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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 10841 - 10860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10841 | 2025-10-07 |
Generation of super-resolution images from barcode-based spatial transcriptomics by deep image prior
2025-Jan-27, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100937
PMID:39729996
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研究论文 | 提出一种基于深度图像先验的算法SuperST，能够从稀疏分布的条形码空间转录组数据重建高分辨率图像 | 首次将深度图像先验应用于空间转录组学数据，解决条形码方法分辨率低和零膨胀问题 | NA | 提高空间转录组学数据的图像重建分辨率 | 空间转录组学数据中的基因表达模式 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学 | 深度图像先验 | 图像, 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10842 | 2025-10-07 |
TimeFlies: an snRNA-seq aging clock for the fruit fly head sheds light on sex-biased aging
2025-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.25.625273
PMID:39896546
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研究论文 | 开发了一种名为TimeFlies的单细胞RNA测序衰老时钟，用于果蝇头部年龄预测并揭示性别差异的衰老机制 | 首个基于全基因组基因表达谱的泛细胞类型单细胞转录组衰老时钟，能够识别新的生物标志物并揭示性别特异性衰老途径 | 研究仅限于果蝇头部组织，尚未在其他组织或物种中验证 | 开发单细胞转录组衰老时钟并研究衰老过程中的性别差异 | 果蝇头部细胞 | 单细胞测序分析 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10843 | 2025-10-07 |
Integrating Bulk and Single-Cell Transcriptomic Data to Identify Ferroptosis-Associated Inflammatory Gene in Alzheimer's Disease
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S497418
PMID:39959647
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研究论文 | 本研究通过整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，揭示了铁死亡相关炎症基因SLC11A1在阿尔茨海默病中的关键作用 | 首次发现SLC11A1在AD促炎小胶质细胞和外周血单核细胞中显著上调，并识别出一个同时表达外周血单核细胞特征标记的微胶质细胞亚群 | 铁死亡、免疫炎症与脑-外周血轴之间的具体分子联系仍需进一步验证 | 探索铁死亡与免疫炎症在阿尔茨海默病中的分子机制 | 阿尔茨海默病患者脑组织和外周血样本，实验性自身免疫性脑脊髓炎小鼠脑组织 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 差异基因表达分析, WGCNA, RT-qPCR, 免疫荧光 | NA | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | AD患者脑组织和外周血样本，EAE小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 10844 | 2025-10-07 |
Systemic immune profiling analysis identifying M2-TAM related genes predicted colon cancer prognosis and chemotherapy responses
2024-Dec-27, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000040979
PMID:39969348
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研究论文 | 本研究通过系统免疫分析鉴定M2-TAM相关基因，用于预测结肠癌预后和化疗反应 | 开发了新的M2样巨噬细胞标记基因，建立了基于7个基因的M2-TAM风险模型，并通过孟德尔随机化验证了免疫检查点与结肠癌的因果关系 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 探索与M2样巨噬细胞相关的新生物标志物，用于结肠癌预后预测和治疗反应评估 | 结肠癌患者 | 生物信息学 | 结肠癌 | 转录组分析，单细胞RNA测序，加权基因共表达网络分析，LASSO回归，Cox回归，孟德尔随机化 | 风险预测模型 | 转录组数据，单细胞RNA测序数据，临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的结肠癌患者数据 | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序 | NA | NA |
| 10845 | 2025-10-07 |
EGR1 regulates oxidative stress and aldosterone production in adrenal cells and aldosterone-producing adenomas
2025-Mar, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2025.103498
PMID:39826326
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研究论文 | 本研究揭示了EGR1在肾上腺细胞中调节氧化应激和醛固酮产生的双重作用 | 首次发现EGR1在肾上腺细胞中同时调控氧化应激和醛固酮生成，并建立了与醛固酮产生腺瘤的关联 | 部分氧化应激标志物水平与EGR1表达的相关性仍需进一步验证 | 探究EGR1在肾上腺细胞氧化应激和醛固酮产生中的作用机制 | 人类肾上腺细胞、原发性醛固酮增多症患者肾上腺组织、继发性高醛固酮症猪模型 | 分子生物学 | 内分泌高血压 | RNA测序,空间转录组学,免疫组化 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | 人类肾上腺细胞系和患者肾上腺组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10846 | 2025-02-23 |
Differential expression of the MYC-Notch axis drives divergent responses to the front-line therapy in central and peripheral extensive-stage small-cell lung cancer
2025-Mar, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70112
PMID:39974662
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研究论文 | 本研究比较了中央型和周围型广泛期小细胞肺癌（ES-SCLC）对一线治疗的反应差异，并通过单细胞RNA测序探讨了潜在的生物学机制 | 首次揭示了中央型和周围型ES-SCLC对一线治疗的不同反应，并发现MYC-Notch-non-NE轴的差异激活状态可能是导致这些差异的原因 | 样本量较小（9个治疗初期的ES-SCLC样本），需要更大规模的研究来验证结果 | 探讨中央型和周围型ES-SCLC对一线治疗的反应差异及其生物学机制 | 广泛期小细胞肺癌（ES-SCLC）患者 | 癌症研究 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 265名患者（临床数据）和9个治疗初期的ES-SCLC样本（scRNA-seq数据） | NA | NA | NA | NA |
| 10847 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics-aided localization for single-cell transcriptomics with STALocator
2025-Feb-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101195
PMID:39904340
|
研究论文 | 开发了一种名为STALocator的空间转录组学辅助定位工具，用于将单细胞转录组数据定位到对应的空间转录组数据中 | 提出首个利用空间转录组数据辅助单细胞转录组定位的方法，能够增强基因表达模式并预测全基因组基因表达数据 | 未明确说明方法在更广泛组织类型或数据质量较差情况下的适用性 | 解决单细胞转录组数据缺乏空间信息的问题，实现单细胞在空间上的精确定位 | 单细胞转录组数据和空间转录组数据 | 空间转录组学 | 鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，荧光原位杂交 | STALocator | 基因表达数据，空间位置数据 | 模拟数据、人脑数据和鳞状细胞癌数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | Slide-seqV2，Xenium | Slide-seqV2空间转录组技术，Xenium原位分析技术 |
| 10848 | 2025-10-07 |
Inferring cell trajectories of spatial transcriptomics via optimal transport analysis
2025-Feb-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101194
PMID:39904341
|
研究论文 | 本研究开发了SpaTrack方法，通过最优传输分析整合空间转录组数据中的基因表达和空间位置信息来推断细胞分化轨迹 | 首次将最优传输理论应用于空间转录组数据分析，能够同时整合基因表达和空间位置信息来重建细胞分化轨迹 | NA | 开发能够从空间转录组数据中推断细胞分化轨迹的计算方法 | 空间转录组数据中的细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 最优传输模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10849 | 2025-10-07 |
Dynamic transcriptomic and regulatory networks underpinning the transition from fetal primordial germ cells to spermatogonia in mice
2025-Feb, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13755
PMID:39329203
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了小鼠雄性生殖细胞从原始生殖细胞向精原细胞转变过程中的转录动态和调控网络 | 首次系统揭示了PGC向SPG转变过程中的全局超转录特征，鉴定出315个高活性调控因子，并验证了非转录因子TAGLN2在精原干细胞维持和分化中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，在人类生殖细胞发育中的适用性需要进一步验证 | 阐明雄性生殖细胞发育过程中从原始生殖细胞向精原细胞转变的分子机制 | 小鼠雄性生殖细胞和性腺细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠雄性生殖细胞发育图谱数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10850 | 2025-10-07 |
Applications and emerging challenges of single-cell RNA sequencing technology in tumor drug discovery
2025-Feb, Drug discovery today
IF:6.5Q1
DOI:10.1016/j.drudis.2025.104290
PMID:39828052
|
综述 | 概述单细胞RNA测序技术在肿瘤药物发现中的应用及面临的挑战 | 系统总结scRNA-seq技术在肿瘤药物研发各阶段（机制阐明、靶点识别、药物筛选、药效与耐药性研究）的创新应用 | 未涉及具体实验数据验证，主要基于文献综述 | 探讨scRNA-seq技术在肿瘤药物开发中的应用前景与挑战 | 肿瘤药物研发过程 | 单细胞组学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10851 | 2025-10-07 |
Exosome-based targeted delivery of NF-κB ameliorates age-related neuroinflammation in the aged mouse brain
2025-Feb, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-024-01388-8
PMID:39833561
|
研究论文 | 本研究评估了装载不可降解IκB的外泌体通过抑制NF-κB核转位来改善老年小鼠脑部神经炎症的治疗效果 | 首次利用外泌体递送不可降解IκB特异性靶向巨噬细胞和小胶质细胞，并揭示其通过调节免疫细胞互作缓解年龄相关神经炎症的新机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床应用中验证 | 开发针对年龄相关神经炎症的新型治疗方法 | 老年小鼠脑部组织及免疫细胞（巨噬细胞、小胶质细胞、T细胞、B细胞） | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 老年小鼠脑部样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10852 | 2025-10-07 |
Identifying patterns differing between high-dimensional datasets with generalized contrastive PCA
2025-Feb, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012747
PMID:39919147
|
研究论文 | 开发了一种无需超参数调整的广义对比主成分分析方法，用于比较高维数据集间的差异模式 | 提出了广义对比主成分分析(gcPCA)，解决了传统cPCA需要超参数调整和不对称处理条件的问题 | 未在论文摘要中明确说明具体局限性 | 开发一种灵活、无需超参数的高维数据对比分析方法 | 高维生物数据集，包括神经生理记录和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | II型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | 广义对比主成分分析(gcPCA) | 高维数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10853 | 2025-02-23 |
EPB41L4A-AS1 regulates cervical cancer by proliferative cells: mendelian randomization and single-cell transcriptomics analyses
2025-Jan-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-949
PMID:39974380
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，探讨了增殖细胞在宫颈癌中的作用及其机制 | 首次揭示了EPB41L4A-AS1通过调控增殖细胞在宫颈癌中的作用 | 研究主要基于单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，未涉及临床试验验证 | 探讨增殖细胞在宫颈癌中的作用及其机制 | 宫颈癌组织中的增殖细胞 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 单细胞转录组学、孟德尔随机化、MTT、流式细胞术、GSEA、WGCNA | NA | 单细胞转录组数据 | 宫颈癌组织与健康组织的单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 10854 | 2025-02-23 |
By integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing, plasma cells signature and tertiary lymphoid structures were verified to contribute to outcome in lung adenocarcinoma
2025-Jan-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-1746
PMID:39974398
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，验证了浆细胞特征和三级淋巴结构在肺腺癌预后中的作用 | 结合单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，首次系统性地探讨了浆细胞和三级淋巴结构在肺腺癌预后中的具体作用 | 研究主要依赖于公开数据库的数据，缺乏独立验证队列 | 探讨三级淋巴结构和浆细胞在肺腺癌预后中的作用 | 肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | RNA测序数据, 临床信息 | 来自GEO和TCGA数据库的肺腺癌患者数据 | NA | NA | NA | NA |
| 10855 | 2025-10-07 |
Mapping cell-cell fusion at single-cell resolution
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.627873
PMID:39896473
|
研究论文 | 开发了一种名为CMDuo的分子工具平台，用于在单细胞水平上追踪和分析肿瘤细胞群体中的细胞融合事件 | 通过结合报告基因表达和工程化荧光相关索引序列与随机生成的核苷酸条形码，首次实现了对单个细胞融合事件起源和结果的高通量映射 | NA | 研究细胞融合在癌症进展和治疗反应中的作用 | 三阴性乳腺癌细胞 | 单细胞分析 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | CMDuo | ClonMapper Duo平台，结合报告基因表达和工程化荧光相关索引序列与随机生成的核苷酸条形码 |
| 10856 | 2025-10-07 |
HPV integration in head and neck cancer: downstream splicing events and expression ratios linked with poor outcomes
2025-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.17.633627
PMID:39896613
|
研究论文 | 本研究通过分析头颈癌样本的RNA测序数据，探讨HPV整合对剪接事件和基因表达比例的影响及其与临床预后的关联 | 首次基于RNA特征（HPV-人类融合转录本和HPV基因转录比例）对HPV整合阳性患者进行分类，并发现特定亚组患者临床预后较差 | 主要基于RNA分析而非DNA分析，样本量有限（102例HPV阳性参与者） | 研究HPV整合在头颈癌中的致癌机制及其与临床结局的关系 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 261例HPV相关HNSCC样本（包括bulk和单细胞RNA-seq），其中102例HPV阳性参与者的DNA整合事件 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 10857 | 2025-10-07 |
Classifying cell cycle states and a quiescent-like G0 state using single-cell transcriptomics
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.16.589816
PMID:38659838
|
研究论文 | 开发了一种高分辨率细胞周期分类器ccAFv2，用于单细胞转录组数据中细胞周期状态和静止样G0状态的分类 | 能够区分六个细胞周期状态和一个静止样G0状态，并包含可调参数过滤不确定分类，在分类更多状态的同时性能优于或相当于现有方法 | G0、G1和Late G1状态在神经上皮细胞类型中表现良好，但在其他细胞类型中准确性较低 | 开发高精度的细胞周期状态分类工具 | 人类神经干细胞及来自三个胚层的各种细胞类型 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 细胞周期分类器 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 10858 | 2025-10-07 |
Piscis: a novel loss estimator of the F1 score enables accurate spot detection in fluorescence microscopy images via deep learning
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.31.578123
PMID:38352551
|
研究论文 | 提出了一种名为Piscis的深度学习算法，通过新型SmoothF1损失函数实现荧光显微镜图像中RNA斑点的自动检测 | 开发了SmoothF1损失函数，可近似F1分数并直接惩罚假阳性和假阴性，同时保持可微性以用于深度学习训练 | NA | 开发无需手动参数调优的自动斑点检测算法，用于空间转录组学图像分析 | RNA FISH荧光显微镜图像中的转录本斑点 | 计算机视觉 | NA | RNA FISH，空间转录组学，深度学习 | 深度学习算法 | 荧光显微镜图像 | 358张手动标注的实验RNA FISH图像和240张合成图像 | NA | 空间转录组学，单分子RNA荧光原位杂交 | NA | NA |
| 10859 | 2025-10-07 |
Dimensionality reduction for visualizing spatially resolved profiling data using SpaSNE
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf002
PMID:39960663
|
研究论文 | 开发了一种名为SpaSNE的空间感知降维方法，用于可视化空间分辨分析数据 | 首次将空间信息整合到t-SNE降维方法中，专门针对空间分辨分析数据设计 | NA | 开发适用于空间分辨分析数据的降维和可视化方法 | 空间分辨分析数据 | 空间转录组学 | NA | 空间分辨分析技术 | t-SNE, UMAP, SpaSNE | 空间分子数据 | 多个公共数据集，涵盖不同疾病、组织和细胞类型 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单分子荧光原位杂交 | Visium, STARmap, MERFISH | 10x Visium空间转录组平台 |
| 10860 | 2025-10-07 |
Exploring the cellular and molecular basis of murine cardiac development through spatiotemporal transcriptome sequencing
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf012
PMID:39960664
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研究论文 | 利用空间转录组测序技术探索小鼠心脏发育过程并构建早期心脏发育的时空细胞图谱 | 首次构建了小鼠早期心脏发育的全面时空细胞图谱，揭示了心脏细胞谱系的空间组织和关键基因动态变化 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类或其他物种中验证 | 探索小鼠心脏发育的细胞和分子基础 | 小鼠心脏发育过程 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |