单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
11021	2024-08-05	sNucConv: A bulk RNA-seq deconvolution method trained on single-nucleus RNA-seq data to estimate cell-type composition of human adipose tissues 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110368 PMID:39071890	研究论文	本研究介绍了sNucConv，一种基于单核RNA测序数据训练的bulk RNA-seq去卷积方法，用于估计人类脂肪组织的细胞类型组成	sNucConv利用深度学习方法，首次将snRNA-seq数据应用于bulk RNA-seq的去卷积并进行了模型验证	研究仅依赖于特定的snRNA-seq样本，可能限制了模型在其他组织类型的普适性	开发一种新方法以提高对脂肪组织细胞类型组成的估计精度	针对人类的脂肪组织细胞类型进行研究	数字病理学	NA	snRNA-seq, bulk RNA-seq	深度学习模型 (Scaden)	RNA-seq数据	使用了5个hSAT和7个hVAT的snRNA-seq数据进行训练，此外验证中使用了5个hSAT和5个hVAT样本
11022	2024-08-04	Molecular analysis of human tick-bitten skin yields signatures associated with distinct spatial and temporal trajectories - A proof-of-concept study 2024-Jul-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33600 PMID:39071681	研究论文	本研究揭示了人类被蜱虫叮咬皮肤样本的分子机制，分析了不同时间和空间轨迹的特征	该研究首次通过空间转录组学技术分析叮咬后皮肤样本，识别了与时间和个体特异性相关的分子特征	样本数量和个体多样性可能限制了研究结果的广泛应用	揭示蜱虫叮咬后皮肤的分子机制	从同一参与者获得的蜱虫叮咬样本（病例）和对侧皮肤样本（对照）	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	同一参与者的蜱虫叮咬和对侧皮肤样本
11023	2024-08-04	Integrated single-cell and bulk RNA sequencing revealed an epigenetic signature predicts prognosis and tumor microenvironment colorectal cancer heterogeneity 2024-Jul-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v16.i7.3032 PMID:39072180	研究论文	本研究建立了一种能够预测结直肠癌预后的表观遗传标记	研究中的标记在不同数据集中经过验证，显示出良好的预后预测能力	该研究未提到样本的种类和数量的详细信息	研究的目标是构建一个稳健的结直肠癌预后标记	研究对象为结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	RNA-seq	NA	基因组和转录组数据	使用了TCGA队列和六个独立数据集
11024	2024-08-05	Single cell transcriptomic analysis reveals tumor immune infiltration by NK cells gene signature in lung adenocarcinoma 2024-Jul-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33928 PMID:39071697	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了肺腺癌中NK细胞的肿瘤免疫浸润特征	引入了NK基因特征分数（NKGS），用于区分NK1和NK2细胞	研究可能受到样本量和数据集的限制	了解肺腺癌中NK细胞的多样性特征	主要研究肺腺癌中的NK细胞群体	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	LASSO Cox回归	基因表达数据	多个初级肺癌（MPLC）数据集中的样本
11025	2024-08-05	Constructing an immune-related prognostic signature for predicting prognosis and immune response in hepatocellular carcinoma 2024-Jul-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34012 PMID:39071637	研究论文	本研究旨在建立一个与免疫相关的肝细胞癌预后模型	首次在肝细胞癌中建立了一个免疫相关的预后模型	研究可能受到样本选择和数据集限制的影响	旨在分析肝细胞癌的免疫相关预后	研究对象为肝细胞癌患者及其免疫相关基因	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	Kaplan-Meier生存曲线，Cox回归分析	基因表达数据	438名肝细胞癌患者
11026	2024-08-05	Disease-specific transcriptional programs govern airway goblet cell metaplasia 2024-Jul-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34105 PMID:39071568	研究论文	这篇文章探讨了慢性肺部炎症疾病中气道杯状细胞变性相关的转录程序	揭示了哮喘、囊性纤维化和慢性阻塞性肺病中杯状细胞变性的相似性和差异性	对该领域的分子机制和特征理解仍然有限	研究杯状细胞变性在肺疾病中的分子机制	人类肺部的单细胞RNA测序数据集	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	公共单细胞RNA测序数据集
