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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10821 | 2025-10-07 |
Integrating transcriptomics and scPagwas analysis predicts naïve CD4 T cell-related gene DRAM2 as a potential biomarker and therapeutic target for colorectal cancer
2025-Feb-21, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-13731-x
PMID:39984869
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研究论文 | 本研究通过整合转录组学和scPagwas分析,预测与初始CD4 T细胞相关的基因DRAM2作为结直肠癌的潜在生物标志物和治疗靶点 | 首次结合单细胞转录组学和scPagwas算法识别CD4Tn细胞在结直肠癌中的关键作用,并发现DRAM2基因的潜在治疗价值 | 研究样本量有限,需要更大规模的临床验证 | 探索结直肠癌与初始CD4 T细胞的关系,识别生物标志物和治疗靶点 | 结直肠癌患者和结直肠癌细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学, 批量转录组学, 基因敲低实验 | scPagwas算法, 加权基因共表达网络分析, 反卷积算法, SMR算法 | 转录组数据, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
10822 | 2025-10-07 |
Analysis of thyroid carcinoma composition and spatial architecture in the progression of dedifferentiation, lymphatic metastasis, and gastric metastasis
2025-Feb-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06252-5
PMID:39984992
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研究论文 | 利用空间转录组学分析甲状腺癌去分化、淋巴转移和胃转移过程中的细胞组成和空间结构特征 | 首次通过空间转录组学揭示甲状腺癌去分化和转移过程中肿瘤特异性髓系细胞的空间分布特征及其与CD44+组织干细胞的共定位关系 | 胃肠道转移病例罕见,样本量有限,需要更大规模研究验证 | 探索甲状腺癌及其胃肠道转移细胞的空间分布特征和潜在机制 | 甲状腺乳头状癌(PTC)、未分化甲状腺癌(ATC)、ATC相关淋巴转移(ATC-LM)和ATC相关胃转移(ATC-GM) | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 空间转录组学,免疫荧光染色 | NA | 空间基因表达数据,图像数据 | 包含PTC、ATC、ATC-LM和ATC-GM四种病理类型的组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
10823 | 2025-10-07 |
Human spindle-shaped urine-derived stem cell exosomes alleviate severe fatty liver ischemia-reperfusion injury by inhibiting ferroptosis via GPX4
2025-Feb-21, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04202-y
PMID:39985001
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序分析尿液来源干细胞亚型异质性,发现纺锤形尿液干细胞外泌体通过GPX4抑制铁死亡缓解严重脂肪肝缺血再灌注损伤 | 首次发现纺锤形尿液干细胞外泌体通过递送GPX4蛋白特异性抑制铁死亡,为严重脂肪肝缺血再灌注损伤提供了新的治疗策略 | 研究主要基于动物模型和体外实验,尚未进行临床试验验证 | 探索不同尿液来源干细胞亚型对严重脂肪肝缺血再灌注损伤的治疗效果及机制 | 大鼠脂肪肝移植模型、小鼠脂肪肝缺血再灌注模型、脂肪变性肝细胞缺氧复氧模型 | 细胞治疗 | 脂肪肝病 | scRNA-seq, Bulk RNA-seq, 质谱分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
10824 | 2025-10-07 |
Clonal Heterogeneity in Human Pancreatic Ductal Adenocarcinoma and Its Impact on Tumor Progression
2025-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.11.637729
PMID:39990481
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学联合分析,揭示了人类胰腺导管腺癌中克隆异质性对肿瘤进展的影响 | 首次在人类PDAC中系统揭示多克隆共存现象,挑战了传统的基底型/经典型二元分类,提出了受克隆进化和空间组织影响的转录连续谱概念 | 样本量相对有限(n=62),需要更大队列验证罕见克隆表型转换的普遍性 | 探究胰腺导管腺癌中克隆异质性对肿瘤生物学的贡献 | 人类原发性胰腺导管腺癌样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 系统发育分析 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 62例人类PDAC样本,包含443,451个单细胞和53,236个空间转录组位点 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
10825 | 2025-10-07 |
CausalGeD: Blending Causality and Diffusion for Spatial Gene Expression Generation
2025-Feb-11, ArXiv
PMID:39990788
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研究论文 | 提出了一种结合因果关系和扩散模型的空间基因表达生成方法CausalGeD | 将因果注意力变换器从图像生成推广到基因表达数据,无需预定义关系即可捕获调控机制 | NA | 整合单细胞RNA测序和空间转录组数据以理解空间背景下的基因表达 | 10个组织数据集的空间基因表达数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 扩散模型, 自回归过程, 因果注意力变换器 | 基因表达数据 | 10个组织数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
10826 | 2025-10-07 |
Metabolic Adaptations Rewire CD4 T Cells in a Subset-Specific Manner in Human Critical Illness with and without Sepsis
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635146
PMID:39975258
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研究论文 | 本研究通过分析危重症患者CD4 T细胞的代谢特性,揭示了调节性T细胞在脓毒症中的代谢适应机制 | 首次发现危重症患者中调节性T细胞通过获得糖酵解能力来稳定其抑制性标志物,并确定了犬尿氨酸代谢在此过程中的关键作用 | 样本量相对有限,未能完全阐明所有CD4 T细胞亚群的具体代谢变化机制 | 探究危重症患者CD4 T细胞的代谢适应机制及其与免疫功能的关系 | 危重症患者(包括脓毒症和非脓毒症)及健康成年人的CD4 T细胞 | 免疫代谢学 | 脓毒症 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 危重症患者和健康成年人的CD4 T细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10827 | 2025-10-07 |
Cigarette smoke and biological age induce degenerative heterogeneity in retinal pigment epithelium
2025-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635096
PMID:39974955
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研究论文 | 本研究探讨香烟烟雾通过表观遗传变化诱导视网膜色素上皮细胞退化异质性及其与年龄相关性黄斑变性的关联 | 首次结合单核RNA测序和ATAC测序揭示香烟烟雾诱导的RPE退化异质性机制,并发现年轻与老年RPE对烟雾损伤的不同响应模式 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本数量有限,需要更大规模验证 | 探究香烟烟雾如何通过表观遗传机制诱导视网膜色素上皮细胞退化异质性并加速眼部老化 | 年轻和老年小鼠的视网膜色素上皮/脉络膜组织,以及人类供体的黄斑RPE组织 | 表观遗传学 | 年龄相关性黄斑变性 | snRNA-seq, snATAC-seq, scRNA-seq, TUNEL标记 | NA | 单细胞转录组数据,表观基因组数据 | 年轻和老年小鼠RPE/脉络膜组织,3例人类供体黄斑组织(吸烟者、早期AMD患者、非吸烟者各1例) | NA | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10828 | 2025-10-07 |
Ectopic expression of NKG7 enhances CAR-T function and improves the therapeutic efficacy in liquid and solid tumors
2024-Dec, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2024.107506
PMID:39551173
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现NKG7过表达可增强CAR-T细胞功能并提高对液体和实体瘤的治疗效果 | 首次利用临床样本单细胞测序数据发现NKG7可作为增强CAR-T细胞功能的靶点,并验证其在多种消化系统癌症模型中的治疗效果 | 研究样本量有限(19例单细胞测序数据),且缺乏治疗后活检样本验证 | 探索增强CAR-T细胞功能的策略并提高其抗肿瘤疗效 | 消化系统癌症患者肿瘤浸润T细胞及B7H3阳性消化系统癌细胞系 | 单细胞测序分析 | 消化系统癌症 | 单细胞RNA测序 | CAR-T细胞模型 | 单细胞RNA测序数据 | 19例消化系统癌症临床样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10829 | 2025-10-07 |
Gas6-Axl signal promotes indoor VOCs exposure-induced pulmonary fibrosis via pulmonary microvascular endothelial cells-fibroblasts cross-talk
2024-08-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.134786
PMID:38824778
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研究论文 | 本研究通过建立室内VOCs暴露小鼠模型,揭示了Gas6-Axl信号通过肺微血管内皮细胞与成纤维细胞相互作用促进肺纤维化的新机制 | 首次发现室内VOCs暴露通过诱导肺微血管内皮细胞PANoptosis表型分泌Gas6,激活成纤维细胞Axl受体促进肺纤维化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性需要进一步验证 | 阐明室内挥发性有机化合物暴露诱导肺纤维化的分子机制 | 小鼠模型、肺微血管内皮细胞、肺成纤维细胞 | 单细胞组学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | VOCs暴露小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10830 | 2025-10-07 |
Engrailed transcription factors direct excitatory cerebellar neuron diversity and survival
2023-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.30.569445
PMID:38077070
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间表达分析定义了小脑核兴奋性神经元的分子亚域,并揭示了Engrailed转录因子在神经元多样性和存活中的关键作用 | 首次在胚胎发育过程中定义小脑核内侧兴奋性神经元的分子亚域,并发现EN1/2转录因子在小脑兴奋性神经元谱系中的保守功能 | 研究主要关注胚胎发育阶段,对成年后神经元功能的长期影响需要进一步验证 | 探究小脑核兴奋性神经元多样性发育机制及转录因子调控作用 | 小鼠小脑核兴奋性神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间表达分析 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 胚胎期小鼠小脑组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10831 | 2025-10-07 |
Integration of single-cell and bulk RNA sequencing data using machine learning identifies oxidative stress-related genes LUM and PCOLCE2 as potential biomarkers for heart failure
2025-Apr, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140793
PMID:39929468
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,利用机器学习识别出氧化应激相关基因LUM和PCOLCE2作为心力衰竭的潜在生物标志物 | 首次整合单细胞和bulk RNA测序数据,结合多种机器学习算法系统识别心力衰竭的氧化应激相关生物标志物 | 需要进一步研究验证其临床实用性 | 识别心力衰竭的氧化应激相关生物标志物 | 心力衰竭患者和横主动脉缩窄诱导的心力衰竭小鼠模型 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | LASSO,XGBoost,Boruta,随机森林,梯度提升机,决策树,SVM-RFE | 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
10832 | 2025-10-07 |
Tumor infiltration of inactive CD8 + T cells was associated with poor prognosis in Gastric Cancer
2025-Mar, Gastric cancer : official journal of the International Gastric Cancer Association and the Japanese Gastric Cancer Association
IF:6.0Q1
DOI:10.1007/s10120-024-01577-4
PMID:39722065
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研究论文 | 本研究通过免疫组化和单细胞RNA测序分析胃癌组织中CD8+T细胞的浸润情况及其与预后的关系 | 首次发现高CD8+T细胞浸润组中存在的CD8+T细胞功能失活现象,并揭示了其与不良预后的关联机制 | 样本量相对有限,仅包含34例单细胞测序样本,且所有样本来自单一机构 | 探索胃癌复杂肿瘤免疫微环境中各类免疫细胞的功能作用 | 胃癌患者肿瘤组织和正常组织 | 数字病理学 | 胃癌 | 免疫组织化学,单细胞RNA测序 | NA | 图像,单细胞RNA测序数据 | 157例胃癌患者(其中34例进行单细胞RNA测序) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10833 | 2025-10-07 |
Sciatic nerve stimulation enhances NK cell cytotoxicity through dopamine signaling and synergizes immunotherapy in triple-negative breast cancer
2025-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy
IF:15.8Q1
DOI:10.1016/j.drup.2025.101212
PMID:39951881
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研究论文 | 本研究探讨坐骨神经刺激通过多巴胺信号增强NK细胞毒性并与免疫疗法协同治疗三阴性乳腺癌 | 首次揭示坐骨神经刺激通过D1样多巴胺受体-cAMP-PKA-CREB信号通路增强NK细胞抗肿瘤活性,并与抗PD-1疗法产生协同效应 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人体验证 | 研究坐骨神经刺激对三阴性乳腺癌抗肿瘤免疫反应和免疫治疗效果的影响 | 三阴性乳腺癌小鼠模型和4T1肿瘤细胞 | 癌症免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫组织化学 | 小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据, 组织图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10834 | 2025-10-07 |
Therapeutic implications of endoplasmic reticulum stress gene CCL3 in cervical squamous cell carcinoma
2025-Feb-20, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-024-09949-3
PMID:39976849
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研究论文 | 本研究通过分析内质网应激基因在宫颈鳞状细胞癌中的表达,建立分子亚型和预后模型,并验证CCL3基因在肿瘤进展中的关键作用 | 首次发现CCL3基因在CESC中的预后价值,并通过单细胞RNA测序揭示其在CD8+T细胞亚群中的表达特征 | 研究主要基于公共数据库数据,需要更多独立队列验证预后模型的普适性 | 探讨内质网应激相关基因在宫颈鳞状细胞癌中的预后价值和治疗意义 | 宫颈鳞状细胞癌患者样本、HeLa和SiHa细胞系、裸鼠模型 | 癌症生物学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, Lasso Cox回归分析, 基因敲降, 基因过表达 | 预后模型, 动物模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | TCGA和GSE39001数据集,GSE168652单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 全基因组表达谱 | NA | NA |
10835 | 2025-10-07 |
Corticosteroid premedication on anti-tumor effect of immune checkpoint blockade in murine hepatocellular carcinoma models
2025-Feb-20, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009704
PMID:39979068
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研究论文 | 本研究评估了皮质类固醇预给药对双重免疫检查点阻断治疗小鼠肝细胞癌模型抗肿瘤效果的影响 | 首次系统评估不同剂量地塞米松预给药对双重免疫检查点阻断治疗肝细胞癌抗肿瘤效果的影响,并采用单细胞RNA测序分析肿瘤浸润T细胞的变化 | 研究基于小鼠模型,结果需在临床试验中进一步验证;样本量相对有限 | 探究皮质类固醇预给药是否会削弱双重免疫检查点阻断治疗的抗肿瘤效果 | 小鼠肝细胞癌模型(原位BNL 1MEA.7R.1和皮下Hepa1-6同基因模型) | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,细胞因子定量,细胞毒性检测 | 动物模型 | 基因表达数据,肿瘤重量数据,细胞表型数据 | 两种小鼠肝癌模型,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10836 | 2025-10-07 |
A novel HVEM-Fc recombinant protein for lung cancer immunotherapy
2025-Feb-20, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03324-8
PMID:39979981
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研究论文 | 本研究开发了一种新型HVEM-Fc重组蛋白,用于肺癌免疫治疗 | 首次开发HVEM-Fc重组融合蛋白,证明其能增强T细胞活性并与PD-1抑制剂产生协同抗肿瘤效果 | 研究主要基于小鼠模型和类器官,需要进一步临床验证 | 评估HVEM-Fc重组蛋白在肺癌免疫治疗中的疗效和机制 | C57BL/6小鼠肺癌模型、患者来源类器官、T细胞 | 免疫治疗 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、bulk RNA测序、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 小鼠肺癌模型和患者来源类器官 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
10837 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics in autoimmune rheumatic disease: potential clinical applications and perspectives
2025-Feb-20, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-025-00369-2
PMID:39980019
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术在自身免疫性风湿病研究中的应用进展及临床转化前景 | 系统探讨空间转录组学在风湿病领域揭示免疫细胞空间分布和细胞间相互作用的新视角 | NA | 总结空间转录组学发展及其在自身免疫性风湿病病理机制研究中的应用 | 类风湿关节炎、系统性红斑狼疮和干燥综合征等自身免疫性风湿病 | 空间转录组学 | 自身免疫性风湿病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
10838 | 2025-10-07 |
Comprehensive analysis of long non-coding RNA and mRNA expression patterns during seminiferous tubules maturation in Guanzhong dairy goats
2025-Feb-18, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11320-7
PMID:39966702
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了关中奶山羊生精小管成熟过程中lncRNA和mRNA的表达模式及其在精子发生中的调控作用 | 首次在关中奶山羊中系统鉴定生精小管发育不同阶段的lncRNA和mRNA表达谱,构建了lncRNA-mRNA互作网络,并利用单细胞转录组数据验证关键基因表达 | 研究仅比较了两个发育时间点(45天和240天),缺乏中间发育阶段的连续动态分析 | 探究奶山羊生精小管成熟过程中lncRNA和mRNA的表达规律及其在精子发生中的功能 | 关中奶山羊生精小管组织 | 转录组学 | 生殖系统发育 | RNA-seq, 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 两个发育阶段(45天和240天)的奶山羊生精小管样本 | NA | 转录组测序, 单细胞转录组测序 | NA | NA |
10839 | 2025-10-07 |
Efficient Identification of Monoclonal Antibodies Against Rift Valley Fever Virus Using High-Throughput Single Lymphocyte Transcriptomics of Immunized Mice
2025-Feb-04, Antibodies (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antib14010012
PMID:39982227
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研究论文 | 本研究利用高通量单淋巴细胞转录组学技术从免疫小鼠中高效鉴定抗裂谷热病毒的单克隆抗体 | 首次将10x Genomics高通量单细胞分析技术应用于裂谷热病毒抗体的发现,实现了对稀有且强效抗体的高效筛选 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类中进行验证 | 开发针对裂谷热病毒的有效治疗性抗体 | 免疫小鼠的脾细胞记忆B细胞群体 | 免疫学 | 裂谷热 | 单细胞转录组测序,流式细胞分选 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 从小鼠脾细胞中分选的记忆B细胞群体 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞分析平台 |
10840 | 2025-10-07 |
A Review and New Insights Into Spermatogenesis From Single-Cell RNA Sequencing
2025-Feb, Reproduction in domestic animals = Zuchthygiene
DOI:10.1111/rda.70019
PMID:39985199
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在精原干细胞鉴定和精子发生研究中的进展与应用 | 利用单细胞RNA测序技术揭示睾丸细胞异质性,识别细胞亚群分类和特异性表达基因 | 缺乏家畜特异性分子标记,阻碍精原干细胞的完全筛选和纯化 | 探索精原干细胞的维持、自我更新和分化机制 | 精原干细胞和睾丸细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |