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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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11061 | 2025-10-07 |
The covariance environment defines cellular niches for spatial inference
2023-Apr-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.18.537375
PMID:37131616
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研究论文 | 开发了一种名为COVET的细胞生态位表示方法和ENVI空间推断算法,用于整合空间转录组和单细胞RNA-seq数据 | 提出协方差环境(COVET)表示法捕捉细胞生态位的连续多变量性质,并开发基于最优传输的距离度量和环境变分推断(ENVI)算法 | NA | 解决多路空间分析技术中的计算挑战,开发细胞生态位的合适表示方法 | 细胞生态位和空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 条件变分自编码器 | 空间转录组数据,单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
11062 | 2025-10-07 |
[Research advances on the role and mechanism of epidermal stem cells in skin wound repair]
2022-Sep-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi
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综述 | 本文综述了表皮干细胞在皮肤伤口修复中的作用机制及应用进展 | 结合单细胞测序和基因敲除等新技术揭示了表皮干细胞在表皮自我更新和伤口修复中的新机制 | NA | 探讨表皮干细胞在皮肤伤口修复中的作用机制 | 表皮干细胞 | NA | 皮肤创伤 | 单细胞测序, 基因敲除 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11063 | 2025-10-07 |
Low-ratio somatic NLRC4 mutation causes late-onset autoinflammatory disease
2022-08, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2021-221708
PMID:35428651
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研究论文 | 本文报道一例由NLRC4体细胞突变引起的晚发性自身炎症性疾病,并通过单细胞技术揭示了其发病机制 | 首次在单细胞转录组水平系统分析NLRC4体细胞突变导致的自身炎症性疾病,并发现靶向gasdermin D可有效抑制炎症因子产生 | 仅基于单个病例研究,样本量有限 | 探究晚发性自身炎症性疾病的遗传基础和致病机制 | NLRC4体细胞突变患者的免疫细胞 | 数字病理学 | 自身炎症性疾病 | 全外显子/基因组测序,数字液滴PCR,单细胞RNA测序,细胞内细胞因子染色,定量PCR,免疫组织化学,western blotting | NA | 基因组数据,转录组数据,蛋白质数据 | 1例患者 | NA | 单细胞RNA测序,全外显子测序,全基因组测序 | NA | NA |
11064 | 2025-10-07 |
[Investigation on the growth factor regulatory network of dermal fibroblasts in mouse full-thickness skin defect wounds based on single-cell RNA sequencing]
2022-Jul-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi
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研究论文 | 基于单细胞RNA测序技术研究小鼠全层皮肤缺损创面中真皮成纤维细胞的异质性及生长因子调控网络 | 首次在单细胞水平系统揭示小鼠皮肤创面愈合过程中真皮成纤维细胞的异质性及其在生长因子信号网络中的核心作用 | 研究仅针对小鼠模型,样本量较小(正常组和创面组各5只),且仅观察了伤后第7天的时间点 | 探索小鼠全层皮肤缺损创面中真皮成纤维细胞的异质性及其在生长因子调控网络中的作用 | 8周龄雄性C57BL/6小鼠的正常皮肤组织和伤后第7天的全层皮肤缺损创面组织 | 单细胞生物学 | 皮肤创伤 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光染色 | Seurat 3.0, CellChat 1.1.3 | 单细胞基因表达数据,免疫荧光图像数据 | 10只小鼠(5只正常,5只创面),另加2只用于验证实验 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics平台, Illumina Novaseq6000 | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
11065 | 2025-10-07 |
Rheumatoid arthritis, systemic lupus erythematosus and primary Sjögren's syndrome shared megakaryocyte expansion in peripheral blood
2022-03, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2021-220066
PMID:34462261
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研究论文 | 本研究通过分析类风湿关节炎、系统性红斑狼疮和原发性干燥综合征患者的外周血转录组数据,发现这些自身免疫疾病共同存在巨核细胞扩增现象 | 首次在多种自身免疫疾病中发现共同的巨核细胞扩增特征,并鉴定出相关的转录因子调控网络 | 样本量相对有限(119例患者),且仅分析了外周血单个核细胞 | 识别自身免疫疾病中共同的转录特征和免疫细胞组成 | 类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、原发性干燥综合征和多重自身免疫患者的外周血单个核细胞 | 生物信息学 | 自身免疫疾病 | RNA-seq, scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 119例初治患者(41例RA、38例pSS、28例SLE、12例多重自身免疫)和20例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
