单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10921	2024-08-05	Comprehensive integrated single-cell RNA sequencing analysis of brain metastasis and glioma microenvironment: Contrasting heterogeneity landscapes 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0306220 PMID:39058687	研究论文	该文章综合分析了脑转移和胶质瘤微环境中的异质性特征	本研究通过单细胞RNA测序揭示了不同来源的脑转移在微环境中的异质性差异	本研究的数据来自于公开数据库，可能存在数据偏倚	探究不同来源的脑肿瘤微环境中的异质性，以指导治疗决策	本研究对象为17名患者的脑转移和胶质瘤样本	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA序列数据	90,168个细胞样本来自17名患者
10922	2024-08-05	A comprehensive assessment of hurdle and zero-inflated models for single cell RNA-sequencing analysis 2023-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad272 PMID:37507115	研究论文	本文全面评估了单细胞RNA测序分析中的障碍和零膨胀模型	提出了一个基于TensorFlow的Python包TensorZINB，解决了零膨胀负二项式模型的数值稳定性问题，并结合了混合模型来提高性能	未提及特定的局限性	提高单细胞RNA测序数据分析中的统计模型的准确性和计算速度	障碍和零膨胀模型的性能评估及其对单细胞RNA测序数据的应用	数字病理	NA	RNA-seq	零膨胀负二项式（ZINB）模型	文本	使用真实的单细胞RNA测序数据集进行评估
10923	2024-08-05	A wound-induced differentiation trajectory for neurons 2023-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.10.540286 PMID:37214981	研究论文	本研究探讨了伤口诱导的神经元分化轨迹	揭示了NFY转录因子在伤口诱导神经元分化中的关键作用	尚未详细阐明其它可能影响神经元分化的转录调控机制	研究伤口诱导过程中的转录调控事件及其对神经元产生的影响	聚焦于再生能力强的无脊椎动物acoel worm及其神经细胞的分化	数字病理学	NA	染色质可及性数据分析	NA	单细胞转录组数据	涉及了多个不同神经亚型的干细胞
10924	2024-08-05	Novel insights into breast cancer copy number genetic heterogeneity revealed by single-cell genome sequencing 2020-05-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.51480 PMID:32401198	研究论文	本文使用单细胞基因组测序全面映射了乳腺癌肿瘤中拷贝数改变异质性的各个方面	提供了乳腺癌肿瘤内非肿瘤细胞的遗传异质性及其对肿瘤基因组的影响的新见解	对拷贝数改变异质性的了解仍然有限	探讨乳腺癌中拷贝数改变的遗传异质性及其临床意义	一组乳腺癌肿瘤样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞基因组测序	NA	基因组数据	一组乳腺癌肿瘤样本
10925	2024-08-05	Transcriptome Dynamics of Hematopoietic Stem Cell Formation Revealed Using a Combinatorial Runx1 and Ly6a Reporter System 2020-05-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2020.03.020 PMID:32302558	研究论文	该文章研究了造血干细胞(HSC)形成的转录组动态，利用组合的Runx1和Ly6a报告系统进行可视化	通过生成Tg(Runx1-mKO2; Ly6a-GFP)双重报告小鼠，首次识别并追踪造血干细胞的发育过程	由于造血干细胞及其前体细胞的稀缺性，可能导致研究样本的局限性	揭示前造血干细胞的出现和成熟过程	研究对象包括前造血干细胞及其相关细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	使用了双重报告小鼠的细胞样本
10926	2024-08-05	A single-cell survey of Drosophila blood 2020-05-12, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.54818 PMID:32396065	研究论文	该论文利用单细胞RNA测序对果蝇血细胞进行了调查	发现了在不同炎症条件下果蝇血细胞的多样性，并首次揭示了FGF信号在血细胞之间的相互作用中的新角色	目前只集中于果蝇的血细胞种类，结果是否适用于其他物种尚未确定	旨在通过单细胞RNA测序深入理解果蝇血细胞的功能	果蝇幼虫中的血细胞（称为hemocytes）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
10927	2024-08-05	Pooled Knockin Targeting for Genome Engineering of Cellular Immunotherapies 2020-Apr-30, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.03.039 PMID:32302591	研究论文	本研究开发了一种技术用于对人类T细胞进行高通量的基因敲入筛选	提出了一种新颖的合并基因组工程技术，可以对大规模非病毒DNA模板进行条形码标记和追踪	未提及具体的样本量和方法的局限性	研究目的在于提高基因改造免疫细胞在癌症免疫治疗中的效果	主要研究对象为经过基因敲入的初级人类T细胞	数字病理学	癌症免疫治疗	CRISPR	NA	细胞转录组数据	数十个独特的条形码模板
