单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27924 篇文献，本页显示第 10981 - 11000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10981 | 2024-08-05 |
XenoCell: classification of cellular barcodes in single cell experiments from xenograft samples
2021-Jan-29, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-021-00872-8
PMID:33514375
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研究论文 | 本文开发了XenoCell，一个用于单细胞实验的细胞条形码分类工具 | XenoCell是第一个独立的预处理工具，能够快速可靠地分类来自宿主和移植物的细胞条形码 | 在处理混合物种细胞实验时可能仍存在一定的挑战，尤其在高复杂性的样本中 | 研究旨在提高在异种移植样本中准确区分宿主与移植物的细胞序列读取的能力 | 研究对象为来自患者衍生活检的异种移植样本的单细胞序列数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 序列数据 | 在10× Genomics平台的混合物种50:50细胞系实验和公开的PDX数据集中使用 |
| 10982 | 2024-08-05 |
Metastatic Conditioning of Myeloid Cells at a Subcutaneous Synthetic Niche Reflects Disease Progression and Predicts Therapeutic Outcomes
2020-02-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-19-1932
PMID:31662327
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研究论文 | 本研究监测了合成生物材料支架中髓系细胞的转移条件，反映了疾病进展并预测了治疗结果 | 引入合成转移微环境作为监测肿瘤细胞动态的创新途径 | 研究主要集中在小鼠模型上，翻译到人类临床应用时可能会存在差异 | 探讨合成微环境中免疫细胞的表型如何反映转移性疾病的进展及其对治疗的反应 | 分析植入生物材料支架后，髓系细胞在不同时间点的免疫表型变化 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 治疗前后单只小鼠的多个生物材料植入样本 |
| 10983 | 2024-08-05 |
Benchmarking principal component analysis for large-scale single-cell RNA-sequencing
2020-01-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1900-3
PMID:31955711
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研究论文 | 本文评估了用于大规模单细胞RNA测序数据集的主成分分析(PCA)算法 | 提出了基于Krylov子空间和随机奇异值分解的PCA算法的基准评估 | 未提及特定的局限性 | 评估现有的快速和内存高效的PCA算法在大规模scRNA-seq数据集中的应用 | 大规模单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 数据集 | NA |
| 10984 | 2024-08-05 |
Single-Cell Analysis Uncovers a Vast Diversity in Intracellular Viral Defective Interfering RNA Content Affecting the Large Cell-to-Cell Heterogeneity in Influenza A Virus Replication
2020-01-07, Viruses
DOI:10.3390/v12010071
PMID:31936115
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研究论文 | 本研究探讨了缺陷干扰颗粒（DIP）对流感A病毒复制过程中细胞间变异性的影响 | 首次揭示了感染细胞中缺陷干扰vRNA含量的显著细胞间异质性及其对病毒释放的影响 | 未明确探讨不同DIP类型对细胞间变异性的具体作用 | 研究缺陷干扰颗粒在流感A病毒复制中的作用及其对细胞间异质性的影响 | 流感A病毒感染的细胞及其内部缺陷干扰RNA含量 | 病毒学 | 流感 | 单细胞RNA测序, 逆转录聚合酶链反应 | NA | RNA | 使用细胞样本进行分析，具体样本数量未说明 |
| 10985 | 2024-08-05 |
Identification of a regeneration-organizing cell in the Xenopus tail
2019-05-17, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aav9996
PMID:31097661
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研究论文 | 本文识别了一种在蟾蜍尾部再生中起关键作用的细胞类型。 | 首次发现再生组织细胞（ROC），其在再生能够的蝌蚪中从表皮移动到截肢面并形成伤口表皮。 | 研究的对象仅限于蝌蚪，可能无法直接应用于其他物种或更复杂的生物系统。 | 探索蝌蚪的再生机制和功能细胞的特征。 | 研究了再生能力不同的蝌蚪，并探讨了ROC的作用。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 多个再生能力不同的蝌蚪样本 |
| 10986 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Transcriptional Landscape of Neutrophils and Highlights the Role of TREM-1 in EAE
2024-Sep, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation
DOI:10.1212/NXI.0000000000200278
PMID:38954781
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研究论文 | 本文揭示了中性粒细胞的转录组特征，并强调了TREM-1在实验性自身免疫性脑脊髓炎中的作用 | 首次构建了EAE中颈部淋巴结内中性粒细胞的单细胞免疫细胞图谱，并发现TREM-1在中性粒细胞迁移中的关键作用 | 该研究在EAE小鼠模型中进行，结果可能不能完全代表人类多发性硬化症的病理机制 | 研究中性粒细胞在EAE进展过程中的功能及其转录组特征 | 中性粒细胞及其在颈部淋巴结中的不同亚型 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | EAE小鼠中观察到的大量中性粒细胞和多发性硬化症患者的外周中性粒细胞 |
| 10987 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals reduced intercellular adhesion molecule crosstalk between activated hepatic stellate cells and neutrophils alleviating liver fibrosis in hepatitis B virus transgenic mice post menstrual blood-derived mesenchymal stem cell transplantation
2024-Aug, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.654
PMID:39040848
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研究论文 | 该研究探讨了月经血来源的间充质干细胞对乙型肝炎病毒转基因小鼠肝纤维化的治疗作用 | 通过单细胞RNA测序，揭示了激活的肝星状细胞与中性粒细胞之间的细胞间黏附分子相互作用减少的机制 | 研究主要集中在小鼠模型上，缺乏对人类的直接验证 | 揭示月经血来源的间充质干细胞在肝纤维化治疗中的作用机制 | 研究对象为乙型肝炎病毒转基因小鼠及其肝组织中的细胞 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 乙型肝炎病毒转基因小鼠模型，具体样本量未提及 |
| 10988 | 2024-08-05 |
Amphiregulin-producing TH2 cells facilitate esophageal fibrosis of eosinophilic esophagitis
2024-Aug, The journal of allergy and clinical immunology. Global
DOI:10.1016/j.jacig.2024.100287
PMID:39040657
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研究论文 | 这篇文章探讨了TH2细胞产生的amphiregulin在嗜酸粒细胞食管炎中的作用，导致食管纤维化。 | 本研究首次揭示了TH2细胞产生的amphiregulin在食管纤维化中的作用，并提出其作为潜在治疗靶点的可能性 | 本研究主要基于小鼠模型及少量人类样本，可能影响普适性 | 阐明嗜酸粒细胞食管炎中食管纤维化的细胞和分子机制 | 研究对象为嗜酸粒细胞食管炎模型小鼠及其对应的人类患者样本 | 数字病理学 | 嗜酸粒细胞食管炎 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，免疫组织化学 | 小鼠模型 | 组织活检样本 | 小鼠模型与少量人类患者样本 |
| 10989 | 2024-08-04 |
Exploring ABHD5 as a Lipid-Related Biomarker in Idiopathic Pulmonary Fibrosis: Integrating Machine Learning, Bioinformatics, and In Vitro Experiments
2024-Jul-24, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02107-1
PMID:39046603
|
研究论文 | 本研究探讨了ABHD5作为特发性肺纤维化(IPF)的脂质相关生物标志物的潜力 | 通过整合机器学习、生物信息学和体外实验，提出了ABHD5作为IPF新生物标志物的概念 | 研究可能存在样本量不足或特定数据集选择偏倚的问题 | 旨在探索IPF的脂质相关生物标志物及其机制 | 涉及特发性肺纤维化相关的数据集与细胞实验 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 机器学习、单细胞测序，细胞计数试剂盒-8，5-乙炔基-2'-脱氧尿苷 | NA | 基因表达数据，单细胞测序数据 | 涉及多个数据集和细胞实验，具体样本数量未提供 |
| 10990 | 2024-08-04 |
Key factor screening in mouse NASH model using single-cell sequencing combined with machine learning
2024-Jul-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33597
PMID:39040415
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习相结合，识别与非酒精性脂肪肝炎（NASH）进展密切相关的基因 | 结合单细胞RNA测序和深度学习技术，揭示了NASH相关基因与免疫细胞之间的关系 | NA | 识别与NASH进展相关的关键基因 | 小鼠NASH模型中的细胞群体和基因 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪肝炎 | 单细胞RNA测序 | 卷积神经网络 | 基因数据 | 比较Chow组和NASH组的细胞群体数据 |
| 10991 | 2024-08-04 |
Mechanisms of regeneration: to what extent do they recapitulate development?
