单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10881	2024-08-04	A single-cell pan-cancer analysis to show the variability of tumor-infiltrating myeloid cells in immune checkpoint blockade 2024-Jul-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50478-8 PMID:39034339	研究论文	本研究探讨了肿瘤浸润性髓系细胞在免疫检查点抑制中的变异性	通过单细胞转录组学进行全癌症类型分析，揭示了TIMs在不同癌症类型中的丰度和动力学行为的显著变化	在研究中可能未考虑所有癌症类型或个体差异，样本量相对有限	研究肿瘤微环境中TIMs的功能以及它们与肿瘤浸润淋巴细胞的相互作用	192个来自129名患者的肿瘤样本中的肿瘤浸润性髓系细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	肿瘤样本	192个肿瘤样本
10882	2024-08-04	Unraveling Spatial Domain Characterization in Spatially Resolved Transcriptomics with Robust Graph Contrastive Clustering 2024-Jul-16, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae451 PMID:39012523	研究论文	本文开发了一种深度图对比聚类框架stDGCC，能够准确揭示空间领域	本文通过显式建模空间信息和基因表达特征，提出了一种新颖的空间图节点嵌入模型，优化了特征学习与拓扑结构的保留	NA	研究空间转录组学中的基因表达及其空间分布	从不同平台获取的各种空间转录组数据集	数字病理学	NA	对比学习	图神经网络	基因表达数据	各种空间转录组数据集，空间分辨率各异
10883	2024-08-04	Unveiling diabetic nephropathy: a novel diagnostic model through single-cell sequencing and co-expression analysis 2024-Jul-03, Aging DOI:10.18632/aging.205982 PMID:38968594	研究论文	本研究通过单细胞测序和共表达分析揭示了糖尿病肾病的潜在生物标志物和诊断模型	创新点在于首次探索了程序性细胞死亡的新类型——二硫酸死亡在糖尿病肾病中的重要性，并建立了基于该机制的诊断模型	本研究的局限在于使用的样本来自公开数据集，可能存在数据的多样性和异质性问题	研究的目的是揭示糖尿病肾病中二硫酸死亡的作用及其作为早期诊断生物标志物的潜力	研究对象为糖尿病肾病患者与健康对照组的细胞样本	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞测序	机器学习模型	转录组数据	包括糖尿病肾病患者和健康对照的样本数据分析
10884	2024-08-04	Unfolding the mysteries of heterogeneity from a high-resolution perspective: integration analysis of single-cell multi-omics and spatial omics revealed functionally heterogeneous cancer cells in ccRCC 2024-Jun-26, Aging DOI:10.18632/aging.205974 PMID:38944814	研究论文	本研究整合了单细胞多组学和空间组学的数据，揭示了透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中功能异质性癌细胞的特征	通过整合scRNA-seq、scATAC-seq和stRNA-seq，首次分类了功能异质性的癌细胞，并探索了其在微环境中的相互作用	尚未完全建立ccRCC中肿瘤内异质性的机制	探讨透明细胞肾细胞癌中的肿瘤内异质性及其调控网络	功能上异质性的癌细胞	数字病理学	肾癌	scRNA-seq, scATAC-seq, stRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
10885	2024-08-04	Beyond benchmarking and towards predictive models of dataset-specific single-cell RNA-seq pipeline performance 2024-06-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03304-9 PMID:38886757	研究论文	本研究探讨了使用监督机器学习模型来预测针对特定数据集的单细胞RNA测序分析管道性能	提出了通过分析288个scRNA-seq管道在86个数据集上的表现来预测最佳管道的可能性	未提及具体的局限性	研究预测特定数据集的最佳单细胞RNA-seq分析管道	288种scRNA-seq分析管道和86个数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序	监督机器学习模型	单细胞RNA-seq数据	288个分析管道和86个数据集
10886	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis of cavernous tissues reveals the key roles of pericytes in diabetic erectile dysfunction 2024-Jun-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.88942 PMID:38856719	研究论文	本研究通过单细胞 RNA 测序分析了海绵体组织，揭示了周细胞在糖尿病勃起功能障碍中的关键作用	研究发现了新的周细胞特异性标记 Limb Bud-Heart (Lbh)，表明其在糖尿病勃起功能障碍中的重要性	研究主要集中在小鼠和人类的海绵体组织，可能缺乏其他类型组织的全面数据	深入理解糖尿病条件下海绵体微环境和细胞间通讯以开发新疗法	研究对象包括糖尿病患者的海绵体组织和相关的细胞类型	数字病理学	糖尿病勃起功能障碍	单细胞 RNA 测序	NA	RNA数据	研究涉及小鼠和人类的海绵体组织样本
10887	2024-08-04	Pianno: a probabilistic framework automating semantic annotation for spatial transcriptomics 2024-Apr-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47152-4 PMID:38565531	研究论文	该论文介绍了一个名为Pianno的贝叶斯框架，用于自动化空间转录组的结构语义注释。	Pianno能够基于标记基因自动进行生物身份注释，显著提高了空间语义注释的准确性。	研究中未提及Pianno在特定情况下的有效性或可能的局限性。	研究旨在优化空间转录组中生物标识注释的自动化过程。	研究的对象包括各种空间转录组数据生成的组织切片。	数字病理学	NA	贝叶斯框架	NA	空间转录组数据	多种空间转录组平台生成的数据
10888	2024-08-04	Understanding testicular single cell transcriptional atlas: from developmental complications to male infertility 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1394812 PMID:39055054	综述	这篇文章讨论了睾丸单细胞转录组研究以及其与男性不育的关系	强调了单细胞RNA测序在测试材料基因表达中的优势和应用	关于睾丸转录组以及相关疾病的全面评论仍然有限	旨在深入理解睾丸的转录组特征与男性生育力之间的关系	主要关注睾丸内不同细胞类型的基因表达特征	数字病理学	男性不育	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
10889	2024-08-05	The Sex and Age-Associated Infiltration of B Cells May Result in the Dimorphic Behaviors Observed in Papillary Thyroid Carcinomas 2024, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S467704 PMID:39055976	研究论文	这项研究探讨了性别和年龄在乳头状甲状腺癌中的差异性浸润机制	揭示了与性别和年龄有关的B细胞浸润如何影响甲状腺癌的生物表现	仅分析了2261名患者的临床病理特征，可能影响结果的普遍性	阐明性别和年龄对乳头状甲状腺癌发病机制的影响	针对2261名乳头状甲状腺癌患者进行综合分析	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	多变量逻辑回归分析	基因表达数据	2261名患者和497个样本的基因表达信息
10890	2024-08-05	Cross-species single-cell landscapes identify the pathogenic gene characteristics of inherited retinal diseases 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1409016 PMID:39055259	研究论文	该研究通过跨物种单细胞RNA测序分析识别了与遗传性视网膜疾病（IRD）相关的致病基因特征。	研究建立了视网膜细胞的全景表达视图，并揭示了不同物种间的基因表达模式以及细胞特异性调控网络。	研究可能存在对细胞类型及其功能复杂性理解不足的局限性。	本研究旨在理解遗传性视网膜疾病的临床表现及其致病基础。	研究对象为来自三种物种（人类、小鼠和斑马鱼）的视网膜样本，涉及259,087个细胞。	数字病理学	遗传性视网膜疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据	35个视网膜样本，来自3种物种
10891	2024-08-05	Machine Learning of Single-Cell Transcriptome Highly Identifies mRNA Signature by Comparing F-Score Selection with DGE Analysis 2020-Jun-05, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2020.02.004 PMID:32169803	研究论文	本研究开发了一种名为EmPredictor的预测器，以识别人体植入前胚胎发育阶段	提出了使用F-score算法与差异基因表达分析相比较，以识别发育阶段特定标记的创新方法	需高实验成本和较长的实验周期	开发计算方法以识别发育标记的有效基因	人类植入前胚胎发育的关键基因	机器学习	NA	单细胞RNA测序	支持向量机(SVM)	基因表达数据	1,881个基因
10892	2024-08-05	Latent periodic process inference from single-cell RNA-seq data 2020-03-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-15295-9 PMID:32188848	研究论文	本文介绍了一种名为Cyclum的自编码器方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断潜在的周期性生物过程	Cyclum显著提高了细胞周期特征化的准确性和稳健性，超越了现有方法	对于周期性过程的准确表征仍然具有挑战性	研究如何从单细胞RNA测序数据中推断生物发育过程中潜在的周期性过程	通过分析不同发育阶段细胞的转录组特征，聚焦于细胞周期的识别	数字病理学	肿瘤异质性	RNA测序	自编码器	transcriptomic 数据	NA
10893	2024-08-04	A global view of altered ligand-receptor interactions in bone marrow aging based on single-cell sequencing 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.06.020 PMID:39050783	研究论文	基于单细胞转录组测序检测骨髓衰老的配体-受体相互作用	首次系统性探讨了衰老对骨髓配体-受体相互作用的影响	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类	了解衰老对骨髓的细胞间通讯的影响	对年轻和老年小鼠的骨髓细胞进行分析	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	研究涉及384,124条相互作用和16种骨髓细胞类型
10894	2024-08-05	LiverSCA: A comprehensive and user-friendly cell atlas in human hepatocellular carcinoma 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.06.031 PMID:39050786	研究论文	我们开发了一个名为LiverSCA的细胞图谱，旨在支持肝癌相关的研究	提供了一个用户友好的网络界面和全面的功能，使研究人员能够轻松访问肝癌肿瘤微环境的细胞和分子景观	NA	帮助研究人员在肝癌研究中快速而便捷地探索细胞和分子特征	人类肝细胞癌的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
10895	2024-08-05	Integrated analysis of ferroptosis and stemness based on single-cell and bulk RNA-sequencing data provide insights into the prognosis and treatment of esophageal carcinoma 2024-Nov-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148701 PMID:38885819	研究论文	本研究基于单细胞和大规模RNA测序数据，探讨了铁死亡与干性在食管癌预后和治疗中的作用	构建了一个新颖的与铁死亡相关的干性标记，并识别了两个在食管癌中的标记基因	缺乏对铁死亡相关基因与干性标志物在ESCA预后中的联合作用的深入研究	探讨铁死亡及干细胞特征对食管癌患者预后和治疗的影响	未治疗的食管癌样本中的干细胞与血流动力学相关基因	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习算法	RNA测序数据	18个未治疗的食管癌样本
10896	2024-08-05	IL-17 signaling pathway: A potential therapeutic target for reducing skeletal muscle inflammation 2024-Sep, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2024.156691 PMID:38986253	研究论文	该研究探讨了IL-17信号通路在骨骼肌炎症中的作用及其治疗潜力	研究首次揭示IL-17信号通路在骨骼肌炎症中的重要性，并探讨了抗IL-17抗体的治疗效果	尚未充分研究IL-17信号通路与其他炎症通路之间的相互作用	研究IL-17信号通路在骨骼肌炎症中的作用及其作为治疗靶点的潜力	使用小鼠模型研究IL-17信号通路与骨骼肌炎症的关系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），酶联免疫吸附实验（ELISA），免疫荧光，Western blot	NA	NA	使用C57BL6/J小鼠模型进行实验
10897	2024-08-04	FASN-mediated fatty acid biosynthesis remodels immune environment in Clonorchis sinensis infection-related intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Aug, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.03.016 PMID:38508240	研究论文	本文探讨了克隆氏姜蚴感染相关的肝内胆管癌(iCCA)的临床影响及其潜在分子特征。	提供了关于FASN介导的脂肪酸生物合成在克隆氏姜蚴感染相关iCCA中的作用的新见解，并展示了FASN抑制剂与免疫疗法联合使用的潜力。	当前研究的分子特征尚不够明确，可能需要进一步的验证和探索。	研究克隆氏姜蚴感染与肝内胆管癌之间的关系，以及对免疫微环境的影响。	251名来自三个医疗中心的肝内胆管癌患者。	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、全外显子测序、RNA测序、代谢组学、空间转录组学	小鼠模型	基因组数据和代谢组数据	251名肝内胆管癌患者
10898	2024-08-05	Astrocyte-specific activation of sigma-1 receptors in mPFC mediates the faster onset antidepressant effect by inhibiting NF-κB-induced neuroinflammation 2024-Aug, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2024.06.008 PMID:38852761	研究论文	本研究探讨了σ-1受体的星形胶质细胞特异性激活如何通过抑制NF-κB引起的神经炎症，从而中介更快速的抗抑郁药效应	本研究首次揭示了YL-0919对抗抑郁效果的星形胶质细胞特异性机制，并强调了σ-1受体在快速抗抑郁中的关键作用	本研究专注于小鼠模型，可能限制了结果的广泛适用性	本研究旨在揭示YL-0919在抑郁样小鼠中通过星形胶质细胞激活σ-1受体的机制	本研究的研究对象为抑郁样小鼠及其星形胶质细胞	数字病理学	抑郁症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个抑郁样小鼠样本
10899	2024-08-05	Characterize molecular signatures and establish a prognostic signature of gastric cancer by integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing 2024-Jul-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01168-w PMID:39044041	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大规模RNA测序，特征化胃癌的分子特征并建立预后特征。	通过整合不同维度的数据，识别了226个候选标记基因，并开发了一个高预测准确度的预后模型。	疾病的异质性和分子交互的复杂性仍然是挑战。	研究胃癌的分子基础，开发个性化治疗策略的预后模型。	关注胃癌患者的分子特征和相关的临床参数。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和大规模RNA测序(bulk RNA-seq)	机器学习模型	基因表达数据	NA
10900	2024-08-05	Characterization of cuproptosis signature in clear cell renal cell carcinoma by single cell and spatial transcriptome analysis 2024-Jul-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01162-2 PMID:39044005	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组分析对清细胞肾细胞癌中的铜死亡特征进行了表征	首次系统研究了铜死亡相关基因与清细胞肾细胞癌肿瘤微环境的关联	仅研究了清细胞肾细胞癌，未涉及其他类型肿瘤	探讨铜死亡在清细胞肾细胞癌中的作用及其与肿瘤微环境的关系	清细胞肾细胞癌的不同阶段的肿瘤微环境	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序和空间转录组测序	NA	RNA序列数据	多阶段清细胞肾细胞癌的样本集