本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
10701 | 2025-10-07 |
Cross center single-cell RNA sequencing study of the immune microenvironment in rapid progressing multiple myeloma
2023-Jan-26, NPJ genomic medicine
IF:4.7Q1
DOI:10.1038/s41525-022-00340-x
PMID:36702834
|
研究论文 | 通过多中心单细胞RNA测序研究快速进展型多发性骨髓瘤的免疫微环境特征 | 首次通过多中心scRNA-seq研究揭示快速进展型MM患者中耗竭性CD8 T细胞和M2耐受性巨噬细胞的显著富集 | 样本量相对有限(18名患者),需要更大规模的多中心试验验证 | 探究多发性骨髓瘤快速进展的免疫微环境机制 | 18名多发性骨髓瘤患者的48份CD138骨髓样本 | 单细胞测序分析 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 102,207个细胞来自48份样本(18名患者) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10702 | 2025-10-07 |
Internal oligo(dT) priming introduces systematic bias in bulk and single-cell RNA sequencing count data
2022-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqac035
PMID:35651651
|
研究论文 | 本研究揭示了oligo(dT)引物在RNA测序中引起的系统性偏差,并开发了计算方法来识别和消除这种偏差 | 首次系统性地描述了内部oligo(dT)引物在bulk和单细胞RNA测序中的偏差问题,并开发了专门的算法来解决这一问题 | 研究主要基于公共数据集分析,缺乏实验验证;对基因表达量化的具体影响程度仍需进一步确认 | 评估oligo(dT)引物在RNA测序中对基因表达量化的系统性偏差影响 | 多种bulk和单细胞RNA测序平台产生的公共数据集 | 转录组学 | NA | RNA测序 | 计算算法 | RNA测序数据 | 多个公共数据集 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
10703 | 2025-10-07 |
Single-cell immunopathology of recurrent acute generalized exanthematous pustulosis associated with vancomycin
2025-May, The journal of allergy and clinical immunology. Global
DOI:10.1016/j.jacig.2025.100426
PMID:40008097
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术研究万古霉素相关复发性急性泛发性发疹性脓疱病的免疫病理机制 | 首次对复发性AGEP患者进行纵向单细胞免疫病理学分析,揭示了TH17样效应细胞群在发病机制中的作用 | 单病例研究,样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 阐明急性泛发性发疹性脓疱病的遗传风险因素和单细胞免疫发病机制 | 一名万古霉素触发的复发性AGEP患者 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 1名患者,在3个时间点进行检测 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10704 | 2025-10-07 |
A Unique Signature for Cancer-Associated Fibroblasts in Melanoma Metastases
2025-03, Pigment cell & melanoma research
IF:3.9Q2
DOI:10.1111/pcmr.70002
PMID:39924882
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析黑色素瘤原发灶和肺转移灶中的癌症相关成纤维细胞,揭示了转移灶特异性CAF的独特特征 | 首次系统比较黑色素瘤原发灶和转移灶中CAF的转录特征,发现转移灶特异性CAF亚群及其与中性粒细胞的肿瘤依赖性串扰机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探索黑色素瘤转移过程中癌症相关成纤维细胞的异质性和功能特征 | 小鼠黑色素瘤原发灶和肺转移灶中的癌症相关成纤维细胞,以及人类黑色素瘤转移样本 | 单细胞生物学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约8400个CAF和正常成纤维细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10705 | 2025-10-07 |
Single-cell profiling and clinical characteristics analysis of lung squamous carcinoma
2025-Feb-27, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01556-7
PMID:40014154
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析肺鳞癌的肿瘤微环境特征并构建预后风险模型 | 首次在504个肺鳞癌样本中整合TCGA和GEO数据进行单细胞分析,识别出具有不同免疫特征和预后的基因簇,并建立基于CST3、TGM2和JUN的三基因风险评分模型 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 阐明肺鳞癌的肿瘤微环境特征和临床异质性 | 肺鳞癌患者样本 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, q-PCR, 免疫荧光 | 多变量COX回归模型, 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据, 临床数据 | 504个肺鳞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10706 | 2025-10-07 |
Multi-omics analyses and machine learning prediction of oviductal responses in the presence of gametes and embryos
2025-Feb-26, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.100705
PMID:40009070
|
研究论文 | 通过多组学分析和机器学习预测输卵管对配子和胚胎存在的响应机制 | 首次结合转录组学、蛋白质组学和单细胞测序技术,开发基于transformer的机器学习模型整合多组学数据预测转录因子对蛋白质表达的影响 | 小鼠模型与人类输卵管炎症反应存在差异,样本时间点有限 | 阐明输卵管与配子/胚胎之间的适应性相互作用机制 | 小鼠输卵管组织和输卵管液 | 机器学习 | 生殖系统疾病 | RNA-seq, scRNA-seq, 蛋白质组学 | transformer | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 不同交配后时间点的小鼠输卵管样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
10707 | 2025-10-07 |
Denosumab Enhances antitumour Immunity by Suppressing SPP1 and Boosting Cytotoxic T Cells
2025-Feb-26, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-1094
PMID:40009710
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现地诺单抗通过抑制SPP1表达和增强细胞毒性T细胞活性来增强抗肿瘤免疫 | 首次揭示地诺单抗在抗肿瘤免疫中的新作用机制,发现其通过调节SPP1-CD8A轴增强免疫反应 | 样本量有限,仅针对骨巨细胞瘤患者,需要更多癌种验证 | 探索地诺单抗在抗肿瘤免疫中的作用机制 | 骨巨细胞瘤患者样本和34种癌症的泛癌分析 | 单细胞测序分析 | 骨巨细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 9例人骨巨细胞瘤样本(6例未治疗,3例地诺单抗治疗)和9对治疗前后配对样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10708 | 2025-10-07 |
Cancer-associated fibroblasts promote EGFR-TKI resistance via the CTHRC1/glycolysis/H3K18la positive feedback loop
2025-Feb-26, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03318-y
PMID:40011576
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现CTHRC1+癌症相关成纤维细胞通过糖代谢/组蛋白乳酸化正反馈环路促进肺癌EGFR-TKI耐药 | 首次揭示CTHRC1+CAF亚群通过CTHRC1/糖酵解/H3K18la正反馈环路驱动EGFR-TKI耐药的新机制,并发现天然化合物Gambogenic Acid可破坏该环路 | NA | 探究癌症相关成纤维细胞在EGFR-TKI耐药中的作用机制 | 肺癌患者肿瘤组织中的癌症相关成纤维细胞 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 接受EGFR-TKI治疗的肺癌患者肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10709 | 2025-02-28 |
Publisher Correction: Single-Cell RNA sequencing reveals mitochondrial dysfunction in microtia chondrocytes
2025-Feb-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-90745-2
PMID:40011623
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
10710 | 2025-10-07 |
Pde4b-regulated cAMP signaling pathway in the AUDGABA-S1TrSst circuit underlies acute-stress-induced anxiety-like behavior
2025-Feb-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115253
PMID:39891910
|
研究论文 | 本研究揭示了急性应激通过AUDGABA-S1TrSst神经环路中Pde4b调控的cAMP信号通路诱发焦虑样行为的机制 | 首次发现初级体感皮层S1Tr区GABA能生长抑素神经元在急性应激中的关键作用,并阐明AUD-S1Tr投射中Pde4b-cAMP信号通路的调控机制 | 研究主要聚焦于特定神经环路,其他可能参与焦虑行为的脑区未充分探索 | 探索急性应激诱发焦虑样行为的神经和分子机制 | 小鼠模型中的特定神经环路(AUDGABA-S1TrSst回路) | 神经科学 | 焦虑障碍 | 单细胞测序,空间转录组测序,蛋白敲低 | NA | 基因表达数据,神经活动数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
10711 | 2025-10-07 |
Th1-poised naive CD4 T cell subpopulation reflects anti-tumor immunity and autoimmune disease
2025-Feb-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57237-3
PMID:40000667
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定出naive CD4 T细胞中存在具有Th1预备特征的亚群,该亚群表达高水平IL-7R并参与抗肿瘤免疫和自身免疫疾病 | 首次在人和小鼠naive CD4 T细胞中发现表达超高IL-7R的Th1预备亚群,并证明其与抗PD-1治疗反应和多发性硬化疾病状态相关 | NA | 探索naive CD4 T细胞的异质性及其在疾病背景和治疗反应中的作用 | 小鼠和人类的naive CD4 T细胞 | 免疫学 | 癌症, 多发性硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10712 | 2025-10-07 |
Single-cell multi-omics analysis identifies SPP1+ macrophages as key drivers of ferroptosis-mediated fibrosis in ligamentum flavum hypertrophy
2025-Feb-25, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-025-00746-6
PMID:40001138
|
研究论文 | 通过单细胞多组学分析揭示了SPP1+巨噬细胞通过SPP1-CD44轴调控铁死亡促进黄韧带肥厚纤维化的机制 | 首次在单细胞水平构建黄韧带肥厚的细胞图谱,发现SPP1+巨噬细胞亚群通过调控铁死亡驱动纤维化进程 | 研究样本量有限,动物模型验证需要进一步扩展 | 探究黄韧带肥厚的细胞和分子机制 | 人类黄韧带样本和动物模型 | 数字病理学 | 脊柱疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 孟德尔随机化, 透射电子显微镜, 多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据, 组织切片图像 | 人类黄韧带样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 空间多组学 | NA | NA |
10713 | 2025-10-07 |
Revolutionizing the treatment of intervertebral disc degeneration: an approach based on molecular typing
2025-Feb-25, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06225-8
PMID:40001145
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于软骨细胞分化相关基因的椎间盘退变分子分型系统,并验证了其临床转化价值 | 首次基于软骨细胞分化轨迹构建椎间盘退变分子分型系统,并发现吉非替尼可将低分化亚型转化为高分化亚型 | 研究样本量有限,需要更大规模临床验证 | 建立椎间盘退变的分子分型系统并探索精准治疗策略 | 椎间盘退变患者 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | ConsensusClusterPlus, pRRophetic | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10714 | 2025-10-07 |
Targeting RECQL4 in hepatocellular carcinoma: from prognosis to therapeutic potential
2025-Feb-25, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-025-02107-6
PMID:40001159
|
研究论文 | 评估RECQL4在肝细胞癌中的预后价值和治疗潜力 | 首次系统评估RECQL4在肝细胞癌中的预后价值及其与血管生成、免疫细胞浸润和药物敏感性的关联 | 研究主要基于数据库分析和细胞实验,缺乏临床样本验证 | 评估RECQL4作为肝细胞癌预后标志物的临床效用并探索其治疗潜力 | 肝细胞癌患者数据、HCC细胞系(Hep3B、Huh7)和正常肝细胞系(MHA) | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | qPCR、Western blotting、CCK-8 assay、EdU assay、克隆形成实验、伤口愈合实验、transwell实验、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据、临床数据、单细胞RNA-seq数据 | TCGA数据库的多种癌症类型数据、HCC细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10715 | 2025-10-07 |
Identification of Mitochondrial-related Characteristic Biomarkers in Osteosarcoma using Bioinformatics and Machine Learning
2025-Feb-25, Combinatorial chemistry & high throughput screening
IF:1.6Q3
|
研究论文 | 通过生物信息学和机器学习方法识别骨肉瘤中线粒体相关特征生物标志物 | 首次结合线粒体定位基因与差异表达分析识别骨肉瘤中线粒体相关特征基因,并应用机器学习算法筛选出UCP2和PRDX4作为诊断生物标志物 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证生物标志物的临床适用性 | 识别骨肉瘤中线粒体相关诊断生物标志物并探讨其临床意义 | 骨肉瘤组织样本和细胞系 | 生物信息学, 机器学习 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, RT-PCR, 机器学习算法 | LASSO回归, SVM-RFE | mRNA表达谱 | 来自GSE16088和GSE19276数据库的骨肉瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
10716 | 2025-10-07 |
Identification of splenic IRF7 as a nanotherapy target for tele-conditioning myocardial reperfusion injury
2025-Feb-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57048-6
PMID:39994192
|
研究论文 | 本研究通过重定向纳米药物至脾脏,开发了一种治疗心肌再灌注损伤的远程调节新策略 | 首次发现脾脏IRF7在脾-心通讯网络中的关键作用,并开发了脾靶向纳米颗粒STEER用于时序抑制IRF7 | 研究主要使用雄性小鼠临床前模型,尚未在更广泛的动物模型或人体中进行验证 | 开发针对心肌再灌注损伤的纳米治疗新方法 | 心肌再灌注损伤的免疫调节机制 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,异位脾移植,纳米颗粒工程 | NA | 基因表达数据,功能评估数据 | 小鼠临床前模型 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
10717 | 2025-10-07 |
CCN2 mediates fibroblast-macrophage interaction in knee arthrofibrosis based on single-cell RNA-seq analysis
2025-Feb-24, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-025-00400-9
PMID:39994205
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示CCN2在膝关节纤维化中介导成纤维细胞-巨噬细胞相互作用 | 首次发现CCN2通过TGF-β通路介导成纤维细胞与巨噬细胞相互作用促进纤维化 | 样本量较小(6例患者),需要更大规模研究验证 | 探究膝关节纤维化的病理机制 | 膝关节纤维化患者的滑膜组织 | 单细胞测序分析 | 膝关节纤维化 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据 | 6例膝关节纤维化患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10718 | 2025-10-07 |
Comprehensive analysis of lipid metabolic signatures identified CEBPD promotes breast cancer cell proliferation
2025-Feb-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-90869-5
PMID:39994306
|
研究论文 | 通过单细胞和批量转录组数据分析脂质代谢特征,发现CEBPD基因抑制乳腺癌细胞增殖 | 首次整合单细胞和批量转录组数据构建基于脂质代谢特征的预后风险模型,并鉴定CEBPD为新的抑癌基因 | 研究样本量有限,功能验证实验需进一步扩展 | 探索脂质代谢特征在乳腺癌预后评估和治疗靶点开发中的应用价值 | 乳腺癌患者样本和乳腺癌细胞系 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, 功能验证实验 | 预后风险模型 | 基因表达数据 | 原发性乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
10719 | 2025-10-07 |
POU2F2+ B cells enhance antitumor immunity and predict better survival in non small cell lung cancer
2025-Feb-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-90817-3
PMID:39994401
|
研究论文 | 本研究揭示了POU2F2+ B细胞在非小细胞肺癌中的重要作用及其与患者生存和免疫细胞浸润的关系 | 首次系统阐明POU2F2+ B细胞在NSCLC免疫微环境中的空间分布特征及其对免疫细胞浸润的调控作用,提出POU2F2作为NSCLC免疫治疗新靶点 | 研究样本量有限,未进行功能性验证实验,LUAD和LUSC亚型间的机制差异需要进一步探究 | 阐明POU2F2+ B细胞在非小细胞肺癌患者生存和免疫细胞浸润中的作用机制 | 非小细胞肺癌患者组织样本和相关的单细胞及批量RNA测序数据 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 多重免疫组织化学, 伪时间分析, CIBERSORT分析 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据, 生存数据 | 两个单细胞RNA测序数据集和两个批量RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
10720 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA transcriptome uncovers distinct developmental trajectories in the embryonic skeletal muscle of Daheng broiler and Tibetan chicken
2025-Feb-24, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11363-w
PMID:39994525
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了大恒肉鸡和藏鸡胚胎骨骼肌发育的分子机制差异 | 首次构建了鸡胚胎骨骼肌单细胞图谱,揭示不同品种间肌母细胞和纤维脂肪祖细胞发育轨迹及基因表达动态差异 | 研究仅针对胚胎期三个时间点,未涵盖出生后发育阶段 | 探究不同鸡品种骨骼肌表型差异的分子机制 | 大恒肉鸡和藏鸡的胚胎腿部肌肉组织 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 29,579个高质量细胞,来自两个鸡品种三个胚胎期(E10,E14,E18) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |