单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 1081 - 1100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1081 | 2025-10-05 |
Cancer subclone detection based on DNA copy number in single-cell and spatial omic sequencing data
2025-Sep, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02773-5
PMID:40954304
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研究论文 | 提出了一种基于DNA拷贝数的癌症亚克隆检测方法Clonalscope，适用于空间转录组和单细胞测序数据 | 采用嵌套中式餐厅过程识别肿瘤亚克隆，可整合匹配的bulk DNA测序数据提高检测精度 | NA | 检测癌症亚克隆以解析肿瘤异质性和进化过程 | 胃肠道肿瘤及其他原发和转移性肿瘤 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,空间转录组学 | 嵌套中式餐厅过程 | 单细胞测序数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 1082 | 2025-10-05 |
Targeting the hsa_circ_0000253/miR-7/COL5A2 Axis: Unveiling CCT-018159's Role in Halting Osteosarcoma Progression
2025-Sep, Journal of biochemical and molecular toxicology
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jbt.70464
PMID:40970417
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研究论文 | 本研究揭示了hsa_circ_0000253/miR-7/COL5A2轴在骨肉瘤进展中的调控作用及CCT-018159的治疗潜力 | 首次发现hsa_circ_0000253/miR-7/COL5A2调控轴在骨肉瘤恶性进展中的关键作用，并通过单细胞转录组学鉴定高风险细胞亚群 | 需要进一步的体内验证和临床探索 | 探究骨肉瘤进展的分子机制及潜在治疗策略 | 骨肉瘤细胞 | 癌症生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学、分子对接、ceRNA网络分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1083 | 2025-10-05 |
Exploring the Oral Microbiome: Understanding its Impact on the Development of Oral Squamous Cell Carcinoma
2025-Aug-16, Current microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00284-025-04377-w
PMID:40819017
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综述 | 本文探讨口腔微生物组与口腔鳞状细胞癌之间的相互作用及其在癌症发生发展中的作用 | 整合微生物学与肿瘤学视角，强调微生物组在OSCC诊断和治疗中的潜在应用价值 | 作为综述文章，未涉及原始实验数据和研究 | 分析口腔微生物组对口腔鳞状细胞癌发展的影响机制 | 口腔微生物组与口腔鳞状细胞癌的相互作用 | 微生物组学 | 口腔鳞状细胞癌 | 下一代测序，单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 微生物基因组分析 | NA | NA |
| 1084 | 2025-10-05 |
Comparing Xenium 5K and Visium HD data from identical tissue slide at a pathological perspective
2025-Jul-26, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03479-4
PMID:40713820
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研究论文 | 从病理学角度比较Xenium 5K和Visium HD在相同组织切片上的空间转录组数据 | 首次使用相同组织切片生成的公开肺数据集对两种高分辨率空间转录组技术进行真实技术比较，并结合详尽的病理学注释 | 研究基于公开数据集，可能受限于特定组织类型；主要关注肺组织，在其他组织类型中的适用性需要进一步验证 | 比较Visium HD和Xenium-5K两种空间转录组技术的性能差异，为不同研究场景选择合适技术提供病理学依据 | 肺组织空间转录组数据 | 空间转录组学 | 肺癌 | 空间转录组技术 | 聚类算法 | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium 5K, Visium HD | Visium HD（2µm分辨率，转录组范围覆盖），Xenium-5K（亚微米分辨率，靶向成像检测技术） |
| 1085 | 2025-10-05 |
MuST: multiple-modality structure transformation for single-cell spatial transcriptomics
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf405
PMID:40874816
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研究论文 | 提出一种名为MuST的多模态结构转换方法，用于解决单细胞空间转录组学中的模态偏差问题 | 通过拓扑发现策略和拓扑融合损失函数学习内在局部结构，协调不同模态间的不一致性 | NA | 减轻空间转录组数据中模态偏差的不利影响，满足各种下游分析任务需求 | 单细胞空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习 | 多模态数据（转录组、空间、形态学） | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 1086 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptome of retinal myeloid cells in response to transplantation of human neurons reveals reversibility of microglial activation
2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.654622
PMID:40475635
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了视网膜移植后人源神经元引发的髓系细胞激活机制及其可逆性 | 首次在视网膜移植模型中揭示微胶质细胞激活的双向可逆轨迹 | 仅观察移植后3天的早期反应，缺乏长期动态监测数据 | 探究视网膜移植后宿主髓系细胞的激活机制和异质性 | 小鼠视网膜中的髓系细胞（微胶质细胞/巨噬细胞） | 单细胞转录组学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序，RNA Velocity分析，流式细胞分选，免疫荧光染色 | 轨迹分析 | 单细胞转录组数据，图像数据 | 多个视网膜样本，每个样本最多10,000个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 1087 | 2025-10-05 |
Causal differential expression analysis under unmeasured confounders with causarray
2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.635593
PMID:39975097
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研究论文 | 介绍causarray框架，用于在存在未测量混杂因素的情况下进行因果差异表达分析 | 开发了双重稳健的因果推断框架，整合广义混杂调整方法和半参数推断，能够有效分离处理效应与混杂因素 | NA | 解决观察性基因组数据中因果关系识别的挑战 | 基于阵列的基因组数据，包括批量细胞和单细胞水平 | 机器学习 | 阿尔茨海默病,自闭症 | 单细胞测序,CRISPR技术,Perturb-seq | 半参数推断,机器学习技术 | 基因组数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 1088 | 2025-10-05 |
Characterisation of macrophages in healthy and diseased livers in mice: identification of necrotic lesion-associated macrophages
2025, eGastroenterology
DOI:10.1136/egastro-2025-100189
PMID:40212045
|
研究论文 | 本研究通过多重免疫荧光染色和单细胞RNA测序技术，系统表征了小鼠健康与疾病肝脏中巨噬细胞的异质性和空间分布 | 首次识别并表征了坏死病灶相关巨噬细胞亚群，发现其表达促进死亡细胞碎片清除的特定蛋白 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证 | 探究肝脏巨噬细胞在健康和疾病状态下的异质性、空间分布及功能 | 小鼠肝脏组织中的库普弗细胞和单核来源巨噬细胞 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 顺序多重免疫荧光染色, 单细胞RNA测序, 图像分析 | NA | 图像, 基因表达数据 | 小鼠肝脏样本（健康和损伤模型） | NA | 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色 | NA | NA |
| 1089 | 2025-10-05 |
New insights into liver injury and regeneration from single-cell transcriptomics
2025, eGastroenterology
DOI:10.1136/egastro-2025-100202
PMID:40735115
|
综述 | 本文总结了单细胞转录组学在急性肝损伤和再生研究中的最新进展与应用 | 整合单细胞RNA测序与空间转录组学技术，揭示肝损伤修复界面中的胎儿样和迁移性肝细胞、不同活化状态的肝星状细胞以及区域特异性内皮细胞反应 | NA | 探讨单细胞转录组学在急性肝损伤和再生研究中的应用与进展 | 肝细胞、肝星状细胞、内皮细胞、巨噬细胞等肝脏细胞 | 单细胞组学 | 急性肝损伤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1090 | 2025-10-05 |
Role of endothelial cell markers in prognosis of hepatocellular carcinoma: Integrating bioinformatics analysis and experimental validation
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0331580
PMID:40956822
|
研究论文 | 本研究通过整合生物信息学分析和实验验证，识别了肝细胞癌中内皮细胞特异性标志物并构建了预后多基因特征 | 首次在单细胞水平系统研究肝细胞癌中内皮细胞的作用，并开发了基于内皮细胞标志物的预后预测模型 | 样本量相对有限，需要更多独立队列验证模型的普适性 | 识别肝细胞癌中内皮细胞特异性标志物并构建预后预测模型 | 肝细胞癌患者样本和内皮细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，Lasso-Cox回归分析，免疫组织化学，Western blotting | Lasso-Cox回归模型 | 单细胞转录组数据，临床预后数据，蛋白质表达数据 | 12个肝细胞癌样本用于scRNA-seq分析，TCGA和ICGC队列用于验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1091 | 2025-10-05 |
Molecular mechanism of LncRNA MALAT1 in regulating hepatocellular carcinoma progression via the miR-383-5p/PRKAG1 axis and its role in the tumor immune microenvironment
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1613596
PMID:40958861
|
研究论文 | 本研究揭示lncRNA MALAT1通过miR-383-5p/PRKAG1轴调控肝细胞癌进展的分子机制及其在肿瘤免疫微环境中的作用 | 首次系统阐明MALAT1通过竞争性结合miR-383-5p上调PRKAG1表达的新机制，并发现PRKAG1通过调控免疫细胞浸润和细胞间通讯促进肝癌进展 | NA | 探究MALAT1-PRKAG1轴在肝细胞癌发病机制中的作用及临床意义 | 肝细胞癌组织和细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 多组学分析、生物信息学分析、单细胞RNA测序、CIBERSORT分析、GO/KEGG富集分析 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1092 | 2025-10-05 |
Personalised immunotherapy strategies informed by single cell profiling in thyroid cancer: a mini review
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1651088
PMID:40959084
|
综述 | 本文综述了单细胞分析技术如何指导甲状腺癌个性化免疫治疗策略的发展 | 整合单细胞生物学、免疫学和内分泌肿瘤学，识别诊断盲点，发现药物再利用机会，为个性化免疫治疗绘制路线图 | NA | 通过单细胞分析技术改进甲状腺癌免疫治疗策略 | 甲状腺癌肿瘤微环境中的肿瘤细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,CITE-seq | NA | 转录组数据,蛋白质表达数据 | 超过150,000个肿瘤和免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,单细胞多组学 | NA | NA |
| 1093 | 2025-10-05 |
A multi-omic analysis reveals a predictive value of tertiary lymphoid structures in improving the prognosis of colorectal cancer patients with BRAF mutation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1662573
PMID:40959083
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨三级淋巴结构对BRAF突变结直肠癌患者预后的预测价值 | 首次系统评估三级淋巴结构在抵消BRAF突变不良预后影响中的作用，并构建了10基因预后模型 | 样本量相对有限，需要更多前瞻性研究验证 | 研究三级淋巴结构能否改善BRAF突变结直肠癌患者的预后 | 结直肠癌患者，特别是BRAF突变患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, LASSO回归, Cox回归, 免疫浸润分析 | 预后特征模型 | 基因表达数据, 临床病理数据 | 200例结直肠癌患者组织样本，多个公共数据库数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1094 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA-seq reveals a repair pattern in cystic lesions in steroid induced osteonecrosis of the femoral head
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1626337
PMID:40959091
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了类固醇诱导的股骨头坏死中囊性病变的细胞异质性和修复机制 | 首次在SIONFH囊性病变中鉴定出8种细胞类型，并将软骨细胞分为5个亚群，发现CLIC3+表达的肥大软骨细胞群在骨矿化和成骨分化中的关键作用 | 样本量较小（仅3例患者），需要更大规模研究验证发现 | 探究类固醇诱导的股骨头坏死中囊性病变的转录组景观和修复机制 | 类固醇诱导的股骨头坏死患者的囊性病变组织 | 单细胞基因组学 | 股骨头坏死 | 单细胞RNA测序，组织学分析 | NA | 单细胞转录组数据，组织学图像 | 3例SIONFH患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1095 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing and proteomics uncover SIRPα-CD47 immune checkpoint and glycolysis-driven immune evasion in cardiac myxoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1652645
PMID:40959090
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和蛋白质组学揭示心脏粘液瘤中SIRPα-CD47免疫检查点和糖酵解驱动的免疫逃逸机制 | 首次在心脏粘液瘤中发现ap-CAF细胞通过趋化因子招募免疫细胞形成免疫微环境，证实肿瘤细胞来源于间充质干细胞，并揭示糖酵解通路激活和SIRPα-CD47免疫检查点在免疫逃逸中的关键作用 | 研究样本量有限，作为罕见疾病研究可能缺乏大规模验证 | 探究心脏粘液瘤的肿瘤微环境组成、细胞生长机制和免疫逃逸策略 | 心脏粘液瘤组织样本 | 单细胞组学 | 心脏肿瘤 | 单细胞RNA测序,蛋白质组学,Western blot,类器官模型 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据,蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1096 | 2025-10-05 |
Spermidine potentiates anti-tumor immune responses and immunotherapy sensitivity in breast cancer
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.113235
PMID:40959110
|
研究论文 | 本研究探讨亚精胺通过调节CD8⁺ T细胞功能增强乳腺癌抗肿瘤免疫反应和免疫治疗敏感性的机制 | 首次通过整合多组学分析揭示肿瘤内亚精胺水平与CD8⁺ T细胞浸润和活化的正相关性，并证实外源性亚精胺补充可直接促进CD8⁺ T细胞活化 | 亚精胺在乳腺癌中的具体作用机制和治疗潜力仍需进一步明确 | 探究亚精胺在乳腺癌抗肿瘤免疫反应和免疫治疗敏感性中的作用 | 乳腺癌标本和CD8⁺ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 多组学分析、单细胞RNA测序、免疫组织化学、多重免疫组织化学 | NA | RNA测序数据、免疫组织化学图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1097 | 2025-10-05 |
Comprehensive analytical approach identifies a subtype of CTCF+ tumor-associated neutrophils associated with CRC development and as a biomarker for immunotherapy
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.111529
PMID:40959269
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析鉴定出结直肠癌中CTCF+肿瘤相关中性粒细胞亚型及其在肿瘤进展和免疫治疗抵抗中的作用机制 | 首次发现并表征了CTCF+肿瘤相关中性粒细胞亚型，揭示了其通过CTCF-MIEN1-IL-1β轴驱动肿瘤进展和免疫抑制的新机制 | NA | 探究结直肠癌中肿瘤相关中性粒细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的功能机制 | 结直肠癌患者样本中的肿瘤相关中性粒细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
| 1098 | 2025-10-05 |
Senescent Tumoral HLA-E Reshapes Microenvironment through Impairing NK Cell-Dendritic Cell-T Cell Network in Malignant Pleural Effusion from Lung Cancer
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.116499
PMID:40959273
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析恶性胸腔积液中衰老肿瘤细胞通过HLA-E抑制NK细胞功能并破坏免疫细胞网络的机制 | 首次揭示衰老肿瘤细胞通过HLA-E介导的免疫逃逸机制重塑恶性胸腔积液微环境 | 样本量有限，机制验证需要进一步实验 | 探究恶性胸腔积液中肿瘤细胞衰老对免疫微环境的影响机制 | 肺癌患者恶性胸腔积液样本中的癌细胞、NK细胞、树突状细胞和T细胞 | 单细胞生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,Luminex,ELISA,免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质定量数据,组织染色数据 | 心力衰竭和肺癌-MPE患者的样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1099 | 2025-10-05 |
Integration of multi-omics data reveals dysregulated RNA methylation in retinal pigment epithelium drives age-related macular degeneration
2025, International journal of ophthalmology
IF:1.9Q2
DOI:10.18240/ijo.2025.09.03
PMID:40881439
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据揭示了视网膜色素上皮细胞中RNA甲基化失调在年龄相关性黄斑变性发病机制中的作用 | 首次在单细胞水平系统分析AMD患者视网膜色素上皮细胞中RNA甲基化相关基因表达谱，并采用孟德尔随机化和机器学习方法验证因果关系 | 样本量相对有限，正常供体11例，AMD患者23例（单细胞数据）及31例正常供体和37例AMD患者（Bulk RNA数据） | 研究RNA甲基化在视网膜色素上皮细胞中对年龄相关性黄斑变性的作用机制 | 年龄相关性黄斑变性患者和正常对照的视网膜色素上皮细胞 | 生物信息学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞转录组测序, Bulk RNA测序, 全基因组关联研究, 多组学数量性状位点分析 | 机器学习模型 | 单细胞转录组数据, Bulk RNA测序数据, GWAS数据, QTL数据 | 单细胞数据：34个样本（11正常+23 AMD）；Bulk RNA数据：68个样本（31正常+37 AMD） | NA | 单细胞RNA-seq, Bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1100 | 2025-10-05 |
Learning antibody sequence constraints from allelic inclusion
2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.22.619760
PMID:39484623
|
研究论文 | 本研究利用等位基因包含现象学习抗体序列约束，通过单细胞测序数据识别异常序列并训练机器学习模型 | 首次大规模发现等位基因包含的幼稚B细胞，并利用这些细胞学习抗体序列约束，模型性能优于现有方法 | 研究主要关注轻链，对重链的研究仅限于小鼠模型 | 探索抗体序列的约束机制及其与抗体功能特性的关系 | 人类和小鼠的B细胞及其表达的抗体序列 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 机器学习模型 | 序列数据 | 数千个幼稚B细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |