单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10681	2024-08-04	Elucidating the Transcriptional States of Spermatogenesis-Joint Analysis of Germline and Supporting Cell, Mice and Human, Normal and Perturbed, Bulk and Single-Cell RNA-Seq 2024-Jul-12, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14070840 PMID:39062554	review	这篇综述文章旨在综合分析精子发生的分子基础，探讨健康与病态状态下的差异	通过单细胞RNA测序等先进技术，发现了小鼠精子发育的新阶段及其调控因子	主要依赖已知的标记以及缺乏对某些关键基因的深入研究	更好地理解精子发生的基本生物过程，并识别可能导致男性不育的新基因	小鼠和人类的生殖细胞及支持细胞	数字病理学	男性不育	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	小鼠和人类样本的结合，具体数量未提供
10682	2024-08-04	GZMK+CD8+ T cells Target A Specific Acinar Cell Type in Sjögren's Disease 2024-Jul-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3601404/v2 PMID:38196575	研究论文	该文章探讨了干燥综合症中GZMK+CD8+ T细胞如何针对特定的腺泡细胞类型	识别出新的浆液黏液腺泡细胞类型及其在干燥综合症中的特定靶向	未提供干燥综合症患者细胞治疗的有效方案	研究干燥综合症的腺体细胞景观及其变化	分析健康与干燥综合症患者的人体小唾液腺	数字病理学	干燥综合症	单细胞和空间转录组学	NA	细胞	NA
10683	2024-08-05	Targeting Microglia in Alzheimer's Disease: Pathogenesis and Potential Therapeutic Strategies 2024-Jul-11, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14070833 PMID:39062547	研究论文	本研究探讨了小胶质细胞在阿尔茨海默病发病机制中的作用及潜在治疗策略	揭示了小胶质细胞表型在阿尔茨海默病进展过程中的动态变化，并提出针对小胶质细胞的新治疗方法	本文未详细探讨各治疗策略的具体临床效果与应用	阐明小胶质细胞在阿尔茨海默病中的角色并探索治疗方法	小胶质细胞及其在阿尔茨海默病中的作用	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	生物样本数据	NA
10684	2024-08-04	Single-cell transcriptomics by clinical course of Mycobacterium avium complex pulmonary disease 2024-07-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-66523-x PMID:38977917	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了Mycobacterium avium complex肺病（MAC-PD）患者的免疫特征	首次揭示了不同临床病程的MAC-PD患者外周血单核细胞的免疫特征差异	样本数量较小，仅限于21例患者，可能影响结果的普遍性	研究MAC-PD患者的免疫特征与临床病程之间的关系	21名不同临床病程的MAC-PD患者	数字病理学	肺病	单细胞RNA测序	NA	生物样本	21例MAC-PD患者
10685	2024-08-05	Exploring the Role of Neutrophil-Related Genes in Osteosarcoma via an Integrative Analysis of Single-Cell and Bulk Transcriptome 2024-Jul-08, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12071513 PMID:39062086	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞相关基因在骨肉瘤中的作用及其与预后和肿瘤微环境的关系	提出了一种新的NRG评分和NRG特征，能够评估骨肉瘤患者的预后	研究尚未深入探讨NRGs在不同骨肉瘤患者中的具体功能机制	研究中性粒细胞相关基因在骨肉瘤中的预后价值及其与肿瘤微环境的关联	骨肉瘤患者及其肿瘤微环境	数字病理学	骨肉瘤	scRNA-seq	NA	转录组数据	包含来自TARGET-OS和GEO数据库的多个样本
10686	2024-08-05	Scanpro is a tool for robust proportion analysis of single-cell resolution data 2024-07-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-66381-7 PMID:38971877	研究论文	本文介绍了Scanpro，一个用于单细胞分辨率数据的稳健比例分析工具	提出了一种新的工具Scanpro，用于在Python环境中进行单细胞数据的比例分析	当前缺乏对重复和不重复单细胞数据集进行稳健比例分析的生物信息学工具	研究高等生物体中个体细胞对信号的应答及其在不同生物条件下细胞类型比例的变化	主要研究单细胞转录组测序(scRNA-seq)数据集中的细胞类型比例	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	数据集	NA
10687	2024-08-04	CrossMP: Enabling Cross-Modality Translation between Single-Cell RNA-Seq and Single-Cell ATAC-Seq through Web-Based Portal 2024-Jul-05, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15070882 PMID:39062661	研究论文	本研究提出了一个模型，以实现单细胞RNA测序和单细胞表观基因组的跨模态预测	提出了一个基于深度神经网络的模型，能够从源模态学习潜在表示并预测目标模态	生成多模态数据技术挑战大且成本高，导致单细胞共检测数据的可用性有限	探索如何在单细胞层面同时分析多种组学模态	单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序的数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）	深度神经网络	多模态数据	跨多个配对的人类scATAC-seq和scRNA-seq数据集
10688	2024-08-05	CD163+ Macrophages Induce Endothelial-to-Mesenchymal Transition in Atheroma 2024-Jul-05, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.324082 PMID:38860377	研究论文	本研究探讨了CD163+巨噬细胞在动脉粥样硬化中诱导内皮细胞向间充质细胞转变的作用	揭示CD163+巨噬细胞通过促凋亡内皮细胞向间充质细胞转变来促进动脉粥样硬化斑块进展	仅使用了小鼠模型和人类动脉样本，可能无法完全代表所有类型的动脉粥样硬化	阐明动脉粥样硬化中细胞表型转变的刺激因素和意义	人类冠状动脉组织切片及不同小鼠模型（如ApoE-/-和ApoE-/-/CD163-/-小鼠）	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序、组织病理学分析、西方印迹	小鼠模型	组织切片、细胞培养	107个急性冠状动脉斑块破裂病变
10689	2024-08-05	Tumor suppressor FRMD3 controls mammary epithelial cell fate determination via notch signaling pathway 2024-Jul-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk8958 PMID:38959315	研究论文	该文章研究了肿瘤抑制因子FRMD3在乳腺上皮细胞命运决定中的作用	该研究揭示了FRMD3如何通过降解Disheveled-2来调节Notch信号通路，进而影响乳腺上皮细胞的命运转变	未提及该研究的局限性	探讨FRMD3在乳腺上皮细胞命运决定中的角色及其机制	乳腺上皮细胞(MECs)及其在乳腺癌中的病理转变	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
10690	2024-08-04	The impact of next-generation sequencing for diagnosis and disease understanding of myeloid malignancies 2024-Jul, Expert review of molecular diagnostics IF:3.9Q1 DOI:10.1080/14737159.2024.2383445 PMID:39054632	review	本综述简要描述了应用于髓系肿瘤（MNs）临床诊断的技术及其相关挑战.	介绍了当前尚为研究用途的长测序、全外显子组/全基因组测序和单细胞测序等新兴技术，将很快成为临床检测标准.	讨论了在资源有限的环境中全面基因组测试的采用挑战，以及其纳入临床试验的限制.	优化髓系肿瘤的临床护理，通过改善诊断、预后、治疗规划和患者监测.	髓系肿瘤的分子评估与临床技术.	数字病理学	NA	下一代测序（NGS）	NA	NA	NA
10691	2024-08-05	Correction: Single-cell transcriptome profiling and the use of AID deficient mice reveal that B cell activation combined with antibody class switch recombination and somatic hypermutation do not benefit the control of experimental trypanosomosis 2024-Jul, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012417 PMID:39058654	更正	该论文修正了关于单细胞转录组分析和AID缺乏小鼠的研究内容	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
10692	2024-08-05	Dimethyl Fumarate Mediates Sustained Vascular Smooth Muscle Cell Remodeling in a Mouse Model of Cerebral Aneurysm 2024-Jun-27, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox13070773 PMID:39061841	研究论文	本研究探讨了二甲基富马酸在小鼠脑动脉瘤模型中对血管平滑肌细胞(VSMCs)的影响	文章创新点在于首次揭示了二甲基富马酸对VSMCs的抑制作用与抗氧化功能紊乱之间的关联	尚未调查二甲基富马酸对VSMCs功能的潜在副作用	研究二甲基富马酸对脑动脉瘤诱导后VSMCs的影响	脑动脉瘤诱导后圈状动脉(VSMCs)中的单细胞RNA测序	数字病理学	脑动脉瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	细胞数据	小鼠模型中未具体说明样本数量
10693	2024-08-04	A phosphate transporter in VIPergic neurons of the suprachiasmatic nucleus gates locomotor activity during the light/dark transition in mice 2024-May-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114220 PMID:38735047	研究论文	这篇文章研究了磷酸盐转运蛋白PiT2在小鼠上丘脑SCN中对行为的影响	鉴定了PiT2作为调节小鼠活动的磷酸盐转运蛋白，揭示了其在昼夜转换中的作用	研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于其他物种	探索上丘脑如何通过分子机制调节行为	小鼠SCN中的VipNms神经元	数字病理学	NA	斑点钳记录和单细胞测序	NA	生物电活动和基因表达数据	涉及的样本为小鼠SCN神经元群体
10694	2024-08-05	Multiplexed single-cell lineage tracing of mitotic kinesin inhibitor resistance in glioblastoma 2024-May-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114139 PMID:38652658	研究论文	本文探讨了胶质母细胞瘤中对KIF11抑制剂的抵抗机制	首次将谱系追踪条形码和单细胞RNA测序结合用于分析患者来源的胶质母细胞瘤中的药物抵抗	主要集中在药物对细胞的影响，缺乏对更大临床样本的验证	研究胶质母细胞瘤对KIF11抑制剂的抵抗机制	患者来源的胶质母细胞瘤神经球及其对ispinesib的反应	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序	患者来源的异种移植模型	基因表达数据	涉及多个患者来源的胶质母细胞瘤样本
10695	2024-08-05	The molecular basis of scale development highlighted by a single-cell atlas of Bicyclus anynana butterfly pupal forewings 2024-May-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114147 PMID:38662541	research paper	本研究探讨了Bicyclus anynana蝴蝶蛹前翅中鳞片细胞的多样性及其分子基础	通过单细胞RNA测序技术识别了不同类型的鳞片细胞，并揭示了关键基因在细胞分化中的作用	研究主要集中在单一物种的细胞类型，可能无法全面代表其他节肢动物的情况	探索蝴蝶翅膀鳞片细胞的多样性及其转录组学基础	Bicyclus anynana蝴蝶的雄性蛹前翅中的大约5200个鳞片细胞	机遇	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞转录组数据	约5200个大细胞
10696	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneity of neutrophils in non-small cell lung cancer 2024-May, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3690 PMID:38735760	研究论文	本研究探讨了非小细胞肺癌中中性粒细胞的异质性	识别了四种主要类型的肿瘤相关中性粒细胞，并分析了其动态特征及转录因子调控	未提及具体的样本数量和来源的多样性	研究非小细胞肺癌中中性粒细胞的异质性	肿瘤相关的中性粒细胞和人源多形核中性粒细胞	数字病理学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自基因表达综合数据库的样本
10697	2024-08-04	Inferring Tree-Shaped Single-Cell Trajectories with Totem 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_9 PMID:39068362	研究论文	本文介绍了通过Totem推断树状单细胞轨迹和伪时间的方法	提出了两种用户友好的协议，可以灵活地推断树状单细胞轨迹，解决复杂拓扑结构预测的挑战	主要集中在单细胞转录组数据的应用，未涉及其他类型的数据	研究单细胞转录组数据中细胞发育过程的轨迹推断	人类骨髓CD34+细胞，研究三条谱系的分支：红系、淋巴系和单核系	数字病理学	NA	转录组学	NA	单细胞数据	NA
10698	2024-08-04	Unsupervised Single-Cell Clustering with Asymmetric Within-Sample Transformation and Per-Cluster Supervised Features Selection 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_8 PMID:39068361	研究论文	本文展示了如何将不对称样本内变换应用于单细胞RNA测序数据，与之前的缺失值插补相匹配	提出了一种不对称变换的方法以处理低表达强度，同时保留高表达基因水平，并结合每个基因的熵估计进行非信息基因的去除	样本量和不同基因类型的影响可能未在研究中充分探索	旨在改进单细胞RNA测序数据的聚类分析和基因特征选择	研究对象为单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	RNA-seq	GLM	文本	NA
10699	2024-08-04	RNA-Seq Analysis of Mammalian Prion Disease 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_20 PMID:39068373	研究论文	本文介绍了利用单细胞RNA测序数据分析哺乳动物朊病毒病的RNA测序方法	提出了一种可重复使用的RNA测序分析协议，以揭示朊病毒病中的转录变化	NA	揭示哺乳动物朊病毒病的转录特征	哺乳动物朊病毒病的单细胞RNA测序数据	数字病理	NA	RNA-seq	NA	RNA测序数据	使用自NCBI GEO数据库获得的单细胞数据集
10700	2024-08-05	Inferring Novel Cells in Single-Cell RNA-Sequencing Data 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3886-6_7 PMID:39068360	研究论文	本文探讨了在单细胞RNA测序数据中推断新细胞类型的方法	提出了三类推断新细胞的方法，包括未监督和异常检测的方法、监督和半监督的方法、以及基于拷贝数变异的方法	推断新细胞在常规单细胞RNA测序分析中仍然具有挑战性	研究单细胞RNA测序技术中识别和表征新细胞类型	利用单细胞RNA测序技术分析细胞类型及其亚群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	NA