单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
11001	2024-08-04	LHFPL2 Serves as a Potential Biomarker for M2 Polarization of Macrophages in Renal Cell Carcinoma 2024-Jun-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25126707 PMID:38928412	研究论文	本文探讨了LHFPL2在肾细胞癌中作为巨噬细胞M2极化的潜在生物标志物的作用	揭示了LHFPL2与肾细胞癌及其在巨噬细胞M2极化中的关系，并提出了潜在的靶向药物	尚未在体外或临床试验中验证LHFPL2作为生物标志物的有效性	研究LHFPL2在肾细胞癌中对巨噬细胞极化的影响及其作为癌症治疗靶点的潜力	研究对象为609名肾透明细胞癌患者的转录组数据及34,326个肾癌细胞的单细胞测序数据	数字病理学	肾癌	转录组测序和单细胞测序	NA	基因表达数据	609名KIRC患者和34,326个肾癌细胞
11002	2024-08-05	Identifying the protective effects of miR-874-3p/ATF3 axis in intervertebral disc degeneration by single-cell RNA sequencing and validation 2024-Jun, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18492 PMID:38890795	研究论文	本文探讨了miR-874-3p/ATF3轴在椎间盘退变中的保护作用	首次揭示miR-874-3p通过靶向ATF3调控椎间盘退变的病理过程	仅在实验室环境和动物模型中验证，临床应用尚需进一步研究	研究miR-874-3p/ATF3轴在椎间盘退变中的作用及机制	椎间盘退变患者和椎间盘退变大鼠模型	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	包含椎间盘退变患者和多种细胞类型的椎间盘退变大鼠样本
11003	2024-08-04	HATCHet2: clone- and haplotype-specific copy number inference from bulk tumor sequencing data 2024-05-21, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03267-x PMID:38773520	研究论文	本文介绍了一种新算法HATCHet2，用于从肿瘤的多样本群体DNA测序数据中同时推断克隆和单倍型特异的拷贝数异常。	HATCHet2改进了早期HATCHet方法，通过引入新的统计量mhBAF来提高对焦点拷贝数异常的识别，并能识别镜像亚克隆CNAs。	该研究可能受限于从相对较小的样本中得出的结论，并未涵盖更广泛的样本多样性。	研究的目的是提高从肿瘤样本中推断拷贝数异常的准确性。	研究对象为来自10名前列腺癌患者的肿瘤样本。	数字病理学	前列腺癌	群体DNA测序	HATCHet2	基因组数据	10个前列腺癌患者的肿瘤样本
11004	2024-08-05	Adipose-tissue regulatory T cells are a consortium of subtypes that evolves with age and diet 2024-Jan-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2320602121 PMID:38227656	研究论文	研究表明，脂肪组织中的调节性T细胞随着年龄和饮食的变化而演变	发现脂肪组织中存在功能上不同的调节性T细胞亚型，并且这些亚型在不同年龄和饮食下表现出不同的基因表达特征	未涉及具体的临床应用示例，仅在小鼠模型中进行研究	探索年龄和饮食对脂肪组织调节性T细胞异质性的影响	研究了小鼠的腹膜内脂肪组织中的调节性T细胞亚型	数字病理学	肥胖症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同年龄和饮食的小鼠多个样本
11005	2024-08-04	Endothelial cell ferroptosis influences IDH wild-type glioblastoma growth in recurrent glioblastoma multiforme patients 2024, Brazilian journal of medical and biological research = Revista brasileira de pesquisas medicas e biologicas DOI:10.1590/1414-431X2024e13961 PMID:38985083	研究论文	该研究揭示了内皮细胞铁死亡在复发性胶质母细胞瘤中的作用	本研究首次通过单细胞测序分析复发性胶质母细胞瘤中内皮细胞铁死亡的上调及其对肿瘤生长的影响	研究主要集中在内皮细胞与胶质母细胞瘤的相互作用，可能忽略了其它细胞类型的影响	理解复发性胶质母细胞瘤中肿瘤内变化驱动因素	分析复发性和原发性胶质母细胞瘤的内皮细胞铁死亡特征	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞测序	NA	NA	对两对原发性和复发性胶质母细胞瘤进行分析
11006	2024-08-05	M2 Macrophage Classification of Colorectal Cancer Reveals Intrinsic Connections with Metabolism Reprogramming and Clinical Characteristics 2024, Pharmacogenomics and personalized medicine DOI:10.2147/PGPM.S458798 PMID:39011168	研究论文	本文研究了结直肠癌中M2巨噬细胞的分类及其与代谢重编程和临床特征的内在联系	提出了一种独特的M2分类技术，并发现了代谢表型与免疫特征之间的关系	仍需进一步研究以确认所识别的基因特征在免疫与肿瘤代谢之间的关键作用	探讨结直肠癌中免疫细胞代谢演变的临床意义	M2巨噬细胞及其在肿瘤微环境中的代谢变化	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和批量RNA测序	混合聚类模型	基因表达数据	分析了来自TCGA和GEO数据集的多组样本
11007	2024-08-04	Integration of spatial and single-cell data across modalities with weak linkage 2023-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.12.523851 PMID:36711792	研究论文	本文提出了一种新的跨模态数据集成方法MaxFuse，以解决单细胞和空间组学数据之间的弱链接问题	MaxFuse方法通过迭代共同嵌入、数据平滑和细胞匹配来实现高质量的数据集成，即使在信息关联性较弱的情况下也能保持高鲁棒性和准确性	目前的方法依赖于高度相关的先验“链接”特征，当相关特征稀少或缺乏信息时，现有方法会失败	研究目的在于提升单细胞和空间组学数据的跨模态集成能力	研究对象主要是单细胞测序和空间蛋白组学数据	数字病理学	NA	单细胞测序, 空间条形码技术	NA	多组学数据	通过对单细胞和空间真实多组学数据集的基准测试进行验证
11008	2024-08-05	Critical changes in hypothalamic gene networks in response to pancreatic cancer as found by single-cell RNA sequencing 2022-04, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2022.101441 PMID:35031523	研究论文	本研究探讨了胰腺癌对下丘脑基因网络的影响，特别是在癌症恶病质中的作用	首次利用单细胞RNA测序分析了下丘脑在胰腺癌引起的恶病质响应中的细胞类型特异性变化	研究仅在小鼠模型中进行，临床转化仍需更多研究	揭示胰腺癌导致的恶病质对下丘脑的分子影响	小鼠模型的下丘脑及其对胰腺癌的响应	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型的具体样本数量未在摘要中提供
11009	2024-08-05	Geometric Sketching Compactly Summarizes the Single-Cell Transcriptomic Landscape 2019-06-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.05.003 PMID:31176620	研究论文	本文介绍了一种通过几何素描来总结单细胞转录组特征的方法	提出了一种利用少量细胞数据增强单细胞数据分析的几何素描方法	研究中未提及的样本数量和其他细节的数据可能限制了结果的普遍适用性	探讨如何加速和增强单细胞转录组数据的分析	针对脐带血细胞的单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	涉及脐带血细胞的一个小子集
11010	2024-08-05	Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial 2019-06-19, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20188746 PMID:31217225	review	本文详细介绍了单细胞RNA-seq分析的最佳实践和工作流程	提供了独立比较研究的基础上的最佳实践推荐，并整合到工作流程中	未提及具体案例的样本大小和类型	为单细胞RNA-seq分析领域的新手提供工作流程教程	聚焦于单细胞RNA-seq分析的预处理和下游分析步骤	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	数据集、基因表达数据	NA
11011	2024-08-05	HSV-1 single-cell analysis reveals the activation of anti-viral and developmental programs in distinct sub-populations 2019-05-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.46339 PMID:31090537	研究论文	本文结合活细胞成像和单细胞 RNA 测序，揭示了 HSV-1 感染中不同亚群的抗病毒和发育程序的激活。	揭示了在 HSV-1 感染中，感染细胞的转录异质性并识别出转录上独特的亚群体。	研究主要集中在初级人类细胞的感染，可能无法完全适用于其他类型细胞或感染方式。	研究 HSV-1 感染过程中的单细胞水平的病毒和宿主转录异质性。	主要研究初级人类细胞在 HSV-1 感染下的反应。	数字病理学	NA	单细胞 RNA 测序和活细胞成像	NA	RNA 数据	NA
11012	2024-08-05	Imaging Mass Cytometry and Single-Cell Genomics Reveal Differential Depletion and Repletion of B-Cell Populations Following Ofatumumab Treatment in Cynomolgus Monkeys 2019, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2019.01340 PMID:31281311	研究论文	该研究关注了在猕猴中使用Ofatumumab治疗后淋巴细胞亚群的变化	本研究首次揭示了Ofatumumab对B细胞亚群的不同消耗和再补充过程	该研究仅在猕猴模型中进行，可能不完全适用于人类	旨在研究Ofatumumab治疗对淋巴细胞亚群的影响及其潜在生物标志物	研究对象为接受Ofatumumab治疗的猕猴	数字病理学	多发性硬化症	影像质谱细胞测定、流式细胞术、免疫组化、原位杂交、单细胞转录组分析	NA	血液样本、淋巴组织样本	NA
11013	2024-08-05	Self-renewing resident cardiac macrophages limit adverse remodeling following myocardial infarction 2019-01, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-018-0272-2 PMID:30538339	研究论文	本研究表明，常驻心脏巨噬细胞在心肌梗死后的不良重塑中起到重要作用	通过命运追踪、联合动物实验和单细胞转录组学展示心脏巨噬细胞自我更新与血单核细胞输入的关系	本研究未探讨其他类型巨噬细胞在心脏修复中的潜在角色	探讨心脏巨噬细胞在心肌梗死后的功能分化及其自我更新能力	研究对象为心脏的常驻巨噬细胞及其与血单核细胞的相互作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	Cx3cr1基础系统	细胞	NA
11014	2024-08-05	Paired-cell sequencing enables spatial gene expression mapping of liver endothelial cells 2018-11, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.4231 PMID:30222169	研究论文	本研究通过配对细胞测序技术实现肝脏内皮细胞的空间基因表达映射	首创性地结合配对细胞测序与空间基因表达映射，适用于低mRNA含量细胞的区域性分析	主要集中于肝脏内皮细胞，其他非实质性细胞的应用尚待验证	研究肝脏内皮细胞的空间基因表达模式	重点研究小鼠肝细胞与肝脏内皮细胞的配对	数字病理学	NA	配对细胞测序	NA	单细胞RNA测序	小鼠的肝细胞和肝脏内皮细胞对
11015	2024-08-05	Proliferation Drives Aging-Related Functional Decline in a Subpopulation of the Hematopoietic Stem Cell Compartment 2017-05-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.04.074 PMID:28538171	研究论文	本文探讨了造血干细胞功能衰退的分子基础，特别是与衰老相关的细胞增殖机制	发现了一群携带p53标志的衰老造血干细胞亚群，揭示了JAK2V617F驱动的增殖与p53介导的功能衰退之间的关系	研究主要集中在老鼠模型上，可能无法完全反映人类的衰老过程	探索造血干细胞老化的分子机制	老化的造血干细胞亚群	数字病理学	与衰老相关的疾病	单细胞转录组技术	NA	基因表达数据	使用了一组衰老小鼠的造血干细胞
11016	2024-08-05	Identification of Regulatory RNA-Binding Proteins Associated with Immune Infiltration in Laryngeal Squamous Cell Carcinoma 2024-Aug-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300498 PMID:38912837	研究论文	本文分析了与喉鳞状细胞癌免疫浸润相关的替代剪接事件和调节RNA结合蛋白	介绍了新的剪接位点使用变异分析软件和科学反卷积算法，以识别重要的免疫细胞和调节RNA结合蛋白	只使用了从公共数据库下载的数据，可能未涵盖所有相关生物样本	识别与人类喉鳞状细胞癌免疫浸润相关的调节RNA结合蛋白	研究对象包括20个喉癌及其旁癌组织样本	数字病理学	喉癌	RNA测序	NA	转录组数据	20个喉癌及旁癌组织样本和117个人喉癌样本
11017	2024-08-05	Dysregulated energy and protein homeostasis and the loss of GABAergic amacrine cells in aging retina 2024-Aug, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.109985 PMID:38945518	研究论文	本研究阐明了C57BL/6小鼠在衰老过程中的主要视网膜神经元的转录组变化	首次使用单细胞RNA测序技术分析了不同类型视网膜细胞在衰老过程中的独特变化	研究主要集中于C57BL/6小鼠，结果可能不适用于其他品系或物种	探讨衰老过程中视网膜细胞转录组的变化，以理解与衰老相关的视网膜退化机制	1.5-2个月和24-30个月大的C57BL/6小鼠的视网膜细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两组年龄小鼠(1.5-2个月与24-30个月)
11018	2024-08-04	Paris saponin VII inhibits triple-negative breast cancer by targeting the MEK/ERK/STMN1 signaling axis 2024-Jul-25, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.155746 PMID:38763012	研究论文	本研究探讨了Paris saponin VII对三阴性乳腺癌的治疗效果及其潜在机制	首次表明STMN1磷酸化的抑制可能是PSⅦ抗癌作用的机制	尚未进行临床试验验证	阐明PSⅦ对三阴性乳腺癌的治疗作用	研究对象为三阴性乳腺癌细胞及相关基因表达	数字病理学	乳腺癌	分子对接、分子动力学、西方印迹	NA	单细胞测序数据	4T1异种移植模型
11019	2024-08-04	Early human fetal lung atlas reveals the temporal dynamics of epithelial cell plasticity 2024-Jul-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50281-5 PMID:39003323	研究论文	该研究提供了发育中的人类肺脏的单细胞图谱	该研究通过对超过150,000个单细胞进行测序，揭示了人类胎肺的细胞谱系发展动态	该研究可能未涵盖所有潜在的细胞类型和发育阶段	研究人类胎肺的发展及其在发育缺陷和疾病状态下的功能变化	分析19个健康人类假腺性胎肺组织中的细胞发育轨迹	数字病理学	肺癌	单细胞测序和空间转录组学	NA	单细胞数据	19个健康人类胎肺组织样本
11020	2024-08-04	Unraveling the molecular architecture of autoimmune thyroid diseases at spatial resolution 2024-Jul-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50192-5 PMID:39003267	研究论文	本研究利用空间转录组技术探讨自身免疫性甲状腺疾病的分子结构及细胞异质性	首次识别出不同类型的细胞亚群及其在甲状腺中的分布，揭示了与甲状腺疾病相关的特定细胞损伤和纤维母细胞亚群	该研究的样本量和选取标准未明确说明，可能影响结果的普适性	研究自身免疫性甲状腺疾病的分子机制和细胞间相互作用	研究对象为自身免疫性甲状腺疾病患者的甲状腺组织样本	数字病理学	自身免疫性甲状腺疾病	空间转录组技术	NA	甲状腺组织样本	NA