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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10761 | 2025-10-07 |
Assessing the Causal Relationship Between Plasma Proteins and Pulmonary Fibrosis: A Systematic Analysis Based on Mendelian Randomization
2025-Feb-14, Biology
DOI:10.3390/biology14020200
PMID:40001968
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研究论文 | 通过孟德尔随机化方法系统评估血浆蛋白与肺纤维化之间的因果关系并识别潜在药物靶点 | 首次系统应用MR方法结合多种生物信息学分析识别肺纤维化的因果蛋白靶点 | 基于欧洲人群的GWAS数据,可能限制结果在其他人群的普适性 | 识别肺纤维化的因果血浆蛋白靶点并评估其治疗潜力 | 血浆蛋白与肺纤维化患者 | 生物信息学 | 肺纤维化 | 孟德尔随机化, 富集分析, 蛋白质-蛋白质相互作用网络, 药物预测, 分子对接, 单细胞测序 | MR分析 | 基因组数据, 蛋白质组数据 | 血浆蛋白数据35,559例, PF相关数据469,126例 | NA | 全基因组关联分析, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10762 | 2025-10-07 |
The Involvement of RIPK1 in Alopecia Areata
2025-Feb-13, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26041565
PMID:40004031
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研究论文 | 本研究探讨了RIPK1在斑秃发病机制中的作用及其抑制剂对疾病发展的影响 | 首次发现RIPK1在斑秃中表达上调,并通过调节树突状细胞和CD8 T细胞参与疾病发病 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类临床中得到验证 | 研究RIPK1在斑秃发病机制中的作用 | 斑秃小鼠模型和毛囊器官培养 | 皮肤病学 | 斑秃 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 斑秃小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10763 | 2025-10-07 |
Towards the Prediction of Responses to Cancer Immunotherapy: A Multi-Omics Review
2025-Feb-12, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life15020283
PMID:40003691
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综述 | 本文综述了利用多组学特征预测癌症免疫治疗反应的最新进展 | 系统总结了多组学特征在免疫治疗预测中的应用,包括新测量方法、研究队列和数据整合策略 | 需要更大更多样的临床数据集,多组学数据标准化不足,模型可解释性有限 | 预测癌症患者对免疫治疗的反应 | 癌症患者和肿瘤样本 | 机器学习 | 癌症 | 多组学分析,包括基因组学、转录组学、表观基因组学 | 传统机器学习和深度学习框架 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
10764 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA Sequencing in Unraveling Acquired Resistance to EGFR-TKIs in Non-Small Cell Lung Cancer: New Perspectives
2025-Feb-11, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26041483
PMID:40003951
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综述 | 本文探讨单细胞RNA测序技术在揭示非小细胞肺癌EGFR-TKI获得性耐药机制中的关键作用 | 首次系统阐述单细胞RNA测序技术如何通过单细胞分辨率解析EGFR-TKI耐药机制的复杂性和多样性 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据验证 | 探索非小细胞肺癌EGFR-TKI获得性耐药机制 | 非小细胞肺癌肿瘤细胞及肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10765 | 2025-10-07 |
From Local to Systemic: The Journey of Tick Bite Biomarkers in Australian Patients
2025-Feb-11, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26041520
PMID:40003986
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研究论文 | 本研究通过比较蜱叮咬部位皮肤活检与外周血样本的多组学数据,探索局部组织事件在系统性循环中的生物标志物 | 首次证明蜱叮咬后皮肤中的分子事件可在血液中系统性检测,并发现ECM组织和血小板脱颗粒信号在血液中持续三个月 | 样本量有限 | 验证血液样本能否反映蜱叮咬局部组织事件的生物标志物 | 澳大利亚蜱叮咬患者 | 生物标志物研究 | 蜱媒疾病 | 多组学分析,包括转录组学、蛋白质组学、代谢组学、DNA甲基化、空间转录组学 | NA | 分子表达数据 | 有限样本量(具体数量未明确说明) | NA | 空间转录组学,细胞转录组学,细胞游离转录组学,蛋白质组学,代谢组学,DNA甲基化 | NA | NA |
10766 | 2025-10-07 |
paraCell: a novel software tool for the interactive analysis and visualization of standard and dual host-parasite single-cell RNA-seq data
2025-Feb-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf091
PMID:39988320
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研究论文 | 开发了一款名为paraCell的新型软件工具,用于交互式分析和可视化标准及双宿主-寄生虫单细胞RNA测序数据 | 首个专门针对寄生虫学领域的单细胞数据分析工具,无需编程技能即可进行数据可视化和重新分析 | 需要预加载单细胞数据,可能不适用于所有寄生虫物种 | 开发易于使用的软件工具,促进寄生虫学领域单细胞数据的可访问性和分析 | 寄生虫物种(疟原虫、锥虫、弓形虫、泰勒虫)及其宿主相互作用 | 生物信息学 | 寄生虫感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个已发表数据集和新生成的弓形虫-小鼠、泰勒虫-牛数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10767 | 2025-10-07 |
Single-Cell Sequencing Reveals the Role of Radiation-Induced Stemness-Responsive Cancer Cells in the Development of Radioresistance
2025-Feb-08, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26041433
PMID:40003899
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研究论文 | 通过单细胞测序研究放疗过程中癌细胞干性变化及其在放射抵抗发展中的作用 | 首次发现并定义了'放射诱导干性响应癌细胞'亚群,揭示了其在放疗早期通过EGFR-Hippo信号通路驱动放射抵抗的新机制 | 研究仅基于A549细胞系模型,未在临床样本或更多细胞系中验证 | 探究放疗过程中癌细胞干性变化与放射抵抗发展的关系 | 人非小细胞肺癌A549细胞及其放射抵抗细胞(A549-RR) | 单细胞测序 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 不同时间点的A549细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10768 | 2025-10-07 |
Sources of non-uniform coverage in short-read RNA-Seq data
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.634337
PMID:39975309
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研究论文 | 探讨短读长RNA测序数据中覆盖度不均匀的来源 | 系统评估了八个潜在的非均匀性来源,推翻了先前出版物或建议中的多个观点 | 仅针对短读长RNA测序技术进行研究,未涉及长读长测序技术 | 识别和验证RNA测序数据中覆盖度不均匀的主要来源 | RNA测序数据中的转录本覆盖度模式 | 转录组学 | NA | RNA-seq | NA | 测序数据 | 多个现有数据集和针对性实验 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | 短读长RNA测序 |
10769 | 2025-10-07 |
Trajectory Inference with Cell-Cell Interactions (TICCI): intercellular communication improves the accuracy of trajectory inference methods
2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf027
PMID:39898810
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研究论文 | 提出了一种整合细胞间通讯信息的轨迹推断新方法TICCI,提高了单细胞转录组轨迹推断的准确性 | 通过整合细胞间通讯信息来改进轨迹推断,提出单细胞分辨率的细胞-细胞相互作用概念,使用细胞邻域矩阵和scEntropy评估分化状态 | NA | 提高单细胞转录组轨迹推断的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Louvain分区算法, Chu-Liu算法, 扩散拟合时间算法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10770 | 2025-10-07 |
Integrative Analysis of Cuproptosis-Related Mitochondrial Depolarisation Genes for Prognostic Prediction in Non-Small Cell Lung Cancer
2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70438
PMID:40008552
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研究论文 | 本研究通过整合铜死亡相关线粒体去极化基因构建非小细胞肺癌预后预测模型 | 首次结合铜死亡相关基因与线粒体去极化基因构建预后模型,并识别出10个关键风险基因 | NA | 开发非小细胞肺癌预后预测模型并识别潜在治疗靶点 | 非小细胞肺癌患者及肺癌细胞系 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞测序, 空间转录组, 批量转录组, qPCR | Cox回归, 机器学习 | 基因表达数据, 临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
10771 | 2025-10-07 |
Dynamic Immune Response Landscapes of Avian Peripheral Blood Post-Vaccination Against Infectious Bronchitis Virus Infection
