 11119 | 2025-02-21 |
Identification of High-Risk Cells in Single-Cell Spatially Resolved Transcriptomics Data Using Deep Transfer Learning
2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.635803
PMID:39975321
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DEGAS的深度迁移学习算法，用于在单细胞空间分辨转录组数据中识别高风险细胞和区域 | DEGAS算法通过基因表达数据的潜在表示和领域适应，将疾病属性从患者转移到单个细胞，解决了现有方法无法将单个细胞与疾病属性关联的问题 | NA | 识别单细胞空间分辨转录组数据中的高风险细胞和区域，以深入了解特定疾病过程 | 肿瘤样本中的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 深度迁移学习 | 单细胞空间分辨转录组数据 | 包括10X Genomics Xenium和Nanostring CosMx平台的数据，以及新生成的T2D Xenium数据集和公开的黑色素瘤Xenium数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 11120 | 2025-02-21 |
FastCCC: A permutation-free framework for scalable, robust, and reference-based cell-cell communication analysis in single cell transcriptomics studies
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635115
PMID:39975391
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研究论文 | 本文介绍了FastCCC，一种无需排列的框架，用于在单细胞转录组学研究中实现可扩展、稳健且基于参考的细胞间通讯分析 | FastCCC采用快速傅里叶变换卷积计算p值，无需排列，引入模块化代数操作框架捕捉广泛的细胞间通讯模式，并能利用大规模单细胞参考数据增强用户收集数据集的细胞间通讯分析 | NA | 开发一种新的方法来检测单细胞转录组学研究中的细胞间通讯，以理解多细胞生物的功能 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | 快速傅里叶变换卷积 | 单细胞转录组数据 | 约1600万细胞，涵盖19种不同组织类型和450多种独特细胞类型 | NA | NA | NA | NA |