11027	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing reveals special basal cells and fibroblasts in idiopathic pulmonary fibrosis 2024-07-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-66947-5 PMID:38982264	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析发现特定的基底细胞和成纤维细胞在特发性肺纤维化中具有重要作用	识别出几种之前未被认识的基底细胞亚型以及与细胞外基质相关的成纤维细胞群体，提供了对特发性肺纤维化中基底细胞和成纤维细胞复杂性和多样性的创新见解	样本量较小，仅包括五个特发性肺纤维化样本和三个健康对照样本	探讨导致特发性肺纤维化的分子机制	特发性肺纤维化患者的肺组织样本以及健康对照样本	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	肺组织样本	8个样本（5个特发性肺纤维化样本和3个健康对照样本）
11028	2024-08-04	Development of human pancreatic cancer avatars as a model for dynamic immune landscape profiling and personalized therapy 2024-Jul-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm9071 PMID:38968363	研究论文	本研究开发了基于人类胰腺癌组织的个性化“化身”，用于动态免疫微环境分析和个性化治疗。	论文展示了一种新的个性化有机体模型，可以在时间和空间上报告胰腺癌微环境，并能够反映临床反应。	尚未提及具体局限性	研究旨在创建一个新的模型，评估胰腺癌治疗的免疫微环境和个性化疗法。	研究对象为胰腺导管腺癌（PDAC）和其微环境。	数字病理学	胰腺癌	多重免疫荧光和空间转录组学	个性化有机体模型	组织切片数据	具体样本量尚未提及
11029	2024-08-05	Hypoxia inhibits the iMo/cDC2/CD8+ TRMs immune axis in the tumor microenvironment of human esophageal cancer 2024-Jul-04, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-008889 PMID:38964786	研究论文	本研究探讨了食管癌肿瘤微环境中的iMo/cDC2/CD8+ TRMs免疫轴的调控机制	首次揭示了CD8+ TRMs在食管癌中的抗肿瘤作用及其免疫调控的特征	本研究的机制探索仍需进一步验证，样本数量较小	深入了解人类食管癌肿瘤微环境的免疫特征及其潜在调控机制	主要研究食管癌患者肿瘤及其邻近组织中的免疫环境	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序，流式细胞术，质量细胞计数	NA	组织样本	来自治疗前患者的肿瘤及邻近组织样本
11030	2024-08-05	Identification of a clinically efficacious CAR T cell subset in diffuse large B cell lymphoma by dynamic multidimensional single-cell profiling 2024-Jul, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00768-3 PMID:38750245	研究论文	本研究通过动态多维单细胞分析识别出在弥漫性大B细胞淋巴瘤中具有临床疗效的CAR T细胞亚群。	引入了时间延迟成像显微镜和单细胞RNA测序的功能性分析，首次识别出多功能CD8 T细胞的特征。	研究可能限于特定的患者群体，尚需在更广泛的样本中验证CD8-fit T细胞的普适性。	研究CD8-fit T细胞在大B细胞淋巴瘤患者中的作用及其临床应用。	研究对象为接受CAR T细胞治疗的大B细胞淋巴瘤患者。	数字病理学	淋巴癌	单细胞RNA测序	NA	细胞功能评估数据	由多名大B细胞淋巴瘤患者的输注产品组成
11031	2024-08-05	Macrophage biomimetic nanoparticle-targeted functional extracellular vesicle micro-RNAs revealed via multiomics analysis alleviate sepsis-induced acute lung injury 2024-Jun-23, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02597-z PMID:38910259	研究论文	这项研究通过多组学分析识别功能性细胞外囊泡小RNA，并探寻其在脓毒症诱导的急性肺损伤中的作用	提出了一种新方法来筛选功能性EV-miRNAs，并强调了巨噬细胞来源EV在急性肺损伤中的关键作用	尚未明确揭示更有效的EV-miRNA作为治疗靶标的策略	研究脓毒症患者的急性肺损伤中，细胞外囊泡小RNA的功能性及其治疗潜力	脓毒症患者的血清EV微RNA档案及对应器官的单细胞RNA测序	数字病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序和多组学分析	NA	RNA数据	涉及脓毒症患者的血清和小鼠模型
11032	2024-08-04	Multiomics integration-based immunological characterizations of adamantinomatous craniopharyngioma in relation to keratinization 2024-Jun-21, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06840-1 PMID:38906852	研究论文	该文章对低恶性肿瘤的免疫微环境进行了综合分析	文章通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了ACP微环境中的免疫特征及细胞间网络	同一研究中的样本量限制可能影响结果的普适性	阐明ACP微环境的免疫特征，以扩展潜在治疗靶点的知识	研究对象为58,081个核，主要集中在ACP样本的微环境中	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	细胞核数据	58,081个细胞核
11033	2024-08-04	The crosstalk role of CDKN2A between tumor progression and cuproptosis resistance in colorectal cancer 2024-06-17, Aging DOI:10.18632/aging.205945 PMID:38888512	研究论文	本文探讨了CDKN2A在结直肠癌中与肿瘤进展及杯死亡抗性之间的相互作用	揭示了CDKN2A通过调节糖酵解和铜稳态在杯死亡抗性中的作用，并与肿瘤恶性表型和促进肿瘤微环境相关联	尚未明确CDKN2A在杯死亡抗性及其与肿瘤发展的具体机制	综合研究CDKN2A在结直肠癌细胞中的分布、表达及其与肿瘤进展的关系	结直肠癌细胞及其相关的细胞通路和免疫浸润	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序、空间转录组学、病理图像分析、TCGA多组学分析	NA	NA	NA
11034	2024-08-05	Identification of JUN gene and cellular microenvironment in response to PD-1 blockade treatment in lung cancer patients via single-cell RNA sequencing 2024-06-13, Aging DOI:10.18632/aging.205932 PMID:38874497	研究论文	本研究探讨了JUN基因及细胞微环境在肺癌患者PD-1阻断治疗中的反应	提出了肿瘤微环境中的细胞类型通过特定基因影响PD-1阻断免疫疗法效果的假设，并识别了JUN基因作为PD-1反应生物标志物	目前对PD-1阻断治疗反应的生物标志物仍然有限	探索非小细胞肺癌中PD-1/PDL-1阻断的分子机制	肺腺癌患者的肿瘤组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	组织数据	肺腺癌患者的组织样本，具体样本数量未提及
11035	2024-08-04	A Review of the Application of Spatial Transcriptomics in Neuroscience 2024-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00603-4 PMID:38374297	综述	这篇文章回顾了空间转录组学在神经科学中的应用	全面概述了空间转录组学在神经科学中的关键方法、数据资源和技术应用	缺乏对空间转录组学在神经科学中的深入研究	调查空间转录组学在神经科学中的应用和发展方向	空间转录组学数据分析方法及其在神经科学中的应用	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	数据分析方法	NA
11036	2024-08-05	scEM: A New Ensemble Framework for Predicting Cell Type Composition Based on scRNA-Seq Data 2024-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-023-00601-y PMID:38368575	研究论文	本研究提出了一种新颖的集成框架scEM，用于基于单细胞RNA测序数据预测细胞类型组成	提出了一种新的集成细胞类型识别方法scEM，通过熵权法学习共识相似性矩阵，弥补了当前方法的不足	缺乏对不同数据集和性能指标的标准化比较分析	研究旨在填补细胞类型组成预测领域的分析空白	对20种先进的无监督细胞类型识别方法进行评估	计算机视觉	NA	scRNA-seq	集成模型	真实scRNA-seq数据集	24个不同规模的真实scRNA-seq数据集
11037	2024-08-05	Inference of Gene Regulatory Networks Based on Multi-view Hierarchical Hypergraphs 2024-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00604-3 PMID:38342857	研究论文	该文章提出了一种基于多视图层次超图的基因调控网络推断模型	引入了多视图层次超图，以整合多个异质生物信息，模型更好地捕捉多对多的复杂调节关系	尚未提及具体限制。	旨在改善基因调控网络的推断准确性	使用大肠杆菌和酿酒酵母的数据集进行实验验证	计算生物学	NA	超图卷积网络	层次超图模型	基因表达数据	对5个小鼠和2个人类细胞系的scRNA-seq数据集进行了分析
11038	2024-08-04	Comprehensive single-cell RNA-seq analysis using deep interpretable generative modeling guided by biological hierarchy knowledge 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae314 PMID:38960404	研究论文	本文提出了一种深度可解释生成模型d-scIGM，用于单细胞数据分析。	d-scIGM结合锯齿连接技术和残差网络，并引入生物领域的层次先验知识，增强了模型的可解释性。	之前基于生成模型的研究大多限于浅层神经网络，可能限制了模型的能力。	探讨细胞异质性并提高单细胞转录组数据分析的可解释性。	单细胞转录组数据及其生物学解释。	计算机视觉	黑色素瘤	RNA-seq	深度生成模型	单细胞数据	涉及多个大规模实验和黑色素瘤数据集
11039	2024-08-05	Identification of MUC1-C as a Target for Suppressing Progression of Head and Neck Squamous Cell Carcinomas 2024-May-14, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0011 PMID:38619287	研究论文	本研究报告了MUC1-C蛋白在头颈部鳞状细胞癌中的作用及其作为抑制癌症进展的靶点	揭示了MUC1-C在头颈部鳞状细胞癌中的新角色，并且表明其与肿瘤干细胞状态的联系	该研究在临床应用方面的具体有效性尚需进一步验证	探究MUC1-C在头颈部鳞状细胞癌的发病机制中的作用	头颈部鳞状细胞癌细胞系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
11040	2024-08-05	High-Throughput Host-Microbe Single-Cell RNA Sequencing Reveals Ferroptosis-Associated Heterogeneity during Acinetobacter baumannii Infection 2024-04-24, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202400538 PMID:38419141	研究论文	该文章首次报告了一种高通量交叉物种双单细胞RNA测序技术，以同时捕获真核和细菌RNA	创新点在于开发了一种高通量的scRandom-seq技术，能够高效捕获宿主与微生物之间的复杂相互作用	限制未具体说明，但涉及高通量技术可能存在样本处理和解析上的挑战	研究宿主与微生物之间的相互作用及其在感染中的复杂性	研究对象为Acinetobacter baumannii感染模型中的宿主细胞及其与微生物的相互作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	THP-1来源的巨噬细胞和细菌细胞