单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10881	2024-08-21	TLR9 activation in large wound induces tissue repair and hair follicle regeneration via γδT cells 2024-Aug-17, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06994-y PMID:39153998	研究论文	本研究利用成年小鼠的伤口诱导毛发新生（WIHN）模型，探讨了损伤程度与愈合过程及结果之间的关联，并揭示了 toll 样受体 9（TLR9）在感知皮肤损伤和通过调节 γδT 细胞迁移影响组织修复和再生的新作用。	首次揭示了 TLR9 在感知皮肤损伤和通过调节 γδT 细胞迁移影响组织修复和再生的新作用，并识别了 TLR9-γδT 细胞-areg 轴作为增强组织再生的新潜在靶点。	NA	探讨损伤程度与愈合过程及结果之间的关联，并揭示 TLR9 在组织修复和再生中的作用。	成年小鼠的伤口诱导毛发新生（WIHN）模型。	免疫学	NA	单细胞 RNA 测序	NA	RNA	TLR9 缺陷小鼠及伤口注射 TLR9 拮抗剂的小鼠，以及抑制 γδT 细胞迁移或敲除 γδT 细胞的小鼠。
10882	2024-08-21	Transcriptomic analysis unveils bona fide molecular signatures of microglia under conditions of homeostasis and viral encephalitis 2024-Aug-17, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03197-2 PMID:39153993	研究论文	本研究通过多种实验方法描绘了病毒感染期间小胶质细胞的转录组图谱，并发现细胞分选过程中的剪切应力是激活基因人工诱导的关键因素	开发了一种利用核糖体标签方法富集小胶质细胞特异性转录本的策略，并定义了健康和病毒感染条件下小胶质细胞的真实分子特征	NA	研究小胶质细胞在健康和病毒性脑炎条件下的转录组特征	小胶质细胞在健康和病毒感染条件下的转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	大规模
10883	2024-08-21	Breaking barriers: improving time and space resolution of arbuscular mycorrhizal symbiosis with single-cell sequencing approaches 2024-Aug-17, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00501-1 PMID:39154166	研究论文	本文通过采用单细胞RNA测序技术，提高了丛枝菌根共生体时间和空间分辨率的细胞和分子基础研究	采用单细胞RNA测序技术，提供了对植物-微生物相互作用转录组复杂性的前所未有的洞察	单细胞分析虽然提高了分辨率，但牺牲了空间视角，需要与空间转录组学方法结合以获得全面概览	深入解析丛枝菌根共生体的复杂相互作用和关键过程	丛枝菌根共生体的细胞和分子基础	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
10884	2024-08-21	Combining single-cell spatial transcriptomics and molecular simulation to develop in vivo probes targeting the perineural invasion region of adenoid cystic carcinoma 2024-Aug-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34628 PMID:39157355	研究论文	本文通过结合单细胞空间转录组学和分子模拟技术，开发了一种针对腺样囊性癌神经周围侵犯区域的体内探针	设计了基于神经周围侵犯区域施万细胞抗原呈递特性的肽探针，用于动态标记肿瘤细胞侵入神经的过程	NA	开发针对腺样囊性癌神经周围侵犯区域的体内探针	腺样囊性癌的神经周围侵犯区域	数字病理学	头颈部肿瘤	空间转录组学和单细胞转录组测序	NA	转录组数据	一例腺样囊性癌伴有神经周围侵犯的组织样本
10885	2024-08-21	Identification of epithelial-related artificial neural network prognostic models for the prediction of bladder cancer prognosis through comprehensive analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 2024-Aug-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34632 PMID:39157397	研究论文	本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别出与膀胱癌预后相关的上皮细胞相关的人工神经网络预测模型	本研究创新性地融合了单细胞RNA测序和RNA测序评估，以识别膀胱癌的新型生物标志物，并构建了包含17个特征基因的人工神经网络预后模型	NA	旨在通过融合单细胞RNA测序和RNA测序评估，识别膀胱癌的潜在生物标志物，并建立实用的临床预后模型	膀胱癌（BLCA）及其相关生物标志物	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	人工神经网络	RNA测序数据	训练集来自TCGA数据库，验证集（GSE32894）和单细胞数据集（GSE135337）来自GEO数据库
10886	2024-08-21	Diversity of group 1 innate lymphoid cells in human tissues 2024-Aug, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01885-y PMID:38956380	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术研究了人类组织中第1组先天淋巴细胞（ILC1s）的多样性	首次在人类组织中识别出高度可变的ILC1亚型，并描述了不同组织中ILC1和自然杀伤（NK）细胞的表达谱	NA	探究人类组织中第1组先天淋巴细胞（ILC1s）的多样性及其在疾病中的潜在作用	人类组织中的第1组先天淋巴细胞（ILC1s）及其亚型	免疫学	NA	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	RNA	多个组织样本
10887	2024-08-21	ScRNA-seq revealed the tumor microenvironment heterogeneity related to the occurrence and metastasis in upper urinary tract urothelial carcinoma 2024-Aug, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-024-00779-3 PMID:38877164	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，研究了上尿路上皮癌（UTUC）的肿瘤微环境异质性及其与发生和转移的关系	首次揭示了UTUC肿瘤细胞的起源及其与转移性肿瘤细胞的同源性，并发现UTUC肿瘤微环境中不存在免疫抑制现象	研究样本仅来自3名高级别UTUC患者，可能存在样本量较小的问题	探索UTUC发生和转移的可能机制，并寻找潜在的诊断和治疗靶点	上尿路上皮癌的正常组织、原发肿瘤病变和淋巴转移	数字病理学	泌尿系统疾病	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	NA	转录组数据	28,315个细胞来自3名高级别UTUC患者
10888	2024-08-21	Mining alternative splicing patterns in scRNA-seq data using scASfind 2024-Jul-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03323-6 PMID:39075577	研究论文	本文介绍了一种名为scASfind的新型计算方法，用于使用全长scRNA-seq数据进行细胞类型特异性剪接事件的定量分析	scASfind利用高效的数据结构存储每个剪接事件的剪接入百分比值，使得能够全面搜索所有差异剪接事件中的模式	NA	开发一种新的计算方法，用于在scRNA-seq数据中定量分析细胞类型特异性的剪接事件	scRNA-seq数据中的替代剪接模式	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
10889	2024-08-21	Spatial multimodal analysis of transcriptomes and metabolomes in tissues 2024-Jul, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01937-y PMID:37667091	研究论文	本文介绍了一种结合组织学、质谱成像和空间转录组学的空间多组学方法，用于在组织区域中精确测量mRNA转录物和小分子代谢物	该方法兼容市售的Visium玻璃载玻片，并展示了在多巴胺和帕金森病背景下对小鼠和人类脑样本的应用潜力	NA	开发一种新的空间多组学方法，以提高对组织中转录物和代谢物的测量精度	小鼠和人类脑样本，特别是在多巴胺和帕金森病的背景下	数字病理学	帕金森病	质谱成像	NA	图像	小鼠和人类脑样本
10890	2024-08-21	An increment of diversity method for cell state trajectory inference of time-series scRNA-seq data 2024-Jul, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2024.01.020 PMID:39156571	research paper	本文提出了一种基于多样性增量法的细胞状态轨迹推断方法IDTI，用于时间序列单细胞RNA测序数据	IDTI方法结合了时间序列信息和最小多样性增量法，能够准确构建细胞状态轨迹，无需起始细胞	NA	推断时间序列单细胞RNA测序数据的发育轨迹	时间序列单细胞RNA测序数据	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	时间序列数据	模拟数据和三种真实多样组织发育数据
10891	2024-08-21	Deletion of Fbxw7 in oocytes causes follicle loss and premature ovarian insufficiency in mice 2024-Jun, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18487 PMID:39031722	研究论文	研究FBXW7基因在卵母细胞中的缺失如何导致小鼠卵泡丢失和卵巢功能早衰	首次证明了FBXW7在卵巢中的功能，揭示了其在卵泡发生和卵巢功能中的重要作用	NA	探讨FBXW7基因在卵巢功能早衰中的作用	小鼠卵母细胞中的FBXW7基因	NA	女性不孕症	单细胞RNA测序和原位杂交	NA	RNA	NA
10892	2024-08-21	A hybrid demultiplexing strategy that improves performance and robustness of cell hashing 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae254 PMID:38828640	研究论文	本文介绍了一种混合解复用策略，提高了细胞哈希技术在多样本单细胞测序中的准确性和细胞回收率	引入了一种结合细胞哈希和遗传变异聚类的混合解复用策略，以及开发了HTOreader工具，提高了在多标签或样本大小不平衡实验中的准确性和细胞回收率	未提及具体限制	提高细胞哈希技术在多样本单细胞测序中的性能和鲁棒性	细胞哈希技术及其在单细胞测序中的应用	单细胞测序	NA	细胞哈希	NA	单细胞测序数据	未提及具体样本数量
10893	2024-08-21	An integrated multi-omics analysis reveals osteokines involved in global regulation 2024-May-07, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2024.03.006 PMID:38574738	研究论文	本研究通过综合多组学分析方法，探讨了骨分泌蛋白（osteokines）在骨代谢和全身稳态中的作用及其调控机制	本研究首次识别了375种候选osteokines及其在衰老和机械加载/卸载条件下的变化，并揭示了它们在骨和其他器官间的通信机制	NA	揭示osteokines的真实身份、细胞来源及其调控机制	骨和非骨骼组织、成骨细胞条件培养基、骨髓上清液和血清中的osteokines	数字病理学	NA	RNA测序、单细胞RNA测序、蛋白质组学	NA	RNA、蛋白质	NA
10894	2024-08-21	Enhancing radiotherapy response via intratumoral injection of the TLR9 agonist CpG to stimulate CD8 T cells in an autochthonous mouse model of sarcoma 2024-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.03.573968 PMID:38260522	研究论文	本研究通过使用CRISPR/Cas9和化学致癌物3-甲基胆蒽（MCA）生成具有高肿瘤突变负荷的自体软组织肉瘤模型，探讨了TLR9激动剂CpG与放射治疗（RT）联合使用对肿瘤反应的增强作用及其机制。	首次在自体软组织肉瘤模型中验证了TLR9激动剂CpG与放射治疗联合使用对肿瘤反应的增强作用，并揭示了CD8 T细胞在其中的关键作用。	研究主要在动物模型中进行，需要进一步的临床试验来验证这些发现。	探讨TLR9激动剂CpG与放射治疗联合使用对软组织肉瘤的治疗效果及其机制。	自体软组织肉瘤模型中的肿瘤反应及免疫细胞变化。	数字病理学	软组织肉瘤	CRISPR/Cas9, RNA测序, 质谱细胞术	NA	RNA	多个自体软组织肉瘤模型样本
10895	2024-08-21	The Downregulation of ITGAX Exacerbates Amyloid-β Plaque Deposition in Alzheimer's Disease by Increasing Polarization of M1 Microglia 2024, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.3233/JAD-240118 PMID:38905043	研究论文	本研究探讨了ITGAX下调通过增加M1型小胶质细胞极化加剧阿尔茨海默病中淀粉样β斑块沉积的分子机制	通过单细胞RNA测序和APP/PS1小鼠模型，揭示了ITGAX表达上调与阿尔茨海默病病理过程中的关系	NA	识别阿尔茨海默病中小胶质细胞参与的更精确分子靶点，并探索其潜在机制	ITGAX在阿尔茨海默病中的作用及其对小胶质细胞极化和淀粉样β斑块沉积的影响	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	APP/PS1小鼠模型	RNA	使用了来自Gene Expression Omnibus (GEO)数据库的单细胞RNA测序数据
10896	2024-08-21	Role of glycosylation-related gene MGAT1 in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1438935 PMID:39156890	研究论文	本文探讨了糖基化相关基因MGAT1在胰腺导管腺癌（PDAC）中的作用	首次揭示了MGAT1通过调节巨噬细胞中的糖基化水平，影响PDAC的进展和预后	需要进一步的研究来开发针对MGAT1的靶向治疗策略	研究MGAT1在PDAC中的作用及其作为治疗靶点的潜力	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞和肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	来自GSE197177和GSE224411的数据, 以及UCSC Xena和TCGA的RNA-seq数据和生存信息
10897	2024-08-21	Advancing precision medicine in gliomas through single-cell sequencing: unveiling the complex tumor microenvironment 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1396836 PMID:39156969	研究论文	本文通过单细胞测序技术深入研究胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤微环境，揭示了肿瘤细胞与周围正常细胞的复杂相互作用	利用单细胞转录组学和空间转录组学技术，精确分类肿瘤微环境中的细胞类型，并探讨了多组学条件下细胞间的相互作用及其对GBM生长的影响	NA	通过深入理解肿瘤微环境中的细胞相互作用，开发新的治疗策略以提高GBM患者的治疗效果	胶质母细胞瘤（GBM）及其肿瘤微环境中的细胞类型和相互作用	数字病理学	脑癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
10898	2024-08-21	Single-Cell RNA Sequencing Reveals a Unique Fibroblastic Subset and Immune Disorder in Lichen Sclerosus Urethral Stricture 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S466317 PMID:39157587	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了硬化性苔藓尿道狭窄中独特的成纤维细胞亚群及免疫紊乱	发现了一种独特的成纤维细胞亚群Fib7，该亚群仅存在于硬化性苔藓尿道狭窄中，并表现出SAA1和SAA2的高表达水平	NA	旨在深入理解硬化性苔藓尿道狭窄的组织微环境，以助于阐明其发病机制	硬化性苔藓尿道狭窄疾病中的细胞亚群及其转录组特征	数字病理学	尿道疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三名硬化性苔藓尿道狭窄患者和三名非硬化性苔藓尿道狭窄患者
10899	2024-08-21	Human Pancreatic α-Cell Heterogeneity and Trajectory Inference Analysis Using Integrated Single Cell- and Single Nucleus-RNA Sequencing Platforms 2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.19.567715 PMID:38014078	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）技术，分析了来自非糖尿病捐赠者的人体胰岛和胰岛移植物中的α细胞和β细胞的异质性和命运转换	首次揭示了人体胰岛中α细胞和β细胞的亚型及其在α-β细胞转换中的具体作用，并发现了多个新的α细胞亚群及其转录组特征	研究主要集中在非糖尿病捐赠者的胰岛和胰岛移植物，未涵盖更多样化的样本，如其他疾病状态下的胰岛	探究人体胰岛中α细胞和β细胞的异质性及其在α-β细胞转换中的具体作用	人体胰岛中的α细胞和β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	来自非糖尿病捐赠者的人体胰岛和胰岛移植物
10900	2024-08-21	Gene Expression Nebulas (GEN): a comprehensive data portal integrating transcriptomic profiles across multiple species at both bulk and single-cell levels 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab878 PMID:34591957	research paper	本文介绍了一个名为Gene Expression Nebulas（GEN）的综合数据门户，该门户整合了多个物种在批量和单细胞层面的转录组数据	GEN通过使用标准化的数据处理流程和结构化的管理模型，收集了高质量的批量和单细胞RNA测序数据集	NA	旨在提供一个全面的转录组数据集，以更好地理解从组织到细胞的遗传调控结构和功能机制	多个物种的转录组数据	NA	NA	RNA sequencing	NA	transcriptomic profiles	50,500个样本和15,540,169个细胞，涵盖30个物种