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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10801 | 2025-10-07 |
Identification of microenvironment features associated with primary resistance to anti-PD-1/PD-L1 + antiangiogenesis in gastric cancer through spatial transcriptomics and plasma proteomics
2024-Sep-13, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02092-x
PMID:39272096
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研究论文 | 通过空间转录组学和血浆蛋白质组学分析胃癌对抗PD-1/PD-L1+抗血管生成联合疗法原发性耐药的肿瘤微环境特征 | 首次结合空间转录组学和血浆蛋白质组学系统分析胃癌联合治疗耐药机制,发现M2巨噬细胞浸润和S100A10过表达的关键作用 | 研究样本仅限REGOMUNE II期临床试验的 Caucasian 患者群体,样本代表性有限 | 探究胃癌患者对抗PD-1/PD-L1+抗血管生成联合疗法原发性耐药的分子机制 | 晚期胃癌患者 | 空间转录组学 | 胃癌 | 空间转录组学, 血浆蛋白质组学, 生物标志物分析 | NA | 空间转录组数据, 血浆蛋白质数据, 临床数据 | REGOMUNE II期临床试验患者群体 | NA | 空间转录组学, 血浆蛋白质组学 | NA | NA |
10802 | 2025-10-07 |
Single-cell atlas of the human brain vasculature across development, adulthood and disease
2024-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07493-y
PMID:38987604
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建了人类大脑血管系统在发育期、成年期和疾病状态下的分子图谱 | 首次在单细胞水平系统描绘人类大脑血管系统的分子异质性,揭示了疾病状态下动静脉分化改变和胎儿期基因重新激活等新现象 | 样本来源和数量仍有限,未能覆盖所有脑部血管疾病类型 | 解析人类大脑血管系统的细胞和分子结构 | 人类胎儿和成年患者的大脑血管内皮细胞、周细胞及其他组织来源细胞 | 单细胞基因组学 | 脑部血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 117个样本,606,380个细胞,来自68名人类胎儿和成年患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10803 | 2025-10-07 |
SFXN1-mediated immune cell infiltration and tumorigenesis in lung adenocarcinoma: A potential therapeutic target
2024-May-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.111918
PMID:38537539
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研究论文 | 本研究探讨了SFXN1在肺腺癌中的功能作用及其作为治疗靶点的潜力 | 首次揭示SFXN1通过调节ERK磷酸化和CCL20表达影响免疫细胞浸润的分子机制 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库,需要更多临床样本验证 | 研究SFXN1在肺腺癌进展中的功能意义并评估其治疗靶点潜力 | 肺腺癌细胞系、TCGA和GEO数据库中的RNA-seq和scRNA-seq数据 | 肿瘤免疫学 | 肺腺癌 | RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, Western blot, IHC | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、体外实验数据 | TCGA和GEO数据库中的肺腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
10804 | 2025-10-07 |
Integrated scRNAseq analyses of mouse cochlear supporting cells reveal the involvement of Ezh2 in hair cell regeneration
2024-Jan-28, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-023-09173-y
PMID:38281217
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研究论文 | 通过整合分析小鼠耳蜗支持细胞的单细胞RNA测序数据,揭示Ezh2在毛细胞再生中的潜在作用 | 首次通过整合多个发育时间点的单细胞RNA测序数据,识别出与发育阶段相关的共表达基因,并发现Ezh2和KLF15可能是关键转录调控因子 | 研究主要基于公共数据库的测序数据,需要进一步实验验证Ezh2的具体调控机制 | 探索小鼠耳蜗毛细胞再生能力的分子基础 | 小鼠耳蜗前感觉细胞和支持细胞 | 单细胞转录组学 | 听力损伤 | 单细胞RNA测序, 基因集富集分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠耳蜗组织从胚胎期14天到出生后33天的多个时间点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10805 | 2025-10-07 |
Innate and adaptive AAV-mediated immune responses in a mouse model of Duchenne muscular dystrophy
2023-Sep-14, Molecular therapy. Methods & clinical development
DOI:10.1016/j.omtm.2023.06.002
PMID:37746243
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研究论文 | 本研究通过建立小鼠模型探究AAV介导的先天性和适应性免疫反应机制 | 开发了间隔4周双次给药AAV9的小鼠模型,更好地模拟人类对AAV的免疫反应 | 研究仅在小鼠模型中进行,与人类免疫系统存在差异 | 理解AAV诱导的免疫反应机制 | 杜氏肌营养不良症小鼠模型 | 免疫学 | 杜氏肌营养不良症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10806 | 2025-10-07 |
Immune checkpoint blockade induces distinct alterations in the microenvironments of primary and metastatic brain tumors
2023-09-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI169314
PMID:37655659
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了免疫检查点阻断对脑转移瘤和胶质母细胞瘤微环境的不同影响 | 首次在单细胞水平比较ICB对原发性和转移性脑肿瘤免疫微环境的差异影响,发现ICB在脑转移瘤中诱导更显著的T细胞浸润和独特的血管周巨噬细胞变化 | 样本量相对有限(28个脑转移瘤样本),且为观察性研究 | 探究免疫检查点阻断对脑肿瘤微环境的调控机制 | 脑转移瘤患者肿瘤组织 | 单细胞组学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 免疫荧光图像 | 28个脑转移瘤样本(19个ICB初治,9个ICB治疗) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
10807 | 2025-10-07 |
Matrix stiffness enhances cancer-macrophage interactions and M2-like macrophage accumulation in the breast tumor microenvironment
2023-06, Acta biomaterialia
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.actbio.2022.04.031
PMID:35483629
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探究基质刚度对乳腺肿瘤微环境中细胞异质性和巨噬细胞极化的影响 | 首次系统揭示基质刚度通过调节CSF-1表达促进M2样巨噬细胞募集的新机制 | 研究仅使用MMTV-PyMT小鼠模型,尚未在人类肿瘤中验证 | 探究基质刚度对肿瘤异质性和肿瘤微环境中细胞间通讯的影响 | MMTV-PyMT小鼠乳腺肿瘤模型 | 单细胞生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10808 | 2025-10-07 |
Rare and Common Variants in KIF15 Contribute to Genetic Risk of Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2022-07-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202110-2439OC
PMID:35417304
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研究论文 | 本研究通过全外显子测序和基因负荷分析,发现KIF15基因的罕见有害变异和常见变异与特发性肺纤维化遗传风险相关 | 首次将非端粒酶途径的细胞增殖通路与IPF易感性联系起来,并确认KIF15在肺细胞复制中的特异性表达 | 样本量相对有限,功能验证主要在淋巴母细胞中进行,未在肺组织中进行直接验证 | 识别特发性肺纤维化和家族性肺纤维化中富含罕见有害变异的基因 | 特发性肺纤维化患者和对照人群 | 遗传学 | 特发性肺纤维化 | 全外显子测序,单细胞RNA测序,基因负荷分析,功能研究 | NA | 基因组数据,转录组数据 | 发现队列:1,725病例和23,509对照;总队列:2,966病例和29,817对照 | NA | 全外显子测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
10809 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA transcriptome landscape of hepatocytes and non-parenchymal cells in healthy and NAFLD mouse liver
2021-Nov-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.103233
PMID:34755088
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了健康和非酒精性脂肪肝小鼠肝脏中肝细胞及非实质细胞的转录组景观 | 发现了肝星状细胞在基因表达调控和向肌成纤维细胞转分化中的双重作用,识别了三种嵌合型非实质细胞 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究非酒精性脂肪肝发病机制的细胞分子基础 | 健康和非酒精性脂肪肝小鼠肝脏中的肝细胞及非实质细胞 | 单细胞组学 | 非酒精性脂肪肝 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 82,168个单细胞转录组,涵盖不同NAFLD阶段 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10810 | 2025-10-07 |
Processing single-cell RNA-seq data for dimension reduction-based analyses using open-source tools
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100450
PMID:33982010
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研究论文 | 介绍使用开源工具构建单细胞RNA测序数据处理流程,用于降维分析 | 提出模块化开源软件构建的完整数据分析流程,强调流程灵活性优于商业平台 | 未提及具体性能指标或与其他方法的对比验证 | 开发灵活的单细胞RNA测序数据处理流程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10811 | 2025-10-07 |
Succinate Produced by Intestinal Microbes Promotes Specification of Tuft Cells to Suppress Ileal Inflammation
2020-12, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2020.08.029
PMID:32828819
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研究论文 | 本研究揭示了肠道微生物通过产生琥珀酸促进簇细胞分化,从而抑制回肠炎症的机制 | 首次发现琥珀酸介导的微生物-簇细胞互作在克罗恩病中的保护作用,并鉴定出ATOH1非依赖性簇细胞亚群 | 样本量有限(人类样本n=33),机制研究主要基于小鼠模型 | 研究肠道簇细胞在克罗恩病炎症反应中的功能机制 | 克罗恩病患者肠道组织、小鼠炎症模型、肠道微生物 | 肠道免疫学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序、质谱分析、微生物组分析、显微成像、细胞因子检测 | NA | 基因表达数据、代谢组数据、微生物组数据、图像数据 | 人类样本33例(19例克罗恩病患者+14例健康对照),多种基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10812 | 2025-10-07 |
Dual indexed library design enables compatibility of in-Drop single-cell RNA-sequencing with exAMP chemistry sequencing platforms
2020-Jul-02, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-06843-0
PMID:32616006
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研究论文 | 开发了一种名为TruDrop的双索引文库设计,使inDrop单细胞RNA测序平台与新型测序化学平台兼容 | 在inDrop单细胞RNA测序平台上设计了双索引文库结构,解决了与新型测序技术兼容性的挑战 | 尚未系统评估其生成高质量数据的能力 | 解决单细胞RNA测序文库设计与新型测序技术的兼容性问题 | 单细胞RNA测序文库 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | Illumina | 单细胞RNA测序 | inDrop, NovaSeq 6000 | inDrop单细胞RNA测序平台, Illumina NovaSeq 6000测序仪 |
10813 | 2025-10-07 |
Novel therapeutic targets uncovered by genome-wide integrative analysis in bronchopulmonary dysplasia
2025-Dec, The journal of maternal-fetal & neonatal medicine : the official journal of the European Association of Perinatal Medicine, the Federation of Asia and Oceania Perinatal Societies, the International Society of Perinatal Obstetricians
DOI:10.1080/14767058.2025.2469837
PMID:39988826
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研究论文 | 通过整合基因组关联研究、单细胞转录组学和孟德尔随机化分析,识别支气管肺发育不良的基因表达失调和分子通路 | 首次将GWAS、scRNA-seq和MR分析整合应用于BPD研究,发现肌成纤维细胞是关键互作细胞类型并鉴定出CDH4等保护基因和GRB10风险基因 | 未提及样本量大小和研究人群特征,缺乏实验验证 | 探索支气管肺发育不良的遗传机制并识别新的治疗靶点 | 极早产儿支气管肺发育不良患者 | 基因组学 | 支气管肺发育不良 | GWAS, scRNA-seq, MR分析 | 孟德尔随机化模型 | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10814 | 2025-10-07 |
The Role of Autophagy and Cell Communication in COPD Progression: Insights from Bioinformatics and scRNA-seq
2025-Dec, COPD
IF:2.2Q3
DOI:10.1080/15412555.2024.2444663
PMID:39991824
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研究论文 | 通过生物信息学和单细胞RNA测序分析自噬相关基因在COPD中的作用及细胞通讯模式 | 结合生物信息学工具和单细胞RNA测序技术,首次系统分析吸烟激活的自噬相关基因在COPD免疫景观和细胞通讯中的作用 | NA | 研究自噬和细胞通讯在慢性阻塞性肺疾病进展中的作用机制 | COPD患者(重点关注吸烟激活的自噬相关基因和免疫细胞) | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10815 | 2025-10-07 |
Presence of tertiary lymphoid structures and exhausted tissue-resident T cells determines clinical response to PD-1 blockade in renal cell carcinoma
2025-Feb-24, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0991
PMID:39992403
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研究论文 | 通过转录组分析确定肾细胞癌对PD-1抑制剂反应的生物标志物 | 首次整合三级淋巴结构和组织驻留耗竭T细胞作为联合生物标志物预测PD-1阻断疗效 | 样本量有限(102例患者),单中心研究 | 探索肾细胞癌对PD-1单药治疗反应的机制 | 晚期肾细胞癌患者 | 肿瘤免疫学 | 肾细胞癌 | 转录组分析, 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 102例肾细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
10816 | 2025-10-07 |
A Case-Driven Multi-Omics Analysis for Longitudinal Ibrutinib Response Evaluation of Patients With Chronic Lymphocytic Leukemia
2025-Feb-23, European journal of haematology
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/ejh.14397
PMID:39988467
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研究论文 | 通过多组学方法评估慢性淋巴细胞白血病患者对伊布替尼治疗的纵向反应 | 首次结合单细胞转录组学等多组学方法分析伊布替尼治疗期间克隆惰性的分子机制 | 仅纳入两名患者样本,样本量较小 | 建立伊布替尼治疗反应评估的多组学分析框架 | 慢性淋巴细胞白血病患者 | 多组学分析 | 慢性淋巴细胞白血病 | 单细胞转录组学, DNA和RNA多组学分析 | NA | 血液样本, 分子数据 | 2名患者 | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
10817 | 2025-10-07 |
FOXO regulation of TXNIP induces ferroptosis in satellite cells by inhibiting glutathione metabolism, promoting Sarcopenia
2025-Feb-21, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-025-05592-1
PMID:39982519
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和转录组分析揭示了FOXO1调控TXNIP表达并通过抑制谷胱甘肽代谢诱导卫星细胞铁死亡导致肌肉减少症的分子机制 | 首次发现FOXO1-TXNIP轴通过抑制谷胱甘肽代谢诱导卫星细胞铁死亡在肌肉减少症发病机制中的核心作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 阐明肌肉减少症的分子发病机制 | 年轻和年老小鼠的骨骼肌组织及卫星细胞 | 单细胞生物学 | 肌肉减少症 | 单细胞测序, 转录组分析, 体外实验, 体内实验 | NA | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据 | 年轻和年老小鼠骨骼肌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
10818 | 2025-10-07 |
Systematic inference of super-resolution cell spatial profiles from histology images
2025-Feb-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57072-6
PMID:39984438
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研究论文 | 提出一种弱监督深度学习方法HistoCell,可从组织学图像直接推断单核级别的超分辨率细胞空间特征 | 首次实现从组织学图像直接推断单核级别的超分辨率细胞空间特征,包括细胞类型、状态及其空间网络 | NA | 从组织学图像推断细胞空间特征以支持癌症诊断和治疗 | 多种癌症组织的组织学图像 | 数字病理学 | 癌症 | 深度学习 | 弱监督深度学习 | 组织学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
10819 | 2025-10-07 |
Bioinformatics analysis reveals key mechanisms of oligodendrocytes and oligodendrocyte precursor cells regulation in spinal cord Injury
2025-Feb-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-90489-z
PMID:39984610
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研究论文 | 通过生物信息学分析揭示少突胶质细胞及其前体细胞在脊髓损伤中的调控机制 | 提出基于预后差异表达ODC/OPC分化相关基因的新型脊髓损伤分类模型 | NA | 研究脊髓损伤中少突胶质细胞及其前体细胞的调控机制 | 小鼠样本和人类临床队列中的脊髓损伤细胞 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序, 微阵列分析 | 分类模型 | 单细胞测序数据, 微阵列数据, 临床评估数据 | 小鼠样本39个(59,558个细胞), 微阵列样本167个(164个SCI+3个未损伤), 临床队列58人(38例SCI患者+10例健康对照+10例创伤对照) | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列 | NA | NA |
10820 | 2025-10-07 |
Predicting immunotherapy prognosis and targeted therapy sensitivity of colon cancer based on a CAF-related molecular signature
2025-Feb-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-90899-z
PMID:39984646
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研究论文 | 本研究基于癌症相关成纤维细胞(CAF)构建分子标志物CAFscore,用于预测结肠癌免疫治疗预后和靶向治疗敏感性 | 首次利用WGCNA识别CAF相关基因并构建CAFscore,揭示CAF通过NAMPT配体-受体相互作用促进免疫逃避的新机制 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,需要前瞻性临床研究验证CAFscore的临床应用价值 | 开发预测结肠癌免疫治疗预后和靶向治疗敏感性的分子标志物 | 结肠癌患者 | 生物信息学 | 结肠癌 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 单因素Cox回归, LASSO回归, 单细胞RNA测序 | Cox回归模型, LASSO回归模型 | 基因表达数据, 临床数据, 单细胞RNA测序数据 | TCGA和GSE39582队列的结肠癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |