单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1061	2025-07-20	Integrative lactylation and tumor microenvironment signature as prognostic and therapeutic biomarkers in skin cutaneous melanoma 2023-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05483-7 PMID:37955686	研究论文	本研究通过整合乳酸化修饰和肿瘤微环境特征，开发了一种新的预后和治疗生物标志物分类器，用于皮肤黑色素瘤（SKCM）患者的预后预测和治疗方案制定	首次将乳酸化修饰（LAC）评分与肿瘤微环境（TME）评分相结合构建LAC-TME分类器，并验证其在SKCM预后预测和免疫治疗方案制定中的价值	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要更多前瞻性临床研究验证	开发SKCM的新型预后预测模型并探索其免疫治疗指导价值	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者和细胞系（A375和A2058）	数字病理学	皮肤黑色素瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、LASSO回归分析、Cox回归分析	LAC-TME分类器	RNA测序数据、单细胞RNA测序数据	TCGA和GTEx数据库中的SKCM样本
1062	2025-07-20	Combined signature of G protein-coupled receptors and tumor microenvironment provides a prognostic and therapeutic biomarker for skin cutaneous melanoma 2023-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05486-4 PMID:38006451	research paper	该研究通过分析皮肤黑色素瘤（SKCM）中G蛋白偶联受体（GPCRs）相关基因（GPRGs）和肿瘤微环境（TME），构建了一个预后模型，以帮助SKCM患者获得准确的临床治疗策略	研究首次结合GPCRs相关基因和肿瘤微环境构建了SKCM的预后模型，并识别出新的生物标志物GPR19	研究主要基于公开数据库的数据，未来需要更多实验验证模型的普适性	构建SKCM的预后模型，为患者提供更精准的治疗策略	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者	肿瘤学	皮肤黑色素瘤	差异表达分析、LASSO算法、单变量和多变量cox回归分析、免疫浸润分析、功能富集分析、肿瘤突变负荷分析、免疫治疗预测、scRNA-seq数据分析	GPR-TME分类器	基因表达数据和临床信息	来自TCGA和GEO数据库的SKCM表达数据和临床信息
1063	2025-07-20	Machine learning- and WGCNA-mediated double analysis based on genes associated with disulfidptosis, cuproptosis and ferroptosis for the construction and validation of the prognostic model for breast cancer 2023-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05378-7 PMID:37712959	research paper	该研究基于与二硫键凋亡、铜死亡和铁死亡相关的基因，通过机器学习和WGCNA双重分析，构建并验证了乳腺癌的预后模型	首次整合了二硫键凋亡相关基因(DRGs)、铜死亡相关基因(CRGs)和铁死亡相关基因(FRGs)来构建乳腺癌的预后特征	研究主要依赖于TCGA-BRCA数据库和两个外部验证集，可能受到数据来源的限制	开发乳腺癌的临床预后工具和设计免疫治疗方案	乳腺癌患者	machine learning	breast cancer	WGCNA, 单细胞RNA测序, 免疫荧光分析	Lasso-Cox分析	基因表达数据	来自TCGA-BRCA数据库的内部训练集和验证集，以及GSE20685和GSE42568作为外部验证集
1064	2025-07-20	Anti-PD-1 immunotherapy with androgen deprivation therapy induces robust immune infiltration in metastatic castration-sensitive prostate cancer 2023-11-13, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2023.10.006 PMID:37922910	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了转移性去势敏感前列腺癌患者在抗PD-1免疫治疗和雄激素剥夺治疗联合治疗下的肿瘤微环境免疫浸润情况	首次在转移性去势敏感前列腺癌中揭示了抗PD-1免疫治疗联合雄激素剥夺治疗诱导的免疫浸润特征及其与临床结局的关联	样本量较小(来自II期临床试验)，且仅分析了特定治疗方案的响应情况	探究转移性去势敏感前列腺癌的肿瘤微环境特征及联合治疗对其的影响	转移性去势敏感前列腺癌患者的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	II期临床试验(NCT03951831)患者样本
1065	2025-07-20	Transcriptomes and metabolism define mouse and human MAIT cell populations 2023-11-10, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abn8531 PMID:37948512	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、表型和代谢分析，定义了小鼠和人类MAIT细胞在不同器官中的群体特征及其在胸腺中的发育途径	揭示了小鼠和人类MAIT细胞在转录组和代谢状态上的显著差异，特别是在IL-17产生型(MAIT17)和IFN-γ产生型(MAIT1)亚群之间	研究主要基于小鼠和人类的MAIT细胞，可能不适用于其他物种	探究MAIT细胞在不同器官中的群体特征及其发育途径	小鼠和人类的MAIT细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序、表型和代谢分析	NA	转录组数据、代谢数据	未明确说明样本数量，但涉及多个器官的小鼠和人类MAIT细胞
1066	2025-07-20	IFNɣ but not IFNα increases recognition of insulin defective ribosomal product-derived antigen to amplify islet autoimmunity 2023-11, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-023-05991-8 PMID:37581620	研究论文	本研究探讨了早期先天细胞因子（IFNα）和晚期免疫适应性事件（IFNγ）在胰岛素缺陷核糖体产物（DRiP）衍生肽向致糖尿病CD8+ T细胞呈递中的作用	揭示了IFNγ通过诱导免疫蛋白酶体催化亚基PSMB10的表达，在胰岛素DRiP衍生肽向T细胞呈递中的关键作用，并发现PSMB10在1型糖尿病患者的胰腺中被优先破坏的β细胞亚群中上调	研究主要基于体外实验和单细胞转录组学数据，未涉及体内实验验证	阐明免疫蛋白酶体在β细胞免疫原性中的作用，为1型糖尿病治疗提供新靶点	人类胰岛β细胞系EndoC-βH1和1型糖尿病患者的胰腺组织	免疫学	1型糖尿病	单细胞转录组学、siRNA抑制、抗原肽呈递监测	NA	RNA-seq数据	单细胞RNA-seq数据集（GSE218316）
1067	2025-07-20	Spatial enrichment of the type 1 interferon signature in the brain of a neuropsychiatric lupus murine model 2023-11, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2023.06.021 PMID:37369340	研究论文	本研究验证了一种神经精神性狼疮小鼠模型，并发现外周1型干扰素特征升高与神经精神性狼疮症状相关	通过空间转录组学技术揭示了1型干扰素特征在小鼠脑实质中的空间富集模式	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证	探究1型干扰素在中枢神经系统中的作用及其与神经精神性狼疮症状的关系	神经精神性狼疮小鼠模型	神经科学	系统性红斑狼疮	单核测序, 空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据, 空间转录组数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
1068	2025-07-20	Machine learning and single-cell sequencing reveal the potential regulatory factors of mitochondrial autophagy in the progression of gastric cancer 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05287-9 PMID:37648811	研究论文	本研究通过机器学习和单细胞测序技术，揭示了线粒体自噬相关基因在胃癌进展中的潜在调控因素	结合机器学习算法和单细胞RNA测序技术，识别了胃癌中线粒体自噬的关键基因和调控网络	研究样本量有限，仅包含13个胃癌样本的28,836个细胞	全面分析线粒体自噬相关基因在胃癌进展中的作用	胃癌（GC）	机器学习	胃癌	RNA-seq, scRNA-seq	SVM-RVF, 随机森林	基因表达数据	13个胃癌样本的28,836个细胞
1069	2025-07-20	A novel coiled-coil domain containing-related gene signature for predicting prognosis and treatment effect of breast cancer 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05222-y PMID:37558766	研究论文	本文开发了一个包含卷曲螺旋结构域相关基因的特征，用于预测乳腺癌的预后和治疗效果	首次建立了卷曲螺旋结构域包含蛋白家族在乳腺癌中的预后特征，并通过多数据库验证其预测价值	研究结果需要进一步通过实验验证，且样本来源仅限于公开数据库	开发乳腺癌预后预测模型并评估其治疗效果预测能力	乳腺癌患者	数字病理	乳腺癌	基因表达分析，单细胞测序	LASSO Cox回归模型	基因表达数据和临床数据	来自TCGA、METABRIC和GEO数据库的乳腺癌患者数据
1070	2025-07-20	The role of KPNA2 as a monotonically changing differentially expressed gene in the diagnosis, risk stratification, and chemotherapy sensitivity of chronic hepatitis B-liver cirrhosis-hepatocellular carcinoma 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05213-z PMID:37526663	研究论文	本研究探讨了KPNA2基因在慢性乙型肝炎-肝硬化-肝细胞癌（CLH）诊断、风险分层和化疗敏感性中的作用	首次将KPNA2作为血清生物标志物用于CLH不同阶段的诊断和动态监测，并发现其与化疗药物敏感性的相关性	研究样本量未明确说明，且未进行多中心验证	探索CLH演变过程中的早期诊断生物标志物和治疗靶点	慢性乙型肝炎患者、肝硬化患者和肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	ELISA、单细胞RNA-seq、批量RNA-seq	列线图模型	基因表达数据	NA
1071	2025-07-20	Multi-omics analysis of expression profile and prognostic values of connexin family in LUAD 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05075-5 PMID:37458803	研究论文	本研究首次探讨了Cx基因在泛癌中的表达差异和预后意义，并聚焦于LUAD，旨在全面分析Connexin基因家族在LUAD中的表达谱、预后意义、遗传变异、潜在生物学功能及药物敏感性	首次在泛癌中探讨Cx基因的表达差异和预后意义，并针对LUAD开发了一个结合风险评分和临床特征的综合预后模型	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	分析Connexin基因家族在LUAD中的表达谱、预后意义、遗传变异、潜在生物学功能及药物敏感性	Connexin基因家族在LUAD中的表达和功能	生物信息学	肺癌	单细胞测序	综合预后模型	基因表达数据	NA
1072	2025-07-20	Integrated single-cell and bulk sequencing analyses with experimental validation identify the prognostic and immunological implications of CD226 in pan-cancer 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05268-y PMID:37580402	研究论文	本研究通过单细胞和批量测序分析，结合实验验证，探讨了CD226在泛癌中的预后和免疫学意义	首次全面分析了CD226在泛癌中的表达谱及其与免疫治疗反应的关系，并验证了其在肿瘤浸润免疫细胞中的功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠B16F10黑色素瘤模型	探究CD226的生物学功能、在肿瘤免疫中的作用及其预测预后和免疫治疗反应的潜力	泛癌样本和小鼠B16F10黑色素瘤模型	肿瘤免疫学	泛癌	单细胞测序、批量测序、基因集富集分析(GSEA)、流式细胞术	小鼠B16F10黑色素瘤模型	测序数据、流式细胞数据	多种癌症类型的样本和小鼠模型
1073	2025-07-20	Selenium metabolism heterogeneity in pan-cancer: insights from bulk and single-cell RNA sequencing 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05333-6 PMID:37648807	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序揭示了硒代谢在泛癌中的异质性及其与免疫反应和癌症生物学的关联	首次系统描绘了硒代谢在泛癌中的景观，并揭示了其与免疫反应、癌症标志物的相关性，以及通过机器学习预测免疫检查点抑制剂治疗反应的潜力	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平和功能实验验证	探索硒代谢在癌症发生发展和免疫反应中的作用	多种癌症类型（泛癌）	生物信息学	泛癌	RNA测序（批量RNA测序和单细胞RNA测序），GSEA，机器学习	机器学习模型（具体类型未说明）	RNA测序数据	TCGA、GTEx、CCLE数据库及整合的泛癌单细胞数据集
1074	2025-07-20	Identification an innovative classification and nomogram for predicting the prognosis of thyroid carcinoma patients and providing therapeutic schedules 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05252-6 PMID:37596371	研究论文	本研究探讨了程序性细胞死亡（PCD）模式与甲状腺癌预后的关联，并开发了基于PCD基因的预后指数	利用六种机器学习算法创建了程序性细胞死亡特征（PCDS），并通过SVM模型确定了最佳模型，同时发现了两种具有不同生物学过程和药物敏感性的THCA分子亚型	研究依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探究PCD与甲状腺癌预后的关系，并开发预后预测模型	甲状腺癌患者	机器学习	甲状腺癌	机器学习算法（SVM等），非负矩阵分解（NMF）	SVM	基因表达数据，临床数据	568名甲状腺癌患者
1075	2025-07-20	Integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq constructs a stemness-related signature for predicting prognosis and immunotherapy responses in hepatocellular carcinoma 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05202-2 PMID:37535162	研究论文	通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，构建了一个与干性相关的特征模型，用于预测肝细胞癌的预后和免疫治疗反应	首次结合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据构建干性相关特征模型，并通过多种算法验证其在预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应中的有效性	研究仅基于现有数据集，需要进一步实验验证	开发一个能够预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应的干性相关特征模型	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, WGCNA, CytoTRACE, LASSO	预后预测模型	RNA-seq数据	四个数据集中的肝细胞癌患者样本
1076	2025-07-20	A comprehensive analysis of the potential role of necroptosis in hepatocellular carcinoma using single-cell RNA Seq and bulk RNA Seq 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05208-w PMID:37535163	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，全面分析了坏死性凋亡在肝细胞癌（HCC）中的潜在作用，并构建了一个基于坏死性凋亡相关基因（NAGs）的预后预测模型	构建了一个5基因预后模型，揭示了HCC中两种不同的坏死性凋亡亚型，并发现CD5L、CETP和MARCO表达的巨噬细胞亚群对坏死性凋亡高度敏感	研究主要基于TCGA数据库的数据，可能需要更多独立队列验证模型的普适性	探究坏死性凋亡在HCC发展和进展中的作用，并构建预后预测模型	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序，CIBERSORT算法	预后预测模型	基因表达数据，临床数据	TCGA数据库中的HCC患者数据
1077	2025-07-20	Comprehensive analysis of anoikis-related genes in prognosis and immune infiltration of gastric cancer based on bulk and single-cell RNA sequencing data 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05157-4 PMID:37474682	研究论文	基于批量及单细胞RNA测序数据，全面分析失巢凋亡相关基因在胃癌预后及免疫浸润中的作用	首次构建基于失巢凋亡相关基因的胃癌预后风险模型，并探索其在免疫浸润及治疗反应中的预测价值	研究结果需要进一步实验验证，且样本量可能限制模型的泛化能力	探索失巢凋亡相关基因在胃癌预后评估及治疗指导中的潜在应用	胃癌患者及其相关基因表达数据	生物信息学	胃癌	批量RNA测序、单细胞RNA测序	Cox回归风险模型	RNA测序数据	多个数据集中的胃癌样本
1078	2025-07-20	Combinatorial Immunotherapy with Agonistic CD40 Activates Dendritic Cells to Express IL12 and Overcomes PD-1 Resistance 2023-10-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0699 PMID:37478171	研究论文	该研究探讨了通过组合免疫疗法激活树突状细胞表达IL12以克服PD-1抗性的机制	发现了一种新型CCL22+CCL5+ IL12分泌型树突状细胞亚群在克服PD-1抗性中的关键作用，并验证了IL12 mRNA疗法单独使用的有效性	研究主要基于小鼠模型，人类患者数据验证有限	探索克服PD-1抗性的新型免疫治疗策略	小鼠黑色素瘤模型和人类患者样本	免疫治疗	黑色素瘤	单细胞细胞因子分泌分析、单细胞RNA测序	小鼠黑色素瘤模型	基因表达数据、细胞因子分泌数据	多数小鼠显示完全肿瘤消退，人类患者数据有限
1079	2025-07-20	MuDCoD: multi-subject community detection in personalized dynamic gene networks from single-cell RNA sequencing 2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad592 PMID:37740957	研究论文	开发了一种名为MuDCoD的方法，用于从单细胞RNA测序数据中检测多主体动态基因网络中的社区	首次提出同时考虑多个主体和多个时间点的网络社区检测方法，填补了现有研究的空白	未明确说明方法在极端数据稀疏情况下的表现	开发能够分析多主体动态基因共表达网络的社区检测方法	人类诱导多能干细胞在分化为多巴胺能神经元过程中的基因网络，以及CD4+ T细胞激活过程中的基因网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基于谱聚类的框架	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多主体和多时间点的数据
1080	2025-07-20	Single-cell sequencing and bulk RNA data reveal the tumor microenvironment infiltration characteristics of disulfidptosis related genes in breast cancer 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05109-y PMID:37428249	研究论文	通过单细胞测序和大块RNA数据分析乳腺癌中双硫死亡相关基因的肿瘤微环境浸润特征及其对免疫治疗的潜在影响	首次构建基于双硫死亡相关基因的风险特征模型，用于预测乳腺癌患者的总体生存和免疫治疗反应，并发现TNFRSF14作为关键调控基因	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究双硫死亡相关基因在乳腺癌中的预后价值及其在免疫微环境中的作用	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序, 大块RNA测序, hdWGCNA, WGCNA, LASSO分析	风险特征模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量