单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1081	2025-07-02	Single-cell transcriptomics reveals Sox6 positive interneurons enriched in the prefrontal cortex of female mice vulnerable to chronic social stress 2025-Jun-28, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03088-9 PMID:40581656	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术揭示了雌性小鼠前额叶皮层中Sox6阳性中间神经元在慢性社交压力易感性中的重要作用	首次发现Sox6中间神经元在雌性小鼠慢性社交压力易感性中的富集现象及其与抑郁样行为的关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究女性抑郁症的细胞和分子机制	雌性小鼠前额叶皮层的细胞类型	神经科学	抑郁症	单核RNA测序(snRNA-Seq)，加权基因共表达网络分析(WGCNA)	慢性社交挫败压力(CSDS)小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，使用雌性小鼠前额叶皮层细胞
1082	2025-07-02	Machine learning-guided single-cell multiomics uncovers GDF15-driven immunosuppressive niches in NSCLC: A translational framework for overcoming anti-PD-1 resistance 2025-Jun-28, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102459 PMID:40582068	研究论文	通过机器学习引导的单细胞多组学分析，揭示了非小细胞肺癌中GDF15驱动的免疫抑制微环境，并提出了克服抗PD-1耐药的转化框架	开发了一种加速斜向随机生存森林模型，在预测准确性上优于传统的Cox回归和深度学习方法，并首次将GDF15定位为预测ICB耐药的生物标志物	研究样本量相对较小（n=156），且功能研究仅限于Lewis肺癌细胞，未涵盖其他NSCLC亚型	识别免疫检查点阻断（ICB）疗效的决定因素，并开发预测ICB耐药的生物标志物	非小细胞肺癌（NSCLC）患者样本和Lewis肺癌细胞	机器学习	肺癌	单细胞RNA测序、非负矩阵分解	Accelerated Oblique Random Survival Forest	多组学数据、单细胞RNA测序数据	156例NSCLC患者样本
1083	2025-07-02	From roots to nodules: regulation of organogenesis in nitrogen-fixing symbiosis 2025-Jun-28, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2025.102755 PMID:40582138	review	本文综述了固氮共生中器官发生的调控机制，特别是豆科植物根瘤的发育过程	探讨了根瘤与侧根在发育过程中的相似性与进化分歧，并介绍了单细胞和空间转录组学等新兴工具的应用	主要关注豆科植物（Papilionoideae 分支），可能不适用于其他固氮植物	理解固氮共生中器官发生的分子和细胞机制	豆科植物的根瘤和侧根	植物生物学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学、先进成像技术、系统基因组学	NA	基因表达数据、成像数据	NA
1084	2025-07-02	Multipotent lineage potential in B cell acute lymphoblastic leukemia is associated with distinct cellular origins and clinical features 2025-Jun-27, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00987-2 PMID:40579588	研究论文	本研究通过整合89个B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）样本的单细胞转录组测序（scRNA-seq）数据与正常人类B细胞发育的单细胞图谱，探讨了B-ALL的发育起源及其与谱系可塑性和治疗反应的关系	揭示了B-ALL亚型中多能祖细胞的富集及其与谱系可塑性的关联，并开发了一个与较差生存率独立相关的'多能性评分'	研究样本量相对较小（89个B-ALL样本），且未涉及所有已知的B-ALL亚型	探讨B-ALL的发育起源及其与谱系可塑性和治疗反应的关系	B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）	单细胞转录组学	B细胞急性淋巴细胞白血病	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	89个B-ALL样本
1085	2025-07-02	Enhancing ovarian cancer prognosis with an artificial intelligence-derived model: Multi-omics integration and therapeutic implications 2025-Jun-27, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102439 PMID:40580871	研究论文	本研究通过整合多组学数据和人工智能技术，开发了一个用于卵巢癌预后预测的AI衍生预后指数（AIDPI）模型，并探讨了其治疗意义	利用多数据集分析和机器学习算法构建AIDPI模型，首次将MFAP4基因鉴定为卵巢癌的潜在治疗靶点	研究主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性临床验证	开发高精度的卵巢癌预后预测工具并探索其治疗应用	卵巢癌患者	数字病理	卵巢癌	RNA测序（bulk和single-cell），DNA甲基化分析	机器学习集成模型	转录组数据	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的多中心数据集
