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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10721 | 2025-10-07 |
THBS1 in macrophage-derived exosomes exacerbates cerebral ischemia-reperfusion injury by inducing ferroptosis in endothelial cells
2025-Feb-24, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03382-x
PMID:39994679
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研究论文 | 本研究揭示巨噬细胞来源的外泌体通过THBS1-OTUD5-GPX4轴诱导内皮细胞铁死亡,加剧脑缺血再灌注损伤 | 首次发现THBS1作为外泌体关键分子通过结合OTUD5促进GPX4泛素化诱导内皮细胞铁死亡的新机制 | 研究主要基于细胞和动物模型,临床转化仍需进一步验证 | 探索巨噬细胞来源外泌体在脑缺血再灌注损伤中的作用机制 | 内皮细胞、巨噬细胞、tMCAO小鼠模型、AIS患者外周血样本 | 分子生物学 | 脑血管疾病 | 蛋白质组测序、转录组测序、单细胞测序、RNA干扰、腺相关病毒转染、高通量筛选、分子对接、分子动力学模拟、细胞热位移分析 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、单细胞测序数据 | tMCAO小鼠模型、THP-1和RAW264.7细胞系、AIS患者外周血样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
10722 | 2025-10-07 |
Comprehensive Analysis of TCR and BCR Repertoires: Insights into Methodologies, Challenges, and Applications
2025-Feb-24, Genomics & informatics
DOI:10.1186/s44342-024-00034-z
PMID:39994831
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综述 | 本文系统综述了T细胞受体和B细胞受体谱系分析的方法学、挑战及应用前景 | 整合免疫学、生物信息学和临床研究,系统比较了批量与单细胞测序在免疫受体分析中的技术差异 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据验证 | 探讨TCR和BCR受体谱系分析的技术方法及其在免疫功能和精准医疗中的应用 | T细胞受体和B细胞受体的序列多样性 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | 序列数据 | NA | NA | 单细胞测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
10723 | 2025-10-07 |
A Temporal and Spatial Atlas of Adaptive Immune Responses in the Lymph Node Following Viral Infection
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.31.635509
PMID:39975238
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研究论文 | 本研究开发了AIR-SPACE整合方法,通过结合空间转录组学和免疫受体测序,构建了病毒感染后淋巴结适应性免疫反应的时空图谱 | 开发了AIR-SPACE整合方法,首次实现了在原生空间背景下同时分析细胞转录组和适应性免疫受体库 | 研究仅针对小鼠腘窝淋巴结和痘苗病毒感染模型,尚未验证其他淋巴器官或病原体 | 解析病毒感染后淋巴结中适应性免疫反应的时空动态变化 | 小鼠腘窝淋巴结中的T细胞和B细胞 | 空间转录组学 | 病毒感染 | 空间转录组学, 长读长测序, T细胞受体测序, B细胞受体测序 | NA | 空间转录组数据, 免疫受体序列数据 | 5个不同时间点的小鼠腘窝淋巴结样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞免疫受体测序 | NA | NA |
10724 | 2025-10-07 |
MAP3K4 signaling regulates HDAC6 and TRAF4 coexpression and stabilization in trophoblast stem cells
2025-Feb, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2024.108116
PMID:39710325
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研究论文 | 本研究揭示了MAP3K4信号通过调控HDAC6和TRAF4共表达与稳定性在滋养层干细胞中的作用机制 | 首次发现MAP3K4激酶失活导致HDAC6和TRAF4表达增加,并揭示HDAC6与TRAF4形成蛋白复合物调控TRAF4稳定性的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类胎盘中的相关性仍需验证 | 探究MAP3K4信号在胎盘发育过程中调控HDAC6和TRAF4表达的分子机制 | 小鼠滋养层干细胞和胎盘组织 | 分子生物学 | 胎盘功能不全 | 单细胞RNA测序, shRNA敲低 | NA | 基因表达数据, 蛋白质互作数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10725 | 2025-10-07 |
Discovery of Endothelial-Monocyte Crosstalk in Ischemic-Reperfusion Injury Following Liver Transplantation Based on Integration of Single-Cell RNA and Transcriptome RNA Sequencing
2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70336
PMID:39993960
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和转录组RNA测序数据,揭示了肝移植后缺血再灌注损伤中肝窦内皮细胞与单核细胞之间的相互作用机制 | 首次发现ANXA1-FPR2轴在肝窦内皮细胞与单核细胞互作中的关键作用,揭示了缺血再灌注损伤中细胞通讯的新机制 | 研究样本来源于公共数据库,部分发现仅在小鼠模型中进行了初步验证,需要进一步临床验证 | 探究肝移植后缺血再灌注损伤的细胞相互作用机制和信号通路 | 肝移植患者的肝组织样本和缺血再灌注损伤小鼠模型 | 单细胞生物学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序, 转录组RNA测序, 免疫荧光, 流式细胞术, Western Blot | NA | 单细胞RNA测序数据, 转录组RNA测序数据, 实验验证数据 | 来自GEO数据库的肝移植患者样本和建立的小鼠缺血再灌注损伤模型 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组RNA测序 | NA | NA |
10726 | 2025-10-07 |
Bulk and Single-Cell Transcriptomic Reveals Shared Key Genes and Patterns of Immune Dysregulation in Both Intestinal Inflammatory Disease and Sepsis
2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70415
PMID:39993996
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示炎症性肠病和脓毒症在免疫失调方面的共同关键基因和分子机制 | 首次通过整合批量转录组和单细胞RNA测序技术,识别出IBD和脓毒症共有的58个差异表达基因,并发现IL1B巨噬细胞在两种疾病中的核心作用 | 研究样本量有限,动物模型验证需要进一步扩展,临床转化价值需更多验证 | 探索炎症性肠病和脓毒症之间共享的分子和病理生理机制 | 炎症性肠病和脓毒症患者数据及小鼠疾病模型 | 生物信息学 | 炎症性肠病,脓毒症 | 单细胞RNA测序,实时PCR,Western blot | 机器学习算法 | 转录组数据,单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10727 | 2025-10-07 |
Decoding Müllerian Duct Epithelial Regionalization
2025-Feb, Molecular reproduction and development
IF:2.7Q2
DOI:10.1002/mrd.70018
PMID:39994938
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综述 | 本文系统综述了苗勒氏管上皮沿头尾轴区域分化的分子机制及其在女性生殖道器官形成中的作用 | 整合了遗传小鼠模型、单细胞测序和类器官培养等多方面研究进展,全面解析苗勒氏管区域分化的关键调控因子 | 作为综述文章,未提供原始实验数据,主要基于现有研究进行总结和分析 | 阐明苗勒氏管上皮沿头尾轴区域分化的分子机制 | 苗勒氏管及其衍生的女性生殖道器官(输卵管、子宫、宫颈和上阴道) | 发育生物学 | 苗勒氏管异常和女性生殖道疾病 | 单细胞测序, 类器官培养, 遗传小鼠模型 | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
10728 | 2025-10-07 |
Fast, flexible analysis of differences in cellular composition with crumblr
2025-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.29.635498
PMID:39975411
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研究论文 | 开发了一种名为crumblr的可扩展统计方法,用于分析细胞组成差异 | 采用精度加权线性混合模型处理计数比率数据,并在细胞谱系层次结构的多个水平上进行统计检验 | NA | 识别细胞类型频率变化的统计分析方法 | 单细胞RNA测序数据集(衰老、结核感染、前列腺癌骨转移、SARS-CoV-2感染) | 生物信息学 | 结核病, 前列腺癌, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 线性混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10729 | 2025-10-07 |
Optimizing duodenal tissue acquisition for mechanistic studies of duodenal ablation in type 2 diabetes
2025, Endoscopy international open
IF:2.2Q2
DOI:10.1055/a-2503-2135
PMID:40007651
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研究论文 | 本文开发了一种优化的十二指肠组织采集方案,用于研究十二指肠消融对2型糖尿病和代谢综合征的影响 | 设计了使用十二指肠冷圈套切除术创建组织微阵列和进行单细胞RNA测序的优化组织采集方案 | 样本量相对较小(DIRECT研究9名患者),需要进一步验证 | 优化十二指肠组织采集方法,以支持十二指肠消融在2型糖尿病和代谢综合征中的机制研究 | 接受上消化道介入内镜检查的患者 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序,组织微阵列技术 | NA | 组织样本,基因表达数据 | DIRECT研究:9名患者,16个冷圈套切除术;EMINENT-2研究:38个冷圈套样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10730 | 2025-10-07 |
Integrated Bioinformatic Analyses Reveal Thioredoxin as a Putative Marker of Cancer Stem Cells and Prognosis in Prostate Cancer
2025, Cancer informatics
IF:2.4Q3
DOI:10.1177/11769351251319872
PMID:40008390
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研究论文 | 通过生物信息学分析发现硫氧还蛋白可作为前列腺癌干细胞标记物和预后预测因子 | 首次通过单细胞RNA测序数据识别硫氧还蛋白作为前列腺癌干细胞的潜在标记物,并揭示其与预后的关联 | 样本量有限,需要进一步的体外和体内实验验证TXN对前列腺癌干细胞的功能调控作用 | 识别调控前列腺癌干细胞特性并预测预后的新因子 | 前列腺癌组织和前列腺癌干细胞 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,基因集富集分析,轨迹分析 | Seurat,monocle 3 | 单细胞RNA测序数据 | 2个前列腺癌组织的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10731 | 2025-10-07 |
Gestational diabetes induces autistic-like behaviors in offspring by disrupting the GABAergic system
2025, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2025.1538115
PMID:40012680
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型探讨妊娠期糖尿病如何通过破坏GABA能系统诱导子代出现自闭症样行为 | 首次结合单细胞转录组学和代谢组学揭示GDM通过GAD2启动子区DNA高甲基化减少GABA能神经元和GABA水平的新机制 | 研究仅使用小鼠模型,结果需要进一步在人类研究中验证 | 阐明妊娠期糖尿病导致子代自闭症风险的神经生物学机制 | 妊娠期糖尿病小鼠模型的雄性子代 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组学, 代谢组学, c-Fos染色, DNA甲基化分析 | 小鼠疾病模型 | 行为学数据, 基因表达数据, 代谢物数据, 免疫组织化学数据 | 妊娠期糖尿病小鼠模型的子代 | NA | 单细胞RNA-seq, 代谢组学 | NA | NA |
10732 | 2025-10-07 |
Seurat function argument values in scRNA-seq data analysis: potential pitfalls and refinements for biological interpretation
2025, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2025.1519468
PMID:40013100
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研究论文 | 探讨单细胞RNA测序数据分析中Seurat函数参数设置的潜在问题及生物学解释优化方法 | 采用生物学与生物信息学相结合的集成方法,揭示数据处理过程中的生物学见解 | 未讨论这些数学方法在生物学中应用的理论依据 | 优化单细胞RNA测序数据分析中参数设置的生物学解释 | 单细胞RNA测序数据处理方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10733 | 2025-10-07 |
Multi-omics analyses and machine learning prediction of oviductal responses in the presence of gametes and embryos
2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.13.598905
PMID:38915688
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研究论文 | 通过多组学分析和机器学习预测输卵管对配子和胚胎存在的响应机制 | 开发了基于transformer的机器学习模型整合转录组和蛋白质组数据,首次系统揭示输卵管对配子和胚胎的时空特异性响应 | 小鼠模型与人类输卵管炎症反应存在部分差异,样本采集时间点有限 | 阐明输卵管与配子/胚胎之间的适应性相互作用机制 | 小鼠输卵管组织及输卵管液样本 | 机器学习 | 生殖系统疾病 | RNA-seq, scRNA-seq, 蛋白质组学 | transformer | 转录组数据, 蛋白质组数据 | 小鼠输卵管组织在不同交配后时间点的样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
10734 | 2025-10-07 |
Type I interferon signaling pathway enhances immune-checkpoint inhibition in KRAS mutant lung tumors
2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2402913121
PMID:39186651
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现KRAS突变肺肿瘤中I型干扰素通路受损,恢复该通路可增强免疫检查点抑制疗效 | 首次揭示KRAS突变肺肿瘤中I型干扰素通路受损是贯穿肿瘤发展的关键特征,证明恢复该通路可使免疫冷肿瘤转化为热肿瘤 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探索KRAS突变肺肿瘤早期发展阶段的功能性改变及其对免疫治疗的影响 | 表达KRAS致癌基因的小鼠肺泡II型细胞及携带p53或LKB1突变的小鼠和人类晚期肿瘤 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10735 | 2025-10-07 |
Transfer learning in a biomaterial fibrosis model identifies in vivo senescence heterogeneity and contributions to vascularization and matrix production across species and diverse pathologies
2023-08, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-023-00785-7
PMID:37079217
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研究论文 | 本研究通过生物材料纤维化模型开发了体内衰老特征,并利用迁移学习识别了跨物种和多种病理条件下的衰老细胞异质性 | 建立了体内来源的衰老特征(SenSig),首次鉴定出周细胞和'软骨样'成纤维细胞作为衰老细胞,并发现了IL34-CSF1R-TGFβR信号轴介导的细胞间通讯机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据的验证仍需进一步扩展 | 阐明体内衰老细胞的表型特征及其在组织修复和病理过程中的作用机制 | p16-CreER;Ai14报告基因小鼠、小鼠和人类单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 组织纤维化 | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | 迁移学习 | 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10736 | 2025-10-07 |
Spatial Transcriptomics Depict Ligand-Receptor Cross-talk Heterogeneity at the Tumor-Stroma Interface in Long-Term Ovarian Cancer Survivors
2023-05-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1821
PMID:36787106
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了卵巢癌肿瘤微环境中配体-受体交互的异质性及其与长期生存的关系 | 首次整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据,开发计算方法研究肿瘤微环境中不同肿瘤细胞与癌症相关成纤维细胞亚型之间的空间配体-受体相互作用 | 需要进一步研究确认这种交互是否在调节高级别浆液性卵巢癌恶性表型中发挥作用 | 探索卵巢癌肿瘤微环境中基质异质性及其与患者长期生存的关系 | 高级别浆液性卵巢癌长期生存者和短期生存者的治疗初治肿瘤组织 | 空间转录组学 | 卵巢癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 多重免疫组织化学 | 计算方法 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | 高级别浆液性卵巢癌长期生存者和短期生存者的肿瘤样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10737 | 2025-10-07 |
Multiplexed LNP-mRNA vaccination against pathogenic coronavirus species
2022-08-02, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111160
PMID:35921835
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研究论文 | 开发针对多种致病性冠状病毒的LNP-mRNA多价疫苗并评估其免疫效果 | 首次开发针对SARS-CoV-2 Delta、SARS-CoV和MERS-CoV的三价LNP-mRNA疫苗,并通过单细胞RNA测序分析疫苗接种后的系统性免疫反应 | 研究仅在动物模型中进行,尚未进行人体临床试验 | 开发针对多种致病性冠状病毒的广谱疫苗 | SARS-CoV-2 Delta、SARS-CoV和MERS-CoV三种冠状病毒 | 疫苗开发 | 冠状病毒感染 | 单细胞RNA测序,LNP-mRNA疫苗技术 | NA | 基因表达数据,抗体反应数据 | 动物模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10738 | 2025-10-07 |
Variant-specific vaccination induces systems immune responses and potent in vivo protection against SARS-CoV-2
2022-05-17, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100634
PMID:35561673
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研究论文 | 本研究评估了针对不同SARS-CoV-2变异株的特异性LNP-mRNA疫苗的免疫反应和保护效果 | 首次系统比较野生型和变异株特异性疫苗的免疫反应,并通过单细胞转录组学揭示免疫细胞群体和基因表达的系统性变化 | 研究主要在动物模型中进行,尚未在人体验证 | 评估变异株特异性LNP-mRNA疫苗的免疫效果和保护效力 | SARS-CoV-2病毒变异株(野生型、B.1.351、B.1.617) | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞转录组测序,BCR-seq,TCR-seq,中和抗体检测 | 动物模型 | 基因表达数据,免疫受体序列数据 | 动物模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq,免疫受体测序 | NA | NA |
10739 | 2025-10-07 |
IL-7 receptor alpha defines heterogeneity and signature of human effector memory CD8+ T cells in high dimensional analysis
2020-09, Cellular immunology
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.cellimm.2020.104155
PMID:32619811
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研究论文 | 通过高维质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术,研究IL-7Rα在定义人类效应记忆CD8+ T细胞异质性中的作用 | 首次揭示IL-7Rα在人类效应记忆CD8+ T细胞中具有多样化但有序的表达模式,并定义了细胞亚群的异质性景观 | 未明确说明样本规模和研究人群特征 | 探究IL-7Rα是否可作为定义人类效应记忆CD8+ T细胞异质性的关键分子 | 人类效应记忆CD8+ T细胞 | 免疫学 | NA | 质谱流式细胞术(CyTOF), 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 蛋白质表达数据, 基因表达数据 | NA | NA | 质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10740 | 2025-10-07 |
New insight into GABAergic neurons in the hypothalamic feeding regulation
2018-Nov, The journal of physiological sciences : JPS
DOI:10.1007/s12576-018-0622-8
PMID:30003408
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综述 | 综述下丘脑GABA能神经元在摄食调节中的研究进展 | 整合光遗传学、在体钙成像和单细胞RNA-seq三大前沿技术揭示GABA能神经元的多样性与摄食调控功能 | NA | 探讨下丘脑不同区域GABA能神经元在摄食调节中的作用机制 | 下丘脑弓状核(ARC)、背内侧下丘脑(DMH)和外侧下丘脑(LH)的GABA能神经元 | 神经科学 | 代谢疾病 | 光遗传学, 化学遗传学, 在体钙成像, 单细胞RNA测序 | NA | 神经活动数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |