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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10901 | 2025-10-07 |
Key RNA-binding proteins in renal fibrosis: a comprehensive bioinformatics and machine learning framework for diagnostic and therapeutic insights
2025-Dec, Renal failure
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/0886022X.2025.2463560
PMID:39957043
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研究论文 | 通过综合生物信息学和机器学习方法识别与肾纤维化相关的关键RNA结合蛋白,并建立诊断模型 | 首次整合生物信息学、机器学习方法和单细胞RNA测序技术系统鉴定肾纤维化中的关键RNA结合蛋白 | 研究主要基于公共数据库和动物模型,需要进一步临床验证 | 识别肾纤维化中的关键RNA结合蛋白,开发诊断模型并探索治疗靶点 | 肾纤维化患者样本和正常肾脏样本 | 机器学习 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析,机器学习建模 | lasso回归,logistic回归 | 基因表达数据 | 175个肾纤维化样本和99个正常肾脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10902 | 2025-10-07 |
Unveiling ferroptosis genes and inhibitors in diabetic retinopathy through single-cell analysis and docking simulations
2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101932
PMID:39968183
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研究论文 | 通过单细胞分析和分子对接模拟揭示糖尿病视网膜病变中的铁死亡相关基因和抑制剂 | 首次通过单细胞RNA测序结合分子对接模拟系统鉴定糖尿病视网膜病变中的铁死亡相关基因,并发现地塞米松作为潜在治疗药物 | 研究主要基于生物信息学分析,需要实验验证 | 探索铁死亡在糖尿病视网膜病变中的作用机制并寻找潜在治疗靶点 | 糖尿病视网膜病变患者样本 | 生物信息学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序,分子对接,分子动力学模拟 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10903 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics reveals the multidimensional dynamic heterogeneity from primary to metastatic gastric cancer
2025-Feb-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.111843
PMID:39967875
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了胃癌从原发到转移过程中的多维动态异质性 | 首次系统描绘了胃癌从原发灶到器官特异性转移灶的多维特征动态变化,鉴定了卵巢转移的30基因标志物和关键配体-受体相互作用 | 未明确说明样本规模和具体技术平台细节 | 探究胃癌从原发到转移过程中肿瘤微环境的动态异质性特征 | 胃癌原发肿瘤和器官特异性转移灶 | 单细胞转录组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10904 | 2025-10-07 |
Integration of single-cell and spatial transcriptomics reveals fibroblast subtypes in hepatocellular carcinoma: spatial distribution, differentiation trajectories, and therapeutic potential
2025-Feb-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06192-0
PMID:39966876
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研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组学技术,揭示了肝细胞癌中三种癌症相关成纤维细胞亚型的空间分布、分化轨迹及其治疗潜力 | 首次系统鉴定肝细胞癌中三种成纤维细胞亚群的空间分布特征,发现VEGFA+CAF在缺氧微环境诱导下通过促进肿瘤血管生成影响预后 | 研究样本量相对有限,需要更大规模队列验证;机制研究主要基于转录组数据,缺乏功能性实验验证 | 解析肝细胞癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性及其临床意义 | 肝细胞癌患者肿瘤组织中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 机器学习 | 机器学习模型 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量转录组数据 | 训练队列88例HCC样本,验证队列94例HCC样本,总计超过120万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
10905 | 2025-02-20 |
Publisher Correction: Accurate RNA velocity estimation based on multibatch network reveals complex lineage in batch scRNA-seq data
2025-Feb-18, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02152-8
PMID:39966937
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
10906 | 2025-10-07 |
Integrated analysis reveals that EGR1 promotes epithelial IL33 production in T2 asthma
2025-Feb-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06116-y
PMID:39966984
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学分析和实验验证,揭示了转录因子EGR1在T2型哮喘中直接调控上皮细胞IL33产生的机制 | 首次发现EGR1作为上皮细胞源基因直接调控IL33表达,为T2型哮喘的分子机制提供了新见解 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型,需要在人类临床样本中进一步验证 | 探究过敏原暴露触发气道上皮细胞释放IL33的分子机制 | BEAS-2B细胞系和HDM诱导的小鼠哮喘模型 | 生物信息学 | 哮喘 | RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-PCR, 双荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
10907 | 2025-10-07 |
Uncovering endothelial to mesenchymal transition drivers in atherosclerosis via multi-omics analysis
2025-Feb-17, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-025-04571-5
PMID:39956907
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研究论文 | 通过整合多组学数据识别动脉粥样硬化中内皮间质转化的新型调控因子 | 首次通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和微阵列数据,系统识别动脉粥样硬化中内皮间质转化的七个新型候选基因 | 研究主要依赖生物信息学分析,实验验证仅限于qPCR和western blotting,缺乏更深入的功能验证 | 识别动脉粥样硬化中内皮间质转化的调控因子 | 人类动脉粥样硬化斑块中的内皮细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 微阵列, qPCR, western blotting | UMAP, limma包 | 基因表达数据 | 三个GEO数据集(GSE159677, GSE118446, GSE56309) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 微阵列 | NA | NA |
10908 | 2025-10-07 |
Age-Associated B Cells in Autoimmune Diseases: Pathogenesis and Clinical Implications
2025-Feb-17, Clinical reviews in allergy & immunology
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s12016-025-09021-w
PMID:39960645
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综述 | 本文综述了年龄相关B细胞在自身免疫性疾病中的致病机制和临床意义 | 系统总结了ABCs的异质性特征、分化调控机制及其在多种自身免疫病中的诊断和治疗潜力 | 需要进一步探索和验证针对ABCs的靶向治疗策略 | 探讨年龄相关B细胞在自身免疫性疾病中的致病作用和临床应用价值 | 年龄相关B细胞及其在自身免疫疾病中的作用机制 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10909 | 2025-10-07 |
Molecular subtyping combined with multiomics analysis to study correlation between TACE refractoriness and tumor stemness in hepatocellular carcinoma
2025-Feb-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01955-z
PMID:39961903
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研究论文 | 本研究通过分子分型与多组学分析探讨肝细胞癌中TACE抵抗性与肿瘤干性之间的相关性 | 首次系统性地将TACE抵抗性与肿瘤干性联系起来,并建立了基于肿瘤干性基因的新型分子分型系统 | 研究基于回顾性数据集分析,需要进一步实验验证 | 探索肝细胞癌中TACE抵抗性与肿瘤干性之间的相关性及其临床意义 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | RNA测序,微阵列,单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | 基因表达数据,临床数据 | 多个HCC数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
10910 | 2025-10-07 |
Analysis of fatty acid metabolism in prostate cancer and discovery of a new programmed cell death-associated luminal cell subpopulation
2025-Feb-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01982-w
PMID:39961915
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学分析前列腺癌中脂肪酸代谢的作用,发现与程序性细胞死亡相关的管腔细胞亚群 | 发现前列腺癌中脂肪酸代谢活性显著升高的管腔细胞亚群,并揭示其与程序性细胞死亡和肿瘤侵袭性的关联 | NA | 研究脂肪酸代谢在前列腺癌中的作用机制 | 前列腺癌组织中的细胞亚群,特别是管腔细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, NMF, 反卷积分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
10911 | 2025-10-07 |
A method for the identification of lactate metabolism-related prognostic biomarkers and its validations in non-small cell lung cancer
2025-Feb-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85620-z
PMID:39962075
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研究论文 | 本研究开发了一种识别乳酸代谢相关预后生物标志物的新方法,并在非小细胞肺癌中进行了验证 | 提出结合遗传算法的Cox弹性网络回归(GA-EnCox)方法构建预后预测模型,相比传统单一模型具有更好的预测性能 | NA | 开发非小细胞肺癌乳酸代谢相关预后生物标志物的识别方法和预后预测模型 | 非小细胞肺癌患者和肿瘤细胞 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Cox弹性网络回归, 遗传算法 | 基因表达数据 | 多个LUAD队列数据集和内部NSCLC队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
10912 | 2025-10-07 |
Cooperative Hedgehog/GLI and JAK/STAT signaling drives immunosuppressive tryptophan/kynurenine metabolism via synergistic induction of IDO1 in skin cancer
2025-Feb-17, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02101-6
PMID:39962447
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研究论文 | 本研究揭示了Hedgehog/GLI与JAK/STAT信号通路通过协同诱导IDO1驱动皮肤癌中免疫抑制性色氨酸/犬尿氨酸代谢的新机制 | 首次发现HH/GLI与JAK/STAT信号通路的协同作用通过表观遗传调控诱导IDO1表达,并证实IDO1-犬尿氨酸通路是皮肤癌免疫逃逸的关键机制 | 研究主要基于体外模型和已有数据库分析,需要更多体内实验验证临床转化潜力 | 探究HH-IL6协同信号是否通过激活免疫逃逸机制促进皮肤癌发展 | 基底细胞癌和黑色素瘤 | 癌症生物学 | 皮肤癌 | qPCR, Western blot, ChIP, 焦磷酸测序, HPLC-MS, 流式细胞术, RNA-seq分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 表观遗传数据, 代谢物数据 | 人类BCC和黑色素瘤患者样本及细胞模型 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
10913 | 2025-10-07 |
Identification of pro-fibrotic cellular subpopulations in fascia of gluteal muscle contracture using single-cell RNA sequencing
2025-Feb-17, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05889-y
PMID:39962491
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术识别了臀肌挛缩症筋膜组织中促进纤维化的细胞亚群 | 首次应用单细胞RNA测序技术专门研究纤维化深筋膜组织的细胞异质性,识别了两种促纤维化巨噬细胞亚群SPP1 MP和ECM-like MP | 样本量相对有限,仅比较了臀肌挛缩症纤维化筋膜与非纤维化对照筋膜 | 探索深筋膜纤维化的细胞机制和潜在治疗靶点 | 臀肌挛缩症患者的纤维化筋膜组织和非纤维化对照筋膜组织 | 单细胞组学 | 肌肉骨骼疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 臀肌挛缩症纤维化筋膜样本和对照筋膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10914 | 2025-10-07 |
Identification and characterization of cell niches in tissue from spatial omics data at single-cell resolution
2025-Feb-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57029-9
PMID:39956823
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研究论文 | 本文提出了scNiche计算框架,用于从单细胞分辨率的空间组学数据中识别和表征组织中的细胞生态位 | 开发了首个能够从单细胞分辨率空间组学数据中有效识别细胞生态位的计算框架,并在性能和鲁棒性上优于现有方法 | NA | 解码组织中细胞微环境的特征、结构和功能 | 人类三阴性乳腺癌组织和小鼠肝脏组织 | 空间组学数据分析 | 乳腺癌, 肝衰竭 | 空间蛋白质组学, 空间转录组学 | 计算框架 | 空间组学数据 | NA | NA | 空间蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | NA |
10915 | 2025-10-07 |
Model Architecture Analysis and Implementation of TENET for Cell-Cell Interaction Network Reconstruction Using Spatial Transcriptomics Data
2025-Feb-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5205
PMID:39968356
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研究论文 | 提出一种基于三重增强图神经网络(TENET)的新方法,用于从空间转录组数据重建细胞-细胞相互作用网络 | 提出TENET框架,整合多种CCI模式和下游基因调控网络作为输入,同时考虑全局和局部细胞与遗传特征 | NA | 实现更全面和精确的细胞-细胞相互作用网络重建 | 真实和合成的空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络(GNN), 三重增强图神经网络(TENET) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
10916 | 2025-10-07 |
scatterbar: an R package for visualizing proportional data across spatially resolved coordinates
2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf047
PMID:39888860
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研究论文 | 开发了一个用于在空间坐标上可视化比例数据的R包scatterbar | 提出了散点堆叠条形图作为散点饼图的替代方案,增强了比例数据的视觉显著性和可区分性 | NA | 改进空间分辨数据的比例可视化方法 | 空间转录组学数据 | 数据可视化 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 成年小鼠大脑数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
10917 | 2025-10-07 |
FGF19-Activated Hepatic Stellate Cells Release ANGPTL4 that Promotes Colorectal Cancer Liver Metastasis
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413525
PMID:39716892
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研究论文 | 本研究揭示了FGF19激活的肝星状细胞通过释放ANGPTL4促进结直肠癌肝转移的分子机制 | 首次证明FGF19/ANGPTL4轴在结直肠癌肝转移中的关键作用,并提供新的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型,临床样本验证仍需进一步扩展 | 探究结直肠癌肝转移的分子机制和治疗靶点 | 结直肠癌细胞、肝星状细胞、癌症相关成纤维细胞 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | 基因表达数据, 临床样本数据 | 多种结直肠癌转移小鼠模型和临床患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10918 | 2025-10-07 |
Senescent Fibroblasts Drive FAP/OLN Imbalance Through mTOR Signaling to Exacerbate Inflammation and Bone Resorption in Periodontitis
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202409398
PMID:39716898
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研究论文 | 本研究揭示了衰老成纤维细胞通过mTOR信号通路驱动FAP/OLN失衡,从而加剧牙周炎炎症和骨吸收的机制 | 首次发现牙周炎中FAP/OLN失衡现象,并阐明衰老成纤维细胞通过mTOR信号通路调控该过程的分子机制 | 研究主要基于实验性牙周炎模型,在人类临床样本中的验证仍需进一步深入 | 探究FAP/OLN失衡在牙周炎发病机制中的作用及潜在治疗靶点 | 人及小鼠牙周组织、牙龈成纤维细胞、巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序,孟德尔随机化分析 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 人及小鼠牙周炎组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10919 | 2025-10-07 |
CXCL16/CXCR6/TGF-β Feedback Loop Between M-MDSCs and Treg Inhibits Anti-Bacterial Immunity During Biofilm Infection
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202409537
PMID:39716908
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了M-MDSCs和Treg细胞通过CXCL16/CXCR6/TGF-β反馈环路在人工关节感染中形成免疫抑制微环境的机制 | 首次发现M-MDSCs和Treg细胞通过CXCL16-CXCR6-TGF-β反馈环路相互增强,共同促进人工关节感染中的免疫抑制和生物膜持续存在 | 研究样本量有限,需要更大规模的临床验证 | 探究人工关节感染中免疫抑制微环境的形成机制及其对感染慢性化的影响 | 人工关节感染患者的滑膜组织、PJI小鼠模型 | 免疫学 | 人工关节感染 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | CXCR6基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据,组织切片图像 | 发现队列和验证队列的PJI患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10920 | 2025-10-07 |
Aneurysm Is Restricted by CD34+ Cell-Formed Fibrous Collars Through the PDGFRb-PI3K Axis
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202408996
PMID:39731355
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研究论文 | 本研究揭示了CD34+细胞通过分化为骨膜素肌成纤维细胞形成纤维环来限制腹主动脉瘤发展的机制 | 首次发现非骨髓来源CD34+细胞通过PDGFRb-PI3K轴分化为骨膜素肌成纤维细胞形成纤维环的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需进一步开展 | 探究CD34+细胞在腹主动脉瘤发展过程中的作用机制 | 腹主动脉瘤患者样本和AAA小鼠模型 | 病理学研究 | 腹主动脉瘤 | 谱系追踪、骨髓移植、单细胞测序、白喉毒素选择性清除 | Cd34-CreER;Rosa26-tdTomato;Apoe基因工程小鼠模型 | 基因表达数据、单细胞测序数据、病理学数据 | 患者和AAA小鼠模型的主动脉组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |