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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1061 2026-06-05
Tetrameric STAT5 regulates the formation of immune niche cells to protect stem cell regenerative repair against mucosal inflammation
2026-May, Experimental & molecular medicine
research paper 研究四聚体STAT5如何通过调控免疫微环境细胞保护肠道干细胞在黏膜炎症中的再生修复 首次揭示了四聚体STAT5抑制隐窝T细胞生态位形成的作用机制,并发现干扰STAT5四聚体可促进TCRγδ细胞扩增,从而增强肠道干细胞再生修复 研究主要基于小鼠模型和类器官,尚需在人体中进一步验证;STAT5四聚体对T细胞迁移的具体分子机制仍需深入探索 探究四聚体STAT5在肠道炎症中调控干细胞再生修复的机制 肠道干细胞、隐窝T细胞、TCRγδ细胞 machine learning inflammatory bowel disease scRNA-seq, ChIP-seq NA single-cell RNA-seq data 人类IBD样本、STAT5超活性和四聚体缺陷小鼠、类器官 10x Genomics single-cell RNA-seq 10x Chromium NA
1062 2026-06-05
Interpretable MRI-based Multiparametric Radiomics for Preoperative Prediction of CMS4 Colorectal Cancer
2026-May, Radiology IF:12.1Q1
研究论文 基于MRI的放射组学机器学习模型用于术前预测结直肠癌CMS4亚型,并探索其生物学可解释性 首次将放射组学特征与转录组分析结合,开发了可解释的MRI多参数放射组学模型(MRC4s)用于预测结直肠癌CMS4亚型,性能优于深度学习方法,并揭示了与TGF-β和上皮-间质转化通路的关联 样本量有限(253例),为回顾性研究,模型在不同数据集上的泛化性需进一步验证 评估基于放射组学的机器学习方法能否预测结直肠癌CMS4状态,并探索放射组学特征的生物学相关性和可解释性 结直肠癌患者,共253例(中位年龄63岁,163名男性) 机器学习 结直肠癌 MRI成像 机器学习放射组学模型(MRC4s)及深度学习模型(ResNet50、VGG16、DenseNet201) 图像数据(MRI)和转录组数据(批量RNA-seq和单细胞RNA-seq) 253例结直肠癌患者 NA NA NA NA
1063 2026-06-05
Spatial and multi-omics transcriptomic dissects platinum resistance in lung adenocarcinoma: a five-gene predictive model with tumor microenvironment dynamics
2026-Apr-25, Chemico-biological interactions IF:4.7Q1
研究论文 通过空间和多组学转录组分析揭示肺腺癌铂类耐药机制,构建五基因预测模型并探索肿瘤微环境动态 首次结合空间转录组学与多组学分析,识别出Cluster1亚型和恶性上皮PH细胞为铂类耐药的关键决定因素,并构建了临床级诊断精度的五基因预测模型 未提及明显局限性 识别肺腺癌铂类耐药相关的分子亚型并构建稳健的预测模型 肺腺癌患者公共数据集、A549/DDP细胞系和裸鼠模型 计算机视觉, 自然语言处理, 机器学习 肺腺癌 RNA-seq, 空间转录组学, 共识聚类 监督主成分分析, 机器学习, 卷积神经网络, 长短期记忆网络, 生成对抗网络 图像, 文本 未明确提及样本数量 Illumina 空间转录组学, 批量RNA-seq Illumina NovaSeq 未提供具体平台配置详情
1064 2026-06-05
Single-cell and spatial transcriptomics in Phragmites australis reveal the association of B chromosomes with plant invasiveness
2026-Apr-22, Genome biology IF:10.1Q1
研究论文 通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和比较基因组学,构建了芦苇的单细胞图谱,揭示了B染色体与植物入侵性的关联 首次在非模式入侵植物中构建细胞类型解析的分子图谱,并发现B染色体上差异表达基因与入侵性的关联 研究仅分析了来自欧洲和北美洲的种群,样本范围有限;B染色体功能验证仍需进一步实验 阐明入侵植物芦苇的分子和基因组机制,特别是B染色体在入侵过程中的作用 芦苇(Phragmites australis)的欧洲原生种群和北美入侵种群 机器学习和生物信息学 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学,比较基因组学 NA 单细胞转录组数据,空间转录组数据,基因组数据 多个欧洲原生和北美入侵种群 10x Genomics 单细胞RNA测序,空间转录组学 10x Chromium,10x Visium 10x Chromium单细胞3'测序,10x Visium空间转录组学
1065 2026-06-05
Machine learning predictions surpass individual mRNAs as a proxy of single-cell protein expression
2026-Apr-22, Genome biology IF:10.1Q1
研究论文 测试九种机器学习方法用于预测单细胞蛋白表达,发现基于机器学习的预测优于单独使用mRNA的推断 全面比较多种机器学习方法在单细胞蛋白表达预测上的效果,发现全转录组预测可成功预测mRNA缺失的蛋白 模型泛化性有限,需要高度相似的训练数据,限制了当前应用范围 评估机器学习方法从单细胞RNA-seq数据推断蛋白表达的准确性及适用性 单细胞蛋白表达预测的机器学习模型及其在不同数据集上的表现 机器学习 NA 单细胞RNA测序,蛋白质组学 机器学习 单细胞基因表达数据,蛋白质表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1066 2026-06-05
Biomimetic nanodecoys remodel the mechano-immune microenvironment to potentiate checkpoint blockade in colorectal cancer
2026-Apr-19, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1
研究论文 开发了一种仿生纳米平台MDPAs,通过重塑结直肠癌的力学-免疫微环境来增强免疫检查点抑制剂的疗效 首次利用血小板膜仿生纳米颗粒负载Defactinib和PD-L1抗体,同时调控肿瘤力学微环境和免疫微环境,通过抑制Integrin-FAK-YAP力学转导轴来增强免疫治疗效果 研究仅基于小鼠模型(原位瘤、肝转移和术后复发模型),临床转化还需进一步验证 探索通过调节肿瘤力学微环境来增强结直肠癌免疫检查点抑制疗法敏感性的新策略 结直肠癌肿瘤细胞、免疫细胞及基质细胞的相互作用关系 纳米医学 结直肠癌 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 小鼠模型(原位瘤、肝转移和术后复发模型) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
1067 2026-06-05
Causal inference of glucocorticoid signaling in non-small cell lung cancer: integrating Mendelian randomization, single-cell transcriptomics, and imaging data
2026-Apr-18, NPJ precision oncology IF:6.8Q1
研究论文 整合孟德尔随机化、单细胞转录组学和影像数据,探究糖皮质激素信号在非小细胞肺癌中的因果作用 首次系统阐明糖皮质激素相关基因与非小细胞肺癌风险之间的潜在因果关系,并发现其可能通过调节M2巨噬细胞功能介导,构建了包含多组学特征的预后风险模型 信息未提供,输出NA 探讨糖皮质激素相关基因与非小细胞肺癌的因果关联,并构建预后预测模型 非小细胞肺癌患者组织和细胞系 计算机视觉, 自然语言处理, 机器学习 肺癌 孟德尔随机化, 单细胞转录组学, 影像组学 Cox比例风险模型, nnU-Net 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 影像数据 TCGA数据集、GTEx和eQTLGen数据库样本;独立测试队列 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1068 2026-06-05
Single-cell transcriptome profiling reveals the heterogeneity of ossification of the posterior longitudinal ligament (OPLL) and its immune microenvironment
2026-Apr-18, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1
研究论文 通过单细胞转录组测序揭示后纵韧带骨化症的细胞异质性及其免疫微环境 首次构建人类后纵韧带骨化病变的单细胞图谱,揭示软骨细胞向成骨转化的轨迹及免疫-基质细胞互作网络,特别是SPP1-CD44信号在晚期骨化中的关键作用 探索性研究样本量较小(4,683个细胞),仍需更多功能验证和临床样本支持 阐明后纵韧带骨化症的细胞异质性和发病机制 手术切除的人类颈椎后纵韧带骨化病变组织细胞 数字病理学 后纵韧带骨化症 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 来自人类患者的4,683个细胞 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'基因表达文库制备
1069 2026-06-05
Comparative analysis of key phagocytic genes in humans and mice using machine learning integrated with single-cell RNA sequencing
2026-Apr-06, Neuroscience IF:2.9Q2
研究论文 利用单细胞RNA测序和机器学习方法,比较人类和小鼠脑出血后小胶质细胞吞噬功能的关键基因,揭示物种特异性差异 首次整合单细胞RNA测序与机器学习(XGBoost)来识别脑出血后小胶质细胞吞噬相关基因,并发现Tlr2和CLEC7A分别是小鼠和人类的特异性关键基因 未说明具体局限性 鉴定脑出血后小胶质细胞吞噬功能差异相关的关键基因,并探索物种特异性响应模式 人类和小鼠脑出血模型中的小胶质细胞 机器学习 脑出血 单细胞RNA测序 XGBoost 单细胞基因表达数据 人类和鼠类脑出血样本(具体数量未提供) NA 单细胞RNA测序 NA NA
1070 2026-06-05
Mapping whole-organism genetic comorbidities across model Species using unified ontologies
2026-Apr-04, Genetics IF:3.3Q2
研究论文 使用统一本体映射跨物种模式生物的全身遗传共病关系 首次利用跨物种表型本体整合方法,系统分析非梗阻性无精子症相关基因在不同模式生物中的全身性共病模式,并开发了CoMo DBM资源库 主要依赖已有模式生物数据库的基因型-表型关联数据,可能受限于现有数据覆盖度和注释完整性 阐明遗传变异对全身表型的影响机制,特别是男性不育与全身性疾病之间的遗传关联 非梗阻性无精子症相关基因及其在人类、小鼠、斑马鱼、果蝇和秀丽隐杆线虫中的同源基因 机器学习 男性不育症 NA NA 基因型-表型关联数据、单细胞RNA-seq、全身基因表达数据、基因本体注释 204个小鼠非梗阻性无精子症相关基因 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1071 2026-06-05
Single-cell transcriptomics reveals FXR1 as an actionable target for siRNA therapy in ovarian cancer
2026-Apr-03, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 通过单细胞转录组学揭示FXR1作为卵巢癌siRNA治疗的可靶向靶点 首次利用单细胞RNA测序分析FXR1沉默对肿瘤微环境中多种细胞类型的影响,并证明LNA修饰的siRNA在体内抑制卵巢癌效果更优 未明确说明研究的局限性 研究FXR1在卵巢癌中的作用及其作为siRNA治疗靶点的可行性 卵巢癌肿瘤组织、腹水中的肿瘤细胞、基质细胞和免疫细胞 单细胞转录组学 卵巢癌 单细胞RNA测序, siRNA干扰 NA 基因表达数据 涉及体内小鼠模型及腹水样本,具体数量未说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1072 2026-06-05
A comprehensive benchmarking study on computational tools for cross-omics label transfer from single-cell RNA to ATAC data
2026-Apr-01, G3 (Bethesda, Md.)
研究论文 本研究对从单细胞RNA数据到ATAC数据的跨组学标签转移的计算工具进行了全面的基准测试评估 首次系统评估了27种计算工具在scRNA-seq到scATAC-seq标签转移中的性能,并揭示了数据不平衡、跨组学差异等因素对模型性能的影响 未对所有方法进行所有可能的数据场景测试,且基准测试结果可能受限于所选数据集和评估指标 评估现有计算工具在scRNA-seq到scATAC-seq跨组学标签转移中的性能,为未来方法开发提供建议 27种计算工具在人类和小鼠组织单细胞RNA和ATAC数据上的标签转移任务 机器学习 NA scRNA-seq, scATAC-seq Bridge, GLUE, bindSC等深度学习模型 单细胞RNA和ATAC测序数据 多种人类和小鼠组织样本 NA 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 NA NA
1073 2026-06-05
Engineered TIGIT-Blockade Membrane Vesicles Synergize with Microwave Ablation to Mediate Liver Metastases Eradication
2026-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序揭示微波消融治疗后过渡区的免疫抑制微环境,并开发工程化TIGIT阻断膜囊泡,协同微波消融实现肝转移的根除 首次开发了封装贝伐珠单抗的工程化膜囊泡(Bev@TPNVs),融合TIGIT表达膜和血小板膜,能特异性靶向肝脏和过渡区,抑制新生血管并恢复CD8 T细胞抗肿瘤功能 文章未提及明显局限性 开发一种新型联合免疫疗法,以消除微波消融后肝转移复发 实验性肝转移小鼠模型中的肿瘤微环境及过渡区免疫细胞 机器学习 肝转移 单细胞RNA测序, 流式细胞术 NA 单细胞转录组数据 基于实验性肝转移小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1074 2026-06-05
Multi-omics reveals hepatotoxic mechanisms and key toxic components of Polygoni Multiflori Radix and its processed products
2026-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1
研究论文 综合多组学方法揭示何首乌及其炮制品的肝毒性机制和关键毒性成分 首次整合非靶向血清代谢组学、肝脏空间转录组学和肝脏空间代谢组学来阐明肝毒性机制 未提及 阐明何首乌及其炮制品的肝毒性过程并识别主要毒性成分 何首乌及其炮制品 机器学习和计算生物学 肝毒性、胆汁淤积 非靶向代谢组学、空间转录组学、空间代谢组学、质谱分析、细胞毒性测试 NA 文本、图像(空间数据) 未提及具体样本数量 NA 空间转录组学、空间代谢组学、非靶向代谢组学 NA NA
1075 2026-06-05
Bioinformatics approach to identifying molecular targets of Danlou tablet against atherosclerosis: a machine learning pharmacology study
2026-Apr, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
研究论文 采用网络药理学、生物信息学、单细胞RNA测序、机器学习、分子对接和分子动力学模拟等方法,鉴定丹蒌片抗动脉粥样硬化的分子靶点 首次整合多种计算和实验方法,提出HAS2作为丹蒌片中β-谷甾醇抗动脉粥样硬化的新候选靶点 实验验证仅限于初步靶点结合(CETSA和ELISA),缺乏体内功能实验验证机制假说 鉴定丹蒌片治疗动脉粥样硬化的新分子靶点并生成机制假说 丹蒌片生物活性成分、动脉粥样硬化相关靶点、人脐静脉内皮细胞 机器学习 动脉粥样硬化 NGS, 单细胞RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟, CETSA, ELISA 机器学习算法 文本, 图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1076 2026-06-05
Metabolic surgery mitigates early kidney injury in obese youth with diabetes by suppressing mTORC1/JAK/STAT signaling
2026-Apr-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 代谢手术通过抑制mTORC1/JAK/STAT信号通路减轻肥胖青少年糖尿病早期肾损伤 首次通过配对分析结合单细胞RNA测序,揭示垂直袖状胃切除术后肾脏在结构和分子层面的适应性改变,并明确mTORC1/JAK/STAT信号通路在其中的关键作用 样本量较小(5名青少年),且研究仅针对垂直袖状胃切除术一种手术方式,结果可能不适用于其他代谢手术类型 探究垂直袖状胃切除术对肥胖2型糖尿病青少年肾脏的结构和分子变化及其机制 患有2型糖尿病和肥胖的青少年 机器学习 糖尿病肾病 单细胞RNA测序 NA 转录组数据、蛋白质组数据 5名肥胖2型糖尿病青少年(配对分析),以及独立队列中64名青少年 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1077 2026-06-05
Comprehensive bioinformatic analysis and experimental validation identify MT1M and MT1X as key metallothioneins in BC pathogenesis
2026-Apr, Journal of trace elements in medicine and biology : organ of the Society for Minerals and Trace Elements (GMS) IF:3.6Q2
研究论文 通过综合生物信息学分析与实验验证,揭示MT1M和MT1X作为乳腺癌发病机制中的关键金属硫蛋白 首次整合多个数据集和多种机器学习方法,系统识别并验证MT1M和MT1X在乳腺癌中的核心作用,结合单细胞测序和空间转录组学分析其表达模式 研究依赖于公共数据集,样本量有限;功能验证仅限于体外实验,缺乏体内模型验证 探索金属硫蛋白相关基因在乳腺癌发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力 乳腺癌患者的组织样本和细胞系 数字病理学 乳腺癌 RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, PCR, Western blot LASSO回归, 随机森林, 逻辑回归 图像, 文本 两个乳腺癌数据集GSE42568和GSE29044 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间基因表达
1078 2026-06-05
Coronary artery disease risk gene PRDM16 regulates smooth muscle homeostasis
2026-Apr, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2
研究论文 本文发现冠心病风险基因PRDM16在血管平滑肌细胞中高度表达,并通过抑制Tgfb2表达调控平滑肌稳态和新生内膜形成 首次发现PRDM16在血管平滑肌细胞中的功能,并揭示其通过抑制Tgfb2启动子活性调控TGF-β信号通路的分子机制 仅在雄性小鼠中观察到表型,且未在人类样本中验证PRDM16与冠心病因果关系的直接证据 筛选动脉组织中超级增强子调控的转录因子,鉴定血管平滑肌稳态的新型调控因子 人动脉组织、小鼠血管平滑肌细胞和小鼠模型 基因组学 冠心病 ChIP-seq, RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR, Western blotting NA 基因表达数据, 测序数据, 组织学图像 多个人动脉组织样本、PRDM16条件性敲除和组成性敲除小鼠模型(含假手术和左颈动脉结扎处理组) Illumina Bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, ChIP-seq Illumina NovaSeq(推测) 用于ChIP-seq的H3K27ac抗体富集、RNA-seq文库构建(具体平台未详细说明)
1079 2026-06-05
Pre-operative risk assessment of hepatocellular carcinoma recurrence in liver transplant recipients by non-invasive detection of pre-existing genetic lesions
2026-Apr, Clinical and molecular hepatology IF:14.0Q1
研究论文 开发基于液体活检的肝移植前肝细胞癌复发风险评估模型 结合cfDNA拷贝数改变特征与单细胞转录组数据,追溯复发相关cfDNA来源,并构建整合cfDNA特征与临床指标的ZJU标准预测工具 未明确说明样本量较小或外部验证局限性,但研究涉及多中心、多组学分析 开发基于液体活检的术前风险分层模型,用于预测肝细胞癌移植后复发 260名来自三个中心的肝细胞癌患者 机器学习 肝细胞癌 低覆盖全基因组测序、全外显子测序、单核RNA测序、空间转录组学 NA 测序数据、临床数据、转录组数据 260名肝细胞癌患者 NA cfDNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学 NA 低覆盖全基因组测序用于cfDNA,单核RNA测序和空间转录组测序用于匹配组织
1080 2026-06-05
Fut8-Mediated Core Fucosylation of Toll-Like Receptor 4 Exacerbates Periodontitis Via Hyperactivation of NF-κB Signalling
2026-Apr, International dental journal IF:3.2Q1
研究论文 本研究揭示了核心岩藻糖基转移酶Fut8通过介导Toll样受体4的核心岩藻糖基化,过度激活NF-κB信号通路,从而加剧牙周炎 首次阐明Fut8在牙周炎中通过TLR4的核心岩藻糖基化调控NF-κB通路的作用机制,并验证了靶向抑制Fut8的治疗潜力 未提及具体局限性 探讨核心岩藻糖基化在牙周炎慢性炎症中的作用机制及治疗潜力 牙周炎患者和健康个体的牙龈样本、小鼠牙周炎模型、人牙龈成纤维细胞模型 数字病理学 牙周炎 转录组测序、单细胞测序、基因沉默、免疫共沉淀 NA 转录组数据、单细胞测序数据 牙周炎患者和健康个体的牙龈样本(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA NA
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