2025-Jan-30, Vaccines
IF:5.2Q1
DOI:10.3390/vaccines13020146
PMID:40006693
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析鸡外周血单个核细胞在接种传染性支气管炎病毒疫苗后的动态免疫反应 | 首次在单细胞水平系统描绘了鸡接种IBV疫苗后外周血免疫细胞的动态响应景观 | 研究仅使用H120疫苗株,样本数量相对有限(29,846个细胞) | 阐明鸡接种传染性支气管炎病毒疫苗后的免疫应答机制 | 无特定病原体鸡的外周血单个核细胞 | 单细胞生物学 | 禽传染性支气管炎 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 29,846个鸡外周血单个核细胞,4个单细胞测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10772 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA-Sequencing Analysis Provides Insights into IgA Nephropathy
2025-Jan-29, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15020191
PMID:40001494
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综述 | 本文综述单细胞RNA测序技术在IgA肾病研究中的应用进展 | 利用单细胞RNA测序技术首次系统揭示IgA肾病的免疫特征图谱和肾脏细胞间相互作用 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在IgA肾病发病机制研究中的应用价值 | IgA肾病患者的免疫细胞和肾脏细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10773 | 2025-10-07 |
Phospholipase C Beta 2 as a Key Regulator of Tumor Progression and Epithelial-Mesenchymal Transition via PI3K/AKT Signaling in Renal Cell Carcinoma
2025-Jan-26, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13020304
PMID:40002717
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研究论文 | 本研究探讨了磷脂酶C Beta 2通过PI3K/AKT信号通路调控肾细胞癌上皮-间质转化和肿瘤进展的机制 | 首次系统揭示PLCβ2在肾细胞癌中的表达模式及其通过PI3K/AKT信号通路调控EMT的具体分子机制 | 未明确说明样本规模及具体细胞系类型,机制研究主要基于体外实验 | 探究PLCβ2在肾细胞癌进展中的调控功能和分子机制 | 肾细胞癌样本和细胞系 | 癌症生物学 | 肾细胞癌 | 生物信息学分析、单细胞RNA测序、功能实验、转录组测序、RT-PCR、免疫荧光、挽救实验、Western blotting | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
10774 | 2025-10-07 |
Novel Insights into the Pathogenesis of Inflammatory Bowel Diseases
2025-Jan-26, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13020305
PMID:40002718
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综述 | 整合炎症性肠病发病机制的最新研究进展,探索关键机制及个性化治疗途径 | 整合多组学分析、单细胞转录组学和纵向队列研究,聚焦免疫调节、肠道微生物群动态及环境因素对疾病的影响 | 深入理解IBD发病机制的复杂动态仍具挑战性 | 阐明炎症性肠病的发病机制并探索预防和个性化治疗途径 | 克罗恩病和溃疡性结肠炎患者 | NA | 炎症性肠病 | 多组学分析, 单细胞转录组学, 纵向队列研究 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10775 | 2025-10-07 |
Genomic and Transcriptomic Approaches Advance the Diagnosis and Prognosis of Neurodegenerative Diseases
2025-Jan-24, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16020135
PMID:40004464
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综述 | 本文综述基因组学和转录组学技术在神经退行性疾病诊断与预后评估中的最新进展与应用前景 | 整合多种组学技术(包括单细胞RNA测序、空间转录组学和CRISPR筛选)系统阐述神经退行性疾病的分子机制和生物标志物发现 | 疾病异质性和神经退行性病理生理复杂性限制了基因组学发现向临床实践的转化 | 推进神经退行性疾病的早期诊断和个性化预后评估 | 阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病和肌萎缩侧索硬化等神经退行性疾病 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 全基因组测序, 单细胞RNA测序, CRISPR筛选, 全基因组关联分析, 多基因风险评分, 空间转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 全基因组测序 | NA | NA |
10776 | 2025-10-07 |
Berberine Inhibited SASP-Related Inflammation through RXRα/PPARγ/NEDD4 Pathway in Atherosclerosis
2025, The American journal of Chinese medicine
DOI:10.1142/S0192415X25500107
PMID:39829230
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研究论文 | 本研究揭示小檗碱通过RXRα/PPARγ/NEDD4信号通路抑制动脉粥样硬化中SASP相关炎症的分子机制 | 首次发现小檗碱通过RXRα/PPARγ/NEDD4通路调控GATA4/p62复合物泛素化降解,从而抑制SASP相关炎症 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,尚未在人体临床试验中验证 | 探究小檗碱治疗动脉粥样硬化的分子机制 | ApoE敲除小鼠、RAW264.7细胞、腹腔巨噬细胞来源的泡沫细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞测序、Smart-seq分析、慢病毒介导的基因敲除 | 动物模型、细胞模型 | 测序数据、蛋白质数据 | ApoE敲除小鼠模型、RAW264.7细胞系、原代巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | Smart-seq | Smart-seq单细胞RNA测序技术 |
10777 | 2025-10-07 |
Multiomics in silico analysis identifies TM4SF4 as a cell surface target in hepatocellular carcinoma
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0307048
PMID:39999090
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研究论文 | 通过多组学计算分析鉴定TM4SF4作为肝细胞癌的细胞表面治疗靶点 | 首次通过多组学计算分析系统筛选并验证TM4SF4作为肝细胞癌特异性细胞表面靶点 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证TM4SF4的生物学功能和治疗潜力 | 寻找肝细胞癌中高表达且正常组织中表达受限的细胞表面治疗靶点 | 肝细胞癌组织和正常组织 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 多组学分析, scRNA-seq, 免疫组织化学 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质表达数据 | 791例HCC病例, 15,787个HCC细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10778 | 2025-10-07 |
cfDiffusion: diffusion-based efficient generation of high quality scRNA-seq data with classifier-free guidance
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf071
PMID:39987461
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研究论文 | 提出基于扩散模型的高质量单细胞RNA测序数据生成方法cfDiffusion | 结合无分类器引导和高级特征缓存机制,显著降低训练成本并提高多属性单细胞数据生成效率 | 推理时间仍长于scDiffusion方法 | 解决单细胞RNA测序数据模拟中的质量和效率问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 扩散模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10779 | 2025-10-07 |
Meta-atlas of Juvenile and Adult Enteric Neuron scRNA-seq for Dataset Comparisons and Consensus on Transcriptomic Definitions of Enteric Neuron Subtypes
2024-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.31.621315
PMID:39574584
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研究论文 | 通过整合多个小鼠肠道神经系统单细胞RNA测序数据集,构建肠道神经元的元图谱并建立神经元亚型的转录组学共识定义 | 首次系统整合多个独立scRNA-seq数据集,构建肠道神经元的元图谱,实现跨年龄段的共识分类 | 数据集间细胞分离和文库构建方法存在差异,未来需将转录组谱与历史分类系统关联 | 识别新的细胞类型、共享标记基因、数据集差异,并建立肠道神经元亚型的转录组学共识定义 | 小鼠肠道神经系统神经元 | 单细胞转录组学 | 胃肠动力障碍 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单核RNA测序 | 数据整合分析 | 单细胞转录组数据 | 多个独立数据集整合 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10780 | 2025-10-07 |
Characterization of an orthotopic mouse transplant model reveals early changes in the tumor microenvironment of lung cancer
2024-Nov, BMB reports
IF:2.9Q3
PMID:39044458
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研究论文 | 本研究通过建立原位移植小鼠模型,利用单细胞RNA测序技术揭示了肺癌早期肿瘤微环境的细胞和分子变化 | 首次在携带Kras G12C突变的Lewis肺癌原位移植模型中,通过检测突变Kras转录本识别肿瘤细胞,并系统揭示了早期肿瘤微环境中成纤维细胞、髓系细胞和T/NK细胞的表型变化 | 研究基于小鼠移植模型,可能无法完全模拟人类肺癌的自然发生过程 | 探究肺癌早期阶段的细胞和分子动态变化 | Lewis肺癌细胞系(LLC)和原位移植小鼠模型 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |