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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10761 | 2025-10-07 |
Sources of non-uniform coverage in short-read RNA-Seq data
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.634337
PMID:39975309
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研究论文 | 探讨短读长RNA测序数据中覆盖度不均匀的来源 | 系统评估了八个潜在的非均匀性来源,推翻了先前出版物或建议中的多个观点 | 仅针对短读长RNA测序技术进行研究,未涉及长读长测序技术 | 识别和验证RNA测序数据中覆盖度不均匀的主要来源 | RNA测序数据中的转录本覆盖度模式 | 转录组学 | NA | RNA-seq | NA | 测序数据 | 多个现有数据集和针对性实验 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | 短读长RNA测序 |
10762 | 2025-10-07 |
Trajectory Inference with Cell-Cell Interactions (TICCI): intercellular communication improves the accuracy of trajectory inference methods
2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf027
PMID:39898810
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研究论文 | 提出了一种整合细胞间通讯信息的轨迹推断新方法TICCI,提高了单细胞转录组轨迹推断的准确性 | 通过整合细胞间通讯信息来改进轨迹推断,提出单细胞分辨率的细胞-细胞相互作用概念,使用细胞邻域矩阵和scEntropy评估分化状态 | NA | 提高单细胞转录组轨迹推断的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Louvain分区算法, Chu-Liu算法, 扩散拟合时间算法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10763 | 2025-10-07 |
Integrative Analysis of Cuproptosis-Related Mitochondrial Depolarisation Genes for Prognostic Prediction in Non-Small Cell Lung Cancer
2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70438
PMID:40008552
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研究论文 | 本研究通过整合铜死亡相关线粒体去极化基因构建非小细胞肺癌预后预测模型 | 首次结合铜死亡相关基因与线粒体去极化基因构建预后模型,并识别出10个关键风险基因 | NA | 开发非小细胞肺癌预后预测模型并识别潜在治疗靶点 | 非小细胞肺癌患者及肺癌细胞系 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞测序, 空间转录组, 批量转录组, qPCR | Cox回归, 机器学习 | 基因表达数据, 临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
10764 | 2025-10-07 |
Dynamic Immune Response Landscapes of Avian Peripheral Blood Post-Vaccination Against Infectious Bronchitis Virus Infection
2025-Jan-30, Vaccines
IF:5.2Q1
DOI:10.3390/vaccines13020146
PMID:40006693
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析鸡外周血单个核细胞在接种传染性支气管炎病毒疫苗后的动态免疫反应 | 首次在单细胞水平系统描绘了鸡接种IBV疫苗后外周血免疫细胞的动态响应景观 | 研究仅使用H120疫苗株,样本数量相对有限(29,846个细胞) | 阐明鸡接种传染性支气管炎病毒疫苗后的免疫应答机制 | 无特定病原体鸡的外周血单个核细胞 | 单细胞生物学 | 禽传染性支气管炎 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 29,846个鸡外周血单个核细胞,4个单细胞测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10765 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA-Sequencing Analysis Provides Insights into IgA Nephropathy
2025-Jan-29, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15020191
PMID:40001494
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综述 | 本文综述单细胞RNA测序技术在IgA肾病研究中的应用进展 | 利用单细胞RNA测序技术首次系统揭示IgA肾病的免疫特征图谱和肾脏细胞间相互作用 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在IgA肾病发病机制研究中的应用价值 | IgA肾病患者的免疫细胞和肾脏细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10766 | 2025-10-07 |
Phospholipase C Beta 2 as a Key Regulator of Tumor Progression and Epithelial-Mesenchymal Transition via PI3K/AKT Signaling in Renal Cell Carcinoma
2025-Jan-26, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13020304
PMID:40002717
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研究论文 | 本研究探讨了磷脂酶C Beta 2通过PI3K/AKT信号通路调控肾细胞癌上皮-间质转化和肿瘤进展的机制 | 首次系统揭示PLCβ2在肾细胞癌中的表达模式及其通过PI3K/AKT信号通路调控EMT的具体分子机制 | 未明确说明样本规模及具体细胞系类型,机制研究主要基于体外实验 | 探究PLCβ2在肾细胞癌进展中的调控功能和分子机制 | 肾细胞癌样本和细胞系 | 癌症生物学 | 肾细胞癌 | 生物信息学分析、单细胞RNA测序、功能实验、转录组测序、RT-PCR、免疫荧光、挽救实验、Western blotting | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
10767 | 2025-10-07 |
Novel Insights into the Pathogenesis of Inflammatory Bowel Diseases
2025-Jan-26, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13020305
PMID:40002718
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综述 | 整合炎症性肠病发病机制的最新研究进展,探索关键机制及个性化治疗途径 | 整合多组学分析、单细胞转录组学和纵向队列研究,聚焦免疫调节、肠道微生物群动态及环境因素对疾病的影响 | 深入理解IBD发病机制的复杂动态仍具挑战性 | 阐明炎症性肠病的发病机制并探索预防和个性化治疗途径 | 克罗恩病和溃疡性结肠炎患者 | NA | 炎症性肠病 | 多组学分析, 单细胞转录组学, 纵向队列研究 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10768 | 2025-10-07 |
Genomic and Transcriptomic Approaches Advance the Diagnosis and Prognosis of Neurodegenerative Diseases
2025-Jan-24, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16020135
PMID:40004464
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综述 | 本文综述基因组学和转录组学技术在神经退行性疾病诊断与预后评估中的最新进展与应用前景 | 整合多种组学技术(包括单细胞RNA测序、空间转录组学和CRISPR筛选)系统阐述神经退行性疾病的分子机制和生物标志物发现 | 疾病异质性和神经退行性病理生理复杂性限制了基因组学发现向临床实践的转化 | 推进神经退行性疾病的早期诊断和个性化预后评估 | 阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病和肌萎缩侧索硬化等神经退行性疾病 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 全基因组测序, 单细胞RNA测序, CRISPR筛选, 全基因组关联分析, 多基因风险评分, 空间转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 全基因组测序 | NA | NA |
10769 | 2025-10-07 |
Berberine Inhibited SASP-Related Inflammation through RXRα/PPARγ/NEDD4 Pathway in Atherosclerosis
2025, The American journal of Chinese medicine
DOI:10.1142/S0192415X25500107
PMID:39829230
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研究论文 | 本研究揭示小檗碱通过RXRα/PPARγ/NEDD4信号通路抑制动脉粥样硬化中SASP相关炎症的分子机制 | 首次发现小檗碱通过RXRα/PPARγ/NEDD4通路调控GATA4/p62复合物泛素化降解,从而抑制SASP相关炎症 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,尚未在人体临床试验中验证 | 探究小檗碱治疗动脉粥样硬化的分子机制 | ApoE敲除小鼠、RAW264.7细胞、腹腔巨噬细胞来源的泡沫细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞测序、Smart-seq分析、慢病毒介导的基因敲除 | 动物模型、细胞模型 | 测序数据、蛋白质数据 | ApoE敲除小鼠模型、RAW264.7细胞系、原代巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | Smart-seq | Smart-seq单细胞RNA测序技术 |
10770 | 2025-10-07 |
Multiomics in silico analysis identifies TM4SF4 as a cell surface target in hepatocellular carcinoma
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0307048
PMID:39999090
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研究论文 | 通过多组学计算分析鉴定TM4SF4作为肝细胞癌的细胞表面治疗靶点 | 首次通过多组学计算分析系统筛选并验证TM4SF4作为肝细胞癌特异性细胞表面靶点 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证TM4SF4的生物学功能和治疗潜力 | 寻找肝细胞癌中高表达且正常组织中表达受限的细胞表面治疗靶点 | 肝细胞癌组织和正常组织 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 多组学分析, scRNA-seq, 免疫组织化学 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质表达数据 | 791例HCC病例, 15,787个HCC细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10771 | 2025-10-07 |
cfDiffusion: diffusion-based efficient generation of high quality scRNA-seq data with classifier-free guidance
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf071
PMID:39987461
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研究论文 | 提出基于扩散模型的高质量单细胞RNA测序数据生成方法cfDiffusion | 结合无分类器引导和高级特征缓存机制,显著降低训练成本并提高多属性单细胞数据生成效率 | 推理时间仍长于scDiffusion方法 | 解决单细胞RNA测序数据模拟中的质量和效率问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 扩散模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10772 | 2025-10-07 |
Meta-atlas of Juvenile and Adult Enteric Neuron scRNA-seq for Dataset Comparisons and Consensus on Transcriptomic Definitions of Enteric Neuron Subtypes
2024-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.31.621315
PMID:39574584
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研究论文 | 通过整合多个小鼠肠道神经系统单细胞RNA测序数据集,构建肠道神经元的元图谱并建立神经元亚型的转录组学共识定义 | 首次系统整合多个独立scRNA-seq数据集,构建肠道神经元的元图谱,实现跨年龄段的共识分类 | 数据集间细胞分离和文库构建方法存在差异,未来需将转录组谱与历史分类系统关联 | 识别新的细胞类型、共享标记基因、数据集差异,并建立肠道神经元亚型的转录组学共识定义 | 小鼠肠道神经系统神经元 | 单细胞转录组学 | 胃肠动力障碍 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单核RNA测序 | 数据整合分析 | 单细胞转录组数据 | 多个独立数据集整合 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10773 | 2025-10-07 |
Characterization of an orthotopic mouse transplant model reveals early changes in the tumor microenvironment of lung cancer
2024-Nov, BMB reports
IF:2.9Q3
PMID:39044458
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研究论文 | 本研究通过建立原位移植小鼠模型,利用单细胞RNA测序技术揭示了肺癌早期肿瘤微环境的细胞和分子变化 | 首次在携带Kras G12C突变的Lewis肺癌原位移植模型中,通过检测突变Kras转录本识别肿瘤细胞,并系统揭示了早期肿瘤微环境中成纤维细胞、髓系细胞和T/NK细胞的表型变化 | 研究基于小鼠移植模型,可能无法完全模拟人类肺癌的自然发生过程 | 探究肺癌早期阶段的细胞和分子动态变化 | Lewis肺癌细胞系(LLC)和原位移植小鼠模型 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10774 | 2025-10-07 |
MCAM is a prognostic biomarker in patients with liver cirrhosis and HCC
2024-Oct-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000532
PMID:39992088
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研究论文 | 本研究评估了可溶性黑色素瘤细胞粘附分子(sMCAM)作为肝硬化和肝细胞癌患者预后血液生物标志物的潜力 | 首次发现sMCAM在肝纤维化和HCC患者血液中水平升高,并证明其作为预后生物标志物的价值 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 评估sMCAM作为肝硬化和HCC患者预后血液生物标志物的临床应用价值 | 健康对照者、慢性肝病患者、肝硬化患者和肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 | NA | 转录组数据, 组织图像, 血液样本 | 健康对照8例, 慢性肝病66例, 肝硬化236例, 肝细胞癌72例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10775 | 2025-10-07 |
POSTN+ cancer-associated fibroblasts determine the efficacy of immunotherapy in hepatocellular carcinoma
2024-Jul-27, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-008721
PMID:39067872
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据、空间转录组学和多重免疫荧光技术,揭示了POSTN+癌症相关成纤维细胞在肝细胞癌免疫治疗抵抗中的关键作用 | 首次系统鉴定POSTN+ CAF亚群在肝癌免疫治疗中的屏障作用,并阐明其通过IL-6/STAT3信号通路招募SPP1+巨噬细胞形成免疫抑制微空间的机制 | 研究基于六个数据集的220个样本,样本来源和数量可能存在局限性 | 探究肝细胞癌免疫治疗抵抗机制,特别关注癌症相关成纤维细胞亚群的作用 | 肝细胞癌患者肿瘤微环境中的细胞组成和相互作用 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 免疫荧光图像 | 220个样本来自六个数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
10776 | 2025-10-07 |
The rise of single-cell transcriptomics in yeast
2024-04, Yeast (Chichester, England)
DOI:10.1002/yea.3934
PMID:38403881
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综述 | 本文综述了单细胞转录组技术在酵母研究中的应用现状与发展前景 | 系统总结了酵母单细胞RNA测序技术面临的独特技术挑战及解决方案 | NA | 探讨单细胞转录组技术在酵母研究中的技术发展和应用潜力 | 酵母单细胞转录组学研究 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10777 | 2025-10-07 |
Dynamic Changes in the Gene Expression Patterns and Lipid Profiles in the Developing and Maturing Meibomian Glands
2022-Jul-17, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23147884
PMID:35887230
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研究论文 | 本研究通过分析小鼠睑板腺发育和成熟过程中的脂质组和转录组变化,揭示了睑脂生物合成的分子机制 | 首次系统研究睑板腺从新生到成年阶段的动态基因表达模式和脂质谱变化,并采用单细胞RNA测序技术识别了不同细胞亚群 | 研究仅限于小鼠模型,人类睑板腺可能存在差异 | 阐明睑板腺发育成熟过程中睑脂生物合成的分子机制 | 小鼠睑板腺组织 | 单细胞生物学 | 眼表疾病 | 单细胞RNA测序,脂质组学分析,转录组分析 | NA | 基因表达数据,脂质谱数据 | 新生至成年多个发育阶段的小鼠睑板腺样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
10778 | 2025-10-07 |
High antigen-presenting CAF levels correlate with reduced glycosaminoglycan biosynthesis-heparan sulfate/heparin metabolism in immune cells and poor prognosis in esophageal squamous cell carcinoma: Insights from bulk and single-cell transcriptome profiling
2025-Apr, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140418
PMID:39889995
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现食管鳞状细胞癌中抗原呈递CAF亚群通过调控糖胺聚糖生物合成-硫酸乙酰肝素/肝素代谢途径影响免疫细胞功能并导致不良预后 | 首次在食管鳞癌中鉴定出抗原呈递CAF亚群,并揭示其通过调控糖胺聚糖代谢通路重塑肿瘤代谢微环境的新机制 | 研究主要基于转录组数据,需要进一步实验验证代谢通路的具体功能机制 | 探究癌症相关成纤维细胞在食管鳞癌肿瘤微环境代谢重编程中的作用 | 食管鳞状细胞癌患者肿瘤样本中的癌症相关成纤维细胞和免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10779 | 2025-10-07 |
Unveiling FKBP7 as an early endoplasmic reticulum sentinel in pancreatic stellate cell activation, collagen remodeling and tumor progression
2025-Apr-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217538
PMID:39924075
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研究论文 | 本研究揭示了FKBP7作为胰腺星状细胞早期内质网标志物在细胞活化、胶原重塑和肿瘤进展中的作用机制 | 首次发现FKBP7作为胰腺星状细胞早期活化标志物,早于αSMA表达,并通过与BiP相互作用调控特定胶原亚型分泌 | 研究主要基于体外实验和动物模型,在人体内的具体作用机制仍需进一步验证 | 探究内质网驻留蛋白FKBP7在胰腺导管腺癌基质活化中的作用机制 | 胰腺星状细胞、癌症相关成纤维细胞、胰腺导管腺癌患者组织 | 分子生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学、功能分析 | NA | 基因表达数据、组织图像 | 胰腺导管腺癌患者组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10780 | 2025-10-07 |
The development and potent antitumor efficacy of CD44/CD133 dual-targeting IL7Rα-armored CAR-T cells against glioblastoma
2025-Apr-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217541
PMID:39952598
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研究论文 | 本研究开发了靶向CD44和CD133的双特异性IL7Rα装甲CAR-T细胞,用于治疗胶质母细胞瘤 | 首创串联靶向CD44和CD133的双特异性CAR结构,并在CD28共刺激受体和CD3ζ信号链之间插入截短型IL-7受体α胞内结构域(Δ7R) | 临床前研究阶段,尚未进行人体临床试验 | 开发针对胶质母细胞瘤的新型免疫治疗方法 | 胶质瘤干细胞、胶质母细胞瘤患者样本、颅内异种移植模型、患者来源异种移植模型、胶质母细胞瘤类器官 | 免疫治疗 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、质谱流式细胞术 | CAR-T细胞疗法 | 测序数据、细胞表型数据 | 胶质母细胞瘤患者样本、患者来源模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |