单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1081	2025-07-21	Deep learning tackles single-cell analysis-a survey of deep learning for scRNA-seq analysis 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab531 PMID:34929734	综述	本文综述了深度学习在单细胞RNA测序分析中的应用，涵盖了25种深度学习算法及其在scRNA-seq处理流程中的适用性	建立了变分自编码器、自编码器、生成对抗网络和监督深度学习模型的统一数学表示，并比较了这些模型的训练策略和损失函数	NA	探讨深度学习在单细胞RNA测序数据分析中的应用	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	变分自编码器、自编码器、生成对抗网络、监督深度学习模型	单细胞RNA测序数据	NA
1082	2025-07-21	Single-cell transcriptomics reveals lasting changes in the lung cellular landscape into adulthood after neonatal hyperoxic exposure 2021-12, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2021.102091 PMID:34417156	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了新生儿高氧暴露对肺细胞景观的长期影响	首次使用单细胞RNA测序技术详细描绘了新生儿高氧暴露后肺细胞亚群的长期变化	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	探究新生儿高氧暴露对成年后肺功能的长远影响	新生小鼠和需要机械通气的早产儿	生物医学	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过10,000个细胞，45个细胞簇，32种细胞状态
1083	2025-07-21	Kdm6a deficiency restricted to mouse hematopoietic cells causes an age- and sex-dependent myelodysplastic syndrome-like phenotype 2021, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0255706 PMID:34780480	研究论文	研究Kdm6a基因缺陷在小鼠造血细胞中导致的年龄和性别依赖性骨髓增生异常综合征样表型	揭示了Kdm6a基因缺陷在造血干细胞和祖细胞中的特异性作用及其与年龄和性别相关的表型	研究未观察到明显的白血病发展或死亡，且表型仅限于雌性小鼠	探讨Kdm6a基因在正常造血过程中的作用及其在急性髓系白血病发病机制中的潜在贡献	雌性Kdm6a基因敲除小鼠	分子生物学	骨髓增生异常综合征	ChIP-seq, ATAC-seq, scRNA-seq	基因敲除小鼠模型	基因组和转录组数据	雌性Kdm6aflox/flox小鼠
1084	2025-07-21	The cellular basis of distinct thirst modalities 2020-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2821-8 PMID:33057193	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了不同口渴模态的细胞基础	首次识别了介导渗透性口渴和低血容量性口渴的特定神经元类型组合	研究主要基于动物模型，人类相关机制仍需进一步验证	揭示大脑中不同口渴模态的编码机制	终板器官中的兴奋性和抑制性神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序(stimulus-to-cell-type mapping), 光遗传学	NA	基因表达数据	NA
1085	2025-07-21	Single-Nucleus RNA-Sequencing Profiling of Mouse Lung. Reduced Dissociation Bias and Improved Rare Cell-Type Detection Compared with Single-Cell RNA Sequencing 2020-12, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2020-0095MA PMID:32804550	research paper	本文介绍了一种针对小鼠肺组织的单核RNA测序（snRNASeq）协议，并与单细胞RNA测序（scRNASeq）进行了比较	首次提出了适用于肺组织的snRNASeq协议，解决了scRNASeq在新鲜样本需求、细胞类型丢失和转录应激反应方面的限制	研究仅针对小鼠肺组织，尚未在人类或其他组织中验证	比较snRNASeq和scRNASeq在肺组织研究中的表现，优化单细胞水平转录组分析方法	小鼠肺组织	基因组学	NA	单核RNA测序（snRNASeq）、单细胞RNA测序（scRNASeq）	NA	RNA测序数据	16,110个单核转录组和11,934个单细胞转录组
1086	2025-07-21	Tau Pathology Drives Dementia Risk-Associated Gene Networks toward Chronic Inflammatory States and Immunosuppression 2020-11-17, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108398 PMID:33207193	研究论文	通过系统功能基因组学分析，揭示了tau病理如何驱动痴呆风险相关基因网络向慢性炎症状态和免疫抑制状态转变	揭示了tau病理早期与1型干扰素反应相关，随后出现部分免疫抑制和2型干扰素反应的复杂时间轨迹，并鉴定了从小鼠到人类保守的基因共表达模块	研究主要基于小鼠和人类尸检脑组织，可能无法完全反映活体动态过程	理解神经免疫相关基因和通路如何促成神经退行性疾病的病理生理学	纯化的小胶质细胞和小鼠及人类AD、FTD和PSP的脑组织	神经科学	神经退行性疾病（阿尔茨海默病、额颞叶痴呆、进行性核上性麻痹）	功能基因组学分析、化学遗传学、实验扰动数据、单细胞测序	NA	基因组数据、单细胞测序数据	小鼠和人类尸检脑组织样本
1087	2025-07-20	Secretory IgA dysfunction underlies poor prognosis in Fusobacterium-infected colorectal cancer 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2528428 PMID:40667611	研究论文	本研究探讨了具核梭杆菌(Fn)如何通过影响IgA浆细胞发育和分泌型IgA(sIgA)的产生，从而破坏结直肠癌(CRC)肿瘤微环境	揭示了Fn通过破坏与肿瘤相关巨噬细胞的通讯，损害sIgA产生的新机制，并鉴定了一个与Fn阳性患者相关的IgA成熟(IGAM)模块异常	研究样本量相对有限(42例CRC患者组织)，且机制研究主要依赖小鼠模型	阐明具核梭杆菌感染导致结直肠癌预后不良的免疫机制	42例CRC患者组织样本和两种小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞转录组分析	NA	单细胞RNA测序数据	42例CRC患者组织样本和两种小鼠模型
1088	2025-07-20	RORγt eTACs mediate oral tolerance and Treg induction 2025-Aug-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20250573 PMID:40298935	研究论文	该研究揭示了RORγt eTACs在口服耐受性和Treg细胞诱导中的关键作用	首次证明RORγt eTACs是口服耐受性诱导的必要细胞群体，并揭示了其独特的整合素β8表达特征	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需进一步验证	阐明口服耐受性的细胞机制和关键调控细胞	RORγt谱系抗原呈递细胞（包括ILC3s、树突状细胞和R-eTACs）	免疫学	自身免疫疾病	谱系追踪技术、单细胞测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型
1089	2025-07-20	Thymic Microenvironment Remodeling in Cancer Cachexia as a Determinant of Checkpoint Inhibitor Efficacy and Toxicity 2025-Aug, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.13874 PMID:40665793	research paper	研究癌症恶病质对胸腺退化的影响及其与免疫检查点抑制剂（ICI）治疗的关联	揭示了癌症恶病质通过破坏胸腺髓质成纤维细胞成熟度，影响T细胞阴性选择，从而扩展针对组织限制性抗原的TCR库	研究主要基于小鼠模型，人类患者样本的验证仍需进一步扩大	探讨癌症恶病质对胸腺退化的影响及其与ICI治疗效果的关联	恶病质肝癌小鼠和接受抗PD-1/L1抗体治疗的晚期癌症患者	免疫学	肝癌	单细胞测序、免疫荧光、流式细胞术、单细胞TCR测序	NA	单细胞测序数据、血清抗体数据	恶病质肝癌小鼠模型和接受ICI治疗的癌症患者队列
1090	2025-07-20	ECM1 expression in chronic liver disease: Regulation by EGF/STAT1 and IFNγ/NRF2 signalling 2025-Aug, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101423 PMID:40671832	研究论文	本研究探讨了细胞外基质蛋白1（ECM1）在慢性肝病（CLD）中的表达调控机制，揭示了EGF/STAT1和IFNγ/NRF2信号通路在健康或疾病状态下对ECM1表达的相反作用	首次揭示了EGF/STAT1和IFNγ/NRF2信号通路在调控ECM1表达中的相反作用，并证实ECM1具有开发为抗纤维化药物的潜力	研究样本量相对较小（小鼠模型n=2-6，CLD患者n=22），且未探讨ECM1在其他类型肝病中的作用	探究肝细胞在病理生理条件下ECM1的调控机制	AML12细胞、小鼠和人类原代肝细胞、小鼠和患者的肝组织	肝脏病理学	慢性肝病	scRNA-seq、bulk RNA-seq、启动子分析	NA	RNA测序数据、组织样本	小鼠模型n=2-6，CLD患者n=22，Western饮食喂养小鼠n=8-10
1091	2025-07-20	Heterochronic parabiosis uncovers AdipoR1 as a critical player in retinal rejuvenation 2025-Jul-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv6642 PMID:40668916	研究论文	本研究利用异时性联体共生（HP）结合单细胞RNA测序技术，揭示了AdipoR1在视网膜年轻化中的关键作用	首次发现AdipoR1及其下游AMPK信号通路在视网膜年轻化中的核心作用，并证实AdipoR1激动剂AdipoRon可逆转视网膜老化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类视网膜中验证	探索视网膜老化的分子机制并寻找抗衰老靶点	年轻、老年及HP配对小鼠的视网膜	分子生物学	老年性疾病	异时性联体共生（HP）、单细胞RNA测序	小鼠模型	转录组数据	未明确说明具体数量的小鼠视网膜样本
1092	2025-07-20	Hantaan virus-derived peptides that stabilize HLA-E could abrogate inhibition of CD56dimNKG2A+ NK cells 2025-Jul-18, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012717 PMID:40680069	研究论文	本研究探讨了Hantaan病毒（HTNV）感染引起的肾综合征出血热（HFRS）中，NKG2A-HLA-E轴介导的NK细胞反应的影响和机制	发现HTNV衍生的多肽通过HLA-E呈递可消除CD56dimNKG2A+ NK细胞的抑制，增强抗病毒免疫反应	研究主要基于体外实验，未在体内模型中验证	阐明HTNV感染中NKG2A-HLA-E轴介导的NK细胞反应机制	HFRS患者和HTNV病毒	免疫学	肾综合征出血热	单细胞RNA测序、流式细胞术、配体-受体结合实验、四聚体染色	NA	细胞表型和功能数据	HFRS患者的NK细胞样本
1093	2025-07-20	Spatiotemporal analysis of Crohn's disease reveals PECAM2 signaling at the basis of inflammation-to-fibrosis transition 2025-Jul-18, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaf130 PMID:40680170	研究论文	通过时空分析揭示克罗恩病炎症向纤维化转变的PECAM2信号机制	结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了PECAM2信号在克罗恩病纤维化过程中的关键作用，并提出了CD38抑制剂作为潜在治疗靶点	样本量较小（13例手术标本），且动物模型结果需要进一步临床验证	解析克罗恩病从慢性炎症向纤维化转变的分子机制	克罗恩病患者手术标本（炎症/纤维化组织及健康对照）和TNBS诱导的慢性结肠炎小鼠模型	数字病理	克罗恩病	空间转录组学、单细胞RNA测序、配体-受体互作分析、伪时间分析	TNBS诱导的小鼠慢性炎症模型	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	13例手术标本（含健康对照）及独立验证队列
1094	2025-07-20	Spatially resolved transcriptomics reveals a unique disease signature and potential biomarkers for chronic traumatic encephalopathy 2025-Jul-18, Journal of neuropathology and experimental neurology IF:3.2Q2 DOI:10.1093/jnen/nlaf078 PMID:40680295	研究论文	利用空间转录组学技术揭示了慢性创伤性脑病(CTE)的独特疾病特征和潜在生物标志物	首次使用Visium空间转录组学技术对CTE病灶进行基因表达图谱绘制，并鉴定出21个基因的共同特征	研究样本仅限于死后组织，无法验证这些生物标志物在活体诊断中的有效性	理解CTE的病理生理学机制并寻找可能的干预靶点和活体诊断生物标志物	慢性创伤性脑病(CTE)病灶和匹配的正常组织	数字病理学	慢性创伤性脑病	Visium空间转录组学	NA	空间转录组数据	来自同一患者的CTE病灶和匹配正常组织
1095	2025-07-20	SPaSE: Spatially resolved pathology scores using optimal transport on spatial transcriptomics data 2025-Jul-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101301 PMID:40480226	研究论文	介绍了一种基于最优传输的算法SPaSE，用于在空间转录组数据上计算病理评分	提出了一种新的算法SPaSE，能够在空间转录组数据上量化病理影响，并预测不同病理严重程度的特征	未提及具体的技术限制或样本量的局限性	开发一种能够量化空间病理影响的计算方法	空间转录组数据	数字病理	心肌梗死	空间转录组学	最优传输算法	空间转录组数据	小鼠和人类心肌梗死数据，以及创伤性脑损伤和杜氏肌营养不良小鼠模型数据
1096	2025-07-20	Resolving the design principles that control post-natal vascular growth and scaling 2025-Jul-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101324 PMID:40628258	research paper	本研究通过多尺度实验和计算方法，揭示了主动脉在出生后生长和比例调整的设计原则	发现了主动脉扩张遵循独特的生长原则，与脊柱成比例，并通过两个时间协调、空间随机的增殖波进行扩张，揭示了内皮细胞挤出对维持主动脉稳态大小的重要性	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类	探索出生后组织生长和血管比例调整的分子机制	主动脉	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序、数学建模	NA	基因表达数据、计算模型	NA
1097	2025-07-20	Single-cell RNA sequencing in human atherosclerotic plaques reveals a novel smooth muscle cell subtype that possesses multi differentiation potential and shapes the microenvironment 2025-Jul-16, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01735-7 PMID:40668312	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类动脉粥样硬化斑块中一种新型平滑肌细胞亚型（SMC_C5），该亚型具有多向分化潜能并能塑造微环境	发现了一种新型平滑肌细胞亚型SMC_C5，揭示了其在动脉粥样硬化中的多向分化潜能及对微环境的影响	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分依赖于ApoE小鼠模型，可能需要更多人类样本验证	探究动脉粥样硬化斑块中平滑肌细胞亚型的异质性及其在疾病中的作用	人类冠状动脉斑块及ApoE小鼠主动脉斑块中的平滑肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, bulk RNA测序, pySCENIC	NA	RNA测序数据	整合了三个单细胞RNA测序数据集，并使用ApoE小鼠斑块进行验证
1098	2025-07-20	Rod-shaped microglia represent a morphologically distinct subpopulation of disease-associated microglia 2025-Jul-16, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03504-5 PMID:40671004	研究论文	本研究识别了一种在谷氨酰半胱氨酸连接酶（GCLC）缺陷小鼠中发现的杆状小胶质细胞亚群，并探讨了其形成机制及其在神经退行性疾病早期反应中的作用	首次识别并描述了杆状小胶质细胞这一形态独特的亚群，揭示了其与疾病相关小胶质细胞（DAM）相似的基因表达谱，并提出了uPA信号和磷酸化GAP43在其形态变化中的潜在作用	研究主要基于GCLC缺陷小鼠模型，结果在人类疾病中的适用性尚需验证	探究小胶质细胞形态变化与基因表达谱的关联及其在神经退行性疾病中的作用机制	谷氨酰半胱氨酸连接酶（GCLC）缺陷小鼠中的杆状小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）	GCLC-KO小鼠模型	基因表达数据、形态学数据	GCLC缺陷小鼠的皮质组织
1099	2025-07-20	Campylobacter jejuni regulates cell cycle progression to potentiate host cell invasion 2025-Jul-16, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02348-z PMID:40671100	研究论文	该研究探讨了空肠弯曲菌如何通过调节宿主细胞周期来增强其入侵能力	首次揭示了空肠弯曲菌通过调控宿主细胞周期G1期来促进其入侵和炎症反应的机制	研究仅使用INT 407细胞系，未在动物模型或原代细胞中验证	阐明空肠弯曲菌感染宿主细胞的分子机制	空肠弯曲菌感染的INT 407细胞	细胞微生物学	肠道感染	流式细胞术、scRNA-seq、RT-qPCR、ELISA	NA	基因表达数据、细胞周期数据、细胞图像	未明确说明细胞数量
1100	2025-07-20	Vagal Stimulation Rescues HFpEF by Altering Cardiac Resident Macrophage Function 2025-Jul-15, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326236 PMID:40662221	research paper	该研究探讨了经皮迷走神经刺激（tVNS）如何通过改变心脏驻留巨噬细胞功能来改善保留射血分数的心力衰竭（HFpEF）	揭示了tVNS通过减少表达Spp1的CCR2+心脏驻留巨噬细胞并诱导TLF+/MHC2+巨噬细胞表达Igf1来改善HFpEF的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究tVNS改善HFpEF的巨噬细胞介导机制	HFpEF小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、超声心动图	小鼠HFpEF模型	基因表达数据、细胞数量数据	控制组、HFpEF+假刺激组和HFpEF+tVNS组的小鼠