单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1061	2025-05-24	The greater splanchnic nerve preferentially regulates neutrophils over macrophages in a rat model of septic peritonitis 2025-May-17, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2025.05.015 PMID:40389038	研究论文	本研究探讨了大内脏神经（SplancX）在大肠杆菌诱导的脓毒性腹膜炎大鼠模型中对细菌负荷和免疫功能的调控作用	揭示了大内脏神经通过选择性调节中性粒细胞的活性亚群与静止亚群之间的平衡，显著影响感染急性期的细菌清除	研究仅在大鼠模型中进行，结果是否适用于人类尚需进一步验证	阐明大内脏神经在感染过程中对免疫调节的具体作用	大肠杆菌诱导的脓毒性腹膜炎大鼠模型	免疫学	脓毒性腹膜炎	流式细胞术、单细胞RNA测序	动物模型	基因表达数据、蛋白质标记数据	脓毒性腹膜炎大鼠模型
1062	2025-05-24	Cancer-associated fibroblasts and metabolic reprogramming predict pathologic response to neoadjuvant PD-1 blockade in resected non-small cell lung cancer 2025-May-13, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-025-01067-4 PMID:40358847	研究论文	通过单细胞RNA测序分析癌症相关成纤维细胞和T细胞的功能变化，预测非小细胞肺癌患者对新辅助PD-1阻断治疗的病理反应	揭示了CAFs和T细胞在免疫治疗反应中的相互作用及代谢异质性，提出了甲硫氨酸循环作为T细胞分化和病理反应的预测因子	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索非小细胞肺癌患者对新辅助免疫治疗反应的潜在机制	非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	两个已发表的scRNA-seq数据集和一个局部III期NSCLC队列及4个公共ICI转录组队列
1063	2025-05-24	Integrating HiTOP and RDoC frameworks part II: shared and distinct biological mechanisms of externalizing and internalizing psychopathology 2025-May-09, Psychological medicine IF:5.9Q1 DOI:10.1017/S0033291725000819 PMID:40340892	研究论文	该研究通过多组学方法探讨了HiTOP的精神病理学谱系（外化[EXT]、内化[INT]及共享的EXT+INT）如何映射到RDoC的分析单元上	整合HiTOP和RDoC框架，揭示外化和内化精神病理学的共享和独特生物学机制	研究依赖于基因组关联研究和影像数据，可能受限于样本量和数据质量	探讨精神病理学的跨诊断和机制方面	外化和内化精神病理学谱系	精神病理学	精神疾病	多组学方法、全基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序、磁共振成像(MRI)	NA	基因组数据、影像数据	NA
1064	2025-05-24	T cell-mediated SIV dissemination into the CNS: a single-cell transcriptomic analysis 2025-May-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6537361/v1 PMID:40386405	研究论文	通过单细胞转录组分析研究T细胞介导的SIV进入中枢神经系统的机制	发现了一种共表达髓系和淋巴系基因的独特细胞簇，揭示了CD4+细胞毒性样T细胞在SIV进入大脑中的关键作用	研究仅基于三只急性SIV感染的恒河猴，样本量较小	表征急性感染期间脑淋巴细胞的作用以及将SIV传播至中枢神经系统的原发性CD4+T细胞表型	急性SIV感染的恒河猴的脑和血细胞	单细胞转录组学	HIV感染	scRNA-seq, 生物信息学分析, 体外共培养实验	NA	单细胞转录组数据	三只急性SIV感染的恒河猴
1065	2025-05-24	Spatially Resolved Panoramic in vivo CRISPR Screen via Perturb-DBiT 2025-May-08, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6481967/v1 PMID:40386382	research paper	介绍了一种名为Perturb-DBiT的新方法，用于在体内进行空间分辨的全景CRISPR筛选，整合基因编辑与空间转录组学	Perturb-DBiT能够同时共测序空间总RNA全转录组和单导向RNA（sgRNA），在同一组织切片上实现无偏见的发现	当前方法仅限于小型扰动面板和检测少量蛋白质编码RNA	研究基因扰动如何影响RNA调控、细胞动力学和组织结构	人类癌症转移模型和免疫能力小鼠模型	基因编辑与空间转录组学	癌症	CRISPR筛选，空间转录组学，总RNA全转录组测序	NA	RNA转录组数据，sgRNA数据	人类癌症转移模型和免疫能力小鼠模型的组织切片
1066	2025-05-24	OLS4: a new Ontology Lookup Service for a growing interdisciplinary knowledge ecosystem 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf279 PMID:40323307	research paper	介绍了一个新的本体查找服务OLS4，旨在支持不断增长的跨学科知识生态系统	实现了完整的OWL2规范，支持多语言国际化，并提供了新的用户界面和用户体验增强功能	NA	开发一个能够支持当前本体规模和复杂性的新型本体查找服务	生物信息学和化学领域的本体	生物信息学	NA	OWL2规范	NA	本体数据	NA
1067	2025-05-24	Fate mapping in mouse demonstrates early secretory differentiation directly from Lgr5+ intestinal stem cells 2025-05-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.023 PMID:39793582	research paper	该研究通过结合定量命运映射、数学建模和单细胞RNA测序，揭示了小鼠肠道上皮细胞更新的细胞水平机制	研究首次展示了Lgr5+肠道干细胞直接分化为早期分泌细胞的过程，并验证了数学模型的预测	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类肠道组织中验证	探究肠道上皮细胞更新的细胞水平机制及干细胞行为如何确保组织维持	小鼠肠道上皮细胞	细胞生物学	NA	定量命运映射, 数学建模, 单细胞RNA测序	数学建模	基因表达数据	三种互补的小鼠模型
1068	2025-05-24	Single-cell RNA-seq identifies protracted mouse germline X chromosome reactivation dynamics directed by a PRC2-dependent mechanism 2025-05-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.028 PMID:39798575	研究论文	通过单细胞RNA测序和染色质分析，研究了小鼠原始生殖细胞中X染色体再激活的动态过程及其机制	首次在单细胞水平上精确评估了X染色体再激活的动力学，并揭示了PRC2依赖的机制在促进女性减数分裂中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究女性原始生殖细胞中X染色体再激活的分子机制及其与生殖细胞性别二态性的关系	小鼠胚胎中的原始生殖细胞和性腺生殖细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序、染色质分析	NA	RNA-seq数据、染色质数据	从小鼠胚胎的迁移期原始生殖细胞到性腺生殖细胞
1069	2025-05-24	Stemness in flux: Dissecting intestinal crypt organization with multimodal approaches 2025-05-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.003 PMID:40328226	research paper	通过整合谱系追踪、单细胞RNA测序和数学模型，揭示了隐窝基底干细胞在分泌和吸收谱系决定中的核心作用	结合多种方法揭示隐窝基底Lgr5细胞在维持肠道上皮稳态中的核心作用	NA	研究隐窝组织中干细胞在谱系决定中的作用	肠道隐窝基底干细胞	developmental biology	NA	lineage tracing, single-cell RNA sequencing, mathematical modeling	NA	RNA-seq data	NA
1070	2025-05-24	Microglial mechanisms drive amyloid-β clearance in immunized patients with Alzheimer's disease 2025-May, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03574-1 PMID:40050704	研究论文	本文利用空间转录组学探究了阿尔茨海默病（AD）患者中淀粉样蛋白-β（Aβ）免疫治疗后的清除机制	揭示了不同免疫方法下小胶质细胞状态的差异及其与Aβ清除的关系，并发现了TREM2和APOE的上调与抗体反应及Aβ清除的正相关性	研究样本量有限，且仅针对特定免疫治疗方法（如lecanemab）	探究Aβ免疫治疗后AD患者脑中Aβ清除的分子机制	AD患者（免疫治疗与非免疫治疗）及神经健康对照者	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	免疫治疗AD患者、非免疫治疗AD患者及健康对照者
1071	2025-05-24	KLRG1 identifies regulatory T cells with mitochondrial alterations that accumulate with aging 2025-May, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00855-9 PMID:40307497	研究论文	本文基于单细胞RNA测序数据，提出了一种流式细胞术面板，用于识别小鼠中与年龄相关的T细胞亚群，并评估了这些亚群的线粒体和衰老标志	发现了一种表达KLRG1的调节性T细胞亚群，该亚群随衰老在人类和小鼠中积累，并表现出线粒体改变等衰老特征	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证可能有限	探究与年龄相关的T细胞亚群在衰老过程中的作用	CD4 T细胞亚群，特别是表达KLRG1的调节性T细胞	免疫学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据	小鼠和人类样本（具体数量未提及）
1072	2025-05-24	Single-Cell RNA and Transcriptome Sequencing to Analyze the Role of Lactate Metabolism in Traumatic Brain Injury Astrocytes 2025-May, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70428 PMID:40395067	research paper	通过单细胞RNA和转录组测序分析乳酸代谢在创伤性脑损伤（TBI）星形胶质细胞中的作用	首次在单细胞水平上探索TBI后乳酸代谢在脑细胞中的角色，并鉴定出与TBI相关的乳酸代谢关键基因Ndufb9和Cox8a	研究仅使用小鼠模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证	探索创伤性脑损伤后乳酸代谢在脑细胞中的作用	10周龄雄性C57BL/6J小鼠的额叶皮层组织	digital pathology	traumatic brain injury	scRNA-seq, transcriptome sequencing	NA	single-cell RNA sequencing data	C57BL/6J小鼠（具体数量未明确说明）
1073	2025-05-24	An integrated analysis of scRNA-seq and RNA-seq data revealed metastasis-related regulators as prognostic indicators in lung adenocarcinoma 2025-Apr-30, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-2025-482 PMID:40400936	research paper	通过整合单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序(RNA-seq)数据，开发了一个预测肺腺癌(LUAD)患者预后的创新模型	整合scRNA-seq和RNA-seq数据，识别与转移相关的调控基因作为预后指标	未提及样本量是否足够大以验证模型的普遍适用性	开发预测肺腺癌(LUAD)患者预后的列线图	肺腺癌(LUAD)患者	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, RNA-seq, WGCNA	prognostic model	RNA sequencing data	NA
1074	2025-05-24	Single-cell analysis and machine learning-based integration develop an immune-responsive signature of antigen-presenting cancer-associated fibroblasts in lung adenocarcinoma 2025-Apr-30, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-2024-2015 PMID:40400942	研究论文	本研究通过单细胞分析和机器学习整合，开发了一种与抗原呈递癌症相关成纤维细胞（apCAFs）相关的免疫反应特征，用于预测肺腺癌（LUAD）中免疫检查点抑制剂（ICIs）的疗效	发现了一种新型的具有巨噬细胞样特征的apCAFs亚群，其特征是表达MHC II类分子、CD74和共刺激分子（CD80、CD86、CD83和CD40），这一亚群与ICIs的疗效显著相关	apCAFs的丰度在个体间存在差异，可能影响预测模型的普适性	识别与ICIs疗效相关的CAF亚群，并开发预测模型以指导肺腺癌患者的治疗策略	肺腺癌（LUAD）样本中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习	机器学习驱动的方法	RNA测序数据	多个肺腺癌数据集中的样本
1075	2025-05-24	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Apr-29, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	本研究评估了空间转录组学技术在临床来源的人类组织中的严谨性和可重复性，重点关注数字空间分析和单分子成像平台的性能	首次系统评估数字空间分析技术在临床样本中的表现，并与新型单细胞分辨率平台进行性能比较	研究主要集中于肾脏组织，可能不适用于其他组织类型	评估空间转录组学技术在临床研究和诊断中的应用潜力	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	空间转录组学	肾脏疾病	数字空间分析(DSP)和单分子成像	NA	基因表达数据	临床来源的人类肾脏组织和活检样本(具体数量未提及)
1076	2025-05-24	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2025-04-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.019 PMID:39755116	研究论文	研究谷胱甘肽在植物再生过程中加速细胞周期和细胞重编程的作用	发现谷胱甘肽在G1期细胞中短暂核内积累，促进细胞快速进入S期并加速细胞重编程	研究主要基于拟南芥根部细胞，在其他植物组织中的普适性有待验证	探究细胞周期动态在细胞重编程中的作用机制	拟南芥根部细胞	植物细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	拟南芥根部细胞(具体数量未说明)
1077	2025-05-24	Unlocking plant regeneration: The role for glutathione 2025-04-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.03.012 PMID:40262524	research paper	本文揭示了谷胱甘肽（GSH）在植物再生中的关键作用，通过促进细胞周期转换加速器官再生	首次发现GSH在植物组织损伤后释放，并通过缩短G1期加速细胞周期，从而促进器官再生	NA	探究植物再生过程中GSH的作用机制	植物再生过程中的细胞周期调控	植物发育生物学	NA	scRNA-seq, 活体成像	NA	RNA序列数据, 图像数据	NA
1078	2025-05-24	Evaluating genetic-ancestry inference from single-cell RNA-seq data 2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.25.645175 PMID:40196550	research paper	该研究提出了一个评估从单细胞RNA测序数据推断遗传祖先方法的框架	提出了一个评估遗传祖先推断方法的框架，并验证了现有工具在单细胞RNA测序数据中的准确性	研究中使用的遗传多态性数量有限，且单细胞RNA测序的变异检测不完美	评估从单细胞RNA测序数据推断遗传祖先的方法，以确保数据集的遗传同质性和人类遗传多样性的代表性	196名来自人类细胞图谱四个单细胞RNA测序数据集的捐赠者	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	ADMIXTURE	RNA测序数据	196名捐赠者
1079	2025-05-24	Mucosal Macrophages Govern Intestinal Regeneration in Response to Injury 2025-Mar-12, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.01.252 PMID:40086603	研究论文	本研究揭示了巨噬细胞在辐射诱导的肠炎中促进肠道再生的关键作用	首次发现巨噬细胞通过分泌neuregulin 1和osteopontin等关键分子促进肠道干细胞区室周围的上皮细胞胎儿样重编程和增殖	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	阐明辐射性肠炎中肠道再生程序的激活机制	小鼠和人类肠道类器官与巨噬细胞的互作	免疫学与再生医学	辐射性肠炎	RNA-seq、单细胞RNA-seq、细胞轨迹分析	小鼠辐射损伤模型、人源类器官共培养系统	基因表达数据、影像数据	NA
1080	2025-05-24	TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes 2025-Feb-28, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baaf012 PMID:40402791	research paper	构建了一个名为TcEVdb的数据库，用于探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）的表达和聚类	首次通过SEVtras方法从T细胞单细胞RNA测序数据中构建了全面的TcEV数据库，揭示了TcEV的异质性	技术限制和缺乏全面的数据可能影响对TcEV异质性的深入理解	探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）在免疫调节和肿瘤微环境调控中的作用	T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）	生物信息学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	SEVtras方法	RNA测序数据	277,265个EV液滴，来自21个项目中的221个样本，涵盖51种T细胞类型