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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1081 | 2026-06-05 |
The proliferative Scissor+ gene signature model uncovers the ISG15-KPNA2 axis as a critical driver of malignancy in ccRCC
2026-Mar, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.150812
PMID:41663022
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组数据,揭示增殖性Scissor+基因特征模型及ISG15-KPNA2轴在透明细胞肾细胞癌恶性进展中的关键作用 | 首次利用Scissor算法从单细胞RNA-seq数据中识别增殖性Scissor+细胞,构建11基因预后模型,并发现ISG15通过泛素-蛋白酶体途径调控KPNA2稳定性促进肿瘤恶性表型 | 未明确说明局限性 | 探究透明细胞肾细胞癌中增殖性细胞亚群的转录特征及其临床相关性,并揭示关键调控机制 | 透明细胞肾细胞癌患者样本(包括单细胞RNA-seq数据和批量转录组数据)及ccRCC细胞系 | 机器学习和数字病理学 | 透明细胞肾细胞癌 | 单细胞RNA测序、批量转录组测序、Scissor算法、机器学习、免疫共沉淀、免疫荧光、泛素化检测 | Lasso+plsRcox | 单细胞转录组数据和批量转录组数据(基因表达数据) | 多个队列数据(GSE156632、TCGA-KIRC、EMTAB1980、CPTAC) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1082 | 2026-06-05 |
Sarcoidosis: Disease mechanisms, diagnostic pathway and treatment
2026-Mar, Autoimmunity reviews
IF:9.2Q1
DOI:10.1016/j.autrev.2026.103993
PMID:41651390
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综述 | 本文综述了结节病的发病机制、诊断途径和治疗方法 | 纳入了单细胞RNA测序和空间转录组学的最新研究成果,并提出了JAK抑制剂和mTOR抑制剂作为潜在治疗新方案 | 结节病罕见性、临床病程异质性及缺乏预后生物标志物,增加了临床试验设计与实施的难度 | 总结结节病的疾病机制、诊断挑战和现有及新兴治疗策略 | 结节病患者 | 数字病理学 | 结节病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 1083 | 2026-06-05 |
Tamoxifen promotes metastasis of breast cancer via reshaping lipid-driven fibrotic microenvironments in the lung
2026-Mar, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2026.101286
PMID:41666535
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研究论文 | 研究他莫昔芬通过重塑脂质驱动的肺部纤维化微环境促进乳腺癌转移的机制 | 首次揭示长期他莫昔芬治疗通过诱导肺部脂质积累和PRG4+巨噬细胞扩增,促进纤维化微环境形成,从而增加乳腺癌肺转移风险,并发现脂肪酸合酶抑制剂C75可逆转该过程 | 未明确他莫昔芬导致肺部脂质积累的具体分子机制,且动物模型与人类临床的差异可能影响结论的普适性 | 探究长期他莫昔芬治疗对雌激素受体阳性乳腺癌转移微环境形成的影响 | PyMT和4T1同种移植小鼠模型中的乳腺癌肺转移 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | PyMT和4T1同种移植小鼠模型(具体样本数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 1084 | 2026-06-05 |
Osteoarthritis and chondrosarcoma: Bioinformatics analysis based on single-cell RNA sequencing and molecular docking
2026-Mar, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University
IF:2.1Q3
DOI:10.17219/acem/205134
PMID:41669898
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研究论文 | 基于单细胞RNA测序和分子对接技术,分析骨关节炎与软骨肉瘤的细胞异质性和分子机制,并识别潜在治疗靶点 | 首次将单细胞RNA测序与分子对接技术联合应用于骨关节炎和软骨肉瘤的比较研究,揭示了两类关节致残疾病在细胞亚群分布和基因表达谱上的差异,并发现姜黄素和白藜芦醇与DAP3蛋白的结合潜力 | 研究基于公开数据集,可能受原始数据质量和样本数量的限制;分子对接结果需进一步实验验证 | 探究骨关节炎和软骨肉瘤的细胞异质性和分子机制,识别潜在治疗靶点 | 骨关节炎和软骨肉瘤的公开单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | 骨关节炎, 软骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 分子对接 | NA | 基因表达数据, 蛋白质结构数据 | 公开数据集,具体数量未在摘要中提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1085 | 2026-06-05 |
A brain-gut excitatory peptide/CCHamide homolog regulates satiation and motivational state transitions in the Aplysia feeding circuit
2026-Mar, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2026.111257
PMID:41654135
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研究论文 | 本研究在海洋软体动物海兔中鉴定了脑-肠兴奋性肽/CCHamide同源物(apEP/CCHa),并揭示了其作为饱腹信号通过调节进食中枢模式发生器神经元来调控饱腹感和动机状态转换的机制 | 首次在软体动物中系统阐明EP/CCHa信号通路对进食回路的调节机制,发现两个进化上独立的受体亚型,并通过单细胞RNA测序精确定位到特定中枢模式发生器神经元 | 未能在其他软体动物或节肢动物中进行交叉验证,且对两个受体功能差异的具体机制探索有限 | 探究脑-肠肽EP/CCHa如何调控进食回路中的饱腹感和动机状态转换 | 海洋软体动物海兔(Aplysia)的进食回路 | 神经科学 | NA | 质谱分析、原位杂交、免疫组织化学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、神经元活动数据 | 海兔标本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1086 | 2026-06-05 |
CEMUSA: a graph-based integrative metric for evaluating clusters in spatial transcriptomics
2026-Feb-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag056
PMID:41663910
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研究论文 | 提出了一种基于图论的综合性空间聚类评估指标CEMUSA,用于解决现有评估指标仅关注标签一致性或空间组织而导致的偏倚问题 | 首次将标签一致性、空间组织和错误严重性三个因素整合到一个统一评估框架中,并通过图论方法实现 | 文中未明确提及局限性 | 开发一种能够同时考虑标签一致性、空间组织和错误严重性的有效指标,以评估空间转录组学中的聚类结果 | 空间转录组学数据中的聚类结果 | 机器学习和数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 模拟和真实数据集,具体数量未提及 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1087 | 2026-06-05 |
SPP1+ Macrophage-POSTN+ Fibroblast-Endothelial Triad Dictates Immunotherapy Response in Bladder Cancer
2026-Feb-28, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202504456RR
PMID:41653034
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研究论文 | 该研究整合空间转录组学、单细胞RNA测序和多重免疫荧光技术,揭示了膀胱癌免疫治疗反应中由SPP1+巨噬细胞-POSTN+成纤维细胞-内皮细胞组成的空间三联体结构及其对免疫治疗抵抗的作用机制 | 首次发现并验证了膀胱癌免疫治疗耐药的肿瘤微环境中由SPP1阳性肿瘤相关巨噬细胞、POSTN阳性癌症相关成纤维细胞和内皮细胞形成的空间三联体结构,并证实靶向SPP1可增强抗PD-1治疗效果 | 研究主要基于有限样本的观察性分析,临床前模型对SPP1抑制的效果验证尚需更大规模临床试验进一步确认 | 探究膀胱癌免疫治疗应答差异的肿瘤微环境空间结构机制,寻找克服免疫治疗耐药的新靶点 | 膀胱癌患者肿瘤组织样本及临床前模型 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、多重免疫荧光 | NA | 基因表达数据、图像数据 | 膀胱癌患者肿瘤组织样本(具体数量未在摘要中提及) | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 10x Visium, 10x Chromium | 10x Visium空间转录组学平台, 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 1088 | 2026-06-05 |
DMC-BrainMap is an open-source, end-to-end tool for multi-feature brain mapping in different species
2026-Feb-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101302
PMID:41666930
|
研究论文 | DMC-BrainMap 是一款开源端到端工具,用于跨物种的多特征脑图谱绘制 | 提供无需编程的完整端到端流程,支持多物种、多发育阶段、多种脑解剖特征的映射与量化 | 未提及具体限制 | 为神经科学研究开发一个用户友好的开源工具,用于解剖数据的全自动处理与分析 | 小鼠、大鼠和斑马鱼的脑组织图像数据 | 计算机视觉 | NA | 组织学图像分析、染色、空间转录组学 | NA | 图像 | 涵盖小鼠、大鼠和斑马鱼的多品种样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1089 | 2026-06-05 |
ETV2-ECSCR-mTOR pathways regulate reprogramming to the endothelial lineage
2026-Feb-23, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxaf075
PMID:41652899
|
研究论文 | 本研究揭示了ETV2-ECSCR-mTOR通路在重编程至内皮细胞谱系中的调控机制 | 首次发现ECSCR是ETV2的直接转录靶点,并通过mTORC1信号通路调控ETV2介导的细胞重编程速率 | 未明确提及样本量和临床转化验证 | 阐明ETV2下游靶点在调控内皮细胞重编程中的作用机制 | 小鼠胚胎体细胞和胚胎成纤维细胞 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序、ATAC-seq、ChIP-seq、凝胶迁移实验、转录活性分析 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据、转录因子结合数据 | NA | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, ChIP-seq | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞RNA测序用于分析ETV2过表达的胚状体分化和胚胎成纤维细胞重编程 |
| 1090 | 2026-06-05 |
Spatiotemporal histogenesis of the developing human cerebellum reveals dynamic layering of Bergmann glia
2026-Feb-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2525673123
PMID:41665992
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研究论文 | 结合组织病理学分析、空间转录组学和单核RNA测序,绘制人类小脑伯格曼胶质细胞的发育图谱,揭示其时空组织动态及分子特征 | 首次揭示人类小脑伯格曼胶质细胞在11孕周出现,并发现其与浦肯野细胞形成独特的三层结构(含层间分离层),该结构可能为人类特有 | 研究主要基于组织样本的转录组分析,未进行功能验证实验 | 解析人类小脑发育过程中伯格曼胶质细胞的时空起源、分子身份及细胞谱系 | 人类小脑发育过程中的伯格曼胶质细胞及其前体细胞 | 数字病理学, 单细胞组学 | 神经发育疾病 | 空间转录组学, 单核RNA测序, 组织病理学, 伪时间分析 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 多个发育时间点的人类小脑组织样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 空间转录组学, 单核RNA测序 | 10x Visium, 10x Chromium | 10x Visium 空间转录组学平台, 10x Chromium 单核RNA测序平台 |
| 1091 | 2026-06-05 |
TNF-⍺-mediated myeloid-instructed CD14+CD4+ T cells are associated with poor survival in lung adenocarcinoma
2026-Feb-17, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102593
PMID:41666923
|
研究论文 | 本文通过空间多组学分析非小细胞肺癌,发现TNF-α介导的CD14+CD4+ T细胞与患者生存率低相关 | 首次发现髓系细胞通过吞噬作用诱导形成CD14+CD4+ T细胞,并揭示TNF-α信号在此过程中的关键作用 | 未明确描述局限性 | 探究髓系驱动的免疫抑制机制,为改善肺癌免疫治疗提供新靶点 | 非小细胞肺癌组织及邻近非恶性肺组织中的免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学、空间多组学 | NA | 图像、文本 | 非小细胞肺癌患者样本(具体数量未提及) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1092 | 2026-06-05 |
GPR35 protects against reperfusion injury in ischemic stroke by binding with the CR2 domain of Raf1
2026-Feb-10, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03726-1
PMID:41664072
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研究论文 | 研究发现GPR35通过与Raf1的CR2结构域结合,在缺血性脑卒中中保护免受再灌注损伤 | 首次揭示GPR35通过与Raf1的CR2结构域直接结合来调节Raf1/ERK1/2/MAPK信号通路,从而减轻缺血再灌注损伤和神经炎症 | 该研究主要基于小鼠模型,有待在人体中验证;且未完全阐明GPR35活化的下游分子机制细节 | 探究GPR35在缺血性脑卒中小鼠模型再灌注损伤中的作用及其分子机制 | 缺血性脑卒中小鼠模型中的小胶质细胞 | 生物医学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞测序,共免疫沉淀 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1093 | 2026-06-05 |
Integration of Multi-Omics and Machine Learning Identifies TGFB1 and SERPINE1 as Biomarkers of Vascular Smooth Muscle Cell Senescence in Intracranial Aneurysms
2026-Feb-10, Translational stroke research
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s12975-026-01419-8
PMID:41665703
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research paper | 通过整合多组学数据和机器学习,识别出TGFB1和SERPINE1作为颅内动脉瘤中血管平滑肌细胞衰老的生物标志物 | 首次探究血管平滑肌细胞衰老在颅内动脉瘤发病机制中的作用,并利用多组学整合和机器学习方法鉴定出关键衰老相关基因TGFB1和SERPINE1 | TGFB1和SERPINE1的具体机制仍需进一步研究和验证 | 识别颅内动脉瘤中血管平滑肌细胞衰老的关键调控基因及潜在生物标志物 | 颅内动脉瘤患者和弹性蛋白酶诱导的小鼠动脉瘤模型 | machine learning | cerebrovascular disease | RNA-seq | NA | single-cell RNA sequencing data, bulk RNA sequencing data, microarray data | 小鼠颅内动脉瘤模型(GSE193533)和人类组织样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1094 | 2026-06-05 |
Combining Spatial Transcriptomics and Machine Learning Unravels Fibroblast-Related Biomarkers in Ulcerative Colitis
2026-Feb-10, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-025-02387-1
PMID:41665828
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研究论文 | 结合空间转录组学和机器学习揭示溃疡性结肠炎中成纤维细胞相关的生物标志物 | 首次将空间转录组学与机器学习联合分析,鉴定出成纤维细胞相关生物标志物ANGPTL2,并通过体内外实验验证其作为非侵入性诊断指标和治疗靶点的潜力 | 未提供明确的局限性说明 | 探索成纤维细胞在溃疡性结肠炎发病机制中的作用并鉴定诊断生物标志物 | 溃疡性结肠炎患者和DSS诱导的UC小鼠模型 | 机器学习 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, WGCNA, 机器学习, IF, ELISA, WB | 机器学习模型 | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 多个数据集(GSE114374, GSE231993, GSE189184)及UC患者血清样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1095 | 2026-06-05 |
Cellular and transcriptional trajectories of neural fate specification in sea anemone uncover two modes of adult neurogenesis
2026-Feb-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68802-9
PMID:41667466
|
研究论文 | 通过报告基因追踪和单细胞转录组学,揭示了海葵中成年神经发生的两种不同机制 | 首次在海葵中发现两种不同的成年神经发生模式:多能祖细胞直接分化为肽能神经元,以及刺细胞(特化的刺胞动物神经细胞)的逐步成熟过程 | 对神经命运决定过程中转录调控机制的详细解析仍有待深入 | 阐明刺胞动物成年神经发生的细胞谱系和转录程序 | 海葵(Nematostella vectensis) | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 成年海葵样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1096 | 2026-06-05 |
Seq-Scope-eXpanded: spatial omics beyond optical resolution
2026-Feb-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69346-8
PMID:41667485
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研究论文 | 提出了Seq-Scope-X技术,通过组织膨胀突破光学分辨率限制,实现了亚微米级空间转录组和蛋白质组分析 | 首次将组织膨胀与亚微米级空间测序结合,显著减少转录扩散效应并将空间特征密度提高一个数量级,同时兼容空间蛋白质组学分析 | 未详细说明组织膨胀对RNA完整性的潜在影响及不同组织类型的适用性差异 | 开发超越光学分辨率的超高通量空间组学技术以解析细胞微环境 | 小鼠肝脏、脑、结肠组织及人类扁桃体组织中的单细胞和空间亚细胞结构 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学,空间蛋白质组学,组织膨胀技术 | NA | 空间基因表达数据,空间蛋白标记数据 | 小鼠肝脏、脑、结肠组织样本及人类扁桃体组织样本(具体数量未说明) | NA | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | Seq-Scope-X | 基于Seq-Scope平台的亚微米分辨率空间组学技术,结合组织膨胀实现超越光学分辨率的分析 |
| 1097 | 2026-06-05 |
A single-cell transcriptomic dataset profiling traumatic brain injury and NeuroD1-based gene therapy in mice
2026-Feb-10, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-026-06788-1
PMID:41667502
|
研究论文 | 通过单细胞转录组数据集分析了小鼠创伤性脑损伤及基于NeuroD1的基因治疗的效果 | 首次利用单细胞RNA测序揭示NeuroD1基因治疗在创伤性脑损伤中对细胞组成和星形胶质细胞亚型的显著影响,并阐明了其恢复线粒体和代谢功能、抑制异常突触和髓鞘化过程的分子机制 | 论文未明确说明局限性,但可能包括样本量较小、仅使用小鼠模型以及未完全阐明所有潜在机制 | 阐明创伤性脑损伤中基于NeuroD1的基因治疗的分子和细胞机制 | 小鼠创伤性脑损伤模型及NeuroD1基因治疗后的脑组织细胞 | 机器学习 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用皮质刺伤小鼠模型的创伤性脑损伤样本,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1098 | 2026-06-05 |
ICE: robust detection of cellular senescence from weak single-cell signatures using imputation-based marker refinement
2026-Feb-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-03997-0
PMID:41668152
|
研究论文 | 提出了一种基于插值的细胞衰老检测框架ICE,用于从弱单细胞信号中稳健识别衰老细胞 | 通过整合表达插值与标记物细化,克服了经典衰老标记物表达弱且非特异性的限制,实现了对单细胞RNA-seq数据中衰老细胞的准确检测 | 可能依赖于特定插值方法,且在异质性较高的组织中的表现有待进一步验证 | 开发一种能可靠检测单细胞RNA-seq数据中衰老细胞的计算方法 | 胰腺β细胞和阿尔茨海默病样本中的小胶质细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 计算框架(插值与标记物细化) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1099 | 2026-06-05 |
Mouse skeletal muscle satellite cells co-opt the tenogenic gene Scleraxis to instruct regeneration
2026-Feb-09, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.95854
PMID:41660703
|
研究论文 | 本研究揭示小鼠骨骼肌卫星细胞利用腱生成相关基因Scleraxis指导肌肉再生过程 | 首次证明腱生成相关转录因子Scx在成体肌肉干细胞中激活并功能性地调控肌肉再生,为肌肉再生与肌腱发育共享分子机制提供新视角 | 仅基于小鼠模型,尚需验证在人类肌肉再生中的保守性;未完全解析Scx在卫星细胞与其他细胞类型间的协同机制 | 探究腱生成相关基因Scleraxis在成体骨骼肌再生中的表达模式与功能作用 | 成年小鼠骨骼肌卫星细胞及其再生过程中的肌肉、肌腱组织 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、CUT&RUN | NA | 基因表达数据 | 成年小鼠骨骼肌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1100 | 2026-06-05 |
DANST enables cell-type deconvolution in spatial transcriptomics using deep domain adversarial neural networks
2026-Feb-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09659-y
PMID:41663685
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研究论文 | DANST框架利用深度域对抗神经网络实现空间转录组学中的细胞类型反卷积 | 首次将深度域对抗神经网络应用于空间转录组学细胞类型反卷积,通过整合单细胞RNA测序与推断空间坐标构建伪空间数据,并利用变分自编码器和域对抗架构实现特征对齐与准确标签迁移 | 未提及具体局限性 | 开发一种能够从混合基因表达数据中恢复细胞类型比例的空间转录组学反卷积框架 | 人类和小鼠数据集 | 机器学习 | 肿瘤微环境分析 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 深度域对抗神经网络, 变分自编码器 | 基因表达数据, 空间坐标 | 人类和小鼠数据集(未提供具体样本数量) | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |