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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
10641 2025-10-07
spatialGE: A user-friendly web application to democratize spatial transcriptomics analysis
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 开发了一个用户友好的网络应用程序spatialGE,用于简化空间转录组学数据分析 提供了一个无需编程专业知识即可进行空间转录组学数据分析的友好界面,支持多种分析流程和ST技术 未在摘要中明确说明具体的技术限制 开发简化空间转录组学数据分析的工具,使其更易于被广泛科学界使用 黑色素瘤脑转移和默克尔细胞癌的肿瘤微环境 空间转录组学 黑色素瘤,默克尔细胞癌 空间转录组学分析 NA 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
10642 2025-10-07
Refining the identity of mesenchymal cell types associated with murine periosteal and endosteal bone
2024-04, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序数据构建小鼠骨相关细胞图谱,澄清了与骨相关的间充质细胞类型身份 揭示了11个主要的骨相关间充质细胞簇,包括新发现的骨-X细胞,并发现Wnt16在骨膜细胞中的特异性表达 研究仅限于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类 增加骨细胞单细胞RNA测序数据,比较骨膜和骨内细胞,澄清小鼠骨相关主要细胞类型 小鼠骨相关间充质细胞,特别是成骨细胞和骨细胞 单细胞测序分析 骨骼疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 超过100,000个间充质细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
10643 2025-10-07
Spatiotemporal profiling defines persistence and resistance dynamics during targeted treatment of melanoma
2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过空间转录组学分析黑色素瘤靶向治疗过程中的细胞持久性状态和耐药机制 首次在患者来源异种移植模型中结合空间转录组学和深度学习,揭示黑色素瘤治疗过程中克隆谱系演化的时空动态 研究基于患者来源异种移植模型,可能与实际患者肿瘤微环境存在差异 阐明BRAF突变黑色素瘤靶向治疗中持久性细胞状态和耐药机制 BRAF突变黑色素瘤细胞和患者来源异种移植模型 数字病理学 黑色素瘤 空间转录组学, 深度学习 深度学习模型 空间转录组数据, 组织病理切片图像 患者来源异种移植模型 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 空间转录组学平台
10644 2025-10-07
Single-Cell Transcriptomes and Immune Repertoires Reveal the Cell State and Molecular Changes in Pemphigus Vulgaris
2024-02-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
研究论文 通过单细胞转录组和免疫受体分析揭示天疱疮的细胞状态和分子变化 首次结合5'单细胞RNA测序与V(D)J富集技术分析天疱疮患者治疗前后样本,发现IL-1α信号通路、髓系APC细胞和功能失调的T细胞亚群在疾病中的作用 样本量有限,部分发现仅通过免疫组化和多重免疫荧光验证 阐明天疱疮的病因和发病机制,特别是免疫细胞与上皮细胞的相互作用 初治天疱疮患者的口腔黏膜病变和外周血样本,以及泼尼松治疗后的外周血样本 单细胞组学 天疱疮 5'单细胞RNA测序,V(D)J富集,免疫组化,多重免疫荧光 NA 单细胞转录组数据,免疫受体序列数据 天疱疮患者的口腔黏膜和外周血样本(具体数量未明确说明) 10x Genomics 单细胞RNA测序,单细胞免疫受体测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 5'
10645 2025-10-07
A framework for defining mesenchymal cell types associated with murine periosteal and endosteal bone
2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序数据建立了小鼠骨相关间充质细胞类型的分类框架 首次比较了骨膜和骨内膜/骨小梁的细胞差异,定义了11个主要细胞簇,包括新发现的osteo-X细胞类型 研究仅针对小鼠模型,人类骨细胞的适用性需要进一步验证 增加骨细胞单细胞RNA测序数据量,比较骨膜与骨内细胞差异,明确小鼠骨相关细胞类型主要类别 小鼠骨相关间充质细胞 单细胞转录组学 骨骼疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 超过100,000个间充质细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
10646 2025-10-07
Single circulating tumor cell sequencing based on improved high-porosity membranes and nanoporous microchambers
2025-May-15, Biosensors & bioelectronics IF:10.7Q1
研究论文 本研究开发了基于高孔隙率超薄滤膜和纳米孔微腔的新型纳米器件,用于分离单个循环肿瘤细胞并建立自动化单细胞测序工作流程 开发了高孔隙率超薄滤膜和纳米孔微腔芯片两种新型纳米器件,建立了基于滤膜系统的自动化单CTC测序工作流程 NA 开发高效的循环肿瘤细胞单细胞测序方法,探索肿瘤异质性和进展机制 循环肿瘤细胞(CTCs) 单细胞测序技术 肿瘤 单细胞测序 NA 基因组测序数据 NCI-H358细胞系和患者来源的CTCs NA 单细胞测序 NA 基于滤膜系统的单细胞测序工作流程
10647 2025-10-07
Identification and validation of immune-related biomarkers and polarization types of macrophages in keloid based on bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis
2025-Apr, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries IF:3.2Q1
研究论文 基于bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析鉴定瘢痕疙瘩中免疫相关生物标志物和巨噬细胞极化类型 首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,通过多种机器学习方法鉴定瘢痕疙瘩的免疫相关生物标志物,并揭示巨噬细胞极化状态异常 研究依赖于公共数据库的回顾性数据,样本量有限,需要进一步实验验证 鉴定瘢痕疙瘩的免疫相关生物标志物和巨噬细胞极化类型,为治疗提供新靶点 瘢痕疙瘩组织和正常皮肤组织 生物信息学 瘢痕疙瘩 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质印迹, 免疫荧光 LASSO, SVM-RFE, 随机森林 基因表达数据, 单细胞数据 四个GEO数据集(GSE83286, GSE212954, GSE92566, GSE90051) NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
10648 2025-10-07
Upregulation of LSP1 in AML cells enhances AML resistance to sorafenib and promotes apoptosis in CD8+ T cells
2025-Mar-26, International immunopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 本研究通过RNA-seq和单细胞RNA-seq分析发现LSP1是AML的重要免疫相关标志物,影响索拉非尼耐药性和CD8+T细胞功能 首次揭示LSP1在AML免疫抑制微环境中的关键作用,及其对索拉非尼耐药性和CD8+T细胞凋亡的影响 未明确说明样本数量和研究人群的具体特征 探索AML免疫抑制肿瘤微环境的机制并寻找免疫治疗新靶点 急性髓系白血病(AML)细胞和CD8+T细胞 生物信息学 急性髓系白血病 RNA-seq, scRNA-seq NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
10649 2025-10-07
Applications of Single-Cell Omics Technologies for Induced Pluripotent Stem Cell-Based Cardiovascular Research
2025-Feb-28, International journal of stem cells IF:2.5Q3
综述 探讨单细胞组学技术与诱导多能干细胞在心血管研究中的整合应用 整合单细胞组学与iPSC技术,探索空间组学等新兴范式在揭示心脏组织空间结构方面的潜力 NA 阐明心脏健康与疾病的分子复杂性,推动心血管研究发展 心脏细胞、诱导多能干细胞 单细胞组学 心血管疾病 单细胞RNA测序, 空间组学 NA 基因组, 转录组, 蛋白质组 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
10650 2025-10-07
A novel telomere-associated genes signature for the prediction of prognosis and treatment responsiveness of hepatocellular carcinoma
2025-Feb-27, Biological procedures online IF:3.7Q1
研究论文 本研究开发了一个包含18个端粒相关基因的肝细胞癌预后预测模型 首次建立了基于端粒相关基因的肝细胞癌预后模型,并通过孟德尔随机化分析确认了ASF1A基因与酒精性肝细胞癌的因果关系 研究主要基于TCGA数据库,需要更多独立队列验证模型的普适性 开发肝细胞癌预后预测模型并探索端粒相关基因在肝细胞癌中的作用 肝细胞癌患者组织和细胞系 生物信息学 肝细胞癌 单细胞转录组测序,空间转录组测序,Western blotting,Transwell迁移实验,伤口愈合实验,集落形成实验 Cox回归模型,LASSO回归模型 基因表达数据,临床数据 374例肝细胞癌样本和50例正常肝组织样本 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
10651 2025-10-07
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Extensive Heterogeneity and Unique Gene Trajectories in Non-Transformed and Transformed Human Lung Epithelial Cells: Insights into the Role of LncRNAs in Tumor Heterogeneity
2025-Feb-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 通过单细胞RNA测序揭示人肺上皮细胞在非转化和转化状态下的转录组异质性及lncRNA在肿瘤异质性中的作用 首次在单细胞水平系统比较非转化与转化肺上皮细胞的lncRNA表达轨迹,揭示lncRNA亚型对细胞异质性的贡献机制 研究仅使用两种细胞系(BEAS2B和H460),未涉及原代肿瘤样本或体内模型验证 探究肺上皮细胞在癌变过程中的转录组异质性特征及lncRNA的作用机制 永生化非转化肺上皮细胞系BEAS2B和转化肺上皮细胞系H460 单细胞转录组学 肺癌 单细胞RNA测序,生物信息学分析 NA 单细胞转录组数据 两种肺上皮细胞系(BEAS2B和H460) NA 单细胞RNA测序 NA NA
10652 2025-10-07
Revealing the core suppression effects of various Di (2-ethylhexyl) phthalate exposure on early meiosis progression in postnatal male mice via single-cell RNA sequencing
2025-Feb, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序揭示DEHP暴露对雄性小鼠早期减数分裂进程的核心抑制作用 首次通过单细胞RNA测序全面证明DEHP通过Trp53介导的p38-MAPK通路抑制雄性生殖细胞早期减数分裂进程 研究仅限于啮齿类动物模型,未涉及人类样本验证 探究DEHP暴露对雄性生殖系统早期减数分裂影响的分子机制 出生后雄性小鼠睾丸细胞 单细胞转录组学 男性生殖系统疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 42,000个细胞,3,172,754,990条reads 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Genomics单细胞RNA测序平台
10653 2025-10-07
Analysis of toxicity and mechanisms of busulfan in non-obstructive azoospermia: A genomic and toxicological approach integrating molecular docking, single-cell sequencing, and experimentation in vivo
2025-Feb, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1
研究论文 本研究通过整合分子对接、单细胞测序和体内实验,揭示了白消安导致非梗阻性无精子症的关键分子机制 首次发现POLE和LRAT蛋白是白消安诱导睾丸毒性的关键靶点,并揭示了免疫细胞浸润在疾病进程中的作用 研究主要聚焦于白消安的毒性机制,对其他化疗药物的适用性需要进一步验证 阐明白消安导致非梗阻性无精子症的分子机制和关键信号通路 白消安处理的睾丸组织及精原干细胞 生殖医学 男性不育症 分子对接, 单细胞RNA测序, 体内实验 NA 基因组数据, 单细胞转录组数据, 实验数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
10654 2025-10-07
YY1 knockout in pro-B cells impairs lineage commitment, enabling unusual hematopoietic lineage plasticity
2024-Oct-16, Genes & development IF:7.5Q1
研究论文 本研究通过敲除YY1转录因子,揭示了其在B细胞谱系定向中的关键作用及其缺失导致的异常造血谱系可塑性 首次发现YY1敲除可消除B细胞谱系定向,使前B细胞获得生成T细胞等多系造血细胞的能力 研究主要基于小鼠模型,在人类细胞中的适用性尚需验证 探究YY1转录因子在B细胞谱系定向和造血发育中的调控机制 小鼠前B细胞 发育生物学 血液系统疾病 基因敲除,单细胞RNA测序,ChIP-seq,scATAC-seq NA 基因表达数据,染色质可及性数据 未明确说明具体样本数量 NA 单细胞RNA-seq,scATAC-seq NA NA
10655 2025-10-07
Study on the prediction model of liver cancer based on chronic liver disease and the related molecular mechanism
2024-Sep-13, Annals of hepatology IF:3.7Q2
研究论文 本研究通过整合分析肝炎、肝硬化和肝细胞癌数据集,建立了基于10个肝脏疾病进展基因的肝细胞癌预后预测模型 识别了10个与肝脏疾病进展相关的预后基因,建立了精准的预后预测模型,并发现MIF信号通路在肝细胞癌进展中的关键作用 研究依赖于公共数据库数据,缺乏独立的前瞻性验证队列 开发新型预测模型以准确分类肝细胞癌并提高患者生存率 肝细胞癌患者及相关肝脏疾病数据 生物信息学 肝癌 单细胞测序,多变量Cox回归分析,生存分析,ROC分析,药物敏感性分析 预后预测模型 基因表达数据 来自TCGA和GEO数据库的肝炎、肝硬化和肝细胞癌数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
10656 2025-10-07
Synovial Tissue Insights into Heterogeneity of Rheumatoid Arthritis
2024-03, Current rheumatology reports IF:5.7Q1
综述 本文综述了类风湿关节炎滑膜组织异质性的最新研究进展 整合单细胞RNA测序和空间转录组学等新技术揭示RA滑膜中新型细胞群体和分子异质性 作为综述文章,不涉及原始实验数据,主要依赖已有研究结果的整合分析 探讨类风湿关节炎滑膜组织的细胞和分子异质性及其临床意义 类风湿关节炎患者的滑膜组织 数字病理学 类风湿关节炎 单细胞RNA测序,空间转录组学,机器学习 NA 转录组数据,空间表达数据 NA NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
10657 2025-10-07
Associating growth factor secretions and transcriptomes of single cells in nanovials using SEC-seq
2024-Mar, Nature nanotechnology IF:38.1Q1
研究论文 开发并应用SEC-seq技术,在单细胞水平同时测量分泌因子和转录组 首次实现通过纳米孔水凝胶颗粒捕获单细胞及其分泌物,并同时测量VEGF-A分泌量和转录组 仅研究了VEGF-A一种生长因子和间充质基质细胞一种细胞类型 建立单细胞分泌因子与转录组关联分析方法 间充质基质细胞 单细胞多组学 NA SEC-seq,单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据,蛋白质分泌数据 数千个单个间充质基质细胞 NA 单细胞RNA-seq,分泌组分析 NA 纳米孔水凝胶颗粒(nanovials)技术
10658 2025-10-07
Highlights of how single-cell analyses are illuminating differentiation and disease in the gastric corpus
2024-Mar-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
综述 本文综述了单细胞RNA测序技术在胃体分化与疾病研究中的应用进展 系统总结了单细胞RNA测序在揭示胃体器官发生、细胞谱系标记物鉴定以及再生和肿瘤发生过程中转录变化的最新发现 NA 探讨单细胞分析技术在胃体分化与疾病研究中的应用价值 人类和小鼠系统的胃体组织 单细胞组学 胃部疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
10659 2025-10-07
Morphological, molecular, and functional characterization of mouse glutamatergic myenteric neurons
2024-Mar-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
研究论文 本研究系统表征了小鼠肠道神经系统中VGLUT2阳性神经元(VGLUT2-ENs)的形态、分子和功能特性 首次通过稀疏标记、单细胞RNA测序和钙成像技术系统揭示了VGLUT2阳性肠神经元的独特解剖结构和功能特征 研究仅针对小鼠远端结肠和直肠区域,样本量相对有限(52个VGLUT2-ENs进行scRNA-seq) 阐明VGLUT2阳性肠神经元在肠道神经系统中的结构和功能特性 小鼠远端结肠和直肠的VGLUT2阳性肠神经元 神经科学 NA 腺相关病毒稀疏标记,单细胞mRNA测序(scRNA-seq),GCaMP6f钙成像 NA 形态学数据,基因表达数据,钙成像数据 52个VGLUT2-ENs进行scRNA-seq,215个VGLUT2-ENs进行功能记录 NA 单细胞RNA测序 NA NA
10660 2025-10-07
Incongruity between T cell receptor recognition of breast cancer hotspot mutations ESR1 Y537S and D538G following exogenous peptide loading versus endogenous antigen processing
2024-03, Cytotherapy IF:3.7Q2
研究论文 本研究探讨了T细胞受体对乳腺癌热点突变ESR1 Y537S和D538G的识别差异,发现外源性肽负载与内源性抗原加工之间存在不一致性 首次揭示了ESR1 Y537S突变肽虽能与HLA结合但在内源性加工过程中未被有效呈递,解释了TCR-T疗法识别失败的原因 研究基于体外实验和过表达细胞系,需要在更多临床样本和体内模型中验证 探索TCR-T疗法在转移性乳腺癌中的新抗原靶点及其识别机制 健康供体和转移性乳腺癌患者的T细胞,ESR1突变肽 免疫学 乳腺癌 IFN-γ ELISpot, 单细胞RNA测序, 免疫肽组学分析 NA 基因表达数据, 肽段识别数据 健康供体和转移性乳腺癌患者的T细胞样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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