单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1081	2025-05-31	Identification of key genes and diagnostic biomarkers for peripheral atherosclerosis: A multi-omics approach 2025-May-23, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042437 PMID:40419934	research paper	本研究通过多组学方法识别外周动脉粥样硬化的关键基因和诊断生物标志物	整合基因表达、单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，发现6个新的PAS相关基因并建立高精度的诊断模型	研究主要基于公开数据集，需要进一步实验验证	识别外周动脉粥样硬化的分子生物标志物并阐明其进展机制	外周动脉粥样硬化患者	生物信息学	心血管疾病	基因表达分析、单细胞RNA测序、孟德尔随机化	诊断列线图	基因表达数据	2个GEO数据集(GSE28829, GSE100927)
1082	2025-05-31	PerturbSeq.db: An Integrated Repository for Comprehensive Analysis of Single-cell Perturbation Data 2025-May-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169209 PMID:40381983	research paper	介绍了一个名为PerturbSeq.db的综合数据库，用于整合和分析单细胞扰动数据	提供了一个统一处理和整合多种来源单细胞扰动数据的数据库，并配有交互式用户界面	未提及具体的技术或分析方法的局限性	解决单细胞扰动研究中的数据可访问性和整合问题	单细胞扰动数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	189个数据集，来自77项研究，包括165个scRNA-seq和24个scATAC-seq数据集，涵盖约50种不同的细胞系或组织
1083	2025-05-31	Circadian clock-gated cell renewal controls time-dependent changes in taste sensitivity 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421421122 PMID:40339128	研究论文	研究探讨了小鼠舌上皮细胞类型随昼夜节律的变化及其对味觉敏感性的影响	揭示了昼夜节律调控的细胞周期进程如何通过新生细胞的供应影响味觉细胞群的时间依赖性变化	研究主要基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究昼夜节律如何调控舌上皮细胞更新及其对味觉敏感性的影响	小鼠舌上皮细胞，特别是II型味觉细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠舌上皮细胞
1084	2025-05-31	AI-Driven Analysis Unveils Functional Dynamics of Müller Cells in Retinal Autoimmune Inflammation 2025-May-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640907 PMID:40093069	研究论文	利用AI驱动的单细胞RNA-seq分析揭示视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能动态	首次在Aire-/-小鼠模型中识别出9个Müller细胞亚群和5个T细胞亚群，并发现激活的Müller细胞表现出巨噬细胞样表型	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能特性	Aire-/-小鼠视网膜中的Müller细胞和T细胞	数字病理学	视网膜自身免疫炎症	scRNA-seq, AI分析流程SCassist	NA	单细胞转录组数据	Aire-/-小鼠视网膜scRNA-seq数据集
1085	2025-05-31	Identification of Prognostic Biomarkers of Ovarian High-Grade Serous Carcinoma: A Preliminary Study Using Spatial Transcriptome Analysis and Multispectral Imaging 2025-05-08, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14100681 PMID:40422184	研究论文	本研究利用空间转录组分析和多光谱成像技术，识别与高级别浆液性卵巢癌（HGSC）疾病进展相关的生物标志物	首次结合空间转录组学（GeoMx平台）和多光谱免疫细胞免疫荧光技术，全面分析HGSC的肿瘤微环境，发现与无复发相关的空间生物标志物	初步研究，样本量可能有限，需要更大规模的验证	识别可用于预测HGSC复发的生物标志物	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）患者	数字病理学	卵巢癌	空间转录组学（GeoMx平台）、多光谱免疫细胞免疫荧光（IF）	NA	空间转录组数据、多光谱图像数据	未明确提及具体样本数量
1086	2025-05-31	m2ST: dual multi-scale graph clustering for spatially resolved transcriptomics 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf221 PMID:40272889	research paper	提出了一种名为m2ST的双重多尺度图聚类方法，用于空间转录组数据的空间聚类分析	引入了多尺度掩码图自编码器提取不同尺度的表示，并采用随机掩码机制和缩放余弦误差作为损失函数，同时设计了专门的多尺度聚类框架整合尺度共性和特性信息	NA	提高空间转录组数据空间聚类的准确性和鲁棒性	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组测序	图神经网络(GNN), 自编码器	空间转录组数据	多个空间转录组数据集(具体数量未提及)
1087	2025-05-31	A 3D Self-Assembly Platform Integrating Decellularized Matrix Recapitulates In Vivo Tumor Phenotypes and Heterogeneity 2025-May-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1954 PMID:39888317	research paper	开发了一种无水凝胶的自组装平台，用于建立富含细胞外基质（ECM）的3D 'MatriSpheres'，以解析癌细胞与ECM的相互作用	提出了一种无水凝胶的自组装平台，能够模拟体内肿瘤表型和异质性，并通过单细胞RNA测序验证了其优于传统ECM贫乏球体的相关性	未提及具体样本量的限制或实验的局限性	研究肿瘤微环境中细胞外基质（ECM）对肿瘤生物学的影响	小鼠和人类结直肠癌细胞的3D培养模型	digital pathology	colorectal cancer	单细胞RNA测序	3D细胞培养模型	RNA测序数据	NA