11066 | 2025-10-07 |
[Re-understanding the physiological and pathophysiological roles of neutrophils]
2022-Feb-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi
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综述 | 本文综述了中性粒细胞的生物学行为及其在多种疾病中的作用,重新评估其生理和病理生理功能 | 重新评估中性粒细胞的异质性及其与其他免疫细胞的相互作用机制,挑战传统认为中性粒细胞是短寿命同质细胞的观点 | NA | 重新理解中性粒细胞的生理和病理生理作用 | 中性粒细胞 | 免疫学 | 多种疾病 | 单细胞测序技术、空间转录组测序技术、多组学联合测序技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多组学测序 | NA | NA |
11067 | 2025-10-07 |
Ex vivo mass cytometry analysis reveals a profound myeloid proinflammatory signature in psoriatic arthritis synovial fluid
2021-12, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2021-220280
PMID:34226188
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研究论文 | 本研究通过质谱流式细胞术和多组学分析揭示了银屑病关节炎滑液中髓系细胞的显著促炎特征 | 首次在无体外刺激条件下发现银屑病关节炎滑液中的经典单核细胞、中间单核细胞和巨噬细胞自发产生高水平骨桥蛋白和CCL2等促炎介质 | 研究样本量有限,且主要关注髓系细胞而T细胞自发细胞因子产生较少 | 识别银屑病关节炎滑液和血液中淋巴细胞和髓系细胞在无刺激条件下的细胞因子产生情况 | 银屑病关节炎患者的滑液和配对血液白细胞 | 免疫学 | 银屑病关节炎 | 质谱流式细胞术, 转录组分析, 单细胞RNA测序, ELISA, LEGENDplex分析 | NA | 细胞表型数据, 基因表达数据, 蛋白质数据 | 银屑病关节炎患者的滑液和配对血液样本 | NA | 质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序, 基因芯片, 蛋白质检测 | NA | NA |
11068 | 2024-08-09 |
Single cell and spatial transcriptomics in human tendon disease indicate dysregulated immune homeostasis
2021-11, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2021-220256
PMID:34001518
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
11069 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome analysis identifies skin-specific T-cell responses in systemic sclerosis
2021-11, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2021-220209
PMID:34031030
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析鉴定系统性硬化症皮肤特异性T细胞反应 | 首次在系统性硬化症患者皮肤中鉴定出表达CXCL13的再循环T细胞亚群,该细胞群具有滤泡辅助T细胞样基因表达特征 | 样本量相对有限,仅包含27名患者和10名健康供体 | 解析系统性硬化症皮肤中T细胞介导的免疫反应机制 | 系统性硬化症患者和健康供体的皮肤活检样本 | 单细胞转录组学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序,共聚焦免疫荧光显微镜 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 3729个CD3+淋巴细胞(867个来自正常皮肤,2862个来自SSc皮肤),来自27名活动性SSc患者和10名健康供体 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 液滴式单细胞测序技术 |
11070 | 2025-10-07 |
Tenascin-C-mediated suppression of extracellular matrix adhesion force promotes entheseal new bone formation through activation of Hippo signalling in ankylosing spondylitis
2021-07, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2021-220002
PMID:33858850
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研究论文 | 本研究揭示了肌腱蛋白C通过抑制细胞外基质粘附力激活Hippo信号通路,从而促进强直性脊柱炎附着点新骨形成的分子机制 | 首次发现FSP1+成纤维细胞来源的TNC通过调控ECM机械特性激活Hippo/YAP信号通路促进软骨内成骨 | 动物模型与人类疾病存在差异,临床样本数量有限 | 探究TNC在强直性脊柱炎附着点新骨形成中的作用及分子机制 | 强直性脊柱炎患者韧带组织、胶原抗体诱导关节炎模型、DBA/1小鼠模型 | 病理机制研究 | 强直性脊柱炎 | 免疫组化染色、原子力显微镜、RNA测序、单细胞RNA测序、免疫荧光染色 | NA | 组织样本、基因表达数据、机械特性数据 | 患者手术获取的韧带组织样本及动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11071 | 2025-10-07 |
Monocyte and bone marrow macrophage transcriptional phenotypes in systemic juvenile idiopathic arthritis reveal TRIM8 as a mediator of IFN-γ hyper-responsiveness and risk for macrophage activation syndrome
2021-05, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2020-217470
PMID:33277241
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研究论文 | 本研究通过转录组分析发现系统性幼年特发性关节炎中单核细胞和骨髓巨噬细胞的TRIM8过表达是IFN-γ超反应性的分子机制 | 首次发现TRIM8在SJIA单核细胞中上调并通过体外实验证实其增强巨噬细胞IFN-γ反应性 | 骨髓巨噬细胞样本量较小(仅1例患者),需要更大规模验证 | 探究系统性幼年特发性关节炎中单核细胞和巨噬细胞的极化表型及IFN反应分子特征 | 系统性幼年特发性关节炎患者的外周血单核细胞和骨髓巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | 幼年特发性关节炎 | RNA-seq, scRNA-seq, 基因敲低 | NA | 转录组数据 | 26例SJIA患者外周血单核细胞,1例SJIA合并MAS患者骨髓巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
11072 | 2025-10-07 |
Regulatory eosinophils induce the resolution of experimental arthritis and appear in remission state of human rheumatoid arthritis
2021-04, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2020-218902
PMID:33148700
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研究论文 | 本研究发现了调节性嗜酸性粒细胞在关节炎消退中的作用机制 | 首次揭示嗜酸性粒细胞在关节炎中具有促消退功能,并鉴定出与肺部炎性嗜酸性粒细胞不同的关节调节性嗜酸性粒细胞亚群 | 机制研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究嗜酸性粒细胞在类风湿关节炎消退过程中的作用机制 | 小鼠模型和人类类风湿关节炎患者 | 免疫学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11073 | 2025-10-07 |
Quantitative planar array screen of 1000 proteins uncovers novel urinary protein biomarkers of lupus nephritis
2020-10, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2019-216312
PMID:32651195
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研究论文 | 通过定量平面蛋白质微阵列筛选1000种蛋白质,发现狼疮性肾炎的新型尿液生物标志物 | 首次使用定量平面蛋白质微阵列技术对1000种尿液蛋白质进行无偏筛选,发现多个优于传统标志物的新型生物标志物 | 样本量有限,需要在更大队列中进一步验证 | 发现狼疮性肾炎的新型尿液生物标志物 | 系统性红斑狼疮患者的尿液样本 | 生物标志物研究 | 狼疮性肾炎 | 定量平面蛋白质微阵列, ELISA, 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据, RNA测序数据 | 多个独立SLE患者队列(包括非活动期、活动非肾脏期、活动肾脏期患者) | NA | 蛋白质微阵列, 单细胞RNA测序 | NA | 定量平面蛋白质微阵列 |
11074 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA-seq analysis identifies meniscus progenitors and reveals the progression of meniscus degeneration
2020-03, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2019-215926
PMID:31871141
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析鉴定半月板祖细胞并揭示半月板退变进程 | 首次在人类半月板中发现两个新型细胞群体,鉴定出具有祖细胞特征的退化半月板特异性细胞簇,揭示了FCP向DegP分化的异常过程 | 研究样本量有限,主要基于体外实验和计算分析,需要进一步体内验证 | 阐明半月板细胞异质性及半月板退变机制 | 健康人类和退变半月板细胞 | 单细胞生物学 | 骨科疾病 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11075 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA-seq analysis reveals the progression of human osteoarthritis
2019-01, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2017-212863
PMID:30026257
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示人类骨关节炎的软骨细胞分子程序和谱系进展模式 | 识别了人类OA软骨中七种分子定义的软骨细胞群体,包括三种新表型;发现了增殖性软骨细胞、前肥大软骨细胞和肥大软骨细胞之间的潜在转变;定义了软骨祖细胞的新标志物 | 样本仅来自10名接受膝关节置换手术的OA患者,样本量相对有限 | 理解人类软骨退化和再生的分子机制,改进骨关节炎治疗策略 | 人类骨关节炎患者的软骨细胞 | 单细胞组学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | 计算分析 | 单细胞转录组数据 | 10名患者中的1464个软骨细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11076 | 2025-10-07 |
