单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1061	2025-05-02	Differential Expression of CXCL12 in Human and Mouse Hair: Androgens Induce CXCL12 in Human Dermal Papilla and Dermal Sheath Cup 2024-Dec-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26010095 PMID:39795953	research paper	研究揭示了CXCL12在人和小鼠毛发中的差异表达，以及雄激素如何诱导人类真皮乳头和真皮鞘杯细胞中CXCL12的表达	首次证明雄激素诱导的CXCL12对人类真皮乳头细胞和真皮鞘杯细胞的直接影响，并提出了通过抗体抑制CXCL12作为治疗雄性激素性脱发的潜在策略	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，未涉及体内治疗效果的直接验证	探究CXCL12在人和小鼠毛发中的表达差异及其在雄性激素性脱发中的作用机制	人类和小鼠的真皮乳头细胞(DPCs)和真皮鞘杯细胞(DSCs)	分子生物学	雄性激素性脱发(AGA)	单细胞RNA测序、免疫组织化学、毛发器官培养	NA	RNA测序数据、免疫组织化学图像	人类和小鼠的皮肤样本
1062	2025-05-02	MPCD Index for Hepatocellular Carcinoma Patients Based on Mitochondrial Function and Cell Death Patterns 2024-Dec-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26010118 PMID:39795978	研究论文	本研究基于线粒体功能和细胞死亡模式，构建了一个肝细胞癌患者的MPCD指数，用于分类患者并研究其多组学特征、免疫微环境和药物敏感性	首次结合线粒体功能和程序性细胞死亡模式构建MPCDI指数，并发现其与免疫治疗反应和药物敏感性的关联	研究结果需要进一步临床验证，且样本来源仅限于公开数据库	探索肝细胞癌中线粒体功能与细胞死亡模式的关系，并开发新的预后标志物	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	scRNA-seq, RNA-seq	机器学习框架	单细胞数据和转录组数据	来自TCGA、GEO和ICGC数据库的数据
1063	2025-05-02	Advances in DNA/RNA Sequencing and Their Applications in Acute Myeloid Leukemia (AML) 2024-Dec-25, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26010071 PMID:39795930	综述	探讨DNA/RNA测序技术在急性髓系白血病（AML）中的最新进展及其临床应用潜力与限制	总结了DNA/RNA测序技术（如WGS、WES、RNA-Seq和scRNA-Seq）在AML分子机制研究中的关键作用，特别是发现驱动突变和白血病干细胞（LSCs）亚群	临床广泛应用受限于成本、数据复杂性和伦理问题	提升AML的诊断、预后评估和个性化治疗开发	急性髓系白血病（AML）及其分子特征	基因组学	急性髓系白血病	WGS, WES, RNA-Seq, scRNA-Seq	NA	基因组和转录组数据	NA
1064	2025-05-02	MICROGLIA AGING IN THE HIPPOCAMPUS ADVANCES THROUGH INTERMEDIATE STATES THAT DRIVE ACTIVATION AND COGNITIVE DECLINE 2024-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.09.588665 PMID:38645176	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和伪时间分析揭示了海马小胶质细胞在衰老过程中的转录异质性，并确定了小胶质细胞衰老的中间状态	发现了小胶质细胞衰老过程中的中间状态，并揭示了这些状态如何推动炎症激活和认知衰退	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究小胶质细胞在衰老过程中的状态转变及其对神经炎症和认知功能的影响	小鼠海马小胶质细胞	神经科学	老年疾病	单细胞RNA-Seq, 伪时间分析	异时共生实验模型, 条件性基因敲除小鼠模型	转录组数据	成年小鼠生命周期中的海马小胶质细胞
1065	2025-05-02	Neutrophils with low production of reactive oxygen species are activated during immune priming and promote development of arthritis 2024-12, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2024.103401 PMID:39471640	研究论文	通过单细胞测序技术分析II型胶原诱导的关节炎模型中骨髓源性中性粒细胞的表型特征，揭示了ROS在免疫启动中的保护作用	首次系统鉴定了ROS调控下中性粒细胞的功能和炎症表型特征，并揭示了Ncf1缺陷中性粒细胞的代谢重编程机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类RA患者中验证	探究类风湿性关节炎(RA)发病机制并寻找新的治疗靶点	II型胶原诱导的关节炎(CIA)模型小鼠的骨髓源性中性粒细胞	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞测序技术、代谢组学	CIA小鼠模型	单细胞转录组数据、代谢组数据	未明确说明具体样本数量，使用CIA模型小鼠
1066	2025-05-02	[Molecular mechanism of Xinyang Tablets in improving myocardial fibrosis in uremic cardiomyopathy based on single-cell sequencing technology] 2024-Dec, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20240730.401 PMID:39805763	研究论文	本研究利用单细胞测序技术探讨了心阳片对尿毒症心肌病心肌纤维化的改善作用	首次在单细胞水平上揭示心阳片通过抑制内源性和外源性OPN改善心肌纤维化的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究心阳片改善尿毒症心肌病心肌纤维化的分子机制	尿毒症心肌病小鼠模型	单细胞测序	心血管疾病	单细胞测序(10×Genomics)	小鼠疾病模型(5/6肾切除诱导)	单细胞基因表达数据	三组小鼠(模型组、心阳片组和假手术组)
1067	2025-05-02	Supervised analysis of alternative polyadenylation from single-cell and spatial transcriptomics data with spvAPA 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae720 PMID:39799000	research paper	提出了一种名为spvAPA的监督分析框架，专门用于从单细胞和空间转录组数据中分析选择性多聚腺苷酸化(APA)	spvAPA框架整合了基因表达和APA模态，设计了基于加权最近邻的迭代插补方法来恢复缺失的APA特征，并采用基于稀疏偏最小二乘判别分析的监督特征选择方法识别区分细胞类型或空间形态的APA特征	未明确提及具体局限性	开发专门用于APA分析的监督分析框架，以发现传统基因表达分析中不可见的细胞亚群	单细胞和空间转录组数据中的选择性多聚腺苷酸化(APA)	生物信息学	NA	单细胞转录组测序、空间转录组测序	稀疏偏最小二乘判别分析	基因表达数据、APA数据	九个单细胞和空间转录组数据集
1068	2025-05-02	Integrating scRNA-seq and scATAC-seq with inter-type attention heterogeneous graph neural networks 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae711 PMID:39800872	研究论文	本文提出了一种名为scMI的异构图嵌入方法，用于整合单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据，通过跨模态关系学习将细胞和模态特征编码到共享潜在空间	设计了跨类型注意力机制，有效捕捉基因和峰之间的长程跨模态相互作用，不依赖motif数据库	未明确说明方法在特定细胞类型或组织中的适用性限制	开发单细胞多组学数据整合方法以提高下游任务性能	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	异构图神经网络	单细胞多组学数据	未明确说明具体样本量
1069	2025-05-02	Deep learning in integrating spatial transcriptomics with other modalities 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae719 PMID:39800876	综述	本文系统回顾了深度学习在整合空间转录组学与其他模态数据中的应用	首次全面综述了深度学习在整合空间转录组学与其他模态数据中的方法与应用	未提及具体方法的性能比较或实验验证	促进开发更全面的多模态信息计算方法	空间转录组学数据与其他模态数据的整合方法	生物信息学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、深度学习	深度学习(DL)	空间转录组学数据、组织学图像、染色质图像、scRNA-seq数据	NA
1070	2025-05-02	CellMsg: graph convolutional networks for ligand-receptor-mediated cell-cell communication analysis 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae716 PMID:39800874	研究论文	提出了一种名为CellMsg的计算框架，用于基于图卷积网络分析配体-受体介导的细胞间通讯	结合多模态特征和图卷积网络识别高置信度配体-受体相互作用，并采用三点估计法评估通讯强度	未提及具体样本量限制或数据类型的局限性	开发计算工具以解析细胞间通讯，特别是在肿瘤组织中的作用	配体-受体相互作用及细胞间通讯	生物信息学	黑色素瘤	单细胞RNA测序，分子对接	图卷积网络(GCN)	单细胞RNA-seq数据	NA
1071	2025-05-02	Single-cell transcriptional analysis of murine norovirus infection in a human intestinal cell line 2024-Nov-19, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01617-24 PMID:39475272	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠诺如病毒在人类肠道细胞系中的感染情况	建立了表达小鼠诺如病毒受体的人类肠道细胞系，并首次在单细胞水平上解析了感染过程中的宿主反应	研究使用的是小鼠诺如病毒而非人类诺如病毒，结果可能不完全适用于人类病毒	探索诺如病毒感染的宿主细胞要求和复制机制	表达小鼠CD300lf受体的人类肠道细胞系(mCD300lf-hCaco2)和小鼠诺如病毒(MNV)	病毒学	急性胃肠炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	工程化的人类肠道细胞系
1072	2025-05-02	Spatial Transcriptomics of IPMN Reveals Divergent Indolent and Malignant Lineages 2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.29.620810 PMID:39554015	research paper	该研究通过空间转录组学技术揭示了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）中惰性和恶性谱系的差异	利用数字空间RNA分析（DSP-RNA）技术，首次定义了IPMN的三种转录组状态，并与胰腺导管腺癌（PDAC）的风险相关联	样本量较小（仅10个IPMN标本），可能影响结果的普遍性	提高IPMN风险分类的准确性，改善患者管理策略	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）	digital pathology	pancreatic cancer	digital spatial RNA profiling (DSP-RNA), Illumina sequencing	NA	RNA-seq数据	10个IPMN标本
1073	2025-05-02	Robust single nucleus RNA sequencing reveals depot-specific cell population dynamics in adipose tissue remodeling during obesity 2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.08.588525 PMID:38645263	研究论文	本文提出了一种稳健的单核RNA测序技术，用于研究肥胖期间脂肪组织重塑中的细胞群动态变化	开发了一种适用于多种组织类型的核分离技术，显著提高了snRNA-seq数据质量，并首次全面描述了肥胖期间脂肪组织重塑的细胞动态变化	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有可能的脂肪组织亚型	研究肥胖期间脂肪组织重塑的细胞机制	脂肪组织中的各种细胞类型	单细胞组学	肥胖	单核RNA测序(snRNA-seq), 批量核RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多种脂肪组织类型
1074	2025-05-02	Caveats in Interpretation of Molecular Diagnostics in Heart Allografts 2024-07-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004895 PMID:38294835	review	本文对使用分子诊断（MDX）区分心脏移植活检中的损伤、T细胞介导的排斥反应或抗体介导的排斥反应的注意事项进行了批判性回顾	指出了分子诊断在心脏移植活检中的局限性，并提出了改进方法，如分析所有可用的活检片段以减少采样问题，以及将空间转录组学纳入工作流程	分子诊断与组织学诊断的一致性较低（低至40%），且存在重叠的模型评分，治疗意义尚未探索	评估分子诊断在心脏移植活检中的应用及其局限性	心脏移植活检中的损伤、T细胞介导的排斥反应或抗体介导的排斥反应	分子诊断	心血管疾病	分子诊断（MDX）、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
1075	2025-05-02	MEK1/2-PKM2 Pathway Modulates the Immunometabolic Reprogramming of Proinflammatory Allograft-infiltrating Macrophages During Heart Transplant Rejection 2024-05-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004899 PMID:38238904	研究论文	本研究探讨了MEK1/2-PKM2通路在心脏移植排斥反应中促炎性移植物浸润巨噬细胞的免疫代谢重编程中的作用	首次揭示了MEK1/2-PKM2通路在心脏移植排斥反应中调控巨噬细胞免疫代谢表型的分子机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探究心脏移植排斥反应中巨噬细胞免疫代谢调控的分子机制	心脏移植排斥反应中的移植物浸润巨噬细胞	免疫代谢	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、基因敲除	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据	未明确说明样本数量，使用基因敲除小鼠和药物处理模型
1076	2025-05-02	Decoding functional hematopoietic progenitor cells in the adult human lung 2024-Feb-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3576483/v2 PMID:38077002	research paper	该研究揭示了成人肺中存在功能性造血祖细胞，这些细胞具有增殖和移植能力，且其基因特征与骨髓中的造血祖细胞不同	首次在人类肺中鉴定出功能性造血祖细胞，并发现其具有独特的基因特征和造血潜力	研究未涉及这些肺源性造血祖细胞在疾病状态下的功能变化	探索成人肺中是否存在功能性造血祖细胞及其特征	成人肺组织中的CD34阳性造血祖细胞	NA	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
1077	2025-05-02	Recruitment and Maintenance of CX3CR1+CD4+ T Cells during Helminth Infection 2024-02-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300451 PMID:38180236	研究论文	本研究通过命运映射小鼠模型和单细胞RNA测序分析，揭示了CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的招募、维持及其异质性	首次详细描述了CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的动态变化及其维持机制，并发现BCL6在维持这些细胞中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的招募、维持机制及其功能特性	CX3CR1+CD4+ T细胞	免疫学	蠕虫感染	命运映射小鼠模型、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型（急性Nippostrongylus brasiliensis和慢性Schistosoma mansoni感染模型）
1078	2025-05-02	GNTD: reconstructing spatial transcriptomes with graph-guided neural tensor decomposition informed by spatial and functional relations 2023-12-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44017-0 PMID:38092776	研究论文	本文提出了一种图引导的神经张量分解模型（GNTD），用于重建组织中的全空间转录组	GNTD模型通过分层张量结构和非线性分解，结合空间和功能关系，提高了从高度稀疏的空间分析数据中重建转录组的准确性	未明确提及具体限制，但可能受限于数据稀疏性和技术局限性	重建组织中的全空间转录组，以更好地理解细胞的结构组织和功能角色	空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组学技术	GNTD（图引导的神经张量分解模型）	空间基因表达数据	22个Visium空间转录组数据集和3个高分辨率Stereo-seq数据集以及模拟数据
1079	2025-05-02	Geometric constraint-triggered collagen expression mediates bacterial-host adhesion 2023-12-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43827-6 PMID:38071397	研究论文	研究几何约束对宿主细胞与细菌相互作用的影响及其机制	揭示了空间几何约束如何通过胶原蛋白IV的异质性表达调控细菌与宿主细胞的粘附	研究仅限于体外细胞单层和动物实验，未涉及更复杂的体内环境	探究几何约束对细菌-宿主相互作用的调控机制	细菌与几何约束下的宿主细胞单层	细胞生物学	细菌感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1080	2025-05-02	STalign: Alignment of spatial transcriptomics data using diffeomorphic metric mapping 2023-12-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43915-7 PMID:38065970	research paper	开发STalign工具，用于对齐空间转录组数据，考虑部分匹配的组织切片和其他局部非线性畸变	使用微分同胚度量映射（diffeomorphic metric mapping）技术对齐空间转录组数据，显著提高了基因表达和细胞类型在匹配空间位置的对应性	未明确提及具体限制	解决空间转录组数据在不同切片、样本和技术之间比较的挑战	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术（ST）	微分同胚度量映射（diffeomorphic metric mapping）	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量