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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
11041 2025-10-07
Benchmarking the translational potential of spatial gene expression prediction from histology
2025-Feb-11, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 对11种从组织学图像预测空间基因表达的方法进行全面基准测试 首次对空间基因表达预测方法进行系统性基准评估,包含多种性能指标和外部验证 仅评估了11种方法,可能未涵盖所有现有方法 评估从组织学图像预测空间基因表达的翻译潜力 空间转录组学数据和组织学图像 数字病理学 NA 空间转录组学,组织学成像 NA 图像,基因表达数据 5个空间转录组学数据集和TCGA数据 NA 空间转录组学 NA NA
11042 2025-10-07
Analysis of effector/memory regulatory T cells from arrhythmogenic cardiomyopathy patients identified IL-32 as a novel player in ACM pathogenesis
2025-Feb-11, Cell death & disease IF:8.1Q1
研究论文 本研究通过分析心律失常性心肌病患者的免疫细胞特征,首次发现IL-32在疾病发病机制中的新作用 首次对ACM患者循环免疫细胞进行完整表征,发现记忆性调节T细胞中IL-32的高表达及其在心脏纤维脂肪替代中的潜在作用 研究样本量有限,主要基于体外实验验证,需要进一步体内研究确认机制 阐明免疫细胞在心律失常性心肌病发病机制中的作用 心律失常性心肌病患者的外周血单核细胞和心脏间充质基质细胞 单细胞组学 心律失常性心肌病 流式细胞术, 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 ACM患者和健康对照的外周血样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
11043 2025-10-07
Splicing diversity enhances the molecular classification of pituitary neuroendocrine tumors
2025-Feb-11, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究通过批量RNA测序和全长单细胞RNA测序分析垂体神经内分泌肿瘤的剪接多样性,揭示了剪接失调在肿瘤异质性中的重要作用 首次在垂体神经内分泌肿瘤中系统研究选择性剪接的多样性,发现剪接失调能更好描绘肿瘤异质性并识别新的肿瘤亚型 未明确说明样本数量和研究人群特征 通过分析选择性剪接多样性来改进垂体神经内分泌肿瘤的分子分类 垂体神经内分泌肿瘤(PitNETs) 生物信息学 垂体神经内分泌肿瘤 RNA测序,单细胞RNA测序 NA RNA测序数据,单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA测序,批量RNA测序 NA 全长单细胞RNA测序
11044 2025-10-07
Tendomodulin in pan-cancer analysis: exploring its impact on immune modulation and uncovering functional insights in colorectal cancer
2025-Feb-11, BMC cancer IF:3.4Q2
研究论文 本研究通过泛癌分析和实验验证探讨了肌腱调节素在结直肠癌中的免疫调节功能和促转移作用 首次系统揭示TNMD在泛癌中的表达特征及其在结直肠癌免疫微环境中的调节作用,特别是在MSI-H和MSS患者中的差异化免疫关联 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,需要更多体内实验和临床样本验证 探索肌腱调节素在泛癌中的表达特征及其在结直肠癌中的免疫调节功能和分子机制 结直肠癌组织和细胞系,泛癌数据库 生物信息学 结直肠癌 免疫荧光,免疫组化,实时定量PCR,Western blotting,细胞迁移实验,单细胞测序 NA 基因表达数据,临床数据,单细胞测序数据 多个公共数据库和实验验证样本 NA 单细胞测序 NA NA
11045 2025-10-07
HGATLink: single-cell gene regulatory network inference via the fusion of heterogeneous graph attention networks and transformer
2025-Feb-11, BMC bioinformatics IF:2.9Q1
研究论文 提出一种名为HGATLink的单细胞基因调控网络推断框架,通过融合异构图注意力网络和transformer来提升推断准确性 结合异构图注意力网络和简化transformer,通过矩阵分解技术在低维空间中有效捕获基因间复杂相互作用,增强对复杂异构图结构的建模能力并缓解传递性相互作用 NA 开发更准确的单细胞基因调控网络推断方法 基因调控网络 机器学习 NA 单细胞RNA测序 异构图注意力网络, transformer 单细胞基因表达数据 14个scRNA-seq数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
11046 2025-10-07
Analysis of ferroptosis-related genes in cerebral ischemic stroke via immune infiltration and single-cell RNA-sequencing
2025-Feb-11, BMC medical genomics IF:2.1Q3
研究论文 通过免疫浸润和单细胞RNA测序分析脑缺血性卒中中的铁死亡相关基因 首次结合单细胞RNA测序和免疫浸润分析鉴定缺血性卒中铁死亡相关生物标志物,并揭示Nfe2l2/HO-1通路的作用机制 研究样本量有限,需要进一步临床验证 探索缺血性卒中的铁死亡相关生物标志物及其诊断价值 脑缺血性卒中患者数据和短暂性大脑中动脉闭塞小鼠模型 生物信息学 脑缺血性卒中 单细胞RNA测序, 免疫组化, 蛋白质印迹, qRT-PCR, 荧光染色 NA 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
11047 2025-10-07
Carboxylesterase 1-mediated endocannabinoid metabolism in skin: role in melanoma progression in BRafV600E/Pten-/- mice
2025-Feb-11, Cancer & metabolism IF:6.0Q1
研究论文 本研究首次揭示了皮肤中羧酸酯酶1介导的内源性大麻素代谢在黑色素瘤进展中的作用 首次证明CES1在皮肤中的表达及其通过降解2-AG促进黑色素瘤进展的新机制 研究主要基于基因工程小鼠模型,人类样本验证有限 探究内源性大麻素代谢在黑色素瘤进展中的分子机制 BRafV600E/Pten-/-基因工程小鼠黑色素瘤模型 癌症生物学 黑色素瘤 靶向代谢组学、化学蛋白质组学、活性蛋白质谱分析、靶向脂质组学、放射性示踪检测、单细胞RNA测序 NA 代谢组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据 基因工程小鼠黑色素瘤组织与正常皮肤组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
11048 2025-10-07
Single-cell and spatial-resolved profiling reveals cancer-associated fibroblast heterogeneity in colorectal cancer metabolic subtypes
2025-Feb-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 通过单细胞和空间转录组技术揭示结直肠癌代谢亚型中癌症相关成纤维细胞的异质性 首次系统鉴定SFRP2+CAF亚群在结直肠癌代谢亚型中的分布特征及其促癌机制 样本量有限,需要更大队列验证研究结果 探索结直肠癌代谢亚型中癌症相关成纤维细胞的异质性及其功能 结直肠癌患者样本 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重免疫组化,体内实验 层次聚类分析 基因表达数据,空间定位数据,图像数据 未明确具体样本数量 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 NA NA
11049 2025-10-07
Induction of the p21/CDK6 pathway and alteration of the immune microenvironment by the stem cell marker CBX3 in melanoma
2025-Feb-11, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1
研究论文 本研究探讨干细胞标志物CBX3通过激活p21/CDK6通路和改变免疫微环境促进黑色素瘤进展的机制 首次揭示CBX3在黑色素瘤中通过调控p21/CDK6通路影响细胞周期并改变肿瘤免疫微环境 机制研究仍需深入,临床转化价值有待验证 阐明CBX3在黑色素瘤发生发展中的作用及其对免疫治疗的潜在影响 黑色素瘤细胞系、动物模型和公共数据库数据 肿瘤生物学 黑色素瘤 单细胞RNA测序,流式细胞术,qPCR,Western blotting,CCK8,克隆形成,伤口愈合,Transwell NA 基因表达数据,蛋白质数据,单细胞测序数据 公共数据库和实验样本(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
11050 2025-10-07
Immune profiling of the macroenvironment in colorectal cancer unveils systemic dysfunction and plasticity of immune cells
2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1
研究论文 通过多组学技术系统分析结直肠癌免疫宏观环境中免疫细胞的异质性和功能状态 首次全面描绘结直肠癌免疫宏观环境特征,发现三级淋巴结构对免疫治疗的预测价值及血液中PD-1/CD69表达作为生物标志物的潜力 需要更大样本验证生物标志物的临床适用性 解析结直肠癌免疫宏观环境的组成特征及其与免疫治疗反应的关系 结直肠癌患者的肿瘤组织、血液及不同肠道结构(上皮、固有层、粘膜下层、肌层) 数字病理 结直肠癌 飞行时间质谱流式细胞术,RNA测序,单细胞RNA测序,空间转录组,多重免疫荧光染色 NA 单细胞数据,空间转录组数据,蛋白质表达数据 发现队列和验证队列的结直肠癌患者样本 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学,质谱流式细胞术 NA NA
11051 2025-10-07
Single-cell sequencing reveals cell heterogeneity and aberrantly activated pathways associated with microvascular invasion in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
研究论文 通过单细胞转录组分析揭示肝细胞癌微血管侵犯相关的细胞异质性和异常激活通路 首次在单细胞水平识别MVI阳性恶性细胞亚型,发现MARCKSL1基因通过PTN信号网络促进MVI进展 样本量较小(仅5例患者),需要进一步实验验证MARCKSL1的功能 探索肝细胞癌微血管侵犯的细胞异质性、生物标志物和细胞间信号相互作用 肝细胞癌患者的肿瘤组织和癌旁组织 单细胞组学 肝细胞癌 单细胞转录组测序 生物信息学分析 单细胞RNA测序数据 5例肝细胞癌患者(其中3例显示微血管侵犯) NA 单细胞RNA-seq NA NA
11052 2025-10-07
Revealing the molecular links between coronary heart disease and cognitive impairment: the role of aging-related genes and therapeutic potential of stellate ganglion block
2024-Nov-28, Biogerontology IF:4.4Q1
研究论文 本研究揭示了衰老相关基因FKBP5和DDIT3在冠心病与认知障碍共病机制中的关键作用,并评估了星状神经节阻滞的治疗潜力 首次通过单细胞和bulk RNA测序技术系统阐明FKBP5和DDIT3在冠心病与认知障碍共病机制中的核心作用,并发现星状神经节阻滞通过调节自主神经可同时改善心脏功能和认知能力 研究主要基于动物模型,尚未在人类临床试验中得到验证 阐明冠心病与认知障碍共病的分子机制,探索星状神经节阻滞的治疗效果 冠心病和认知障碍的分子机制及治疗干预 生物医学研究 冠心病, 认知障碍 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 激光多普勒血流仪, 脑电图, 行为学测试 动物模型 基因表达数据, 行为学数据, 生理信号数据 大鼠模型 NA 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 NA NA
11053 2025-10-07
Association between premature vascular smooth muscle cells senescence and vascular inflammation in Takayasu's arteritis
2024-Oct-21, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1
研究论文 本研究探讨高安氏动脉炎中血管平滑肌细胞早衰与血管炎症之间的关联 首次揭示IL-6-线粒体STAT3-MFN2信号通路驱动血管平滑肌细胞衰老的分子机制 样本来源于手术患者,可能存在选择偏倚;体外实验结果需在更大样本中验证 探究高安氏动脉炎中血管平滑肌细胞衰老是否参与血管炎症过程 高安氏动脉炎患者的血管手术样本和原代血管平滑肌细胞 分子病理学 高安氏动脉炎 组织学检测、bulk RNA-Seq、单细胞RNA-seq、体外实验、离体实验 NA 基因表达数据、组织图像数据 高安氏动脉炎患者血管手术样本(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
11054 2025-10-07
Single-cell transcriptomics reveal potent extrafollicular B cell response linked with granzyme K+ CD8 T cell activation in lupus kidney
2024-Oct-17, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1
研究论文 本研究通过单细胞测序揭示了狼疮性肾炎肾脏中滤泡外B细胞反应与GZMK+ CD8 T细胞活化的关联机制 首次在单细胞水平系统描绘狼疮性肾炎肾脏适应性免疫景观,发现肾脏特异性IGHG4-59克隆扩增和GZMK+ CD8 T细胞与ABCs通过II型干扰素通路的相互作用 样本量有限,主要基于相关性分析,功能验证需要进一步深入 探索活动性狼疮性肾炎患者肾脏特异性适应性免疫景观 狼疮性肾炎患者的肾脏和配对外周血B、T细胞,以及匹配对照的外周血细胞 数字病理学 狼疮性肾炎 单细胞RNA/BCR/TCR测序,流式细胞术,ATAC-seq,多重免疫组化 NA 单细胞转录组数据,BCR/TCR序列数据,表观遗传数据,蛋白质表达数据 活动性狼疮性肾炎患者肾脏和外周血样本,匹配对照外周血样本 NA 单细胞RNA-seq,单细胞BCR/TCR测序,ATAC-seq NA NA
11055 2025-10-07
CD8+ tissue-resident memory T cells are expanded in primary Sjögren's disease and can be therapeutically targeted by CD103 blockade
2024-Sep-30, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1
研究论文 本研究探讨了组织驻留记忆T细胞在原发性干燥综合征中的作用及CD103阻断的治疗潜力 首次系统表征pSS中CD8+组织驻留记忆T细胞的表型功能,并证明CD103阻断可改善疾病症状 动物模型结果需在人类临床试验中进一步验证 研究组织驻留记忆T细胞在原发性干燥综合征发病机制中的作用及治疗靶点 原发性干燥综合征患者、非特异性干燥综合征患者、实验性干燥综合征小鼠模型 免疫学 自身免疫性疾病 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 流式细胞术, 免疫组织化学 NA 基因表达数据, 细胞表型数据, 临床指标 人类唾液腺组织和外周血样本, 实验性干燥综合征小鼠模型 NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
11056 2025-10-07
A spatiotemporally resolved atlas of mRNA decay in the C. elegans embryo reveals differential regulation of mRNA stability across stages and cell types
2024-Sep-20, Genome research IF:6.2Q1
研究论文 通过转录抑制结合RNA测序技术,构建了线虫胚胎发育过程中mRNA衰减速率的时空图谱 首次在全转录组范围内直接测量胚胎发育过程中具有时空分辨率的mRNA衰变速率,揭示了不同发育阶段和细胞类型中mRNA稳定性的差异调控 研究仅限于线虫胚胎发育过程,未涉及其他生物或发育阶段 探究胚胎发育过程中mRNA衰变速率的时空动态变化及其对基因表达的调控作用 秀丽隐杆线虫(C. elegans)胚胎 转录组学 NA 转录抑制,bulk RNA-seq,单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 线虫胚胎发育全过程样本 NA 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq NA NA
11057 2025-10-07
Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER
2024-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 开发了一种名为CLEANSER的混合模型,用于识别和过滤单细胞CRISPR筛选中的环境gRNA噪声 利用CRISPR混合实验表征环境gRNA噪声,开发了包含gRNA和细胞特异性归一化参数的混合模型 NA 提高单细胞CRISPR筛选实验中gRNA-细胞分配准确性 单细胞CRISPR筛选中的环境gRNA噪声 生物信息学 NA 单细胞RNA测序CRISPR筛选 混合模型 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
11058 2025-10-07
New dimension in viral hepatitis research
2024-Sep, eGastroenterology
研究论文 使用GeoMx数字空间分析技术研究乙型肝炎患者肝组织中基因表达的空间分布特征 首次应用GeoMx DSP技术对HBV感染肝组织进行空间转录组分析,能够靶向选择特定组织区域进行精确基因表达定位 样本量较小(仅3例患者),目前仍处于概念验证阶段 通过空间转录组学技术深入了解肝脏免疫反应和HBV感染细胞分布,最终实现HBV功能性治愈 三名患者的肝组织(一名HBV单感染、一名HBV/HDV共感染、一名HBV/HIV共感染) 空间转录组学 病毒性肝炎 数字空间分析,空间转录组学 NA 空间基因表达数据 3例患者肝组织样本 NanoString 空间转录组学 GeoMx DSP GeoMx数字空间分析技术,支持靶向选择特定组织区域(感兴趣区域)进行分析
11059 2025-10-07
Characterisation of choroid plexus-infiltrating T cells reveals novel therapeutic targets in murine neuropsychiatric lupus
2024-Jul-15, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组分析揭示了神经精神性狼疮小鼠模型中脉络丛浸润T细胞的特征及其在疾病进展中的作用 首次在神经精神性狼疮小鼠模型中系统表征脉络丛浸润T细胞,发现特异性T细胞克隆并验证VCAM/VLA-4信号通路作为潜在治疗靶点 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 探究神经精神性狼疮疾病进展中脉络丛浸润免疫细胞的作用机制 MRL/lpr小鼠(神经精神性狼疮模型)的脉络丛组织 单细胞组学 神经精神性狼疮 单细胞RNA测序,T细胞受体分析 NA 单细胞转录组数据 MRL/lpr小鼠在疾病早期和晚期的脉络丛组织 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 液滴式单细胞转录组分析平台
11060 2025-10-07
Defining the Regulatory Logic of Breast Cancer Using Single-Cell Epigenetic and Transcriptome Profiling
2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过单细胞表观遗传和转录组分析揭示乳腺癌的调控逻辑 开发了使用线性混合效应模型系统量化染色质可及性区域与基因表达关联的新方法,并发现正常细胞中基因表达沉默子转变为癌细胞中增强子的调控元件 研究样本仅限于手术切除后立即处理的人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织 解析乳腺癌细胞的转录失调调控机制 人类乳腺肿瘤、健康乳腺组织和乳腺癌细胞系 单细胞多组学 乳腺癌 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq 线性混合效应模型 表观遗传数据, 转录组数据 NA NA 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 NA NA
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