1086	2025-07-02	Lymph node fibroblast phenotypes and immune crosstalk regulated by podoplanin activity 2025-Jun-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115908 PMID:40581928	研究论文	探讨淋巴节点中成纤维细胞表型及免疫交互受podoplanin活性调控的机制	首次直接测试了PDPN信号在成体淋巴节点FRCs中的需求，并揭示了PDPN缺失如何影响炎症信号和基质-免疫细胞交互	研究主要基于小鼠模型，未涉及人类样本	研究淋巴节点中成纤维细胞与免疫细胞交互的分子机制	淋巴节点中的成纤维网状细胞(FRCs)及免疫细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	条件性体内缺失模型	基因表达数据	未明确提及样本数量
1087	2025-07-02	Single-cell sequencing has revealed the palmitoylation landscape in lung adenocarcinoma and identified ABHD17C as a novel biomarker 2025-Jun-27, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.024 PMID:40582697	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了肺腺癌中的蛋白质棕榈酰化景观，并鉴定出ABHD17C作为一种新型生物标志物	首次在单细胞水平上描绘了肺腺癌中的蛋白质棕榈酰化景观，并发现ABHD17C作为C4上皮亚型的关键标志物	研究主要聚焦于肺腺癌，未涉及其他癌症类型	探索肿瘤细胞中蛋白质棕榈酰化的异质性及其在肿瘤进展中的作用	肺腺癌(LUAD)中的上皮细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	未明确说明样本数量，但分析了23种棕榈酰转移酶和7种去棕榈酰转移酶
1088	2025-07-02	Uncovering minimal pathways in melanoma initiation 2025-Jun-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60742-0 PMID:40571713	研究论文	该研究揭示了黑色素瘤起始过程中的最小通路，特别是在仅携带Braf突变的小鼠中观察到的肿瘤发生机制	发现仅Braf突变即可引发黑色素瘤，并鉴定出一种类似神经嵴的细胞类型作为恶性细胞的前体	未能找到解释大多数肿瘤发生的de novo突变或结构变异	探索黑色素瘤起始的遗传机制和细胞起源	小鼠模型中的黑色素瘤	肿瘤生物学	黑色素瘤	单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	NA
1089	2025-07-02	Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters 2025-Jun-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115907 PMID:40580476	研究论文	研究通过一项为期3年的研究，调查了78名未报告有症状感染的个体中，重复接种COVID-19疫苗对适应性免疫的长期影响	揭示了重复疫苗接种后T细胞反应的稳定性和多样性，以及无症状感染对T细胞表型的影响	样本量较小（78人），且仅针对未报告症状感染的个体，可能无法代表更广泛人群	探讨重复COVID-19疫苗接种对适应性免疫的长期影响	78名未报告有症状感染的个体	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	78名未报告有症状感染的个体
1090	2025-07-02	Identification and validation of synergistic drug strategies targeting macrophage polarization in triple-negative breast cancer via single-cell transcriptomics and deep learning 2025-Jun-26, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102457 PMID:40580873	研究论文	通过单细胞转录组学和深度学习，识别并验证针对三阴性乳腺癌中巨噬细胞极化的协同药物策略	开发了一个基于巨噬细胞分化的分类器（MMDCSS），并发现非那雄胺作为ZBTB20调节剂能够逆转肿瘤诱导的M2巨噬细胞极化	研究样本量较小（24名TNBC患者），且未涉及临床试验	探索三阴性乳腺癌中巨噬细胞极化的调控机制及其治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者的肿瘤微环境（TME）中的巨噬细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、伪时间轨迹映射	深度学习	转录组数据	24名TNBC患者
1091	2025-07-02	Rab27a+CAF exosomal miR-9-5p promotes osteosarcoma progression via CREBRF/MAPK signaling pathway 2025-Jun-26, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111964 PMID:40581265	研究论文	本研究探讨了Rab27a+CAF外泌体miR-9-5p通过CREBRF/MAPK信号通路促进骨肉瘤进展的机制	首次揭示了Rab27a+CAF外泌体miR-9-5p通过靶向抑制CREBRF激活MAPK信号通路促进骨肉瘤进展的分子机制	研究主要基于体外和小鼠模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明CAF外泌体miRNA调控骨肉瘤进展的分子机制	骨肉瘤患者血清和组织样本、小鼠模型	肿瘤生物学	骨肉瘤	小RNA测序、qRT-PCR、单细胞RNA测序、双荧光素酶报告基因检测	皮下骨肉瘤小鼠模型	RNA测序数据、qRT-PCR数据、单细胞RNA测序数据	骨肉瘤患者血清和组织样本（具体数量未明确）、小鼠模型
1092	2025-07-02	Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro 2025-Jun-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115909 PMID:40570367	研究论文	研究细胞因子混合物对人THP-1巨噬细胞的重新编程，使其表现出与阿尔茨海默病相关的分子和细胞表型	首次使用细胞因子混合物（IL-4、CSF1、IL-34和TGF-β）在体外重编程人巨噬细胞，模拟阿尔茨海默病相关的小胶质细胞和脂质相关巨噬细胞（DLAM）的转录状态	研究仅限于体外模型，未在体内验证其生理相关性	探索细胞因子如何调控巨噬细胞向神经退行性疾病相关表型转变	人THP-1巨噬细胞	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、转录组分析、功能实验（细胞运动性、吞噬作用、溶酶体活性和代谢分析）	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	NA
1093	2025-07-02	Gene-regulatory programs that specify age-related differences during thymocyte development 2025-Jun-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115903 PMID:40570375	研究论文	本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育程序的转录和染色质可及性图谱，揭示了不同基因调控程序的个体发育及其与年龄相关差异的联系	识别了从发育早期就随年龄分化的基因模块，揭示了新生小鼠在早期胸腺细胞发育中具有更开放的染色质，并利用CRISPR扰动方法结合单细胞RNA测序发现了保守的转录调控因子Zbtb20	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他物种	探究T细胞发育过程中与年龄相关的基因调控程序差异	新生和成年小鼠的T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序，CRISPR扰动	NA	转录组数据，染色质可及性数据	新生和成年小鼠的T细胞样本
1094	2025-07-02	Distinct expression of CD56 and CD19 marks molecular and functional endotypes of tetanus- versus RBD-specific human bone marrow plasma cells 2025-Jun-24, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf059 PMID:40581803	研究论文	本研究探讨了CD19和CD56在抗原特异性和总人类骨髓浆细胞(BMPC)上的共表达，揭示了它们在分子和功能上的差异	首次详细比较了破伤风类毒素(TT)和SARS-CoV-2刺突蛋白受体结合域(RBD)特异性BMPC的CD56和CD19表达模式，并发现了它们在转录特征和功能上的显著差异	研究主要基于流式细胞术和单细胞RNA测序数据，缺乏直接的体内功能验证实验	探究不同抗原特异性骨髓浆细胞亚群的表型和转录特征差异	人类骨髓浆细胞(BMPC)，特别是TT特异性和RBD特异性BMPC亚群	免疫学	传染病(破伤风和COVID-19)	多参数流式细胞术，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	流式细胞数据，RNA测序数据	未明确说明样本数量的人类骨髓浆细胞
1095	2025-07-02	Direct single cell-type gene expression analysis in peripheral blood: novel ratio-based gene expression biomarkers using 2 novel monocyte reference genes (PSAP and CTSS) for detection of bacterial infection 2025-Jun-23, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf103 PMID:40581066	研究论文	开发了一种名为DIRECT LS-TA的新型比率生物标志物，用于直接从外周血中定量单核细胞特异性基因表达，无需细胞分选	提出了无需细胞分选即可定量单核细胞特异性基因表达的新方法，并鉴定了两个新的单核细胞参考基因PSAP和CTSS	方法在多数据集中的验证结果未提及样本的具体多样性或潜在的混杂因素	开发一种直接从外周血中定量单核细胞特异性基因表达的方法，用于细菌感染的检测	外周血中的单核细胞	基因表达分析	细菌感染	单细胞RNA测序的替代方法，比率生物标志物分析	数学模型的ICEBERG图	基因表达数据	多个数据集，具体样本数量未明确说明
1096	2025-07-02	Shedding light on patterns of unconventional expression of opsin genes in Hydra vulgaris 2025-Jun-23, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icaf100 PMID:40581592	研究论文	本研究通过分析Hydra vulgaris的单细胞RNA测序和ATAC测序数据，探讨了视蛋白基因在神经元和非神经元细胞类型中的非传统表达模式	揭示了Hydra vulgaris中视蛋白基因在非神经元细胞类型中的广泛表达及其在细胞分化状态中的多样性，为视蛋白在非传统光感受功能中的作用提供了新见解	研究主要基于已发表的测序数据，缺乏实验验证	探究刺胞动物中非神经元视蛋白表达的普遍性及其潜在功能	Hydra vulgaris（水螅）	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, ATAC测序	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	NA
1097	2025-07-02	SpaceBF: Spatial coexpression analysis using Bayesian Fused approaches in spatial omics datasets 2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.29.646124 PMID:40236135	research paper	提出了一种名为SpaceBF的贝叶斯融合建模框架，用于在空间组学数据集中进行空间共表达分析	首次引入贝叶斯融合建模框架，用于同时估计局部和全局水平的分子共表达，提供了对细胞间通讯的更精细理解	未提及具体的样本量限制或技术限制	开发一种更强大的方法来检测分子对之间的空间变化共表达	空间转录组学和质谱成像数据中的分子（基因、肽、脂质、N-聚糖）	空间组学	多种癌症	空间转录组学, 质谱成像	Bayesian fused modeling framework (SpaceBF)	空间组学数据	NA
1098	2025-07-02	Plasmablast-like lymphoma cells as a distinct subpopulation confers multidrug resistance in PCNSL 2025-Jun-21, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf154 PMID:40580931	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和B细胞受体测序等方法，揭示了原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）中浆母细胞样淋巴瘤细胞（PBLCs）的独特亚群及其在多药耐药中的作用	首次在PCNSL中鉴定出PBLCs这一独特B细胞亚群，并阐明其通过特定基因表达模式导致多药耐药的分子机制	样本量相对有限（56例患者），且PBLCs在肿瘤中的比例较低（1.3%-8.1%）	探究PCNSL的分子特征和多药耐药机制	56例新诊断的PCNSL患者的肿瘤样本	肿瘤生物学	淋巴瘤	单细胞转录组学、B细胞受体测序、转录组信息多重免疫组化、离体药物反应试验	NA	转录组数据、免疫组化数据、药物反应数据	56例PCNSL患者活检样本
1099	2025-07-02	SOX2 regulates foregut squamous epithelial homeostasis and is lost during Barrett's esophagus development 2025-Jun-19, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI190374 PMID:40587339	研究论文	本研究探讨了SOX2在前肠鳞状上皮稳态中的作用及其在Barrett食管发展中的缺失	建立了人类BE类器官生物库，揭示了BE分化中SOX2和CDX2转录因子的平衡作用，并通过小鼠模型验证了SOX2在鳞状上皮分化中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外类器官，人类样本的验证仍需进一步研究	探究Barrett食管（BE）发展的分子机制，特别是SOX2在前肠鳞状上皮稳态中的作用	人类BE类器官和小鼠模型	分子生物学	食管腺癌	单细胞转录组学、CUT&RUN分析	小鼠模型（Krt5CreER/+; Sox2∆/∆; ROSA26tdTomato/+）	转录组数据、组织分析数据	人类BE类器官生物库和小鼠模型
1100	2025-07-02	Morphodynamics of human early brain organoid development 2025-Jun-18, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09151-3 PMID:40533563	研究论文	本研究通过长期活体光片显微镜技术，探索了人类早期脑类器官发育的形态动力学	提出了一种新颖的双通道、多马赛克和多蛋白标记策略，结合计算去复用方法，实现了类器官发育过程中不同亚细胞特征的同步量化	研究主要依赖于体外培养的脑类器官模型，可能与体内真实脑发育存在差异	研究人类脑发育的机制和自我组织过程	人类诱导多能干细胞生成的脑类器官	发育生物学	NA	光片显微镜、单细胞转录组测序	NA	图像、转录组数据	未明确提及具体样本数量，使用荧光标记的人类诱导多能干细胞生成的脑类器官