10928	2024-08-05	Association Analysis of Single-Cell RNA Sequencing and Proteomics Reveals a Vital Role of Ca2+ Signaling in the Determination of Skeletal Muscle Development Potential 2020-04-22, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells9041045 PMID:32331484	研究论文	本研究探讨了特定猪模型中肌肉发育潜力决定机制	首次揭示了Ca2+信号在骨骼肌发育潜力中的重要作用	只使用了特定的猪模型，可能限制了结果的普遍性	探索肌肉生成与脂肪生成之间的稳态机制	瘦型猪和肥胖型猪的肌肉衍生Myo-谱系细胞	数字病理	NA	单细胞RNA测序和蛋白质组学分析	NA	RNA和蛋白质数据	瘦型猪与肥胖型猪的肌肉衍生细胞
10929	2024-08-05	Single-cell transcriptome analyses reveal novel targets modulating cardiac neovascularization by resident endothelial cells following myocardial infarction 2019-08-07, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehz305 PMID:31162546	研究论文	该文章探讨了心肌梗死后，成体小鼠心脏中内皮细胞在新血管生成中的起源和克隆动态	首次提供了心脏特异性内皮细胞的单细胞基因表达图谱，揭示了内源性血管修复的转录层级	主要基于鼠模型，可能在转化到人类的生物学和临床应用上存在局限性	旨在更好地理解冠状血管再生的调控通路，以支持心脏疾病的治疗策略	成体小鼠心脏中的内皮细胞及其在心肌梗死后的新血管生成	数字病理学	心脏疾病	单细胞转录组分析	多谱系谱系追踪小鼠模型	基因表达数据	包括小鼠和人类心脏样本
10930	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals gene expression dynamics of human fetal kidney development 2019-02, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000152 PMID:30789893	研究论文	本研究使用单细胞转录组技术研究人类胎儿肾脏的基因表达动态	首次详细描述了人类胎儿肾脏的22种细胞类型及标记基因，并揭示了肾小管细胞在不同发育阶段的基因表达变化	目前研究尚缺乏对人类肾脏发育的完整理解，可能存在数据不足的情况	阐明人类肾脏发育过程中的基因表达变化	人类胎儿肾脏的单细胞转录组数据	数字病理学	肾脏疾病	单细胞转录组学	NA	细胞数据	近18000个来自五个不同发育阶段的肾细胞
10931	2024-08-04	Single-cell RNA-seq reveals distinct metabolic "microniches" and close host-symbiont interactions in deep-sea chemosynthetic tubeworm 2024-Jul-26, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn3053 PMID:39047091	研究论文	该研究揭示了深海化学合成管虫中独特的代谢“微环境”及其与内共生体的密切相互作用	首次揭示管虫在共生器官中维持两种不同代谢微环境的机制	研究未详细探讨管虫及内共生体之间的其他可能的分子相互作用	研究深海管虫与其内共生体之间的分子相互作用	深海化学合成生态系统中的管虫及其内共生的硫氧化细菌	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	分子特征数据	冷渗漏管虫的单细胞样本分析
10932	2024-08-05	The vast majority of somatic mutations in plants are layer-specific 2024-Jul-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03337-0 PMID:39049052	研究论文	本文分析了植物中体细胞突变的频率和分布，特别是在不同的分生组织层中	研究发现大多数体细胞突变特定于个别层，并揭示了不同层之间的变异动态	对突变特征的了解仍然有限，特别是在变异与表型变化的关系方面	研究植物分生组织中体细胞突变的特征与分布	在一个杏树的不同部位分析体细胞突变	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	多个水果样本来自整个树木
10933	2024-08-05	Understanding the Foreign Body Response via Single-Cell Meta-Analysis 2024-Jul-18, Biology DOI:10.3390/biology13070540 PMID:39056733	研究论文	这项研究通过单细胞转录组分析整合了现有的外源物体反应数据，识别了特定的基因特征	通过整合多个研究的数据，本研究识别了与外源物体反应相关的共同细胞特异性基因特征，提供了潜在的治疗靶点	个别研究的发现的普遍性可能有限	旨在通过元分析探索外源物体反应中的基因特征及细胞相互作用	FBR小鼠模型中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	来自多个FBR小鼠研究的整合数据集
10934	2024-08-05	Whole-genome sequences reveal zygotic composition in chimeric twins 2024-Jul-18, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2024.100301 PMID:38773773	研究论文	该研究使用全基因组测序揭示了嵌合双胞胎的合子组成	本研究首次精确理解双胞胎的合子组成，并展示了在血液组织中细胞交换的历史	研究仅限于一种特定的双胞胎和三胞胎家庭，样本量较小	探讨人类发育过程中双胞胎的细胞历史	研究了一个三胞胎家庭和一个双胞胎家庭的合子组成	数字病理学	NA	全基因组测序，单细胞RNA测序	NA	基因组数据，血液组织样本	一组三胞胎和一对双胞胎
10935	2024-08-05	Destabilization of mRNAs enhances competence to initiate meiosis in mouse spermatogenic cells 2024-Jul-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202740 PMID:38884383	研究论文	该文章探讨了mRNA不稳定性如何增强小鼠生精细胞启动减数分裂的能力	本文首次揭示了MEIOC在减数分裂启动前促进生精细胞转录组变化的机制	本研究主要基于小鼠模型，可能无法完全推广至其他物种	研究MEIOC如何在生精细胞中分子层面上支持减数分裂的早期阶段	小鼠生精细胞	数字病理学	NA	scRNA-seq和bulk RNA-seq	NA	转录组数据	开发同步的小鼠生精细胞样本
10936	2024-08-04	Diffusion on PCA-UMAP Manifold: The Impact of Data Structure Preservation to Denoise High-Dimensional Single-Cell RNA Sequencing Data 2024-Jul-09, Biology DOI:10.3390/biology13070512 PMID:39056705	研究论文	该文章提出了一种基于PCA-UMAP扩散的方法来去噪高维单细胞RNA测序数据	通过使用PCA-UMAP扩散方法，增强了数据结构的保持，优化了PCA维度和扩散参数的使用	未明确提及	解决单细胞转录组学中数据噪声和低效转录捕获的问题	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	高维单细胞数据	经过多种scRNA-seq数据集验证
10937	2024-08-05	Deciphering lung adenocarcinoma prognosis and immunotherapy response through an AI-driven stemness-related gene signature 2024-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18564 PMID:39046884	研究论文	本文构建了一个基于人工智能的干性相关基因特征，解读肺腺癌预后和免疫治疗反应	该研究首次建立了干性相关基因特征，并分解了肺腺癌的预后和免疫治疗反应	研究中对干性基因特征与免疫环境的关联探索可能受到样本量和数据类型的限制	提升肺腺癌的预后准确性，以优化个性化免疫治疗策略	研究对象为肺腺癌（LUAD）细胞和相关基因	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	AI网络（传统回归、机器学习、深度学习）	基因组数据	使用LUAD细胞系进行的实验验证
10938	2024-08-05	Reduction of Glyoxalase 1 Expression Links Fetal Methylmercury Exposure to Autism Spectrum Disorder Pathogenesis 2024-Jun-22, Toxics IF:3.9Q1 DOI:10.3390/toxics12070449 PMID:39058101	研究论文	这篇文章探讨了甘油醛酶1表达的降低将胎儿甲基汞暴露与自闭症谱系障碍的发病机制联系起来	研究揭示了甲基汞暴露对自闭症风险基因在皮层发育中的直接影响	具体对照组和长时间观察的数据可能不足	本研究旨在确定孕期甲基汞诱导早熟神经分化和异常神经发育的分子机制	研究对象为孕期暴露于低剂量非凋亡性甲基汞的小鼠模型	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和实时定量PCR (RT-qPCR)	NA	基因表达数据	培养的胚胎放射状胶质前体细胞 (RGPs)
10939	2024-08-05	Differential Contributions of Fibroblast Subpopulations to Intercellular Communication in Eosinophilic Esophagitis 2024-Jun-21, Biology DOI:10.3390/biology13070461 PMID:39056656	研究论文	本文探讨了在嗜酸性食管炎中成纤维细胞亚群的异质性及其细胞间通讯的作用	识别出嗜酸性食管炎中至少两种成纤维细胞亚群，并揭示了它们在细胞-细胞相互作用中的不同贡献	缺乏对成纤维细胞亚群的更详细功能和机制解析	研究嗜酸性食管炎中成纤维细胞亚群的分类和其在病理过程中的作用	嗜酸性食管炎患者的食管活检样本及其成纤维细胞	数字病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	使用了一组嗜酸性食管炎食管活检的公共单细胞RNA测序数据
10940	2024-08-05	Collagen induction of immune cells in the mammary glands during pregnancy 2024-Feb-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00098.2023 PMID:37955336	研究论文	该研究评估了妊娠-哺乳周期中乳腺胶原蛋白的动态变化	本研究首次显示免疫细胞在乳腺胶原动态中发挥作用	本研究主要依赖单细胞RNA测序数据，可能未能涵盖所有细胞类型的完整情况	阐明妊娠-哺乳周期中乳腺胶原的动态特征	乳腺组织中的免疫细胞和间质细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA