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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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1081 | 2025-10-05 |
Spatiotemporal Adaptations-Driven Dynamic Thra Activation Simulates a Skin Wound Healing Response
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202506651
PMID:40558382
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了甲状腺激素受体Thra在皮肤伤口愈合过程中协调表皮和真皮再生的时空调控机制 | 首次发现Thra通过两种不同但协调的机制调控伤口愈合的时空程序:表皮阶段通过GGCT激活谷胱甘肽代谢促进角质形成,真皮阶段通过SAA3-FN1相互作用建立血管生成微环境 | 研究主要基于小鼠模型和皮肤类器官,人类临床相关性需要进一步验证 | 阐明皮肤伤口愈合过程中分子协调的时空调控机制 | 小鼠甲状腺功能亢进/减退模型、伤口模型、皮肤类器官模型 | 空间转录组学 | 皮肤伤口愈合 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 体内/体外分析 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | 多种小鼠模型和皮肤类器官 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA测序 | NA | NA |
1082 | 2025-10-05 |
NOX2 Contributes to High-Frequency Outer Hair Cell Vulnerability in the Cochlea
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202408830
PMID:40569247
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现NOX2是导致耳蜗高频区域外毛细胞易损性的关键基因 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定NOX2作为耳蜗顶转和底转氧化损伤相关差异表达基因,并揭示其在高频外毛细胞易损性中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究耳蜗高频区域外毛细胞易损性的分子机制 | 小鼠耳蜗外毛细胞 | 听觉神经生物学 | 感音神经性听力损失 | 单细胞RNA测序,基因敲除,药物干预 | NA | 基因表达数据,细胞计数数据 | 小鼠耳蜗组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1083 | 2025-10-05 |
Cathepsin K Aggravates Pulmonary Fibrosis Through Promoting Fibroblast Glutamine Metabolism and Collagen Synthesis
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413017
PMID:40605618
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研究论文 | 本研究揭示了组织蛋白酶K通过促进成纤维细胞谷氨酰胺代谢和胶原合成加重肺纤维化的新机制 | 首次发现CTSK通过SNX9介导的内吞作用参与TGF-β1诱导的SMAD3活化,进而上调GLS1促进谷氨酰胺代谢和胶原合成 | 研究主要基于小鼠模型,临床相关性仍需进一步验证 | 探究肺纤维化中成纤维细胞异常活化的调控机制 | 肺纤维化小鼠模型和患者样本 | 分子病理学 | 肺纤维化 | 蛋白质组学,单细胞测序 | NA | 蛋白质组数据,单细胞测序数据 | 肺纤维化小鼠模型和患者血清样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1084 | 2025-10-05 |
Response to Antiangiogenic Therapy Is Associated with AIMP Protein Family Expression in Glioblastoma and Lower-Grade Gliomas
2025-Sep-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0170
PMID:40874786
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研究论文 | 本研究探讨AIMP蛋白家族在胶质瘤血管生成中的作用及其作为抗血管生成治疗反应预测生物标志物的价值 | 首次揭示AIMP蛋白家族与胶质瘤血管生成的关联,并发现AIMP2可作为抗血管生成治疗反应的预测生物标志物 | 回顾性研究设计,需要前瞻性验证 | 研究AIMP蛋白家族在胶质瘤血管生成中的作用及其治疗预测价值 | 胶质瘤患者样本,包括胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞转录组测序,多组学分析,甲基化分析 | Cox比例风险模型,Kaplan-Meier分析 | 转录组数据,表观遗传数据,蛋白质组数据 | 来自TCGA、CGGA、REMBRANDT、Gravendeel、BELOB和REGOMA试验的多个队列数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,转录组测序 | NA | NA |
1085 | 2025-10-05 |
Identifying Myeloid-Derived Suppressor Cells and Lipocalin-2 as Therapeutic Targets for Intervertebral Disc Degeneration
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202500505
PMID:40570207
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和GWAS整合分析,鉴定髓源性抑制细胞和脂质运载蛋白-2作为椎间盘退变的治疗靶点 | 首次将单细胞疾病相关评分方法应用于椎间盘退变研究,发现LCN2髓源性抑制细胞在早期退变中的免疫保护作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证尚不充分 | 探索椎间盘退变的免疫细胞机制并寻找治疗靶点 | 椎间盘退变过程中的免疫细胞亚群 | 单细胞组学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析 | scDRS | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1086 | 2025-10-05 |
Region-specific gene expression and sex inform about disease susceptibility in the aorta
2025-Sep, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00692-4
PMID:40841834
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析不同主动脉区域的基因表达差异,揭示区域特异性和性别特异性对血管疾病易感性的影响 | 首次系统比较主动脉不同区域(颈动脉、主动脉弓、胸主动脉和腹主动脉)的单细胞转录组特征,并整合GWAS和eQTL数据识别疾病候选基因 | 研究样本数量有限,且主要基于小鼠模型,人类样本验证相对较少 | 探索主动脉区域特异性基因表达与性别差异对血管疾病易感性的影响机制 | 小鼠和人类主动脉组织,重点关注血管平滑肌细胞 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1087 | 2025-10-05 |
Tumour Single-Cell Bioinformatics: From Immune Profiling to Molecular Dynamics
2025-Sep, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70783
PMID:40954554
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综述 | 系统总结单细胞RNA测序在肿瘤微环境研究中的应用进展及其对精准肿瘤学的意义 | 通过单细胞RNA测序揭示肿瘤微环境的细胞异质性和动态功能状态,整合临床数据推动精准医疗 | NA | 解析肿瘤微环境的细胞组成和分子动态,推动精准癌症治疗策略发展 | 肿瘤微环境中的免疫细胞、癌症相关成纤维细胞和细胞外基质成分 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1088 | 2025-10-05 |
Genetic associations between serotonin receptor 1F (HTR1F) regulatory variation and sleep apnoea in non-obese individuals: insights from GWAS and eQTL analyses
2025-Sep, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.01778-2024
PMID:40571323
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研究论文 | 通过GWAS和eQTL分析发现HTR1F基因调控变异与非肥胖个体睡眠呼吸暂停的遗传关联 | 首次在非肥胖人群中识别出HTR1F基因座与睡眠呼吸暂停的显著关联,并通过多组织表达和单细胞测序证实其在神经元中的调控作用 | 研究主要基于芬兰和爱沙尼亚人群,可能限制结果的普适性 | 阐明非肥胖个体睡眠呼吸暂停的遗传风险因素 | 非肥胖个体(BMI<30 kg·m⁻²) | 遗传学 | 睡眠呼吸暂停 | GWAS, eQTL分析, 单细胞测序, 表型全基因组关联研究 | NA | 基因组数据, 表达数据, 临床诊断数据 | 芬兰队列:20,413例患者和443,463例对照;爱沙尼亚生物样本库验证队列 | NA | NA | NA | NA |
1089 | 2025-10-05 |
Genomic and the tumor microenvironment heterogeneity in multifocal hepatocellular carcinoma
2025-Sep-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001191
PMID:40833995
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序解析多灶性肝癌中基因组和肿瘤微环境的异质性 | 首次在单细胞分辨率下整合全外显子组测序和单细胞RNA测序,系统比较肝内转移和多中心发生型肝癌的肿瘤微环境差异 | 样本量相对较小(7名患者的23个样本),需要在更大队列中验证 | 阐明多灶性肝癌中肿瘤微环境的异质性特征 | 多灶性肝细胞癌患者样本 | 癌症基因组学 | 肝细胞癌 | 全外显子组测序, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 图像数据 | 7名患者的23个样本,外加验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 全外显子组测序 | NA | NA |
1090 | 2025-10-05 |
Distinct immune microenvironment of venous tumor thrombus in hepatocellular carcinoma at single-cell resolution
2025-Sep-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001182
PMID:40833994
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研究论文 | 通过单细胞技术揭示肝细胞癌中门静脉癌栓的免疫微环境特征 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示PVTT中C5aR+ TAMs的免疫抑制功能及其临床意义 | 样本量有限,机制研究主要基于细胞系实验 | 探索肝细胞癌门静脉癌栓的免疫微环境特征 | 肝细胞癌患者的门静脉癌栓、原发肿瘤和血液样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 飞行时间质谱流式技术,单细胞RNA测序,多重荧光免疫组化染色 | NA | 单细胞数据,蛋白质表达数据,基因表达数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式技术 | NA | NA |
1091 | 2025-10-05 |
Cancer subclone detection based on DNA copy number in single-cell and spatial omic sequencing data
2025-Sep, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02773-5
PMID:40954304
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研究论文 | 提出了一种基于DNA拷贝数的癌症亚克隆检测方法Clonalscope,适用于空间转录组和单细胞测序数据 | 采用嵌套中式餐厅过程识别肿瘤亚克隆,可整合匹配的bulk DNA测序数据提高检测精度 | NA | 检测癌症亚克隆以解析肿瘤异质性和进化过程 | 胃肠道肿瘤及其他原发和转移性肿瘤 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,空间转录组学 | 嵌套中式餐厅过程 | 单细胞测序数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,空间转录组学 | NA | NA |
1092 | 2025-10-05 |
Targeting the hsa_circ_0000253/miR-7/COL5A2 Axis: Unveiling CCT-018159's Role in Halting Osteosarcoma Progression
2025-Sep, Journal of biochemical and molecular toxicology
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jbt.70464
PMID:40970417
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研究论文 | 本研究揭示了hsa_circ_0000253/miR-7/COL5A2轴在骨肉瘤进展中的调控作用及CCT-018159的治疗潜力 | 首次发现hsa_circ_0000253/miR-7/COL5A2调控轴在骨肉瘤恶性进展中的关键作用,并通过单细胞转录组学鉴定高风险细胞亚群 | 需要进一步的体内验证和临床探索 | 探究骨肉瘤进展的分子机制及潜在治疗策略 | 骨肉瘤细胞 | 癌症生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学、分子对接、ceRNA网络分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1093 | 2025-10-05 |
Exploring the Oral Microbiome: Understanding its Impact on the Development of Oral Squamous Cell Carcinoma
2025-Aug-16, Current microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00284-025-04377-w
PMID:40819017
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综述 | 本文探讨口腔微生物组与口腔鳞状细胞癌之间的相互作用及其在癌症发生发展中的作用 | 整合微生物学与肿瘤学视角,强调微生物组在OSCC诊断和治疗中的潜在应用价值 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据和研究 | 分析口腔微生物组对口腔鳞状细胞癌发展的影响机制 | 口腔微生物组与口腔鳞状细胞癌的相互作用 | 微生物组学 | 口腔鳞状细胞癌 | 下一代测序,单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 微生物基因组分析 | NA | NA |
1094 | 2025-10-05 |
Comparing Xenium 5K and Visium HD data from identical tissue slide at a pathological perspective
2025-Jul-26, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03479-4
PMID:40713820
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研究论文 | 从病理学角度比较Xenium 5K和Visium HD在相同组织切片上的空间转录组数据 | 首次使用相同组织切片生成的公开肺数据集对两种高分辨率空间转录组技术进行真实技术比较,并结合详尽的病理学注释 | 研究基于公开数据集,可能受限于特定组织类型;主要关注肺组织,在其他组织类型中的适用性需要进一步验证 | 比较Visium HD和Xenium-5K两种空间转录组技术的性能差异,为不同研究场景选择合适技术提供病理学依据 | 肺组织空间转录组数据 | 空间转录组学 | 肺癌 | 空间转录组技术 | 聚类算法 | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium 5K, Visium HD | Visium HD(2µm分辨率,转录组范围覆盖),Xenium-5K(亚微米分辨率,靶向成像检测技术) |
1095 | 2025-10-05 |
MuST: multiple-modality structure transformation for single-cell spatial transcriptomics
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf405
PMID:40874816
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研究论文 | 提出一种名为MuST的多模态结构转换方法,用于解决单细胞空间转录组学中的模态偏差问题 | 通过拓扑发现策略和拓扑融合损失函数学习内在局部结构,协调不同模态间的不一致性 | NA | 减轻空间转录组数据中模态偏差的不利影响,满足各种下游分析任务需求 | 单细胞空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习 | 多模态数据(转录组、空间、形态学) | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
1096 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptome of retinal myeloid cells in response to transplantation of human neurons reveals reversibility of microglial activation
2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.654622
PMID:40475635
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了视网膜移植后人源神经元引发的髓系细胞激活机制及其可逆性 | 首次在视网膜移植模型中揭示微胶质细胞激活的双向可逆轨迹 | 仅观察移植后3天的早期反应,缺乏长期动态监测数据 | 探究视网膜移植后宿主髓系细胞的激活机制和异质性 | 小鼠视网膜中的髓系细胞(微胶质细胞/巨噬细胞) | 单细胞转录组学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序,RNA Velocity分析,流式细胞分选,免疫荧光染色 | 轨迹分析 | 单细胞转录组数据,图像数据 | 多个视网膜样本,每个样本最多10,000个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics Chromium单细胞RNA测序平台 |
1097 | 2025-10-05 |
Characterisation of macrophages in healthy and diseased livers in mice: identification of necrotic lesion-associated macrophages
2025, eGastroenterology
DOI:10.1136/egastro-2025-100189
PMID:40212045
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研究论文 | 本研究通过多重免疫荧光染色和单细胞RNA测序技术,系统表征了小鼠健康与疾病肝脏中巨噬细胞的异质性和空间分布 | 首次识别并表征了坏死病灶相关巨噬细胞亚群,发现其表达促进死亡细胞碎片清除的特定蛋白 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探究肝脏巨噬细胞在健康和疾病状态下的异质性、空间分布及功能 | 小鼠肝脏组织中的库普弗细胞和单核来源巨噬细胞 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 顺序多重免疫荧光染色, 单细胞RNA测序, 图像分析 | NA | 图像, 基因表达数据 | 小鼠肝脏样本(健康和损伤模型) | NA | 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色 | NA | NA |
1098 | 2025-10-05 |
New insights into liver injury and regeneration from single-cell transcriptomics
2025, eGastroenterology
DOI:10.1136/egastro-2025-100202
PMID:40735115
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综述 | 本文总结了单细胞转录组学在急性肝损伤和再生研究中的最新进展与应用 | 整合单细胞RNA测序与空间转录组学技术,揭示肝损伤修复界面中的胎儿样和迁移性肝细胞、不同活化状态的肝星状细胞以及区域特异性内皮细胞反应 | NA | 探讨单细胞转录组学在急性肝损伤和再生研究中的应用与进展 | 肝细胞、肝星状细胞、内皮细胞、巨噬细胞等肝脏细胞 | 单细胞组学 | 急性肝损伤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
1099 | 2025-10-05 |
Role of endothelial cell markers in prognosis of hepatocellular carcinoma: Integrating bioinformatics analysis and experimental validation
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0331580
PMID:40956822
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学分析和实验验证,识别了肝细胞癌中内皮细胞特异性标志物并构建了预后多基因特征 | 首次在单细胞水平系统研究肝细胞癌中内皮细胞的作用,并开发了基于内皮细胞标志物的预后预测模型 | 样本量相对有限,需要更多独立队列验证模型的普适性 | 识别肝细胞癌中内皮细胞特异性标志物并构建预后预测模型 | 肝细胞癌患者样本和内皮细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,Lasso-Cox回归分析,免疫组织化学,Western blotting | Lasso-Cox回归模型 | 单细胞转录组数据,临床预后数据,蛋白质表达数据 | 12个肝细胞癌样本用于scRNA-seq分析,TCGA和ICGC队列用于验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1100 | 2025-10-05 |
Molecular mechanism of LncRNA MALAT1 in regulating hepatocellular carcinoma progression via the miR-383-5p/PRKAG1 axis and its role in the tumor immune microenvironment
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1613596
PMID:40958861
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研究论文 | 本研究揭示lncRNA MALAT1通过miR-383-5p/PRKAG1轴调控肝细胞癌进展的分子机制及其在肿瘤免疫微环境中的作用 | 首次系统阐明MALAT1通过竞争性结合miR-383-5p上调PRKAG1表达的新机制,并发现PRKAG1通过调控免疫细胞浸润和细胞间通讯促进肝癌进展 | NA | 探究MALAT1-PRKAG1轴在肝细胞癌发病机制中的作用及临床意义 | 肝细胞癌组织和细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 多组学分析、生物信息学分析、单细胞RNA测序、CIBERSORT分析、GO/KEGG富集分析 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |