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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11021 | 2025-10-07 | Unravelling approaches to study macrophages: from classical to novel biophysical methodologies 
          2025, PeerJ
          
          IF:2.3Q2
          
         
          DOI:10.7717/peerj.19039
          PMID:39989743
         | 综述 | 本文综述了从经典到新型生物物理学方法研究巨噬细胞的技术进展 | 整合了单细胞测序、单细胞质谱、微流控技术和原子力光谱等前沿生物物理方法研究巨噬细胞 | NA | 探讨研究巨噬细胞的方法学进展 | 巨噬细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞测序, 单细胞质谱, 微流控技术, 扫描探针显微镜, 原子力光谱 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 11022 | 2025-10-07 | Calnexin promotes glioblastoma progression by inducing protective mitophagy through the MEK/ERK/BNIP3 pathway 
          2025, Theranostics
          
          IF:12.4Q1
          
         
          DOI:10.7150/thno.105591
          PMID:39990231
         | 研究论文 | 本研究揭示钙连接蛋白通过MEK/ERK/BNIP3通路诱导保护性线粒体自噬促进胶质母细胞瘤进展的分子机制 | 首次发现CANX通过激活MEK/ERK通路促进BNIP3介导的保护性线粒体自噬,阐明了GBM化疗耐药的新机制 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究CANX在胶质母细胞瘤进展和化疗耐药中的作用机制 | 胶质母细胞瘤细胞系和颅内异种移植小鼠模型 | 肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤 | 转录组测序、单细胞测序、透射电镜、Western blot、免疫荧光、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA | 
| 11023 | 2025-10-07 | CD34+ PI16+ fibroblast progenitors aggravate neointimal lesions of allograft arteries via CCL11/CCR3-PI3K/AKT pathway 
          2025, Theranostics
          
          IF:12.4Q1
          
         
          DOI:10.7150/thno.104650
          PMID:39990233
         | 研究论文 | 本研究揭示了CD34+ PI16+成纤维祖细胞通过CCL11/CCR3-PI3K/AKT通路促进移植动脉新生内膜病变的机制 | 首次鉴定出CD34+ PI16+成纤维祖细胞亚群,并阐明其通过分泌CCL11激活平滑肌细胞PI3K/AKT通路驱动新生内膜增生的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体组织中验证 | 探究CD34干细胞/祖细胞在移植动脉粥样硬化中的作用机制 | 遗传修饰小鼠模型(BALB/c、C57BL/6J等)和细胞亚群 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 趋化因子抗体微阵列, ELISA, 免疫组织化学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据, 免疫组织化学图像 | 多种遗传修饰小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 11024 | 2025-10-07 | Establishment of a Lactylation-Related Gene Signature for Hepatocellular Carcinoma Applying Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Analysis 
          2025, International journal of genomics
          
          IF:2.6Q2
          
         
          DOI:10.1155/ijog/3547543
          PMID:39990773
         | 研究论文 | 本研究通过批量和单细胞RNA测序分析建立了肝细胞癌的乳酸化相关基因特征 | 首次开发了肝细胞癌的乳酸化相关基因特征,结合单细胞RNA测序揭示了基因在不同细胞类型中的表达模式 | NA | 开发肝细胞癌的乳酸化相关基因特征并评估其预后预测价值 | 肝细胞癌患者和细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 批量RNA测序,单细胞RNA测序 | LASSO Cox回归模型,风险评分模型,列线图 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 11025 | 2025-10-07 | Contribution of cuproptosis and immune-related genes to idiopathic pulmonary fibrosis disease 
          2025, Frontiers in immunology
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.3389/fimmu.2025.1458341
          PMID:39991151
         | 研究论文 | 本研究通过生物信息学分析探讨铜死亡和免疫相关基因在特发性肺纤维化中的诊断价值 | 首次系统分析铜死亡相关基因在IPF中的作用,并识别出具有诊断价值的免疫相关生物标志物 | 研究基于公共数据库的微阵列数据,需要进一步实验验证 | 探索铜死亡和免疫相关基因对特发性肺纤维化的诊断价值 | 特发性肺纤维化患者基因表达数据 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 微阵列分析,单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析,蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | ROC曲线分析 | 基因表达数据 | 四个GEO微阵列数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,微阵列 | NA | NA | 
| 11026 | 2025-10-07 | Single-cell RNA sequencing of circulating immune cells supports inhibition of TNFAIP3 and NFKBIA translation as psoriatic arthritis biomarkers 
          2025, Frontiers in immunology
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.3389/fimmu.2025.1483393
          PMID:39991156
         | 研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析银屑病关节炎患者循环免疫细胞,发现TNFAIP3和NFKBIA翻译抑制可作为生物标志物 | 首次在单细胞水平揭示TNFAIP3和NFKBIA基因在银屑病关节炎不同T细胞亚群中的差异翻译调控机制 | 样本量较小(仅8个样本),需要更大规模研究验证 | 鉴定区分银屑病关节炎与单纯皮肤银屑病及健康对照的生物标志物 | 银屑病关节炎患者、单纯皮肤银屑病患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 银屑病关节炎 | 单细胞RNA测序, 免疫印迹 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 8个样本(3例PsA, 3例PsC, 2例HC) | NanoString | 单细胞RNA-seq | NanoString nCounter | NanoString nCounter平台用于验证单细胞RNA测序发现的差异表达基因 | 
| 11027 | 2025-10-07 | Integrative multi-omics and machine learning identify a robust signature for discriminating prognosis and therapeutic targets in bladder cancer 
          2025, Journal of Cancer
          
