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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1061 | 2026-05-03 |
Targeted inhibition of Nrf2 potentiates antitumor immunity and enhances the efficacy of immunotherapy in hepatocellular carcinoma
2026-Mar-24, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010841
PMID:41876134
|
研究论文 | 通过靶向抑制Nrf2增强肝细胞癌抗肿瘤免疫并提高免疫治疗效果 | 首次揭示Nrf2抑制通过下调PD-L1表达和上调MHC-I表达双重机制增强抗肿瘤免疫,并证明其与PD-1抗体和CAR-T细胞联合治疗的协同效应 | 研究主要基于小鼠模型,未在人类患者中验证;分子机制尚未完全阐明 | 探究抑制Nrf2对肝细胞癌免疫治疗耐药性的影响及其分子机制 | 肝细胞癌小鼠模型及肿瘤细胞 | 机器学习 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 转录组数据 | 同种异体移植肿瘤模型小鼠样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 1062 | 2026-05-03 |
Multiomic characterisation of the clinical efficacy of guselkumab induction therapy in ulcerative colitis
2026-Mar-23, BMJ open gastroenterology
IF:3.3Q2
DOI:10.1136/bmjgast-2025-002153
PMID:41871904
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研究论文 | 对guselkumab诱导治疗溃疡性结肠炎临床疗效的多组学特征分析 | 首次详细描述了IL-23p19亚基拮抗剂guselkumab治疗中度至重度活动性溃疡性结肠炎患者后与疗效相关的细胞和分子变化 | NA | 探究guselkumab治疗溃疡性结肠炎相关的细胞和分子变化机制 | 中度至重度活动性溃疡性结肠炎患者 | 机器学习 | 溃疡性结肠炎 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术, 血清蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据 | 313名患者(结肠活检样本:257份bulk RNA-seq,52份单细胞RNA-seq,30份流式细胞术;血清蛋白质组学:302份) | NA | NA | NA | NA |
| 1063 | 2026-05-03 |
Spatial transcriptomics from pancreas and local draining lymph node tissue reveals a lymphotoxin-β signature in human type 1 diabetes
2026-Mar-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117144
PMID:41875135
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研究论文 | 利用空间转录组学技术研究人类1型糖尿病胰腺及局部引流淋巴结组织中的淋巴毒素-β信号特征 | 首次在人类1型糖尿病组织中结合多细胞分辨率与亚细胞分辨率空间转录组学,揭示胰腺淋巴结中淋巴毒素-β(LTB)的显著上调及其在胰岛炎病变中的表达模式 | 样本量有限且仅包含特定疾病阶段(无糖尿病、抗体阳性风险个体和T1D供体),可能无法全面反映疾病全程的动态变化 | 探索1型糖尿病自然病程中胰腺和胰腺淋巴结的炎症反应分子特征 | 人类胰腺及胰腺淋巴结组织样本 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 无糖尿病个体、自身抗体阳性风险个体和1型糖尿病供体(具体数量未明确说明) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 多细胞分辨率空间转录组学(10x Visium)及亚细胞分辨率空间转录组学平台(可能为Xenium) |
| 1064 | 2026-05-03 |
Integrative machine learning analysis suggests novel molecular targets for liver cancer diagnosis and therapy
2026-Mar-22, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04889-2
PMID:41866435
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研究论文 | 通过整合机器学习分析,确定用于肝癌诊断和治疗的新型分子靶点,并构建了一种包含8个基因的诊断模型 | 结合机器学习算法与单细胞测序数据,开发了一种诊断性能优越(AUC=1.000)的8基因诊断特征,并揭示了免疫浸润在肝细胞癌中的独特特征 | 未提及具体局限性,但可能包括样本量有限或外部验证数据集的代表性不足 | 通过识别关键分子靶点和通路,增强肝细胞癌的及时有效诊断和治疗 | 肝细胞癌患者与对照组的差异表达基因及相关免疫细胞浸润 | 机器学习 | 肝癌(肝细胞癌) | 微阵列基因表达谱、单细胞测序 | 机器学习算法(未具体说明,包括10折交叉验证) | 基因表达数据、单细胞测序数据 | NA(未在标题和摘要中明确说明) | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1065 | 2026-05-03 |
Neuronal and glial networks interact with traumatic brain injury to modulate cognition in ABCD study
2026-Mar-13, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-026-00681-8
PMID:41826372
|
研究论文 | 本研究整合基因与轻度创伤性脑损伤相互作用的全基因组关联分析和单细胞RNA测序基因调控网络,揭示了神经元和胶质细胞网络中调节神经认知结果的关键调控因子和分子机制 | 首次在青少年大脑认知发展队列中结合基因与mTBI相互作用的GWAS和单细胞RNA测序调控网络,解析了脑区和细胞类型特异性的mTBI病理调控网络 | 未说明具体局限性 | 阐明轻度创伤性脑损伤影响神经认知的细胞类型特异性分子机制和关键调控因子 | 青少年轻度创伤性脑损伤患者 | 机器学习 | 轻度创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1066 | 2026-05-03 |
Multicellular origins of murine ovarian inflammaging
2026-Mar-13, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09826-1
PMID:41826404
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研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组学,揭示小鼠卵巢衰老中多细胞起源的炎症老化机制 | 首次结合单细胞和空间转录组学技术,鉴定了与年龄相关的巨噬细胞和T细胞亚群作为卵巢炎症老化的关键促炎信号来源,并预测了这些细胞与颗粒细胞之间的双向信号传导 | 未具体说明局限性 | 阐明卵巢炎症老化的多细胞机制,特别是免疫细胞在衰老过程中的功能及其对卵泡发育的影响 | 老年小鼠卵巢 | 自然语言处理 | 生殖衰老疾病 | 单细胞转录组测序、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 老年小鼠卵巢样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒、10x Visium空间转录组试剂盒 |
| 1067 | 2026-05-03 |
Reconstructing 3D transcriptional organization from spatial transcriptomics reveals consistent oncogenic translocations and developmental dynamics
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag177
PMID:42059481
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研究论文 | 介绍Cytocraft,一个从二维空间转录组数据重建三维转录组织结构的计算框架,并验证其在肺癌和蝾螈脑发育中的生物学应用 | 首次实现从二维空间转录组数据推断共享的、细胞类型特异的三维转录中心构型,并揭示癌症中MALAT1的定向易位和发育中转录中心重组的保守动态 | 基于仿真验证,可能受限于空间转录组数据的分辨率和噪声,真实三维构型推断的准确性尚需更多实验验证 | 开发一种能从二维空间数据重建三维转录组织结构的计算方法,以探索转录在发育和疾病中的空间组织规律 | 人类非小细胞肺癌样本和发育中的蝾螈脑 | 计算机视觉 | 肺癌 | 空间转录组学 | 计算框架 | 亚细胞空间转录组图谱 | 8例肺癌患者样本和蝾螈脑发育阶段样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1068 | 2026-05-03 |
Integrating and mapping single-cell transcriptomics across the entire gene expression space
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag204
PMID:42059480
|
研究论文 | 提出scGES深度学习框架,通过利用所有基因信息在完整基因表达空间整合单细胞转录组数据,校正批次效应 | 首次利用高度和低度可变基因的全基因表达空间进行批次效应校正,超越仅依赖高度可变基因的现有方法 | 未明确提及局限性 | 开发有效校正批次效应并整合单细胞转录组数据集的方法 | 单细胞转录组数据集及查询数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序 | 深度学习框架 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1069 | 2026-05-03 |
CaHoT-GRN: context-aware high-order topology learning for robust single-cell gene regulatory network inference
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag202