2024-Jul-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202541
PMID:39045847
|
回顾 | 该文章探讨了再生生物学中再生与发育的关系及其机制 | 提出了再生是一种更动态和可变的过程，并探讨了其对形态发生的新理解 | 未提及具体的实验数据或样本分析 | 研究再生与发育之间的关系及其背后的生物机制 | 主要集中在不同模型生物的再生机制 | 生物学 | NA | 单细胞转录组学, CRISPR系统 | NA | NA | NA |
| 10992 | 2024-08-05 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing identifies a signature based on drug response genes to predict prognosis and therapeutic response in ovarian cancer
2024-Jul-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33367
PMID:39040239
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研究论文 | 本研究利用单细胞和大规模RNA测序识别出可预测卵巢癌预后和治疗反应的药物反应基因特征 | 首次结合单细胞RNA测序和大规模RNA测序，构建了高灵敏度和特异性的预后模型 | 未提及具体样本大小和多样性，可能影响模型的普适性 | 探索卵巢癌的可靠生物标志物，以预测药物反应和指导治疗选择 | 卵巢癌患者和其基因表达数据 | 数字病理学 | 卵巢癌 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 10993 | 2024-08-04 |
Translatome profiling reveals Itih4 as a novel smooth muscle cell-specific gene in atherosclerosis
2024-Jul-02, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae028
PMID:38289873
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研究论文 | 本文通过转录组分析，识别出Itih4作为动脉粥样硬化中特异性的平滑肌细胞基因。 | 首次确定Itih4为与动脉粥样硬化相关的平滑肌细胞特异性基因，并链接其与冠状动脉疾病的关系。 | 研究依赖于特定的转基因小鼠模型，可能限制结果的普适性。 | 探讨平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的基因表达变化。 | 使用SMCTRAP小鼠模型分析动脉粥样硬化相关的平滑肌细胞基因表达。 | 数字病理学 | 动脉粥样硬化 | 转译核糖体亲和纯化测序 | 转基因小鼠 | 组织样本 | 15个月大的SMCTRAP和SMCTRAP-AS小鼠的胸主动脉样本 |
| 10994 | 2024-08-04 |
Exploring the immune landscape and drug prediction of an M2 tumor-associated macrophage-related gene signature in EGFR-negative lung adenocarcinoma
2024-Jul, Thoracic cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/1759-7714.15375
PMID:38886907
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研究论文 | 本研究探讨了EGFR阴性肺腺癌中M2肿瘤相关巨噬细胞基因特征的免疫景观和药物预测 | 构建了基于M2-TAM的预后特征，揭示了EGFR阴性肺腺癌的免疫景观，并预测了免疫治疗反应 | 可能缺乏大样本验证，临床适用性需进一步研究 | 改善EGFR阴性肺腺癌患者的免疫治疗效果 | EGFR阴性肺腺癌（LUAD）患者 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和大规模RNA测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | NA |
| 10995 | 2024-08-04 |
PARE: A framework for removal of confounding effects from any distance-based dimension reduction method
2024-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012241
PMID:38985831
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研究论文 | 本研究介绍了一种去除混杂效应的PARE框架，可应用于任何基于距离的降维方法 | PARE框架允许从任何距离基础的降维方法中去除混杂效应，扩展了降维方法的应用 | 暂无明显的限制提及 | 研究目标是开发一种去除混杂效应的框架，以提高生物学模式的可视化 | 研究对象包括基因组和神经影像数据 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 高维数据 | 涉及单细胞测序数据和神经影像测量的多种样本 |
| 10996 | 2024-08-05 |
S100A8/A9hi neutrophils induce mitochondrial dysfunction and PANoptosis in endothelial cells via mitochondrial complex I deficiency during sepsis
2024-Jun-28, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06849-6
PMID:38942784
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研究论文 | S100A8/A9高表达的中性粒细胞通过线粒体复合体I缺陷诱导内皮细胞的线粒体功能障碍和PANoptosis | 首次揭示了S100A8/A9通过调节Nrf1表达而抑制线粒体复合体I中Ndufa3的表达，从而导致内皮细胞线粒体功能障碍的机制 | 研究的机制需要进一步探讨，尤其是在临床转化方面的应用 | 探讨S100A8/A9在脓毒症中引发内皮细胞功能障碍的机制 | 高表达S100A8/A9的中性粒细胞与内皮细胞的相互作用 | 数字病理学 | 脓毒症 | scRNA-seq和bulk RNA-seq分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 10997 | 2024-08-05 |
Enhanced abscopal anti-tumor response via a triple combination of thermal ablation, IL-21, and PD-1 inhibition therapy
2024-Jun-04, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03718-1
PMID:38833177
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研究论文 | 该研究探讨了热消融、IL-21和PD-1抑制治疗的三重组合在肿瘤治疗中的作用 | 研究首次探讨了热消融、IL-21和抗PD-1单克隆抗体的联合疗法对肿瘤的抗肿瘤效果 | 研究未提供不同治疗组的外部验证和临床试验数据 | 研究三重组合疗法在转移性癌症治疗中的潜力 | 探讨热消融对肿瘤浸润淋巴细胞中IL-21R表达的影响 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 10998 | 2024-08-05 |
SIRPG expression positively associates with an inflamed tumor microenvironment and response to PD-1 blockade
2024-Jun-04, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03737-y
PMID:38833156
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研究论文 | 本研究旨在探讨信号调节蛋白伽玛（SIRPG）与肿瘤免疫微环境表型及T细胞介导的适应性抗肿瘤免疫之间的关系 | 高SIRPG表达与癌症中的发炎免疫表型及对PD-1阻断的良好反应相关，暗示其作为预测生物标志物和新的免疫治疗靶点的潜力 | 缺乏对不同癌症类型中SIRPG功能机制的深入研究 | 探讨SIRPG与肿瘤免疫微环境及PD-1阻断反应的关系 | 对157名非小细胞肺癌和黑色素瘤患者进行分析 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 157名患者的临床数据和103,599个细胞的单细胞RNA测序数据 |
| 10999 | 2024-08-04 |
The neuroblastoma tumor microenvironment: From an in-depth characterization towards novel therapies
2024-Jun, EJC paediatric oncology
DOI:10.1016/j.ejcped.2024.100161
PMID:39036648
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综述 | 本文总结了神经母细胞瘤肿瘤微环境的特征及其针对新疗法的研究进展 | 提出通过深入理解肿瘤微环境以识别新的疗法组合，特别是针对免疫逃逸和药物耐受性的组合策略 | 本文主要是对已有研究的总结，缺乏新的实验数据 | 探讨神经母细胞瘤肿瘤微环境的特征以及靶向该微环境的新疗法 | 神经母细胞瘤患者的肿瘤微环境中的免疫和非免疫细胞群体 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞转录组测序 | 体内和体外实验模型 | 文本 | 众多相关临床试验和研究数据 |
| 11000 | 2024-08-04 |
TRPV1 inhibition suppresses non-small cell lung cancer progression by inhibiting tumour growth and enhancing the immune response
2024-Jun, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00894-7
PMID:37902941
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研究论文 | 本研究探讨了TRPV1在非小细胞肺癌(NSCLC)中的作用，发现其表现为肿瘤促进因子。 | 首次明确了TRPV1在NSCLC中的促进肿瘤生长和影响免疫反应的机制。 | 缺乏长期的临床数据或患者数量的足够样本来全面评估TRPV1的作用。 | 探讨TRPV1在非小细胞肺癌中的作用及其对肿瘤进展的影响。 | 研究对象为非小细胞肺癌组织及相关细胞系。 | 数字病理学 | 肺癌 | LC-MS/MS, ELISA, 免疫组化, CCK8, 流式细胞仪, qPCR, 西方印迹 | NA | 组织样本, 细胞系 | 使用了来自TCGA数据库的多个肿瘤组织和小鼠肿瘤异种移植模型 |