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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10741 | 2024-08-07 |
Re: Single-cell transcriptome analysis for characterizing primary Sca-1 positive, non-endothelial cardiac cells
2023-09, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2023.07.001
PMID:37454412
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10742 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Molecular Features of Heterogeneity in the Murine Retinal Pigment Epithelium
2022-Sep-08, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms231810419
PMID:36142331
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示小鼠视网膜色素上皮细胞的分子异质性特征 | 首次在小鼠视网膜色素上皮中识别出6个不同的细胞群体,包括含有1-2%细胞的干细胞/祖细胞群体,并构建了细胞分化伪时间轨迹 | 仅使用2只年轻成年雄性C57BL/6J小鼠,样本量较小 | 研究视网膜色素上皮细胞的转录组异质性及其发育过程中的分子特征 | 小鼠视网膜色素上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序 | 主成分分析,UMAP,K-means聚类,伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 2只年轻成年雄性C57BL/6J小鼠的5513个RPE细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10743 | 2025-10-07 |
Natural genetic variation determines microglia heterogeneity in wild-derived mouse models of Alzheimer's disease
2021-02-09, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.108739
PMID:33567283
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究野生来源小鼠品系中小胶质细胞在阿尔茨海默病模型中的遗传变异影响 | 首次在野生来源小鼠品系中系统分析遗传多样性对小胶质细胞异质性和阿尔茨海默病反应的影响 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探索遗传变异如何影响阿尔茨海默病中小胶质细胞的异质性和功能 | C57BL/6J和野生来源小鼠品系(WSB/EiJ、CAST/EiJ、PWK/PhJ)的小胶质细胞 | 单细胞基因组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | APP/PS1小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 四个小鼠品系(包括APP/PS1转基因和对照) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10744 | 2025-10-07 |
Key genes linking gut microbiota, immune cells, and osteoporosis: A multi-omics approach
2025-May, Microbial pathogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.micpath.2025.107412
PMID:39993547
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研究论文 | 通过整合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和生物信息学分析,探索肠道微生物群、免疫细胞调控与骨质疏松症之间的因果关系 | 首次采用多组学方法系统揭示肠道微生物群通过免疫细胞介导影响骨质疏松的分子机制,并识别出关键基因USP6NL、SELENOT和TAF1A | 研究主要基于欧洲人群数据(UK Biobank和芬兰队列),结果在其他人群中的普适性需要进一步验证 | 阐明肠道微生物群通过免疫调控影响骨质疏松的分子机制 | 骨质疏松症患者与对照样本 | 生物信息学 | 骨质疏松症 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | 两样本孟德尔随机化 | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | UK Biobank和芬兰队列数据,包含412种肠道微生物物种和731种免疫细胞类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10745 | 2025-10-07 |
Identification of DIO2 as a Molecular Therapeutic Target for Depression in Chronic Rhinosinusitis: A Comprehensive Bioinformatics and Experimental Study
2025-Mar-16, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-025-11085-4
PMID:40089956
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,鉴定DIO2作为慢性鼻窦炎合并抑郁症的分子治疗靶点 | 首次发现DIO2基因在慢性鼻窦炎和抑郁症共病中的关键作用,并通过单细胞RNA测序和动物实验验证其治疗潜力 | 研究主要基于公共数据库和动物模型,需要在人类临床样本中进一步验证 | 识别慢性鼻窦炎与抑郁症之间的分子联系和潜在治疗靶点 | 慢性鼻窦炎患者和抑郁症患者的基因表达数据,以及CRS小鼠模型 | 生物信息学 | 慢性鼻窦炎,抑郁症 | 单细胞RNA测序,差异表达基因分析,加权基因共表达网络分析,机器学习算法 | 随机森林,LASSO回归 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的多个基因表达数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10746 | 2025-10-07 |
Multi-Targeting CAR-T Cell Strategies to Overcome Immune Evasion in Lymphoid and Myeloid Malignancies
2025-Mar-14, Oncology research and treatment
IF:2.0Q3
DOI:10.1159/000543806
PMID:40090318
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综述 | 探讨多靶向CAR-T细胞策略在克服淋巴和髓系恶性肿瘤免疫逃逸中的应用 | 提出逻辑门控CAR、适配器CAR等多靶向策略应对抗原逃逸问题 | NA | 改善CAR-T细胞疗法在血液恶性肿瘤中的治疗效果和持久性 | 淋巴和髓系恶性肿瘤患者 | NA | 淋巴瘤、多发性骨髓瘤 | 下一代测序(NGS)、直接随机光学重建显微镜(dSTORM)、多参数流式细胞术、CRISPR筛选、单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10747 | 2025-10-07 |
Smoothie: Efficient Inference of Spatial Co-expression Networks from Denoised Spatial Transcriptomics Data
2025-Mar-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.26.640406
PMID:40060619
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研究论文 | 提出一种名为Smoothie的方法,通过高斯平滑去噪空间转录组数据并构建全基因组共表达网络 | 结合隐式和显式并行化技术,能够处理超过1亿个空间分辨点的数据集,具有快速运行和低内存使用的优势 | NA | 从空间转录组数据中提取深度生物学见解 | 空间基因表达数据和共表达网络 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,高斯平滑 | NA | 空间转录组数据 | 超过1亿个空间分辨点 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 10748 | 2025-10-07 |
Recurrent ERBB2 alterations are associated with esophageal adenocarcinoma brain metastases
2025-Feb-26, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.02.19.25322558
PMID:40061311
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示食管腺癌脑转移中ERBB2基因的复发性改变及其临床意义 | 首次在食管腺癌脑转移中发现ERBB2基因的复发性扩增,并证明其与单克隆播散相关 | 样本量较小(10例),需要更大规模研究验证 | 探究食管腺癌脑转移的分子特征和临床治疗策略 | 食管腺癌脑转移患者及其匹配的原发肿瘤 | 数字病理学 | 食管癌 | 全基因组测序, 单细胞空间转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 10例食管腺癌脑转移患者 | NA | 全基因组测序, 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 10749 | 2025-10-07 |
Consequences of training data composition for deep learning models in single-cell biology
2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.639127
PMID:40060416
|
研究论文 | 系统研究训练数据组成对单细胞转录组深度学习模型性能的影响 | 首次系统探讨单细胞基础模型中训练数据组成对模型行为的影响,揭示了数据多样性对模型泛化能力的重要性 | 研究主要聚焦于人类造血系统,可能在其他生物系统或疾病类型中的普适性有待验证 | 探索训练数据组成如何影响单细胞转录组深度学习模型的性能和泛化能力 | 人类造血系统的单细胞转录组数据,包括成体和发育组织、疾病状态和扰动图谱的细胞 | 单细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞转录组测序 | 深度学习模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10750 | 2025-10-07 |
MolGene-E: Inverse Molecular Design to Modulate Single Cell Transcriptomics
2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.638723
PMID:40060426
|
研究论文 | 开发了一种名为MolGene-E的深度生成框架,用于基于单细胞转录组数据设计新药物分子 | 首个能够利用单细胞组学数据设计新药物分子的机器学习方法,结合了跨模态数据协调和对比学习生成模型 | 单细胞组学数据存在噪声、异质性、稀缺性和高维度等挑战 | 开发能够调节单细胞转录组学的逆向分子设计方法 | 疾病细胞与健康细胞的转录组状态 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | 深度生成框架,跨模态模型,对比学习生成模型 | 单细胞转录组数据,化学扰动的大量转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10751 | 2025-10-07 |
Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2025-Feb-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6050441/v1
PMID:40034439
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研究论文 | 提出一种名为RASP的计算高效空间转录组数据降维方法 | 开发了随机化两阶段PCA框架,结合稀疏矩阵运算和可配置空间平滑,比现有方法快数个数量级 | NA | 开发计算高效的空间转录组数据降维方法 | 人类和小鼠组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 随机化PCA | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium平台生成的空间转录组数据 |
| 10752 | 2025-10-07 |
Altered ontogeny and transcriptomic signatures of tissue-resident pulmonary interstitial macrophages ameliorate allergic airway hyperresponsiveness
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1371764
PMID:38983858
|
研究论文 | 本研究探讨组织驻留肺间质巨噬细胞发育轨迹改变对过敏性气道高反应性的影响 | 首次揭示LPS诱导肺损伤后巨噬细胞发育谱系改变可减轻过敏性气道反应,并通过单细胞测序鉴定出与过敏性疾病相关的间质巨噬细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性需进一步验证 | 阐明环境暴露引起的巨噬细胞发育轨迹改变对过敏性气道反应的影响机制 | 组织驻留肺巨噬细胞和屋尘螨诱导的过敏性气道反应 | 免疫学 | 过敏性疾病 | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、胚胎谱系标记 | NA | 单细胞转录组数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10753 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics combined with single-nucleus RNA sequencing reveals glial cell heterogeneity in the human spinal cord
2025-Nov-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-23-01876
PMID:38934400
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研究论文 | 本研究结合空间转录组学和单核RNA测序技术,揭示了人类脊髓中胶质细胞的异质性 | 首次在人类脊髓中系统绘制胶质细胞的转录组异质性图谱,并进行跨物种比较分析 | 样本数量有限,未涵盖所有可能的病理状态 | 探索人类脊髓胶质细胞的分子异质性及其在物种间的差异 | 人类和小鼠脊髓中的星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞 | 空间转录组学 | 神经系统疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间位置数据 | NA | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 10754 | 2025-10-07 |
Exosomes originating from neural stem cells undergoing necroptosis participate in cellular communication by inducing TSC2 upregulation of recipient cells following spinal cord injury