PMID:42059479
|
研究论文 | 提出CaHoT-GRN框架,利用上下文感知的高阶拓扑学习实现稳健的单细胞基因调控网络推断 | 创新性地整合预训练生物大语言模型提取序列语义嵌入,并通过异质信息网络和相似性共注意力模块建模高阶基因相互作用与拓扑一致性 | 未在文中明确说明局限性,可能包括依赖预训练模型质量及计算复杂度较高 | 开发一种利用序列上下文信息和蛋白质相互作用知识的高阶拓扑学习框架,提升单细胞基因调控网络推断的准确性和鲁棒性 | 单细胞转录组数据集及相关的基因和蛋白质序列 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 预训练生物大语言模型、异质信息网络、相似性共注意力模块 | 序列数据、单细胞转录组数据 | 四种类型网络对应的单细胞转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1070 | 2026-05-03 |
A systems immunology approach reveals divergent immune profiles of RSV and SARS-CoV-2 infections in infants
2026-Feb-25, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.aea7097
PMID:41739901
|
研究论文 | 通过系统免疫学方法揭示婴儿RSV和SARS-CoV-2感染的不同免疫特征 | 首次在婴儿中系统比较RSV和SARS-CoV-2感染的免疫反应差异,结合单细胞转录组学和表观基因组学分析 | 样本量较小(RSV 19例,SARS-CoV-2 30例,对照17例),年龄中位数2.3个月,结果可能不适用于更大范围或不同年龄段的婴儿 | 揭示RSV和SARS-CoV-2感染在婴儿中导致不同临床表现的免疫机制 | 婴儿(中位年龄2.3个月),包括RSV感染者、SARS-CoV-2感染者和健康对照 | 机器学学习 | 呼吸道感染 | 单细胞转录组学,表观基因组学,细胞因子分析 | NA | 血液样本 | RSV感染19例,SARS-CoV-2感染30例,健康对照17例(共66例婴儿) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序用于单细胞转录组学分析 |
| 1071 | 2026-05-03 |
DeCAF defines clinical fibroblast subtypes and multidimensional tumor-stroma crosstalk shaping prognosis and immunotherapy response
2026-Feb-17, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102611
PMID:41707654
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序定义具有临床意义的癌症相关成纤维细胞(CAF)亚型,并揭示其与肿瘤亚型的相互作用及对免疫治疗反应的影响 | 首次定义具有临床预后和治疗反应预测价值的CAF亚型(抑制型和促进型),开发出单样本分类器DeCAF,可直接应用于临床决策 | 未提及具体研究限制 | 通过单细胞RNA测序定义具有临床意义的CAF亚型,并揭示其与肿瘤微环境的相互作用及对免疫治疗反应的影响 | 患者肿瘤样本中的癌症相关成纤维细胞(CAF)亚型 | 机器学习 | 多种肿瘤类型 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | DeCAF分类器 | 单细胞转录组数据 | 多个肿瘤类型患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1072 | 2026-05-03 |
Single-cell atlas of hepatic cellular plasticity and immune niche reprogramming in liver cirrhosis
2026-Feb-17, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07858-z
PMID:41709311
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研究论文 | 利用单细胞测序数据绘制肝硬化的肝细胞可塑性和免疫微环境重编程图谱 | 整合多种生物信息学工具(Seurat、Monocle、CellChat等)进行综合分析,揭示了肝硬化中免疫细胞亚型变化、转录因子活性以及细胞间通讯网络的重编程,特别是发现了TNF-α/ETS2、IL-1α/β/THRA和MIF三条关键调控轴 | 仅基于公开的单细胞测序数据集,缺乏实验验证和临床样本验证 | 解析肝硬化中免疫细胞亚型的动态变化及其在疾病发生发展中的作用机制 | 肝硬化患者的肝脏免疫细胞(巨噬细胞、CD4+ T细胞、NK细胞等) | 机器学习和生物信息学 | 肝硬化(肝脏疾病) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 35017个细胞,来自多个肝硬化患者样本 | 多个公开数据集来源 | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1073 | 2026-05-03 |
Identification of Lupus Immune Complex-Driven Pathogenic Pro-inflammatory Monocytes and Macrophages in Systemic Lupus Erythematosus
