单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1081	2025-07-20	Single-cell RNA sequencing in human atherosclerotic plaques reveals a novel smooth muscle cell subtype that possesses multi differentiation potential and shapes the microenvironment 2025-Jul-16, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01735-7 PMID:40668312	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类动脉粥样硬化斑块中一种新型平滑肌细胞亚型（SMC_C5），该亚型具有多向分化潜能并能塑造微环境	发现了一种新型平滑肌细胞亚型SMC_C5，揭示了其在动脉粥样硬化中的多向分化潜能及对微环境的影响	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分依赖于ApoE小鼠模型，可能需要更多人类样本验证	探究动脉粥样硬化斑块中平滑肌细胞亚型的异质性及其在疾病中的作用	人类冠状动脉斑块及ApoE小鼠主动脉斑块中的平滑肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, bulk RNA测序, pySCENIC	NA	RNA测序数据	整合了三个单细胞RNA测序数据集，并使用ApoE小鼠斑块进行验证
1082	2025-07-20	Rod-shaped microglia represent a morphologically distinct subpopulation of disease-associated microglia 2025-Jul-16, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03504-5 PMID:40671004	研究论文	本研究识别了一种在谷氨酰半胱氨酸连接酶（GCLC）缺陷小鼠中发现的杆状小胶质细胞亚群，并探讨了其形成机制及其在神经退行性疾病早期反应中的作用	首次识别并描述了杆状小胶质细胞这一形态独特的亚群，揭示了其与疾病相关小胶质细胞（DAM）相似的基因表达谱，并提出了uPA信号和磷酸化GAP43在其形态变化中的潜在作用	研究主要基于GCLC缺陷小鼠模型，结果在人类疾病中的适用性尚需验证	探究小胶质细胞形态变化与基因表达谱的关联及其在神经退行性疾病中的作用机制	谷氨酰半胱氨酸连接酶（GCLC）缺陷小鼠中的杆状小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）	GCLC-KO小鼠模型	基因表达数据、形态学数据	GCLC缺陷小鼠的皮质组织
1083	2025-07-20	Campylobacter jejuni regulates cell cycle progression to potentiate host cell invasion 2025-Jul-16, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02348-z PMID:40671100	研究论文	该研究探讨了空肠弯曲菌如何通过调节宿主细胞周期来增强其入侵能力	首次揭示了空肠弯曲菌通过调控宿主细胞周期G1期来促进其入侵和炎症反应的机制	研究仅使用INT 407细胞系，未在动物模型或原代细胞中验证	阐明空肠弯曲菌感染宿主细胞的分子机制	空肠弯曲菌感染的INT 407细胞	细胞微生物学	肠道感染	流式细胞术、scRNA-seq、RT-qPCR、ELISA	NA	基因表达数据、细胞周期数据、细胞图像	未明确说明细胞数量
1084	2025-07-20	Vagal Stimulation Rescues HFpEF by Altering Cardiac Resident Macrophage Function 2025-Jul-15, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326236 PMID:40662221	research paper	该研究探讨了经皮迷走神经刺激（tVNS）如何通过改变心脏驻留巨噬细胞功能来改善保留射血分数的心力衰竭（HFpEF）	揭示了tVNS通过减少表达Spp1的CCR2+心脏驻留巨噬细胞并诱导TLF+/MHC2+巨噬细胞表达Igf1来改善HFpEF的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究tVNS改善HFpEF的巨噬细胞介导机制	HFpEF小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、超声心动图	小鼠HFpEF模型	基因表达数据、细胞数量数据	控制组、HFpEF+假刺激组和HFpEF+tVNS组的小鼠
1085	2025-07-17	Unveiling new therapeutic targets for esophageal cancer treatment through single-cell transcriptomics: pH-responsive nanobubbles enhance the efficacy of 125I radiotherapy 2025-Jul-15, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03552-2 PMID:40665303	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1086	2025-07-20	Tumor-intrinsic ENO1 inhibition promotes antitumor immune response and facilitates the efficacy of anti-PD-L1 immunotherapy in bladder cancer 2025-Jul-15, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03464-x PMID:40665335	研究论文	该研究通过CRISPR cas9体内筛选和RNA测序技术，发现ENO1是调控抗PD-L1治疗效果的关键因子，并揭示了其在膀胱癌免疫逃逸中的作用机制	首次发现ENO1通过SPP1-ITGA4/ITGB1通路调控CD8 T细胞功能和肿瘤相关巨噬细胞极化，揭示了其在膀胱癌免疫逃逸中的关键作用	研究主要基于膀胱癌样本，其他癌症类型中的适用性需要进一步验证	探索膀胱癌免疫治疗抵抗机制并寻找新的治疗靶点	膀胱癌样本和肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	膀胱癌	CRISPR cas9筛选、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	临床膀胱癌样本（具体数量未明确说明）
1087	2025-07-20	Integration of scRNA-seq and ST-seq identifies hyperproliferative RRM2+ cells features and therapeutic targets in gastric cancer 2025-Jul-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06847-y PMID:40665360	研究论文	本研究通过整合scRNA-seq和ST-seq技术，揭示了胃癌中高增殖性RRM2+细胞的特征及其治疗靶点	首次整合单细胞RNA测序和空间转录组测序技术，揭示了RRM2+高增殖性细胞在胃癌发展中的关键作用，并筛选出新型治疗药物osalmid	样本量相对较小（40个scRNA-seq样本和6个ST样本），且主要基于细胞和动物实验，临床转化需要进一步验证	探究胃癌中高增殖性细胞的分子特征及其治疗靶点	人类胃组织样本（包括正常和肿瘤组织）	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, ST-seq	NA	RNA测序数据	40个scRNA-seq样本和6个ST样本
1088	2025-07-20	CD8+GZMK+CD27+CCR7+ T cells mobilized by splenic sympathetic nerves aggravate brain ischemia‒reperfusion injury via CCL19-positive endothelial cells 2025-Jul-14, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01311-9 PMID:40659887	研究论文	本研究探讨了脾交感神经活动通过动员特定T细胞亚群加剧脑缺血再灌注损伤的机制，并提出了一种新的治疗策略	发现了一种新型GZMK+CD8+CD27+CCR7+ T细胞亚群（Tsa细胞），并揭示了脾交感神经系统通过ADRB2信号和CCL19-CCR7趋化轴促进Tsa细胞动员和脑内浸润的机制	研究主要基于小鼠模型，在人体中的验证仍需进一步研究	阐明脾-脑-免疫轴在脑缺血再灌注损伤中的作用机制并探索潜在治疗策略	急性缺血性卒中患者和小鼠模型	神经免疫学	缺血性卒中	单细胞RNA测序、手术去神经术	tMCAO小鼠模型	基因表达数据、临床数据	急性缺血性卒中患者样本和tMCAO小鼠模型
1089	2025-07-20	SIRT7 facilitates ferroptosis resistance of melanocytes via activating the SMAD3-ATF3-GPX4 signaling pathway in vitiligo 2025-Jul-12, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.07.020 PMID:40659088	研究论文	本研究探讨了SIRT7通过激活SMAD3-ATF3-GPX4信号通路在白癜风中抵抗黑色素细胞铁死亡的机制	首次揭示了SIRT7在白癜风黑色素细胞铁死亡中的保护作用及其通过SMAD3-ATF3-GPX4信号通路的调控机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类患者中进行临床验证	探究SIRT7在白癜风黑色素细胞铁死亡中的调控机制	白癜风患者的皮损周围皮肤和健康供体的黑色素细胞，以及黑色素细胞特异性Sirt7敲除小鼠	分子病理学	白癜风	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，基因干预和生化检测	黑色素细胞特异性Sirt7敲除小鼠模型	蛋白质表达数据，RNA测序数据	未明确说明样本数量，涉及白癜风患者和健康供体的皮肤样本，以及小鼠模型
1090	2025-07-20	Origin, functions, heterogeneity and associated diseases of B-1 cells 2025-Jul-10, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110561 PMID:40651736	综述	本文综述了B-1细胞的起源、生物学功能及其在人类疾病中的作用，并讨论了单细胞测序分析在理解B-1细胞异质性方面的进展	讨论了B-1细胞在特定病理生理特征下的异质性，部分通过单细胞测序分析阐明	B-1细胞的起源尚未完全明确，存在两种假说	探讨B-1细胞的起源、功能及其在疾病中的作用	B-1细胞	免疫学	自身免疫疾病、感染性疾病、炎症性疾病	单细胞测序分析	NA	NA	NA
1091	2025-07-20	Etiological basis for chronic pain genetic variation in brain and dorsal root ganglia cell types 2025-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.07.03.25330832 PMID:40630576	research paper	该研究通过整合GWAS数据和单细胞RNA测序数据，探索了慢性疼痛的遗传变异在脑和背根神经节细胞类型中的病因学基础	揭示了慢性疼痛相关变异在谷氨酸能神经元中的富集，特别是在前额叶皮层、海马CA1-3和杏仁核中，以及在hDRG中的hPEP.TRPV1/A1.2神经元亚型中的显著富集	样本量相对较小（特别是慢性疼痛患者的DRG样本仅有12例），可能限制了结果的普适性	探索慢性疼痛的遗传变异在脑和背根神经节细胞类型中的病因学基础	人类脑组织、背根神经节（hDRG）以及小鼠背角组织	遗传学	慢性疼痛	GWAS, scRNA-seq, 单细胞染色质可及性分析	NA	基因组数据、RNA测序数据、染色质可及性数据	GWAS数据涉及1,235,695个样本，慢性疼痛患者的DRG样本12例
1092	2025-07-20	Hair Bundle Degeneration is a Key Contributor to Age-Related Vestibular Dysfunction 2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.02.636113 PMID:39975332	研究论文	该研究探讨了年龄相关前庭功能障碍(ARVD)的分子机制，重点关注了机械敏感毛细胞(HCs)的老化过程	揭示了前庭毛细胞老化过程中毛发束退化和机械转导功能下降是ARVD的关键因素，且这些变化先于毛细胞丢失	研究仅基于小鼠模型，人类样本数据缺乏	探究年龄相关前庭功能障碍的病因和分子机制	年轻和年老小鼠的前庭毛细胞	生物医学	老年性疾病	单细胞RNA-seq转录组分析、成像技术、电生理记录	NA	转录组数据、图像数据、电生理数据	年轻和年老小鼠的前庭毛细胞样本
1093	2025-07-20	Paradigms, innovations, and biological applications of RNA velocity: a comprehensive review 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf339 PMID:40668554	综述	本文全面回顾了RNA速度的范式、创新及其在生物学中的应用，为动态转录组研究提供了全面的指导	系统分类RNA速度模型为三类，并分析各类方法的原理、假设及计算策略，同时介绍超越经典剪接动力学的新兴扩展方法	讨论了模型假设、预处理程序和速度可视化方面的现有局限性	提供RNA速度领域的结构化概述，支持其在动态转录组研究中的有效实施	RNA速度模型及其在发育生物学和疾病微环境中的应用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Velocyto, scVelo	转录组数据	NA
1094	2025-07-20	Cardiac fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development in the murine heart via the collagen signaling pathway 2025-Jul-01, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.102305 PMID:40591485	研究论文	本研究通过RNA染色和单细胞mRNA测序技术，揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状动脉血管发育的机制	首次系统性地揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌细胞和血管内皮细胞发育的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类心脏发育中验证	探究心脏成纤维细胞在心肌和血管发育中的作用机制	小鼠心脏发育过程中的成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞	发育生物学	心血管疾病	RNA染色、单细胞mRNA测序(scRNA-seq)、白喉毒素A(DTA)消融系统	NA	基因表达数据	不同发育阶段的小鼠心脏组织
1095	2025-07-20	Multi-Omics Analysis and Real-World Data Validation of Serine Metabolism-Related Genes in Colorectal Cancer 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70721 PMID:40660426	研究论文	本研究通过多组学分析和真实世界数据验证，探讨了丝氨酸代谢相关基因在结直肠癌中的作用	首次在泛癌分析中系统研究了丝氨酸代谢相关基因的表达模式、遗传变异及其临床意义，并在结直肠癌中进行了深入验证	研究主要基于TCGA和GTEx数据库，可能受到样本来源和数量的限制	阐明丝氨酸代谢相关基因在结直肠癌中的表达模式及其临床意义	结直肠癌患者样本和泛癌分析数据	癌症代谢研究	结直肠癌	转录组学、基因组学、表观遗传学分析、单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	TCGA和GTEx数据库样本，以及两个独立的真实世界结直肠癌队列
1096	2025-07-20	Bayesian inference of fitness landscapes via tree-structured branching processes 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf193 PMID:40662787	research paper	本文介绍了一种名为FiTree的树状多类型分支过程模型，用于从单细胞肿瘤突变树中学习适应性景观	FiTree模型结合了上位适应性参数化和贝叶斯推断方案，能够统一癌症进展的概率图模型与群体遗传学	NA	研究肿瘤进化的适应性景观，为治疗策略提供依据	肿瘤的进化历史和突变效应	computational biology	acute myeloid leukemia	single-cell sequencing	tree-structured multi-type branching process	mutation trees	NA
1097	2025-07-20	Fast and scalable Wasserstein-1 neural optimal transport solver for single-cell perturbation prediction 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf253 PMID:40662778	research paper	提出了一种基于Wasserstein-1（W1）对偶公式的新型求解器，用于单细胞扰动预测，解决了Wasserstein-2（W2）最优传输求解器在优化过程中的复杂性和收敛速度慢的问题	利用W1对偶公式简化了优化问题，避免了耗时的min-max优化，并通过对抗训练恢复传输映射，实现了比W2 OT求解器更快的速度和更高的可扩展性	W1对偶求解仅揭示了传输方向，不直接提供唯一的最优传输映射，需要通过额外步骤恢复	开发一种快速且可扩展的Wasserstein-1神经最优传输求解器，用于单细胞扰动预测	单细胞数据分布	machine learning	NA	Wasserstein-1 (W1) neural optimal transport solver	NA	single-cell RNA-seq data	NA
1098	2025-07-20	Incorporating hierarchical information into multiple instance learning for patient phenotype prediction with single-cell RNA-sequencing data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf241 PMID:40662783	research paper	该论文提出了一种将层次信息整合到基于注意力的多实例学习框架中的新方法，用于单细胞RNA测序数据的患者表型预测	在基于注意力的多实例学习框架中整合了单细胞RNA测序数据的层次结构信息，提高了模型性能和可解释性	未明确提及具体局限性	改进患者表型预测方法，特别是利用单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据和患者表型数据	machine learning	NA	scRNA-seq	attention-based MIL	RNA测序数据	未明确提及具体样本量，但提到对有限样本量具有鲁棒性
1099	2025-07-20	Refinement strategies for Tangram for reliable single-cell to spatial mapping 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf194 PMID:40662790	research paper	本文改进了Tangram工具，以提高单细胞RNA测序与空间转录组数据整合的可靠性和一致性	通过基因子集训练、细胞过滤、正则化引入和邻域信息整合，提高了Tangram在细胞映射中的一致性	研究结果依赖于基因表达稀疏性，可能不适用于所有类型的数据集	提高单细胞RNA测序与空间转录组数据整合工具的可靠性和一致性	Tangram工具及其在单细胞RNA测序与空间转录组数据整合中的应用	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学	Tangram	基因表达数据	真实和模拟的小鼠数据集
1100	2025-07-20	Predicting fine-grained cell types from histology images through cross-modal learning in spatial transcriptomics 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf201 PMID:40662792	research paper	提出了一种跨模态统一表示学习框架（CUCA），用于从组织学图像中识别细粒度细胞类型	利用跨模态嵌入对齐范式，协调形态学和分子模态的嵌入空间，弥合图像模式与分子表达特征之间的差距	可能忽略了基因表达数据中的关键分子特征	通过组织学图像预测细粒度细胞类型，以深入了解肿瘤生物学	组织学图像和空间转录组学数据	digital pathology	tumor	spatial transcriptomics	cross-modal unified representation learning framework (CUCA)	image, gene expression data	三个数据集