单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 38102 篇文献，本页显示第 10781 - 10800 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10781 | 2025-10-06 |
Omnibus and robust deconvolution scheme for bulk RNA sequencing data integrating multiple single-cell reference sets and prior biological knowledge
2022-09-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac563
PMID:35980155
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研究论文 | 提出一种整合多个单细胞参考集和先验生物知识的稳健反卷积算法InteRD，用于从批量RNA测序数据推断细胞类型比例 | 开发了带惩罚回归和新评估标准的反卷积算法，能有效整合多个单细胞数据集并利用先验生物信息进行校准 | 算法性能仍依赖于外部数据源的质量和先验信息的准确性 | 开发更准确和稳健的细胞类型反卷积方法 | 批量RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, scRNA-seq | 惩罚回归模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 10782 | 2025-10-06 |
Enhanced single-cell RNA-seq workflow reveals coronary artery disease cellular cross-talk and candidate drug targets
2022-01, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
|
研究论文 | 开发了一个增强的单细胞RNA测序分析工作流程，用于研究冠状动脉疾病的细胞相互作用和潜在药物靶点 | 整合了自动化细胞标记、伪时序排序、配体-受体评估和药物-基因相互作用分析的用户友好型工作流程，并开发了交互式网络应用PlaqView | 基于已发表的单细胞数据集进行二次分析，需要进一步实验验证 | 开发单细胞RNA测序分析工作流程以研究动脉粥样硬化斑块微环境和发现潜在治疗方法 | 人类冠状动脉单细胞数据集中的细胞类型，特别是平滑肌细胞来源的成纤维样细胞 | 单细胞分析 | 冠状动脉疾病 | 单细胞RNA测序 | 伪时序分析，配体-受体相互作用分析 | 单细胞RNA测序数据 | 基于Wirka等人先前发表的人类冠状动脉单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 10783 | 2025-10-06 |
A joint deep learning model enables simultaneous batch effect correction, denoising, and clustering in single-cell transcriptomics
2021-10, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.271874.120
PMID:34035047
|
研究论文 | 提出一种联合深度学习模型CarDEC，可同时实现单细胞转录组数据的批次效应校正、去噪和聚类 | 首次在基因表达空间和嵌入空间同时校正批次效应，且能同时进行去噪和聚类分析 | 未提及模型在特定细胞类型或实验条件下的性能限制 | 开发单细胞RNA-seq数据分析方法，解决批次效应问题 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10784 | 2025-10-06 |
Generation of Pulmonary Endothelial Progenitor Cells for Cell-based Therapy Using Interspecies Mouse-Rat Chimeras
2021-08-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202003-0758OC
PMID:33705684
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定肺内皮祖细胞异质性，并利用种间嵌合体技术从多能干细胞生成功能性内皮祖细胞用于细胞治疗 | 首次鉴定FOXF1cKIT内皮祖细胞亚群，开发通过小鼠-大鼠种间嵌合体从多能干细胞生成功能性内皮祖细胞的新方法 | 研究主要基于动物模型，尚未在人类患者中进行验证 | 研究肺内皮祖细胞的异质性并开发基于干细胞的细胞治疗方法 | 新生人类和小鼠肺组织、小鼠肺内皮祖细胞、ACDMPV疾病模型小鼠 | 细胞生物学 | 新生儿肺疾病 | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9基因编辑, 种间嵌合体技术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 新生人类和小鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10785 | 2025-10-06 |
Detecting cell-type-specific allelic expression imbalance by integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data
2021-03, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1009080
PMID:33661921
|
研究论文 | 开发了BSCET方法，通过整合单细胞和bulk RNA-seq数据检测细胞类型特异性等位基因表达失衡 | 首次提出通过整合少量scRNA-seq数据来从大量bulk RNA-seq数据中推断细胞类型特异性AEI的方法 | 依赖外部scRNA-seq数据集的质量和代表性，且需要准确的细胞类型组成推断 | 开发检测细胞类型特异性等位基因表达失衡的计算方法 | 等位基因表达失衡与人类疾病的关系 | 生物信息学 | 2型糖尿病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 统计模型 | 基因表达数据 | 两个胰岛bulk RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 10786 | 2025-10-06 |
Iterative transfer learning with neural network for clustering and cell type classification in single-cell RNA-seq analysis
2020-Oct, Nature machine intelligence
IF:18.8Q1
DOI:10.1038/s42256-020-00233-7
PMID:33817554
|
研究论文 | 开发了一种用于单细胞RNA测序分析的迭代迁移学习算法ItClust，用于细胞聚类和细胞类型分类 | 结合了监督细胞类型分类算法的思想，同时利用目标数据信息确保对仅存在于目标数据中的细胞具有分类敏感性 | 性能可能仍受源数据质量影响，对新型细胞类型的分类能力未明确说明 | 提高单细胞RNA测序分析中细胞聚类和细胞类型分类的准确性 | 来自不同物种和组织的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | 来自不同物种和组织的多个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10787 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic profiling uncovers cellular complexity and microenvironment in gastric tumorigenesis associated with Helicobacter pylori
2025-Aug, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.10.012
PMID:39414226
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示幽门螺杆菌相关胃肿瘤发生过程中的细胞异质性和微环境特征 | 首次构建了涵盖胃炎、肠上皮化生和胃癌的胃肿瘤发生单细胞图谱，揭示了不同细胞谱系的癌症相关表达特征和细胞间通讯网络 | 样本量相对有限（18例标本），需要在更大队列中验证发现 | 解析幽门螺杆菌驱动的胃肿瘤发生过程中的细胞异质性和分子机制 | 人类胃组织标本（胃炎、胃肠上皮化生和胃癌） | 单细胞组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序，免疫荧光，免疫组化，qRT-PCR，生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据，组织学数据，公共数据库数据 | 18例胃组织标本（胃炎、胃肠上皮化生和胃癌），另有人类胃组织验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10788 | 2025-10-06 |
Pax3/7 gene function in Oikopleura dioica supports a neuroepithelial-like origin for its house-making Fol territory
2024-12, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2024.08.012
PMID:39181419
|
研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9突变株和单细胞RNA测序分析，探讨了Oikopleura dioica中pax37A和pax37B基因在房室制造滤器区域发育中的功能 | 首次揭示pax37B（而非pax37A）对房室滤器细胞分化的特异性调控作用，并提出滤器区域分泌上皮细胞可能保留或进化了神经上皮特征的新假说 | 研究仅针对特定海洋生物模型，其结论在其他生物中的普适性仍需验证 | 探究Pax3/7基因在尾索动物房室制造上皮发育中的功能机制 | Oikopleura dioica（尾索动物）的房室制造上皮及其滤器细胞 | 发育生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因编辑, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 野生型和突变型Oikopleura dioica个体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10789 | 2025-10-06 |
Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher
2024-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.11.566719
PMID:38014231
|
研究论文 | 本文提出了一种名为Decipher的深度生成模型，用于整合单细胞基因组学数据并表征细胞状态从正常到异常的转变 | 开发了能够联合建模和可视化正常与扰动条件下单细胞RNA-seq数据的深度生成模型，揭示共享和破坏的细胞动态 | NA | 开发计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征异常细胞状态轨迹 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 胰腺炎、急性髓系白血病、胃癌 | 单细胞RNA测序 | 深度生成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10790 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of bulk and single-cell RNA-seq data reveals cell differentiation-related subtypes and a scoring system in bladder cancer
2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70111
PMID:39400959
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研究论文 | 通过整合分析批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，揭示了膀胱癌中与细胞分化相关的分子亚型并开发了CDR评分系统 | 首次探索膀胱癌中细胞分化相关基因的分子亚型及其预后意义，开发了基于9个基因的CDR评分系统 | 研究基于GEO数据库，样本来源有限，需要进一步临床验证 | 探索膀胱癌中细胞分化相关基因的分子亚型及其临床预后意义 | 膀胱癌患者样本数据 | 生物信息学 | 膀胱癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, WGCNA, Lasso回归, Cox回归 | NA | 基因表达数据 | 两个GEO单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 10791 | 2025-10-06 |
Molecular pathology, developmental changes and synaptic dysfunction in (pre-) symptomatic human C9ORF72-ALS/FTD cerebral organoids
2024-09-18, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-024-01857-1
PMID:39289761
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研究论文 | 本研究利用iPSC来源的脑类器官模型揭示了C9ORF72基因突变导致的ALS/FTD疾病早期分子病理和突触功能障碍 | 首次在3D人脑类器官模型中系统揭示了C9-ALS/FTD从无症状期到症状期的分子病理发展过程 | 无症状携带者的下游细胞缺陷检测结果存在个体差异 | 探究C9ORF72基因突变导致ALS/FTD疾病的早期病理机制 | C9-ALS/FTD患者、无症状C9ORF72-HRE携带者和对照组的iPSC来源脑类器官 | 神经科学 | 肌萎缩侧索硬化/额颞叶痴呆 | 单细胞RNA测序,膜片钳电生理学 | 脑类器官模型 | 基因表达数据,电生理数据 | C9-ALS/FTD患者、无症状携带者和对照组的多个人iPSC系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10792 | 2025-10-06 |
SuperFeat: Quantitative Feature Learning from Single-cell RNA-seq Data Facilitates Drug Repurposing
2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae036
PMID:39401181
|
研究论文 | 开发了一个名为SuperFeat的计算框架，通过单细胞RNA测序数据学习定量特征以促进药物重定位 | 提出了基于人工神经网络的监督特征学习与评分框架，能够评估病理组织中的典型细胞状态/特征并识别靶向这些特征的潜在药物 | NA | 开发计算框架促进药物重定位 | 单细胞RNA测序数据中的细胞特征 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 人工神经网络 | 基因表达谱 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10793 | 2025-10-06 |
Advances in preclinical assessment of therapeutic targets for bladder cancer precision medicine
2024-Jul-01, Current opinion in urology
IF:2.1Q2
DOI:10.1097/MOU.0000000000001177
PMID:38602053
|
综述 | 本文综述了膀胱癌精准医学领域的新型治疗靶点与治疗策略的最新进展 | 重点关注抗体药物偶联物联合免疫疗法、克服化疗耐药性策略、基因组改变靶向及单细胞RNA测序在肿瘤微环境表征中的应用 | NA | 梳理膀胱癌肿瘤异质性复杂性，改善患者个体化治疗结果 | 膀胱癌患者 | 精准医学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10794 | 2025-10-06 |
Recent contributions of single-cell and spatial profiling to the understanding of bladder cancer
2024-Jul-01, Current opinion in urology
IF:2.1Q2
DOI:10.1097/MOU.0000000000001183
PMID:38650456
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综述 | 总结单细胞和空间组学技术在膀胱癌研究中的最新进展及其对治疗策略开发的潜在影响 | 通过单细胞和空间组学技术揭示了膀胱癌肿瘤微环境的复杂性和异质性，发现了多种恶性细胞亚群及其与治疗反应的关系 | 将研究发现转化为临床实践和实施个性化治疗策略仍面临挑战 | 理解膀胱癌生物学特征并开发新型治疗策略 | 膀胱癌肿瘤微环境、细胞异质性和治疗反应 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序,空间组学 | NA | 转录组数据,空间数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 10795 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of tumor-associated macrophages and M2 macrophages in CRC: unraveling molecular heterogeneity and developing a novel risk signature
2024-05-27, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-024-01881-z
PMID:38802881
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA-seq数据，开发了结直肠癌中肿瘤相关巨噬细胞和M2巨噬细胞的新型风险标志物 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据识别TAM-M2巨噬细胞相关基因，并构建了预后风险标志物TAMM2RS | 需要进一步实验验证生物标志物的功能机制 | 发现结直肠癌中TAM-M2巨噬细胞相关的新型生物标志物并解析分子异质性 | 结直肠癌患者样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq, WGCNA, LASSO Cox分析, qPCR | LASSO Cox回归模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 10796 | 2025-10-06 |
scRNA+TCR+BCR-seq revealed the proportions and gene expression patterns of dual receptor T and B lymphocytes in NPC and NLH
2024-05-21, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.149820
PMID:38547605
|
研究论文 | 通过单细胞多组学测序揭示鼻咽癌和鼻咽淋巴增生中双受体淋巴细胞的组成、克隆扩增及基因表达特征 | 首次在鼻咽癌和鼻咽淋巴增生中发现双受体淋巴细胞的存在，并证实其克隆扩增及谱系特征 | 样本量较小（7例NPC和3例NLH），需要更大规模研究验证 | 探究肿瘤微环境中双受体淋巴细胞的生物学特性和功能 | 鼻咽癌患者和鼻咽淋巴增生患者的淋巴细胞 | 单细胞组学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序，TCR测序，BCR测序 | NA | 单细胞转录组数据，免疫受体序列数据 | 7例鼻咽癌患者和3例鼻咽淋巴增生患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞免疫组库测序 | NA | scRNA+TCR+BCR-seq技术 |
| 10797 | 2025-10-06 |
Identification of sepsis-associated mitochondrial genes through RNA and single-cell sequencing approaches
2024-05-03, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-024-01891-x
PMID:38702721
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞测序方法识别与脓毒症相关的线粒体基因 | 整合高通量测序与生物信息学分析，首次发现COX7B和NDUFA4两个线粒体基因与脓毒症预后密切相关 | 样本量较小（20例脓毒症患者和10例健康对照），单细胞测序样本仅5例 | 识别脓毒症相关的线粒体生物标志物以提高诊断和预后准确性 | 脓毒症患者和健康志愿者的外周血样本 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | NA | RNA测序数据, 单细胞测序数据 | 30例（20例脓毒症+10例健康对照）用于RNA-seq，5例用于单细胞测序 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 10798 | 2025-10-06 |
Notch ligands are biomarkers of anti-TNF response in RA patients
2024-May, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-023-09897-2
PMID:37796367
|
研究论文 | 本研究探讨Notch配体在类风湿关节炎滑膜组织中的表达特征及其作为抗TNF治疗反应生物标志物的潜力 | 首次发现RA骨髓Notch配体可作为抗TNF治疗反应的标志物，并揭示其在FLS和内皮细胞中的转激活作用 | 研究样本量未明确说明，且主要基于转录组分析，缺乏蛋白质水平验证 | 阐明Notch通路在RA滑膜组织细胞中的功能意义及RA治疗对其表达的影响 | 类风湿关节炎患者的滑膜组织细胞，包括巨噬细胞、成纤维样滑膜细胞和内皮细胞 | 单细胞生物学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序，形态学研究，转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据，转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10799 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals an Immune Landscape of CD4+ T Cells in Coronary Culprit Plaques With Acute Coronary Syndrome in Humans-Brief Report
2024-05, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320409
PMID:38572648
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了急性冠脉综合征患者冠状动脉斑块中CD4+ T细胞的免疫景观特征 | 首次在单细胞水平揭示了ACS患者冠状动脉斑块中CD4+ T细胞的特性，发现了中央记忆CD4+ T细胞在ACS斑块中的比例升高及其分化轨迹 | 样本量较小（7例患者），仅分析了冠状动脉斑块中的免疫细胞 | 表征ACS患者冠状动脉斑块中T细胞的单细胞水平特征，评估T细胞克隆扩增，寻找预防ACS的治疗靶点 | 急性冠脉综合征和慢性冠脉综合征患者的冠状动脉斑块样本 | 单细胞测序 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，T细胞受体谱分析 | NA | 单细胞转录组数据，TCR序列数据 | 7例患者（4例慢性冠脉综合征，3例急性冠脉综合征）的冠状动脉斑块样本，另加3例ACS斑块样本用于TCR分析 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x单细胞RNA测序平台 |
| 10800 | 2025-10-06 |
CNS Resident Innate Immune Cells: Guardians of CNS Homeostasis
2024-Apr-29, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25094865
PMID:38732082
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综述 | 本文聚焦中枢神经系统常驻先天免疫细胞在维持稳态及参与神经炎症和神经退行性疾病中的作用 | 利用单细胞RNA测序等先进技术区分了常驻与浸润免疫细胞，特别是边界相关巨噬细胞的表型谱系 | NA | 探讨中枢神经系统常驻先天免疫细胞在生理稳态和病理状态下的功能 | 中枢神经系统实质和非实质组织（脑膜、血管周隙、脉络丛）中的常驻免疫细胞 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序，多参数流式细胞术，质谱流式细胞术 | NA | 基因表达数据，蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，多参数流式细胞术，质谱流式细胞术 | NA | NA |