1088	2025-05-31	Improving Spatial Transcriptomics with Membrane-Based Boundary Definition and Enhanced Single-Cell Resolution 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401056 PMID:39871658	research paper	提出了一种基于细胞膜荧光标记的新方法，用于提高空间转录组学中细胞边界的定义精度和单细胞分辨率	使用遗传编码的荧光蛋白标记细胞膜，精确索引切片中的测序点和细胞内转录本，相比基于细胞核的方法显著提高了基因捕获数量	NA	改进空间转录组学技术，提高细胞边界定义精度和单细胞分辨率	小鼠和蝾螈的肝脏、脑和肠道组织	空间转录组学	NA	遗传编码荧光蛋白标记、空间转录组学	NA	基因表达数据、荧光图像	小鼠和蝾螈的肝脏、脑和肠道组织样本
1089	2025-05-31	Exploring the co-morbid relationship between Alzheimer's disease and lung cancer in the 5xFAD transgenic mouse model 2025-May, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.12527 PMID:39930922	研究论文	本研究探讨了阿尔茨海默病（AD）与肺癌在5xFAD转基因小鼠模型中的共病关系	揭示了AD通过铁稳态失衡和氧化应激增加抑制肺癌进展的机制，并发现CD8+ T细胞和自然杀伤细胞的浸润增强是抑制肺癌生长的关键因素	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	阐明AD抑制肺癌进展的精确机制	5xFAD转基因小鼠和野生型小鼠	数字病理学	阿尔茨海默病和肺癌	单细胞测序和分子病理学分析	5xFAD转基因小鼠模型	病理图像和分子数据	未明确说明具体数量，但涉及5xFAD转基因小鼠和野生型小鼠
1090	2025-05-31	Transcriptional Heterogeneity and Differential Response of Rod Photoreceptor Pathway Uncovered by Single-Cell RNA Sequencing of the Aging Mouse Retina 2025-May, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70001 PMID:39954235	research paper	通过单细胞RNA测序技术研究衰老小鼠视网膜中杆状光感受器通路的转录异质性和差异反应	揭示了视网膜中不同细胞类型在衰老过程中的转录失调动态，并识别了受影响的通路，特别是发现了杆状光感受器和双极细胞的转录异质性亚群	研究仅基于小鼠模型，结果在人类视网膜衰老中的适用性需要进一步验证	探究视网膜衰老的分子机制，寻找与衰老相关视力障碍的生物标志物	小鼠视网膜	生物医学	老年性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	3、12、18和24个月大的小鼠视网膜
1091	2025-05-31	Single Cell Inference of Cancer Drug Response Using Pathway-Based Transformer Network 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202400991 PMID:39962810	研究论文	本文提出了一种基于Transformer的深度学习模型scPDS，用于从单细胞RNA测序数据预测癌症药物敏感性	通过整合大量细胞系数据集的批量RNA测序数据，scPDS提高了单细胞RNA测序分析的准确性和计算效率	NA	预测癌症药物反应以优化个性化治疗方案	乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Transformer	RNA测序数据	NA
1092	2025-05-31	Decoding functional hematopoietic progenitor cells in the adult human lung 2025-May-01, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027884 PMID:40014797	research paper	该研究揭示了成人肺中存在功能性造血前体细胞，这些细胞具有增殖和移植能力，并且其基因特征与骨髓中的造血前体细胞不同	首次在成人肺中发现功能性造血前体细胞，并证明其具有独特的基因特征和造血支持潜力	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证仍需进一步研究	探索成人肺中是否存在功能性造血前体细胞及其特征	成人肺中的造血前体细胞	NA	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	人类肺组织和血液样本
1093	2025-05-31	STAT3-orchestrated gene expression signatures and tumor microenvironment in esophageal squamous cell carcinoma uncovered by single-cell sequencing 2025-05, Biochimica et biophysica acta. General subjects DOI:10.1016/j.bbagen.2025.130791 PMID:40068710	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）中STAT3的核心调控作用及其与LHPP的负调控关系	结合bulk-seq和scRNA-seq数据，首次揭示了STAT3在ESCC中的核心调控作用及其与LHPP的负调控关系	研究样本量有限，未涉及大规模临床验证	探索ESCC的分子机制和细胞动态变化	食管鳞状细胞癌（ESCC）的细胞类型和转录组变化	digital pathology	esophageal squamous cell carcinoma	bulk-RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	临床样本组织和ESCC细胞系
1094	2025-05-31	Histological signatures map anti-fibrotic factors in mouse and human lungs 2025-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08727-3 PMID:40108456	research paper	该研究通过分析小鼠和人类肺部的组织学特征，绘制了抗纤维化因子的图谱	通过高维组织学纤维特征和单细胞测序技术，鉴定了与纤维化进展和消退相关的成纤维细胞亚型及其生物分子环境	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全代表人类纤维化的复杂性	探索肺纤维化过程中促纤维化和抗纤维化因子的作用机制	小鼠和人类肺部组织	digital pathology	lung cancer	单细胞测序, Visium空间分析	NA	组织学图像, 转录组数据	小鼠和人类肺部组织样本（具体数量未提及）
1095	2025-05-31	Single-cell sequencing exposes mast cell-derived CD52's anti-tumor action in breast cancer through the IL-6/JAK/STAT3 axis 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142879 PMID:40194575	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了肥大细胞来源的CD52通过IL-6/JAK/STAT3轴在乳腺癌中的抗肿瘤作用	发现肥大细胞相关基因（特别是CD52）在三阴性乳腺癌预后中的关键作用，并证实CD52通过IL-6/JAK/STAT3信号通路发挥抗肿瘤效应	未明确说明样本量大小及实验设计的详细限制	探索三阴性乳腺癌（TNBC）患者对免疫疗法反应不佳的预后因素及潜在治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）患者及乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1096	2025-05-31	CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data 2025-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02148-8 PMID:40195561	research paper	本文介绍了一种名为CHOIR的新方法，用于从单细胞数据中检测细胞类型和状态，并通过统计推断测试优化聚类结果	CHOIR通过随机森林分类器和置换测试在层次聚类树上应用统计方法，显著提高了细胞类型和状态检测的准确性	虽然CHOIR在多种单细胞数据类型上表现良好，但未明确提及在特定复杂细胞群体中的适用性限制	解决单细胞数据聚类中的过聚类和欠聚类问题，提高细胞类型和状态识别的准确性	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序、空间转录组和多组学数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、ATAC-seq、空间转录组、多组学分析	随机森林	单细胞数据	230个模拟数据集和5个真实数据集
1097	2025-05-31	Deep scSTAR: leveraging deep learning for the extraction and enhancement of phenotype-associated features from single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics data 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf160 PMID:40315434	研究论文	介绍了一种基于深度学习的工具Deep scSTAR（DscSTAR），用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中提取和增强表型相关特征	开发了DscSTAR工具，能够识别与疾病表型相关的细胞特征，如HSP+ FKBP4+ T细胞，并揭示其在免疫功能障碍和免疫检查点阻断抵抗中的作用	未明确提及具体局限性	提高从单细胞RNA测序和空间转录组数据中提取表型相关特征的能力，以增进对疾病机制和治疗抵抗的理解	单细胞RNA测序和空间转录组数据	生物信息学	非小细胞肺癌、肾细胞癌、肝细胞癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	深度学习	基因表达数据	NA
1098	2025-05-31	An overview of computational methods in single-cell transcriptomic cell type annotation 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf207 PMID:40347979	综述	本文系统回顾了基于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释计算方法	全面比较和分类了多种细胞类型注释方法，并探讨了深度学习技术在解决数据不平衡和识别新细胞类型中的潜力	未提及具体方法的性能比较或实验验证结果	总结和比较单细胞转录组数据中的细胞类型注释方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	深度学习	基因表达数据	NA
1099	2025-05-31	Decoupled GNNs based on multi-view contrastive learning for scRNA-seq data clustering 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf198 PMID:40366859	研究论文	提出了一种基于多视图对比学习的解耦图神经网络方法（scDeGNN），用于单细胞RNA测序数据的聚类	通过解耦图神经网络和多视图对比学习，解决了传统方法在处理高维复杂数据时计算复杂度高的问题	未提及具体的数据规模限制或计算资源需求	提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	解耦图神经网络（GNN）、多层感知机（MLP）	基因表达数据	九个来自不同生物体和组织的真实scRNA-seq数据集
1100	2025-05-31	Transcriptomic signatures of host immune responses in aphthous ulcers, the earliest lesions of Crohn's disease, suggest that bacterial uptake, rather than global dysbiosis, is the initiating factor 2025-05, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.70031 PMID:40386941	研究论文	该研究通过转录组分析揭示了克罗恩病最早病变——阿弗他溃疡中的宿主免疫反应特征，提出细菌摄取而非整体菌群失调是疾病起始因素	首次在克罗恩病最早病变阶段发现特定免疫反应特征，挑战了传统菌群失调致病理论	样本来源局限于特定病变部位，未涵盖疾病全病程	探究克罗恩病最早病变阶段的发病机制	克罗恩病患者的阿弗他溃疡组织、派尔集合淋巴结及正常黏膜	转录组学	克罗恩病	total RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	患者与对照组的黏膜组织样本（具体数量未明确说明）