单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10981	2024-08-04	Endothelial cell signature in muscle stem cells validated by VEGFA-FLT1-AKT1 axis promoting survival of muscle stem cell 2024-Jun-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.73592 PMID:38842166	研究论文	该研究揭示了内皮细胞转录本在肌肉干细胞生存中的作用	本研究通过揭示肌肉干细胞行为如何受特定内皮细胞转录本影响，挑战了他们具有不同基因特征的传统观点	本研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类肌肉干细胞	探讨内皮细胞标记物在肌肉干细胞中的表达及其对存活的影响	成年肌肉干细胞及其与内皮细胞的信号通路的关系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	小鼠肌肉干细胞
10982	2024-08-04	Mapping the immune cell landscape of severe atopic dermatitis by single-cell RNA-seq 2024-06, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16121 PMID:38817208	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了严重特应性皮炎患者的免疫细胞景观	本研究揭示了严重特应性皮炎中内源性免疫细胞的显著变化，尤其是与疾病严重程度相关的特定免疫细胞亚群	需进一步研究这些免疫细胞变化对疾病发病机制的影响以及潜在治疗靶点的有效性	分析严重特应性皮炎（AD）患者全身免疫景观的综合特征	来自12名严重特应性皮炎患者和6名健康对照者的外周血单核细胞	数字病理学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	细胞	12名严重AD患者和6名健康对照者，分析超过30万个外周血单核细胞
10983	2024-08-05	DeepGRNCS: deep learning-based framework for jointly inferring gene regulatory networks across cell subpopulations 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae334 PMID:38980373	研究论文	本研究提出了一个基于深度学习的框架DeepGRNCS，用于联合推断细胞亚群中的基因调控网络	该方法通过考虑细胞间的异质性和不同细胞亚群之间的相似性，克服了现有单细胞RNA测序数据推断基因调控网络的方法的局限	该研究的局限性在于未详细讨论DeepGRNCS在不同数据集上的表现差异	旨在通过推断细胞亚群中的基因调控网络，深入理解细胞功能和疾病发病机制	主要研究对象为细胞亚群中的基因表达和转录因子之间的关系	数字病理学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习模型	基因表达数据	包括多个模拟和真实的scRNA-seq数据集
10984	2024-08-05	WNT-inhibitory factor 1-mediated glycolysis protects photoreceptor cells in diabetic retinopathy 2024-03-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05046-5 PMID:38448948	研究论文	本研究探讨了WIF1在糖尿病视网膜病变中对光感受器功能的影响	揭示了WIF1通过抑制经典Wnt信号通路来保护视网膜光感受器细胞，减少氧化应激	研究中仅使用了C57BL/KsJ-db/db小鼠模型，缺乏其他动物模型的验证	研究WIF1在糖尿病视网膜病变中对光感受器细胞的保护机制	C57BL/KsJ-db/db小鼠及661 W细胞作为糖尿病视网膜病变的体内和体外模型	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序、光学相干断层扫描、透射电子显微镜	NA	细胞、组织样本	12周龄C57BL/KsJ-db/db小鼠和661 W细胞
10985	2024-08-05	Prediction model for EBV infection following HLA haploidentical matched hematopoietic stem cell transplantation 2024-03-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05042-9 PMID:38448996	研究论文	该文章提出了一种预测在HLA半相合造血干细胞移植后EBV感染的评分模型	创新点在于提出了一个有效的EBV再激活预测评分系统，并利用单细胞RNA测序分析探讨了年龄对免疫细胞和病毒感染的影响	本研究的局限性在于样本数量和适用性尚需进一步验证	研究的目的是开发和验证一项用于预测HLA半相合造血干细胞移植后EBV感染风险的评分系统	研究对象为466名接受HLA半相合造血干细胞移植的患者	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	多变量逻辑回归模型	临床数据和RNA测序数据	466名接受HLA半相合造血干细胞移植的患者
10986	2024-08-05	Inositol phosphatase INPP4B sustains ILC1s and intratumoral NK cells through an AKT-driven pathway 2024-Mar-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230124 PMID:38197946	研究论文	本文确定了肌醇多磷酸酯酶INPP4B是组织驻留的ILC1s和肿瘤内NK细胞的标志特征	发现INPP4B是组织驻留的ILC1s和肿瘤内NK细胞的创新调节因子	没有提及具体的局限性	研究INPP4B在组织驻留ILC1s和NK细胞中的作用	ILC1s和NK细胞	免疫学	肿瘤	scRNA-seq	NA	NA	NA
10987	2024-08-05	CDSKNNXMBD: a novel clustering framework for large-scale single-cell data based on a stable graph structure 2024-03-03, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05009-w PMID:38433205	研究论文	提出了一种基于稳定图结构的单细胞聚类框架，能够高效准确地处理大规模单细胞转录组测序数据	CDSKNNXMBD集成了分区聚类算法和社区检测算法，提供了一种新的聚类方法	具体的限制未在摘要中提及	提高对大规模和不平衡单细胞数据的处理能力	从人类胎儿地图上分析的15种组织的单细胞数据	数字病理学	NA	NA	NA	单细胞转录组测序数据	1.46百万单细胞
10988	2024-08-05	A multi-dimensional approach to unravel the intricacies of lactylation related signature for prognostic and therapeutic insight in colorectal cancer 2024-02-28, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-04955-9 PMID:38419085	研究论文	该研究探讨了乳酸化在结直肠癌中的作用及其相关基因特征	该研究首创性地发现了结直肠癌中全球乳酸化的显著升高，并确认其作为CRC的独立预后因素	该研究的局限性未在摘要中明确提及	本研究旨在识别乳酸化相关基因与结直肠癌预后之间的关系	研究对象为结直肠癌患者的肿瘤组织及细胞系	数字病理学	结直肠癌	免疫组化、单细胞RNA测序、Cox回归和Lasso回归分析	NA	组织微阵列、基因组数据库、细胞系	在研究中涉及了多个结直肠癌患者的样本，但具体样本数量未在摘要中提供
10989	2024-08-04	Metabolic heterogeneity in clear cell renal cell carcinoma revealed by single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics 2024-02-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-04848-x PMID:38414015	研究论文	本研究揭示了透明细胞肾细胞癌的代谢异质性	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了肿瘤微环境中不同细胞类型的代谢变化	研究主要集中在透明细胞肾细胞癌，可能不适用于其他肿瘤类型	分析透明细胞肾细胞癌中肿瘤微环境的代谢重编程	透明细胞肾细胞癌及其肿瘤微环境中的多种细胞类型	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	转录组数据	195个样本
10990	2024-08-05	Integrative single-cell transcriptomic analyses reveal the cellular ontological and functional heterogeneities of primary and metastatic liver tumors 2024-02-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-04947-9 PMID:38414027	研究论文	本文阐述了原发性和转移性肝肿瘤细胞生态的本体论和功能异质性	通过单细胞转录组学分析，揭示了肝肿瘤微环境中新发现的细胞群体及其功能差异	本研究主要基于已获得的转录组数据，可能存在样本偏差	明确原发性和转移性肝肿瘤细胞生态系统的异质性	原发性肝肿瘤、转移性肝肿瘤及非肿瘤肝组织的细胞	数字病理学	肝癌	scRNA-seq、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
10991	2024-08-05	Decoding the transcriptional heterogeneity, differentiation lineage, clinical significance in tissue-resident memory CD8 T cell of the small intestine by single-cell analysis 2024-02-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-04978-2 PMID:38403590	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了小肠组织驻留记忆CD8 T细胞的转录异质性、分化谱系及临床意义	首次整合scRNA-seq和scTCR-seq数据探索小肠Trm细胞的异质性和其发育途径	未详细探讨Trm细胞在不同组织中的功能差异以及其他细胞类型的影响	研究小肠组织驻留记忆T细胞的转录特征和发育路径	小肠中的组织驻留记忆CD8 T细胞	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq和scTCR-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
10992	2024-08-05	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Transcriptional Signatures and Cell-Cell Communication in Diabetic Retinopathy 2024-Feb-21, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303286652240214110511 PMID:38988068	研究论文	本研究首次基于单细胞RNA测序调查了RPE细胞在糖尿病视网膜病变中的细胞间信号传递机制	该研究首次揭示了RPE细胞在糖尿病视网膜病变进展中传递信号的作用	该研究依赖于小鼠模型，可能不能完全代表人类疾病	研究糖尿病视网膜病变中视网膜细胞与视网膜色素上皮细胞之间的受体-配体通信	小鼠视网膜细胞与视网膜色素上皮细胞的通信	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	使用GEO数据库的一个小鼠单细胞RNA测序数据集 (GSE178121)
10993	2024-08-05	New HCC Subtypes Based on CD8 Tex-Related lncRNA Signature Could Predict Prognosis, Immunological and Drug Sensitivity Characteristics of Hepatocellular Carcinoma 2024, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S459150 PMID:38983937	研究论文	该文章探讨了CD8 Tex相关lncRNA在肝细胞癌中的作用及其与预后、免疫和药物敏感性的关系	首次基于CD8 Tex相关lncRNA签名识别新的HCC亚型，揭示了其在HCC中的预后和免疫特性	尚未深入探讨CD8 Tex相关lncRNAs的具体功能机制	研究CD8 Tex相关lncRNAs在肝细胞癌中的作用及其对免疫和药物反应的影响	CD8 Tex相关lncRNAs及其在HCC细胞中的表达和功能	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因组数据	多样本（具体数量未提及）
10994	2024-08-04	ASCC3 promotes the immunosuppression and progression of non-small cell lung cancer by impairing the type I interferon response via CAND1-mediated ubiquitination inhibition of STAT3 2023-12-26, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-007766 PMID:38148115	研究论文	本研究探讨了ASCC3在非小细胞肺癌进展中的分子机制	发现ASCC3通过CAND1介导的STAT3泛素化抑制，稳定STAT3信号通路，从而影响肿瘤微环境	尚需进一步验证ASCC3在人体中的具体作用及机制	研究ASCC3在非小细胞肺癌中的角色及其对免疫反应的影响	探讨ASCC3在非小细胞肺癌细胞和小鼠模型中的生物学功能	数字病理学	肺癌	单细胞测序, RNA测序, 免疫沉淀, 质谱分析, 免疫荧光, 流式细胞术	NA	基因表达数据	NA
10995	2024-08-04	Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Human Skin Delineates Intercellular Communication and Pathogenic Cells 2023-11, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.02.040 PMID:37142187	研究论文	这篇文章探讨了人类皮肤的单细胞转录组和空间转录组分析，揭示了细胞间的通信和致病细胞	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，改善了人类皮肤细胞类型分类，并识别了独特的人类角质形成细胞亚群体	本研究主要集中于人类与小鼠之间的比较，可能未能涵盖所有物种的机制差异	旨在揭示皮肤细胞之间的相互作用及其在皮肤疾病中的作用机制	人类皮肤和小鼠皮肤的细胞类型及其功能	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序，空间转录组	NA	转录组数据	人类皮肤和小鼠皮肤的细胞样本
10996	2024-08-04	Spatial transcriptomics analysis of neoadjuvant cabozantinib and nivolumab in advanced hepatocellular carcinoma identifies independent mechanisms of resistance and recurrence 2023-09-18, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-023-01218-y PMID:37723590	研究论文	本研究通过空间转录组学分析，探讨了肝细胞癌中新辅助cabozantinib和nivolumab的免疫疗法组合的肿瘤微环境	研究揭示了不同细胞信号网络在肝细胞癌肿瘤微环境中的异质性，并确定了抵抗和复发的独立机制	仅对少数患者进行了分析，且样本量有限，研究结果需要更大规模的数据验证	研究肝细胞癌患者对现代系统治疗的反应与肿瘤微环境的分子和细胞特征之间的关系	研究对象为接受新辅助cabozantinib和nivolumab治疗的晚期肝细胞癌患者	数字病理学	肝癌	空间转录组学	NA	组织样本	15名患者的切除标本
10997	2024-08-05	Unambiguous detection of SARS-CoV-2 subgenomic mRNAs with single-cell RNA sequencing 2023-Sep-07, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.00776-23 PMID:37676044	研究论文	本研究比较了不同单细胞RNA测序文库制备方法对SARS-CoV-2亚基因组mRNA的检测能力	开发了一种新的文库制备和数据处理工作流程，提高了对SARS-CoV-2亚基因组mRNA的检测和定量能力	研究仅集中在SARS-CoV-2，不适用于其他病毒或病原体	研究不同单细胞RNA测序方法检测SARS-CoV-2 RNA的能力	SARS-CoV-2及其亚基因组mRNA	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	RNA序列数据	涉及数量不明的感染细胞样本
10998	2024-08-04	Patient-Derived iPSCs Faithfully Represent the Genetic Diversity and Cellular Architecture of Human Acute Myeloid Leukemia 2023-07-05, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-22-0167 PMID:37067914	研究论文	该论文探讨了从人类急性髓性白血病（AML）细胞重编程获得的诱导多能干细胞（iPSC）模型	提出了一种专门针对癌细胞的重编程方法，并成功从15名患者生成AML-iPSC，保持遗传一致性	重编程成功率较低，且关于iPSC衍生细胞是否与原始细胞相似仍有不确定性	研究人类急性髓性白血病的基因模型	15名急性髓性白血病患者的细胞	数字病理学	急性髓性白血病	诱导多能干细胞重编程	NA	单细胞转录组数据	15个急性髓性白血病患者的细胞
10999	2024-08-04	stAPAminer: Mining Spatial Patterns of Alternative Polyadenylation for Spatially Resolved Transcriptomic Studies 2023-06, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2023.01.003 PMID:36669641	研究论文	本文开发了一种工具stAPAminer，用于从空间条形码ST数据中挖掘替代聚腺苷酸化的空间模式	提出了一种基于k-最近邻算法的插补模型，以恢复APA信号并识别具有空间APA使用变化模式的基因	虽然本研究提供了空间APA模式的详细视图，但尚未探索所有细胞类型的APA信号	研究替代聚腺苷酸化在空间转录组学中的角色和模式	主要分析小鼠嗅球的空间转录组数据来识别和量化APA位点	数字病理学	NA	空间转录组学	k最近邻算法	转录组数据	分析了小鼠嗅球的空间转录组数据及其两个附加副本
11000	2024-08-04	Effective Rapid Blood Perfusion in Xenopus 2023-May-16, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65287 PMID:37318240	研究论文	本文定义了一种快速血液灌注的协议，以大幅减少蛙类组织中的血液.	该研究创新性地提出了一种通过直接在心脏腔室内插入针头进行快速灌注的方法.	该协议在本研究中可能未考虑不同个体间的生理差异.	研究致力于标准化蛙类组织采样的实践.	研究对象包括不同性别、年龄和健康状态的非洲爪蟾（Xenopus laevis 和 Xenopus tropicalis）.	数字病理学	NA	生理盐水灌注	NA	NA	每只动物大约需要10分钟的误差.