2025-Nov-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00068
PMID:38993124
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研究论文 | 本研究探讨了脊髓损伤后经历坏死性凋亡的神经干细胞来源的外泌体在细胞通讯中的作用及其对受体细胞TSC2表达的影响 | 首次揭示了神经干细胞坏死性凋亡来源的外泌体通过诱导TSC2上调参与脊髓损伤后细胞通讯的新机制 | 研究主要基于体外实验模型,体内验证仍需进一步深入 | 探究脊髓损伤后神经干细胞坏死性凋亡来源的外泌体在细胞通讯中的功能 | 胚胎小鼠神经干细胞、外泌体、脊髓损伤模型 | 单细胞组学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序、转录组测序 | NA | RNA测序数据 | 16-17天胚胎小鼠神经干细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10755 | 2025-10-07 |
Oligodendroglial heterogeneity in health, disease, and recovery: deeper insights into myelin dynamics
2025-Nov-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00694
PMID:39665821
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综述 | 通过单细胞RNA测序技术重新定义少突胶质细胞谱系的五种细胞状态,并探讨其在健康和疾病状态下的功能意义 | 提出基于单细胞RNA测序发现的少突胶质细胞谱系新分类系统,将传统两种细胞类型扩展为五种连续细胞状态 | NA | 建立统一的少突胶质细胞术语体系以促进跨研究数据整合,深化对髓鞘病理机制的理解 | 少突胶质细胞谱系细胞 | 单细胞生物学 | 多发性硬化症,阿尔茨海默病,肌萎缩侧索硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10756 | 2025-10-07 |
Lactate drives senescence-resistant lineages in hepatocellular carcinoma via histone H2B lactylation of NDRG1
2025-Apr-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217567
PMID:39978571
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序轨迹分析重建肝细胞癌克隆演化,发现乳酸通过LDHA-NDRG1轴介导的组蛋白H2B乳酰化驱动衰老抵抗谱系 | 首次揭示乳酸通过LDHA-NDRG1轴介导的组蛋白H2B K58位点乳酰化表观遗传机制,连接代谢重编程与衰老逃逸 | 研究主要基于小鼠模型和公共数据集,需要进一步临床验证 | 探索肝细胞癌异质性机制和衰老抵抗的分子基础 | 肝细胞癌细胞谱系和克隆演化 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,轨迹分析,加权基因共表达网络分析 | 预后模型 | 单细胞RNA测序数据,公共HCC数据集 | 902个特征基因跨越7种细胞状态,14基因预后模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10757 | 2025-10-07 |
Network-based analysis of Alzheimer's Disease genes using multi-omics network integration with graph diffusion
2025-Apr, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2025.104797
PMID:39993589
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研究论文 | 通过多组学网络整合与图扩散方法分析阿尔茨海默病基因的网络特征 | 挑战了AD基因主要是网络枢纽节点的传统观点,发现AD基因分布在不同的度中心性分位数中,且外围基因也发挥重要作用 | NA | 研究已知AD基因在网络中的特性 | 阿尔茨海默病相关基因 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 多组学网络整合, 图扩散, 网络分析 | 图扩散模型 | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据, 基因本体数据 | NA | NA | 微阵列, 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 10758 | 2024-08-07 |
Prediction of cell-cell communication patterns of dorsal root ganglion cells: single-cell RNA sequencing data analysis
2024-Jun-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/1673-5374.384067
PMID:37905887
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10759 | 2025-10-07 |
Androgen deprivation induces double-null prostate cancer via aberrant nuclear export and ribosomal biogenesis through HGF and Wnt activation
2024-Feb-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45489-4
PMID:38336745
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研究论文 | 研究揭示雄激素剥夺疗法通过异常HGF和Wnt信号激活诱导双阴性前列腺癌的机制 | 首次发现当前ADT通过异常HGF/MET信号激活进一步升高Wnt/β-catenin信号,并鉴定XPO1和核糖体蛋白在DNPC中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和有限临床样本,需要更大规模临床验证 | 探索雄激素剥夺疗法诱导双阴性前列腺癌的分子机制 | 前列腺癌细胞、小鼠前列腺组织、人类DNPC临床样本 | 癌症生物学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人类临床DNPC标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10760 | 2025-10-07 |
Brief literature review and comprehensive bioinformatics analytics unravel the potential mechanism of curcumin in the treatment of periodontitis
2023-07-08, BMC oral health
IF:2.6Q1
DOI:10.1186/s12903-023-03181-x
PMID:37422651
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研究论文 | 通过生物信息学分析揭示姜黄素治疗牙周炎的潜在分子机制 | 整合单细胞转录组和批量RNA测序数据,结合分子对接和动力学模拟筛选姜黄素治疗牙周炎的关键靶点 | 研究基于计算模拟,缺乏实验验证 | 探索姜黄素治疗牙周炎的分子作用机制 | 牙周炎相关基因和姜黄素分子 | 生物信息学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟 | PPI网络分析, KEGG/GO富集分析 | 基因表达数据 | 三个GEO数据集(GSE164241, GSE10334, GSE16134) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 使用Seurat和Limma软件包进行数据分析 |