单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10661	2024-09-17	Diabetes mellitus induces a novel inflammatory network involving cancer progression: Insights from bioinformatic analysis and in vitro validation 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1149810 PMID:37033970	研究论文	研究探讨了糖尿病与癌症之间的关联，构建了一个基于糖尿病的癌症相关炎症网络，并通过生物信息学分析和体外实验验证了其机制	首次构建了一个基于糖尿病的癌症相关炎症网络，揭示了糖尿病如何增加肿瘤发生和发展的机制	需要进一步的研究来验证和扩展这些发现	探讨糖尿病与癌症之间的分子机制	糖尿病相关基因与癌症相关基因的关联	生物信息学	糖尿病	生物信息学分析、单细胞测序、体外实验	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	包括结肠腺癌在内的多种肿瘤样本
10662	2024-09-17	Monoacylglycerol lipase regulates macrophage polarization and cancer progression in uveal melanoma and pan-cancer 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1161960 PMID:37033945	研究论文	研究探讨了单酰甘油脂肪酶在葡萄膜黑色素瘤和泛癌中的作用及其对巨噬细胞极化和癌症进展的影响	首次揭示了单酰甘油脂肪酶在葡萄膜黑色素瘤中的作用，并提出了基于脂质代谢的风险模型	研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨脂质代谢在葡萄膜黑色素瘤中的作用，并开发基于脂质代谢的风险模型	葡萄膜黑色素瘤患者和泛癌患者	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	共识聚类分析、ESTIMATE分析、TIMER分析、ssGSEA分析、Cox回归分析、Lasso回归分析、单细胞测序分析	风险模型	基因表达数据	80名葡萄膜黑色素瘤患者和泛癌患者的数据
10663	2024-09-17	Single-cell and long-read sequencing to enhance modelling of splicing and cell-fate determination 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.03.023 PMID:37066125	综述	本文综述了单细胞和长读长测序技术在剪接和细胞命运决定建模中的最新进展	结合单细胞和长读长测序技术，提供了新的机会来建模细胞命运决定	NA	探讨单细胞和长读长测序技术在细胞命运决定和剪接建模中的应用	单细胞和长读长测序数据，以及相关的计算算法和数学模型	生物信息学	NA	单细胞测序，长读长测序	NA	基因组数据	NA
10664	2024-09-17	Identification of visual cortex cell types and species differences using single-cell RNA sequencing 2022-11-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34590-1 PMID:36371428	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了133,454个猕猴视觉皮层细胞，识别了多种细胞类型及其在不同物种间的基因表达差异	本文首次建立了大规模的猕猴视觉皮层单细胞RNA测序数据集，并发现了两种新的细胞类型，以及不同物种间在突触可塑性和神经调节相关基因表达上的差异	本文仅分析了猕猴、人类和小鼠的视觉皮层细胞，未涉及其他物种	研究灵长类视觉皮层的细胞类型及其在不同物种间的差异	猕猴、人类和小鼠的视觉皮层细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	133,454个猕猴视觉皮层细胞
10665	2024-09-17	Single-cell multi-omics of human clonal hematopoiesis reveals that DNMT3A R882 mutations perturb early progenitor states through selective hypomethylation 2022-10, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-022-01179-9 PMID:36138229	研究论文	本文利用单细胞多组学技术研究了DNMT3A R882突变在人类克隆造血中的影响	首次通过单细胞多组学技术捕获了DNMT3A R882突变个体的基因型、转录组和甲基化组，揭示了突变通过选择性低甲基化影响早期祖细胞状态的机制	研究仅限于DNMT3A R882突变个体，且样本量较小	探讨DNMT3A R882突变在克隆造血中的下游效应	DNMT3A R882突变个体的造血祖细胞	数字病理学	血液疾病	单细胞多组学测序	NA	基因型、转录组、甲基化组	少量DNMT3A R882突变个体
10666	2024-09-17	Self-supervised learning of cell type specificity from immunohistochemical images 2022-06-24, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac263 PMID:35758799	研究论文	本文开发了一种从无标签的免疫组化图像中预测蛋白质标记物细胞类型特异性的方法	利用自监督学习目标训练卷积神经网络生成图像嵌入，并通过非线性降维观察模型根据细胞类型和解剖区域对图像进行聚类，无需人工标注图像	NA	改进蛋白质标记物的细胞类型特异性识别	免疫组化图像中的细胞类型特异性	计算机视觉	NA	免疫组化	卷积神经网络	图像	数千个抗体在人体组织中的数据
10667	2024-09-17	Salivary gland organoid culture maintains distinct glandular properties of murine and human major salivary glands 2022-06-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30934-z PMID:35672412	研究论文	本文介绍了在小鼠和人唾液腺类器官培养中维持特定腺体特性的方法	首次建立了长期的小鼠和人类唾液腺类器官培养，并展示了这些类器官在神经递质刺激下保持腺体功能的能力	未提及具体限制	开发一种实验平台，用于探索组织再生和抗癌治疗时代的精准医学	小鼠和人类唾液腺类器官	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因和蛋白质表达数据	小鼠和人类唾液腺细胞
10668	2024-09-16	Reconstitution of the Multiple Myeloma Microenvironment Following Lymphodepletion with BCMA CAR-T Therapy 2024-Sep-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0352 PMID:39024031	研究论文	研究了BCMA CAR-T细胞疗法后多发性骨髓瘤微环境的重组	揭示了BCMA CAR-T疗法后多发性骨髓瘤微环境的动态变化，并提供了预测治疗反应性的线索	样本量较小，仅涉及七名患者	研究BCMA CAR-T细胞疗法后多发性骨髓瘤微环境的重组	多发性骨髓瘤患者的骨髓样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	14个骨髓样本，来自7名患者
10669	2024-09-15	Computational Strategies and Algorithms for Inferring Cellular Composition of Spatial Transcriptomics Data 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae057 PMID:39110523	综述	本文综述了空间转录组学数据中细胞成分推断的计算策略和算法	总结了最新的细胞比例估计进展，并展望了该领域的未来方向	当前空间技术无法直接测量细胞信息，只能通过空间点进行特征化	总结和展望空间转录组学数据中细胞成分推断的计算方法	空间转录组学数据中的细胞成分	生物信息学	NA	空间转录组学技术	NA	转录组数据	NA
10670	2024-09-16	Exploring the relationship between the interleukin family and lung adenocarcinoma through Mendelian randomization and RNA sequencing analysis 2024-Sep-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01325-1 PMID:39264458	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和RNA测序分析探索白细胞介素家族与肺腺癌之间的关系	首次通过孟德尔随机化和RNA测序分析揭示了白细胞介素因子与肺腺癌发生和进展的因果关系	研究主要基于数据集分析，缺乏体内实验验证	揭示白细胞介素因子与肺腺癌之间的关联	白细胞介素因子与肺腺癌	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	RNA	多个中心的患者样本
10671	2024-09-16	Spatial transcriptomics reveals tumor-derived SPP1 induces fibroblast chemotaxis and activation in the hepatocellular carcinoma microenvironment 2024-Sep-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05613-w PMID:39267037	研究论文	研究揭示了肝细胞癌微环境中肿瘤细胞分泌的SPP1诱导成纤维细胞趋化和激活的机制	首次阐明了SPP1-CD44信号轴在肿瘤细胞与成纤维细胞相互作用中的关键作用	研究主要基于公共数据库的数据和临床样本，缺乏体内外实验的直接验证	探讨肝细胞癌微环境中肿瘤细胞与成纤维细胞相互作用的机制	肝细胞癌微环境中的肿瘤细胞和成纤维细胞	数字病理学	肝癌	空间转录组学和单细胞转录组学	NA	转录组数据	分析了10个空间转录组和12个单细胞转录组样本，以及20个肝癌患者的肿瘤组织样本
10672	2024-09-16	Single-cell sequencing of the vermiform appendix during development identifies transcriptional relationships with appendicitis in preschool children 2024-Sep-12, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03611-9 PMID:39267041	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了人类阑尾在发育过程中的转录特征，并探讨了其与学龄前儿童阑尾炎的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了阑尾发育过程中的细胞图谱，并发现了BMP信号通路在阑尾上皮发育中的潜在作用	研究样本量较小，且仅限于学龄前儿童，可能影响结果的普适性	深入了解人类阑尾的发育过程及其与学龄前儿童阑尾炎的关系	人类阑尾在胎儿、儿童及学龄前炎症阶段的细胞	数字病理学	阑尾炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括胎儿、儿童及学龄前炎症阶段的阑尾样本
10673	2024-09-16	Multi‑omics identification of a signature based on malignant cell-associated ligand-receptor genes for lung adenocarcinoma 2024-Sep-12, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12911-5 PMID:39267056	研究论文	本文通过多组学分析，构建了一个基于恶性细胞相关配体-受体基因的肺腺癌预后标志物	本文通过结合10种机器学习算法，开发了一种新的计算框架，用于识别肺腺癌的预后标志物	NA	开发一种新的方法来评估肺腺癌患者的预后，并提供开发更有效免疫疗法的见解	肺腺癌的恶性细胞相关配体-受体基因	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因组数据、转录组数据、免疫数据	317例免疫治疗患者
10674	2024-09-16	A novel spherical GelMA-HAMA hydrogel encapsulating APET×2 polypeptide and CFIm25-targeting sgRNA for immune microenvironment modulation and nucleus pulposus regeneration in intervertebral discs 2024-Sep-12, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02783-z PMID:39267105	研究论文	研究开发了一种新型球形GelMA-HAMA水凝胶，用于调节免疫微环境并促进椎间盘髓核再生	首次使用球形GelMA-HAMA水凝胶封装APET×2多肽和CFIm25靶向sgRNA，用于治疗椎间盘退变	NA	探讨CFIm25在椎间盘退变中的作用，并开发新型治疗策略	椎间盘髓核细胞和小鼠模型	生物医学工程	脊柱疾病	CRISPR-Cas9, 单细胞转录组学, 高通量转录组学	NA	基因表达, 蛋白质表达, 细胞活性, 细胞迁移	小鼠椎间盘髓核细胞
10675	2024-09-16	Glucose deprivation-induced disulfidptosis in human nucleus pulposus cells: a novel pathological mechanism of intervertebral disc degeneration 2024-Sep-12, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00528-4 PMID:39267140	研究论文	研究了葡萄糖剥夺诱导的人椎间盘髓核细胞中的二硫化物死亡，揭示了椎间盘退变的新病理机制	首次揭示了葡萄糖剥夺诱导的二硫化物死亡在椎间盘退变中的作用，并鉴定了一个新的二硫化物死亡相关细胞亚群	研究仅限于体外实验和单细胞RNA测序分析，缺乏体内实验验证	探讨葡萄糖剥夺诱导的二硫化物死亡在椎间盘退变中的病理机制	人椎间盘髓核细胞和椎间盘退变样本	数字病理学	椎间盘退变	RNA测序、单细胞RNA测序、全基因组DNA甲基化	机器学习	基因表达数据	一个正常样本和一个椎间盘退变样本
10676	2024-09-16	Identification of macrophage driver genes in fibrosis caused by different heart diseases based on omics integration 2024-Sep-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05624-7 PMID:39267173	研究论文	本研究利用单细胞转录组学和批量RNA测序分析，探讨了不同心脏病引起的纤维化中巨噬细胞驱动基因的关系	首次通过整合单细胞转录组学和批量RNA测序数据，揭示了四种心脏病中巨噬细胞介导的心肌纤维化的驱动基因，并验证了左心室辅助装置（LVAD）对心衰患者的治疗效果	NA	探讨不同心脏病引起的心肌纤维化中巨噬细胞的遗传病理生理机制	巨噬细胞在心肌纤维化中的作用及其驱动基因	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学、批量RNA测序	NA	转录组数据	四种心脏病（扩张型心肌病、缺血性心肌病、心肌梗死、心衰）的单细胞数据
10677	2024-09-16	Construction and validation of a TAMRGs prognostic signature for gliomas by integrated analysis of scRNA and bulk RNA sequencing data 2024-Sep-11, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2024.149237 PMID:39270996	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建并验证了一种基于肿瘤相关巨噬细胞相关基因的胶质瘤预后模型	首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了一种新的预后模型，并验证了其在胶质瘤患者中的预后价值	NA	构建并验证一种基于肿瘤相关巨噬细胞相关基因的胶质瘤预后模型	胶质瘤患者的预后预测	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序和批量RNA测序	LASSO回归和多变量Cox回归分析	RNA测序数据	三个内部胶质瘤组织样本和TCGA-GTEx数据集
10678	2024-09-16	Mechanical stimuli-induced CCL2 restores adult mouse cells to regenerate hair follicles 2023-Jun-13, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2023.03.002 PMID:37020681	研究论文	研究机械刺激如何通过CCL2介导的微环境调控机制促进成年小鼠毛囊再生	首次揭示了机械刺激通过CCL2介导的化学信号通路促进毛囊再生的机制	NA	探讨机械刺激诱导毛囊再生的机制	成年小鼠的皮肤细胞和毛囊	NA	NA	RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及多个时间点的皮肤细胞样本和毛囊移植实验
10679	2024-09-16	Age or lifestyle-induced accumulation of genotoxicity is associated with a length-dependent decrease in gene expression 2023-Apr-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106368 PMID:37013186	研究论文	研究探讨了基因长度与基因表达在衰老过程中的关系	发现了基因长度依赖的基因表达下降与衰老相关的普遍现象，并揭示了紫外线辐射和吸烟暴露对基因表达的影响	研究主要基于小鼠和人类的数据，可能需要更多物种和数据来验证结论	探讨DNA损伤积累与基因表达变化在衰老中的作用	基因长度与基因表达的关系	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类的多个组织和细胞类型
10680	2024-09-16	Clinical, genetic, epidemiologic, evolutionary, and functional delineation of TSPEAR-related autosomal recessive ectodermal dysplasia 14 2023-04-13, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2023.100186 PMID:37009414	研究论文	本文详细描述了TSPEAR相关常染色体隐性外胚层发育不良14型的临床特征、遗传变异、流行病学、进化历史和功能机制	首次结合AlphaFold预测结构分析和单细胞RNA测序数据，揭示了TSPEAR蛋白在牙釉质结中的作用及其与wnt10a的相互作用	研究主要基于基因数据和模型动物，缺乏直接的人体功能验证	探讨TSPEAR在胚层发育中的作用及其相关疾病的机制	TSPEAR基因及其相关的外胚层发育不良14型	遗传学	外胚层发育不良	AlphaFold结构预测、单细胞RNA测序、基因组数据分析	NA	基因组数据、RNA测序数据	100000个基因组项目数据、多个群体的创始变异分析