Hypoxia-Mimicking Microenvironment Scaffold for Enhanced Tendon Regeneration
2025-Feb-12, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.4c18082
PMID:39901352
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研究论文 | 本研究开发了一种模拟缺氧环境的PCL-DFOA支架,用于增强肌腱组织再生 | 首次发现缺氧在肌腱修复中的关键作用,并开发了能模拟缺氧环境的生物材料支架 | NA | 探索肌腱愈合的细胞机制并开发促进肌腱再生的治疗策略 | 肌腱组织、巨噬细胞、内皮细胞、成纤维细胞 | 组织工程 | 肌腱损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11077 | 2025-02-14 |
Analyzing and Validating the Role of Genes Related to Glucagon-like Peptide-1 Signaling in the Prognosis of Pancreatic Cancer
2025-Feb-12, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究旨在开发与胰高血糖素样肽-1(GLP-1)信号相关的可靠预后工具,以指导胰腺癌(PC)的治疗 | 开发了一个基于GLP-1信号的RiskScore模型,用于评估胰腺癌的预后,并通过单细胞RNA-seq和免疫浸润分析验证了其有效性 | 研究依赖于公开数据库的数据,可能存在数据偏差,且样本量有限 | 开发一个可靠的预后评估模型,以改善胰腺癌的诊断和治疗 | 胰腺癌患者 | 生物信息学 | 胰腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq), CIBERSORT算法, ssGSEA方法, GSEA | RiskScore模型, nomogram模型 | RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据 | 来自UCSCXena和GEO数据库的胰腺癌患者数据,GSE156405队列用于单细胞RNA-seq分析 | NA | NA | NA | NA |
11078 | 2025-02-14 |
Single Cell RNA Sequencing in Colorectal Cancer Immunology: Recent Updates, Application, and Emerging Challenges
2025-Feb-12, Current molecular medicine
IF:2.2Q3
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在结直肠癌免疫学中的最新进展、应用及面临的挑战 | 单细胞RNA测序技术的引入,使得研究者能够分析单个免疫细胞,克服了传统批量RNA测序的局限性,为癌症免疫反应和免疫治疗靶点的研究提供了新的视角 | 尽管单细胞RNA测序技术在癌症研究中展现出巨大潜力,但其在临床应用中仍面临技术和数据分析的挑战 | 探讨单细胞RNA测序技术在结直肠癌免疫学中的应用及其在推动个性化免疫治疗发展中的潜力 | 结直肠癌及其免疫反应 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
11079 | 2025-10-07 |
Contrasting cytotoxic and regulatory T cell responses underlying distinct clinical outcomes to anti-PD-1 plus lenvatinib therapy in cancer
2025-Feb-10, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.001
PMID:39889705
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了抗PD-1联合乐伐替尼治疗肝癌的免疫机制,识别了与治疗响应和耐药相关的T细胞亚群 | 首次通过单细胞转录组和TCR克隆型分析,揭示了GZMK CD8 Teff/Tem细胞中包含未被认识的循环Tem细胞,并发现KIR CD8 T细胞和FOXP3 CD4调节性T细胞在联合治疗无应答者中特异性富集 | 研究仅针对肝细胞癌患者,样本量有限,且机制研究仍需进一步功能验证 | 探究抗PD-1联合乐伐替尼治疗癌症的免疫学机制和临床疗效差异的原因 | 肝细胞癌患者治疗前后的T细胞 | 单细胞生物学 | 肝癌 | 单细胞转录组测序, T细胞受体克隆型分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, TCR序列数据 | 肝细胞癌患者治疗前后样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11080 | 2025-10-07 |
ITGA5+ synovial fibroblasts orchestrate proinflammatory niche formation by remodelling the local immune microenvironment in rheumatoid arthritis
2025-Feb, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2024-225778
PMID:39919897
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学鉴定了一个新型ITGA5+滑膜成纤维细胞亚群,揭示了其在类风湿关节炎中通过重塑免疫微环境促进疾病进展的机制 | 首次鉴定出具有独特转录特征的ITGA5+滑膜成纤维细胞亚群,并发现其通过分泌TGF-β1诱导外周辅助T细胞分化,从而促进炎症微环境形成 | 研究样本量有限,细胞间相互作用的机制验证仍需进一步深入 | 探究滑膜成纤维细胞的表型异质性及其在类风湿关节炎炎症反应中的作用 | 骨关节炎、持续缓解期和活动期类风湿关节炎患者的滑膜组织和细胞 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 免疫组织化学, 多重免疫荧光, 流式细胞术, 细胞共培养, 过继转移, 批量RNA测序 | 反卷积方法 | 基因表达数据, 图像数据 | 来自PEAC和R4RA两个队列的患者样本,以及胶原诱导关节炎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |