单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10801	2024-08-14	Systematic analysis on the horse-shoe-like effect in PCA plots of scRNA-seq data 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae109 PMID:39132288	研究论文	本研究系统分析了单细胞RNA测序数据PCA图中马蹄形效应的现象	首次系统解释了PCA图中马蹄形效应，并提出了一个数学模型来解释这一现象	NA	探索并解释单细胞RNA测序数据PCA图中的马蹄形效应	单细胞RNA测序数据的PCA图中的马蹄形效应	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	PCA	数据集	使用模拟和真实单细胞RNA测序数据集
10802	2024-08-14	First-in-human clinical trial of personalized neoantigen vaccines as early intervention in untreated patients with lymphoplasmacytic lymphoma 2023-Sep-21, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3315017/v1 PMID:37790486	临床试验	本文报道了一项针对淋巴浆细胞性淋巴瘤（LPL）患者的个性化新抗原疫苗的首次人体临床试验，旨在早期干预未治疗的患者	该研究首次在人体中测试了一种新型治疗性DNA异型新抗原疫苗，并观察到疫苗对肿瘤免疫微环境的积极影响	研究样本量较小，且未探讨与其他治疗策略的联合应用	评估个性化新抗原疫苗在未治疗淋巴浆细胞性淋巴瘤患者中的安全性和有效性	淋巴浆细胞性淋巴瘤患者	NA	淋巴瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	9名患者
10803	2024-08-14	Spatial Transcriptomic Cell-type Deconvolution Using Graph Neural Networks 2023-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.10.532112 PMID:37333198	研究论文	本文介绍了一种基于图神经网络的细胞类型反卷积模型STdGCN，用于空间转录组数据的细胞类型解析	STdGCN是首个结合单细胞RNA测序数据表达谱和空间转录组数据空间定位信息进行细胞类型反卷积的模型	NA	开发一种新的方法来解析空间转录组数据中的细胞类型	空间转录组数据中的细胞类型	机器学习	NA	空间转录组学, 单细胞RNA测序	图神经网络	转录组数据	多个空间转录组数据集，包括人类乳腺癌Visium数据集和人类心脏空间转录组数据集
10804	2024-08-14	Early Deregulation of Cholangiocyte NR0B2 During Primary Sclerosing Cholangitis 2023, Gastro hep advances DOI:10.1016/j.gastha.2022.07.023 PMID:39130146	研究论文	本文通过PubMed数据挖掘，研究了原发性硬化性胆管炎（PSC）中胆管细胞NR0B2的早期失调，并探讨了其与代谢和癌前重编程的关系。	首次揭示了PSC中胆管细胞NR0B2的早期失调及其在代谢和癌前重编程中的作用，并提出了针对NR0B2的治疗策略。	NA	研究PSC中胆管细胞NR0B2的早期失调及其在疾病进展中的作用。	胆管细胞NR0B2的表达及其在PSC中的作用。	NA	原发性硬化性胆管炎	转录组学	NA	转录组数据	多个PSC肝脏转录组训练和验证队列，FXR激动剂或FXR敲除小鼠肝脏转录组，Abcb4-/-小鼠PSC模型肝脏单细胞转录组。
10805	2024-08-14	A Transcriptionally Distinct Subpopulation of Healthy Acinar Cells Exhibit Features of Pancreatic Progenitors and PDAC 2021-08-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-0427 PMID:34049974	研究论文	本研究重新分析了多个胰腺和胰腺导管腺癌（PDAC）的单细胞RNA测序数据集，发现了一组非恶性腺泡细胞亚群，称为腺泡边缘（AE）细胞，其转录组与典型腺泡细胞有显著差异	发现了在健康胰腺组织中随年龄增长的AE-like细胞亚群，这些细胞显示出胰腺祖细胞和癌前状态的特征，且这一现象在多个器官中普遍存在	NA	探讨胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤起源细胞的特征及其与健康细胞亚群的关系	胰腺和胰腺导管腺癌的单细胞RNA测序数据集	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个胰腺和PDAC样本
10806	2024-08-14	Single-cell RNA sequencing reveals ex vivo signatures of SARS-CoV-2-reactive T cells through 'reverse phenotyping' 2021-07-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-24730-4 PMID:34312385	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，通过'反向表型'方法识别并分析了COVID-19患者中SARS-CoV-2反应性T细胞的特征	首次采用'反向表型'方法，利用T细胞受体序列作为条形码，识别SARS-CoV-2反应性T细胞，并揭示了抗原特异性刺激引入的表型效应	NA	揭示SARS-CoV-2抗原反应性T细胞在体内的表型特征	COVID-19患者的SARS-CoV-2反应性T细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	独立队列中的严重疾病患者呼吸道的T细胞
10807	2024-08-14	Single-cell transcriptomics reveals immune response of intestinal cell types to viral infection 2021-07, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209833 PMID:34309190	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序和高度多重RNA荧光原位杂交技术，研究了人肠道类器官在人星状病毒感染下的免疫反应	开发了一种新框架，结合单细胞RNA测序和高度多重RNA荧光原位杂交技术，揭示了不同肠道上皮细胞系在病毒感染下的独特免疫反应	NA	探索人肠道上皮细胞在病毒感染下的个体免疫反应	人肠道类器官在人星状病毒感染下的免疫反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，高度多重RNA荧光原位杂交	NA	RNA	NA
10808	2024-08-14	Aortic heterogeneity across segments and under high fat/salt/glucose conditions at the single-cell level 2020-May, National science review IF:16.3Q1 DOI:10.1093/nsr/nwaa038 PMID:34692110	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了在正常和高血糖、高盐饮食或高脂肪摄入条件下，小鼠升主动脉、主动脉弓以及胸腹主动脉段的细胞异质性	首次揭示了主动脉不同段在单细胞水平上的异质性，并探讨了代谢病理条件对其的影响	NA	研究主动脉不同段在单细胞水平上的异质性及其在代谢病理条件下的变化	小鼠的升主动脉、主动脉弓、胸腹主动脉段细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	216,612个单细胞样本
10809	2024-08-13	Cold-adapted influenza vaccine carrying three repeats of a respiratory syncytial virus (RSV) fusion glycoprotein epitope site protects BALB/c mice and cotton rats against RSV infection 2024-Sep, Antiviral research IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.antiviral.2024.105960 PMID:38986872	研究论文	本研究开发了一种携带三个呼吸道合胞病毒（RSV）融合糖蛋白表位重复序列的冷适应流感疫苗，用于保护BALB/c小鼠和棉鼠免受RSV感染	首次开发了一种携带RSV融合蛋白中和表位重复序列的冷适应流感疫苗，显示出双重保护作用	需要进一步的临床前和临床研究来验证其安全性和有效性	开发一种新型双价疫苗，用于预防流感和RSV感染	BALB/c小鼠和棉鼠	NA	呼吸道病毒感染	反向遗传技术，单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞T细胞抗原受体（TCR）测序	NA	RNA	BALB/c小鼠和棉鼠
10810	2024-08-13	Identification of autophagy-related signatures in nonalcoholic fatty liver disease and correlation with non-parenchymal cells of the liver 2024-Aug-12, Molecular omics IF:3.0Q3 DOI:10.1039/d4mo00060a PMID:38982979	研究论文	本研究通过基因表达数据和生物信息学方法，识别了与非酒精性脂肪肝病相关的自噬相关枢纽基因，并探讨了这些基因与肝脏非实质细胞的关系	首次通过加权基因共表达网络分析和单细胞RNA测序数据，揭示了非酒精性脂肪肝病中自噬相关枢纽基因与肝脏非实质细胞的关系	研究仅基于两个基因表达数据集和一个单细胞RNA测序数据集，可能存在样本代表性不足的问题	探索非酒精性脂肪肝病中自噬相关枢纽基因的分子机制及其与肝脏非实质细胞的关系	非酒精性脂肪肝病中的自噬相关枢纽基因及其与肝脏非实质细胞的关系	NA	非酒精性脂肪肝病	加权基因共表达网络分析（WGCNA），CIBERSORT算法，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据，单细胞RNA测序数据	使用了GSE48452和GSE89632两个基因表达数据集，以及GSE129516单细胞RNA测序数据集
10811	2024-08-13	A Low Expression of NRF2 Enhances Oxidative Stress and Autophagy in Myofibroblasts, Promoting Progression of Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2024-Aug-08, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673326250240806051127 PMID:39129168	研究论文	本研究探讨了NRF2低表达如何通过增强氧化应激和自噬促进肌成纤维细胞在慢性阻塞性肺疾病（COPD）进展中的作用。	首次揭示了NRF2低表达在肌成纤维细胞中通过激活氧化应激和自噬途径促进COPD进展的机制。	研究主要基于单细胞RNA测序数据和小鼠模型，未来需在人类样本中验证这些发现。	探索慢性阻塞性肺疾病中炎症的潜在机制。	肌成纤维细胞在COPD进展中的作用及其与NRF2、氧化应激和自噬途径的关系。	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用GSE171541数据集中的肺组织单细胞RNA测序数据，并在小鼠模型中进行了实验验证。
10812	2024-08-13	Identifying polyamine related biomarkers in diagnosis and treatment of ulcerative colitis by integrating bulk and single-cell sequencing data 2024-08-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-69322-6 PMID:39103474	研究论文	本研究通过整合批量和单细胞测序数据，识别与溃疡性结肠炎诊断和治疗相关的聚胺相关生物标志物。	首次通过综合分析批量和单细胞测序数据，识别出与溃疡性结肠炎活动性和治疗反应相关的关键聚胺相关基因。	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏倚；体外和体内实验验证的样本量有限。	旨在识别关键的聚胺相关基因，并探索这些基因与溃疡性结肠炎疾病状态和治疗反应之间的关系。	溃疡性结肠炎患者的聚胺代谢酶及其相关基因。	数字病理学	消化系统疾病	mRNA测序, 单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了来自GEO数据库的溃疡性结肠炎患者数据，具体样本数量未详细说明。
10813	2024-08-13	Intratumoral Cell Heterogeneity in Patient-Derived Glioblastoma Cell Lines Revealed by Single-Cell RNA-Sequencing 2024-Aug-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25158472 PMID:39126040	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究了来自不同患者的胶质母细胞瘤细胞系的肿瘤内细胞异质性	揭示了患者来源的胶质母细胞瘤细胞系在细胞组成和基因组变异方面的差异	研究仅限于六个患者来源的胶质母细胞瘤细胞系和一个肿瘤样本	探究胶质母细胞瘤细胞模型中是否保持了肿瘤内异质性	胶质母细胞瘤细胞系和肿瘤样本的细胞组成及基因组变异	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	六个患者来源的胶质母细胞瘤细胞系和一个肿瘤样本
10814	2024-08-13	Pleiotropy, a feature or a bug? Toward co-ordinating plant growth, development, and environmental responses through engineering plant hormone signaling 2024-Aug, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2024.103151 PMID:38823314	综述	本文探讨了如何利用系统生物学和单细胞测序技术来识别协调植物生长和发育的候选基因	结合系统生物学和单细胞测序技术，以及合成生物学方法来测试假设和定义基因型-表型关系	由于复杂的基因网络和通路，识别候选基因仍然是一个挑战	探索如何通过工程植物激素信号来协调植物生长、发育和环境响应	植物生长和发育的候选基因及其在特定时间和组织背景下的功能	NA	NA	单细胞测序	NA	基因序列	NA
10815	2024-08-13	Definition of a Multi-Omics Signature for Esophageal Adenocarcinoma Prognosis Prediction 2024-Aug-01, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16152748 PMID:39123475	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，识别了与食管腺癌（EAC）抗肿瘤反应相关的特定免疫细胞类型和差异表达基因，并验证了这些转录特征在TCGA患者队列中的预测效能。	本研究首次系统地分析了食管腺癌的转录特征，并提出了新的免疫生物标志物，用于预测术后预后和个性化辅助治疗决策。	NA	研究旨在识别和验证食管腺癌的转录特征，以预测临床结果和术后预后。	食管腺癌（EAC）的转录特征和免疫细胞类型。	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	RNA序列	TCGA患者队列
10816	2024-08-13	Single-cell transcriptomic analysis of B cells reveals new insights into atypical memory B cells in COVID-19 2024-Aug, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.29851 PMID:39132689	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了康复期COVID-19患者中S1和受体结合域蛋白特异性B细胞，旨在评估非典型记忆B细胞（MBCs）在严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）感染中的作用和发展途径	揭示了与疾病严重程度相关的B细胞亚群中的促炎特征，并提出了非典型MBCs通过生发中心的发展途径	NA	评估非典型记忆B细胞在SARS-CoV-2感染中的作用和发展途径	康复期COVID-19患者的S1和受体结合域蛋白特异性B细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同临床表现的康复期COVID-19患者
10817	2024-08-13	Advancements in Research and Treatment Applications of Patient-Derived Tumor Organoids in Colorectal Cancer 2024-Jul-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16152671 PMID:39123399	综述	本文综述了患者来源的肿瘤类器官（PDTOs）在结直肠癌（CRC）治疗中的应用，作为一种新型的药物抗性筛选工具	PDTOs能够重现肿瘤的结构、细胞异质性和基因组景观，是一种有价值的体外预测药物筛选工具	NA	探讨PDTOs在预测结直肠癌治疗反应、药物抗性和生物标志物识别方面的潜力	结直肠癌及其治疗中的药物抗性问题	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9基因编辑	NA	类器官	NA
10818	2024-08-13	Decoding Clonal Hematopoiesis: Emerging Themes and Novel Mechanistic Insights 2024-Jul-24, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16152634 PMID:39123361	综述	本文综述了克隆性造血（CH）的细胞机制及其与炎症因子的关系	揭示了CH在老年人群中的普遍性及早期启动的可能性，并探讨了环境因素通过异常炎症促进克隆扩增和疾病进展的机制	克隆性造血现象的许多方面仍待阐明，精确机制、特定环境下的驱动因素及克隆扩增途径尚未完全建立	探讨克隆性造血的细胞机制及其与炎症因子的关系	克隆性造血及其相关疾病	NA	心血管疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
10819	2024-08-13	VNN2-expressing circulating monocytes exhibit unique functional characteristics and are decreased in patients with primary Sjögren's syndrome 2024-Jul, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103275 PMID:38936146	研究论文	本研究旨在阐明外周血单核细胞中VNN2表达的意义及其在原发性干燥综合征（pSS）中的临床相关性	研究首次发现VNN2在单核细胞中的高表达，并探讨了其在pSS中的潜在作用和诊断价值	研究主要基于单细胞RNA测序和流式细胞术，未涉及VNN2功能的具体机制研究	阐明VNN2在原发性干燥综合征中的临床意义	外周血单核细胞中的VNN2表达	NA	原发性干燥综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	细胞	未具体说明样本数量
10820	2024-08-13	Characterizing Rare Dormant and Cycling Lineages Using the Watermelon System 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3882-8_12 PMID:39037657	研究论文	本文介绍了Watermelon系统，该系统能够在单细胞水平上同时追踪细胞谱系、转录状态和增殖状态	Watermon系统通过使用基于条形码的谱系追踪方法，实现了从单细胞RNA测序转录数据中解卷积谱系身份	NA	开发一种能够在单细胞水平上同时追踪细胞谱系、转录状态和增殖状态的新系统	罕见的休眠和循环细胞谱系	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录数据	NA