          IF:3.3Q2
          
         
          DOI:10.7150/jca.105066
          PMID:39991573
         | 研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,开发了膀胱癌预后预测模型并识别了潜在治疗靶点 | 首次整合转录组学、蛋白质组学、蛋白乙酰化测序和单细胞RNA测序数据,采用一致性聚类和LASSO Cox回归建立膀胱癌预后模型 | 样本量相对较小(6对肿瘤与癌旁组织),需要更大规模验证 | 开发膀胱癌预后预测模型并识别治疗靶点 | 膀胱癌患者组织样本和公共数据库数据 | 机器学习 | 膀胱癌 | 转录组测序, 蛋白质组测序, 蛋白乙酰化测序, 单细胞RNA测序 | Cox回归, LASSO Cox回归, 一致性聚类 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞数据 | 6对膀胱癌肿瘤与癌旁组织,整合TCGA-BLCA和GSE13507数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序, 蛋白质组测序 | NA | NA | 
| 11028 | 2025-10-07 | Single-Cell Sequencing Reveals PD-L1-Mediated Immune Escape Signaling in Lung Adenocarcinoma 
          2025, Journal of Cancer
          
          IF:3.3Q2
          
         
          DOI:10.7150/jca.103656
          PMID:39991571
         | 研究论文 | 通过单细胞测序技术揭示肺腺癌中PD-L1介导的免疫逃逸信号机制 | 首次在单细胞水平系统描绘PD-L1阳性与阴性样本的免疫细胞组成差异,并鉴定出11个与PD-L1/PD-1免疫逃逸轴相关的差异表达基因 | 样本量较小(仅8例患者),缺乏功能性验证实验 | 探究肺腺癌免疫逃逸的分子机制并开发预测和治疗靶点 | 8例肺腺癌患者的肿瘤组织样本 | 单细胞生物学 | 肺腺癌 | 单细胞测序, qPCR | UMAP降维分析 | 单细胞基因表达数据 | 8例患者肿瘤组织,共58,810个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 11029 | 2025-10-07 | Nanomaterial-Mediated Reprogramming of Macrophages to Inhibit Refractory Muscle Fibrosis 
          2024-Dec, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
          
         
          DOI:10.1002/adma.202410368
          PMID:39548911
         | 研究论文 | 本研究开发了一种功能化纳米材料,通过调控巨噬细胞极化来抑制难治性口面部肌肉纤维化 | 首次设计阳离子纳米材料通过捕获细胞游离核酸调控巨噬细胞表型,揭示其通过TLR7/9-NF-κB信号通路影响纤维-脂肪生成祖细胞亚群转化的新机制 | NA | 开发治疗难治性肌肉纤维化的新策略 | 口面部肌肉纤维化模型中的巨噬细胞和纤维-脂肪生成祖细胞 | NA | 肌肉纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 11030 | 2025-10-07 | scMGATGRN: a multiview graph attention network-based method for inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomic data 
          2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
          
          IF:6.8Q1
          
         
          DOI:10.1093/bib/bbae526
          PMID:39417321
         | 研究论文 | 提出基于多视图图注意力网络的scMGATGRN方法,用于从单细胞转录组数据推断基因调控网络 | 首次将多视图图注意力网络应用于基因调控网络推断,能够同时利用局部特征信息和高阶邻居特征信息 | 未明确说明模型的计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性 | 开发更准确的基因调控网络推断方法 | 基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图注意力网络(GAT), 多视图注意力机制 | 单细胞转录组数据 | 7个基准单细胞RNA测序数据集,来自5个细胞系(2个人类,3个小鼠) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 11031 | 2025-10-07 | Identification of microenvironment features associated with primary resistance to anti-PD-1/PD-L1 + antiangiogenesis in gastric cancer through spatial transcriptomics and plasma proteomics 
          2024-Sep-13, Molecular cancer
          
          IF:27.7Q1
          
         
          DOI:10.1186/s12943-024-02092-x
          PMID:39272096
         | 研究论文 | 通过空间转录组学和血浆蛋白质组学分析胃癌对抗PD-1/PD-L1+抗血管生成联合疗法原发性耐药的肿瘤微环境特征 | 首次结合空间转录组学和血浆蛋白质组学系统分析胃癌联合治疗耐药机制,发现M2巨噬细胞浸润和S100A10过表达的关键作用 | 研究样本仅限REGOMUNE II期临床试验的 Caucasian 患者群体,样本代表性有限 | 探究胃癌患者对抗PD-1/PD-L1+抗血管生成联合疗法原发性耐药的分子机制 | 晚期胃癌患者 | 空间转录组学 | 胃癌 | 空间转录组学, 血浆蛋白质组学, 生物标志物分析 | NA | 空间转录组数据, 血浆蛋白质数据, 临床数据 | REGOMUNE II期临床试验患者群体 | NA | 空间转录组学, 血浆蛋白质组学 | NA | NA | 
| 11032 | 2025-10-07 | Single-cell atlas of the human brain vasculature across development, adulthood and disease 
          2024-Aug, Nature
          
          IF:50.5Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41586-024-07493-y
          PMID:38987604
         | 研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建了人类大脑血管系统在发育期、成年期和疾病状态下的分子图谱 | 首次在单细胞水平系统描绘人类大脑血管系统的分子异质性,揭示了疾病状态下动静脉分化改变和胎儿期基因重新激活等新现象 | 样本来源和数量仍有限,未能覆盖所有脑部血管疾病类型 | 解析人类大脑血管系统的细胞和分子结构 | 人类胎儿和成年患者的大脑血管内皮细胞、周细胞及其他组织来源细胞 | 单细胞基因组学 | 脑部血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 117个样本,606,380个细胞,来自68名人类胎儿和成年患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 11033 | 2025-10-07 | SFXN1-mediated immune cell infiltration and tumorigenesis in lung adenocarcinoma: A potential therapeutic target 
          2024-May-10, International immunopharmacology
          
          IF:4.8Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.intimp.2024.111918
          PMID:38537539
         | 研究论文 | 本研究探讨了SFXN1在肺腺癌中的功能作用及其作为治疗靶点的潜力 | 首次揭示SFXN1通过调节ERK磷酸化和CCL20表达影响免疫细胞浸润的分子机制 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库,需要更多临床样本验证 | 研究SFXN1在肺腺癌进展中的功能意义并评估其治疗靶点潜力 | 肺腺癌细胞系、TCGA和GEO数据库中的RNA-seq和scRNA-seq数据 | 肿瘤免疫学 | 肺腺癌 | RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, Western blot, IHC | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、体外实验数据 | TCGA和GEO数据库中的肺腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA | 
| 11034 | 2025-10-07 | Integrated scRNAseq analyses of mouse cochlear supporting cells reveal the involvement of Ezh2 in hair cell regeneration 
          2024-Jan-28, Molecular biology reports
          
          IF:2.6Q3
          
         
          DOI:10.1007/s11033-023-09173-y
          PMID:38281217
         | 研究论文 | 通过整合分析小鼠耳蜗支持细胞的单细胞RNA测序数据,揭示Ezh2在毛细胞再生中的潜在作用 | 首次通过整合多个发育时间点的单细胞RNA测序数据,识别出与发育阶段相关的共表达基因,并发现Ezh2和KLF15可能是关键转录调控因子 | 研究主要基于公共数据库的测序数据,需要进一步实验验证Ezh2的具体调控机制 | 探索小鼠耳蜗毛细胞再生能力的分子基础 | 小鼠耳蜗前感觉细胞和支持细胞 | 单细胞转录组学 | 听力损伤 | 单细胞RNA测序, 基因集富集分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠耳蜗组织从胚胎期14天到出生后33天的多个时间点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 11035 | 2025-10-07 | Innate and adaptive AAV-mediated immune responses in a mouse model of Duchenne muscular dystrophy 
          2023-Sep-14, Molecular therapy. Methods & clinical development
          
         
          DOI:10.1016/j.omtm.2023.06.002
          PMID:37746243
         | 研究论文 | 本研究通过建立小鼠模型探究AAV介导的先天性和适应性免疫反应机制 | 开发了间隔4周双次给药AAV9的小鼠模型,更好地模拟人类对AAV的免疫反应 | 研究仅在小鼠模型中进行,与人类免疫系统存在差异 | 理解AAV诱导的免疫反应机制 | 杜氏肌营养不良症小鼠模型 | 免疫学 | 杜氏肌营养不良症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 11036 | 2025-10-07 | Immune checkpoint blockade induces distinct alterations in the microenvironments of primary and metastatic brain tumors 
          2023-09-01, The Journal of clinical investigation
          
          IF:13.3Q1
          
         
          DOI:10.1172/JCI169314
          PMID:37655659
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了免疫检查点阻断对脑转移瘤和胶质母细胞瘤微环境的不同影响 | 首次在单细胞水平比较ICB对原发性和转移性脑肿瘤免疫微环境的差异影响,发现ICB在脑转移瘤中诱导更显著的T细胞浸润和独特的血管周巨噬细胞变化 | 样本量相对有限(28个脑转移瘤样本),且为观察性研究 | 探究免疫检查点阻断对脑肿瘤微环境的调控机制 | 脑转移瘤患者肿瘤组织 | 单细胞组学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 免疫荧光图像 | 28个脑转移瘤样本(19个ICB初治,9个ICB治疗) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA | 
| 11037 | 2025-10-07 | Matrix stiffness enhances cancer-macrophage interactions and M2-like macrophage accumulation in the breast tumor microenvironment 
          2023-06, Acta biomaterialia
          
          IF:9.4Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.actbio.2022.04.031
          PMID:35483629
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探究基质刚度对乳腺肿瘤微环境中细胞异质性和巨噬细胞极化的影响 | 首次系统揭示基质刚度通过调节CSF-1表达促进M2样巨噬细胞募集的新机制 | 研究仅使用MMTV-PyMT小鼠模型,尚未在人类肿瘤中验证 | 探究基质刚度对肿瘤异质性和肿瘤微环境中细胞间通讯的影响 | MMTV-PyMT小鼠乳腺肿瘤模型 | 单细胞生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 11038 | 2025-10-07 | Rare and Common Variants in KIF15 Contribute to Genetic Risk of Idiopathic Pulmonary Fibrosis 
          2022-07-01, American journal of respiratory and critical care medicine
          
          IF:19.3Q1
          
         
          DOI:10.1164/rccm.202110-2439OC
          PMID:35417304
         | 研究论文 | 本研究通过全外显子测序和基因负荷分析,发现KIF15基因的罕见有害变异和常见变异与特发性肺纤维化遗传风险相关 | 首次将非端粒酶途径的细胞增殖通路与IPF易感性联系起来,并确认KIF15在肺细胞复制中的特异性表达 | 样本量相对有限,功能验证主要在淋巴母细胞中进行,未在肺组织中进行直接验证 | 识别特发性肺纤维化和家族性肺纤维化中富含罕见有害变异的基因 | 特发性肺纤维化患者和对照人群 | 遗传学 | 特发性肺纤维化 | 全外显子测序,单细胞RNA测序,基因负荷分析,功能研究 | NA | 基因组数据,转录组数据 | 发现队列:1,725病例和23,509对照;总队列:2,966病例和29,817对照 | NA | 全外显子测序,单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 11039 | 2025-10-07 | Single-cell RNA transcriptome landscape of hepatocytes and non-parenchymal cells in healthy and NAFLD mouse liver 
          2021-Nov-19, iScience
          
          IF:4.6Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.isci.2021.103233
          PMID:34755088
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了健康和非酒精性脂肪肝小鼠肝脏中肝细胞及非实质细胞的转录组景观 | 发现了肝星状细胞在基因表达调控和向肌成纤维细胞转分化中的双重作用,识别了三种嵌合型非实质细胞 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究非酒精性脂肪肝发病机制的细胞分子基础 | 健康和非酒精性脂肪肝小鼠肝脏中的肝细胞及非实质细胞 | 单细胞组学 | 非酒精性脂肪肝 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 82,168个单细胞转录组,涵盖不同NAFLD阶段 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 11040 | 2025-10-07 | Processing single-cell RNA-seq data for dimension reduction-based analyses using open-source tools 
          2021-06-18, STAR protocols
          
          IF:1.3Q4
          
         
          DOI:10.1016/j.xpro.2021.100450
          PMID:33982010
         | 研究论文 | 介绍使用开源工具构建单细胞RNA测序数据处理流程,用于降维分析 | 提出模块化开源软件构建的完整数据分析流程,强调流程灵活性优于商业平台 | 未提及具体性能指标或与其他方法的对比验证 | 开发灵活的单细胞RNA测序数据处理流程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |