单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10801	2024-08-05	Novel method to repair articular cartilage by direct reprograming of prechondrogenic mesenchymal stem cells 2021-Nov-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2021.174416 PMID:34606836	研究论文	本研究提出了一种通过直接重编程前软骨源间充质干细胞来修复关节软骨的新方法	本研究创新性地利用外部电场促进前软骨形成，而无需基因修饰或外源性因子	本研究未提到对动物模型的长期应用效果	旨在提高用于修复软骨缺损的软骨细胞的生成效率	使用犬的脂肪来源间充质干细胞（ADSCs）作为研究对象	数字病理学	NA	电刺激（ES）	NA	单细胞RNA测序分析	犬的ADSC微团
10802	2024-08-05	Significance and limitations of the use of next-generation sequencing technologies for detecting mutational signatures 2021-Nov, DNA repair IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.dnarep.2021.103200 PMID:34411908	综述	本文探讨了不同的下一代测序技术在检测突变特征中的重要性和限制	文章总结了多种下一代测序技术的应用及其固有的测序偏见与技术伪影	每种测序技术都有其固有的偏见和可能产生的技术伪影，这可能影响突变特征的可靠提取	研究不同下一代测序技术检测突变模式及解读突变特征的相关性和前景	聚焦于人类癌症的突变特征及其与环境因素和DNA修复通路的关系	数字病理学	肿瘤	下一代测序技术（NGS）	NA	基因组数据	NA
10803	2024-08-05	Single-cell transcriptome atlas of the leaf and root of rice seedlings 2021-Oct-20, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2021.06.001 PMID:34340913	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了水稻幼苗的叶子和根部的转录组特征	首次构建了水稻幼苗的单细胞转录组图谱，并揭示了细胞类型特异的转录响应与环境刺激之间的关系	目前的研究仅关注于特定的环境胁迫下的转录组特征，可能未涵盖所有可能的应激条件	研究水稻幼苗在不同环境刺激下的单细胞转录组特征及其细胞特异性响应	水稻幼苗的237,431个个体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	237,431个个体细胞
10804	2024-08-05	Tissue-specific smooth muscle cell subtypes identified by transcriptional profiling 2021-Oct, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2021.106055 PMID:34411694	研究论文	本文研究了不同组织中特定平滑肌细胞(SMCs)的转录组特征	识别了平滑肌细胞的新亚型并揭示其在不同组织内的功能多样性	研究基于小鼠数据，可能不完全适用于人类	探讨特定平滑肌细胞的转录组特征及其适应性	提取了来源于八种小鼠组织的平滑肌细胞转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	八种小鼠组织的平滑肌细胞样本
10805	2024-08-05	Implication of specific retinal cell-type involvement and gene expression changes in AMD progression using integrative analysis of single-cell and bulk RNA-seq profiling 2021-Aug-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-95122-3 PMID:34341398	研究论文	本研究分析了与年龄相关性黄斑变性（AMD）进展相关的特定视网膜细胞类型及基因表达变化	本研究首次结合单细胞RNA测序和大量RNA测序深入探讨了视网膜疾病的分子机制，识别了267个细胞类型特异基因	研究对象仅包括两名成人供体的视网膜细胞，样本限制可能影响结果的广泛适用性	探讨AMD进展过程中的细胞类型组成和基因表达变化	来自两名成人供体的视网膜细胞及十五名成人供体的RNA样本	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序和大规模RNA测序	NA	转录组数据	约93,000个细胞和15名成人供体的样本
10806	2024-08-05	XenoCell: classification of cellular barcodes in single cell experiments from xenograft samples 2021-Jan-29, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-021-00872-8 PMID:33514375	研究论文	本文开发了XenoCell，一个用于单细胞实验的细胞条形码分类工具	XenoCell是第一个独立的预处理工具，能够快速可靠地分类来自宿主和移植物的细胞条形码	在处理混合物种细胞实验时可能仍存在一定的挑战，尤其在高复杂性的样本中	研究旨在提高在异种移植样本中准确区分宿主与移植物的细胞序列读取的能力	研究对象为来自患者衍生活检的异种移植样本的单细胞序列数据	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	序列数据	在10× Genomics平台的混合物种50:50细胞系实验和公开的PDX数据集中使用
10807	2024-08-05	Metastatic Conditioning of Myeloid Cells at a Subcutaneous Synthetic Niche Reflects Disease Progression and Predicts Therapeutic Outcomes 2020-02-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-19-1932 PMID:31662327	研究论文	本研究监测了合成生物材料支架中髓系细胞的转移条件，反映了疾病进展并预测了治疗结果	引入合成转移微环境作为监测肿瘤细胞动态的创新途径	研究主要集中在小鼠模型上，翻译到人类临床应用时可能会存在差异	探讨合成微环境中免疫细胞的表型如何反映转移性疾病的进展及其对治疗的反应	分析植入生物材料支架后，髓系细胞在不同时间点的免疫表型变化	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	组织样本	治疗前后单只小鼠的多个生物材料植入样本
10808	2024-08-05	Benchmarking principal component analysis for large-scale single-cell RNA-sequencing 2020-01-20, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1900-3 PMID:31955711	研究论文	本文评估了用于大规模单细胞RNA测序数据集的主成分分析(PCA)算法	提出了基于Krylov子空间和随机奇异值分解的PCA算法的基准评估	未提及特定的局限性	评估现有的快速和内存高效的PCA算法在大规模scRNA-seq数据集中的应用	大规模单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集	数字病理学	NA	RNA测序	NA	数据集	NA
10809	2024-08-05	Single-Cell Analysis Uncovers a Vast Diversity in Intracellular Viral Defective Interfering RNA Content Affecting the Large Cell-to-Cell Heterogeneity in Influenza A Virus Replication 2020-01-07, Viruses DOI:10.3390/v12010071 PMID:31936115	研究论文	本研究探讨了缺陷干扰颗粒（DIP）对流感A病毒复制过程中细胞间变异性的影响	首次揭示了感染细胞中缺陷干扰vRNA含量的显著细胞间异质性及其对病毒释放的影响	未明确探讨不同DIP类型对细胞间变异性的具体作用	研究缺陷干扰颗粒在流感A病毒复制中的作用及其对细胞间异质性的影响	流感A病毒感染的细胞及其内部缺陷干扰RNA含量	病毒学	流感	单细胞RNA测序, 逆转录聚合酶链反应	NA	RNA	使用细胞样本进行分析，具体样本数量未说明
10810	2024-08-05	Identification of a regeneration-organizing cell in the Xenopus tail 2019-05-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aav9996 PMID:31097661	研究论文	本文识别了一种在蟾蜍尾部再生中起关键作用的细胞类型。	首次发现再生组织细胞（ROC），其在再生能够的蝌蚪中从表皮移动到截肢面并形成伤口表皮。	研究的对象仅限于蝌蚪，可能无法直接应用于其他物种或更复杂的生物系统。	探索蝌蚪的再生机制和功能细胞的特征。	研究了再生能力不同的蝌蚪，并探讨了ROC的作用。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	多个再生能力不同的蝌蚪样本
10811	2024-08-05	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Transcriptional Landscape of Neutrophils and Highlights the Role of TREM-1 in EAE 2024-Sep, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200278 PMID:38954781	研究论文	本文揭示了中性粒细胞的转录组特征，并强调了TREM-1在实验性自身免疫性脑脊髓炎中的作用	首次构建了EAE中颈部淋巴结内中性粒细胞的单细胞免疫细胞图谱，并发现TREM-1在中性粒细胞迁移中的关键作用	该研究在EAE小鼠模型中进行，结果可能不能完全代表人类多发性硬化症的病理机制	研究中性粒细胞在EAE进展过程中的功能及其转录组特征	中性粒细胞及其在颈部淋巴结中的不同亚型	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	EAE小鼠中观察到的大量中性粒细胞和多发性硬化症患者的外周中性粒细胞
10812	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing reveals reduced intercellular adhesion molecule crosstalk between activated hepatic stellate cells and neutrophils alleviating liver fibrosis in hepatitis B virus transgenic mice post menstrual blood-derived mesenchymal stem cell transplantation 2024-Aug, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.654 PMID:39040848	研究论文	该研究探讨了月经血来源的间充质干细胞对乙型肝炎病毒转基因小鼠肝纤维化的治疗作用	通过单细胞RNA测序，揭示了激活的肝星状细胞与中性粒细胞之间的细胞间黏附分子相互作用减少的机制	研究主要集中在小鼠模型上，缺乏对人类的直接验证	揭示月经血来源的间充质干细胞在肝纤维化治疗中的作用机制	研究对象为乙型肝炎病毒转基因小鼠及其肝组织中的细胞	数字病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	乙型肝炎病毒转基因小鼠模型，具体样本量未提及
10813	2024-08-05	Amphiregulin-producing TH2 cells facilitate esophageal fibrosis of eosinophilic esophagitis 2024-Aug, The journal of allergy and clinical immunology. Global DOI:10.1016/j.jacig.2024.100287 PMID:39040657	研究论文	这篇文章探讨了TH2细胞产生的amphiregulin在嗜酸粒细胞食管炎中的作用，导致食管纤维化。	本研究首次揭示了TH2细胞产生的amphiregulin在食管纤维化中的作用，并提出其作为潜在治疗靶点的可能性	本研究主要基于小鼠模型及少量人类样本，可能影响普适性	阐明嗜酸粒细胞食管炎中食管纤维化的细胞和分子机制	研究对象为嗜酸粒细胞食管炎模型小鼠及其对应的人类患者样本	数字病理学	嗜酸粒细胞食管炎	单细胞RNA测序，流式细胞术，免疫组织化学	小鼠模型	组织活检样本	小鼠模型与少量人类患者样本
10814	2024-08-04	Exploring ABHD5 as a Lipid-Related Biomarker in Idiopathic Pulmonary Fibrosis: Integrating Machine Learning, Bioinformatics, and In Vitro Experiments 2024-Jul-24, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02107-1 PMID:39046603	研究论文	本研究探讨了ABHD5作为特发性肺纤维化(IPF)的脂质相关生物标志物的潜力	通过整合机器学习、生物信息学和体外实验，提出了ABHD5作为IPF新生物标志物的概念	研究可能存在样本量不足或特定数据集选择偏倚的问题	旨在探索IPF的脂质相关生物标志物及其机制	涉及特发性肺纤维化相关的数据集与细胞实验	数字病理学	特发性肺纤维化	机器学习、单细胞测序，细胞计数试剂盒-8，5-乙炔基-2'-脱氧尿苷	NA	基因表达数据，单细胞测序数据	涉及多个数据集和细胞实验，具体样本数量未提供
10815	2024-08-04	Key factor screening in mouse NASH model using single-cell sequencing combined with machine learning 2024-Jul-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33597 PMID:39040415	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习相结合，识别与非酒精性脂肪肝炎（NASH）进展密切相关的基因	结合单细胞RNA测序和深度学习技术，揭示了NASH相关基因与免疫细胞之间的关系	NA	识别与NASH进展相关的关键基因	小鼠NASH模型中的细胞群体和基因	数字病理学	非酒精性脂肪肝炎	单细胞RNA测序	卷积神经网络	基因数据	比较Chow组和NASH组的细胞群体数据
10816	2024-08-04	Mechanisms of regeneration: to what extent do they recapitulate development? 2024-Jul-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202541 PMID:39045847	回顾	该文章探讨了再生生物学中再生与发育的关系及其机制	提出了再生是一种更动态和可变的过程，并探讨了其对形态发生的新理解	未提及具体的实验数据或样本分析	研究再生与发育之间的关系及其背后的生物机制	主要集中在不同模型生物的再生机制	生物学	NA	单细胞转录组学, CRISPR系统	NA	NA	NA
10817	2024-08-05	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing identifies a signature based on drug response genes to predict prognosis and therapeutic response in ovarian cancer 2024-Jul-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33367 PMID:39040239	研究论文	本研究利用单细胞和大规模RNA测序识别出可预测卵巢癌预后和治疗反应的药物反应基因特征	首次结合单细胞RNA测序和大规模RNA测序，构建了高灵敏度和特异性的预后模型	未提及具体样本大小和多样性，可能影响模型的普适性	探索卵巢癌的可靠生物标志物，以预测药物反应和指导治疗选择	卵巢癌患者和其基因表达数据	数字病理学	卵巢癌	RNA测序	NA	基因表达数据	NA
10818	2024-08-04	Translatome profiling reveals Itih4 as a novel smooth muscle cell-specific gene in atherosclerosis 2024-Jul-02, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae028 PMID:38289873	研究论文	本文通过转录组分析，识别出Itih4作为动脉粥样硬化中特异性的平滑肌细胞基因。	首次确定Itih4为与动脉粥样硬化相关的平滑肌细胞特异性基因，并链接其与冠状动脉疾病的关系。	研究依赖于特定的转基因小鼠模型，可能限制结果的普适性。	探讨平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的基因表达变化。	使用SMCTRAP小鼠模型分析动脉粥样硬化相关的平滑肌细胞基因表达。	数字病理学	动脉粥样硬化	转译核糖体亲和纯化测序	转基因小鼠	组织样本	15个月大的SMCTRAP和SMCTRAP-AS小鼠的胸主动脉样本
10819	2024-08-04	Exploring the immune landscape and drug prediction of an M2 tumor-associated macrophage-related gene signature in EGFR-negative lung adenocarcinoma 2024-Jul, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15375 PMID:38886907	研究论文	本研究探讨了EGFR阴性肺腺癌中M2肿瘤相关巨噬细胞基因特征的免疫景观和药物预测	构建了基于M2-TAM的预后特征，揭示了EGFR阴性肺腺癌的免疫景观，并预测了免疫治疗反应	可能缺乏大样本验证，临床适用性需进一步研究	改善EGFR阴性肺腺癌患者的免疫治疗效果	EGFR阴性肺腺癌（LUAD）患者	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和大规模RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	NA
10820	2024-08-04	PARE: A framework for removal of confounding effects from any distance-based dimension reduction method 2024-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012241 PMID:38985831	研究论文	本研究介绍了一种去除混杂效应的PARE框架，可应用于任何基于距离的降维方法	PARE框架允许从任何距离基础的降维方法中去除混杂效应，扩展了降维方法的应用	暂无明显的限制提及	研究目标是开发一种去除混杂效应的框架，以提高生物学模式的可视化	研究对象包括基因组和神经影像数据	数字病理学	NA	NA	NA	高维数据	涉及单细胞测序数据和神经影像测量的多种样本