2026-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.21.700902
PMID:41648138
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析,揭示狼疮免疫复合物驱动的促炎性单核细胞和巨噬细胞在系统性红斑狼疮发病机制中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序结合蛋白组学分析,系统阐明狼疮免疫复合物(如U1-snRNP、dsDNA、Ro60)刺激下促炎性单核/巨噬细胞的转录组和蛋白表达变化,并发现这些细胞在狼疮患者皮肤、肾脏和外周血中扩增,且与I型干扰素信号独立作用 | 未明确说明局限性,但可能包括样本量有限、仅基于体外刺激实验和公共数据集分析,缺乏直接体内验证机制 | 探究狼疮免疫复合物刺激驱动的单核吞噬细胞(单核细胞和巨噬细胞)的异质性和功能,阐明其在系统性红斑狼疮发病中的作用 | 系统性红斑狼疮患者的单核细胞、巨噬细胞,以及狼疮免疫复合物(U1-snRNP、dsDNA、Ro60)刺激的人单核细胞 | 单细胞转录组学,免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序,蛋白组学分析 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白表达数据 | 涉及狼疮患者皮肤、肾脏和外周血样本,以及体外培养的人单核细胞,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1074 | 2026-05-03 |
Insights into Cardiomyocyte Regeneration from Screening and Transcriptomics Approaches
2026-Jan-07, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27020601
PMID:41596256
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综述 | 本文综述了从筛选和转录组学方法中获得的关于心肌细胞再生的见解 | 创新之处在于整合了高通量筛选与单核RNA测序及空间转录组学等多组学方法,揭示了心肌细胞异质性及其对再生的影响,并比较了不同筛选模型的优缺点 | 局限性在于仍需进一步研究以识别可转化且安全的靶点,以在临床环境中诱导功能性心肌细胞扩增 | 研究目的为通过比较高通量筛选策略和总结多组学方法,为心脏再生研究提供综合框架,指导未来治疗开发 | 研究对象为心肌细胞(包括成年心肌细胞、啮齿类心肌细胞、人诱导多能干细胞来源的心肌细胞和心脏类器官)以及斑马鱼胚胎等模型 | 机器学习 | 心血管疾病 | 高通量筛选, 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1075 | 2026-05-03 |
Exploring Vitamin D Signaling-Associated Biomarkers and Their Diagnostic Value in Diabetic Retinopathy: A Combined Transcriptomic and Single-Cell Analysis With Experimental Validation
2026, Journal of diabetes research
IF:3.6Q2
DOI:10.1155/jdr/7240252
PMID:42059276
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研究论文 | 通过转录组和单细胞分析结合实验验证,探索糖尿病视网膜病变中维生素D信号相关的生物标志物及其诊断价值 | 首次系统识别出DR中VD信号相关的下游候选基因SLC36A1和RAB23,并通过单细胞分析揭示其细胞异质性和免疫细胞互作网络 | 生物标志物表达验证仅基于临床样本的RT-qPCR,尚缺乏更大样本量和功能研究的支持 | 识别糖尿病视网膜病变中与维生素D信号相关的生物标志物,并评估其诊断价值 | 糖尿病视网膜病变患者样本及公开数据库中的基因表达数据 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, RT-qPCR | 支持向量机递归特征消除(SVM-RFE) | 基因表达数据 | 包含公开数据集及临床样本,临床样本中DR组与对照组各若干例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1076 | 2026-05-03 |
The Role of Chemokine-Related Genes in Diffuse Large B-Cell Lymphoma Prognosis and Tumor Microenvironment Characteristics
2026, Analytical cellular pathology (Amsterdam)
DOI:10.1155/ancp/6659091
PMID:42060374
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研究论文 | 该研究探讨了趋化因子相关基因在弥漫大B细胞淋巴瘤预后及肿瘤微环境特征中的作用 | 首次基于趋化因子相关基因构建预后风险模型,并揭示其与肿瘤免疫微环境的关联 | NA | 研究趋化因子相关基因与弥漫大B细胞淋巴瘤预后及免疫微环境的潜在关联 | 弥漫大B细胞淋巴瘤患者 | 机器学习 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | Lasso-Cox回归分析 | Lasso-Cox | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1077 | 2026-05-03 |
Single-cell RNA sequencing of healthy and diseased rat temporomandibular joint condyle cartilage
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0348175
PMID:42060618
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析健康与骨关节炎大鼠颞下颌关节髁状突软骨的细胞组成和变化 | 首次在单细胞水平解析颞下颌关节软骨的细胞异质性,揭示纤维软骨细胞样群体来源的三种细胞命运及共享祖细胞来源的两种软骨细胞命运,发现多效蛋白在增殖区软骨细胞祖细胞中特异性表达 | 未明确提及具体局限性,但可推测大鼠模型与人类TMJOA的差异可能限制临床转化 | 阐明颞下颌关节骨关节炎的细胞病理变化机制,为疾病治疗提供潜在靶点 | 成年大鼠的健康与骨关节炎诱导的髁状突软骨 | 单细胞转录组学 | 颞下颌关节骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 成年大鼠髁状突软骨样本(健康组与OA诱导组) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1078 | 2026-05-03 |
CausalGRN: deciphering causal gene regulatory networks from single-cell CRISPR screens
2025-Dec-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.30.692369
PMID:41509211
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研究论文 | 提出CausalGRN算法框架,从单细胞CRISPR筛选数据中推断因果基因调控网络并预测未知扰动效应 | 通过自适应阈值校正消除稀疏单细胞RNA-seq数据中的虚假偏相关,结合扰动观测结果对无向图进行有向定向,实现因果关系推断 | 在多个实验数据集和模拟中验证,但未提及对大规模数据集的计算效率或罕见扰动类型的适用性限制 | 开发一种从单细胞CRISPR筛选数据推断因果基因调控网络的计算方法 | 单细胞CRISPR筛选数据中的基因调控网络 | 机器学习 | 不适用 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CRISPR筛选 | 网络传播模型(自适应阈值校正及有向图定向) | 单细胞基因表达数据 | 在多种模拟和实验数据集上验证,具体样本数量未在摘要中提供 | 不适用 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 不适用 | 不适用 |
| 1079 | 2026-05-03 |
ABCA4-mutant human retinal organoids sequencing reveals organoids application in inherited retinal diseases
2025-Dec, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110677
PMID:41038369
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析ABCA4突变的人类视网膜类器官,验证其作为遗传性视网膜疾病模型的可行性 | 首次通过单细胞RNA测序在细胞和转录组水平验证人类视网膜类器官能够捕捉ABCA4突变导致的Stargardt病早期分子变异 | NA | 验证人类视网膜类器官作为ABCA4突变引起的Stargardt病疾病模型的能力 | 2名Stargardt病患者与健康对照的视网膜类器官 | 机器学习 | 遗传性视网膜疾病, 斯塔加特病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 2个患者样本和健康对照的视网膜类器官 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1080 | 2026-05-03 |
Alterations in Resident Immune Cells in Prenatal Trisomy 21 Lungs
2025-Nov-26, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14231866
PMID:41369355
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了产前唐氏综合征(T21)胎儿肺部的免疫细胞变化,发现B细胞显著减少,可能解释了对呼吸道感染的易感性增加 | 首次在产前阶段利用单细胞RNA测序技术系统描绘唐氏综合征胎儿肺部免疫细胞图谱,并发现B细胞数量和成熟标志物的显著改变 | 样本量较小(T21组5例,对照组4例),且仅关注产前阶段,未探讨出生后免疫系统的变化 | 探究产前唐氏综合征胎儿肺部免疫细胞的变化,以解释其对呼吸道感染易感性增高的原因 | 产前唐氏综合征(T21)和非唐氏综合征(非T21)胎儿的肺部组织 | 数字病理学 | 唐氏综合征 | 单细胞RNA测序, 荧光原位杂交, 免疫荧光染色, qRT-PCR | NA | 单细胞转录组数据, 组织切片图像 | 5例唐氏综合征胎肺和4例非唐氏综合征胎肺 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |