单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27436 篇文献，本页显示第 10781 - 10800 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10781 | 2024-08-05 |
CDSKNNXMBD: a novel clustering framework for large-scale single-cell data based on a stable graph structure
2024-03-03, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05009-w
PMID:38433205
|
研究论文 | 提出了一种基于稳定图结构的单细胞聚类框架，能够高效准确地处理大规模单细胞转录组测序数据 | CDSKNNXMBD集成了分区聚类算法和社区检测算法，提供了一种新的聚类方法 | 具体的限制未在摘要中提及 | 提高对大规模和不平衡单细胞数据的处理能力 | 从人类胎儿地图上分析的15种组织的单细胞数据 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 单细胞转录组测序数据 | 1.46百万单细胞 |
| 10782 | 2024-08-05 |
A multi-dimensional approach to unravel the intricacies of lactylation related signature for prognostic and therapeutic insight in colorectal cancer
2024-02-28, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04955-9
PMID:38419085
|
研究论文 | 该研究探讨了乳酸化在结直肠癌中的作用及其相关基因特征 | 该研究首创性地发现了结直肠癌中全球乳酸化的显著升高，并确认其作为CRC的独立预后因素 | 该研究的局限性未在摘要中明确提及 | 本研究旨在识别乳酸化相关基因与结直肠癌预后之间的关系 | 研究对象为结直肠癌患者的肿瘤组织及细胞系 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组化、单细胞RNA测序、Cox回归和Lasso回归分析 | NA | 组织微阵列、基因组数据库、细胞系 | 在研究中涉及了多个结直肠癌患者的样本，但具体样本数量未在摘要中提供 |
| 10783 | 2024-08-04 |
Metabolic heterogeneity in clear cell renal cell carcinoma revealed by single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics
2024-02-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04848-x
PMID:38414015
|
研究论文 | 本研究揭示了透明细胞肾细胞癌的代谢异质性 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了肿瘤微环境中不同细胞类型的代谢变化 | 研究主要集中在透明细胞肾细胞癌，可能不适用于其他肿瘤类型 | 分析透明细胞肾细胞癌中肿瘤微环境的代谢重编程 | 透明细胞肾细胞癌及其肿瘤微环境中的多种细胞类型 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 195个样本 |
| 10784 | 2024-08-05 |
Integrative single-cell transcriptomic analyses reveal the cellular ontological and functional heterogeneities of primary and metastatic liver tumors
2024-02-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04947-9
PMID:38414027
|
研究论文 | 本文阐述了原发性和转移性肝肿瘤细胞生态的本体论和功能异质性 | 通过单细胞转录组学分析，揭示了肝肿瘤微环境中新发现的细胞群体及其功能差异 | 本研究主要基于已获得的转录组数据，可能存在样本偏差 | 明确原发性和转移性肝肿瘤细胞生态系统的异质性 | 原发性肝肿瘤、转移性肝肿瘤及非肿瘤肝组织的细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | scRNA-seq、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 10785 | 2024-08-05 |
Decoding the transcriptional heterogeneity, differentiation lineage, clinical significance in tissue-resident memory CD8 T cell of the small intestine by single-cell analysis
2024-02-25, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04978-2
PMID:38403590
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了小肠组织驻留记忆CD8 T细胞的转录异质性、分化谱系及临床意义 | 首次整合scRNA-seq和scTCR-seq数据探索小肠Trm细胞的异质性和其发育途径 | 未详细探讨Trm细胞在不同组织中的功能差异以及其他细胞类型的影响 | 研究小肠组织驻留记忆T细胞的转录特征和发育路径 | 小肠中的组织驻留记忆CD8 T细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | scRNA-seq和scTCR-seq | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 10786 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Transcriptional Signatures and Cell-Cell Communication in Diabetic Retinopathy
2024-Feb-21, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets
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研究论文 | 本研究首次基于单细胞RNA测序调查了RPE细胞在糖尿病视网膜病变中的细胞间信号传递机制 | 该研究首次揭示了RPE细胞在糖尿病视网膜病变进展中传递信号的作用 | 该研究依赖于小鼠模型，可能不能完全代表人类疾病 | 研究糖尿病视网膜病变中视网膜细胞与视网膜色素上皮细胞之间的受体-配体通信 | 小鼠视网膜细胞与视网膜色素上皮细胞的通信 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 使用GEO数据库的一个小鼠单细胞RNA测序数据集 (GSE178121) |
| 10787 | 2024-08-05 |
New HCC Subtypes Based on CD8 Tex-Related lncRNA Signature Could Predict Prognosis, Immunological and Drug Sensitivity Characteristics of Hepatocellular Carcinoma
2024, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S459150
PMID:38983937
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研究论文 | 该文章探讨了CD8 Tex相关lncRNA在肝细胞癌中的作用及其与预后、免疫和药物敏感性的关系 | 首次基于CD8 Tex相关lncRNA签名识别新的HCC亚型，揭示了其在HCC中的预后和免疫特性 | 尚未深入探讨CD8 Tex相关lncRNAs的具体功能机制 | 研究CD8 Tex相关lncRNAs在肝细胞癌中的作用及其对免疫和药物反应的影响 | CD8 Tex相关lncRNAs及其在HCC细胞中的表达和功能 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因组数据 | 多样本（具体数量未提及） |
| 10788 | 2024-08-04 |
ASCC3 promotes the immunosuppression and progression of non-small cell lung cancer by impairing the type I interferon response via CAND1-mediated ubiquitination inhibition of STAT3
2023-12-26, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-007766
PMID:38148115
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研究论文 | 本研究探讨了ASCC3在非小细胞肺癌进展中的分子机制 | 发现ASCC3通过CAND1介导的STAT3泛素化抑制，稳定STAT3信号通路，从而影响肿瘤微环境 | 尚需进一步验证ASCC3在人体中的具体作用及机制 | 研究ASCC3在非小细胞肺癌中的角色及其对免疫反应的影响 | 探讨ASCC3在非小细胞肺癌细胞和小鼠模型中的生物学功能 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序, RNA测序, 免疫沉淀, 质谱分析, 免疫荧光, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 10789 | 2024-08-04 |
Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Human Skin Delineates Intercellular Communication and Pathogenic Cells
2023-11, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2023.02.040
PMID:37142187
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研究论文 | 这篇文章探讨了人类皮肤的单细胞转录组和空间转录组分析，揭示了细胞间的通信和致病细胞 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，改善了人类皮肤细胞类型分类，并识别了独特的人类角质形成细胞亚群体 | 本研究主要集中于人类与小鼠之间的比较，可能未能涵盖所有物种的机制差异 | 旨在揭示皮肤细胞之间的相互作用及其在皮肤疾病中的作用机制 | 人类皮肤和小鼠皮肤的细胞类型及其功能 | 数字病理学 | 皮肤病 | 单细胞RNA测序，空间转录组 | NA | 转录组数据 | 人类皮肤和小鼠皮肤的细胞样本 |
| 10790 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics analysis of neoadjuvant cabozantinib and nivolumab in advanced hepatocellular carcinoma identifies independent mechanisms of resistance and recurrence
2023-09-18, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01218-y
PMID:37723590
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析，探讨了肝细胞癌中新辅助cabozantinib和nivolumab的免疫疗法组合的肿瘤微环境 | 研究揭示了不同细胞信号网络在肝细胞癌肿瘤微环境中的异质性，并确定了抵抗和复发的独立机制 | 仅对少数患者进行了分析，且样本量有限，研究结果需要更大规模的数据验证 | 研究肝细胞癌患者对现代系统治疗的反应与肿瘤微环境的分子和细胞特征之间的关系 | 研究对象为接受新辅助cabozantinib和nivolumab治疗的晚期肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间转录组学 | NA | 组织样本 | 15名患者的切除标本 |
| 10791 | 2024-08-05 |
Unambiguous detection of SARS-CoV-2 subgenomic mRNAs with single-cell RNA sequencing
2023-Sep-07, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.00776-23
PMID:37676044
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研究论文 | 本研究比较了不同单细胞RNA测序文库制备方法对SARS-CoV-2亚基因组mRNA的检测能力 | 开发了一种新的文库制备和数据处理工作流程，提高了对SARS-CoV-2亚基因组mRNA的检测和定量能力 | 研究仅集中在SARS-CoV-2，不适用于其他病毒或病原体 | 研究不同单细胞RNA测序方法检测SARS-CoV-2 RNA的能力 | SARS-CoV-2及其亚基因组mRNA | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | NA | RNA序列数据 | 涉及数量不明的感染细胞样本 |
| 10792 | 2024-08-04 |
Patient-Derived iPSCs Faithfully Represent the Genetic Diversity and Cellular Architecture of Human Acute Myeloid Leukemia
2023-07-05, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-22-0167
PMID:37067914
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研究论文 | 该论文探讨了从人类急性髓性白血病（AML）细胞重编程获得的诱导多能干细胞（iPSC）模型 | 提出了一种专门针对癌细胞的重编程方法，并成功从15名患者生成AML-iPSC，保持遗传一致性 | 重编程成功率较低，且关于iPSC衍生细胞是否与原始细胞相似仍有不确定性 | 研究人类急性髓性白血病的基因模型 | 15名急性髓性白血病患者的细胞 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 诱导多能干细胞重编程 | NA | 单细胞转录组数据 | 15个急性髓性白血病患者的细胞 |
| 10793 | 2024-08-04 |
stAPAminer: Mining Spatial Patterns of Alternative Polyadenylation for Spatially Resolved Transcriptomic Studies
2023-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2023.01.003
PMID:36669641
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研究论文 | 本文开发了一种工具stAPAminer，用于从空间条形码ST数据中挖掘替代聚腺苷酸化的空间模式 | 提出了一种基于k-最近邻算法的插补模型，以恢复APA信号并识别具有空间APA使用变化模式的基因 | 虽然本研究提供了空间APA模式的详细视图，但尚未探索所有细胞类型的APA信号 | 研究替代聚腺苷酸化在空间转录组学中的角色和模式 | 主要分析小鼠嗅球的空间转录组数据来识别和量化APA位点 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | k最近邻算法 | 转录组数据 | 分析了小鼠嗅球的空间转录组数据及其两个附加副本 |
| 10794 | 2024-08-04 |
Effective Rapid Blood Perfusion in Xenopus
2023-May-16, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/65287
PMID:37318240
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研究论文 | 本文定义了一种快速血液灌注的协议，以大幅减少蛙类组织中的血液. | 该研究创新性地提出了一种通过直接在心脏腔室内插入针头进行快速灌注的方法. | 该协议在本研究中可能未考虑不同个体间的生理差异. | 研究致力于标准化蛙类组织采样的实践. | 研究对象包括不同性别、年龄和健康状态的非洲爪蟾（Xenopus laevis 和 Xenopus tropicalis）. | 数字病理学 | NA | 生理盐水灌注 | NA | NA | 每只动物大约需要10分钟的误差. |
| 10795 | 2024-08-05 |
Identifying high-impact variants and genes in exomes of Ashkenazi Jewish inflammatory bowel disease patients
2023-04-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37849-3
PMID:37080976
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研究论文 | 本文鉴定了犹太人在炎症性肠病（IBD）中高影响的变异和基因 | 识别出8个新型且合理的导致IBD的基因，展现了与早发IBD遗传学的显著重叠 | 遗传病因尚不完全清楚，未展示病例对照组的详细特征 | 研究Ashkenazi犹太人中IBD的遗传影响 | 4453名经过基因鉴定的Ashkenazi犹太人IBD患者及对照者 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 大规模和单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 4453名样本（1734名IBD患者和2719名对照者） |
| 10796 | 2024-08-04 |
Compressed phenotypic screens for complex multicellular models and high-content assays
2023-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.23.525189
PMID:36747859
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研究论文 | 本文提出了一种通过压缩筛选法来提高复杂多细胞模型的高通量表型筛选效率 | 文章创新性在于通过对生化干预进行汇总并运用计算解卷积，建立了压缩筛选的专门方法 | 未明确提及具体的局限性 | 研究旨在提高复杂多细胞模型中的表型筛选效率，以促进药物发现 | 研究对象为患者衍生的胰腺癌类器官以及与肿瘤微环境（TME）相关的重组蛋白配体库 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 高内容成像 | 使用了高度生物活性的化合物库进行受控基准测试 |
| 10797 | 2024-08-05 |
Single Cell Transcriptomics Identifies Distinct Choroid Cell Populations Involved in Visually Guided Eye Growth
2023, Frontiers in ophthalmology
DOI:10.3389/fopht.2023.1245891
PMID:38390290
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析了参与视觉引导眼睛生长的不同脉络膜细胞群体 | 首次提供了主要脉络膜细胞类型及其在调节眼睛生长中的基因表达变化的全面概况 | 大部分显著的基因表达变化相对较小，并且仅在一种罕见细胞群体中观察到最高的变化 | 阐明脉络膜在后天眼球生长中的作用 | 小鸡脉络膜细胞群体及其基因表达变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鸡脉络膜的24个细胞群体 |
| 10798 | 2024-08-05 |
RNA-binding proteins that are highly expressed and enriched in healthy cartilage but suppressed in osteoarthritis
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1208315
PMID:37457300
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研究论文 | 本研究揭示了在健康软骨中高度表达且富集的RNA结合蛋白在骨关节炎中的表达变化。 | 研究首次绘制了健康软骨中RNA结合蛋白的全球表达图谱，并发现TIPARP作为骨关节炎的新型介导因子和潜在治疗靶点。 | 本研究主要依赖于已有的RNA测序数据，缺乏临床样本的验证。 | 探讨RNA结合蛋白在健康软骨与骨关节炎中的表达及其潜在作用。 | 主要集中在健康 cartilage 和骨关节炎 cartilage 中的RNA结合蛋白。 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA测序 | NA | 基因组数据 | 健康和骨关节炎人类软骨的RNA测序数据，包含1542个RNA结合蛋白 |
| 10799 | 2024-08-07 |
Author Correction: A yeast-optimized single-cell transcriptomics platform elucidates how mycophenolic acid and guanine alter global mRNA levels
2021-Jul-13, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02420-7
PMID:34257405
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10800 | 2024-08-05 |
Heterogeneous groups of alveolar type II cells in lung homeostasis and repair
2020-12-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00341.2020
PMID:32903031
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mini review | 本文讨论了不同亚群的肺泡II型细胞及其在稳态、损伤后和病理条件下的功能 | 发现了不同亚型的肺泡II型细胞具有不同的自我更新和分化能力 | 研究未深入探讨所有可能的AT2细胞亚群及其功能 | 探讨肺泡II型细胞在肺部稳态和修复中的作用及其异质性 | 肺泡II型细胞的不同亚群及其在不同环境中的功能 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | NA | NA |